Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
DDB1
Белок DDB1 PDB 2b5l.png
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

2B5L , 2B5M , 2B5N , 2HYE , 3E0C , 3EI1 , 3EI2 , 3EI3 , 3EI4 , 3I7H , 3I7K , 3I7L , 3I7N , 3I7O , 3I7P , 3I89 , 3I8C , 3I8E , 4A08 , 4A09 , 4A0A , 4A0B , 4A0K , 4A0L , 4A11 , 4CI1 , 4CI2, 4CI3 , 4E54 , 4E5Z , 4TZ4 , 5FQD , 5HXB

Идентификаторы
ПсевдонимыDDB1 , DDBA, UV-XAP1, XPCE, XPE, XPE-BF, специфический для повреждения ДНК-связывающий белок 1
Внешние идентификаторыOMIM : 600045 MGI : 1202384 HomoloGene : 1448 GeneCard : DDB1
Расположение гена ( человек )
Chr.Хромосома 11 (человека) [1]
Группа11q12.2Начинать61 299 451 п.н. [1]
Конец61 342 596 п.н. [1]
Расположение гена ( Мышь )
Chr.Хромосома 19 (мышь) [2]
Группа19 А | 19 6,66 смНачинать10 605 327 п.н. [2]
Конец10 629 819 п.н. [2]
Генная онтология
Молекулярная функция• связывание ДНК
• ГО: 0001948 связывание белка
• связывание нуклеиновой кислоты
• поврежденной ДНК связывания
• связывания с белками, преодолением
• Cullin связыванием белка семейства
• WD40-повтор домен связывания
• GO: 0032403 макромолекулярного комплекса связывания
Сотовый компонент• цитоплазма
• нуклеоплазма
• убиквитинлигазный комплекс Cul4A-RING E3
• убиквитин-лигазный комплекс Cul4B-RING E3
• внеклеточная экзосома
• ядро клетки
• ядерная хромосома, теломерная область
• внеклеточный
• убиквитинолигазный комплекс Cul4-RING E3
• макромолекулярный комплекс
Биологический процесс• регуляция фазового перехода митотического клеточного цикла
• эксцизионная репарация нуклеотидов
• эксцизионная репарация нуклеотидов, распознавание повреждений ДНК
• позитивная регуляция вирусом уровней вирусного белка в клетке-хозяине
• моноубиквитинирование гистона H2A
• негативная регуляция апоптотического процесса
• сигнальный путь Wnt
• глобальный эксцизионная репарация генома
• взаимодействие с симбионтом
• положительная регуляция высвобождения вируса из клетки-хозяина
• положительная регуляция репликации вирусного генома
• эксцизионная репарация нуклеотидов, связанная с транскрипцией
• GO: 0022415 вирусный процесс
• эксцизионная репарация нуклеотидов, разрез ДНК
• эксцизионная репарация УФ-повреждений
• репарация ДНК
• опосредованный протеасомами убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс
• реакция на повреждение ДНК, обнаружение повреждений ДНК
• эксцизионная репарация нуклеотидов, разрез ДНК, 3'-с поражением
• нуклеотид-эксцизионная репарация, preincision комплекс стабилизация
• ремонт нуклеотида-иссечение, ДНК - дуплекс , разматывании
• нуклеотида-эксцизионная репарация, preincision комплекс сборка
• ремонт нуклеотида-иссечение, ДНК надрез, 5'-к поражению
• посттрансляционная модификация
• протеасомный белковый катаболический процесс
• клеточный ответ на стимул повреждения ДНК
• убиквитинирование белков
• положительная регуляция катаболического процесса белков
• убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс
• регуляция циркадного ритма
• позитивная регуляция глюконеогенеза
• ритмический процесс
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

1642

13194

Ансамбль

ENSG00000167986

ENSMUSG00000024740

UniProt

Q16531

Q3U1J4

RefSeq (мРНК)

NM_001923

NM_015735

RefSeq (белок)

