Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Частота часового белка
Идентификаторы
СимволFRQ
PfamPF09421
ИнтерПроIPR018554
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumкраткое изложение структуры

Частоты ( FRQ ) ген кодирует частоту белка (FRQ) , который функционирует в нейроспора густая циркадных часов. Белок FRQ играет ключевую роль в циркадном осцилляторе, служа для зарождения комплекса отрицательных элементов в саморегулирующей петле обратной связи с отрицательной трансляцией транскрипции (TTFL), которая отвечает за циркадные ритмы у N. crassa . [1] Подобные ритмы обнаружены у млекопитающих, дрозофилы и цианобактерий. Недавно гомологи FRQ были идентифицированы у нескольких других видов грибов. [2] Выражение frq контролируется двумяфакторы транскрипции " белый воротничок-1" (WC-1) и "белый воротничок-2" (WC-2), которые действуют вместе как комплекс белого воротничка (WCC) и служат положительным элементом в TTFL. Экспрессия frq также может быть вызвана воздействием света зависимым от WCC образом. Прогрессивная генетика сгенерировала множество аллелей frq, в результате чего появились штаммы, циркадные часы которых различаются по длине периода.

Открытие [ править ]

FRQ локус был обнаружен Джерри Ф. Фельдман. Фельдман был аспирантом Колина Питтендри в Принстоне и в 1967 году отправился в Калифорнийский технологический институт, чтобы начать генетический скрининг мутантов по циркадным часам. Скринингу способствовала недавняя работа, которая улучшила выражение ритма у Neurospora . Колин Питтендрай и его коллеги подтвердили в 1959 году, что суточный цикл бесполого развития, описанный ранее Брандтом у Neurospora crassa [3], на самом деле является результатом регуляции циркадных часов . [4] В работе, опубликованной незадолго до прибытия Фельдмана в Калифорнийский технологический институт, Малкольм Л. Сарджент, Уинслоу Р. Бриггс и Доу О. Вудворд вСтэнфордский университет сообщил, что явное проявление ритма развития при конидиации было усилено у штамма Neurospora, называемого Timex. [5] (Этот штамм содержал мутацию в полосе локуса (bd), которая , как позже было показано, кодирует слегка гиперактивный аллель ras-1, поэтому штаммы теперь известны как ras-1 [bd] . [6] Потому что ритмы у штаммов, которые include ras-1 [bd] легче обнаружить, ras-1 [bd] часто включается в штаммы, используемые для изучения циркадной биологии в Neurospora . [6] ). РезультатыЦиркадные часы нейроспоры включают синтез каротиноидов, а также бесполое образование спор, наблюдаемое в гоночных трубках, и недавние данные свидетельствуют о том, что тысячи генов находятся под контролем циркадных ритмов. [7] [2]

Фельдман использовал нитрозогуанидин в качестве мутагена и использовал расовые пробирки для скрининга отдельных штаммов, выживших при мутагенезе, на предмет продолжительности их циркадного периода. Пробирки Race - это длинные полые стеклянные пробирки, согнутые с обоих концов для удерживания питательной среды агара. Когда Neurospora инокулируется в один конец пробирки, она вырастает до другого, и в постоянной темноте проявляется суточный циркадный цикл роста и развития. [8] Хотя скрининг Фельдмана был успешным, он не спешил публиковать данные о мутантных генах frq [1], frq [2] и frq [3] не сообщалось до 1973 года. [9] В 1986 году frq был клонирован компанией. Джей Данлэпи его коллеги использовали стратегию, которая включала долгую хромосомную прогулку и успешное применение тогда еще не опробованной стратегии спасения аритмического поведенческого мутанта посредством трансформации экзогенной ДНК, возникающей в результате хромосомной прогулки. Успех этой стратегии и клонирования гена часов вызвал интерес к дальнейшим исследованиям и пониманию суточных часов N. crassa . [10] Позже было показано, что выражение frq имеет ритмический цикл; кроме того, когда были сконструированы штаммы Neurospora, в которых экспрессия frq могла управляться из области, отличной от резидентного дикого типагена, было обнаружено, что FRQ подавляет собственную экспрессию и что никакой уровень постоянной экспрессии не может поддерживать циркадные часы. [11] Эти эксперименты были первыми, в которых манипулировали экспрессией гена часов с помощью средств, которые сами по себе не влияли на часы, и установили, что авторегуляторная отрицательная обратная связь, приводящая к экспрессии гена циклических часов, лежит в основе циркадного генератора.

