Язык химической разметки ( ChemML или CML ) - это подход к управлению молекулярной информацией с использованием таких инструментов, как XML и Java . [1] Это была первая реализация проблемно - зависимой основой строго на XML , первую на основе DTD [2] , а затем на XML Schema , [3] самая надежная и широко используются система для точного управления информацией во многих областях. Он разрабатывался более десяти лет Мюррей-Рустом , Рзепой и другими и был испытан во многих областях и на множестве машин.
Расширение имени файла | .cml |
---|---|
Тип интернет-СМИ | химический / x-cml |
Тип формата | формат химического файла |
Химическая информация традиционно хранится во многих типах файлов, что препятствует повторному использованию документов. CML использует переносимость XML, чтобы помочь разработчикам CML и химикам создавать совместимые документы. Существует ряд инструментов, с помощью которых можно создавать, обрабатывать и просматривать документы CML. Издатели могут распространять химию в документах XML с помощью CML, например, в документах RSS . [4]
CML может поддерживать широкий спектр химических концепций, включая:
- молекулы
- реакции [5]
- спектры и аналитические данные [6]
- вычислительная химия
- химическая кристаллография и материалы
Подробная информация о CML и обсуждаемых в настоящее время вопросах размещена в блоге CML.
Управление версиями
Версии схемы доступны на Sourceforge . По состоянию на апрель 2012 г. последней замороженной схемой является CML v2.4. Некоторые конструкции в CML v1 теперь не рекомендуются.
Инструменты
JUMBO начал свою жизнь как универсальный молекулярный браузер Java для объектов, но теперь это библиотека Java, которая поддерживает проверку, чтение и запись CML, а также преобразование нескольких устаревших форматов в CML и, например, реакцию CML на анимированное представление SVG. реакции. [7] JUMBO превратился в обширную библиотеку Java, CMLDOM, [8] поддерживающую все элементы схемы. [9] Хотя раньше JUMBO был браузером, предпочтительным подходом является использование инструментов с открытым исходным кодом Jmol и JChemPaint , некоторые из которых используют альтернативные библиотеки CML. [10] См. Голубой обелиск .
Смотрите также
- Список языков разметки документов
- Сравнение языков разметки документов
- Программное обеспечение для импорта и экспорта действительного формата CML
- Объединенный комитет по атомным и молекулярно-физическим данным (еще один хорошо известный стандарт, особенно для спектроскопических данных)
- Сообщество Blue Obelisk для химического программного обеспечения с открытым исходным кодом
- MathML
- PCML - неофициальный преемник, используемый в платформе DeepMatter DigitalGlassware
Рекомендации
- ^ Мюррей-Раст, Питер; Рзепа, Генри S (2011). «CML: эволюция и дизайн» . Журнал химинформатики . 3 (1): 44. DOI : 10,1186 / 1758-2946-3-44 . PMC 3205047 . PMID 21999549 .
- ^ Murray-Rust, P .; Rzepa, HS (1999), «Химическая разметка, XML и всемирная паутина. 1. Основные принципы», J. Chem. Инф. Comput. Sci. , 39 (6): 928-942, CiteSeerX 10.1.1.40.8275 , DOI : 10.1021 / ci990052b
- ^ Murray-Rust, P .; Rzepa, HS (2003), «Химическая разметка, XML и Всемирная паутина. 4. Схема CML», J. Chem. Инф. Comput. Sci. , 43 (3): 757-772, DOI : 10.1021 / ci0256541 , PMID 12767134
- ^ Gkoutos, GV; Murray-Rust, P .; Rzepa, S .; Райт, М. (2001), «Химическая разметка, XML и всемирная паутина. 3. На пути к подписанной семантической химической сети доверия», J. Chem. Инф. Comput. Sci. , 41 (5): 1124-1130, DOI : 10.1021 / ci000406v , PMID 11604013
- ^ Холлидей, GL; Murray-Rust, P .; Rzepa, HS (2006), "Химическая разметка, XML и Всемирная паутина. Часть 6. CMLReact; XML-словарь химических реакций", J. Chem. Инф. Модель. , 46 (1): 145-157, DOI : 10.1021 / ci0502698 , PMID 16426051
- ^ Kuhn, S .; Helmus, T .; Ланкашир, Род-Джерси; Murray-Rust, P .; Rzepa, HS; Steinbeck, C .; Виллигэген, Э.Л. (2007), «Химическая разметка, XML и Всемирная паутина. 7. CMLSpect, XML-словарь для спектральных данных», J. Chem. Инф. Модель. , 47 (6): 2015-2034, DOI : 10.1021 / ci600531a , PMID 17887743
- ^ JUMBO
- ^ Murray-Rust, P .; Rzepa, HS (2001), «Химическая разметка, XML и всемирная паутина. 2. Информационные объекты и CMLDOM», J. Chem. Инф. Comput. Sci. , 41 (5): 1113-1123, DOI : 10.1021 / ci000404a , PMID 11604012
- ^ Главная страница CML на Sourceforge
- ^ Виллигаген, EL (2001). «Соглашения об обработке CML в Java» . Интернет-журнал химии . 4 . Архивировано из оригинала на 2001-04-11.
дальнейшее чтение
- Rzepa, HS; Murray-Rust, P .; Whitaker, BJ (1997), "Интернет как инструмент химической информации", Chem. Soc. Rev. , 26 (1): 1-10, DOI : 10.1039 / CS9972600001
- Murray-Rust, P .; Rzepa, HS; Райт, М. (2001), «Разработка языка химической разметки (CML) как системы для обработки сложного химического содержимого», New J. Chem. , 25 (4): 618-634, DOI : 10.1039 / b008780g
Внешние ссылки
- Язык химической разметки (CML) Включает схему CML, ссылки на инструменты, документацию и исходный код.
- Список обсуждения
- Блог CML
- Исходный (старый) сайт
- Сайт браузера Jmol