| Гемматимонадетес | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| (без рейтинга): | |
| Тип: | Гемматимонадетес Zhang et al. 2003 г. |
| Классы | |
| |
| Синонимы | |
| |
В качестве альтернативы Gemmatimonadetes (Gemmatimonadota) являются филюм из бактерий , установленных в 2003 году филюм содержит два класса Gemmatimonadetes и Longimicrobia.
Виды [ править ]
Типовой вид Gemmatimonas aurantiaca, штамм T-27 T, был выделен из активного ила в системе очистки сточных вод в 2003 году. [1] Это грамотрицательная бактерия, способная расти за счет как аэробного, так и анаэробного дыхания. [2]
Вторым культивируемым видом был Gemmatirosa kalamazoonensis gen. nov., sp. ноя штамм KBS708, который был выделен из органически обработанной сельскохозяйственной почвы в Мичигане, США. [3]
Третий культивируемый вид Gemmatimonas phototrophica, штамм AP64 T, был выделен из мелководного пресноводного пустынного озера Tiān é hú (Лебединое озеро) в Северном Китае. [4] Уникальной особенностью этого организма является наличие реакционных центров бактериального фотосинтеза. Вероятно, он приобрел гены аноксигенного фотосинтеза посредством горизонтального переноса генов . G. phototrophica - факультативный фотогетеротрофный организм. Для роста ему требуется органический субстрат, но он может получать дополнительную энергию для своего метаболизма от света. [5]
Штамм Longimicrobium terrae CB-286315T был выделен из образца почвы типичной средиземноморской лесной экосистемы, расположенной в Гранаде, Испания. Из-за этого большого филогенетического расстояния от других культивируемых гемматимонад он создал новый класс под названием Longimicrobia. [6]
Распределение окружающей среды [ править ]
Данные независимых от культуры исследований показывают, что Gemmatimonadetes широко распространены во многих естественных средах обитания. Они составляют около 2% почвенных бактериальных сообществ и были определены как один из девяти основных типов, встречающихся в почвах; тем не менее, в настоящее время существует только шесть культивированных изолятов. [7] Gemmatimonadetes были обнаружены в различных засушливых почвах, таких как луга, прерии и пастбища, а также в эвтрофных озерных отложениях и альпийских почвах. Этот широкий спектр сред, в которых были обнаружены Gemmatimonadetes, предполагает адаптацию к низкой влажности почвы. [8]Проведенное исследование показало, что распределение Gemmatimonadetes в почве, как правило, больше зависит от наличия влаги, чем от агрегации, укрепляя убеждение, что представители этого типа предпочитают более сухие почвы. [9] Меньшие количества также были обнаружены в различных водных средах, таких как пресные воды и отложения.
Таксономия [ править ]
В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LSPN), [10], Национальном центре биотехнологической информации [11] и проекте « Живое дерево всех видов» . [12]
- Phylum Gemmatimonadetes Zhang et al. 2003 [Gemmatimonadota Whitman et al. 2018]
- Класс Longimicrobia Pascual et al. 2016 г.
- Отряд Longimicrobiales Pascual et al. 2016 г.
- Семейство Longimicrobiaceae Pascual et al. 2016 г.
- Род Longimicrobium Pascual et al. 2016 г.
- Виды Longimicrobium terrae Pascual et al. 2016 г.
- Род Longimicrobium Pascual et al. 2016 г.
- Семейство Longimicrobiaceae Pascual et al. 2016 г.
- Отряд Longimicrobiales Pascual et al. 2016 г.
- Класс Gemmatimonadetes Zhang et al. 2003 г.
- Заказать Gemmatimonadales Zhang et al. 2003 г.
- Семейство Gemmatimonadaceae Zhang et al. 2003 г.
- Род Gemmatirosa DeBruyn et al. 2013
- Виды Gemmatirosa kalamazoonesis DeBruyn et al. 2013
- Род Gemmatimonas Zhang et al. 2003 исправление. Zeng et al. 2015 г.
- Виды G. phototrophica Zeng et al. 2015 г.
- Виды G. aurantiaca Zhang et al. 2003 исправление. Zeng et al. 2015 г.
- Род Gemmatirosa DeBruyn et al. 2013
- Семейство Gemmatimonadaceae Zhang et al. 2003 г.
- Заказать Gemmatimonadales Zhang et al. 2003 г.
