Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Буркхард Рост
ISMBECCB13-139 (9416047455) .jpg
Буркхард Рост выступает в ISMB
Родившийся( 1961-07-11 )11 июля 1961 г. (59 лет)
Германия
Альма-матерГейдельбергский университет [1]
Известен
Супруг (а)Карима Джабали (замужем с 2002 г. по настоящее время) [ необходима ссылка ]
НаградыАлександр фон Гумбольдт, профессор , стипендиаты ISCB [3]
Научная карьера
Поля
Учреждения
ТезисНейронные сети и эволюция - расширенное предсказание вторичной структуры белка  (1994)
ДокторантКрис Сандер [1] [8]
Интернет сайтwww .rostlab .org

Буркхард Rost является ученый ведет отдел по вычислительной биологии и биоинформатики на факультете информатики в Техническом университете Мюнхена (TUM) . [9] Рост возглавляет учебную секцию биоинформатики Мюнхена с участием TUM и Мюнхенского университета Людвига Максимилиана (LMU) в Мюнхене. С 2007 по 2014 год Рост был президентом Международного общества вычислительной биологии (ISCB). [5] [10] [11] [12] [13] [14] [15] [16]

Карьера [ править ]

Первоначально Рост начал свою научную карьеру как физик-теоретик. После изучения физики в университете Гессена и физике, истории, философии и психологии в Гейдельбергском университете , Rost получил степень доктора философии в университете Гейдельберга за его работу в Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) в 1994 году [1] После исследовательская стажировка в EMBL и Европейском институте биоинформатики в Кембридже (Великобритания), в 1998 году он стал доцентом кафедры биохимии и молекулярной биофизики в Колледже хирургов и врачей Медицинского центра CU Колумбийского университета в городе Нью Йорк. В 2000 году он стал адъюнкт-профессором Колумбийского университета, а в 2009 году он принял назначение на кафедру биоинформатики в Техническом университете Мюнхена . Он является членом Нью-Йоркской академии наук и был президентом ISCB, Международного общества вычислительной биологии с 2007 по 2014 год. По состоянию на 2011 год Рост является автором или соавтором более 200 научных публикаций с индексом Хирша в Google-Scholar 98. [5] [10] [11] [12]

Исследование [ править ]

Исследования Роста были сосредоточены на объединении машинного обучения и эволюционной информации для прогнозирования критически важных аспектов, чтобы улучшить наше понимание эволюции, структуры и функции белков. Примеры исследований, проводимых в его лаборатории, включают прогнозирование ферментативной активности (ECGO), партнеров взаимодействия (ISIS, DISIS, PiNAT), субклеточной локализации (LOCtree, LOCnet, PredictNLS), функциональных эффектов точечных мутаций / SNP (SNAP), неупорядоченных области (MD, NORSnet, Ucon), охватывающие мембраны сегменты (PROF / PHDhtm), вторичная структура (PROF / PHD, RePROF, DSSPcont), [17] доступность растворителя (PROF / PHD, RePROF), внутренние контакты остаток-остаток (PROFcon ) и кластеризация белков в семейства (CHOP). [ необходима цитата ]

В настоящее время его внимание сосредоточено на прогнозировании эффектов отдельных мутаций в основном на уровне несинонимичных изменений в кодирующих областях, то есть изменений единичных нуклеотидов (или однонуклеотидных полиморфизмов, которые изменяют аминокислотную последовательность.

Его группа была посвящена сделать свои инструменты доступны в Интернете , как показано через первый интернет - сервер для предсказания структуры белков и анализа последовательности, Predictprotein , [2] , который был запущен в 1992 году, и постоянно находятся в эксплуатации до сих пор. Работа Роста была опубликована в ведущих рецензируемых научных журналах, включая Nature , [8] [18] [19] [20] Science , [21] PLOS Genetics . [22]

ISCB [ править ]

В 2007 году Рост был избран президентом Международного общества вычислительной биологии (ISCB), сменив Михаила Грибскова . Рост был президентом до 2014 года; его преемником стал Альфонсо Валенсия .