Структура и функции [ править ]

Упрощенное представление циркадных часов Neurospora [12]

Отражая его роль в качестве белка основных часов, делеция гена frq приводит к аритмичности , а в Neurospora единственная функция FRQ - это циркадные часы. Ген frq может быть активирован с помощью двух различных цис-действующих последовательностей в его промоторе, дистальном сайте, часовом поле, используемом в контексте циркадной регуляции, и сайте, близком к основному сайту начала транскрипции, который используется для светового индуцированная экспрессия (проксимальный светорегуляторный элемент или PLRE). Оба этих транскрипта frq способны кодировать два белка FRQ, длинную форму из 989 аминокислот.(lFRQ) и короткая форма из 890 аминокислот (sFRQ); и lFRQ, и sFRQ необходимы для сильной ритмичности, хотя часы могут сохраняться при определенных температурах, хотя и с более слабой ритмичностью, при наличии только одного из белков. [13] Выбор того, какой белок сделан, является результатом зависимого от температуры сплайсинга первичного транскрипта, так что он включает или исключает стартовый кодон ATG для lFRQ. [14] Две формы FRQ предоставляют Neurospora clock более широкий диапазон температур, в котором они могут работать оптимально. Повышение температуры приводит к увеличению экспрессии lFRQ, в то время как sFRQ не изменяется. Более высокие температуры вызывают более эффективный сплайсинг в качестве интронана сайте начала перевода. [7] Поскольку sFRQ способствует более длительному периоду, чем lFRQ, ритмы свободного бега у нейроспор дикого типа несколько снижаются с повышением температуры. [7]

Также было показано, что FRQ взаимодействует с несколькими другими белками. Он постоянно взаимодействует с FRH (FRQ-взаимодействующая РНК- геликаза ; важная DEAD-бокс- содержащая РНК-геликаза в Neurospora ) с образованием комплекса FRQ / FRH (FFC). [15] [16] FRQ также стабильно взаимодействует с казеинкиназой 1 (CK1), хотя сила взаимодействия меняется в зависимости от времени суток. Известны дополнительные взаимодействия с другими киназами, включая PRD-4 (CHK2) [17] и казеинкиназу 2 (CKII).

Программы структурного предсказания предполагают, что только несколько областей FRQ могут складываться в стабильные структуры, и в соответствии с этим множество экспериментальных данных показывают, что FRQ является внутренне неупорядоченным белком . [18] В отсутствие своего партнера FRH, FRQ очень нестабилен. Предполагается, что бесчисленное количество специфического фосфорилирования по времени суток, которое характеризует FRQ, обеспечит структуру этого неупорядоченного в противном случае белка. Нет известной доменной структуры FRQ из-за его сильно разупорядоченной структуры.

Обычно белки демонстрируют систематическую ошибку в использовании кодонов, когда они с большей вероятностью выберут синонимичные кодоны, которые более доступны в их пуле тРНК . Neurospora crassa имеет относительно сильную систематическую ошибку в использовании кодонов по сравнению с S. cerevisiae , обычно используемым организмом для анализа оптимизации кодонов. Однако, поскольку FRQ является внутренне неупорядоченным белком, он не демонстрирует систематической ошибки использования кодонов. Фактически, когда его кодоны оптимизированы, белок теряет свою функцию и часы нарушаются. Это не относится к генам часов цианобактерий , kaiB и kaiC , которые оба привели к более надежной функции часов. [19]

Регламент [ править ]

Относительные пики Frq мРНКа, белка F и WC-1 белок. [20] Демонстрирует, как WC-1 активирует последующую транскрипцию frq.

Описание регулирования frq и FRQ требует описания тактового цикла. Молекулярная основа циркадного осциллятора у Neurospora начинается с двух белковых комплексов. Один из них - это FFC, комплекс отрицательных элементов, состоящий из двух копий FRQ, FRH и казеинкиназы 1, а также, вероятно, других менее прочно связанных белков. [16] Другой комплекс, который действует как положительный элемент в петле обратной связи, включает WC-1 и WC-2; они представляют собой факторы транскрипции GATA, которые вместе образуют гетеродимерный WCC через свои домены PAS . [21] Когда WCC высвобождается из комплекса отрицательных элементов FFC в течение субъективной ночи, он связывается с часовым ящиком в пределах частоты (frq ) промотор гена и активирует транскрипцию frq . [22] [23] Недавно было показано, что метилтрансфераза гистона H3 лизина 36 , SET-2, ответственна за метилирование гена frq для установления состояния хроматина, которое позволяет транскрипцию frq посредством WCC. [24]

