Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Ген Enhancer.svg
Здесь представлена ​​четырехступенчатая диаграмма, изображающая использование усилителя. Внутри этой последовательности ДНК белок (-ы), известный как фактор (-ы) транскрипции, связывается с энхансером и увеличивает активность промотора.
  1. ДНК
  2. Усилитель
  3. Промоутер
  4. Ген
  5. Белок активатора транскрипции
  6. Медиаторный белок
  7. РНК-полимераза

В генетике , энхансер является коротким (50-1500 п.н.) область ДНК , которые могут быть связаны белками ( активаторы ) , чтобы увеличить вероятность того, что транскрипция конкретного гена будет происходить. [1] [2] Эти белки обычно называют факторами транскрипции . Энхансеры цис-действующие . Они могут быть расположены на расстоянии до 1 Мбит / с (1000000 пар оснований) от гена, выше или ниже по течению от стартового сайта. [2] [3] В геноме человека есть сотни тысяч энхансеров. [2]Они обнаруживаются как у прокариот, так и у эукариот. [4]

Первое открытие эукариотического энхансера было обнаружено в гене тяжелой цепи иммуноглобулина в 1983 году. [5] [6] [7] Этот энхансер, расположенный в большом интроне, объяснил транскрипционную активацию реаранжированных промоторов гена Vh при нереаранжированном Vh. промоутеры остались неактивными.

Места [ править ]

В эукариотических клетках структура хроматинового комплекса ДНК свернута таким образом, что функционально имитирует сверхспиральное состояние, характерное для прокариотической ДНК, поэтому, хотя энхансерная ДНК может линейно находиться далеко от гена, она пространственно близка к промотору. и ген. Это позволяет ему взаимодействовать с общими факторами транскрипции и РНК-полимеразой II . [8] Тот же механизм справедлив и для сайленсеров в геноме эукариот. Глушители являются антагонистами энхансеров, которые, когда они связаны с собственными факторами транскрипции, называются репрессорами., подавляют транскрипцию гена. Сайленсеры и энхансеры могут находиться в непосредственной близости друг от друга или даже могут быть одной и той же областью, дифференцированной только по фактору транскрипции, с которым связывается область.

Энхансер может располагаться выше или ниже гена, который он регулирует. Более того, энхансер не обязательно должен быть расположен рядом с сайтом инициации транскрипции, чтобы влиять на транскрипцию, поскольку некоторые из них были обнаружены в нескольких сотнях тысяч пар оснований выше или ниже стартового сайта. [9] Энхансеры не действуют на саму промоторную область, но связываются с белками-активаторами . Эти белки-активаторы взаимодействуют с комплексом медиатора , который задействует полимеразу II и общие факторы транскрипции, которые затем начинают транскрибировать гены. Энхансеры также можно найти в интронах.. Ориентацию энхансера можно даже изменить, не влияя на его функцию. [ необходима цитата ] Кроме того, энхансер может быть вырезан и вставлен в другое место хромосомы, но при этом все еще влияет на транскрипцию гена. Это одна из причин того, что полиморфизмы интронов могут иметь эффекты, хотя они не транслируются . [ необходима цитата ] Энхансеры также можно найти в экзонной области неродственного гена [10] [11] [12], и они могут действовать на гены на другой хромосоме . [13]

Энхансеры связаны с p300-CBP, и их местоположение можно предсказать с помощью ChIP-seq против этого семейства коактиваторов. [14] [15] [16] [17]

Теории [ править ]

По состоянию на 2005 год существует две различные теории обработки информации, происходящей с энхансерами: [18]

  • Энхансосомы - полагаются на высоко кооперативное, скоординированное действие и могут быть отключены посредством одноточечных мутаций, которые перемещают или удаляют сайты связывания отдельных белков.
  • Гибкие рекламные щиты - менее интегративные, множественные белки независимо регулируют экспрессию генов, и их сумма считывается базовым механизмом транскрипции.