- Класс Longimicrobia Pascual et al. 2016 г.
См. Также [ править ]
Ссылки [ править ]
- ^ Чжан Н, Секигучи Y, Ханада S, Hugenholtz Р, Ким Н, Kamagata Y, Накамура К (2003). «Gemmatimonas aurantiaca gen. Nov., Sp. Nov., Грамотрицательный, аэробный, накапливающий полифосфат микроорганизм, первый культивируемый представитель нового бактериального типа Gemmatimonadetes phyl. Nov» . Int J Syst Evol Microbiol . 53 (Pt 4): 1155–63. DOI : 10.1099 / ijs.0.02520-0 . PMID 12892144 .
- ^ Такаичи, S; Маока, Т; Такасаки, К; Ханада, S (2009). «Каротиноиды Gemmatimonas aurantiaca (Gemmatimonadetes) : идентификация нового каротиноида, дезоксиосцилол 2-рамнозида и предполагаемый путь биосинтеза ослоллола 2,2'-дирхамнозида» . Микробиология . 156 (3): 757–763. DOI : 10.1099 / mic.0.034249-0 . PMID 19959572 .
- ^ DeBruyn JM; Fawaz MN; Павлин, AD; Данлэп-младший; Nixon LT; Cooper KE; Радосевич М. (2013). « Gemmatirosa kalamazoonesis gen. Nov., Sp. Nov., Член редко культивируемого бактериального типа Gemmatimonadetes» . J Gen Appl Microbiol . 59 (4): 305–312. DOI : 10,2323 / jgam.59.305 . PMID 24005180 .
- ^ Zeng Y .; Селянин В .; Лукеш М .; Дин Дж .; Кафтан Д .; Feng F .; Коближек М. (2015). «Характеристика микроаэрофильной бактерии, содержащей бактериохлорофилл а, Gemmatimonas phototrophica sp. Nov., И исправленные описания рода Gemmatimonas и Gemmatimonas aurantiaca » . Int J Syst Evol Microbiol . 65 (8): 2410–2419. DOI : 10.1099 / ijs.0.000272 . PMID 25899503 .
- ^ Zeng Y .; Feng F .; Medová H .; Дин Дж .; Коближек М. (2014). «Функциональные реакционные центры фотосинтеза 2-го типа, обнаруженные в редком бактериальном типе Gemmatimonadetes» . Proc Natl Acad Sci USA . 111 (21): 7795–7800. Bibcode : 2014PNAS..111.7795Z . DOI : 10.1073 / pnas.1400295111 . PMC 4040607 . PMID 24821787 .
- ^ Паскуаль Дж .; García-López M .; Счета GF; Жениллу О. (2016). « Longimicrobium terrae gen. Nov., Sp. Nov., Новая олиготрофная бактерия недостаточно представленного типа Gemmatimonadetes, выделенная через систему миниатюрных диффузионных камер» . Int J Syst Evol Microbiol . 66 (5): 1976–1985. DOI : 10.1099 / ijsem.0.000974 . PMID 26873585 .
- ^ Фаваз, Мариам (2013). «Выявление экологической роли Gemmatimonadetes посредством культивирования и молекулярного анализа сельскохозяйственных почв». Магистерская работа, Университет Теннесси : vi.
- ^ DeBruyn, J; Никсон, Л; Фаваз, М; Джонсон, М; Радосевич, М (2011). «Глобальная биогеография и количественная сезонная динамика Gemmatimonadetes в почве» . Прил. Environ. Microbiol . 77 (17): 6295–300. DOI : 10,1128 / AEM.05005-11 . PMC 3165389 . PMID 21764958 .
- ^ Фаваз, Мариам (2013). «Выявление экологической роли Gemmatimonadetes посредством культивирования и молекулярного анализа сельскохозяйственных почв». Магистерская работа, Университет Теннесси : vi.
- ^ JP Euzéby. «Гемматимонадетес» . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) . Проверено 20 марта 2016 .
- ^ Сэйерс; и другие. «Гемматимонадетес» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2016 .
- ^ «Выпуск 123 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF) . Silva Полная база данных рибосомных РНК . Проверено 20 марта 2016 .
Внешние ссылки [ править ]
- Краткая систематика
- Фаваз, Миннесота (2013). Выявление экологической роли Gemmatimonadetes посредством культивирования и молекулярного анализа сельскохозяйственных почв. 44-60. Краткий обзор филума.