Конференции [ править ]

Рост был сопредседателем крупнейшего ежегодного собрания по вычислительной биологии ISMB, Интеллектуальные системы для молекулярной биологии , в 2007 г. ( Вена ), 2008 г. ( Торонто ), 2011 г. ( Вена ), 2012 г. ( Лонг-Бич ). [23] Он был инициатором и принимал участие в организации нескольких серий международных конференций за пределами обычного северного полушария, а именно ISCB Africa (2010: Бамако , Мали ; 2011: Кейптаун , Южная Африка ; 2013: Тунис , Тунис.) в сотрудничестве с [www.asbcb.org Африканское общество вычислительной биологии и биоинформатики ASBCB], ISCB Latin America (2010: Монтевидео , Уругвай ; 2012: Сантьяго-де-Чили , Чили ; 2014: Рио-де-Жанейро , Бразилия ) и совсем недавно ISCB Asia (2011: Куала-Лумпур , Малайзия ; 2012: Шэнь Чжэнь , Китай ). [ необходима цитата ]

Рост также был соорганизатором совещаний по критической оценке предсказания структуры белка (CASP) с 2002 по 2008 гг. (CASP4-CASP8).

Награды и награды [ править ]

Рост был удостоен звания профессора Фонда Александра фон Гумбольдта в 2009 году. Он стал членом ISCB в 2015 году. [24]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Рост, Буркхард (1994). Neuronale Netzwerke und evolutionäre Информация: verbesserte Vorhersage der Sekundärstruktur von Proteinen (докторская диссертация). Гейдельбергский университет. OCLC  311916999 .
  2. ^ a b c Рост, Б .; Ячдав, Г .; Лю, Дж. (2004). «Сервер PredictProtein» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (проблема с веб-сервером): W321 – W326. DOI : 10.1093 / NAR / gkh377 . PMC 441515 . PMID 15215403 .  
  3. ^ Категория: члены Международного общества вычислительной биологии
  4. ^ Radivojac, P .; Кларк, WT; Орон, TR; Schnoes, AM; Wittkop, T .; Соколов, А .; Graim, K .; Funk, C .; Verspoor, K .; Бен-Гур, А .; Pandey, G .; Юнес, JM; Talwalkar, AS; Репо, С .; Соуза, ML; Piovesan, D .; Casadio, R .; Wang, Z .; Cheng, J .; Fang, H .; Gough, J .; Koskinen, P .; Törönen, P .; Nokso-Koivisto, J .; Holm, L .; Cozzetto, D .; Бьюкен, DWA; Bryson, K .; Джонс, ДТ; и другие. (2013). «Масштабная оценка предсказания вычислительной функции белка» . Методы природы . 10 (3): 221–227. DOI : 10.1038 / nmeth.2340 . PMC 3584181 . PMID 23353650 .  
  5. ^ a b c Публикации Буркхарда Роста, проиндексированные Google Scholar
  6. ^ Рост, Б .; Сандер, К. (1994). «Объединение эволюционной информации и нейронных сетей для предсказания вторичной структуры белка». Белки: структура, функции и генетика . 19 (1): 55–72. DOI : 10.1002 / prot.340190108 . PMID 8066087 . S2CID 15203189 .  
  7. ^ Рост, Б .; Сандер, К. (1993). «Прогнозирование вторичной структуры белка с точностью выше 70%». Журнал молекулярной биологии . 232 (2): 584–599. CiteSeerX 10.1.1.17.1418 . DOI : 10.1006 / jmbi.1993.1413 . PMID 8345525 .  
  8. ^ а б Рост, Б .; Сандер, К. (1992). «Жюри вернется к предсказанию состава». Природа . 360 (6404): 540. Bibcode : 1992Natur.360..540R . DOI : 10.1038 / 360540b0 . PMID 1281284 . S2CID 4234785 .  
  9. ^ http://www.rostlab.org Веб-страница Ростлаб
  10. ^ a b Буркхард Рост на сервере библиографии DBLP
  11. ^ Б Список публикаций от Microsoft Academic
  12. ^ a b Публикации Буркхарда Роста, проиндексированные библиографической базой данных Scopus . (требуется подписка)
  13. ^ Рост, Б. (1999). «Сумеречная зона выравнивания белковых последовательностей» . Белковая инженерия . 12 (2): 85–94. DOI : 10,1093 / белок / 12.2.85 . PMID 10195279 . 
