Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Caenorhabditis briggsae
Научная классификация
Королевство:
Animalia
Тип:
Нематода
Класс:
Secernentea
Заказ:
Рабдитида
Семья:
Рабдитиды
Род:
Caenorhabditis
Разновидность:
C. briggsae
Биномиальное имя
Caenorhabditis briggsae
(Догерти и Нигон, 1949)
Синонимы

Rhabditis briggsae Догерти и Нигон , 1949 г.

Caenorhabditis briggsae - небольшая нематода, тесно связанная с Caenorhabditis elegans . Различия между двумя видами неуловимы. Хвост самца C. briggsae имеет морфологию, немного отличную от C. elegans . Другие различия включают изменения в компетентности предшественников вульвы и расположение отверстия выводного протока. [1] C. briggsae часто используется для изучения различий между ней и более изученной C. elegans , особенно на уровне последовательности ДНК и белков. Былотакже выделенонесколько мутантных штаммов C. briggsae , которые облегчают генетический анализ этого организма. [2] C. briggsae, как и C. elegans , является гермафродитом . [3] последовательность генома для C. briggsae была определена в 2003 году [4]

История [ править ]

C. briggsae была впервые обнаружена Маргарет Бриггс в 1944 году. Первые особи были выделены из кучи листьев, обнаруженных в кампусе Стэнфордского университета в Пало-Альто. Бриггс, которая изучала свой рассеянный склероз, определила нематод как неизвестный вид рода Rhabditis . [5] Они были официально описаны в 1949 году Догерти и Нигоном и названы Rhabditis briggsae . И C. briggsae, и C. elegans (тогда известные как Rhabditis elegans ) были помещены в новый подрод Caenorhabditis.в 1952 году. Позднее этот подрод был преобразован в род в 1955 году. Первоначальная работа Бриггса с организмом касалась его жизненного цикла в различных средах в присутствии и отсутствии бактерий. Позже она использовала этот организм в исследованиях действия антибиотиков. Эта работа сыграла важную роль в развитии методов аксенической культуры. [6]

Среда обитания [ править ]

C. briggsae часто можно найти в компосте, грядках, влажных грибах или гниющих фруктах, богатых микроорганизмами и различными питательными веществами. Основной средой обитания организма часто считаются районы земного шара с умеренным климатом, часто сопровождающие его родственников C. elegans и C. remanei . [7]

Обзор генома [ править ]

Размер генома C. briggsae составляет примерно 100 МБ, и предполагается, что он кодирует около 20 000 генов. [8] Весь проект секвенирования генома [9] показал, что геномы C. briggsae и C. elegans имеют много общего. Например, оба червя имеют одинаковое количество хромосом (шесть), одинаковый размер генома и одинаковое количество кодирующих белок и небелковых генов. Дальнейший анализ показал, что около 62% генов, кодирующих белок у C. briggsae, имеют ортологи у C. elegans . Тем не менее, существует много интересных видоспецифических особенностей, включая гены, которые служат основой для сравнительного анализа. [10]

Сравнительная геномика [ править ]

Этот вид объединяется с C. nigoni в супергруппу "Elegans" в филогенетических исследованиях.

с C. elegans

C. briggsae - почвенная нематода, которая, по оценкам, отделилась от C. elegans около 80–100 миллионов лет назад, но морфологически почти неотличима от нее. Области белков, кодирующих последовательности, в основном консервативны между двумя видами, в то время как большинство межгенных и интронных последовательностей расходятся. Области сходства между последовательностями двух организмов могут указывать на кодирующие экзоны или указывать на регуляторные области и гены РНК, пропущенные в стандартном анализе. [11]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Гупта, BP; Штернберг, П. В. (2003). «Проект последовательности генома нематоды Caenorhabditis briggsae , компаньона C. elegans » . Геномная биология . 4 (12): 238. DOI : 10,1186 / GB-2003-4-12-238 . PMC  329410 . PMID  14659008 .
  2. ^ Ресурс исследования нематоды C. briggsae
  3. ^ Хааг, Эрик С. «Эволюция определения пола нематод: C. elegans как ориентир для сравнительной биологии» . WormBook .
  4. ^ Штейн, LD; Блазиар, Дарин; и другие. (2003). «Последовательность генома Caenorhabditis briggsae : платформа для сравнительной геномики» . PLoS Биология . 1 (2): 166–192. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0000045 . PMC 261899 . PMID 14624247 .  
  5. ↑ Ellsworth C Dougherty, Архивировано 26 мая 2008 г. в Wayback Machine.
  6. ^ Феррис, Ховард; Хиб, ВФ (2015). "Элсворт К. Догерти: пионер в выборе Caenorhabditis elegans в качестве модельного организма" . Генетика . 200 (4): 991–1002. DOI : 10.1534 / genetics.115.178913 . PMC 4574257 . PMID 26272995 .  
  7. ^ Watson LD; и другие. (2007). « Caenorhabditis briggsae » . Вашингтонский университет в Сент-Луисе. Архивировано из оригинала на 2010-06-01 . Проверено 9 марта 2010 .
  8. ^ "Архивная копия" . Архивировано из оригинала на 2017-04-20 . Проверено 1 июня 2017 .CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )
  9. Перейти ↑ Stein et al., 2003
  10. ^ Геномика и биология нематоды Caenorhabditis briggsae
  11. ^ Проект C. briggsae

Внешние ссылки [ править ]

  • Просмотрите сборку генома cb3 в браузере генома UCSC .