Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Avibase
Тип сайтаТаксономическая база данных
Доступно в105 языков
СозданоДенис Лепаж
URLavibase .bsc-eoc .org
Запущен2003 г.
Текущее состояниеАктивный

Avibase - это онлайн- таксономическая база данных, которая объединяет данные о таксономии и распространении птиц во всем мире. По своей сути база данных опирается на понятие таксономических концепций . [ требуется пояснение ] [1] [2], а не таксономические названия [3] (см. также [4] [5] [6] для обоснования использования таксономических понятий). Avibase объединяет и систематизирует таксономические данные от основных издателей по таксономии птиц ( Контрольный список птиц мира Клементса , [7] Справочник птиц мира , BirdLife International , [8] Контрольный список МОК [9] и Полный контрольный перечень птиц мира Говарда и Мура [10] ) и другие региональные источники (например, все издания Контрольного списка птиц Северной Америки Американского орнитологического общества с 1886 г.). Таксономические концепции в более чем 230 различных таксономических источниках были сопоставлены и связаны с концепциями Avibase.

Веб-сайт также предлагает контрольные списки для более чем 20 000 географических регионов мира, страницы видов с таксономической информацией и синонимами, а также инструменты для наблюдателей, позволяющие вести собственные наблюдения и получать отчеты (например, карта, показывающая страны или горячие точки eBird с количеством целевых видов, которые отсутствуют в одном из их жизненных списков).

История и цель [ править ]

Avibase был создан и поддерживается Денисом Лепажем, в настоящее время старшим директором по науке о данных и технологиям Birds Canada . Данные, содержащиеся в Avibase, собирались примерно с 1991 года. [11] Веб-сайт Avibase был запущен в июне 2003 года и с момента его создания находится на хостинге Birds Canada (ранее - Bird Studies Canada).

Особенности [ править ]

Таксономические концепции . База данных организована в основном вокруг таблицы уникальных таксономических понятий. Каждая концепция представляет собой уникальное биологическое описание и имеет уникальный буквенно-цифровой идентификатор, называемый Avibase ID . Идентификаторы Avibase позволяют отслеживать совпадающие таксономические концепции среди источников публикации. В Avibase описано около 58 000 уникальных таксономических концепций. К ним относятся концепции, традиционно признаваемые как виды и подвиды , а также другие таксономические группы (группы подвидов), различные альтернативные таксономические трактовки, признанные исторически, и другие концепции, представляющие гибриды , цветовые морфы и недействительные или сомнительные формы.

Номенклатурные данные . Каждое научное название также описывается с включением данных цитирования и названия, связанного с исходным описанием. В Avibase записано около 48 000 действий [ требуется пояснение ] , также доступны различные типы синонимов .

Контрольные списки региональных видов доступны для более чем 20 000 регионов мира. Сюда входят все страны, территории и зависимости, а также большинство регионов, определенных на субнациональных уровнях GADM, таких как провинции, штаты, префектуры, округа, департаменты, муниципалитеты и районы (уровни 1 и 2 GADM), а также более 2500 островов. Региональные контрольные списки доступны в нескольких таксономических форматах, а также могут включать общие названия на разных языках. Данные для региональных контрольных списков поступают из множества источников, таких как набор данных eBird EBD и форумов, таких как Facebook Global Rare Bird Alert.

Общие названия и синонимы доступны на 271 различных языках и в региональных вариантах, и существует 21 язык, охватывающий более 85% видов с известным общим названием.

MyAvibase , запущенная в 2013 году, предоставляет бесплатные инструменты для пользователей, которые хотят вести свои жизненные списки и создавать отчеты, ориентированные на поиск целевых видов, которые наблюдатель еще не видел (куда идти, что посмотреть, когда идти, сколько времени посетить) или общую региональную статистику (например, общее количество видов по странам).

Использование информации из базы данных [ править ]

Avibase используется в качестве исходных данных во многих публикациях в Интернете и в рецензируемых публикациях. Например, он часто используется в качестве основного источника в Википедии . Он также цитировался, и его данные использовались в более чем 600 публикациях [12], особенно в областях экологии, [13] сохранения, [14] паразитологии, [15] здоровья человека, [16] таксономии [ 17] [18] и биоинформатика . [19]

Avibase идентификаторы используются в качестве способа для разрешения неоднозначностей в научных названиях птиц, и были приняты на AOS Контрольного список североамериканских птиц , [20] , и они доступны в викиданном проекте таксона. [21] Avibase также используется в качестве справочника для таксономической информации исследовательскими группами, такими как База данных исследований гриппа .

Заметки [ править ]