Белок частоты (FRQ) накапливается и постепенно фосфорилируется CKI, CKII, кальций / кальмодулин-зависимой киназой (CAMK-1) и дополнительными киназами, достигая пика примерно в середине субъективного дня. [25] [26] [27] Ингибиторы киназ снижают деградацию FRQ, предотвращая фосфорилирование. [28] FRQ фосфорилируется более чем по 100 сайтам на основании анализов in vitro с использованием масс-спектрометрии пептидов lFRQ. Эти сайты появляются в белке с высокой воспроизводимостью, что указывает на важность времени фосфорилирования. Более того, мутации сайтов показывают, что они работают в доменах, причем некоторые фосфорилирования служат для удлинения периода, а другие - для сокращения периода. [16]

FRQ привлекает киназы, такие как казеинкиназа 1a (CK-1a), которые фосфорилируют WCC, хотя функция этих фосфорилирования неясна, поскольку гиперфосфорилированный WCC остается активным. В конце концов, репрессия снимается, когда FRQ становится настолько сильно фосфорилированным, что FFC больше не взаимодействует с WCC. Этот процесс происходит с периодичностью около 22 часов при постоянных условиях. [29] Позднее и с кинетикой, которая не влияет на циркадный цикл, этот гиперфосфорилированный FRQ расщепляется посредством пути убиквитин / протеасома. Сильно фосфорилированный FRQ претерпевает конформационные изменения, которые обнаруживаются белком FWD-1, который является частью лигазы E3 SCF-типа. [30]

FRQ образует гомодимер через свой спиральный домен, расположенный рядом с N-концом. Эта димеризация необходима FRQ для взаимодействия с WCC и репрессии собственной экспрессии. [31] Удаление WCC приводит к неспособности образовывать гомодимер, что приводит к тому , что frq больше не регулируется отрицательно концентрацией FRQ. [31] Это приводит к аритмичности. [31]

Был предложен цикл положительной обратной связи между FRQ и WCC, но подробности пока не известны. Считается, что WCC разлагается, когда он транскрипционно активен, и что предотвращение этого, вызванного FFC, позволяет накапливать WCC. [32] Было показано, что этот предложенный механизм может быть более сложным в том смысле, что FRQ может регулировать WC-1 и WC-2 независимо. [33] Недавно фактор транскрипции ADV-1 был идентифицирован как необходимый преобразователь выходных сигналов часов, включая циркадную ритмичность в генах, критических для слияния соматических клеток . [34]

Ген frq сильно индуцируется кратковременным воздействием света. Поскольку ядро ​​часов основано на ритмическом выражении frq , острая световая индукция обеспечивает простой способ сбросить часы. [35] Часы млекопитающих сбрасываются светом с помощью почти идентичного механизма, при этом транскрипты mPer1 индуцируются короткими вспышками света вне субъективного дня. Механизм mPer1 в часах млекопитающих имеет больше сходства с механизмом у Neurospora, чем с механизмом его гомолога у Drosophila , пер . [36]

Мутации [ править ]

Прямая генетика была использована для создания мутантов Neurospora clock с различными периодами конидиации . Хотя девять аллелей были описаны как возникшие в результате прямой генетики, анализ последовательности после клонирования frq показал, что frq [2], frq [4] и frq [6] имеют одно и то же единственное изменение основания, а также frq [7]. ] и frq [8] имели одно и то же единственное изменение основания, поэтому повторяющиеся аллели были отброшены. [37] Периоды различных мутантов frq, которые возникли в результате прямого скрининга, следующие при измерении при 25 ° C, хотя, поскольку frq[3] и frq [7] приводят к появлению часов с измененной температурной компенсацией, периоды будут другими при других температурах:

Воспроизвести медиа
Neurospora crassa, организм, использованный для изучения осциллятора FRQ / WCC.
Период Frq мутантов при 25оС
Мутантfrq [1]frq [2]frq [3frq [7]frq [9]
Период (час)16,519,324,029,0Аритмичный

Генератор без ЧАСТОТЫ (FLO) [ править ]