Примеры в геноме человека [ править ]

HACNS1 [ править ]

HACNS1 (также известный как CENTG2 и расположенный в ускоренной области 2 человека) является генным энхансером, «который, возможно, внес вклад в эволюцию уникального противопоставленного большого пальца человека , а также, возможно, модификации голеностопного сустава или стопы, которые позволяют людям ходить на двух ногах. ноги ". На сегодняшний день данные показывают, что из 110 000 последовательностей энхансеров генов, идентифицированных в геноме человека , HACNS1 претерпел наибольшие изменения в ходе эволюции человека после разделения с предками шимпанзе . [ необходима цитата ]

GADD45G [ править ]

Был описан энхансер рядом с геном GADD45g, который может регулировать рост мозга у шимпанзе и других млекопитающих, но не у человека. [19] Регулятор GADD45G у мышей и шимпанзе активен в областях мозга, где расположены клетки, образующие кору, вентральную часть переднего мозга и таламус, и может подавлять дальнейший нейрогенез. Потеря энхансера GADD45G у людей может способствовать увеличению определенных популяций нейронов и расширению переднего мозга у людей. [ необходима цитата ]

В биологии развития [ править ]

Развитие, дифференциация и рост клеток и тканей требуют точно регулируемых паттернов экспрессии генов . Энхансеры работают как цис-регуляторные элементы, опосредуя как пространственный, так и временной контроль развития, включая транскрипцию в определенных клетках и / или репрессируя ее в других клетках. Таким образом, конкретная комбинация факторов транскрипции и других ДНК-связывающих белков в развивающейся ткани контролирует, какие гены будут экспрессироваться в этой ткани. Энхансеры позволяют использовать один и тот же ген в различных процессах в пространстве и времени. [ необходима цитата ] [20]

Идентификация и характеристика [ править ]

Традиционно энхансеры идентифицировали методами ловушки энхансеров с использованием репортерного гена или сравнительным анализом последовательностей и компьютерной геномикой. В моделях, поддающихся генетическому усмотрению, таких как плодовая мушка Drosophila melanogaster , например, репортерная конструкция, такая как ген lacZ , может быть случайным образом интегрирована в геном с использованием транспозона P элемента . Если репортерный ген интегрируется рядом с энхансером, его экспрессия будет отражать паттерн экспрессии, управляемый этим энхансером. Таким образом, окрашивание мух на экспрессию или активность LacZ и клонирование последовательности, окружающей сайт интеграции, позволяет идентифицировать энхансерную последовательность. [21]

Однако развитие геномных и эпигеномных технологий резко изменило перспективы открытия цис-регуляторных модулей (CRM). Методы секвенирования следующего поколения (NGS) теперь позволяют проводить высокопроизводительные функциональные анализы обнаружения CRM и значительно увеличивать объем доступных данных, включая крупномасштабные библиотеки мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов (TFBS) , коллекции аннотированных, проверенных CRM, а также обширные эпигенетические данные по многим типам клеток делают точное обнаружение CRM с помощью вычислений достижимой целью. Пример подхода на основе NGS под названием DNase-seqпозволили идентифицировать обедненные нуклеосомами или открытые области хроматина, которые могут содержать CRM. Совсем недавно были разработаны такие методы, как ATAC-seq , для которых требуется меньше исходного материала. Истощенные по нуклеосомам области можно идентифицировать in vivo посредством экспрессии метилазы Dam , что позволяет лучше контролировать идентификацию энхансеров, специфичных для клеточного типа. [22] Вычислительные методы включают сравнительную геномику, кластеризацию известных или предсказанных сайтов связывания TF и ​​контролируемые подходы к машинному обучению, обученные на известных CRM. Все эти методы доказали свою эффективность для обнаружения CRM, но каждый имеет свои особенности и ограничения, и каждый из них подвержен большему или меньшему количеству ложноположительных идентификаций. [23]В подходе сравнительной геномика, сохранение последовательности из некодирующих областей может свидетельствовать о усилителях. Последовательности от нескольких видов выравниваются, и консервативные области идентифицируются с помощью вычислений. [24] Затем идентифицированные последовательности могут быть присоединены к репортерному гену, такому как зеленый флуоресцентный белок или lacZ, для определения in vivo паттерна экспрессии гена, продуцируемого энхансером при инъекции в эмбрион. Экспрессию мРНК репортера можно визуализировать с помощью гибридизации in situ , которая обеспечивает более прямую оценку активности энхансера, поскольку она не подвергается сложностям трансляции.и сворачивание белка . Хотя многие доказательства указывают на сохранение последовательности для критических энхансеров развития, другие работы показали, что функция энхансеров может быть сохранена при небольшой консервации первичной последовательности или без нее. Например, энхансеры RET у людей имеют очень низкую консервацию последовательностей по сравнению с таковыми у рыбок данио , но последовательности обоих видов производят почти идентичные паттерны экспрессии репортерного гена у рыбок данио. [24]Аналогичным образом, у сильно разнесенных насекомых (разделенных примерно 350 миллионами лет), сходные паттерны экспрессии нескольких ключевых генов, как было обнаружено, регулируются с помощью аналогичных CRM, хотя эти CRM не демонстрируют какой-либо заметной консервации последовательностей, обнаруживаемой стандартными методами выравнивания последовательностей, такими как ВЗРЫВ . [25]

