Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Не путать с дендрограммой .
Дендрограмма иерархической кластеризации (UPGMA) с высотой узлов (адаптировано из данных последовательности бактериальной 5S рРНК [1] ).
Выходные данные дендрограммы для иерархической кластеризации морских провинций с использованием наличия / отсутствия видов губок. [2]
Дендрограмма Древа Жизни . Это филогенетическое дерево адаптировано из Woese et al. рРНК анализ. [3] Вертикальная линия внизу представляет последнего универсального общего предка (LUCA).
Тепловая карта данных RNA-Seq, показывающая две дендрограммы на левом и верхнем полях.

Дендрограммы является схемой , представляющей собой дерево . Это схематическое представление часто используется в разных контекстах:

Название дендрограмма происходит от двух древнегреческих слов δένδρον ( déndron ), означающих «дерево», и γράμμα ( grámma ), что означает «рисунок, математическая фигура». [7] [8]

Пример кластеризации [ править ]

В качестве примера кластеризации предположим, что пять таксонов ( до ) были сгруппированы UPGMA на основе матрицы генетических расстояний . Иерархическая кластеризация дендрограмма бы показать столбец из пяти узлов , представляющий исходные данные (здесь отдельные таксоны), а остальные узлы представляют собой кластеры , к которым принадлежат данные, с помощью стрелок , представляющего расстояние (несходств). Расстояние между объединенными кластерами монотонно, увеличиваясь с уровнем слияния: высота каждого узла на графике пропорциональна значению межгруппового несходства между двумя его дочерними элементами (узлы справа, представляющие отдельные наблюдения, все нанесены на ноль. высота).

См. Также [ править ]

  • Кладограмма
  • Матрицы расстояний в филогении
  • Иерархическая кластеризация
  • MEGA , бесплатная программа для рисования дендрограмм
  • yEd , бесплатная программа для рисования и автоматического построения дендрограмм

Ссылки [ править ]

Цитаты [ править ]

  1. ^ Своффорд Д.Л., Olsen ГДж, Уоделл PJ, Хиллиса ДМ (1996). «Филогенетический вывод». В Hillis DM, Moritz C, Mable BK (ред.). Молекулярная систематика, 2-е издание . Сандерленд, Массачусетс: Синауэр. С. 407–514. ISBN 9780878932825.
  2. ^ Ван Зёст R, Боури-Эсно N, Vacelet Дж, Dohrmann М, Erpenbeck Д, Де Voogd N, N Санто-Доминго, Vanhoorne В, Келли М, Хупер J (2012). «Глобальное разнообразие губок (Porifera)» . PLOS One . 7 (4): e35105. Bibcode : 2012PLoSO ... 735105V . DOI : 10.1371 / journal.pone.0035105 . PMC 3338747 . PMID 22558119 .  
  3. ^ Woese, Карл Р .; Кандлер, О ; Уилис, М. (1990). «На пути к естественной системе организмов: предложение для доменов архей, бактерий и эукариев» (PDF) . Proc Natl Acad Sci USA . 87 (12): 4576–4579. Bibcode : 1990PNAS ... 87.4576W . DOI : 10.1073 / pnas.87.12.4576 . PMC 54159 . PMID 2112744 .   
  4. ^ Everitt, Brian (1998). Статистический словарь . Кембридж, Великобритания: Издательство Кембриджского университета. п. 96 . ISBN 0-521-59346-8.
  5. ^ Уилкинсон, Лиланд; Дружелюбный, Майкл (май 2009 г.). «История кластерной тепловой карты». Американский статистик . 63 (2): 179–184. DOI : 10.1198 / tas.2009.0033 .
  6. ^ «Филогенетическое дерево (биология)» . Британская энциклопедия . Проверено 22 октября 2018 .
  7. ^ Байи, Анатоль (1981-01-01). Abrégé du dictionnaire grec français . Париж: Ашетт. ISBN 2010035283. OCLC  461974285 .
  8. ↑ Байи, Анатоль. «Греко-французский словарь онлайн» . www.tabularium.be . Проверено 20 октября 2018 года .

Источники [ править ]

  • Галили, Т. (2015). «dendextend: пакет R для визуализации, настройки и сравнения деревьев иерархической кластеризации» . Биоинформатика . 31 (22): 3718–3720. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btv428 . PMC  4817050 . PMID  26209431 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Дендрограмма радужки - пример использования дендрограммы для визуализации 3 кластеров из иерархической кластеризации с использованием «полного» метода по сравнению с реальной категорией видов (с использованием R ).