Был обнаружен ряд идентифицируемых осцилляторов вне системы FRQ / WCC; однако ни одно из этих колебаний без FRQ (FLO) не удовлетворяет характеристикам, которые следует классифицировать как циркадные осцилляторы. [38] Циркадная FRQ-ВКК Осциллятор (FWO) была показан, с помощью люциферазы отчетов, чтобы продолжать работать , даже когда FLO (The ЦД или холин генератор дефицита , который управляет conidiation в условиях холина ограничения) управляет conidiation. [38] В Frq [9] мутант нейроспора густой , не-температурная компенсация ритм развития конидиоспор все еще наблюдается в постоянной темноте (DD). [39] Период для frqнулевые мутанты варьировались от 12 до 35 часов, но их можно было стабилизировать добавлением фарнезола или гераниола . Однако этот механизм не совсем понятен. [40] Хотя этот ритм без FRQ потерял некоторые характеристики часов, такие как температурная компенсация, импульсов температуры было достаточно для сброса часов. [41] Другой FLO - это NRO или осциллятор нитратредуктазы, который появляется в условиях нитратного голодания и, как полагают, возникает из петель обратной связи в пути ассимиляции нитратов; он имеет продолжительность около 24 часов, но без температурной компенсации. [42] Короче говоря, есть много свидетельств в пользу осцилляторов без FRQ у Neurospora crassa.Один из способов рационализировать это - предположить, что многие из них являются «рабами» генератора частоты / белого воротничка; они не обладают всеми характеристиками циркадных часов сами по себе, потому что они предоставляются FWO. [40] Однако ритмы в гене-16, управляемом часами (ccg-16), связаны с FWO, но функционируют автономно, демонстрируя, что Neurospora crassa содержит по крайней мере 2 потенциальных кардиостимулятора, но только один, который может быть сброшен светом и температурой, пока поддержание температурной компенсации. [40] [43] Никогда не было доказано, что генератор без FRQ влияет на истинные циркадные часы. [43] Механизм и значение генераторов без FRQ (FLO) все еще исследуются.

Эволюция [ править ]

Белок FRQ консервативен в пределах Sordariacea, но расходится за пределами этой группы. [2] [44] Тем не менее, настоящие циркадные петухи на основе FRQ были обнаружены у организмов, отличных от Neurospora, как в пределах Sordariacea , например, в выраженном грибковом патогене Botrytis, [45], так и в более отдаленных регионах, как Pyronema [46] внутри Pezizomycetes, ранняя ветвь нитчатых аскомицетов. Frq был обнаружен даже в группе грибов, не относящихся к группе Дикари. Обнаружение frq и механизма консервативных циркадных часов в арбускулярных микоризных грибах, не относящихся к дикарьям, расширило историю эволюции этого гена в царстве грибов.[47] frq, похоже, очень быстро расходится в ходе своей эволюции. Отчасти причина того, что первичная аминокислотная последовательность FRQ так быстро расходится, может быть связана с тем, что это внутренне неупорядоченный белок, и в результате отсутствуют структурные ограничения, ограничивающие изменения последовательности. [48] [18] Так как кодон оптимизация FRQ гена приводит к нарушению циркадной петли обратной функции, Frq отображает неоптимальное кодон смещение использования через его открытую рамку считывания , в отличии от большинства других генов. [49] FRQ - это изначально неупорядоченный белок, который плохо сохраняется даже у грибов.[50] Однако, в отличие от FRQ, WC-1 очень хорошо сохраняется. Он является одним из основателей семейства фоторецепторов синего света, используемых во всем королевстве грибов. Более того, он похож по структуре и функциям на BMAL1 . Казеинкиназа 2 консервативна в циркадных осцилляторах растений ( Arabidopsis ) и мух ( Drosophila ). [30] Подобная форма CKI необходима для деградации периодических белков (PER) у дрозофилы и млекопитающих. [30] Ген slimb дрозофилыортологичен FWD1 у Neurospora., оба из которых имеют решающее значение для деградации часового белка. [30] В целом, TTFL, обнаруженные у грибов и животных, имеют схожую регуляторную архитектуру, с одноступенчатой ​​петлей отрицательной обратной связи, консервативными гетеродимерными активаторами PAS-PAS и белками отрицательных элементов, которые в значительной степени не имеют структуры и гораздо менее консервативны. . Сходная палитра киназ во всех случаях модифицирует белки часов.

