Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из коллекции баз данных BioCyc )
Перейти к навигации Перейти к поиску
BioCyc
Содержание
ОписаниеИнструменты для навигации, визуализации и анализа базовых данных, а также для анализа данных omics
Контакт
Исследовательский центрSRI International
АвторыПитер Карп и др.
Дата выпуска1997 г.
Доступ
Веб-сайтbiocyc .org

BioCyc база данных коллекции ассортимент организм конкретного Pathway / Genome Databases (PGDBs). Они предоставляют ссылку на информацию о геноме и метаболических путях тысяч организмов. [1] По состоянию на декабрь 2016 года в BioCyc насчитывается 9300 баз данных. SRI International , [2] , базирующейся в Менло - Парк, штат Калифорния, поддерживает семью базы данных BioCyc.

Категории баз данных в BioCyc:

Исходя из выполненного вручную куратора, семейство баз данных BioCyc разделено на 3 уровня:

Уровень 1. Базы данных, прошедшие не менее одного года ручного кураторства на основе литературы. В настоящее время на уровне 1 находится семь баз данных. Из семи MetaCyc является крупной базой данных, которая содержит почти 2500 метаболических путей от многих организмов. [1] [3] Другой важной базой данных уровня 1 является HumanCyc, которая содержит около 300 метаболических путей, обнаруженных у людей. [4] Остальные пять баз данных включают EcoCyc ( E. coli ), [5] AraCyc ( Arabidopsis thaliana ), YeastCyc ( Saccharomyces cerevisiae ), LeishCyc ( Leishmania major Friedlin) и TrypanoCyc ( Trypanosoma brucei ).

Уровень 2: Базы данных, которые были предсказаны с помощью вычислений, но подверглись умеренному ручному лечению (большинство из них - от 1 до 4 месяцев). Базы данных уровня 2 доступны для ручного лечения учеными, которые интересуются каким-либо конкретным организмом. Базы данных уровня 2 в настоящее время содержат 43 различных базы данных организмов.

Уровень 3: Базы данных, которые были предсказаны с помощью вычислений с помощью PathoLogic и не подвергались ручной обработке. Как и в случае с уровнем 2, базы данных уровня 3 также доступны для изучения заинтересованными учеными.

Программные инструменты в BioCyc:

Веб-сайт BioCyc содержит множество программных инструментов для поиска, визуализации, сравнения и анализа информации о геноме и путях. Он включает в себя браузер генома и браузеры для метаболических и регуляторных сетей . На веб-сайте также есть инструменты для нанесения крупномасштабных («омических») наборов данных на метаболические и регуляторные сети, а также на геном.

Использование коллекции базы данных BioCyc в исследованиях:

Поскольку семейство баз данных BioCyc включает в себя длинный список баз данных по конкретным организмам, а также данные на разных уровнях системы в живой системе, их использование в исследованиях происходило в самых разных контекстах. Здесь выделены два исследования, которые показывают два разных варианта использования, одно в масштабе генома, а другое - для идентификации конкретных SNP ( однонуклеотидных полиморфизмов ) в геноме.

AlgaGEM

AlgaGEM - это модель метаболической сети в масштабе генома для компартментализованной клетки водорослей, разработанная Gomes de Oliveira Dal'Molin et al. [6] на основе генома Chlamydomonas reinhardtii . Он имеет 866 уникальных ORF, 1862 метаболита, 2499 записей ассоциации ген-фермент-реакция и 1725 уникальных реакций. Одна из баз данных Pathway, используемых для реконструкции, - это MetaCyc.

SNP

Исследование Shimul Chowdhury et al. [7] показали, что связь материнских SNP и метаболитов, участвующих в путях гомоцистеина, фолиевой кислоты и транссульфурации, различается в случаях с врожденными пороками сердца (ВПС), в отличие от контроля. В исследовании использовался HumanCyc для выбора генов-кандидатов и SNP.

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b Caspi, R .; Альтман, Т .; Dreher, K .; Фулчер, Калифорния; Subhraveti, P .; Кеселер, ИМ; Kothari, A .; Krummenacker, M .; Latendresse, M .; Мюллер, Луизиана; Онг, Q .; Paley, S .; Pujar, A .; Shearer, AG; Трэверс, М .; Weerasinghe, D .; Zhang, P .; Карп, П.Д. (2011). «База данных метаболических путей и ферментов Meta Cyc и коллекция баз данных путей / генома Bio Cyc » . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D742–53. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1014 . PMC  3245006 . PMID  22102576 .
  2. ^ Главная страница из SRI International
  3. ^ Карп, Питер Д .; Каспи, Рон (2011). «Обзор метаболических баз данных с акцентом на семейство Meta Cyc » . Архив токсикологии . 85 (9): 1015–33. DOI : 10.1007 / s00204-011-0705-2 . PMC 3352032 . PMID 21523460 .  
  4. ^ Ромеро, Педро; Вагг, Джонатан; Грин, Мишель Л; Кайзер, Дейл; Крамменакер, Маркус; Карп, Питер Д. (2004). «Вычислительное предсказание метаболических путей человека из полного генома человека» . Геномная биология . 6 (1): R2. DOI : 10.1186 / GB-2004-6-1-r2 . PMC 549063 . PMID 15642094 .  
  5. ^ Кеселер, IM; Collado-Vides, J .; Сантос-Завалета, А .; Перальта-Гил, М .; Gama-Castro, S .; Muniz-Rascado, L .; Bonavides-Martinez, C .; Paley, S .; Krummenacker, M .; Альтман, Т .; Kaipa, P .; Сполдинг, А .; Pacheco, J .; Latendresse, M .; Fulcher, C .; Саркер, М .; Shearer, AG; MacKie, A .; Paulsen, I .; Гунсалус, РП; Карп, П.Д. (2010). «Eco Cyc : обширная база данных по биологии Escherichia coli» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск базы данных): D583–90. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1143 . PMC 3013716 . PMID 21097882 .  
  6. ^ Даль'Молин, CG; Quek, LE; Palfreyman, RW; Нильсен, LK (2011). «AlgaGEM - метаболическая реконструкция водорослей в масштабе генома на основе генома Chlamydomonas reinhardtii» . BMC Genomics . 12 Дополнение 4: S5. DOI : 10.1186 / 1471-2164-12-S4-S5 . PMC 3287588 . PMID 22369158 .  
  7. ^ Чоудхури, S; Хоббс, Калифорния; MacLeod, SL; Клевс, Массачусетс; Мельник, С; Джеймс, SJ; Ху, П; Эриксон, SW (2012). «Связь между материнскими генотипами и метаболитами, участвующими в врожденных пороках сердца» . Молекулярная генетика и метаболизм . 107 (3): 596–604. DOI : 10.1016 / j.ymgme.2012.09.022 . PMC 3523122 . PMID 23059056 .