Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

FlyBase - это онлайн- база данных по биоинформатике и основное хранилище генетических и молекулярных данных о насекомых семейства Drosophilidae . [1] Для наиболее изученного вида и модельного организма , Drosophila melanogaster , широкий спектр данных представлен в различных форматах.

Информация в FlyBase поступает из различных источников, начиная от крупномасштабных геномных проектов и заканчивая первичной исследовательской литературой. Эти типы данных включают мутантные фенотипы ; молекулярная характеристика мутантных аллелей ; и другие отклонения, цитологические карты, паттерны экспрессии дикого типа , анатомические изображения, трансгенные конструкции и инсерции, генные модели на уровне последовательностей и молекулярная классификация функций генных продуктов. [2]Инструменты запросов позволяют осуществлять навигацию FlyBase по последовательности ДНК или белка, по имени гена или мутанта или по терминам из нескольких онтологий, используемых для сбора функциональных, фенотипических и анатомических данных. База данных предлагает несколько различных инструментов запросов, чтобы обеспечить эффективный доступ к имеющимся данным и облегчить обнаружение важных взаимосвязей в базе данных. [3] Связи между FlyBase и внешними базами данных, такими как BDGP или modENCODE , предоставляют возможность для дальнейшего изучения других баз данных модельных организмов и других ресурсов биологической и молекулярной информации. [4] Проект FlyBase осуществляется консорциумом Drosophila.исследователи и специалисты по информатике из Гарвардского и Индианского университетов в США и Кембриджского университета в Соединенном Королевстве.

FlyBase - одна из организаций, вносящих свой вклад в Базу данных общих модельных организмов (GMOD) .

Фон [ править ]

Drosophila melanogaster является экспериментальным организмом с начала 1900-х годов и с тех пор находится в авангарде многих областей исследований. [5] По мере того, как эта область исследований распространилась и стала глобальной, исследователям, работающим над одними и теми же проблемами, требовался способ общения и отслеживания прогресса в этой области. Первоначально эта ниша была заполнена информационными бюллетенями сообщества, такими как Информационная служба Drosophila (DIS), которая восходит к 1934 году, когда эта область начала распространяться от Томаса Ханта Моргана.лаборатория. Материал на этих страницах представляет собой регулярные «каталоги» мутаций и библиографии литературы по дрозофилам. По мере развития компьютерной инфраструктуры в 80-х и 90-х годах эти информационные бюллетени уступили место и слились со списками рассылки в Интернете, которые в конечном итоге превратились в онлайн-ресурсы и данные. В 1992 году данные о генетике и геномике D. melanogaster и родственных видов были доступны в электронном виде через Интернет через финансируемую FlyBase, BDGP.(Berkeley Drosophila Genome Project) и EDGP (European Drosophila Genome Project) группы информатики. Эти группы признали, что большинство типов данных геномных проектов и сообществ совпадают. Они решили, что будет полезно представить научному сообществу комплексное представление данных. В октябре 1992 года Национальный центр исследований генома человека NIH профинансировал проект FlyBase с целью разработки, создания и выпуска базы данных генетической и молекулярной информации о Drosophila melanogaster . FlyBase также получает поддержку от Совета медицинских исследований в Лондоне. [6]В 1998 году консорциум FlyBase интегрировал информацию в единый сервер геномики дрозофилы. В настоящее время проект FlyBase осуществляется консорциумом исследователей дрозофилы и компьютерных ученых в Гарвардском университете, Кембриджском университете (Великобритания), Университете Индианы и Университете Нью-Мексико. [7]

Содержание [ править ]

FlyBase содержит полную аннотацию генома Drosophila melanogaster, которая обновляется несколько раз в год. [8] Он также включает доступную для поиска библиографию исследований генетики дрозофилы за последнее столетие. Информация о текущих исследователях и частичная родословная отношений между текущими исследователями доступна для поиска на основе регистрации участвующего ученого ( Найти человека ). Сайт также предоставляет большую базу данных изображений, иллюстрирующих полный геном, и несколько фильмов, подробно описывающих эмбриогенез ( ImageBrowser ).

Стратегии поиска - отчеты по генам для всех двенадцати секвенированных геномов дрозофилы доступны в FlyBase. Есть четыре основных способа просмотра этих данных: предварительно вычисленные файлы , BLAST , Gbrowse и страницы отчетов о генах . Файлы Gbrowse и предварительно вычисленные файлы предназначены для анализа всего генома, биоинформатики и сравнительной геномики. Страницы BLAST и отчетов о генах относятся к конкретному гену, белку или региону у всех видов.

При поиске цитологии доступны два основных инструмента. Используйте Cytosearch при поиске цитологически картированных генов или дефектов, которые не были молекулярно картированы в последовательности. Используйте Gbrowse при поиске молекулярно картированных последовательностей, вставок или зондов Affymetrix.

