«Немецкая сеть инфраструктуры биоинформатики - de.NBI» - это национальная, академическая и некоммерческая инфраструктура, поддерживаемая Федеральным министерством образования и исследований, предоставляющая биоинформатические услуги пользователям, занимающимся исследованиями в области наук о жизни и биомедициной в Германии и Европе. Партнеры организуют учебные мероприятия, курсы и летние школы по инструментам, стандартам и вычислительным услугам, предоставляемым de.NBI, чтобы помочь исследователям более эффективно использовать свои данные. [2]
Учредил | 2015 г. |
---|---|
Миссия | Использование больших данных в науках о жизни |
Координатор | Альфред Пюлер [1] |
Члены | 250 |
Место расположения | Билефельд , Берлин , Бохум , Borstel , Брауншвейг , Бремен , Дортмунд , Дрезден , Freiburg , Гатерслебен , Гиссен , Халл (Заале) , Гамбург , Гейдельберг , Йена , Юлихи , Констанц , Лейпциг , Магдебург , Мюнхен , Росток , Саарбрюккен , Тюбинген |
Веб-сайт | www |
История
В мае 2013 года Федеральное министерство образования и исследований Германии (BMBF) опубликовало руководство по финансированию Немецкой сети биоинформатической инфраструктуры (de.NBI). Целью этого объявления было создание инфраструктуры в Германии, которая будет предоставлять решения «проблемы больших данных» в науке о жизни с помощью услуг и обучения в области биоинформатики. Второе объявление о руководстве по финансированию партнерских проектов de.NBI было опубликовано в ноябре 2015 года. Программа de.NBI была запущена BMBF в марте 2015 года, а партнерские проекты начали свою работу в ноябре 2016 года. [2] Кроме того, программа de.NBI была запущена BMBF в марте 2015 года, а партнерские проекты начали свою работу в ноябре 2016 года. Узел ELIXIR в Германии (ELIXIR-DE) управляется партнерами de.NBI с августа 2016 года. [3] [4] [5]
Первым координатором проекта de.NBI является Альфред Пюлер . Руководителем немецкого узла ELIXIR является Андреас Таух. [6]
Организация
С ноября 2016 года сеть de.NBI состоит из восьми взаимосвязанных центров, включая около 40 исследовательских, сервисных и инфраструктурных групп, в которых работают около 250 биоинформатиков. [7] Кроме того, можно подать заявку на ассоциированное партнерство в качестве партнера по обслуживанию и обучению или партнера по обучению в de.NBI.
- Гейдельбергский центр биоинформатики человека (HD-HuB)
- Члены: Немецкий центр исследования рака (DKFZ, исследовательские группы Boutros, Brors, Buchhalter), Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL, исследовательские группы Bork, Huber, Korbel), Гейдельбергский университет (исследовательские группы Rohr, Russell, Erfle), Charité Berlin ( Исследовательские группы Eils, Ishaque) и Саарландского университета (исследовательская группа Walter)
- Тема: Биоинформатика человека, например экзом , геномика , транскриптомика , метагеномика , фенотипирование , биоимиджинг , эпигенетика и облачные вычисления.
- Ассоциированный партнер: Отдел вычислительной геномики и системной генетики (д-р Оливер Стегл, DKFZ)
- Ресурсный центр по микробной биоинформатике Билефельд-Гиссен (BiGi):
- Члены: Билефельд университет , Университет Гиссен и Герике Университет Магдебург
- Тема: микробная биоинформатика, например, геномика , транскриптомика , метагеномика , протеомика , метапротеомика , метаболомика и облачные вычисления.
- Биоинформатика для протеомики (BioInfra.Prot): [8]
- Члены: Рурский университет в Бохуме (исследовательское подразделение «Медицинская биоинформатика» Medizinisches Proteom-Center), Институт аналитических наук Лейбница ISAS ev Dortmund («Отдел биоаналитики»), Исследовательский центр Борстеля и Институт молекулярной клеточной биологии и генетики им. Макса Планка.
- Тема: Протеомика и липидомика
- Центр интегративной биоинформатики (CIBI):
- Члены: Свободный университет Берлина , Университет Тюбингена , Университет Констанца , Институт биохимии растений им. Лейбница в Галле (Заале) и Институт молекулярной клеточной биологии и генетики Макса Планка.
- Тема: Система управления рабочим процессом биоинформатики , например, для геномики , протеомики , метаболомики , биоимиджинга , глубокого обучения и машинного обучения.
- Центр биоинформатики РНК (РБК):
- Члены: Университет Фрайбург , Лейпцигский университет , Макс Дельбрюк Центр молекулярной медицины в Ассоциации Гельмгольца , Лейбниц-Institut für Alternsforschung Йены и Университет Ростка ,
- Тема: биоинформатика РНК , например, анализ транскриптомов, анализ структуры РНК , прогнозирование мишеней нкРНК , определение и классификация транскриптов РНК и анализ взаимодействия белок-РНК.
