В химии , биохимии и фармакологии , А константа диссоциации ( ) представляет собой тип специфика равновесной константы , что измеряет склонность более крупного объекта к отдельной (диссоциируют) обратимо на более мелкие компоненты, например , когда комплекс распадается на составляющие его молекулы , или когда соль распадается на составляющие ионы . Константа диссоциации является обратной от константы ассоциации . В частном случае солей константу диссоциации можно также назвать константой ионизации . [1]
Для общей реакции:
в котором комплекс распадается на субъединицы x A и субъединицы y B, константа диссоциации определяется
где [A], [B] и [A x B y ] - равновесные концентрации A, B и комплекса A x B y , соответственно.
Одна из причин популярности константы диссоциации в биохимии и фармакологии заключается в том, что в часто встречающемся случае, когда x = y = 1, K d имеет простую физическую интерпретацию: когда , тогда или эквивалентно . То есть K d , имеющий размеры концентрации, равен концентрации свободного A, при которой половина всех молекул B связана с A. Эта простая интерпретация не применима для более высоких значений x или y. Это также предполагает отсутствие конкурирующих реакций, хотя вывод может быть расширен для явного учета и описания конкурентного связывания. [ необходима цитата ] Это полезно в качестве быстрого описания связывания вещества, так же какEC50 и IC50 описывают биологическую активность веществ.
Концентрация связанных молекул [ править ]
Молекулы с одним сайтом связывания [ править ]
Экспериментально концентрацию комплекса молекул [AB] получают косвенно из измерения концентрации свободных молекул, либо [A], либо [B]. [2] В принципе, общие количества молекул [A] 0 и [B] 0, добавленных в реакцию, известны. Они разделяются на свободные и связанные компоненты согласно принципу сохранения массы:
Чтобы отследить концентрацию комплекса [AB], нужно подставить концентрацию свободных молекул ([A] или [B]) в соответствующие уравнения сохранения на определение константы диссоциации,
Это дает концентрацию комплекса, связанную с концентрацией любой из свободных молекул.
Макромолекулы с идентичными независимыми сайтами связывания [ править ]
Многие биологические белки и ферменты могут иметь более одного сайта связывания. [2] Обычно, когда лиганд L связывается с макромолекулой M , он может влиять на кинетику связывания других лигандов L, связывающихся с макромолекулой. Можно сформулировать упрощенный механизм, если сродство всех сайтов связывания можно считать независимым от числа лигандов, связанных с макромолекулой. Это справедливо для макромолекул, состоящих из более чем одной, в основном идентичных субъединиц. Затем можно предположить, что каждая из этих n субъединиц идентична, симметрична и имеет только один единственный сайт связывания. Тогда концентрация связанных лигандов становится равной
В данном случае, но включает все частично насыщенные формы макромолекулы:
где насыщение происходит ступенчато
Для вывода общего уравнения связывания функция насыщения определяется как отношение доли связанного лиганда к общему количеству макромолекулы:
Даже если все микроскопические константы диссоциации [ необходимо пояснение ] идентичны, они отличаются от макроскопических, и существуют различия между каждым этапом связывания. [ требуется пояснение ] Общая взаимосвязь между обоими типами констант диссоциации для n сайтов связывания:
Следовательно, отношение связанного лиганда к макромолекулам становится
где - биномиальный коэффициент . Затем первое уравнение доказывается с помощью правила бинома
Связывание белок-лиганд [ править ]
Константа диссоциации обычно используется для описания сродства между лигандом (таким как лекарство ) и белком ; т.е. насколько прочно лиганд связывается с конкретным белком. На аффинность лиганд-белок влияют нековалентные межмолекулярные взаимодействия между двумя молекулами, такие как водородные связи , электростатические взаимодействия , гидрофобные и ван-дер-ваальсовы силы . На аффинность также могут влиять высокие концентрации других макромолекул, что вызывает скопление макромолекул . [3] [4]
Формирование комплекса лиганд-белок можно описать двухступенчатым процессом.
соответствующая константа диссоциации определяется
где и представляют собой молярные концентрации белка, лиганда и комплекса соответственно.
Константа диссоциации имеет молярные единицы (M) и соответствует концентрации лиганда, при которой половина белков занята в состоянии равновесия, [5] то есть концентрации лиганда, при которой концентрация белка со связанным лигандом равна концентрации белка с лиганд не связан . Чем меньше константа диссоциации, тем более прочно связан лиганд или тем выше сродство между лигандом и белком. Например, лиганд с наномолярной (нМ) константой диссоциации более плотно связывается с конкретным белком, чем лиганд с микромолярной (мкМ) константой диссоциации.
Субпикомолярные константы диссоциации в результате нековалентных связывающих взаимодействий между двумя молекулами встречаются редко. Тем не менее, есть несколько важных исключений. Биотин и авидин связываются с константой диссоциации примерно 10 -15 М = 1 фМ = 0,000001 нМ. [6] Белки-ингибиторы рибонуклеазы могут также связываться с рибонуклеазой с аналогичной аффинностью 10-15 М. [7] Константа диссоциации для конкретного взаимодействия лиганд-белок может значительно изменяться в зависимости от условий раствора (например, температуры , pHи концентрация соли). Эффект различных условий раствора заключается в том, чтобы эффективно изменять силу любых межмолекулярных взаимодействий, удерживающих вместе определенный комплекс лиганд-белок.
Лекарства могут вызывать вредные побочные эффекты из-за взаимодействия с белками, для которых они не предназначены или не предназначены для взаимодействия. Поэтому многие фармацевтические исследования направлены на разработку лекарств, которые связываются только со своими целевыми белками (отрицательный дизайн) с высоким сродством (обычно 0,1-10 нМ) или на улучшение сродства между конкретным лекарством и его белковой мишенью in vivo (положительный дизайн ).
