Сшивающая иммунопреципитация ( CLIP ) - это метод, используемый в молекулярной биологии, который сочетает УФ -сшивание с иммунопреципитацией для анализа взаимодействия белков с РНК или для точного определения местоположения модификаций РНК (например, m6A). [1] [2] [3] [4] [5] Основанные на CLIP методы могут использоваться для картирования сайтов связывания РНК-связывающих белков или сайтов модификации РНК [5] [6], представляющих интерес, в масштабе всего генома, тем самым увеличивая понимание посттранскрипционных регуляторных сетей.
Рабочий процесс [ править ]
CLIP начинается с in vivo сшивания комплексов РНК-белок с использованием ультрафиолетового света (УФ). Под воздействием ультрафиолета между белками и нуклеиновыми кислотами, находящимися в непосредственной близости, образуются ковалентные связи. [7] Затем сшитые клетки лизируют, и представляющий интерес белок выделяют путем иммунопреципитации. Чтобы обеспечить специфическое для последовательности праймирование обратной транскрипции, адаптеры РНК лигируют к 3'-концам, в то время как радиоактивно меченные фосфаты переносятся на 5'-концы фрагментов РНК. Затем комплексы РНК-белок отделяют от свободной РНК с помощью гель-электрофореза и мембранного переноса. Протеиназа КЗатем выполняется переваривание для удаления белка из комплексов РНК-белок. На этом этапе пептид остается на сайте перекрестной связи, что позволяет идентифицировать перекрестно связанный нуклеотид. [8] После лигирования линкеров РНК к 5'-концам РНК кДНК синтезируется с помощью ОТ-ПЦР. Затем используется высокопроизводительное секвенирование для генерации считываний, содержащих отдельные штрих-коды, которые идентифицируют последний нуклеотид кДНК. Сайты взаимодействия могут быть идентифицированы путем сопоставления считываний с транскриптомом.
История и приложения [ править ]
Изначально CLIP был предпринят для изучения взаимодействий между нейрон-специфическим РНК-связывающим белком и факторами сплайсинга NOVA1 и NOVA2 в мозге мышей , для выявления сайтов связывания РНК, которые имели сайты связывания Nova и были проверены как мишени Nova в мозге мышей с нокаутом. [9] В 2008 году CLIP был объединен с высокопроизводительным секвенированием (названным «HITS-CLIP») для создания полногеномных карт взаимодействия белок-РНК для Nova; [10] с тех пор был создан ряд других карт коэффициентов сращивания, в том числе для PTB, [11] RbFox2 (где он был переименован в «CLIP-seq»), [12] SFRS1, [13] Argonaute, [14]hnRNP C, [15] белок FMRP, отвечающий за умственную отсталость Fragile-X, [16] Ptbp2 (в мозге мыши), [17] Mbnl2, [18] белки nElavl (нейрон-специфические белки Hu), [19] и даже антитело, модифицирующее РНК N6-метиладенозин (m6A). [5] Опубликован обзор ряда белков, изученных HITS-CLIP . [20]
HITS-CLIP (CLIP-seq) анализ РНК-связывающего белка Argonaute был проведен для идентификации микроРНК-мишеней [21] путем декодирования карт взаимодействия микроРНК- мРНК и белок-РНК в мозге мыши, [14] [22] а затем в Caenorhabditis Элеганс , [23] эмбриональные стволовые клетки , [24] , и клетки культуры ткани. [25] В качестве новой модификации HITS-CLIP, m6A-CLIP был разработан для точного картирования местоположений m6A в мРНК путем УФ-перекрестного связывания антитела m6A с целевой РНК. [5] Недавно улучшенная биоинформатикаметоды, примененные к Argonaute HITS-CLIP, идентифицировали сайты связывания с разрешением одного нуклеотида. [4] Кроме того, посттранскрипционные регуляторные сети прокариотических РНК-связывающих белков были успешно выяснены с применением CLIP-seq. [26]
Обнаружение мишени miRNA [ править ]
Основные шаги (одновременное использование секвенирования деградома ):
- отображение CLIP-seq читает
- отображение Degradome-Seq читает
- группировка перекрывающихся чтений в кластеры
- запрос мишеней miRNA из разных общедоступных баз данных
- идентификация взаимодействий miRNA с мишенью с оценкой выравнивания от CleaveLand, не превышающей порог отсечения 7.0
- программа ClipSearch была разработана для поиска 6–8-мерных (8-мер, 7-мер-m8 и 7-мер-A1) (2,5) в данных CLIP-Seq.