NP_001914

NP_056550

Расположение (UCSC)Chr 11: 61,3 - 61,34 МбChr 19: 10.61 - 10.63 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Повреждения ДНК-связывающий белок 1 представляет собой белок , который у человека кодируется DDB1 гена . [5] [6] [7]

Джин [ править ]

Положение гена находится на хромосоме 11q12-q13. [8]

Белок [ править ]

Ген DDB1 кодирует большую субъединицу белка , связывающего повреждения ДНК , гетеродимер, состоящий из большой и малой ( DDB2 ) субъединицы. DDB1 содержит 1140 аминокислот, что составляет 127 кДа. [8]

Функция [ править ]

Как следует из названия, DDB1 изначально участвовал в процессе репарации ДНК определенного типа, известной как эксцизионная репарация нуклеотидов . С тех пор исследователи обнаружили, что DDB1 в первую очередь функционирует как основной компонент комплексов убиквитин-лигазы E3 на основе CUL4A и CUL4B . DDB1 служит мостиком или адаптерным белком, который взаимодействует с десятками белков, известных как DDB1 и CUL4-ассоциированные факторы (DCAF). [9] Эти DCAF часто являются субстратами убиквитинлигазы и регулируют многочисленные важные процессы в клетке, включая репарацию ДНК (DDB2), репликацию ДНК, ремоделирование хроматина ( Cdt2 ) и многое другое.

Взаимодействия [ править ]