См. Также [ править ]

  • Негативный отзыв
  • Белый воротничок-1

Ссылки [ править ]

  1. ^ Baker CL, Loros JJ, Данлоп JC (январь 2012). «Циркадные часы Neurospora crassa» . FEMS Microbiology Reviews . 36 (1): 95–110. DOI : 10.1111 / j.1574-6976.2011.00288.x . PMC  3203324 . PMID  21707668 .
  2. ^ a b c Черногория-Монтеро А, Канесса П., Ларрондо Л.Ф. (01.01.2015). «Вокруг грибковых часов: последние достижения в молекулярном изучении циркадных часов у нейроспор и других грибов». Успехи в генетике . 92 : 107–84. DOI : 10.1016 / bs.adgen.2015.09.003 . PMID 26639917 . 
  3. ^ Брандт WH (1953). «Зонирование в пролинезирующем штамме Neurospora». Mycologia . 45 (2): 194–209. DOI : 10.1080 / 00275514.1953.12024261 . JSTOR 4547688 . 
  4. ^ Pittendrigh CS, Брюс В.Г., Розенцвейг Н.С., Рубин М. Л. (18 июля 1959). «Модели роста нейроспоры: биологические часы нейроспоры». Природа . 184 (4681): 169–170. DOI : 10.1038 / 184169a0 .
  5. Перейти ↑ Sargent ML, Briggs WR, Woodward DO (октябрь 1966 г.). «Циркадная природа ритма, выраженная необратимым штаммом Neurospora crassa» . Физиология растений . 41 (8): 1343–9. DOI : 10.1104 / pp.41.8.1343 . PMC 550529 . PMID 5978549 .  
  6. ^ а б Белден WJ, Ларрондо LF, Froehlich AC, Ши М., Чен CH, Лорос JJ, Данлэп JC (июнь 2007). «Полосовая мутация Neurospora crassa является доминантным аллелем ras-1, участвующим в передаче сигналов RAS в циркадном выходе» . Гены и развитие . 21 (12): 1494–505. DOI : 10,1101 / gad.1551707 . PMC 1891427 . PMID 17575051 .  
  7. ^ a b c Дирнфелльнер А., Колот Х.В., Динцис О, Лорос Дж. Дж., Данлэп Дж. К., Бруннер М. (декабрь 2007 г.). «Длинные и короткие изоформы белка FRQ Neurospora clock поддерживают циркадные ритмы с температурной компенсацией» . Письма FEBS . 581 (30): 5759–64. DOI : 10.1016 / j.febslet.2007.11.043 . PMC 2704016 . PMID 18037381 .  
  8. ^ Накашима H, Онай K (декабрь 1996). «Циркадный ритм конидиации у Neurospora crassa». Семинары по клеточной биологии и биологии развития . 7 (6): 765–774. DOI : 10,1006 / scdb.1996.0094 .
  9. ^ Фельдман JF, Хойл MN (декабрь 1973). «Выделение мутантов циркадных часов Neurospora crassa» . Генетика . 75 (4): 605–13. PMC 1213033 . PMID 4273217 .  
  10. ^ McClung CR, Fox BA, Данлоп JC (июнь 1989). «Частота тактового гена Neurospora разделяет элемент последовательности с периодом тактового гена Drosophila». Природа . 339 (6225): 558–62. DOI : 10.1038 / 339558a0 . PMID 2525233 . 
  11. Перейти ↑ Aronson BD, Johnson KA, Loros JJ, Dunlap JC (март 1994). «Отрицательная обратная связь, определяющая циркадные часы: авторегуляция частоты тактового гена». Наука . 263 (5153): 1578–84. DOI : 10.1126 / science.8128244 . PMID 8128244 . 
  12. ^ Цзэн YY, Hunt С.М., Heintzen C, Crosthwaite SK, Шварц JM (2012). «Комплексное моделирование циркадных часов Neurospora и их температурная компенсация» . PLOS Вычислительная биология . 8 (3): e1002437. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1002437 . PMC 3320131 . PMID 22496627 .  
  13. ^ Лю Y, Garceau NY, Loros JJ, Данлоп JC (май 1997). «Терморегулируемый трансляционный контроль FRQ опосредует аспекты температурных реакций в циркадных часах нейроспоры». Cell . 89 (3): 477–86. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80228-7 . PMID 9150147 . 
  14. ^ Colot HV, Loros JJ, Данлоп JC (2005). «Альтернативный сплайсинг с температурной модуляцией и использование промотора в частоте гена циркадных часов» . Молекулярная биология клетки . 16 (12): 5563–71. DOI : 10,1091 / mbc.E05-08-0756 . PMC 1289402 . PMID 16195340 .  