- Программа DegradomeSearch была разработана для поиска в кластерах Degradome-Seq почти идеальных дополнений последовательностей miRNA.
Методы [ править ]
HITS-CLIP или CLIP-Seq [ править ]
ХИТЫ-CLIP , [20] , также известный как CLIP-Seq , сочетаетУФ - сшивки и иммунопреципитации с высокой пропускной последовательности , чтобы идентифицировать сайты связывания РНК-связывающих белков. CLIP-seq зависит от сайтов перекрестного связывания индуцированных мутаций (CIMS) с локализованными сайтами связывания белок-РНК. [4] Поскольку CIMS воспроизводимы, высокая глубина секвенирования позволяет отличить CIMS от технических ошибок.
PAR-CLIP [ править ]
PAR-CLIP (перекрестное сшивание и иммунопреципитация с фотоактивируемыми рибонуклеозидами) - это биохимический метод, используемый для идентификации сайтов связывания клеточных РНК-связывающих белков (RBP) и микроРНК-содержащих рибонуклеопротеидных комплексов (miRNP). [25] Метод основан на включении фотореактивных аналогов рибонуклеозидов, таких как 4-тиуридин (4-SU) и 6-тиогуанозин (6-SG), в зарождающиеся транскрипты РНК живыми клетками. Облучение клеток УФ-светом с длиной волны 365 нм индуцирует эффективное сшивание фотореактивных меченных нуклеозидами клеточных РНК с взаимодействующими RBP. За иммунопреципитацией интересующего RBP следует выделение сшитой и коиммунопреципитированной РНК. Выделенная РНК преобразуется в библиотеку кДНК и подвергается глубокому секвенированию с использованиемтехнология высокопроизводительного секвенирования . [25] [28] Поперечное сшивание аналогов 4-SU и 6-SG приводит к переходам тимидина в цитидин и гуанозина в аденозин соответственно. В результате PAR-CLIP может с высокой точностью определять расположение сайтов привязки. [4]
Однако PAR-CLIP ограничен культивируемыми клетками [4] [27], и цитотоксичность нуклеозидов вызывает беспокойство; [3] [25] сообщалось, что 4-SU ингибирует синтез рибосомной РНК, вызывает стрессовую реакцию ядрышка и снижает пролиферацию клеток. [29] Замена 4-SU происходит примерно в 1 из каждых 40 уридиновых нуклеозидов, и переходы от Т к С часто происходят в месте сшивки. [25]
Недавно PAR-CLIP был использован для определения сайтов связывания по всему транскриптому нескольких известных RBP и микроРНК-содержащих рибонуклеопротеидных комплексов с высоким разрешением. Это включает miRNA, нацеленную на белки AGO и TNRC6. [22] [25]
iCLIP [ править ]
iCLIP (индивидуальное перекрестное связывание с разрешением нуклеотидов и иммунопреципитация) - это метод, используемый для идентификации взаимодействий белок-РНК. В этом методе используется ультрафиолетовый свет для ковалентного связывания белков и молекул РНК. Как и все методы CLIP, iCLIP позволяет проводить строгую очистку связанных комплексов белок-РНК с использованием иммунопреципитации с последующим SDS-PAGE.и мембранный перенос. Затем комплексы белок-РНК с радиоактивной меткой вырезают из мембраны и обрабатывают протеиназой для высвобождения РНК. Это оставляет одну или две аминокислоты на сайте сшивки РНК. Затем РНК подвергается обратной транскрипции с использованием штрих-кодовых праймеров. Поскольку обратная транскрипция преждевременно останавливается на сайте перекрестного связывания, iCLIP позволяет идентифицировать сайты взаимодействия РНК-белок с высоким разрешением. В качестве новой модификации iCLIP, m6A-CLIP дополнительно использовал преимущества сайтов усечения, индуцированных m6A (MITS), для точного картирования сайтов m6A в мРНК. [5]
Другие методы CLIP [ править ]
sCLIP (простой CLIP) - это метод, который требует меньшего количества входной РНК и исключает радио-мечение иммунопреципитированной РНК. Метод основан на линейной амплификации иммунопреципитированной РНК и, таким образом, повышает сложность библиотеки секвенирования, несмотря на значительное уменьшение количества вводимого материала и пропуск нескольких этапов очистки. Кроме того, он позволяет визуализировать иммунопреципитированную РНК без радиоактивных меток с помощью высокочувствительного метода маркировки на основе биотина. Наряду с биоинформатической платформой этот метод разработан, чтобы обеспечить глубокое понимание РНК-белковых взаимодействий в биомедицинской науке, где количество исходного материала часто ограничено (например, в случае ценных клинических образцов). [30]