DDB1 взаимодействует с гомологом белка инициации транскрипции SPT3 , [10] GCN5L2 , [11] DDB2 , [12] [13] CUL4A , [13] CUL4B [13] и P21 . [14]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000167986 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024740 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Dualan Р, Т Броуди, Кини S, Николс А.Ф., Admon А, Линн S (февраль 1996). «Хромосомная локализация и клонирование кДНК генов (DDB1 и DDB2) для субъединиц p127 и p48 человеческого ДНК-связывающего белка, специфичного к повреждению». Геномика . 29 (1): 62–9. DOI : 10.1006 / geno.1995.1215 . PMID 8530102 . 
  6. ^ Секи N, Hayashi А, Хаттори А, Kozuma S, Сасаки М, Suzuki Y, Суган S, Мураматс М, Т Саито (январь 2000). «Клонирование кДНК, тканевая экспрессия и хромосомная принадлежность мышиного гена, кодирующего 127 кДа УФ-поврежденный связывающий белок ДНК, который является дефектным в клетках XPE» . ДНК Res . 6 (5): 319–22. DOI : 10.1093 / dnares / 6.5.319 . PMID 10574459 . 
  7. ^ «Ген Entrez: ДНК-связывающий белок 1, специфичный к повреждению DDB1, 127 кДа» .
  8. ^ а б Айовин, Барбара; Яннелла, Мария Луиджа; Бевилаква, Мария Ассунта (2011). «ДНК-связывающий белок 1, специфичный к повреждению (DDB1): белок с широким спектром функций» . Международный журнал биохимии и клеточной биологии . Эльзевир. 43 (12): 1664–1667. DOI : 10.1016 / j.biocel.2011.09.001 . PMID 21959250 . 
  9. ^ Ли Дж (2007). "DCAFs, недостающее звено убиквитин-лигазы CUL4-DDB1". Молекулярная клетка . 26 (6): 775–780. DOI : 10.1016 / j.molcel.2007.06.001 . PMID 17588513 . 
  10. ^ Martinez E, Palhan VB, Tjernberg A, Лымарь Е.С., Gamper А.М., Кунду Т.К., Хаит BT, Редер RG (октябрь 2001). «Комплекс STAGA человека представляет собой коактиватор транскрипции, ацетилирующий хроматин, который взаимодействует с факторами сплайсинга пре-мРНК и факторами связывания повреждений ДНК in vivo» . Мол. Клетка. Биол . 21 (20): 6782–95. DOI : 10.1128 / MCB.21.20.6782-6795.2001 . PMC 99856 . PMID 11564863 .  
  11. ^ Хуанг Дж, Чен Дж (июль 2008 г.). «VprBP нацеливает Мерлин на лигазный комплекс Roc1-Cul4A-DDB1 E3 для деградации» . Онкоген . 27 (29): 4056–64. DOI : 10.1038 / onc.2008.44 . PMID 18332868 . 
  12. ^ Bergametti F, Sitterlin D, Transy C (июль 2002). «Оборот белка X вируса гепатита В регулируется поврежденным ДНК-связывающим комплексом» . J. Virol . 76 (13): 6495–501. DOI : 10,1128 / JVI.76.13.6495-6501.2002 . PMC 136256 . PMID 12050362 .  
  13. ^ a b c Герреро-Санторо Дж., Капетанаки М.Г., Сие К.Л., Горбачинский I, Левин А.С., Рапич-Отрин V (июль 2008 г.). «На основе cullin 4B поврежденная УФ-излучением ДНК-связывающая протеин-лигаза связывается с поврежденным УФ-излучением хроматином и убиквитинирует гистон H2A» . Cancer Res . 68 (13): 5014–22. DOI : 10.1158 / 0008-5472.CAN-07-6162 . PMID 18593899 . 
  14. ^ Аббас Т, U Sivaprasad, Тераи К, Амадор В, Пагано М, Датт А (сентябрь 2008 г.). «PCNA-зависимая регуляция убиквитилирования и деградации p21 через комплекс убиквитин-лигазы CRL4Cdt2» . Genes Dev . 22 (18): 2496–506. DOI : 10,1101 / gad.1676108 . PMC 2546691 . PMID 18794347 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Чу Г, Чанг Э (1988). «В клетках Xeroderma pigmentosum группы E отсутствует ядерный фактор, который связывается с поврежденной ДНК». Наука . 242 (4878): 564–7. DOI : 10.1126 / science.3175673 . PMID  3175673 .
  • Ли TH, Элледж SJ, Butel JS (1995). «Белок вируса Х гепатита В взаимодействует с вероятным белком репарации клеточной ДНК» . J. Virol . 69 (2): 1107–14. DOI : 10,1128 / JVI.69.2.1107-1114.1995 . PMC  188683 . PMID  7815490 .
  • Кини С., Экер А.П., Броуди Т. и др. (1994). «Коррекция дефекта репарации ДНК в группе E пигментной ксеродермы путем инъекции белка, связывающего повреждения ДНК» (PDF) . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 91 (9): 4053–6. DOI : 10.1073 / pnas.91.9.4053 . PMC  43721 . PMID  8171034 .