  15. ↑ Cheng P, He Q, He Q, Wang L, Liu Y (январь 2005 г.). «Регулирование циркадных часов Neurospora с помощью РНК-геликазы» . Гены и развитие . 19 (2): 234–41. DOI : 10,1101 / gad.1266805 . PMC 545885 . PMID 15625191 .  
  16. ^ a b c Бейкер С.Л., Кеттенбах А.Н., Лорос Дж. Дж., Гербер С. А., Данлап Дж. К. (2009). «Количественная протеомика выявляет динамический интерактом и фазовое фосфорилирование в циркадных часах Neurospora» . Молекулярная клетка . 34 (3): 354–63. DOI : 10.1016 / j.molcel.2009.04.023 . PMC 2711022 . PMID 19450533 .  
  17. ^ Pregueiro AM, Лю Q, Бейкер CL, Данлоп JC, Loros JJ (2006). «Киназа 2 контрольной точки Neurospora: регуляторная связь между циркадным и клеточным циклами». Наука . 313 (5787): 644–9. DOI : 10.1126 / science.1121716 . PMID 16809488 . S2CID 36988859 .  
  18. ^ a b Херли Дж. М., Ларрондо Л. Ф., Лорос Дж. Дж., Данлэп Дж. К. (декабрь 2013 г.). «Консервативная РНК-геликаза FRH действует неферментативно, поддерживая внутренне неупорядоченный белок часов Neurospora FRQ» . Молекулярная клетка . 52 (6): 832–43. DOI : 10.1016 / j.molcel.2013.11.005 . PMC 3900029 . PMID 24316221 .  
  19. ^ Чжоу, Миан; Ван, Дао; Фу, Цзинцзин; Сяо, Гуанхуа; Лю, И (2017-04-27). «Использование неоптимальных кодонов влияет на структуру белка в изначально неупорядоченных областях» . Молекулярная микробиология . 97 (5): 974–987. DOI : 10.1111 / mmi.13079 . ISSN 0950-382X . PMC 4636118 . PMID 26032251 .   
  20. ^ Dunlap JC, Loros JJ, Colot HV, Mehra A, Belden WJ, Shi M, Hong CI, Larrondo LF, Baker CL, Chen CH, Schwerdtfeger C, Collopy PD, Gamsby JJ, Lambreghts R (2007). «Циркадные часы в Neurospora: как гены и белки взаимодействуют, чтобы произвести устойчивый, увлекаемый и компенсированный биологический осциллятор с периодом около суток» . Симпозиумы Колд-Спринг-Харбор по количественной биологии . 72 : 57–68. DOI : 10.1101 / sqb.2007.72.072 . PMC 3683860 . PMID 18522516 .  
  21. ^ Talora С, Франки л, липы Н, Ballario Р, Macino С (сентябрь 1999 г.). «Роль комплекса белый воротничок-1-белый воротничок-2 в передаче сигнала синего света» . Журнал EMBO . 18 (18): 4961–8. DOI : 10.1093 / emboj / 18.18.4961 . PMC 1171567 . PMID 10487748 .  
  22. ^ Froehlich AC, Liu Y, Loros JJ, Данлоп JC (2002). «Белый воротничок-1, циркадный фоторецептор синего света, связывающийся с частотным промотором». Наука . 297 (5582): 815–9. DOI : 10.1126 / science.1073681 . PMID 12098706 . 
  23. ^ Denault DL, Loros JJ, Данлоп JC (январь 2001). «WC-2 опосредует взаимодействие WC-1-FRQ в связанной с белком PAS циркадной петле обратной связи Neurospora» . Журнал EMBO . 20 (1-2): 109-17. DOI : 10.1093 / emboj / 20.1.109 . PMC 140181 . PMID 11226161 .  
  24. ↑ Sun G, Zhou Z, Liu X, Gai K, Liu Q, Cha J, Kaleri FN, Wang Y, He Q (май 2016). «Подавление БЕЛОГО ОШЕЙНИКА-независимой частотной транскрипции с помощью гистона H3, лизина 36, метилтрансферазы SET-2, необходимо для функции часов в нейроспоре» . Журнал биологической химии . 291 (21): 11055–63. DOI : 10.1074 / jbc.M115.711333 . PMC 4900255 . PMID 27002152 .  
  25. ^ Garceau NY, Liu Y, Loros JJ, Данлоп JC (1997). «Альтернативное инициирование трансляции и специфическое по времени фосфорилирование дает множественные формы основного часового белка FREQUENCY». Cell . 89 (3): 469–76. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80227-5 . PMID 9150146 . 
