Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Caenorhabditis
Взрослый Caenorhabditis elegans.jpg
Caenorhabditis elegans
Научная классификация е
Королевство:Animalia
Тип:Нематода
Класс:Хромадорея
Заказ:Рабдитида
Семья:Рабдитиды
Род:Caenorhabditis
( Osche , 1952 [1] ) Догерти, 1955 [2]
Синонимы

Рабдит (Caenorhabditis) Оше, 1952 г.

Caenorhabditis - это род нематод, которые живут в богатой бактериями среде, такой как компостные кучи, разлагающиеся мертвые животные и гниющие фрукты. Название происходит от греческого: caeno- (καινός (caenos) = новый, недавний); рабдит = стержневидный (ῥάβδος (рабдос) = жезл, жезл). В 1900 году Маупас первоначально назвал вид Rhabditis elegans , Оше поместил его в подрод Caenorhabditis в 1952 году, а в 1955 году Догерти повысил Caenorhabditis до статуса рода . [3]

Род Caenorhabditis содержит отмеченный модельный организм Caenorhabditis elegans и несколько других видов, для которых последовательность генома либо доступна, либо в настоящее время определяется. Два наиболее изученных вида в этом роде ( C. elegans и C. briggsae ) являются андродивными (у них есть мужской и гермафродитный пол), тогда как большинство других видов являются гонохористыми (у них есть мужской и женский пол). [4]

C. elegans - типовой вид этого рода. [5]

Экология [ править ]

Caenorhabditis занимают различные среды, богатые питательными веществами и бактериями. Они не образуют самоподдерживающихся популяций в почве, так как в ней не хватает органического вещества. Молодые черви, а также личинки дауэра могут переноситься беспозвоночными, включая многоножек , насекомых , равноногих и брюхоногих моллюсков . Некоторые виды также связаны с позвоночными, включая крупный рогатый скот зебу , хотя природа этой связи не ясна. Вид может быть классифицирован как форетный.'или' некроменический 'на основании их отношения к своим беспозвоночным хозяевам. Форетический червь ездит на хозяине, пока не найдет благоприятную среду, а затем уходит. Некроменический червь ждет смерти хозяина и питается бактериями, которые размножаются в мертвом животном. Многие виды способны вести как форетический, так и некроменический образ жизни. [6]

Виды [ править ]

Кладограмма видов Caenorhabditis
Caenorhabditis
 
Elegans
 

C. inopinata

 
 

C. sp. 35 год

 
Elegans
 
 
 
 
 

C. briggsae

 
 

C. nigoni

 
 
 

C. sinica

 
 
 
 

С. латенс

 
 

C. remanei

 
 
 
 
 

C. wallacei

 
 

С. тропический

 
 
 
 

C. brenneri

 
 

C. doughertyi

 
 
 
 

C. elegans

 
 
Japonica
 
 
 
 
 

C. nouraguensis

 
 

С. yunquensis

 
 
 

С. макросерма

 
 
 
 

C. afra

 
 

C. imperialis

 
 
 
 

C. japonica

 
 
 

К. камаина

 
 
 
Дрозофилы
 
 
 
 

С. дрозофилы

 
 

C. sp. 2

 
 
 
 
 

C. ангария

 
 

C. castelli

 
 
 

C. sp. 8

 
 
 
 
 

C. portoensis

 
 

C. virilis

 
 
 
 

C. guadeloupensis

 
 
 
 
 

С. monodelphis

 
 

C. plicata

 
 
 
Виды Caenorhabditis: C. nigoni является сестринские виды из C. briggsae в то время как C. Элеганс остается один, базально в группе «Элеганс».

В этом роде около 50 известных видов, некоторые из них еще официально не описаны и названы [7], несмотря на то, что 15 видов названы в одной статье 2014 года. [8] На основе сравнения последовательностей ITS2 их можно сгруппировать. как это: [8]