Преимущества и ограничения [ править ]
Преимущества [ править ]
Ранние методы идентификации взаимодействий РНК-белок основывались либо на аффинной очистке РНК-связывающих белков, либо на иммунопреципитации комплексов РНК-белок. В этих методах отсутствовала стадия сшивки, и было получено низкое отношение сигнал / шум. [9] Поскольку РНК-связывающие белки часто являются компонентами мультибелковых комплексов, РНК, связанные с белками, не являющимися мишенями, могут совместно осаждаться. Было продемонстрировано, что данные, полученные с использованием ранних методов иммунопреципитации, зависят от условий реакции в эксперименте. Например, подмножество сохраняемых взаимодействий РНК-белок сильно зависит от концентраций белка и ионных условий. Кроме того, повторная ассоциация РНК-связывающих белков после лизиса клеток может привести к обнаружению искусственных взаимодействий. [31]
Методы сшивания формальдегидом использовались для сохранения взаимодействий РНК-белок, но также для создания сшивок белок-белок. Способы УФ-сшивки обеспечивают значительное преимущество перед сшивкой формальдегидом, поскольку они полностью исключают сшивки белок-белок. Расщепление протеиназой К также дает преимущество методам CLIP из-за того, что пептид остается на сайте перекрестного сшивания. Обратная транскрипция фрагментов через сайт перекрестного связывания вводит мутации, которые специфичны для каждого отдельного метода CLIP, и могут использоваться для определения сайта связывания с высокой точностью. [4]
Ограничения [ править ]
Все протоколы создания библиотеки CLIP требуют умеренного количества клеток или ткани (50–100 мг), требуют многочисленных ферментативных стадий, а для HITS-CLIP - обширного информационного анализа (как недавно было рассмотрено). [32] Некоторые этапы трудно оптимизировать и часто имеют низкую эффективность. Например, чрезмерное переваривание РНКазы может уменьшить количество идентифицированных сайтов связывания. [27] Перекрестные ссылки также вызывают озабоченность. Оптимальный протокол перекрестного связывания варьируется между белками [9], а эффективность обычно составляет от 1 до 5%. В литературе сообщалось о смещении перекрестных ссылок [33], но влияние смещений, присутствующих в методах CLIP, остается спорным. Расчетно предсказанные мишени miRNA, полученные с помощью TargetScan[34] сопоставимы с CLIP в идентификации мишеней miRNA, что вызывает вопросы относительно его полезности по сравнению с существующими предсказаниями. [34] Поскольку методы CLIP основаны на иммунопреципитации, взаимодействия антитело-эпитоп являются потенциальным препятствием. Например, перекрестное связывание эпитопа может препятствовать связыванию антитела. Наконец, наблюдались значительные различия между сайтами перекрестного сшивания in vivo в живых клетках и in vitro . [35] Таким образом, результаты CLIP могут не обязательно отражать взаимодействия сайтов связывания РНК с белками внутри клетки.
Подобные методы [ править ]
- RIP-Chip , та же цель и первые шаги, но не использует перекрестные ссылки и использует микрочип вместо секвенирования
- ChIP-Seq , для поиска взаимодействий с ДНК, а не с РНК
- SELEX , метод поиска консенсусной связывающей последовательности
Дальнейшее чтение [ править ]
- База данных starBase : база данных для изучения miRNA-lncRNA, miRNA-mRNA, miRNA-sncRNA, miRNA-circRNA, protein-lncRNA, взаимодействий белок-РНК и сетей цРНК из PAR-CLIP ( CLIP-Seq , HITS-CLIP , iCLIP , CLASH ) данных, а также TargetScan , [34] PicTar, RNA22, miRanda и сайты-мишени для микроРНК PITA .
- База данных BIMSB doRiNA : база данных для изучения взаимодействий белок-РНК и микроРНК-мишень на основе данных CLIP-Seq , HITS-CLIP , PAR-CLIP , iCLIP и прогнозов сайта-мишени микроРНК PICTAR.