При сегментации насекомых [ править ]

Усилители , определяющие ранней сегментации в дрозофилы эмбрионов являются одними из наиболее хорошо охарактеризованных усилителями развития. У ранних эмбрионов мух факторы транскрипции гена gap ответственны за активацию и репрессию ряда генов сегментации, таких как гены правила пар . Гены гэпа экспрессируются в блоках вдоль передне-задней оси мухи вместе с другими материнскими эффектами.факторы транскрипции, тем самым создавая зоны, в которых экспрессируются различные комбинации факторов транскрипции. Гены парных правил отделены друг от друга неэкспрессирующими клетками. Более того, полосы экспрессии для разных генов парных правил смещены друг от друга на несколько диаметров клеток. Таким образом, уникальные комбинации экспрессии генов парных правил создают пространственные домены вдоль передне-задней оси для создания каждого из 14 отдельных сегментов. Энхансер 480 п.н., ответственный за управление острой полосой 2 гена правила парного правила, даже пропущенного ( eve ), хорошо охарактеризован. Энхансер содержит 12 различных сайтов связывания для факторов транскрипции материнского гена и фактора транскрипции гена пробела. Сайты активации и репрессии последовательно перекрываются. канунэкспрессируется только в узкой полосе клеток, которые содержат высокие концентрации активаторов и низкие концентрации репрессоров для этой последовательности энхансера. Другие энхансерные области управляют экспрессией eve в 6 других полосах эмбриона. [26]

В формировании паттерна позвоночных [ править ]

Установление осей тела - важный шаг в развитии животных. Во время эмбрионального развития мышей Nodal , лиганд суперсемейства трансформирующего фактора роста-бета , является ключевым геном, участвующим в формировании паттерна как передне-задней оси, так и левой-правой оси ранних эмбрионов. Ген Nodal содержит два энхансера: Proximal Epiblast Enhancer (PEE) и Asymmetric Enhancer (ASE). PEE находится выше гена Nodal и управляет экспрессией Nodal в той части примитивной полосы, которая будет дифференцироваться в узел (также называемый примитивным узлом ). [27]PEE включает экспрессию Nodal в ответ на комбинацию передачи сигналов Wnt плюс второй неизвестный сигнал; таким образом, член семейства факторов транскрипции LEF / TCF, вероятно, связывается с сайтом связывания TCF в клетках узла. Диффузия Nodal от узла формирует градиент, который затем формирует расширяющуюся передне-заднюю ось эмбриона. [28] ASE представляет собой интронный энхансер, связанный с фактором транскрипции Fox1 в головном домене вилки. На ранних стадиях развития, управляемая Fox1 экспрессия Nodal устанавливает висцеральную энтодерму. Позднее в развитии fox1 связывания с ASE гонит Nodal выражение на левой стороне боковой пластины мезодермы, таким образом устанавливая лево-правую асимметрию, необходимую для асимметричного развития органов в мезодерме. [29]

Создание трех зародышевых листков во время гаструляции - еще один важный шаг в развитии животных. Каждый из трех зародышевых листков имеет уникальные образцы экспрессии генов, которые способствуют их дифференцировке и развитию. Эндодермы указываются в начале развития пути GATA4 выражения, и Gata4 переходит к прямой кишке морфогенезу позже. Gata4экспрессия контролируется в раннем эмбрионе с помощью интронного энхансера, который связывает другой фактор транскрипции домена вилки, FoxA2. Первоначально энхансер управляет экспрессией широкого гена по всему эмбриону, но экспрессия быстро ограничивается энтодермой, предполагая, что другие репрессоры могут участвовать в его ограничении. На поздних стадиях развития тот же энхансер ограничивает экспрессию тканями, которые станут желудком и поджелудочной железой. Дополнительный энхансер отвечает за поддержание экспрессии Gata4 в энтодерме на промежуточных стадиях развития кишечника. [30]

Множественные энхансеры способствуют устойчивости развития [ править ]

