Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Фиджи - это просто имиджJ
FIJI (программное обеспечение) Logo.svg
Разработчики)Иоганнес Шинделин, Игнасио Арганда-Каррерас, Альберт Кардона, Марк Лонгэр, Бенджамин Шмид и другие
Стабильный выпуск
Мэдисон / 7 марта 2011 г. (официальный выпуск, плагины постоянно обновляются)
Предварительный выпуск
1.53c (плюс) / 4 ноября 2020 года ; 5 месяцев назад ( 2020-11-04 )
Операционная системаЛюбые (на основе Java )
ТипОбработка изображений и анализ изображений
ЛицензияGPL v2 (интерфейс плагина исключен из этой лицензии; некоторые плагины имеют разные лицензии)
Веб-сайтfiji .sc

Fiji ( Fiji Is Just ImageJ ) [1] [2] - это пакет обработки изображений с открытым исходным кодом, основанный на ImageJ2 .

Основная цель Fiji - обеспечить распространение ImageJ2 с множеством встроенных плагинов . Fiji имеет интегрированную систему обновления и стремится предоставить пользователям согласованную структуру меню, обширную документацию в виде подробных описаний алгоритмов и руководств, а также возможность избежать необходимости установки нескольких компонентов из разных источников.

Фиджи также ориентирован на разработчиков благодаря использованию системы контроля версий , системы отслеживания проблем, выделенных каналов разработки и инфраструктуры быстрого прототипирования в виде редактора сценариев, который поддерживает BeanShell , Jython , JRuby и другие языки сценариев. а также своевременную разработку Java.

Плагины [ править ]

Для ImageJ существует множество плагинов, которые имеют широкий спектр приложений, но также и широкий диапазон качества. [3]

Кроме того, для некоторых плагинов требуются определенные версии ImageJ, определенные версии сторонних библиотек или дополнительные компоненты Java, такие как компилятор Java или Java 3D .

Одна из основных целей Фиджи - максимально упростить установку ImageJ, Java, Java 3D , подключаемых модулей и других удобных компонентов. Как следствие, Фиджи привлекает все больше и больше активных пользователей. [4]

Аудитория [ править ]

Хотя Фиджи изначально предназначался для нейробиологов (и остается таковым [5] ), он накопил достаточно функциональных возможностей, чтобы привлечь ученых из различных областей, таких как клеточная биология, [6] паразитология, [7] генетика, науки о жизни в целом. , материаловедение и т. д. Как указано на официальном веб-сайте, основное внимание уделяется «наукам о жизни», хотя Фиджи предоставляет множество инструментов, помогающих с научным анализом изображений в целом. [8]

Фиджи является наиболее популярным в области наук о жизни сообщества, где 3D Viewer [9] помогает визуализировать данные , полученные с помощью световой микроскопии , и для которых Фиджи обеспечивает регистрацию , [10] сегментации и других передовых алгоритмов обработки изображений.

Компонент Фиджи TrakEM2 был успешно использован и усовершенствован для анализа нейрональных клонов в мозге личинок дрозофилы . [11]

Фиджи было заметно показано в приложении к обзору Nature Methods по визуализации. [12]

Развитие [ править ]

Фиджи полностью открыт. Его исходники находятся в репозитории Git (подробности см. На домашней странице).

Фиджи была принята в качестве организации в Google Summer of Code 2009 и завершила два проекта.

Среда создания сценариев, поддерживающая JavaScript , Jython , JRuby , Clojure , BeanShell и другие языки, является неотъемлемой частью разработки Fiji; многие разработчики прототипируют свои плагины на одном из упомянутых языков сценариев и постепенно превращают прототипы в правильный код Java . С этой целью в качестве одного из вышеупомянутых проектов Google Summer of Code был добавлен редактор сценариев с подсветкой синтаксиса и выполнением кода на месте.

Среда создания сценариев включена в выпуски Фиджи, поэтому опытные пользователи могут использовать такие сценарии в своем обычном рабочем процессе.

Разработка выигрывает от периодических хакатонов , на которых ученые-биологи с компьютерным опытом встречаются и улучшают свои соответствующие подключаемые модули, представляющие интерес.

Редактор скриптов [ править ]

Редактор сценариев на Фиджи поддерживает быстрое создание прототипов сценариев и подключаемых модулей ImageJ, что делает Фиджи мощным инструментом для разработки новых алгоритмов обработки изображений и изучения новых методов обработки изображений с помощью ImageJ. [13] [14]

Поддерживаемые платформы [ править ]

Fiji работает на Windows, Linux и Mac OS X, 32-разрядной или 64-разрядной версии Intel с ограниченной поддержкой MacOSX / PPC.