  14. ^ «20110621 - Прогнозирование белка 1 - Структура белка - Буркхард Рост». 2011. doi : 10.4016 / 31818.01 . Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  15. ^ Бейтман, А .; Kelso, J .; Mietchen, D .; MacIntyre, G .; Ди Доменико, ТС; Abeel, T .; Логан, DW; Radivojac, P .; Рост, Б. (2013). «Конкурс Википедии ISCB по вычислительной биологии» . PLOS Вычислительная биология . 9 (9): e1003242. Bibcode : 2013PLSCB ... 9E3242B . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1003242 . PMC 3777890 . PMID 24068913 .  
  16. ^ «Добро пожаловать в Ростлаб» . rostlab.org. Архивировано из оригинала на 2014-12-21.
  17. ^ Рост, Б. (1996). PHD: прогнозирование одномерной структуры белка с помощью нейронных сетей на основе профилей . Методы в энзимологии . 266 . С. 525–539. DOI : 10.1016 / s0076-6879 (96) 66033-9 . ISBN 9780121821678. PMID  8743704 .
  18. ^ Чен, YH; Hu, L .; Пунта, М .; Bruni, R .; Hillerich, B .; Kloss, B .; Рост, Б .; Любовь, Дж .; Siegelbaum, SA; Хендриксон, Вашингтон (2010). «Гомологичная структура анионного канала SLAC1 для закрытия устьиц в листьях» . Природа . 467 (7319): 1074–1080. Bibcode : 2010Natur.467.1074C . DOI : 10,1038 / природа09487 . PMC 3548404 . PMID 20981093 .  
  19. ^ Цао, Y; Джин, Х; Хуанг, Н; Деребе, MG; Левин, Э.Дж.; Кабалисваран, V; Пан, Y; Пунта, М; Любовь, Дж; Weng, J; Быстро, М; Да; Клосс, Б; Bruni, R; Martinez-Hackert, E; Хендриксон, Вашингтон; Рост, Б; Javitch, JA; Раджашанкар, КР; Цзян, Y; Чжоу, М. (2011). «Кристаллическая структура переносчика ионов калия ТрхХ» . Природа . 471 (7338): 336–40. Bibcode : 2011Natur.471..336C . DOI : 10,1038 / природа09731 . PMC 3077569 . PMID 21317882 .  
  20. ^ Цао, Y .; Джин, X .; Левин, Э.Дж.; Huang, H .; Zong, Y .; Quick, M .; Weng, J .; Pan, Y .; Любовь, Дж .; Пунта, М .; Рост, Б .; Хендриксон, Вашингтон; Javitch, JA; Раджашанкар, КР; Чжоу, М. (2011). «Кристаллическая структура транспортера сахаридов, связанных фосфорилированием» . Природа . 473 (7345): 50–54. Bibcode : 2011Natur.473 ... 50С . DOI : 10,1038 / природа09939 . PMC 3201810 . PMID 21471968 .  
  21. ^ Карнинчи, P; Kasukawa, T; Катаяма, S; Гоф, Дж ; Фрит, MC; Maeda, N; Ояма, Р. Раваси, Т; Ленхард, Б; Уэллс, С; Кодзиус, Р; Симокава, К; Баич, В.Б .; Brenner, SE ; Баталов, С; Форрест, Арканзас; Заволан, М; Дэвис, MJ; Уилминг, LG; Aidinis, V; Аллен, Дж. Э .; Амбези-Импиомбато, А; Apweiler, R ; Атуралия, РН; Бейли, TL; Бансал, М; Бакстер, L; Байзель, кВт; Берсано, Т; и другие. (2005). «Транскрипционный ландшафт генома млекопитающих». Наука . 309 (5740): 1559–63. Bibcode : 2005Sci ... 309.1559F . DOI : 10.1126 / science.1112014 . PMID 16141072 . S2CID  8712839 .
  22. ^ Лю, J .; Gough, J .; Рост, Б. (2006). «Отличие кодирования белков от некодирующих РНК с помощью машин опорных векторов» . PLOS Genetics . 2 (4): e29. DOI : 10.1371 / journal.pgen.0020029 . PMC 1449884 . PMID 16683024 .  
  23. ^ Linial, M .; Месиров, JP; Моррисон Маккей, Би Джей; Рост, Б. (2008). «ISMB 2008 Торонто» . PLOS Вычислительная биология . 4 (6): e1000094. Bibcode : 2008PLSCB ... 4E0094L . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1000094 . PMC 2427177 . PMID 18584023 .  
  24. ^ «Познакомьтесь с классом стипендиатов ISCB 2015 года» . Международное общество вычислительной биологии. Архивировано из оригинала на 2015-02-20.

Внешние ссылки [ править ]

  • Rostlab веб - сайт
  • Буркхард Рост на TEDx : Персонализированное здоровье: использование силы разнообразия ( TEDx )
  • Премия Александра фон Гумбольдта
Предшественник
Михаил Грибсков		Президент
Международного общества вычислительной биологии с
2007 по 2015 гг.		Преемник
Альфонсо Валенсия