В FlyBase есть два основных инструмента запросов. Первый основной инструмент запросов называется Jump to Gene (J2G). Он находится в правом верхнем углу синей панели навигации на каждой странице FlyBase. Этот инструмент полезен, когда вы точно знаете, что ищете, и хотите перейти на страницу отчета с этими данными. Второй основной инструмент запросов называется QuickSearch. Он находится на домашней странице FlyBase. Этот инструмент наиболее полезен, когда вы хотите быстро найти что-то, о чем вы, возможно, мало знаете. Поиск может проводиться только внутри D. melanogaster или внутри всех видов. Данные, отличные от генов, можно искать с помощью меню «класс данных».

Связанное исследование [ править ]

Ниже приведены два примера исследований, связанных с FlyBase или использующих ее:

  • Первый - это изучение экспрессируемых генов крылатых (что означает «имеющий крылья») Toxoptera citricida , более известного как коричневая цитрусовая тля. Коричневая цитрусовая тля считается основным переносчиком вируса тристезы цитрусовых., серьезный патоген, наносящий ущерб цитрусовым предприятиям во всем мире. Крылатая форма этой тли может летать на большие расстояния с ветром, что позволяет им распространять вирус тристезы цитрусовых в регионах выращивания цитрусовых. Чтобы лучше понять биологию коричневой цитрусовой тли и появление генов, экспрессируемых во время развития крыльев, исследователи предприняли крупномасштабный проект по 5'-концевому секвенированию клонов кДНК крылатых тлей. Подобные крупномасштабные проекты секвенирования экспрессируемых тегов последовательности (EST) у других насекомых предоставили средство для ответа на биологические вопросы, касающиеся развития и физиологии. Хотя в GenBank есть растущая база данныхиз EST насекомых, большинство из них происходит от Drosophila melanogaster, а сравнительно немного - от тлей. Исследователи смогли предоставить большой набор данных EST от крылатой (крылатой) коричневой цитрусовой тли и приступили к анализу этого ценного ресурса. Им удалось это сделать с помощью информации о Drosophila melanogaster в FlyBase. Идентичность предполагаемой последовательности определяли с помощью поиска BLAST. Совпадения последовательностей с оценками E-value ≤ -10 считались значимыми и были классифицированы в соответствии с системой классификации Gene Ontology (GO) на основе аннотации 5 совпадений «наилучшего совпадения» в поисках BLASTX. Все совпадения D. melanogaster были каталогизированы с помощью FlyBase. Почти все эти совпадения «наилучшего совпадения» были охарактеризованы в отношении функционально аннотированных генов у D. melanogaster с использованием FlyBase.[9]
  • Улучшение онтологии генов дрозофилы Аннотация: что делают генные продукты и где они это делают, - важные вопросы для биологов. Проект Gene Ontology был основан 13 лет назад с целью согласованного обобщения этих данных в разных базах данных с использованием общего набора определенных словарных терминов. Они также кодируют отношения между терминами. Проект «Онтология генов» - это крупная инициатива в области биоинформатики, цель которой - стандартизировать представление генов и атрибутов генных продуктов по видам и базам данных. Проект также предоставляет данные аннотаций генных продуктов от членов консорциума GO. [10]FlyBase была одним из трех членов-учредителей Консорциума Gene Ontology. Аннотация GO включает по крайней мере три компонента: термин GO, который описывает молекулярную функцию, биологическую роль или субклеточное расположение; «код свидетельства», который описывает тип анализа, используемый для поддержки термина GO; и указание ссылки на конкретную ссылку. Аннотация GO полезна как для мелкомасштабного, так и для крупномасштабного анализа. Он может предоставить первое указание на природу генного продукта и, в сочетании с кодами доказательств, указать непосредственно на документы с соответствующими экспериментальными данными. Текущие приоритеты для аннотации: гомологи генов болезней человека, гены, которые высоко консервативны у разных видов, гены, участвующие в биохимических / сигнальных путях, и актуальные гены, которые, как было показано в недавних публикациях, представляют значительный интерес. FlyBase вносит в проект аннотации GO с момента его запуска в августе 2006 года. Аннотации GO появляются на странице Gene Report в FlyBase. Данные GO доступны для поиска в FlyBase с помощью TermLink и QueryBuilder. GO является динамичным и может меняться ежедневно, например, при добавлении новых терминов. Чтобы не отставать, FlyBase загружает новую версию GO каждые один или два выпуска FlyBase. Набор аннотаций GO отправляется в GOC одновременно с выпуском новой версии FlyBase. FlyBase загружает новую версию GO каждые один или два выпуска FlyBase. Набор аннотаций GO отправляется в GOC одновременно с выпуском новой версии FlyBase. FlyBase загружает новую версию GO каждые один или два выпуска FlyBase. Набор аннотаций GO отправляется в GOC одновременно с выпуском новой версии FlyBase.[11]