  26. ^ Heintzen C, Liu Y (2007). «Циркадные часы Neurospora crassa». Успехи в генетике . 58 : 25–66. DOI : 10.1016 / s0065-2660 (06) 58002-2 . ISBN 9780123738820. PMID  17452245 .
  27. Перейти ↑ Cha J, Zhou M, Liu Y (январь 2015). «Механизм циркадных часов Neurospora, ЧАСТОТА-ориентированный взгляд» . Биохимия . 54 (2): 150–6. DOI : 10.1021 / bi5005624 . PMC 4303299 . PMID 25302868 .  
  28. ^ Лю У, Loros Дж, Данлеп JC (январь 2000). «Фосфорилирование белка часов Neurospora ЧАСТОТА определяет скорость его деградации и сильно влияет на продолжительность периода циркадных часов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (1): 234–9. DOI : 10.1073 / pnas.97.1.234 . PMC 26646 . PMID 10618401 .  
  29. ^ Larrondo LF, Оливарес-Яньес C, Baker CL, Loros JJ, Данлоп JC (январь 2015). «Циркадные ритмы. Разделение белкового цикла циркадных часов и определения циркадного периода» . Наука . 347 (6221): 1257277. DOI : 10.1126 / science.1257277 . PMC 4432837 . PMID 25635104 .  
  30. ^ a b c d He Q, Cheng P, Yang Y, He Q, Yu H, Liu Y (сентябрь 2003 г.). «Опосредованная FWD1 деградация ЧАСТОТЫ в Neurospora устанавливает консервативный механизм регуляции циркадных часов» . Журнал EMBO . 22 (17): 4421–30. DOI : 10,1093 / emboj / cdg425 . PMC 202367 . PMID 12941694 .  
  31. ^ a b c Cheng P, Yang Y, Heintzen C, Liu Y (январь 2001 г.). «Опосредованное доменом спиральной спирали взаимодействие FRQ-FRQ необходимо для его функции циркадных часов в Neurospora» . Журнал EMBO . 20 (1–2): 101–8. DOI : 10.1093 / emboj / 20.1.101 . PMC 140186 . PMID 11226160 .  
  32. Перейти ↑ Shi M, Collett M, Loros JJ, Dunlap JC (2010). «FRQ-взаимодействующая РНК-геликаза опосредует отрицательную и положительную обратную связь в циркадных часах Neurospora» . Генетика . 184 (2): 351–61. DOI : 10.1534 / genetics.109.111393 . PMC 2828717 . PMID 19948888 .  
  33. Перейти ↑ Lakin-Thomas PL, Bell-Pedersen D, Brody S (2011-01-01). Броуди С (ред.). «Генетика циркадных ритмов нейроспоры» . Успехи в генетике . Генетика циркадных ритмов. 74 : 55–103. DOI : 10.1016 / b978-0-12-387690-4.00003-9 . ISBN 9780123876904. PMC  5027897 . PMID  21924975 .
  34. ^ Деханг, Ригзин; Ву, Ченг; Смит, Кристина М .; Lamb, Teresa M .; Петерсон, Мэтью; Bredeweg, Erin L .; Ибарра, Онейда; Эмерсон, Джиллиан М .; Карунаратна, Нирмала (05.01.2017). «Фактор транскрипции Neurospora ADV-1 преобразовывает световые сигналы и временную информацию для контроля ритмической экспрессии генов, участвующих в слиянии клеток» . G3 (Бетесда, штат Мэриленд) . 7 (1): 129–142. DOI : 10,1534 / g3.116.034298 . ISSN 2160-1836 . PMC 5217103 . PMID 27856696 .   
  35. ^ Crosthwaite SK, Loros JJ, Данлоп JC (1995). «Обнуление циркадных часов, вызванное светом, опосредовано быстрым увеличением частоты транскрипции». Cell . 81 (7): 1003–12. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (05) 80005-4 . PMID 7600569 . 
  36. ^ Shigeyoshi Y, Тагучи К, Ямамото S, S Takekida, Ян л, Тэй Н, Мория Т, Шибата S, Loros JJ, Данлеп JC, Окамура Н (декабрь 1997 г.). «Индуцированный светом сброс циркадных часов млекопитающих связан с быстрой индукцией транскрипта mPer1». Cell . 91 (7): 1043–53. DOI : 10.1016 / s0092-8674 (00) 80494-8 . PMID 9428526 . 
  37. Перейти ↑ Aronson BD, Johnson KA, Dunlap JC (1994). «Частота локуса циркадных часов: белок, кодируемый одной открытой рамкой считывания, определяет длину периода и температурную компенсацию» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (16): 7683–7. DOI : 10.1073 / pnas.91.16.7683 . PMC 44466 . PMID 8052643 .  