Антитела [ править ]
В конкретном случае связывания антител (Ab) с антигеном (Ag) обычно термин константа аффинности относится к константе ассоциации.
Это химическое равновесие также является отношением постоянных скорости (k вперед ) и скорости выхода (k назад ). Два антитела могут иметь одинаковую аффинность, но одно может иметь высокую константу включения и выключения, а другое может иметь низкую константу включения и выключения.
Кислотно-основные реакции [ править ]
Кислоты и основания |
---|
|
Кислотные типы |
|
Базовые типы |
|
Для депротонирования из кислот , К известна как K а , в кислотной константы диссоциации . Более сильные кислоты, например серная или фосфорная кислота , имеют более высокие константы диссоциации; более слабые кислоты, такие как уксусная , имеют меньшие константы диссоциации.
(Символ , используемый для константы диссоциации кислоты, может привести к путанице с константой ассоциации, и может потребоваться увидеть реакцию или выражение равновесия, чтобы узнать, что имеется в виду.)
Константы кислотной диссоциации иногда выражаются как:
Эта нотация также встречается в других контекстах; он в основном используется для ковалентной диссоциации (т. е. реакций, в которых образуются или разрываются химические связи), поскольку такие константы диссоциации могут сильно различаться.
Молекула может иметь несколько констант диссоциации кислоты. В связи с этим мы определяем монопротонные , дипротонные и трипротонные кислоты в зависимости от количества протонов, от которых они могут отказаться . Первые (например, уксусная кислота или аммоний ) имеют только одну диссоциируемую группу, вторая ( угольная кислота , бикарбонат , глицин ) имеет две диссоциируемые группы, а третья (например, фосфорная кислота) имеет три диссоциируемые группы. В случае нескольких значений p K они обозначаются индексами: p K 1 , p K 2 , p K 3.и так далее. Для аминокислот константа p K 1 относится к ее карбоксильной (-COOH) группе, p K 2 относится к ее амино (-NH 2 ) группе, а p K 3 представляет собой значение p K ее боковой цепи .
Константа диссоциации воды [ править ]
Константа диссоциации воды обозначается K w :
Концентрация воды не указана по соглашению, что означает, что значение K w отличается от значения K eq, которое было бы вычислено с использованием этой концентрации.
Значение K w зависит от температуры, как показано в таблице ниже. Это изменение необходимо учитывать при точных измерениях таких величин, как pH.
Температура воды | К Вт / 10 −14 | pK w [8] |
---|---|---|
0 ° C | 0,112 | 14,95 |
25 ° C | 1.023 | 13,99 |
50 ° С | 5,495 | 13,26 |
75 ° С | 19,95 | 12,70 |
100 ° C | 56,23 | 12,25 |
См. Также [ править ]
- Кислота
- Константа равновесия
- K i База данных
- Конкурентное торможение
- pH
- Сюжет Скэтчарда
- Связывание лиганда
- Жадность
Ссылки [ править ]
- ^ "Постоянная диссоциации" . Химия LibreTexts . 2015-08-09 . Проверено 26 октября 2020 .
- ^ a b Биссвангер, Ганс (2008). Кинетика ферментов: принципы и методы (PDF) . Вайнхайм: Wiley-VCH. п. 302. ISBN. 978-3-527-31957-2.
- ^ Чжоу, H .; Rivas, G .; Минтон, А. (2008). «Макромолекулярное скопление и ограничение: биохимические, биофизические и потенциальные физиологические последствия» . Ежегодный обзор биофизики . 37 : 375–397. DOI : 10.1146 / annurev.biophys.37.032807.125817 . PMC 2826134 . PMID 18573087 .
- ^ Минтон, AP (2001). «Влияние макромолекулярного скопления и макромолекулярного ограничения на биохимические реакции в физиологических средах» (PDF) . Журнал биологической химии . 276 (14): 10577–10580. DOI : 10.1074 / jbc.R100005200 . PMID 11279227 .
- ^ Björkelund, Ханна; Гедда, Ларс; Андерссон, Карл (31 января 2011 г.). «Сравнение взаимодействия эпидермального фактора роста с четырьмя различными клеточными линиями: интригующие эффекты предполагают сильную зависимость от клеточного контекста» . PLOS ONE . 6 (1): e16536. Bibcode : 2011PLoSO ... 616536B . DOI : 10.1371 / journal.pone.0016536 . ISSN 1932-6203 . PMC 3031572 .
- ^ Ливна, О .; Bayer, E .; Вильчек, М .; Суссман Дж. (1993). «Трехмерные структуры авидина и авидин-биотинового комплекса» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 90 (11): 5076–5080. Bibcode : 1993PNAS ... 90.5076L . DOI : 10.1073 / pnas.90.11.5076 . PMC 46657 . PMID 8506353 .
- ^ Johnson, R .; Mccoy, J .; Bingman, C .; Phillips Gn, J .; Рейнс, Р. (2007). «Ингибирование рибонуклеазы поджелудочной железы человека белком ингибитора рибонуклеазы человека» . Журнал молекулярной биологии . 368 (2): 434–449. DOI : 10.1016 / j.jmb.2007.02.005 . PMC 1993901 . PMID 17350650 .
- ^ Бандура, Андрей В .; Львов, Сергей Н. (2006). «Константа ионизации воды в широком диапазоне температур и плотности» (PDF) . Журнал физических и химических справочных данных . 35 (1): 15–30. Bibcode : 2006JPCRD..35 ... 15В . DOI : 10.1063 / 1.1928231 .