  • Супергруппа 'Elegans'
      • Caenorhabditis inopinata - до 2017 г. назывался C. sp. 34 . Гонохористый (самец-самка) вид выделен из инжира и инжирных ос. Его геном секвенируется в Университете Миядзаки [9]
      • Caenorhabditis sp. 35 год
    • Группа "Элеганс"
      • Caenorhabditis elegans - геном секвенирован в 1998 г. Вашингтонским университетом в Сент-Луисе и Институтом Сэнгера Wellcome Trust с 6-кратным охватом [10]. В настоящее время это наиболее изученный вид в роде и, вероятно, в филуме. C. elegans - это в основном протандрические гермафродитыXX,которые оплодотворяются собственной спермой или спермой случайных самцов XO. [11]
      • Caenorhabditis briggsae - последовательность генома завершена в 2003 году в Вашингтонском университете в Сент-Луисе . [12] C. briggsae - второй из наиболее изученных видов этого рода. Хотя C. briggsae также в основном являются протандрическими гермафродитами XX, они не являются ближайшими родственниками C. elegans , и гермафродитная репродуктивная стратегия этих видов, а также C. tropicalis , является примером конвергентной эволюции . Эволюционная дистанция между C. briggsae и C. elegans аналогичнадистанции междулюдьми и мышами. C. nigoni - ближайший родственник C. briggsae., и эти два вида могут иногда давать несколько плодовитых гибридов. [13]
      • Caenorhabditis remanei - геном, секвенированный WashU GSC. [14] Более тесно связаны с C. briggsae чем C. Элеганс , С. remanei является gonochoristic (мужского и женского облигатным) видов в Elegans группе. В прошлом существовала некоторая путаница в отношении размещения штаммов между C. remanei , C. vulgaris (теперь рассматривается как подвид C. remanei ) и C. brenneri "". [15]
      • Caenorhabditis brenneri - (до 2007 г. назывался C. sp 4 , C. sp CB5161 и C. sp PB2801 ) - геном, секвенированный WashU GSC. [16] Этот гонохорический вид встречается в группе Elegans , ближе к C. briggsae, чем к C. elegans . [17]
      • Caenorhabditis nigoni - до 2014 г. назывался C. sp. 9 [8]
      • Caenorhabditis doughertyi - до 2014 г. назывался C. sp. 10 [8]
      • Caenorhabditis tropicalis - до 2014 г. назывался C. sp. 11 [8] Подобно C. elegans и C. briggsae ,популяции C. tropicalis состоят из XX протандрических гермафродитов и X0 самцов. Эти три вида не являютсяближайшими родственниками друг друга.
      • Caenorhabditis wallacei - до 2014 г. назывался C. sp. 16 [8]
      • Латентный Caenorhabditis - до 2014 г. назывался C. sp. 23 [8]
      • Caenorhabditis sinica - до 2014 г. назывался C. sp. 5
    • Группа "Японика"
      • Caenorhabditis japonica - геном секвенируется WashU GSC. [18] Этот гонохорический вид встречается в группе Japonica , сестринской кладегруппы Elegans . В дикой природе этот вид не связан с паразитами на клопах Parastrachia japonensis и может переходить в стадию дауэра независимо от условий питания и скученности. [19] [20]
      • Caenorhabditis afra - (также обозначаемый как C. sp. 7 , C. sp. JU1199 и C. sp. JU1286 ). Этот гонохорический (мужской и женский) вид был выделен Матиасом Херрманном в Бегоро, Гана, Африка в 2007 году. [21] [8] Его геном секвенируется в Вашингтонском университете . [22]
      • Caenorhabditis imperialis - до 2014 г. назывался C. sp. 14 [8]
      • Caenorhabditis kamaaina - До 2014 г. назывался C. sp. 15 [8]
      • Caenorhabditis nouraguensis - до 2014 г. назывался C. sp. 17 [8]
      • Caenorhabditis macrosperma - до 2014 г. назывался C. sp. 18 [8]
      • Caenorhabditis yunquensis - до 2014 г. назывался C. sp. 19 [8]
  • Супергруппа 'Drosophilae': группа видов, обычно встречающихся на гнилых плодах и переносимых мухами Drosophila.
      • Caenorhabditis angaria - (до 2011 г. назывался C. sp. 2 , C. sp. 3 и C. sp. PS1010 ) [23] - секвенирование генома в Калифорнийском технологическом институте в 2010 г. [24] Этот гонохорический вид , найденный в принудительная повинность группы Мушки дрозофилы супер-группы, имеет отчетливую морфологию и поведениесравнению с C. Элеганс . Примечательно, что самцы C. angaria демонстрируют спиралевидное брачное поведение. Его отличие от C. elegans похоже на расстояние между людьми и рыбами. C. castelli - его ближайший родственник, и оба вида могут давать гибриды F1.[25]
      • Caenorhabditis castelli - до 2014 г. назывался C. sp. 12 [8]
      • Caenorhabditis дрозофилы
      • Caenorhabditis guadeloupensis - до 2014 г. назывался C. sp. 20 [8]
      • Caenorhabditis portoensis - до 2014 г. назывался C. sp. 6 [8]
      • Caenorhabditis virilis - до 2014 г. назывался C. sp. 13 [8]
      • Caenorhabditis sp. 8
  • базальный
      • Caenorhabditis monodelphis - до 2017 г. назывался Caenorhabditis sp. 1
      • Caenorhabditis plicata - геном секвенируется Эдинбургским университетом .