Некоторые гены, участвующие в критических процессах развития, содержат несколько усилителей перекрывающейся функции. Вторичные энхансеры или «теневые энхансеры» могут быть обнаружены на расстоянии многих килобаз от первичного энхансера («первичный» обычно относится к первому обнаруженному энхансеру, который часто ближе к гену, который он регулирует). Сам по себе каждый энхансер управляет почти идентичными паттернами экспрессии генов. Действительно ли два усилителя избыточны? Недавние исследования показали, что многочисленные усилители позволяют плодовым мушкам выжить при нарушениях окружающей среды, таких как повышение температуры. При повышении температуры при повышенной температуре один энхансер иногда не может управлять полным паттерном экспрессии, в то время как присутствие обоих энхансеров обеспечивает нормальную экспрессию генов. [31]

Эволюция механизмов развития [ править ]

Одна из тем исследований в области эволюционной биологии развития («evo-DevO») - это изучение роли энхансеров и других цис-регуляторных элементов в создании морфологических изменений через различия в развитии между видами. [ необходима цитата ]

Колюшка Pitx1 [ править ]

Недавняя работа исследовала роль энхансеров в морфологических изменениях у трехиглой колюшки . Колюшки существуют как в морской, так и в пресноводной среде, но во многих пресноводных популяциях колюшки полностью утратили свои тазовые плавники (придатки, гомологичные задней конечности четвероногих).
Pitx1 - ген гомеобокса , участвующий в развитии задних конечностей у позвоночных. Предварительный генетический анализ показал, что изменения в экспрессии этого гена были ответственны за сокращение таза у колюшки. Рыба выражающей только пресноводная аллель из Pitx1не имеют тазовых шипов, тогда как рыбы, экспрессирующие морской аллель, сохраняют тазовые шипы. Более тщательная характеристика показала, что энхансерная последовательность из 500 пар оснований ответственна за включение экспрессии Pitx1 в зачатке заднего плавника. Этот энхансер расположен рядом с хрупким участком хромосомы - последовательностью ДНК, которая, вероятно, будет повреждена и, следовательно, с большей вероятностью будет мутирована в результате неточной репарации ДНК . Этот хрупкий сайт вызывает повторяющиеся, независимые потери энхансера, ответственного за управление экспрессией Pitx1 в тазовых шипах в изолированной пресноводной популяции, и без этого энхансера у пресноводных рыб не развиваются тазовые шипы. [32]

В эволюции рисунка крыльев дрозофилы [ править ]

Образцы пигментации представляют собой одно из самых ярких и легко оцениваемых различий между разными видами животных. Пигментация крыла дрозофилы оказалась особенно удобной системой для изучения развития сложных фенотипов пигментации. Guttifera Drosophila крыло имеет 12 темные пигментные пятна и 4 легких серые intervein патчей. Пигментные пятна возникают в результате экспрессии гена желтого цвета , продукт которого производит черный меланин . Недавние исследования показали, что два энхансера в желтомГен продуцирует экспрессию гена именно по этой схеме - энхансер пятна вены управляет экспрессией репортерного гена в 12 точках, а энхансер тени между жилками управляет экспрессией репортера в 4 отдельных участках. Эти два энхансера реагируют на сигнальный путь Wnt , который активируется экспрессией wingless во всех пигментированных местах. Таким образом, в процессе эволюции комплексной пигментации фенотипа , то желтый ген пигмента эволюционировал энхансеры реагируют на сигнал бескрылого и бескрылой экспрессию эволюционировали в новых местах для получения новых моделей крыла. [33]

При воспалении и раке [ править ]

