Каждая современная префектура имеет уникальный флаг, чаще всего это двухцветный геометрический сильно стилизованный дизайн ( mon ), часто включающий буквы японской системы письма и напоминающий логотипы компаний. Отличительной особенностью этих флагов является то, что они используют палитру цветов, которые обычно не встречаются во флагах, включая оранжевый , фиолетовый , аквамарин и коричневый.
В некоторых префектурах также есть альтернативные официальные флаги, называемые «символическими флагами» (シ ン ボ ル) . Их можно использовать в менее официальных случаях. Знаменитые флаги-символы включают тот, который используется в Токио .