  38. ^ а б Ши М., Ларрондо Л. Ф., Лорос Дж. Дж., Данлэп Дж. К. (декабрь 2007 г.). «Цикл развития маскирует выработку циркадного осциллятора в условиях дефицита холина у нейроспоры» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (50): 20102–7. DOI : 10.1073 / pnas.0706631104 . PMC 2148429 . PMID 18056807 .  
  39. ^ Loros JJ, Richman А, Фельдман JF (декабрь 1986). «Рецессивная мутация циркадных часов в локусе frq Neurospora crassa» . Генетика . 114 (4): 1095–110. PMC 1203030 . PMID 2948874 .  
  40. ^ a b c Белл-Педерсен Д., Кассон В.М., Эрнест DJ, Голден СС, Хардин П.Е., Томас Т.Л., Зоран MJ (июль 2005 г.). «Циркадные ритмы от нескольких осцилляторов: уроки от разных организмов» . Природа Обзоры Генетики . 6 (7): 544–56. DOI : 10.1038 / nrg1633 . PMC 2735866 . PMID 15951747 .  
  41. ^ Granshaw T, Цукамото M, S Броуди (август 2003). «Циркадные ритмы в Neurospora crassa: фарнезол или гераниол позволяют выражать ритмичность в других аритмичных штаммах frq10, wc-1 и wc-2». Журнал биологических ритмов . 18 (4): 287–96. DOI : 10.1177 / 0748730403255934 . PMID 12932081 . 
  42. ^ Кристенсен М.К., Falkeid G, Loros JJ, Данлоп JC, Лилло C, Руофф P (2004). «Нитрат-индуцированный безотказный осциллятор у Neurospora crassa». Журнал биологических ритмов . 19 (4): 280–6. DOI : 10.1177 / 0748730404265532 . PMID 15245647 . 
  43. ^ a b Данлэп Дж. С., Лорос Дж. Дж. (октябрь 2004 г.). «Циркадная система нейроспоры». Журнал биологических ритмов . 19 (5): 414–24. DOI : 10.1177 / 0748730404269116 . PMID 15534321 . 
  44. ^ Salichos L, Rokas A (2010). «Разнообразие и эволюция белков циркадных часов в грибах». Mycologia . 102 (2): 269–78. DOI : 10.3852 / 09-073 . JSTOR 27811038 . PMID 20361495 . S2CID 1856977 .   
  45. ^ Хевиа М.А., Канесса Р, Мюллер-Эспарза Н, Larrondo LF (2015). «Циркадный осциллятор гриба Botrytis cinerea регулирует вирулентность при заражении Arabidopsis thaliana» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (28): 8744–9. DOI : 10.1073 / pnas.1508432112 . PMC 4507220 . PMID 26124115 .  
  46. ^ Traeger S, Nowrousian М (2015). "Анализ циркадных ритмов у базальных нитчатых аскомицетов Pyronema confluens" . G3 (Бетесда, штат Мэриленд) . 5 (10): 2061–71. DOI : 10,1534 / g3.115.020461 . PMC 4592989 . PMID 26254031 .  
  47. ^ Ли, SJ., Конг, М., Морс, Д. Хиджри, М. (2018) Выражение предполагаемых компонентов циркадных часов у арбускулярного микоризного гриба Rhizoglomus irregulare. Микориза. https://doi.org/10.1007/s00572-018-0843-y
  48. ^ Данлоп JC, Loros JJ (декабрь 2006). «Как грибы сохраняют время: циркадная система у нейроспор и других грибов». Текущее мнение в микробиологии . 9 (6): 579–87. DOI : 10.1016 / j.mib.2006.10.008 . PMID 17064954 . 
  49. ↑ Zhou M, Guo J, Cha J, Chae M, Chen S, Barral JM, Sachs MS, Liu Y (март 2013 г.). «Неоптимальное использование кодонов влияет на экспрессию, структуру и функцию часового белка FRQ» . Природа . 495 (7439): 111–5. DOI : 10.1038 / nature11833 . PMC 3629845 . PMID 23417067 .  
  50. ^ Херли JM, Larrondo LF, Loros JJ, Данлоп JC (декабрь 2013). «Консервативная РНК-геликаза FRH действует неферментативно, поддерживая внутренне неупорядоченный белок FRQ нейроспорных часов» . Молекулярная клетка . 52 (6): 832–43. DOI : 10.1016 / j.molcel.2013.11.005 . PMC 3900029 . PMID 24316221 .