Каждая клетка обычно содержит несколько сотен энхансеров особого класса, которые растягиваются на последовательности ДНК длиной в несколько килобаз, называемых «суперэнхансерами». [34] Эти энхансеры содержат большое количество сайтов связывания для последовательностей, индуцибельных факторов транскрипции и регулируют экспрессию генов, участвующих в дифференцировке клеток. [35] Во время воспаления фактор транскрипции NF-κBоблегчает ремоделирование хроматина таким образом, чтобы избирательно перераспределять кофакторы из энхансеров с высокой степенью занятости, тем самым репрессируя гены, участвующие в поддержании клеточной идентификации, экспрессию которых они усиливают; в то же время это управляемое F-κB ремоделирование и перераспределение активирует другие энхансеры, которые направляют изменения клеточной функции через воспаление. [36] [37] В результате воспаление перепрограммирует клетки, изменяя их взаимодействие с остальной тканью и с иммунной системой. [38] [39] При раке белки, которые контролируют активность NF-κB, не регулируются, что позволяет злокачественным клеткам снизить свою зависимость от взаимодействия с местной тканью и препятствует их наблюдению со стороны иммунной системы.. [40] [41]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Blackwood Е.М., Kadonaga JT (июль 1998). «На расстоянии: современный взгляд на действие энхансера». Наука . 281 (5373): 60–3. DOI : 10.1126 / science.281.5373.60 . PMID  9679020 . S2CID  11666739 .
  2. ^ a b c Pennacchio LA, Bickmore W, Dean A, Nobrega MA, Bejerano G (апрель 2013 г.). «Энхансеры: пять основных вопросов» . Обзоры природы. Генетика . 14 (4): 288–95. DOI : 10.1038 / nrg3458 . PMC 4445073 . PMID 23503198 .  
  3. ^ Мастон Г.А., Эванс С.К., Green MR (2006). «Элементы регуляции транскрипции в геноме человека». Ежегодный обзор геномики и генетики человека . 7 : 29–59. DOI : 10.1146 / annurev.genom.7.080505.115623 . PMID 16719718 . S2CID 12346247 .  
  4. ^ Кулаева О. И., Низовцева Е.В., Поликановым Ю.С., Ульянову С.В., Студитский В.М. (декабрь 2012). «Дистанционная активация транскрипции: механизмы действия энхансера» . Молекулярная и клеточная биология . 32 (24): 4892–7. DOI : 10.1128 / MCB.01127-12 . PMC 3510544 . PMID 23045397 .  
  5. ^ Mercola M, Ван XF, Olsen J, K Calame (август 1983). «Элементы усилителя транскрипции в локусе тяжелой цепи иммуноглобулина мыши». Наука . 221 (4611): 663–5. DOI : 10.1126 / science.6306772 . PMID 6306772 . 
  6. ^ Банерджи Дж, Олсон л, Шафнер Вт (июль 1983). «Специфический для лимфоцитов клеточный энхансер расположен ниже присоединяющейся области в генах тяжелой цепи иммуноглобулина». Cell . 33 (3): 729–40. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (83) 90015-6 . PMID 6409418 . S2CID 23981549 .  
  7. Перейти ↑ Gillies SD, Morrison SL, Oi VT, Tonegawa S (июль 1983 г.). «Тканеспецифический элемент усилителя транскрипции расположен в главном интроне перестроенного гена тяжелой цепи иммуноглобулина». Cell . 33 (3): 717–28. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (83) 90014-4 . PMID 6409417 . S2CID 40313833 .  
  8. ^ Мастон Г.А., Эванс С.К., Green MR (1 января 2006). «Элементы регуляции транскрипции в геноме человека». Ежегодный обзор геномики и генетики человека . 7 (1): 29–59. DOI : 10.1146 / annurev.genom.7.080505.115623 . PMID 16719718 . S2CID 12346247 .  