Другие филогенетические исследования [ править ]

Группа видов Caenorhabditis с группой «Protorhabditis», включающая виды из родов Protorhabditis , Diploscapter и Prodontorhabditis , с одной стороны, и виды Oscheius , с другой стороны, образует группу «Eurhabditis» из родов Rhabditidae . [26]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Оше Г., 1952.- «Systematik унд Phylogenie дер Gattung Rhabditis (нематод)». Zool. Jb. (Прим. 1), 81, 190–280.
  2. ↑ Роды и виды подсемейства Rhabditinae Micoletzky, 1922 (Nematoda): номенклатурный анализ, включая приложение о составе семейства Rhabditidae Örley, 1880. Эллсворт К. Догерти, Журнал гельминтологии, том 29, выпуск 3, сентябрь 1955, стр 105-152, DOI : 10,1017 / S0022149X00024317
  3. ↑ Ferris, H (30 ноября 2013 г.). " Caenorhabditis elegans " . Калифорнийский университет в Дэвисе . Архивировано из оригинала 9 декабря 2013 года . Проверено 19 ноября 2013 . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  4. ^ Хааг, Эрик С. «Эволюция определения пола нематод: C. elegans как ориентир для сравнительной биологии» . WormBook .
  5. ^ Ценорабдит на nematode.unl.edu
  6. ^ Кионтке, К; Sudhaus, W (январь 2006 г.). «Экология вида Caenorhabditis» . WormBook : 1–14. DOI : 10.1895 / wormbook.1.37.1 . PMC 4780885 . PMID 18050464 .  
  7. ^ Kiontki, Karin; и другие. (21 ноября 2011 г.). «Филогения и молекулярные штрих-коды для Caenorhabditis с многочисленными новыми видами гниющих плодов» . BMC Evolutionary Biology . 11 : 339. DOI : 10.1186 / 1471-2148-11-339 . PMC 3277298 . PMID 22103856 .  
  8. ^ a b c d e f g h i j k l m n o p q Феликс, Мари-Анн; Брандл, Кристиан; Каттер, Ашер Д. (11 апреля 2014 г.). «Оптимизированная система для диагностики видов Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) с названиями 15 различных биологических видов» . PLOS ONE . 9 (4): e94723. DOI : 10.1371 / journal.pone.0094723 . PMC 3984244 . PMID 24727800 .  
  9. ^ "NCBI" . Проверено 23 июня 2017 года . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  10. ^ C. Элеганс Секвенирование Consortium (1998). «Последовательность генома нематоды C. elegans : платформа для изучения биологии» . Наука . 282 (5396): 2012–2018. DOI : 10.1126 / science.282.5396.2012 . PMID 9851916 . 
  11. ^ "Червячная база" . Проверено 4 сентября 2015 года . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  12. ^ Штейн, LD; и другие. (2003). «Последовательность генома Caenorhabditis briggsae : платформа для сравнительной геномики» . PLoS Биология . 1 (2): 166–192. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0000045 . PMC 261899 . PMID 14624247 .  
  13. ^ "Червячная база" . Проверено 4 сентября 2015 года . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  14. ^ "GSC: Caenorhabditis remanei" . Архивировано из оригинального 13 марта 2007 года . Проверено 28 апреля 2007 года . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  15. ^ "Червячная база" . Проверено 4 сентября 2015 года . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  16. ^ "GSC: Caenorhabditis n. Sp. PB2801" . Архивировано из оригинального 18 августа 2007 года . Проверено 28 апреля 2007 года . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  17. ^ "Червячная база" . Проверено 4 сентября 2015 года . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  18. ^ "GSC: Caenorhabditis japonica" . Архивировано из оригинального 28 февраля 2008 года . Проверено 28 апреля 2007 года . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  19. ^ "WormBase" . Проверено 4 сентября 2015 года . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  20. ^ "Институт генома" . Архивировано из оригинала 9 октября 2015 года . Проверено 4 сентября 2015 года . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  21. ^ "Червячная база" . Проверено 7 сентября 2015 года . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  22. ^ "Червячная база" . Проверено 7 сентября 2015 года . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  23. ^ Sudhaus, Уолтер; Кионтке, Карин; Гиблин-Дэвис, Робин М. (2011). "Описание Caenorhabditis angaria n. Sp. (Nematoda: Rhabditidae), ассоциированного растения сахарного тростника и пальмового долгоносика (Coleoptera: Curculionidae)". Нематология . 13 (1): 61–78. DOI : 10.1163 / 138855410X500334 .
  24. ^ Мортазави, А .; Schwarz, EM; Уильямс, B .; Schaeffer, L .; Антошечкин, И .; Уолд, Б.Дж.; Штернберг, П. В. (2010). «Создание каркаса генома нематоды Caenorhabditis с помощью RNA-seq» . Геномные исследования . 20 (12): 1740–1747. DOI : 10.1101 / gr.111021.110 . PMC 2990000 . PMID 20980554 .  
  25. ^ "Червячная база" . Проверено 4 сентября 2015 года . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  26. ^ Филогенетические отношения Caenorhabditis и других рабдитид. Karin Kiontke и Дэвид HA Fitch, Wormbook, 2005, DOI : 10,1895 / wormbook.1.11.1