 | Эта статья в значительной степени или полностью основана на одном источнике . ( апрель 2011 г. ) |
Genetypes таксономическая концепция , предложенная в 2010 году для описания каких - либо генетических последовательностей из образцов типа . [1] [2] Эта номенклатура объединяет молекулярную систематику и термины, используемые в биологической таксономии . Эта номенклатура предназначена для маркировки или пометки генетических последовательностей, взятых из типовых образцов. Номенклатура генотипов предполагает, что генетические последовательности голотипа следует называть «голотипом» (от «голотипа» и «генотипа»), последовательности из топотипа должны быть «топогенетипом» и так далее. Кроме того, используемые генетические маркеры должны быть включены в номенклатуру (например, парагенотип ND2).
Систему номенклатуры генотипов можно использовать для обозначения «золотого стандарта» последовательностей, которые из-за их прямой связи с типовыми образцами будут более надежными, чем стандартные последовательности, идентификация видов которых может быть проблематичной. Ошибочные идентификации преследуют многие последовательности в GenBank [ необходима ссылка ], и наличие некоторых последовательностей, связанных с типовыми образцами, поможет найти и управлять ошибочными идентификациями, а также создать положительно идентифицированные последовательности «золотого стандарта», доступные для сравнения. Предлагается использовать эту номенклатуру в публикациях и базах данных, которые отображают или обсуждают последовательности типовых образцов. [3] [2]
Примеры генотипов включают:
- Митогеном типа Leptoderma macrophthalmum hologen типа - AP011500 [4]
- Milyeringa brooksi paragenetype COI - HM590595 [5].
- Milyeringa brooksi paragenetype NDI - HM590607 [5].
Концепция генотипов была заменена концепцией GenSeq , предложенной в 2013 году из-за некоторой путаницы среди исследователей в отношении того, что генотипы эквивалентны номенклатурным типам . [6] [ требуется пояснение ]
См. Также [ править ]
Ссылки [ править ]
- ^ Чакрабарти, Prosanta (2010). «Genetypes: концепция, помогающая интегрировать молекулярную систематику и традиционную систематику» (PDF) . Zootaxa . 2632 : 67–68. DOI : 10.11646 / zootaxa.2632.1.4 .
- ^ а б Харрисон, Эй Джей; Chakrabarty, P .; Freyhof, J .; Крейг, Дж. Ф. (май 2011 г.). «Правильная номенклатура и рекомендации по сохранению и каталогизации ваучерного материала и генетических последовательностей». Журнал биологии рыб . 78 (5): 1283–1290. DOI : 10.1111 / j.1095-8649.2011.02979.x . PMID 21539541 .
- ^ «Инструкция JFB для авторов» . Журнал биологии рыб.[ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Byrkjedal Ингвар; Ян Иде Поульсен; Джон Гэлбрейт (2011). « Leptoderma macrophthalmum n.sp., новый вид гладкоголовых (Otocephala: Alepocephalidae) из Срединно-Атлантического хребта» (PDF) . Zootaxa . 2876 : 49–56. DOI : 10.11646 / zootaxa.2876.1.5 .
- ^ а б Чакрабарти, Просанта (2010). «Статус и филогения Milyeringidae (Teleostei: Gobiiformes) с описанием новой слепой пещерной рыбы из Австралии, Milyeringa brooksi , n. Sp» (PDF) . Zootaxa . 2557 : 19–28. DOI : 10.11646 / zootaxa.2557.1.2 .
- ^ Чакрабарти, Просанта; Уоррен, Мелани; Пейдж, Лоуренс; Болдуин, Кэрол (2013). «GenSeq: обновленная номенклатура и ранжирование генетических последовательностей из типовых и нетиповых источников» . ZooKeys (346): 29–41. DOI : 10.3897 / zookeys.346.5753 . PMC 3821064 . PMID 24223486 .