  9. ^ Smemo S, Тена JJ, Ким КН, Gamazon Е.Р., Sakabe штат Нью - Джерси, Гомес-Marin С, Aneas я, Credidio FL, Sobreira ДР, Вассерман Н. Ф., Ли Дж, Puviindran В, Там Д, Шен М, сын JE, Вакили Н.А. , Сунг Х. К., Наранхо С., Ацемель Р. Д., Мансанарес М., Надь А., Кокс Н. Дж., Хуэй С. К., Гомес-Скармета Д. Л., Нобрега М. А. (март 2014 г.). «Связанные с ожирением варианты в пределах FTO образуют функциональные связи дальнего действия с IRX3» . Природа . 507 (7492): 371–5. DOI : 10,1038 / природа13138 . PMC 4113484 . PMID 24646999 .  
  10. ^ Dong X, Навратилова P, Фредман D, Drivenes Ø, Becker TS, Lenhard B (март 2010). «Экзонные остатки дупликации всего генома обнаруживают цис-регуляторную функцию кодирующих экзонов» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (4): 1071–85. DOI : 10.1093 / NAR / gkp1124 . PMC 2831330 . PMID 19969543 .  
  11. ^ Бирнбаум Р.Я., Clowney Е.Ю., агамогенез О, Ким МДж, Чжао Дж, Яманака Т, Pappalardo Z, Кларк С. Л., Венгер А. М., Нгуен л, Gurrieri Ж, Everman БД, Шварц CE, Бирка ОС, Бехерано G, Lomvardas S, Ахитув N (июнь 2012 г.). «Кодирующие экзоны действуют как тканеспецифические энхансеры близлежащих генов» . Геномные исследования . 22 (6): 1059–68. DOI : 10.1101 / gr.133546.111 . PMC 3371700 . PMID 22442009 .  
  12. ^ Eichenlaub MP, Ettwiller L (ноябрь 2011). «De novo генезис энхансеров у позвоночных» . PLOS Биология . 9 (11): e1001188. DOI : 10.1371 / journal.pbio.1001188 . PMC 3206014 . PMID 22069375 .  
  13. ^ Spilianakis CG, Lalioti MD, город T, Ли GR, Флэйвелл RA (июнь 2005). «Межхромосомные ассоциации между альтернативно выраженными локусами». Природа . 435 (7042): 637–45. DOI : 10,1038 / природа03574 . PMID 15880101 . S2CID 1755326 .  
  14. ^ Ван Z, Занг C, Цуй K, Schönes DE, Барский A, Peng W, Чжао K (сентябрь 2009). «Полногеномное картирование HAT и HDAC выявляет различные функции активных и неактивных генов» . Cell . 138 (5): 1019–31. DOI : 10.1016 / j.cell.2009.06.049 . PMC 2750862 . PMID 19698979 .  
  15. ^ Heintzman Н.Д., Хон ГХ, Хокинс РД, Kheradpour Р, Старк А, Арфа НЧ, Е. Z, Ли Л. К., Стюарт Р. К., Чинг CW, Чинг К.А., Antosiewicz-Бурже JE, Лю Н, Чжан Х, Зеленый РД, Lobanenkov В.В. , Стюарт Р., Томсон Дж. А., Кроуфорд Г. Э., Келлис М., Рен Б. (май 2009 г.). «Модификации гистонов в энхансерах человека отражают глобальную экспрессию генов, специфичных для клеточного типа» . Природа . 459 (7243): 108–12. DOI : 10,1038 / природа07829 . PMC 2910248 . PMID 19295514 .  
  16. ^ Визель А, Blow MJ, Li Z, Чжан T, Akiyama JA, Holt A, Plajzer-Фрика I, M, ШУКРИ Wright C, F, Chen Афзал V, B, Ren Рубин Е.М., Pennacchio LA (февраль 2009 г.). «ChIP-seq точно предсказывает тканеспецифическую активность энхансеров» . Природа . 457 (7231): 854–8. DOI : 10,1038 / природа07730 . PMC 2745234 . PMID 19212405 .  
  17. ^ Удар МДж, МакКалли ди - джей, Ли Z, Чжан Т, Акияма JA, Холт А, Plajzer-Фрика я, Шукри М, Райт С, Чен М, Афзаль В, Бристоу Дж, Рен Б, черный Б.Л., Рубин Е.М., Визель , Pennacchio LA (сентябрь 2010 г.). «ChIP-Seq идентификация слабоконсервативных сердечных энхансеров» . Генетика природы . 42 (9): 806–10. DOI : 10.1038 / ng.650 . PMC 3138496 . PMID 20729851 .  
  18. ^ Arnosti Д.Н., Кулкарни MM (апрель 2005). «Усилители транскрипции: интеллектуальные энхансомы или гибкие рекламные щиты?» (PDF) . Журнал клеточной биохимии . 94 (5): 890–8. DOI : 10.1002 / jcb.20352 . PMID 15696541 . Архивировано из оригинального (PDF) 21 июля 2006 года . Проверено 8 августа 2019 .  
  19. ↑ McLean CY, Reno PL, Pollen AA, Bassan AI, Capellini TD, Guenther C, Indjeian VB, Lim X, Menke DB, Schaar BT, Wenger AM, Bejerano G, Kingsley DM (март 2011 г.). «Человеческая потеря регуляторной ДНК и эволюция человеческих черт» . Природа . 471 (7337): 216–9. DOI : 10,1038 / природа09774 . PMC 3071156 . PMID 21390129 .  
  20. ^ Barrett ЛМ, Fletcher S, Wilton SD (ноябрь 2012). «Регулирование экспрессии эукариотических генов с помощью нетранслируемых участков гена и других некодирующих элементов» . Клеточные и молекулярные науки о жизни . 69 (21): 3613–34. DOI : 10.1007 / s00018-012-0990-9 . PMC 3474909 . PMID 22538991 .  
  21. ^ Hartenstein V, Ян YN (июнь 1992). «Изучение эмбриогенеза дрозофилы с помощью линий ловушки энхансера P-lacZ». Архивы биологии развития Ру . 201 (4): 194–220. DOI : 10.1007 / BF00188752 . PMID 28305845 . S2CID 25759655 .  
  22. ^ Aughey Г.Н., Estacio Gomez A, Thomson J Инь H, Саутолл TD (февраль 2018). «CATaDa обнаруживает глобальное ремоделирование доступности хроматина во время дифференцировки стволовых клеток in vivo» . eLife . 7 . DOI : 10.7554 / eLife.32341 . PMC 5826290 . PMID 29481322 .  
  23. ^ Suryamohan К, Халфон МС (2014). «Идентификация транскрипционных цис-регуляторных модулей в геномах животных» . Междисциплинарные обзоры Wiley: биология развития . 4 (2): 59–84. DOI : 10.1002 / wdev.168 . PMC 4339228 . PMID 25704908 .  
  24. ↑ a b Visel A, Bristow J, Pennacchio LA (февраль 2007 г.). «Идентификация энхансеров посредством сравнительной геномики» . Семинары по клеточной биологии и биологии развития . 18 (1): 140–52. DOI : 10.1016 / j.semcdb.2006.12.014 . PMC 1855162 . PMID 17276707 .  
  25. ^ «Доказательства глубоких нормативных сходств в программах раннего развития сильно различающихся насекомых» . Геномная биология и эволюция.
  26. ^ Борок MJ, Tran Д.А., Ho MC, Drewell RA (январь 2010). «Вскрытие регуляторных переключателей развития: уроки эволюции энхансеров у дрозофилы» . Развитие . 137 (1): 5–13. DOI : 10.1242 / dev.036160 . PMC 2796927 . PMID 20023155 .  
  27. Перейти ↑ Norris DP, Robertson EJ (июнь 1999). «Асимметричные и специфичные для узлов паттерны узловой экспрессии контролируются двумя различными цис-действующими регуляторными элементами» . Гены и развитие . 13 (12): 1575–88. DOI : 10.1101 / gad.13.12.1575 . PMC 316799 . PMID 10385626 .  
  28. ↑ Granier C, Gurchenkov V, Perea-Gomez A, Camus A, Ott S, Papanayotou C, Iranzo J, Moreau A, Reid J, Koentges G, Sabéran-Djoneidi D, Collignon J (январь 2011 г.). «Узловые цис-регуляторные элементы выявляют гетерогенность эпибластов и примитивной энтодермы в периимплантационном эмбрионе мыши». Биология развития . 349 (2): 350–62. DOI : 10.1016 / j.ydbio.2010.10.036 . PMID 21047506 . 
  29. ^ Norris DP, Бреннан J, Bikoff EK, Robertson EJ (июль 2002). «Foxh1-зависимый ауторегуляторный энхансер контролирует уровень сигналов Nodal в эмбрионе мыши». Развитие . 129 (14): 3455–68. PMID 12091315 . 
  30. Перейти ↑ Rojas A, Schachterle W, Xu SM, Martín F, Black BL (октябрь 2010 г.). «Прямая регуляция транскрипции Gata4 во время ранней спецификации энтодермы контролируется связыванием FoxA2 с интронным энхансером» . Биология развития . 346 (2): 346–55. DOI : 10.1016 / j.ydbio.2010.07.032 . PMC 2945415 . PMID 20692247 .  
  31. ^ Перри МВт, Boettiger А.Н., Bothma JP, Levine M (сентябрь 2010). «Теневые усилители способствуют устойчивости гаструляции Drosophila» . Текущая биология . 20 (17): 1562–7. DOI : 10.1016 / j.cub.2010.07.043 . PMC 4257487 . PMID 20797865 .  
  32. ↑ Chan YF, Marks ME, Jones FC, Villarreal G, Shapiro MD, Brady SD, Southwick AM, Absher DM, Grimwood J, Schmutz J, Myers RM, Petrov D, Jónsson B, Schluter D, Bell MA, Kingsley DM (январь 2010). «Адаптивная эволюция сокращения таза у колюшек путем повторяющейся делеции энхансера Pitx1» . Наука . 327 (5963): 302–5. DOI : 10.1126 / science.1182213 . PMC 3109066 . PMID 20007865 .  
  33. ^ Werner T, Koshikawa S, Williams TM, Carroll SB (апрель 2010). «Генерация новой окраски крыльев морфогеном Wingless». Природа . 464 (7292): 1143–8. DOI : 10,1038 / природа08896 . PMID 20376004 . S2CID 4407744 .  
  34. ^ Уайт WA, Орландо DA, Hnisz D, Abraham BJ, Lin CY, Kagey MH, Rahl PB, Lee TI, Young RA (апрель 2013 г.). «Основные факторы транскрипции и медиатор создают супер-энхансеры в ключевых генах клеточной идентичности» . Cell . 153 (2): 307–19. DOI : 10.1016 / j.cell.2013.03.035 . PMC 3653129 . PMID 23582322 .  
  35. ^ Parker SC, Stitzel ML, Taylor DL, Ороско JM, Erdos MR, Акияма JA, ван Bueren KL, Chines PS, Narisu N, черный BL, Визель A, Pennacchio LA, Collins FS (октябрь 2013 г. ). «Состояния усилителя растяжения хроматина управляют клеточно-специфической регуляцией генов и содержат варианты риска заболеваний человека» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 110 (44): 17921–6. DOI : 10.1073 / pnas.1317023110 . PMC 3816444 . PMID 24127591 .  
  36. ↑ Brown JD, Lin CY, Duan Q, Griffin G, Federation A, Paranal RM, Bair S, Newton G, Lichtman A, Kung A, Yang T, Wang H, Luscinskas FW, Croce K, Bradner JE, Plutzky J (октябрь 2014). «NF-κB управляет динамическим образованием суперэнхансеров при воспалении и атерогенезе» . Молекулярная клетка . 56 (2): 219–231. DOI : 10.1016 / j.molcel.2014.08.024 . PMC 4224636 . PMID 25263595 .  
  37. ^ Шмидта SF, Ларсен BD, чердак А, R Нильсен, Madsen Ю.Г., Mandrup S (сентябрь 2015). «Острая TNF-индуцированная репрессия генов клеточной идентичности опосредована NFκB-направленным перераспределением кофакторов из суперэнхансеров» . Геномные исследования . 25 (9): 1281–94. DOI : 10.1101 / gr.188300.114 . PMC 4561488 . PMID 26113076 .  
  38. ^ Чаттерджи В, Banoth В, Мукхержи Т, Тэй Н, Vijayaragavan В, Chattopadhyay S, Гомес J, Басак S (декабрь 2016). «Поздний фазовый синтез IκBα изолирует TLR4-активированный канонический путь NF-κB от неканонической передачи сигналов NF-κB в макрофагах» . Научная сигнализация . 9 (457): ra120. DOI : 10.1126 / scisignal.aaf1129 . PMC 5260935 . PMID 27923915 .  
  39. ^ Вахеди G, Кан Y, Фурумото Y, Цзян К, Паркер СК, Эрдош М. Р., Дэвис Р., Roychoudhuri R, Restifo Н.П., Gadina МЫ, Тан Z, Жуаньте Y, Коллинз FS, Sartorelli В, О'Ши JJ (апрель 2015 ). «Супер-энхансеры очерчивают связанные с заболеванием регуляторные узлы в Т-клетках» . Природа . 520 (7548): 558–62. DOI : 10,1038 / природа14154 . PMC 4409450 . PMID 25686607 .  
  40. ^ Vlahopoulos С.А., Сеп О, Hengen Н, Аган Дж, Moschovi М, Critselis Е, Адамаки М, Bacopoulou Ж, Коплэнд JA, Boldogh я, Карин М, Chrousos ГП (август 2015 г.). «Динамический аберрантный NF-κB стимулирует туморогенез: новая модель, охватывающая микросреду» . Обзоры цитокинов и факторов роста . 26 (4): 389–403. DOI : 10.1016 / j.cytogfr.2015.06.001 . PMC 4526340 . PMID 26119834 .  
  41. ↑ Zou Z, Huang B, Wu X, Zhang H, Qi J, Bradner J, Nair S, Chen LF (май 2014 г.). «Brd4 поддерживает конститутивно активный NF-κB в раковых клетках путем связывания с ацетилированным RelA» . Онкоген . 33 (18): 2395–404. DOI : 10.1038 / onc.2013.179 . PMC 3913736 . PMID 23686307 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Enhancer + Elements, Genetic в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
  • TFSEARCH
  • ДЖАСПАР
  • Обозреватель потоков ENCODE. Расширение возможностей обнаружения и определения характеристик. Природа