См. Также [ править ]

  • Список баз данных Drosophila
  • Базы данных модельных организмов
  • WormBase
  • Xenbase

Примечания и ссылки [ править ]

  1. ^ Thurmond, Джим; Гудман, Джошуа Л.; Стрелец, Виктор Б; Аттрилл, Хелен; Gramates, L Sian; Мэриголд, Стивен Дж; Мэтьюз, Беверли Б. Миллберн, Джиллиан; Антонаццо, Джулия; Тровиско, Витор; Кауфман, Томас С; Кальви, Брайан Р.; Перримон, Норберт; Гелбарт, Сьюзан Руссо; Агапите, Джули; Бролл, Крис; Кросби, Линн; Сантос, Жилберту дос; Эммерт, Дэвид; Gramates, L Sian; Падения, Кэтлин; Дженкинс, Виктория; Мэтьюз, Беверли; Сазерленд, Кэрол; Табоне, Кристофер; Чжоу, Пинглей; Зыткович, Марк; Браун, Ник; Антонаццо, Джулия; Аттрилл, Хелен; Гарапати, Фани; Холмс, Алекс; Ларкин, Аойф; Мэриголд, Стивен; Миллберн, Джиллиан; Пилигрим, Клэр; Тровиско, Витор; Урбано, Пепе; Кауфман, Томас; Кальви, Брайан; Чох, Брайон; Гудман, Джош; Стрелец Виктор; Турмонд, Джим; Криппс, Ричард; Бейкер, Филипп (8 января 2019 г.).«FlyBase 2.0: следующее поколение» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (D1): D759 – D765. DOI : 10.1093 / NAR / gky1003 . PMC  6323960 . PMID  30364959 .
  2. ^ Кросби, Мэдлин А; и другие. (2007). «FlyBase: дюжина геномов» . Исследования нуклеиновых кислот . Оксфордские журналы. 35 (выпуск базы данных): D486 – D491. DOI : 10.1093 / NAR / gkl827 . PMC 1669768 . PMID 17099233 .  
  3. ^ Уилсон, RJ; Гудман, JL; Стрелец, ВБ (2008). «FlyBase: интеграция и улучшения инструментов запросов» . Nucleic Acids Res . 36 (выпуск базы данных): D588–93. DOI : 10.1093 / NAR / gkm930 . PMC 2238994 . PMID 18160408 .  
  4. Перейти ↑ Drysdale, R (2008). FlyBase: база данных для исследовательского сообщества Drosophila . Методы Мол. Биол. 420 . С. 45–59. DOI : 10.1007 / 978-1-59745-583-1_3 . PMID 18641940 . 
  5. ^ Пит Гейгер (2002). «Введение в Drosophila Melanogaster» . BIOLOGY.ARIZONA.EDU. Архивировано из оригинального 2 -го августа 2013 года .
  6. ^ Гелбарт, WM; Кросби, М; Мэтьюз, B; Риндон, WP; Чиллеми, Дж; Руссо Туомбли, S; Emmert, D; Пепельница, М; Дрисдейл, РА; Whitfield, E; Миллберн, GH; де Грей, А; Кауфман, Т; Мэтьюз, К.; Гилберт, Д. Стрелец, В; Толстошев, С (1997). «FlyBase: база данных Drosophila. Консорциум FlyBase» . Nucleic Acids Res . 25 (1): 63–6. DOI : 10.1093 / NAR / 25.1.63 . PMC 146418 . PMID 9045212 .  
  7. ^ "FlyBase: About" . flybase.org . Проверено 26 марта 2019 .
  8. ^ Драйсдейл, Рэйчел; Консорциум Flybase (19 июля 2008 г.). Даманн, Кристиан (ред.). FlyBase: база данных для исследовательского сообщества Drosophila . Методы молекулярной биологии. 420 . Тотова, Нью-Джерси, США: Humana Press. С. 45–59. DOI : 10.1007 / 978-1-59745-583-1_3 . PMID 18641940 . 
  9. ^ Хантер, WB; Черт возьми, PM; Баушер, MG; Чапарро, JX; Маккендри, Вт; Shatters, RG; Маккензи, CL; Синистерра, XH (2003). «Биология тли: экспрессированные гены крылатых Toxoptera citricida, коричневой цитрусовой тли» . J. Insect Sci . 3 : 23. DOI : 10,1093 / JIS / 3.1.23 . PMC 524662 . PMID 15841239 .  
  10. ^ "Генная онтология" . Проверено 31 мая 2017 года .
  11. ^ Твиди, Сьюзен; и другие. (2009). "FlyBase: Расширение аннотаций онтологии генов дрозофилы" . Исследования нуклеиновых кислот . Оксфордские журналы. 37 (выпуск базы данных): D555 – D559. DOI : 10.1093 / NAR / gkn788 . PMC 2686450 . PMID 18948289 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный сайт