- miRTarCLIP : вычислительный подход для идентификации взаимодействий микроРНК-мишень с использованием высокопроизводительного секвенирования CLIP и PAR-CLIP .
- clipz : конвейер для анализа чтения коротких РНК из экспериментов HITS-CLIP.
- dCLIP : dCLIP - это программа на Perl для обнаружения областей дифференциального связывания в двух сравнительных экспериментах с CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP или iCLIP).
Ссылки [ править ]
- ^ Уль и др. 2017 .
- ^ Ule et al. 2003 .
- ^ Б с д е е Сугимото и др. 2012 .
- ^ Б с д е е г Zhang & Darnell 2011 .
- ^ a b c d e Ke et al. 2015 .
- ^ Ke et al. 2017 .
- ^ Дарнелл 2012 .
- ^ König, McGlincy и Уле 2012 .
- ^ а б в Уле и др. 2005 .
- ^ Licatalosi et al. 2008 .
- ^ Сюэ и др. 2009 .
- ^ Йео и др. 2009 .
- ^ Сэнфорд и др. 2009 .
- ^ а б Чи и др. 2009 .
- ^ König et al. 2010 .
- ^ Дарнелл и др. 2011 .
- ^ Licatalosi et al. 2012 .
- ^ Charizanis et al. 2012 .
- ^ Инс-Данн и др. 2012 .
- ^ а б Дарнелл 2010 .
- ^ Томсон, Бракен & Гудолл 2011 .
- ^ а б Янг и др. 2011 .
- ^ Zisoulis et al. 2010 .
- ^ Leung et al. 2011 .
- ^ Б с д е е Хафнерами и др. 2010 .
- ^ Holmqvist et al. 2016 .
- ^ Б с д е е Кёниг и др. 2012 .
- ^ Хафнер и др. 2010b .
- ^ Burger et al. 2013 .
- ^ Каргаполова и др. 2017 .
- ^ Mili & Steitz 2004 .
- ^ Мур и др. 2014 .
- ^ Fecko et al. 2007 .
- ^ а б в Агарвал и др. 2015 .
- ^ Bohnsack et al. 2009 .
Источники [ править ]
- Agarwal, V; Белл, GW; Nam, JW; Бартель, Д.П. (2015). «Предсказание эффективных сайтов-мишеней микроРНК в мРНК млекопитающих» . eLife . 4 : e05005. DOI : 10.7554 / eLife.05005 . PMC 4532895 . PMID 26267216 .
- Bohnsack, MT; Martin, R; Граннеман, S; Рупрехт, М; Schleiff, E; Толлервей, Д (2009). «Prp43, связанный в разных сайтах на пре-рРНК, выполняет разные функции в синтезе рибосом» . Молекулярная клетка . 36 (4): 583–592. DOI : 10.1016 / j.molcel.2009.09.039 . PMC 2806949 . PMID 19941819 .
- Бургер, К; Mühl, B; Келлнер, М; Rohrmoser, M; Грубер-Эбер, А; Виндхагер, Л; Friedel, CC; Dölken, L; Эйк, Д. (2013). «4-тиуридин подавляет синтез рРНК и вызывает стрессовую реакцию ядрышка» . RNA Biol . 10 (10): 1623–1630. DOI : 10,4161 / rna.26214 . PMC 3866244 . PMID 24025460 .
- Чаризанис, К; Ли, Кентукки; Batra, R; Гудвин, М; Чжан, К; Юань, Y; Shiue, L; Клайн, М; Скотти, ММ; Ся, Г; Кумар, А; Ashizawa, T; Кларк, HB; Кимура, Т; Такахаши, депутат; Fujimura, H; Джиннаи, К; Йошикава, H; Гомеш – Перейра, М; Гурдон, G; Sakai, N; Нишино, С; Фостер, ТС; Арес, М; Дарнелл, РБ; Суонсон, MS (2012). «Подобный мышечной слепоте 2-опосредованный альтернативный сплайсинг в развивающемся мозге и нарушение регуляции при миотонической дистрофии» . Нейрон . 75 (3): 437–450. DOI : 10.1016 / j.neuron.2012.05.029 . PMC 3418517 . PMID 22884328 .
- Chi, SW; Zang, JB; Мел, А; Дарнелл, РБ (2009). «Argonaute HITS-CLIP расшифровывает карты взаимодействия микроРНК-мРНК» . Природа . 460 (7254): 479–486. DOI : 10,1038 / природа08170 . PMC 2733940 . PMID 19536157 .
- Дарнелл, JC; Ван Дрише, SJ; Чжан, К; Hung, KY; Мел, А; Фрейзер, CE; Камень, EF; Чен, К; Fak, JJ; Chi, SW; Licatalosi, DD; Рихтер, JD; Дарнелл, РБ (2011). «FMRP останавливает рибосомную транслокацию мРНК, связанную с синаптической функцией и аутизмом» . Cell . 146 (2): 247–261. DOI : 10.1016 / j.cell.2011.06.013 . PMC 3232425 . PMID 21784246 .
- Дарнелл, РБ (2010). «HITS-CLIP: панорамные виды регуляции белок-РНК в живых клетках» . Wiley Interdiscip Rev RNA . 1 (2): 266–286. DOI : 10.1002 / wrna.31 . PMC 3222227 . PMID 21935890 .
- Дарнелл, РБ (2012). «Идентификация CLIP (перекрестное связывание и иммунопреципитация) РНК, связанных специфическим белком» . Протоколы Колд-Спринг-Харбор . 2012 (11): 1146–60. DOI : 10,1101 / pdb.prot072132 . PMID 23118367 .
- Fecko, CJ; Мансон, КМ; Сондерс, А; Солнце, G; Бегли, Т.П .; Lis, JT; Уэбб, WW (2007). «Сравнение фемтосекундного лазера и источников непрерывного УФ-излучения для сшивания белок-нуклеиновая кислота». Фотохимия и фотобиология . 83 (6): 1394–1404. DOI : 10.1111 / j.1751-1097.2007.00179.x . PMID 18028214 . S2CID 23801945 .
- Хафнер, М; Ландталер, М; Бургер, L; Хоршид, М; Хауссер, Дж; Berninger, P; Ротбаллер, А; Аскано, М; Юнгкамп, AC; Munschauer, M; Ульрих, А; Уордл, GS; Дьюэлл, S; Заволан, М; Тушл, Т. (2010). «Транскриптомная идентификация РНК-связывающего белка и сайтов-мишеней микроРНК с помощью PAR-CLIP» . Cell . 141 (1): 129–141. DOI : 10.1016 / j.cell.2010.03.009 . PMC 2861495 . PMID 20371350 .
- Хафнер, М; Ландталер, М; Бургер, L; Хоршид, М; Хауссер, Дж; Berninger, P; Ротбаллер, А; Аскано, М; Юнгкамп, AC; Munschauer, M; Ульрих, А; Уордл, GS; Дьюэлл, S; Заволан, М; Тушл, Т. (2010b). «PAR-CliP - метод определения транскриптомных сайтов связывания РНК-связывающих белков» . Журнал визуализированных экспериментов (41): e2034. DOI : 10.3791 / 2034 . PMC 3156069 . PMID 20644507 .
- Holmqvist, E; Райт, PR; Ли, Л; Бишлер, Т; Барквист, L; Рейнхардт, Р. Backofen, R; Фогель, Дж (2016). «Глобальные паттерны распознавания РНК посттранскрипционных регуляторов Hfq и CsrA, выявленные с помощью УФ-сшивания in vivo» . EMBO J . 35 (9): 991–1011. DOI : 10.15252 / embj.201593360 . PMC 5207318 . PMID 27044921 .
- Инс-Данн, Дж; Окано, HJ; Дженсен, КБ; Парк, Вайоминг; Чжун, Р. Уле, Дж; Мел, А; Fak, JJ; Ян, CW; Чжан, К; Ю, Дж; Herre, M; Окано, H; Noebels, JL; Дарнелл, РБ (2012). «Нейрональные Elav-подобные (Hu) белки регулируют сплайсинг и изобилие РНК, чтобы контролировать уровень глутамата и возбудимость нейронов» . Нейрон . 75 (6): 1067–1080. DOI : 10.1016 / j.neuron.2012.07.009 . PMC 3517991 . PMID 22998874 .
- Ke, S; Алему, Э.А.; Мертенс, К; Гантман, ЕС; Fak, JJ; Мел, А; Харипал, Б; Цукер-Шарфф, я; Мур, MJ; Парк, CY; Vågbø, CB; Kusnierczyk, A; Клунгланд, А; Дарнелл, Дж. Э .; Дарнелл, РБ (2015). «Большинство остатков m6A находятся в последних экзонах, что делает возможной регуляцию 3'-UTR» . Гены и развитие . 29 (19): 2037–53. DOI : 10,1101 / gad.269415.115 . PMC 4604345 . PMID 26404942 .
- Ke, S; Пандья-Джонс, А; Сайто, Y; Fak, JJ; Vågbø, CB; Геула, S; Ханна, JH; Черный, DL; Дарнелл, Дж. Э .; Дарнелл, РБ (2017). «Модификации мРНК m6A депонируются в формирующейся пре-мРНК и не требуются для сплайсинга, но определяют цитоплазматический оборот» . Гены и развитие . 31 (10): 990–1006. DOI : 10,1101 / gad.301036.117 . PMC 5495127 . PMID 28637692 .
- Кениг, Дж; Зарнак, К; Rot, G; Курк, Т; Kayikci, M; Зупан, Б; Тернер, диджей; Ласкомб, Нью-Мексико; Уле, Дж (2010). «iCLIP показывает функцию частиц hnRNP в сплайсинге при разрешении отдельных нуклеотидов» . Nat Struct Mol Biol . 17 (7): 909–915. DOI : 10.1038 / nsmb.1838 . PMC 3000544 . PMID 20601959 .
- Кениг, Дж; МакГлинси, штат Нью-Джерси; Уле, Дж (2012). «Анализ взаимодействий белок-РНК с разрешением одиночных нуклеотидов с использованием iCLIP и секвенирования следующего поколения». Последовательность следующего поколения на основе тегов . п. 153. DOI : 10.1002 / 9783527644582.ch10 . ISBN 978-3527644582.
- Кениг, Дж; Зарнак, К; Ласкомб, Нью-Мексико; Уле, Дж (2012). «Взаимодействия белок-РНК: новые геномные технологии и перспективы» . Природа Обзоры Генетики . 13 (2): 77–83. DOI : 10.1038 / nrg3141 . PMC 4962561 . PMID 22251872 .
- Люнг, AK; Янг, AG; Бхуткар, А; Чжэн, GX; Bosson, AD; Нильсен, CB; Шарп, Пенсильвания (2011). «Полногеномная идентификация сайтов связывания Ago2 из эмбриональных стволовых клеток мыши со зрелыми микроРНК и без них» . Nat Struct Mol Biol . 19 (9): 1084. DOI : 10.1038 / nsmb0911-1084a . PMC 3078052 .
- Licatalosi, DD; Мел, А; Fak, JJ; Уле, Дж; Kayikci, M; Chi, SW; Кларк, TA; Швейцер, AC; Блюм, Дж. Э .; Ван, Х; Дарнелл, JC; Дарнелл, РБ (2008). «HITS-CLIP дает возможность проникновения в суть генома альтернативной обработки РНК мозга» . Природа . 456 (7221): 464–469. DOI : 10,1038 / природа07488 . PMC 2597294 . PMID 18978773 .
- Licatalosi, DD; Яно, М; Fak, JJ; Мел, А; Грабинский С.Е .; Чжан, К; Дарнелл, РБ (2012). «Ptbp2 подавляет сплайсинг, специфичный для взрослых, чтобы регулировать генерацию нейрональных предшественников в эмбриональном мозге» . Genes Dev . 26 (14): 1626–1642. DOI : 10,1101 / gad.191338.112 . PMC 3404389 . PMID 22802532 .
- Мили, S; Стейтц, Дж. А. (2004). «Доказательства реассоциации РНК-связывающих белков после лизиса клеток: значение для интерпретации анализов иммунопреципитации» . РНК . 10 (11): 1692–4. DOI : 10,1261 / rna.7151404 . PMC 1370654 . PMID 15388877 .
- Мур, JJ; Чжан, К; Гантман, ЕС; Мел, А; Дарнелл, JC; Дарнелл, РБ (2014). «Картирование взаимодействий аргонавтов и обычных РНК-связывающих белков с РНК при разрешении одного нуклеотида с использованием анализа HITS-CLIP и CIMS» . Протоколы природы . 9 (2): 263–293. DOI : 10.1038 / nprot.2014.012 . PMC 4156013 . PMID 24407355 .
- Сэнфорд, младший; Ван, Х; Морт, М; Фандуйн, N; Купер, Д. Н.; Муни, SD; Эденберг, HJ; Лю, Y (2009). «Фактор сплайсинга SFRS1 распознает функционально разнообразный ландшафт транскриптов РНК» . Геномные исследования . 19 (3): 381–394. DOI : 10.1101 / gr.082503.108 . PMC 2661799 . PMID 19116412 .
- Сугимото, Y; Кениг, Дж; Хуссейн, S; Зупан, Б; Курк, Т; Фрай, М; Уле, Дж (3 августа 2012 г.). «Анализ методов CLIP и iCLIP для исследований нуклеотидного разрешения белок-РНК взаимодействий» . Геномная биология . 13 (8): R67. DOI : 10.1186 / GB-2012-13-8-R67 . PMC 4053741 . PMID 22863408 .
- Томсон, DW; Bracken, CP; Гудолл, GJ (2011). «Экспериментальные стратегии для идентификации мишеней микроРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (16): 6845–6853. DOI : 10.1093 / NAR / gkr330 . PMC 3167600 . PMID 21652644 .
- Уль, М; Houwaart, T; Corrado, G; Райт, PR; Бакофен, Р. (2017). «Вычислительный анализ данных CLIP-seq». Методы . 118 : 60–72. DOI : 10.1016 / j.ymeth.2017.02.006 . PMID 28254606 .
- Уле, Дж; Дженсен, К. Руджиу, М; Мел, А; Уле, А; Дарнелл, РБ (14 ноября 2003 г.). «CLIP идентифицировал регулируемые Nova сети РНК в головном мозге». Наука . 302 (5648): 1212–1215. DOI : 10.1126 / science.1090095 . PMID 14615540 . S2CID 23420615 .
- Уле, Дж; Дженсен, К. Мел, А; Дарнелл, РБ (2005). «CLIP: метод определения сайтов белок-РНК взаимодействий в живых клетках». Методы . 37 (4): 376–386. DOI : 10.1016 / j.ymeth.2005.07.018 . PMID 16314267 .
- Сюэ, Y; Чжоу, Y; Ву, Т; Чжу, Т; Ju, X; Квон, Ю.С.; Чжан, К; Yeo, G; Черный, DL; Вс, ч; Fu, XD; Чжан, Y (2009). «Полногеномный анализ взаимодействий PTB-РНК раскрывает стратегию, используемую общим репрессором сплайсинга для модуляции включения или пропуска экзонов» . Молекулярная клетка . 36 (6): 996–1006. DOI : 10.1016 / j.molcel.2009.12.003 . PMC 2807993 . PMID 20064465 .
- Ян, JH; Ли, JH; Shao, P; Чжоу, H; Чен, YQ; Ку, LH (2011). «starBase: база данных для изучения карт взаимодействия микроРНК-мРНК из данных Argonaute CLIP-Seq и Degradome-Seq» . Nucleic Acids Res . 39 (выпуск базы данных): D202 – D209. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1056 . PMC 3013664 . PMID 21037263 .
- Йео, GW; Coufal, NG; Liang, TY; Пэн, GE; Fu, XD; Гейдж, FH (2009). «Код РНК для регулятора сплайсинга FOX2, выявленный путем картирования взаимодействий РНК-белок в стволовых клетках» . Nat Struct Mol Biol . 16 (2): 130–137. DOI : 10.1038 / nsmb.1545 . PMC 2735254 . PMID 19136955 .
- Чжан, К; Дарнелл, РБ (2011). «Картирование взаимодействий белок-РНК in vivo при разрешении одного нуклеотида из данных HITS-CLIP» . Природа Биотехнологии . 29 (7): 607–614. DOI : 10.1038 / nbt.1873 . PMC 3400429 . PMID 21633356 .
- Zisoulis, DG; Lovci, MT; Уилберт, ML; Хатт, КР; Liang, TY; Pasquinelli, AE; Йео, GW (2010). «Комплексное открытие эндогенных сайтов связывания Argonaute у Caenorhabditis elegans » . Nat Struct Mol Biol . 17 (2): 173–179. DOI : 10.1038 / nsmb.1745 . PMC 2834287 . PMID 20062054 .
- Каргаполова, Ы; Левин, М; Лакнер, К; Данквардт, S (2017). «sCLIP - интегрированная платформа для изучения РНК-белковых взаимодействий в биомедицинских исследованиях: идентификация CSTF2tau в альтернативном процессинге малых ядерных РНК» . Nucleic Acids Res . 45 (10): 6074–6086. DOI : 10.1093 / NAR / gkx152 . PMC 5449641 . PMID 28334977 .