Ссылки [ править ]

  1. ^ Первичная ссылка: Йоханнес Шинделин; Игнасио Арганда-Каррерас; Эрвин Фризе; Верена Кайниг; Марк Лонгэр; Тобиас Пицш; Стефан Прейбиш; Кертис Рюден; Стефан Заальфельд; Бенджамин Шмид; Жан-Ив Тиневез; Дэниел Джеймс Уайт; Фолькер Хартенштейн; Кевин Элисири; Павел Томанчак; Альберт Кардона (2012). «Фиджи: платформа с открытым исходным кодом для анализа биологических изображений» . Методы природы . 9 (7): 676–682. DOI : 10.1038 / nmeth.2019 . PMC  3855844 . PMID  22743772 .
  2. ^ Фиджи впервые была публично представлена ​​на конференции пользователей и разработчиков ImageJ в ноябре 2008 года.
  3. ^ Сравните презентации на 2-й конференции пользователей и разработчиков ImageJ в ноябре 2008 г. и 3-й конференции разработчиков и разработчиков ImageJ в октябре 2010 г.
  4. ^ Сравните с картой использования Фиджи
  5. ^ Longair Mark; Бейкер Д.А.; Армстронг JD. (2011). «Simple Neurite Tracer: программное обеспечение с открытым исходным кодом для реконструкции, визуализации и анализа нейронных процессов» . Биоинформатика . 27 (17): 2453–4. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr390 . PMID 21727141 . 
  6. ^ Preibisch S, Saalfeld S, Tomancak P (апрель 2009). «Глобально оптимальное сшивание мозаичных трехмерных микроскопических изображений» . Биоинформатика . 25 (11): 1463–5. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp184 . PMC 2682522 . PMID 19346324 .  
  7. ^ Hegge S, M Кудряшов, Smith A, Фришкнехт F (май 2009). «Автоматизированная классификация Plasmodium спорозоитов моделей движения показывает сдвиг в сторону продуктивного моторики при слюнной железы инфекции» . Биотехнологический журнал . 4 (6): 903–13. DOI : 10.1002 / biot.200900007 . PMID 19455538 . S2CID 7371409 . Архивировано из оригинала на 1 августа 2009 года.  
  8. ↑ The Fiji Wiki , дата обращения 01.11.2012.
  9. ^ Бенджамин Шмид; Йоханнес Шинделин; Альберт Кардона; Марк Лонгэр; Мартин Гейзенберг (2010). «API высокоуровневой 3D-визуализации для Java и ImageJ» . BMC Bioinformatics . 11 : 274. DOI : 10,1186 / 1471-2105-11-274 . PMC 2896381 . PMID 20492697 .  
  10. ^ Стефан Прейбиш; Стефан Заальфельд; Йоханнес Шинделин; Павел Томанчак (2010). «Программное обеспечение для регистрации данных селективной плоской световой микроскопии по шарикам». Методы природы . 7 (6): 418–419. DOI : 10.1038 / nmeth0610-418 . PMID 20508634 . S2CID 39609830 .  
  11. ^ Альберт Кардона; Стефан Заальфельд; Игнасио Арганда; Уэйн Переану; Йоханнес Шинделин; Фолькер Хартенштейн (2010). «Идентификация нейронных линий дрозофилы с помощью анализа последовательностей аксонных трактов» . Журнал неврологии . 30 (22): 7538–7553. DOI : 10.1523 / JNEUROSCI.0186-10.2010 . PMC 2905806 . PMID 20519528 .  
  12. ^ Томас Уолтер; Дэвид У. Шаттак; Ричард Болдок; Марк Э. Бастин; Энн Э Карпентер; Сюзанна Дуче; Ян Элленберг; Адам Фрейзер; Николас Гамильтон; Стив Пайпер; Марк Раган; Юрген Э. Шнайдер; Павел Томанчак; Жан-Карим Эрике (2010). «Визуализация данных изображения от клеток до организмов» . Методы природы . 7 (3с): S26 – S41. DOI : 10.1038 / nmeth.1431 . PMC 3650473 . PMID 20195255 .  
  13. ^ Сценарии на Фиджи (Fiji Is Just ImageJ) на 3-й конференции пользователей и разработчиков в октябре 2010 г.
  14. ^ Ускоренный курс Альберта Кардоны " Написание сценариев Jython с Фиджи" .

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт
  • ImageJ2 , версия ImageJ, на которой построено Фиджи