  • Кини С., Чанг Г.Дж., Линн С. (1993). «Характеристика белка, связывающего повреждение ДНК человека, вовлеченного в xeroderma pigmentosum E.». J. Biol. Chem . 268 (28): 21293–300. PMID  8407967 .
  • Хван Би Джей, Ляо Джи Си, Чу Джи (1996). «Выделение кДНК, кодирующей поврежденный УФ излучением фактор связывания ДНК, дефектный в клетках группы E xeroderma pigmentosum». Мутат. Res . 362 (1): 105–17. DOI : 10.1016 / 0921-8777 (95) 00040-2 . PMID  8538642 .
  • Николс А.Ф., Онг П., Линн С. (1996). «Мутации, специфичные для фенотипа группы E Ddb- xeroderma pigmentosum» . J. Biol. Chem . 271 (40): 24317–20. DOI : 10.1074 / jbc.271.40.24317 . PMID  8798680 .
  • Лю В., Николс А.Ф., Грэм Дж. А. и др. (2000). «Ядерный транспорт человеческого белка DDB, индуцированный ультрафиолетом» . J. Biol. Chem . 275 (28): 21429–34. DOI : 10.1074 / jbc.M000961200 . PMID  10777491 .
  • Мартинес Э., Палхан В.Б., Тьернберг А. и др. (2001). «Комплекс STAGA человека представляет собой коактиватор транскрипции, ацетилирующий хроматин, который взаимодействует с факторами сплайсинга пре-мРНК и факторами связывания повреждений ДНК in vivo» . Мол. Клетка. Биол . 21 (20): 6782–95. DOI : 10.1128 / MCB.21.20.6782-6795.2001 . PMC  99856 . PMID  11564863 .
  • Чен X, Чжан И, Дуглас Л., Чжоу П. (2002). «Поврежденные УФ-излучением ДНК-связывающие белки являются мишенями для CUL-4A-опосредованного убиквитинирования и деградации» . J. Biol. Chem . 276 (51): 48175–82. DOI : 10.1074 / jbc.M106808200 . PMID  11673459 .
  • Рапич-Отрин V, член парламента МакЛенигана, Бизи, округ Колумбия, и др. (2002). «Последовательное связывание УФ-фактора связывания повреждений ДНК и деградация субъединицы p48 как ранние события после УФ-облучения» . Nucleic Acids Res . 30 (11): 2588–98. DOI : 10.1093 / NAR / 30.11.2588 . PMC  117178 . PMID  12034848 .
  • Бергаметти Ф., Ситтерлин Д., Транси С. (2002). «Оборот белка X вируса гепатита В регулируется поврежденным ДНК-связывающим комплексом» . J. Virol . 76 (13): 6495–501. DOI : 10,1128 / JVI.76.13.6495-6501.2002 . PMC  136256 . PMID  12050362 .
  • Бонтрон С., Лин-Марк Н., Струбин М. (2002). «Белок вируса гепатита B X, связанный с UV-DDB1, вызывает гибель клеток в ядре и функционально антагонистичен UV-DDB2» . J. Biol. Chem . 277 (41): 38847–54. DOI : 10.1074 / jbc.M205722200 . PMID  12151405 .
  • Андреева Дж., Пул Э., Янг Д.Ф. и др. (2002). «Субъединица p127 (DDB1) связывающего белка репарации повреждений ДНК УФ-излучением важна для целенаправленной деградации STAT1 белком V парамиксовируса обезьяньего вируса 5» . J. Virol . 76 (22): 11379–86. DOI : 10.1128 / JVI.76.22.11379-11386.2002 . PMC  136798 . PMID  12388698 .
  • Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (26): 16899–903. DOI : 10.1073 / pnas.242603899 . PMC  139241 . PMID  12477932 .
  • Гройсман Р., Полановска Дж., Кураока И. и др. (2003). «Активность убиквитинлигазы в комплексах DDB2 и CSA по-разному регулируется сигнаносомой COP9 в ответ на повреждение ДНК». Cell . 113 (3): 357–67. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (03) 00316-7 . PMID  12732143 . S2CID  11639677 .
  • Леупин О, Бонтрон С, Струбин М (2003). «Белок X вируса гепатита B и белок 5 V вируса обезьяны проявляют сходные свойства связывания UV-DDB1, опосредуя различные активности» . J. Virol . 77 (11): 6274–83. DOI : 10,1128 / JVI.77.11.6274-6283.2003 . PMC  154990 . PMID  12743284 .
  • Wertz IE, O'Rourke KM, Zhang Z, et al. (2004). «Де-этиолированный-1 человека регулирует c-Jun путем сборки убиквитинлигазы CUL4A» (PDF) . Наука . 303 (5662): 1371–4. DOI : 10.1126 / science.1093549 . PMID  14739464 . S2CID  40501515 .
  • Бауместер Т., Баух А., Раффнер Х. и др. (2004). «Физическая и функциональная карта пути передачи сигнала человеческого TNF-альфа / NF-каппа B». Nat. Cell Biol . 6 (2): 97–105. DOI : 10.1038 / ncb1086 . PMID  14743216 . S2CID  11683986 .