  1. ^ «Концепция« потенциальных таксонов »в базах данных». Берендсон WG (1995) Таксон 44: 207–212.
  2. ^ "Стандартное представление модели данных для таксономической информации". Кеннеди Дж, Хьям Р., Кукла Р., Патерсон Т. (2006). OMICS: журнал интегративной биологии 10: 220–230.
  3. ^ «Avibase - система баз данных для управления и организации таксономических концепций». , Лепаж, Денис, Гаурав Вайдья и Роберт Гуралник, ZooKeys , 420 (25 июня 2014 г.): 117–35.
  4. ^ «Таксономия для людей или компьютеров? Когнитивная прагматика для больших данных». Стернер, Беккет и Нико М. Франц. 2017. Биологическая теория 12 (2): 99–111.
  5. ^ Чтобы повысить доверие, измените социальный дизайн, лежащий в основе агрегированных данных о биоразнообразии. Франц, Нико М. и Беккет В. Стернер. 2018. База данных 2018 (январь).
  6. ^ «Управление таксономической переменной: разрешение таксономической концепции для портала гербария юго-востока США». Франц, Нико, Эдвард Гилберт, Бертрам Людешер и Алан Уикли. 2016. Исследовательские идеи и результаты 2 (сентябрь): e10610.
  7. ^ Контрольный список птиц мира eBird / Clements: v2019 Clements, JF, TS Schulenberg, MJ Iliff, SM Billerman, TA Fredericks, BL Sullivan и CL Wood. 2019.
  8. ^ Справочник птиц мира и цифровой контрольный список птиц мира BirdLife International. Версия 4. HBW и BirdLife International (декабрь 2019 г.)
  9. ^ Всемирный список птиц МОК (v10.1) Gill F, Donsker & P Rasmussen (Eds). 2020.
  10. ^ Полный контрольный список Ховарда и Мура для птиц мира, версия 4.1 (Загружаемый контрольный список) Christidis et al. 2018.
  11. ^ "Avibase - Всемирная база данных птиц" . avibase.bsc-eoc.org .
  12. ^ "Avibase - Всемирная база данных птиц" . avibase.bsc-eoc.org .
  13. ^ «Глобальные меры эволюционной изоляции могут захватить ключевые местные природоохранные виды в неарктических и неотропических сообществах птиц». Реддинг, Дэвид В., Арне О. Мурс, Чаган Х. Чекерчоглу и Бен Коллен. 2015. Философские труды Королевского общества B: Биологические науки 370 (1662): 20140013.
  14. ^ «Сохранение в Австралии и Неотропической Америке: создание научного потенциала, равного вызовам». Родригес, Джон Пол, Хавьер А. Симонетти, Андреа Премоли и Мигель Анджело Марини. 2005. Биология сохранения 19 (3): 969–72.
  15. ^ «Неожиданные ассоциации птичьего пернатого клеща, выявленные с помощью метабаркодирования ДНК, раскрывают динамический экоэволюционный сценарий». Донья, Хорхе, Давид Серрано, Сергей Миронов, Алисия Монтесинос-Наварро и Роджер Джовани. 2019. Молекулярная экология 28 (2): 379–90.
  16. ^ «Глобальные факторы богатства и распространенности патогенов человека». Данн, Роберт Р., Т. Джонатан Дэвис, Нима К. Харрис и Майкл С. Гэвин. 2010. Труды Королевского общества B: Биологические науки 277 (1694): 2587–95.
  17. ^ «Координация разногласий как альтернатива консенсусной классификации: выводы из систематики для био-онтологий». Стернер, Беккет, Джоэри Виттевин и Нико Франц. 2020. История и философия наук о жизни 42 (1): 8.
  18. ^ «Таксономия нуждается в плюрализме, но контролируемом и управляемом». . Минелли, Алессандро. 2020. Megataxa 1 (1): 9–18.
  19. ^ «Стандартизированный набор справочных данных для разрешения названий таксонов позвоночных». Цермольо, Паула Ф., Роберт П. Гуралник и Джон Р. Вичорек. 2016. PLoS ONE 11 (1): e0146894.
  20. ^ «Контрольный список североамериканских птиц (онлайн)». Chesser, RT, KJ Burns, C. Cicero, JL Dunn, AW Kratter, IJ Lovette, PC Rasmussen, JV Remsen, Jr., DF Stotz и K. Winker. 2019. Американское орнитологическое общество.
  21. ^ "Проект таксона Викиданных" .

Ссылки [ править ]

  • Митч, Лесли (2004), «Где осмеливаются орлы и воробьи», Science , 304 : 935, JSTOR  3836936
  • Лепаж, Денис; Вайдья, Гаурав; Gulralnick, Роберт (2014), "Avibase - это система базы данных для управления и организации таксономических концепций", ZooKeys (420): 117-135, DOI : 10,3897 / zookeys.420.7089 , PMC  4109484 , PMID  25061375
  • Что в имени? Изменение значений биологических имен , Pensoft Publishers, 2014 г.
  • Remsen, Дэвид (2016), "Использование и пределы научных названий в биологической информатики", ZooKeys (550): 207-223, DOI : 10,3897 / zookeys.550.9546 , PMC  4741222 , PMID  26877660
  • Дикинсон, Эдвард К. (2016), «Укрепление основ орнитологической номенклатуры: заполнение пробелов в историческом наследии библиографических исследований Шерборна и Ричмонда», ZooKeys (550): 107–134, doi : 10.3897 / zookeys.550.9546 , PMID  26877660
  • Стернер, Беккет; Франца, Нико М. (2017), "таксономическая для людей или компьютеров Когнитивный ПРАГМАТИКА для больших данных?" , Биологическая теория , 12 (2): 99-111, DOI : 10.1007 / s13752-017-0259-5 , S2CID  90423947
  • Christidis, Les; Гарнетт, Стивен Т. (2017), «Таксономическая анархия препятствует сохранению», Nature , 546 (7656): 25–27, Bibcode : 2017Natur.546 ... 25G , doi : 10.1038 / 546025a , PMID  28569833
  • Вайдья, Гаурав; Лепаж, Денис; Гулральник, Роберт (2018), «Темп и режим процесса таксономической коррекции: как систематики исправляли и регистрировали североамериканские виды птиц за последние 127 лет», PLOS One , 13 (4): e0195736, Bibcode : 2018PLoSO .. 1395736V , DOI : 10.1371 / journal.pone.0195736 , PMID  29672539

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт