Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Стилизованный вид карбоксисомы и родственных бактериальных структур, таких как микрокомпартменты утилизации пропандиола (Pdu) и утилизации этаноламина (Eut). Разные гексамерные белки оболочки BMC, выполняющие различные функции в оболочке, показаны разными оттенками синего цвета. Пентамерные вершинные белки показаны пурпурным цветом. Инкапсулированные ферменты показаны зеленым цветом и расположены слоями. [Изображение: Т. Йейтс]

Бактериальные микрокомпартменты ( BMC ) представляют собой органеллоподобные структуры, состоящие из белковой оболочки, в которой находятся ферменты и другие белки . BMC обычно имеют диаметр около 40–200 нанометров и полностью состоят из белков. [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] Оболочка функционирует как мембрана, поскольку она избирательно проницаема. [2] [4] [6] [8] [9] Другие белковые компартменты, обнаруженные у бактерий и архей, включают нанокомпартменты инкапсулина [10] игазовые пузырьки . [11]

Открытие [ править ]

Дополнительная информация: Carboxysome

Первые наблюдались контроллеры BMC в 1950 - х годах в электронных микрофотографиях цианобактерий , [12] , а затем были названы карбоксисомы после того, как была установлена их роль в фиксации углерода. [13] До 1990-х годов карбоксисомы считались диковинкой, присущей некоторым автотрофным бактериям. Но тогда гены , кодирующие белки , гомологичные таковым из карбоксисомы оболочки были определены в ПБД (использование пропандиола) [14] и эвт (использование этаноламина) [15] оперона . Впоследствии электронные микрофотографии клеток сальмонеллы, выращенных на пропандиоле [16] илиэтаноламин [17] показал наличие многогранных телец, подобных карбоксисомам. Термин метаболосома используется для обозначения таких катаболических BMC (в отличие от автотрофной карбоксисомы).

Хотя карбоксисомы, BMC, использующие пропандиол (PDU) и этаноламин (EUT), инкапсулируют разные ферменты и, следовательно, выполняют разные функции, гены, кодирующие белки оболочки, очень похожи. Большинство генов (кодирующих белки оболочки и инкапсулированные ферменты) из экспериментально охарактеризованных BMC расположены рядом друг с другом в различных генетических локусах или оперонах. В настоящее время секвенировано более 20 000 бактериальных геномов, и методы биоинформатики могут использоваться для поиска всех генов оболочки BMC и изучения того, какие другие гены находятся поблизости, создавая список потенциальных BMC. [6] [18] [19] В 2014 году комплексное исследование выявило 23 различных локуса, кодирующих до 10 функционально различных BMC в 23 бактериальных клетках.тип . [19]

Снаряды [ править ]

Семейства белков, образующие оболочку [ править ]

Оболочка BMC выглядит икосаэдрической или квазиикосаэдрической [20] и состоит из (псевдо) гексамерных и пентамерных белковых субъединиц.

Три типа белков (BMC-H, BMC-T и BMC-P), как известно, образуют оболочку BMC. Инкапсулированные ферменты / белки (показаны фиолетовым, красным и бирюзовым) составляют последовательность метаболических реакций.

Семейство белков оболочки BMC [ править ]

Основная статья: BMC домен

Основными составляющими оболочки BMC являются белки, содержащие домен (ы) Pfam00936. Эти белки образуют олигомеры гексагональной формы, которые, как считается, образуют грани оболочки. [2] [21] [22]

Однодоменные белки (BMC-H) [ править ]

Белки BMC-H, которые содержат единственную копию домена Pfam00936, являются наиболее распространенным компонентом фасеток оболочки. Были определены кристаллические структуры ряда этих белков, показывающие, что они собираются в циклические гексамеры, обычно с небольшой порой в центре. [2] Предполагается, что это отверстие участвует в избирательном переносе небольших метаболитов через оболочку.

Белки тандемного домена (BMC-T) [ править ]

Подмножество белков оболочки состоит из тандемных (слитых) копий домена Pfam00936 (белки BMC-T). Структурно охарактеризованные белки BMC-T образуют тримеры, которые имеют псевдогексамерную форму. [23] [24] [25] Некоторые кристаллические структуры BMC-T показывают, что тримеры могут складываться лицом к лицу. В таких структурах одна пора от одного тримера находится в «открытой» конформации, а другая - в закрытой, что позволяет предположить, что может существовать механизм, похожий на воздушный шлюз, который модулирует проницаемость некоторых оболочек BMC. [23] [26] Другая подгруппа белков BMC-T содержит кластер [4Fe-4S] и может участвовать в транспорте электронов через оболочку BMC. [27] [28] [29] [30] [31]

Семейство EutN / CcmL (BMC-P) [ править ]

Двенадцать пятиугольников необходимы, чтобы покрыть вершины икосаэдрической оболочки. Кристаллические структуры белков семейства EutN / CcmL (Pfam03319) были решены, и они обычно образуют пентамеры (BMC-P). [32] [33] [34] Важность белков BMC-P в формировании оболочки, по-видимому, различается для разных BMC. Было показано, что они необходимы для формирования оболочки PDU BMC, поскольку мутанты, в которых ген белка BMC-P был удален, не могут образовывать оболочки [35], но не для альфа-карбоксисомы: без BMC-P белки, карбоксисомы по-прежнему будут собираться, и многие из них имеют удлиненную форму; эти мутантные карбоксисомы кажутся «дырявыми». [36]

Происхождение BMC и связь с вирусными капсидами [ править ]

Хотя оболочка BMC архитектурно подобна многим вирусным капсидам, не было обнаружено, что белки оболочки имеют какую-либо структурную или последовательную гомологию с белками капсида. Вместо этого сравнение структур и последовательностей предполагает, что и BMC-H (и BMC-T), и BMC-P, скорее всего, произошли от истинных клеточных белков, а именно, сигнального белка PII и белка, содержащего OB-складчатый домен, соответственно. [37] Геометрия мембраны BMC представляет собой многогранник, который объясняется рассмотрением многокомпонентных оболочек. [38]

Проницаемость оболочки [ править ]

Хорошо известно, что ферменты упакованы в оболочку BMC и что должна происходить некоторая степень секвестрации метаболитов и кофакторов. [4] Однако, другие метаболиты и кофакторы также должны проходить через оболочку, чтобы BMC функционировали. Например, в карбоксисомах рибулозо-1,5-бисфосфат, бикарбонат и фосфоглицерат должны проходить через оболочку, в то время как диффузия углекислого газа и кислорода явно ограничена. [39] [40] Точно так же для PDU BMC оболочка должна быть проницаемой для пропандиола, пропанола, пропионилфосфата и, возможно, также для витамина B12, но ясно, что пропионовый альдегид каким-то образом изолирован, чтобы предотвратить повреждение клеток. [41] Есть некоторые свидетельства того, что АТФ также должен пересекать некоторые оболочки BMC. [4]

Было высказано предположение, что центральные поры, образованные в гексагональных белковых плитках оболочки, являются каналами, по которым метаболиты диффундируют в оболочку. [2] [21] Например, поры в оболочке карбоксисом имеют общий положительный заряд, который, как предполагалось, привлекает отрицательно заряженные субстраты, такие как бикарбонат. [2] [4] [9] [21] В микрокомпартменте PDU эксперименты по мутагенезу показали, что поры белка оболочки PduA являются путем проникновения субстрата пропандиола. [42] Для более крупных метаболитов очевиден стробирующий механизм в некоторых белках BMC-T. [23] [26] [43]В микрокомпартменте EUT закрытие большой поры в белке оболочки EutL регулируется присутствием основного метаболического субстрата, этаноламина. [44]

Присутствие железо-серных кластеров в некоторых белках оболочки, предположительно в центральной поре, привело к предположению, что они могут служить каналом, по которому электроны могут перемещаться через оболочку. [27] [30] [31]

Типы [ править ]

Недавний всесторонний обзор данных последовательности микробного генома показал до десяти различных метаболических функций, инкапсулированных оболочками BMC. [19] Большинство из них участвует либо в фиксации углерода (карбоксисомы), либо в окислении альдегидов (метаболосомы). [19]

Обобщенная функциональная схема для экспериментально охарактеризованных BMC. (А) Карбоксисомы. (B) Метаболосома. Реакции, выделенные серым цветом, - это периферические реакции на основной химический состав BMC. Олигомеры белков оболочки BMC изображены слева: синий - BMC-H; голубой, BMC-T; желтый, BMC-P. 3-PGA, 3-фосфоглицерат и RuBP, рибулозо-1,5-бисфосфат. [19]

Карбоксисомы: фиксация углерода [ править ]

Основная статья: Carboxysome
Электронные микрофотографии, показывающие альфа-карбоксисомы из хемоавтотрофной бактерии Halothiobacillus neapolitanus : (A) расположены внутри клетки и (B) не повреждены после выделения. Шкала показывает 100 нм. [21]

Карбоксисомы инкапсулируют рибулозо-1,5-бисфосфаткарбоксилазу / оксигеназу (RuBisCO) и карбоангидразу в углерод-фиксирующих бактериях как часть механизма концентрации углерода. [45] Бикарбонат перекачивается в цитозоль и диффундирует в карбоксисому, где карбоангидраза превращает его в диоксид углерода, субстрат RuBisCO. Считается, что карбоксисомная оболочка слабо проницаема для углекислого газа, что приводит к эффективному увеличению концентрации углекислого газа вокруг RuBisCO, тем самым усиливая фиксацию углерода. [40] [46]Мутанты, у которых отсутствуют гены, кодирующие оболочку карбоксисом, демонстрируют фенотип, требующий высокого содержания углерода, из-за потери концентрации диоксида углерода, что приводит к усилению фиксации кислорода RuBisCO. Оболочки также были предложены для ограничения диффузии кислорода [9] [40], таким образом предотвращая реакцию оксигеназы, уменьшая неэффективное фотодыхание. [39]

Электронная микрофотография клетки Synechococcus elongatus PCC 7942, показывающая карбоксисомы в виде многогранных темных структур. Шкала показывает 500 нм.

Метаболосомы: окисление альдегидов [ править ]

В дополнение к анаболическим карбоксисомам, было охарактеризовано несколько катаболических BMC, которые участвуют в гетеротрофном метаболизме через короткоцепочечные альдегиды; все вместе они называются метаболосомами. [4] [17]

Эти BMC имеют общий инкапсулированный химический состав, управляемый тремя основными ферментами: альдегиддегидрогеназой, алкогольдегидрогеназой и фосфотрансацилазой. [4] [19] [47] Поскольку альдегиды могут быть токсичными для клеток [41] и / или летучими [48] , считается, что они изолированы внутри метаболосомы. Альдегид первоначально связывается с коферментом А с помощью НАД + -зависимой альдегиддегидрогеназы, но эти два кофактора должны быть переработаны, поскольку они, по-видимому, не могут пересекать оболочку. [49] [50] Эти реакции рециркуляции катализируются алкогольдегидрогеназой (НАД +), [49] и фосфотрансацетилазой (кофермент A), [50]в результате образуется фосфорилированное ацильное соединение, которое легко может быть источником фосфорилирования на уровне субстрата или вступать в центральный метаболизм, в зависимости от того, растет ли организм в аэробных или анаэробных условиях. [41] Похоже, что большинство, если не все, метаболосомы используют эти основные ферменты. Метаболосомы также инкапсулируют другой фермент, специфичный для исходного субстрата BMC, который генерирует альдегид; это считается фирменным ферментом BMC. [4] [19]

PDU BMC [ править ]

Электронная микрофотография клетки Escherichia coli, экспрессирующей гены PDU BMC (слева), и очищенных PDU BMC из того же штамма (справа).

Некоторые бактерии могут использовать 1,2-пропандиол в качестве источника углерода. Они используют BMC для инкапсуляции нескольких ферментов, используемых в этом пути (Sampson and Bobik, 2008). PDU BMC обычно кодируется локусом 21 гена. Этих генов достаточно для сборки BMC, поскольку они могут быть трансплантированы от одного типа бактерии к другому, что приводит к функциональной метаболосоме у реципиента. [29] Это пример биоинженерии, который также предоставляет доказательства в поддержку гипотезы эгоистичного оперона. [51] 1,2-пропандиол дегидратируется до пропиональдегида пропандиолдегидратазой, для которой необходим витамин B12 в качестве кофактора. [52] Пропионовый альдегид вызывает мутации ДНК и, как результат, токсичен для клеток, что, возможно, объясняет, почему это соединение изолировано внутри BMC.[41] Конечными продуктами PDU BMC являются пропанол и пропионилфосфат, который затем дефосфорилируется до пропионата, образуя один АТФ. Пропанол и пропионат можно использовать в качестве субстратов для роста. [41]

EUT BMC [ править ]

КМК с использованием этаноламина (EUT) кодируются многими различными типами бактерий. [19] Этаноламин расщепляется на аммиак и ацетальдегид под действием этаноламин-аммиачной лиазы, которая также требует витамина B12 в качестве кофактора. [53] Ацетальдегид довольно летуч, а мутанты, дефицитные по оболочке BMC, имеют дефект роста и выделяют избыточное количество ацетальдегида. [48] Было высказано предположение, что секвестрация ацетальдегида в метаболосоме предотвращает его потерю из-за летучести. [48]Конечными продуктами EUT BMC являются этанол и ацетилфосфат. Этанол, вероятно, является потерянным источником углерода, но ацетилфосфат может либо генерировать АТФ, либо рециклироваться в ацетил-КоА и вступать в цикл TCA или несколько биосинтетических путей. [17]

Бифункциональные контроллеры PDU / EUT BMC [ править ]

Некоторые бактерии, особенно из рода Listeria , кодируют один локус, в котором присутствуют гены как PDU, так и EUT BMC. [19] Пока не ясно, действительно ли это химерный BMC со смесью обоих наборов белков или образуются два отдельных BMC.

BMC, содержащие глицилрадикальные ферменты (GRM) [ править ]

Было идентифицировано несколько различных локусов BMC, которые содержат ферменты глицил-радикала [18] [19], которые получают каталитический радикал от расщепления s-аденозилкобаламина. [54] Было показано, что один локус GRM в Clostridium phytofermentans участвует в ферментации фукозы и рамнозы, которые первоначально разлагаются до 1,2-пропандиола в анаэробных условиях. Предполагается, что фермент радикального глицила дегидратирует пропандиол до пропионового альдегида, который затем перерабатывается аналогично каноническому PDU BMC. [55]

Планктомицеты и веррукомикробия BMC (PVM) [ править ]

Разные клоны Planctomycetes и Verrucomicrobia кодируют локус BMC. Было показано, что локус в Planctomyces limnophilus участвует в аэробной деградации фукозы и рамнозы. Считается, что альдолаза вырабатывает лактальдегид, который затем обрабатывается через BMC, в результате чего получают 1,2-пропандиол и лактилфосфат. [47]

BMCs Rhodococcus и Mycobacterium (RMM) [ править ]

Два типа локусов BMC наблюдались у представителей родов Rhodococcus и Mycobacterium , хотя их фактическая функция не была установлена. [19] Однако, исходя из охарактеризованной функции одного из генов, присутствующих в локусе, и предполагаемых функций других генов, было высказано предположение, что эти локусы могут участвовать в деградации амино-2-пропанола. Альдегид, образующийся в этом предсказанном пути, будет чрезвычайно токсичным соединением метилглиоксалем; его секвестрация в BMC может защитить клетку. [19]

BMC неизвестной функции (BUF) [ править ]

Один тип локуса BMC не содержит RuBisCO или каких-либо основных метаболосомных ферментов и был предложен для облегчения третьей категории биохимических преобразований (т.е. не фиксации углерода или окисления альдегида). [19] Присутствие генов, кодирующих амидогидролазы и дезаминазы, может указывать на то, что этот BMC участвует в метаболизме азотистых соединений. [19]

Сборка [ править ]

Карбоксисомы [ править ]

Путь сборки бета-карбоксисом был идентифицирован и начинается с белка CcmM, образующего ядро ​​RuBisCO. [56] CcmM имеет два домена: N-концевой домен гамма-карбоангидразы, за которым следует домен, состоящий из трех-пяти повторов последовательностей, подобных малой субъединице RuBisCO. [57] C-концевой домен объединяет RuBisCO, вероятно, путем замены реальных малых субъединиц RuBisCO в холоферменте L8-S8, эффективно перекрестно связывая RuBisCO в клетке в один большой агрегат, называемый прокарбоксисомой. [56] N-концевой домен CcmM физически взаимодействует с N-концевым доменом белка CcmN, который, в свою очередь, рекрутирует субъединицы гексагонального белка оболочки через инкапсулирующий пептид на его C-конце. [58]Затем карбоксисомы пространственно выравниваются в цианобактериальной клетке посредством взаимодействия с бактериальным цитоскелетом, обеспечивая их равное распределение в дочерних клетках. [59]

Сборка альфа-карбоксисом может отличаться от сборки бета-карбоксисом [60], поскольку они не имеют белков, гомологичных CcmN или CcmM, и не содержат пептидов инкапсуляции. Пустые карбоксисомы наблюдались на электронных микрофотографиях. [61] Некоторые микрофотографии показывают, что их сборка происходит как одновременное слияние ферментов и белков оболочки, в отличие от, казалось бы, ступенчатого способа, наблюдаемого для бета-карбоксисом. Было показано, что для образования простых альфа-карбоксисом в гетерологичных системах необходимы только большая и малая субъединицы Rubisco, внутренний заякоренный белок CsoS2 и основной белок оболочки CsoS1A. [62]

Метаболосомы [ править ]

Сборка метаболосом, вероятно, аналогична сборке бета-карбоксисомы [4] [56] за счет начальной агрегации белков, которые должны быть инкапсулированы. Основные белки многих метаболосом агрегируются, когда экспрессируются по отдельности. [63] [64] [65] [66] Более того, многие инкапсулированные белки содержат концевые удлинения, которые поразительно похожи на С-концевой пептид CcmN, который рекрутирует белки оболочки. [58] [67] Эти инкапсулирующие пептиды короткие (около 18 остатков) и, как предполагается, образуют амфипатические альфа-спирали. [58] Было показано, что некоторые из этих спиралей опосредуют инкапсуляцию нативных ферментов в BMC, а также гетерологичных белков (таких как GFP). [58][68] [69] [70] [71]

Регулирование (генетическое) [ править ]

За исключением карбоксисом, во всех протестированных случаях BMC кодируются оперонами, которые экспрессируются только в присутствии их субстрата.

BMC PDU в Salmonella enterica индуцируются присутствием пропандиола или глицерина в анаэробных условиях и только пропандиола в аэробных условиях. [72] Эта индукция опосредуется глобальными белками-регуляторами Crp и ArcA (воспринимающими циклический AMP и анаэробные условия соответственно) [73] и регуляторным белком PocR, который является активатором транскрипции как для локусов pdu, так и для локусов cob (оперон необходим для синтеза витамина B12, необходимого кофактора пропандиолдегидратазы). [72]

BMC EUT в Salmonella enterica индуцируются регуляторным белком EutR при одновременном присутствии этаноламина и витамина B12, что может происходить в аэробных или анаэробных условиях. Salmonella enterica может производить эндогенный витамин B12 только в анаэробных условиях, хотя она может импортировать цианобаламин и преобразовывать его в витамин B12 либо в аэробных, либо в анаэробных условиях. [74]

КМК PVM у Planctomyces limnophilus индуцируются присутствием фукозы или рамнозы в аэробных условиях, но не глюкозой. [47] Аналогичные результаты были получены для GRM BMC из Clostridium phytofermentans , для которого оба сахара индуцируют гены, кодирующие BMC, а также гены, кодирующие диссимиляционные ферменты фукозы и рамнозы. [55]

Помимо охарактеризованных регуляторных систем, биоинформатические исследования показали, что существует потенциально много других регуляторных механизмов, даже в рамках функционального типа BMC (например, PDU), включая двухкомпонентные регуляторные системы. [19]

Актуальность для глобального здоровья и здоровья человека [ править ]

Карбоксисомы присутствуют во всех цианобактериях и многих других фото- и хемоавтотрофных бактериях. Цианобактерии являются глобально значимыми факторами фиксации углерода, и, поскольку в текущих атмосферных условиях для этого требуются карбоксисомы, карбоксисомы являются основным компонентом глобальной фиксации диоксида углерода.

Несколько типов BMC вовлечены в вирулентность патогенов, таких как Salmonella enterica и Listeria monocytogenes . Гены BMC, как правило, активизируются в условиях вирулентности, и их мутация приводит к дефекту вирулентности, судя по конкурентным экспериментам. [75] [76] [77] [78] [79]

Биотехнологические приложения [ править ]

Некоторые особенности BMC делают их привлекательными для биотехнологических приложений. Поскольку карбоксисомы увеличивают эффективность фиксации углерода, большая часть исследовательских усилий была направлена ​​на внедрение карбоксисом и необходимых переносчиков бикарбоната в хлоропласты растений, чтобы с некоторым успехом разработать механизм концентрирования CO2 в хлоропластах [80] [81] . [62]

В более общем плане, поскольку белки оболочки BMC собираются самостоятельно, могут быть сформированы пустые оболочки [35] [71], что побуждает усилия по их разработке, чтобы они содержали индивидуальный груз. Открытие инкапсулирующего пептида на концах некоторых BMC-ассоциированных белков [58] [68] предоставляет средства для начала конструирования индивидуальных BMC путем слияния чужеродных белков с этим пептидом и совместной экспрессии его с белками оболочки. Например, добавив этот пептид к пируватдекарбоксилазе и алкогольдегидрогеназе, исследователи сконструировали биореактор на основе этанола. [82]Наконец, поры, присутствующие в белках оболочки, контролируют проницаемость оболочки: они могут быть мишенью для биоинженерии, поскольку они могут быть изменены, чтобы позволить пересечение выбранных субстратов и продуктов. [83]

См. Также [ править ]

  • Эндомембранная система
  • Метаболический путь
  • Канал субстрата
  • Инкапсулины

Ссылки [ править ]

  1. ^ Чэн, Шоуцян; Лю, Ю; Кроули, Кристофер С .; Йейтс, Тодд О .; Бобик, Томас А. (2008). «Бактериальные микрокомпартменты: их свойства и парадоксы» . BioEssays . 30 (11–12): 1084–1095. DOI : 10.1002 / bies.20830 . ISSN  0265-9247 . PMC  3272490 . PMID  18937343 .
  2. ^ a b c d e f Kerfeld CA, Sawaya MR, Tanaka S, Nguyen CV, Phillips M, Beeby M, Yeates TO (август 2005 г.). «Белковые структуры, образующие оболочку примитивных бактериальных органелл». Наука . 309 (5736): 936–938. CiteSeerX 10.1.1.1026.896 . DOI : 10.1126 / science.1113397 . PMID 16081736 .  
  3. ^ Йейтс, Тодд O .; Kerfeld, Cheryl A .; Хайнхорст, Сабина; Кэннон, Гордон К .; Шивели, Джессап М. (2008). «Белковые органеллы в бактериях: карбоксисомы и родственные микрокомпартменты». Обзоры природы микробиологии . 6 (9): 681–691. DOI : 10.1038 / nrmicro1913 . ISSN 1740-1526 . PMID 18679172 .  
  4. ^ a b c d e f g h я Керфельд, Шерил А .; Эрбилгин, Онур (2015). «Бактериальные микрокомпартменты и модульное построение микробного метаболизма» . Тенденции в микробиологии . 23 (1): 22–34. DOI : 10.1016 / j.tim.2014.10.003 . ISSN 0966-842X . PMID 25455419 .  
  5. ↑ Cannon GC, Bradburne CE, Aldrich HC, Baker SH, Heinhorst S, Shively JM (декабрь 2001 г.). «Микрокомпартменты прокариот: карбоксисомы и родственные полиэдры» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (12): 5351–5361. DOI : 10,1128 / AEM.67.12.5351-5361.2001 . PMC 93316 . PMID 11722879 .  
  6. ^ a b c Керфельд, Шерил А .; Хайнхорст, Сабина; Кэннон, Гордон С. (2010). «Бактериальные микрокомпартменты» . Ежегодный обзор микробиологии (Представленная рукопись). 64 (1): 391–408. DOI : 10.1146 / annurev.micro.112408.134211 . ISSN 0066-4227 . PMID 20825353 .  
  7. ^ Йейтс, Тодд O .; Кроули, Кристофер С .; Танака, Шихо (2010). "Бактериальные микрокомпартментные органеллы: структура и эволюция белковой оболочки" . Анну. Rev. Biophys . 39 : 185–205. DOI : 10.1146 / annurev.biophys.093008.131418 . PMC 3272493 . PMID 20192762 .  
  8. ^ Йейтс, Тодд O .; Томпсон, Майкл С .; Бобик, Томас А. (2011). «Белковые оболочки органелл микрокомпартментов бактерий» . Curr. Мнение. Struct. Биол . 21 (2): 223–231. DOI : 10.1016 / j.sbi.2011.01.006 . PMC 3070793 . PMID 21315581 .  
  9. ^ a b c Кинни, Джеймс Н .; Axen, Seth D .; Керфельд, Шерил А. (2011). «Сравнительный анализ белков оболочки карбоксисом» . Фотосинтез Исследования . 109 (1–3): 21–32. DOI : 10.1007 / s11120-011-9624-6 . ISSN 0166-8595 . PMC 3173617 . PMID 21279737 .   
  10. ^ Саттер, Маркус; Берингер, Даниэль; Гутманн, Саша; Гюнтер, Сюзанна; Прангишвили, Давид; Лесснер, Мартин Дж; Стеттер, Карл О; Вебер-Бан, Эйлика; Бан, Ненад (2008). «Структурные основы инкапсуляции фермента в бактериальный нанокомпартмент». Структурная и молекулярная биология природы . 15 (9): 939–947. DOI : 10.1038 / nsmb.1473 . ЛВП : 20.500.11850 / 150838 . ISSN 1545-9993 . PMID 19172747 .  
  11. Перейти ↑ Pfeifer, Felicitas (2012). «Распространение, образование и регуляция газовых пузырьков». Обзоры природы микробиологии . 10 (10): 705–715. DOI : 10.1038 / nrmicro2834 . ISSN 1740-1526 . PMID 22941504 .  
  12. ^ Г. Drews & W. NIKLOWITZ (1956). «[Цитология Cyanophycea. II. Центроплазма и зернистые включения Phormidium uncinatum]». Archiv für Mikrobiologie . 24 (2): 147–162. PMID 13327992 . 
  13. ^ Шивели JM, Болл F, Браун DH, Сондерс RE (ноябрь 1973). «Функциональные органеллы прокариот: полиэдрические включения (карбоксисомы) Thiobacillus neapolitanus». Наука . 182 (4112): 584–586. DOI : 10.1126 / science.182.4112.584 . PMID 4355679 . 
  14. ^ П. Чен , Д. И. Андерссон и Дж. Р. Рот (сентябрь 1994 г.). «Контрольная область регулона pdu / cob в Salmonella typhimurium» . Журнал бактериологии . 176 (17): 5474–5482. DOI : 10.1128 / jb.176.17.5474-5482.1994 . PMC 196736 . PMID 8071226 .  
  15. ^ I. Стоилькович , AJ Baumler & F. Heffron (март 1995). «Использование этаноламина в Salmonella typhimurium: нуклеотидная последовательность, экспрессия белка и мутационный анализ кластера генов cchA cchB eutE eutJ eutG eutH» . Журнал бактериологии . 177 (5): 1357–1366. DOI : 10.1128 / jb.177.5.1357-1366.1995 . PMC 176743 . PMID 7868611 .  
  16. ^ Бобик TA, Хавеманна GD, Busch RJ, Williams DS, Aldrich HC (октябрь 1999). «Оперон утилизации пропандиола (pdu) серовара Typhimurium LT2 Salmonella enterica включает гены, необходимые для образования полиэдрических органелл, участвующих в коферментной B (12) -зависимой деградации 1,2-пропандиола» . Журнал бактериологии . 181 (19): 5967–5975. DOI : 10.1128 / JB.181.19.5967-5975.1999 . PMC 103623 . PMID 10498708 .  
  17. ^ а б в Brinsmade, SR; Paldon, T .; Эскаланте-Семерена, JC (2005). «Минимальные функции и физиологические условия, необходимые для роста Salmonella enterica на этаноламине в отсутствие метаболосомы» . Журнал бактериологии . 187 (23): 8039–8046. DOI : 10.1128 / JB.187.23.8039-8046.2005 . ISSN 0021-9193 . PMC 1291257 . PMID 16291677 .   
  18. ^ a b Жорда, Жюльен; Лопес, Дэвид; Уитли, Николь М .; Йейтс, Тодд О. (2013). «Использование сравнительной геномики для открытия новых видов метаболических органелл на основе белков у бактерий» . Белковая наука . 22 (2): 179–195. DOI : 10.1002 / pro.2196 . ISSN 0961-8368 . PMC 3588914 . PMID 23188745 .   
  19. ^ a b c d e f g h i j k l m n o Axen, Seth D .; Эрбилгин, Онур; Керфельд, Шерил А. (2014). «Таксономия бактериальных локусов микрокомпартментов, построенная с помощью нового метода подсчета очков» . PLOS Вычислительная биология . 10 (10): e1003898. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1003898 . ISSN 1553-7358 . PMC 4207490 . PMID 25340524 .   
  20. ^ Верницци, G; Скнепнек, Р; Ольвера де ла Крус, М. (15 марта 2011 г.). «Платоновы и архимедовы геометрии в многокомпонентных эластичных мембранах» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (11): 4292–6. DOI : 10.1073 / pnas.1012872108 . PMID 21368184 . 
  21. ^ a b c d Tsai Y, Sawaya MR, Cannon GC, Cai F, Williams EB, Heinhorst S, Kerfeld CA, Yeates TO (июнь 2007 г.). «Структурный анализ CsoS1A и белковой оболочки карбоксисомы Halothiobacillus neapolitanus» . PLOS Биология . 5 (6): e144. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0050144 . PMC 1872035 . PMID 17518518 .  
  22. ^ Драйден, штат Калифорния; Кроули, CS; Tanaka, S .; Йейтс, ТО; Йегер, М. (2009). «Двумерные кристаллы белков карбоксисомной оболочки повторяют гексагональную упаковку трехмерных кристаллов» . Белковая наука . 18 (12): 2629–2635. DOI : 10.1002 / pro.272 . PMC 2821281 . PMID 19844993 .  
  23. ^ a b c Кляйн, Майкл Дж .; Зварт, Питер; Бэгби, Сара С .; Цай, Фэй; Chisholm, Sallie W .; Хайнхорст, Сабина; Кэннон, Гордон К .; Керфельд, Шерил А. (2009). «Идентификация и структурный анализ нового карбоксисомного белка оболочки с последствиями для транспорта метаболитов». Журнал молекулярной биологии . 392 (2): 319–333. DOI : 10.1016 / j.jmb.2009.03.056 . hdl : 1721,1 / 61355 . ISSN 0022-2836 . PMID 19328811 .  
  24. ^ Sagermann, M .; Отаки, А .; Николакакис, К. (2009). «Кристаллическая структура белка оболочки EutL микрокаппарата этаноламин аммиаклиазы» . Труды Национальной академии наук . 106 (22): 8883–8887. DOI : 10.1073 / pnas.0902324106 . ISSN 0027-8424 . PMC 2690006 . PMID 19451619 .   
  25. ^ Heldt, Дана; Фрэнк, Стефани; Сейедараби, Арефех; Ладикис, Димитриос; Парсонс, Джошуа Б.; Уоррен, Мартин Дж .; Пикерсгилл, Ричард В. (2009). «Структура тримерного белка оболочки микрокомпонентов бактерий, EtuB, связанная с утилизацией этанола в Clostridium kluyveri». Биохимический журнал . 423 (2): 199–207. DOI : 10.1042 / BJ20090780 . ISSN 0264-6021 . PMID 19635047 .  
  26. ^ a b Cai, F .; Sutter, M .; Кэмерон, JC; Стэнли, DN; Кинни, JN; Керфельд, Калифорния (2013). «Структура CcmP, тандемного бактериального белка домена микрокомпартмента из -карбоксисомы, образует субкомпартмент внутри микрокомпартмента» . Журнал биологической химии . 288 (22): 16055–16063. DOI : 10.1074 / jbc.M113.456897 . ISSN 0021-9258 . PMC 3668761 . PMID 23572529 .   
  27. ^ а б Кроули, Кристофер С .; Cascio, Duilio; Савая, Майкл Р .; Kopstein, Jefferey S .; Bobik, Thomas A .; Йейтс, Тодд О. (2010). "Структурное понимание механизмов переноса через оболочку микрокомпонентов Salmonella Enterica Pdu" . Журнал биологической химии . 285 (48): 37838–37846. DOI : 10.1074 / jbc.M110.160580 . PMC 2988387 . PMID 20870711 .  
  28. ^ Панг, Аллан; Уоррен, Мартин Дж .; Пикерсгилл, Ричард В. (2011). «Структура PduT, тримерного бактериального микрокомпонентного белка с участком связывания кластера 4Fe – 4S». Acta Crystallographica Раздел D . 67 (2): 91–96. DOI : 10.1107 / S0907444910050201 . ISSN 0907-4449 . PMID 21245529 .  
  29. ^ а б Парсонс, JB; Динеш, С.Д .; Deery, E .; Пиявка, HK; Бриндли, АА; Heldt, D .; Франк, S .; Smales, CM; Lunsdorf, H .; Rambach, A .; Газ, MH; Bleloch, A .; МакКлин, KJ; Манро, AW; Ригби, SEJ; Уоррен, MJ; Прентис, МБ (2008). «Биохимические и структурные взгляды на бактериальную форму органелл и биогенез» . Журнал биологической химии . 283 (21): 14366–14375. DOI : 10.1074 / jbc.M709214200 . ISSN 0021-9258 . PMID 18332146 .  
  30. ^ a b Парсонс, Джошуа Б .; Лоуренс, Эндрю Д .; Маклин, Кирсти Дж .; Манро, Эндрю В .; Ригби, Стивен Э.Дж.; Уоррен, Мартин Дж. (2010). «Характеристика PduS, pdu Metabolosome Corrin Reductase, и доказательства субструктурной организации в бактериальном микрокомпартменте» . PLOS ONE . 5 (11): e14009. DOI : 10.1371 / journal.pone.0014009 . ISSN 1932-6203 . PMC 2982820 . PMID 21103360 .   
  31. ^ a b Томпсон, Майкл С .; Уитли, Николь М .; Жорда, Жюльен; Савая, Майкл Р .; Гиданиян, Сохейл; Ахмед, Хода; Ян, Z; Маккарти, Кристалл; Уайтлегдж, Жюльен; Йейтс, Тодд О. (2014). «Идентификация уникального сайта связывания кластера Fe-S в белке оболочки микрокомпартментов глицил-радикального типа» . Журнал молекулярной биологии . 426 (19): 3287–3304. DOI : 10.1016 / j.jmb.2014.07.018 . PMC 4175982 . PMID 25102080 .  
  32. ^ Танака, S .; Керфельд, Калифорния; Савая, MR; Cai, F .; Heinhorst, S .; Пушка, GC; Йейтс, ТО (2008). "Модели на атомном уровне оболочки бактериальных карбоксисом". Наука . 319 (5866): 1083–1086. DOI : 10.1126 / science.1151458 . ISSN 0036-8075 . PMID 18292340 .  
  33. ^ Саттер, Маркус; Уилсон, Стивен С.; Дойч, Самуэль; Керфельд, Шерил А. (2013). «Две новые кристаллические структуры пентамерных белков карбоксисом с высоким разрешением демонстрируют высокую структурную консервативность ортологов CcmL среди отдаленно родственных видов цианобактерий». Фотосинтез Исследования . 118 (1–2): 9–16. DOI : 10.1007 / s11120-013-9909-z . ISSN 0166-8595 . PMID 23949415 .  
  34. ^ Уитли, Николь М .; Gidaniyan, Soheil D .; Лю, Юйси; Cascio, Duilio; Йейтс, Тодд О. (2013). «Оболочки микрокомпонентов бактерий разного функционального типа обладают пентамерными вершинными белками» . Белковая наука . 22 (5): 660–665. DOI : 10.1002 / pro.2246 . ISSN 0961-8368 . PMC 3649267 . PMID 23456886 .   
  35. ^ a b Парсонс, Джошуа Б .; Фрэнк, Стефани; Бхелла, Дэвид; Лян, Минчжи; Прентис, Майкл Б.; Mulvihill, Daniel P .; Уоррен, Мартин Дж. (2010). «Синтез пустых бактериальных микрокомпартментов, направленное включение белков органелл и доказательства движения органелл, связанных с нитями» (PDF) . Молекулярная клетка . 38 (2): 305–315. DOI : 10.1016 / j.molcel.2010.04.008 . ISSN 1097-2765 . PMID 20417607 .   
  36. ^ Цай, Фэй; Menon, Balaraj B .; Кэннон, Гордон К .; Карри, Кеннет Дж .; Shively, Jessup M .; Хайнхорст, Сабина (2009). «Пентамерные вертексные белки необходимы для икосаэдрической карбоксисомной оболочки, чтобы функционировать в качестве барьера утечки CO2» . PLOS ONE . 4 (10): e7521. DOI : 10.1371 / journal.pone.0007521 . ISSN 1932-6203 . PMC 2760150 . PMID 19844578 .   
  37. ^ Крупович, М; Кунин, Е.В. (13 ноября 2017 г.). «Клеточное происхождение вирусных капсидоподобных бактериальных микрокомпартментов» . Биология Директ . 12 (1): 25. DOI : 10,1186 / s13062-017-0197-у . PMC 5683377 . PMID 29132422 .  
  38. ^ Верницци, G; Скнепнек, Р; Ольвера де ла Крус, М. (15 марта 2011 г.). «Платоновы и архимедовы геометрии в многокомпонентных эластичных мембранах» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (11): 4292–6. DOI : 10.1073 / pnas.1012872108 . PMID 21368184 . 
  39. ^ а б Маркус, Иегуда; Berry, JosephA .; Пирс, Джон (1992). «Фотосинтез и фотодыхание у мутанта цианобактерии Synechocystis PCC 6803, лишенного карбоксисом». Planta . 187 (4): 511–6. DOI : 10.1007 / BF00199970 . ISSN 0032-0935 . PMID 24178146 .  
  40. ^ a b c Dou, Z .; Heinhorst, S .; Уильямс, EB; Мурин, КД; Shively, JM; Кэннон, GC (2008). "Кинетика фиксации CO2 мутантными карбоксисомами Halothiobacillus neapolitanus, лишенными карбоангидразы, предполагает, что оболочка действует как диффузионный барьер для CO2" . Журнал биологической химии . 283 (16): 10377–10384. DOI : 10.1074 / jbc.M709285200 . ISSN 0021-9258 . PMID 18258595 .  
  41. ^ a b c d e Sampson, EM; Бобик, Т.А. (2008). «Микрокамеры для B12-зависимой деградации 1,2-пропандиола обеспечивают защиту от ДНК и повреждения клеток реактивным метаболическим промежуточным продуктом» . Журнал бактериологии . 190 (8): 2966–2971. DOI : 10.1128 / JB.01925-07 . ISSN 0021-9193 . PMC 2293232 . PMID 18296526 .   
  42. ^ Чоудхури, C .; Чун, Санни; Панг, Аллан; Савая, Майкл Р .; Sinha, S .; Йейтс, Тодд О .; Бобик, Томас А. (2015). «Селективный молекулярный транспорт через белковую оболочку бактериальной микрокомпартментной органеллы» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 112 (10): 2990–2995. DOI : 10.1073 / pnas.1423672112 . PMC 4364225 . PMID 25713376 .  
  43. ^ Танака, Шихо; Савая, Майкл Р .; Йейтс, Тодд О. (2010). «Структура и механизмы белковой органеллы у Escherichia coli». Наука . 327 (596): 81–84. DOI : 10.1126 / science.1179513 . PMID 20044574 . 
  44. ^ Томпсон, Майкл С .; Cascio, Duilio; Лейбли, Дэвид Дж .; Йейтс, Тодд О. (2015). «Аллостерическая модель для контроля открытия пор путем связывания субстрата в белке оболочки микрокомпонентов EutL» . Белковая наука . 24 (6): 956–975. DOI : 10.1002 / pro.2672 . PMC 4456109 . PMID 25752492 .  
  45. Перейти ↑ Murray R. Badger & G. Dean Price (февраль 2003 г.). «Механизмы концентрации СО2 в цианобактериях: молекулярные компоненты, их разнообразие и эволюция» . Журнал экспериментальной ботаники . 54 (383): 609–622. DOI : 10.1093 / JXB / erg076 . PMID 12554704 . 
  46. ↑ GD Price и MR Badger (октябрь 1989 г.). «Экспрессия карбоангидразы человека в Cyanobacterium Synechococcus PCC7942 создает фенотип с высоким содержанием CO (2): доказательства центральной роли карбоксисом в механизме концентрации CO (2)» . Физиология растений . 91 (2): 505–513. DOI : 10.1104 / pp.91.2.505 . PMC 1062030 . PMID 16667062 .  
  47. ^ a b c Эрбилгин, О .; McDonald, KL; Керфельд, Калифорния (2014). «Характеристика органелл Planctomycetal: новый бактериальный микрокомпартмент для аэробного разложения сахаридов растений» . Прикладная и экологическая микробиология . 80 (7): 2193–2205. DOI : 10,1128 / AEM.03887-13 . ISSN 0099-2240 . PMC 3993161 . PMID 24487526 .   
  48. ^ a b c Джозеф Т. Пенрод и Джон Р. Рот (апрель 2006 г.). «Сохранение летучих метаболитов: роль карбоксисомоподобных органелл в Salmonella enterica» . Журнал бактериологии . 188 (8): 2865–2874. DOI : 10.1128 / JB.188.8.2865-2874.2006 . PMC 1447003 . PMID 16585748 .  
  49. ^ а б Ченг, Шоуцян; Fan, Chenguang; Синха, Шармиштха; Бобик, Томас А. (2012). «Фермент PduQ представляет собой алкогольдегидрогеназу, используемую для рециркуляции NAD + внутри микрокомпонента Pdu Salmonella enterica» . PLOS ONE . 7 (10): e47144. DOI : 10.1371 / journal.pone.0047144 . ISSN 1932-6203 . PMC 3471927 . PMID 23077559 .   
  50. ^ а б Хьюзеби, DL; Рот, младший (2013). «Доказательства того, что метаболические микрокамеры содержат и перерабатывают частные пулы кофакторов» . Журнал бактериологии . 195 (12): 2864–2879. DOI : 10.1128 / JB.02179-12 . ISSN 0021-9193 . PMC 3697265 . PMID 23585538 .   
  51. Перейти ↑ JG Lawrence & JR Roth (август 1996). «Эгоистичные опероны: горизонтальный перенос может стимулировать эволюцию кластеров генов» . Генетика . 143 (4): 1843–1860. PMC 1207444 . PMID 8844169 .  
  52. ^ RM Джетер (май 1990). «Кобаламин-зависимая утилизация 1,2-пропандиола Salmonella typhimurium» . Журнал общей микробиологии . 136 (5): 887–896. DOI : 10.1099 / 00221287-136-5-887 . PMID 2166132 . 
  53. ↑ DM Roof и JR Roth (июнь 1989 г.). «Функции, необходимые для витамин B12-зависимого использования этаноламина у Salmonella typhimurium» . Журнал бактериологии . 171 (6): 3316–3323. DOI : 10.1128 / jb.171.6.3316-3323.1989 . PMC 210052 . PMID 2656649 .  
  54. ^ Фрей, Перри А .; Hegeman, Adrian D .; Ружичка, Фрэнк Дж. (2008). "Радикальное суперсемейство SAM". Критические обзоры в биохимии и молекулярной биологии . 43 (1): 63–88. DOI : 10.1080 / 10409230701829169 . ISSN 1040-9238 . PMID 18307109 .  
  55. ^ a b Пети, Эльза; ЛаТуф, В. Грег; Коппи, Маддалена В .; Warnick, Thomas A .; Карри, Девин; Ромашко, Игорь; Дешпанде, Суприя; Хаас, Келли; Alvelo-Maurosa, Jesús G .; Уордман, Колин; Шнелл, Дэнни Дж .; Leschine, Susan B .; Бланшар, Джеффри Л. (2013). "Участие бактериального микрокомпартмента в метаболизме фукозы и рамнозы Clostridium phytofermentans" . PLOS ONE . 8 (1): e54337. DOI : 10.1371 / journal.pone.0054337 . ISSN 1932-6203 . PMC 3557285 . PMID 23382892 .   
  56. ^ a b c Кэмерон, Джеффри С.; Уилсон, Стивен С.; Бернштейн, Сьюзен Л .; Керфельд, Шерил А. (2013). "Биогенез бактериальной органеллы: путь сборки карбоксисомы" . Cell . 155 (5): 1131–1140. DOI : 10.1016 / j.cell.2013.10.044 . ISSN 0092-8674 . PMID 24267892 .  
  57. ↑ Long BM, Badger MR, Whitney SM, Price GD (октябрь 2007 г.). «Анализ карбоксисом Synechococcus PCC7942 обнаруживает множественные комплексы Rubisco с карбоксисомными белками CcmM и CcaA» . Журнал биологической химии . 282 (40): 29323–29335. DOI : 10.1074 / jbc.M703896200 . PMID 17675289 . 
  58. ^ a b c d e Кинни, JN; Salmeen, A .; Cai, F .; Керфельд, Калифорния (2012). «Выявление важной роли консервативного карбоксисомального белка CcmN выявляет общую особенность сборки бактериальных микрокомпартментов» . Журнал биологической химии . 287 (21): 17729–17736. DOI : 10.1074 / jbc.M112.355305 . ISSN 0021-9258 . PMC 3366800 . PMID 22461622 .   
  59. ^ Savage, DF; Афонсу, Б .; Чен, АХ; Сильвер, Пенсильвания (2010). "Пространственно упорядоченная динамика машины бактериальной фиксации углерода". Наука . 327 (5970): 1258–1261. DOI : 10.1126 / science.1186090 . ISSN 0036-8075 . PMID 20203050 .  
  60. ^ Цай, Фэй; Доу, Чжичэн; Бернштейн, Сьюзен; Леверенц, Райан; Уильямс, Эрик; Хайнхорст, Сабина; Шивли, Джессап; Кэннон, Гордон; Керфельд, Шерил (2015). «Достижения в понимании сборки карбоксисом у прохлорококков и синехококков делают CsoS2 критическим компонентом» . Жизнь . 5 (2): 1141–1171. DOI : 10,3390 / life5021141 . ISSN 2075-1729 . PMC 4499774 . PMID 25826651 .   
  61. ^ Янку, Кристина В .; Моррис, Дилан М .; Доу, Чжичэн; Хайнхорст, Сабина; Кэннон, Гордон К .; Дженсен, Грант Дж. (2010). «Организация, структура и сборка α-карбоксисом, определенных с помощью электронной криотомографии интактных клеток» . Журнал молекулярной биологии . 396 (1): 105–117. DOI : 10.1016 / j.jmb.2009.11.019 . ISSN 0022-2836 . PMC 2853366 . PMID 19925807 .   
  62. ^ a b Лонг, BM; Хи, Вайоминг (2018). «Карбоксисомная инкапсуляция фермента, фиксирующего CO2, Rubisco в хлоропластах табака» . Nature Communications . 9 (1): 3570. DOI : 10.1038 / s41467-018-06044-0 . PMC 6120970 . PMID 30177711 .   
  63. ^ Николь А. Леал , Грегори Д. Хавеманн и Томас А. Бобик (ноябрь 2003 г.). «PduP представляет собой кофермент-α-ацилирующую пропиональдегиддегидрогеназу, связанную с полиэдрическими тельцами, участвующими в B12-зависимой деградации 1,2-пропандиола сероваром Typhimurium LT2 Salmonella enterica». Архив микробиологии . 180 (5): 353–361. DOI : 10.1007 / s00203-003-0601-0 . PMID 14504694 . 
  64. ^ Takamasa Tobimatsu , Масахиро Kawata и Тэцуо Toraya (март 2005). «N-концевые области бета- и гамма-субъединиц снижают растворимость аденозилкобаламин-зависимой диолдегидратазы» . Биологические науки, биотехнология и биохимия . 69 (3): 455–462. DOI : 10.1271 / bbb.69.455 . PMID 15784971 . 
  65. Перейти ↑ Liu Y, Leal NA, Sampson EM, Johnson CL, Havemann GD, Bobik TA (март 2007 г.). «PduL представляет собой эволюционно отличную фосфотрансацилазу, участвующую в B12-зависимой деградации 1,2-пропандиола с помощью Salmonella enterica serovar typhimurium LT2» . Журнал бактериологии . 189 (5): 1589–1596. DOI : 10.1128 / JB.01151-06 . PMC 1855771 . PMID 17158662 .  
  66. ^ Shibata, N .; Tamagaki, H .; Hieda, N .; Акита, К .; Komori, H .; Shomura, Y .; Terawaki, S.-i .; Мори, К .; Yasuoka, N .; Higuchi, Y .; Торая, Т. (2010). «Кристаллические структуры этаноламин-аммиак-лиазы в комплексе с аналогами и субстратами кофермента B12» . Журнал биологической химии . 285 (34): 26484–26493. DOI : 10.1074 / jbc.M110.125112 . ISSN 0021-9258 . PMC 2924083 . PMID 20519496 .   
  67. ^ Aussignargues, Клеман; Пааш, Брэдли С.; Гонсалес-Эскер, Рауль; Эрбилгин, Онур; Керфельд, Шерил А. (2015). «Сборка бактериальных микрокомпартментов: ключевая роль инкапсулирующих пептидов» . Коммуникативная и интегративная биология . 8 (3): 00. DOI : 10,1080 / 19420889.2015.1039755 . ISSN 1942-0889 . PMC 4594438 . PMID 26478774 .   
  68. ^ a b Fan, C .; Cheng, S .; Liu, Y .; Эскобар, CM; Кроули, CS; Джефферсон, RE; Йейтс, ТО; Бобик, Т.А. (2010). «Короткие N-концевые последовательности упаковывают белки в бактериальные микрокомпартменты» . Труды Национальной академии наук . 107 (16): 7509–7514. DOI : 10.1073 / pnas.0913199107 . ISSN 0027-8424 . PMC 2867708 . PMID 20308536 .   
  69. ^ Fan, C .; Бобик, Т.А. (2011). «N-концевая область средней субъединицы (PduD) упаковывает аденозилкобаламин-зависимую диолдегидратазу (PduCDE) в микрокомпартмент Pdu» . Журнал бактериологии . 193 (20): 5623–5628. DOI : 10.1128 / JB.05661-11 . ISSN 0021-9193 . PMC 3187188 . PMID 21821773 .   
  70. ^ Чоудхари, Свати; Куин, Морин Б.; Сандерс, Марк А .; Джонсон, Итан Т .; Шмидт-Даннерт, Клаудиа (2012). «Инженерные белковые нано-компартменты для целевой локализации ферментов» . PLOS ONE . 7 (3): e33342. DOI : 10.1371 / journal.pone.0033342 . ISSN 1932-6203 . PMC 3299773 . PMID 22428024 .   
  71. ^ a b Лассила, Джонатан К .; Бернштейн, Сьюзен Л .; Кинни, Джеймс Н .; Axen, Seth D .; Керфельд, Шерил А. (2014). «Сборка прочных бактериальных оболочек микрокомпонентов с использованием строительных блоков из органелл неизвестной функции». Журнал молекулярной биологии . 426 (11): 2217–2228. DOI : 10.1016 / j.jmb.2014.02.025 . ISSN 0022-2836 . PMID 24631000 .  
  72. ^ a b Т. А. Бобик , М. Эйлион и Дж. Р. Рот (апрель 1992 г.). «Один регуляторный ген объединяет контроль синтеза витамина B12 и деградации пропандиола» . Журнал бактериологии . 174 (7): 2253–2266. DOI : 10.1128 / jb.174.7.2253-2266.1992 . PMC 205846 . PMID 1312999 .  
  73. ^ М. Ailion , Т.А. Бобик & JR Рот (ноябрь 1993 года). «Две глобальные регуляторные системы (Crp и Arc) контролируют кобаламин / пропандиол регулон Salmonella typhimurium» . Журнал бактериологии . 175 (22): 7200–7208. DOI : 10.1128 / jb.175.22.7200-7208.1993 . PMC 206861 . PMID 8226666 .  
  74. ↑ DE Sheppard & JR Roth (март 1994). «Обоснование аутоиндукции активатора транскрипции: этаноламин-аммиак-лиаза (EutBC) и активатор оперона (EutR) конкурируют за аденозил-кобаламин у Salmonella typhimurium» . Журнал бактериологии . 176 (5): 1287–1296. DOI : 10.1128 / jb.176.5.1287-1296.1994 . PMC 205191 . PMID 8113167 .  
  75. ^ Джозеф Б, Przybilla К, Stühler С, Шауером К, Slaghuis Дж, Фукс ТМ, Гебель Вт (январь 2006 г.). «Идентификация генов Listeria monocytogenes, способствующих внутриклеточной репликации, путем профилирования экспрессии и скрининга мутантов» . Журнал бактериологии . 188 (2): 556–568. DOI : 10.1128 / JB.188.2.556-568.2006 . PMC 1347271 . PMID 16385046 .  
  76. ^ Йохен Клумпп и Тило М. Фукс (апрель 2007 г.). «Идентификация новых генов в геномных островках, которые способствуют репликации Salmonella typhimurium в макрофагах» . Микробиология . 153 (Pt 4): 1207–1220. DOI : 10.1099 / mic.0.2006 / 004747-0 . PMID 17379730 . 
  77. ^ Maadani А, Фокс К., Mylonakis E, Garsin DA (май 2007). «Мутации Enterococcus faecalis, влияющие на вирулентность у модельного хозяина Caenorhabditis elegans» . Инфекция и иммунитет . 75 (5): 2634–2637. DOI : 10.1128 / IAI.01372-06 . PMC 1865755 . PMID 17307944 .  
  78. ^ Харви, ПК; Watson, M .; Hulme, S .; Джонс, Массачусетс; Lovell, M .; Berchieri, A .; Young, J .; Bumstead, N .; Барроу, П. (2011). «Salmonella enterica Serovar Typhimurium, колонизирующая просвет кишечника цыпленка, медленно растет и активирует уникальный набор генов вирулентности и метаболизма» . Инфекция и иммунитет . 79 (10): 4105–4121. DOI : 10.1128 / IAI.01390-10 . ISSN 0019-9567 . PMC 3187277 . PMID 21768276 .   
  79. ^ Кендалл, ММ; Gruber, CC; Паркер, Коннектикут; Сперандио, В. (2012). «Этаноламин контролирует экспрессию генов, кодирующих компоненты, участвующие в передаче сигналов между царством и вирулентностью в энтерогеморрагической Escherichia coli O157: H7» . mBio . 3 (3): e00050–12 – e00050–12. DOI : 10,1128 / mBio.00050-12 . ISSN 2150-7511 . PMC 3372972 . PMID 22589288 .   
  80. ^ Лин, Мят Т .; Оккиалини, Алессандро; Андралойк, П. Джон; Девоншир, Жан; Хайнс, Кевин М .; Парри, Мартин AJ; Хэнсон, Морин Р. (2014). «β-Карбоксисомальные белки собираются в высокоорганизованные структуры в никотианахлоропластах» . Заводской журнал . 79 (1): 1–12. DOI : 10.1111 / tpj.12536 . ISSN 0960-7412 . PMC 4080790 . PMID 24810513 .   
  81. ^ Лин, Мят Т .; Оккиалини, Алессандро; Андралойк, П. Джон; Парри, Мартин AJ; Хэнсон, Морин Р. (2014). «Более быстрый Rubisco с потенциалом для увеличения фотосинтеза сельскохозяйственных культур» . Природа . 513 (7519): 547–550. DOI : 10,1038 / природа13776 . ISSN 0028-0836 . PMC 4176977 . PMID 25231869 .   
  82. ^ Лоуренс, Эндрю Д .; Фрэнк, Стефани; Ньюнхэм, Сара; Ли, Мэтью Дж .; Браун, Ян Р .; Сюэ, Вэй-Фэн; Rowe, Michelle L .; Mulvihill, Daniel P .; Прентис, Майкл Б.; Ховард, Марк Дж .; Уоррен, Мартин Дж. (2014). «Структура раствора бактериального микрокомпартмента, нацеленного на пептид, и его применение в строительстве этанольного биореактора» . Синтетическая биология ACS . 3 (7): 454–465. DOI : 10.1021 / sb4001118 . ISSN 2161-5063 . PMC 4880047 . PMID 24933391 .   
  83. ^ Цай, Фэй; Саттер, Маркус; Бернштейн, Сьюзен Л .; Кинни, Джеймс Н .; Керфельд, Шерил А. (2015). "Инженерные бактериальные оболочки микрокомпонентов: химерные белки оболочки и химерные оболочки карбоксисом". Синтетическая биология ACS . 4 (4): 444–453. DOI : 10.1021 / sb500226j . ISSN 2161-5063 . PMID 25117559 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Биохимики обнаружили загадочные бактериальные микрокомпоненты
  • В конце концов, не все так просто. Возрождение исследований эволюции прокариот и клеточной структуры