- Немецкая сеть биозеленформатики сельскохозяйственных культур (GCBN):
- Члены: Институт генетики растений и исследований сельскохозяйственных культур им. Лейбница в Гатерслебене (IPK, BIT, Уве Шольц), Helmholtz Zentrum München (HMGU, PGSB, Klaus Mayer) и Forschungszentrum Jülich (FZJ, IBG-2 Plant Sciences, Бьёрн Усадель).
- Тема: Биоинформатика растений, например, геномика , аннотация генома , фенотипирование , базы данных растений.
- Центр биологических данных (BioData):
- Члены: Немецкой коллекции микроорганизмов и клеточных культур , Брауншвейг технологический университет , Jacobs University Bremen , Бременский университет , Университет Гамбурга
- Тема: Базы данных
- de.NBI Центр обслуживания системной биологии (de.NBI-SysBio):
- Члены: Гейдельбергский институт теоретических исследований , Гейдельбергский университет , Ростокский университет и Институт динамики сложных технических систем им. Макса Планка.
- Тема: Системная биология и управление данными.
Ассоциированные партнеры
Сеть de.NBI открыта для других партнеров, желающих принять участие в ней. Эти партнеры называются ассоциированными партнерами и делятся на две группы: ассоциированные партнеры по обслуживанию и обучению или ассоциированные партнеры по обучению. Ассоциированные партнеры по обслуживанию и обучению предлагают как минимум один сервис и учебный курс, в то время как Ассоциированные партнеры по обучению предоставляют по крайней мере один учебный курс для сети de.NBI. По состоянию на февраль 2020 года сеть de.NBI имеет шесть ассоциированных Сервис и обучение партнеров ( Университет Киля , Йенского университета , DKFZ , EMBL Heidelberg, ИРК Werningerode, ZB MED ) и два ассоциированных Обучение Партнеры ( Медицинский центр университета Гамбург-Эппендорф , Лейбниц Институт исследований Балтийского моря ). Эти партнеры охватывают темы метаболомики , филогенетики , биоинформатики человека, эукариотической геномики, метапротеомики, NGS , ампликона 16S рРНК и анализа отдельных клеток, а также общие темы ИТ Linux и языки сценариев .
Ресурсы по биоинформатике
Сеть de.NBI предлагает широкий спектр ресурсов для немецкого и международного сообщества медико-биологических наук. В основном это базы данных, инструменты биоинформатики и оборудование на основе федеративной облачной системы.
Базы данных
de.NBI разрабатывает и поддерживает пять больших баз данных SILVA , [9] PANGEA , [10] BacDive , [11] ProteinPlus [12] и BRENDA . [13] Они обеспечивают доступ к генам рибосомной РНК из всех трех сфер жизни (SILVA), геопривязанным данным исследования земной системы (PANGEA), связанной с штаммом информации о различных аспектах биоразнообразия бактерий и архей (BacDive), структурам белков ( ProteinPlus) и полной информации о ферментах (BRENDA).
Инструменты
de.NBI разрабатывает и поставляет около 100 инструментов биоинформатики для немецкого и мирового сообщества наук о жизни, например Galaxy (вычислительная биология) /useGalaxy.eu (механизм рабочего процесса для всех инструментов РНК Фрайбурга), [14] EDGAR (сравнительный анализ генома платформы), [15] KNIME (механизм рабочего процесса), [16] OpenMS (программная библиотека C ++ с открытым исходным кодом для управления и анализа данных ЖХ / МС), [17] SeqAN ( библиотека эффективных алгоритмов и структур данных на C ++ с открытым исходным кодом ), [18] PIA (набор инструментов для анализа белков и идентификации на основе МС), [8] Fiji (программное обеспечение) (пакет обработки изображений), MetFrag (in silico fragmenter объединяет поиск в базе данных соединений и предсказание фрагментации для идентификации малых молекул на основе данных тандемной масс-спектрометрии ), [ 19] COPASI ( с открытым исходным кодом программного обеспечения для создания и решения математических моделей из биологических процессов ), [20] SIAMCAT (основа для статистического вывода ассоциаций между микробными сообществами и принимающими фенотипами ), е ДАЛИ! - PGP (программный фреймворк с открытым исходным кодом для публикации и обмена данными исследований), MGX ( анализ метагенома ) [21] и многие другие.
Инструменты de.NBI также зарегистрированы и доступны для поиска в Реестре инструментов и служб данных ELIXIR, который предоставляет дополнительную информацию в стандартизированном формате.
Аппаратное обеспечение
de.NBI разрабатывает и поддерживает облачную систему (de.NBI cloud), начатую в 2016 году. [22] Это совместный проект университетов Билефельда, Фрайбурга, Гиссена, Гейдельберга и Тюбингена. Вся система доступна через единый вход (SSO) через центральный облачный портал de.NBI и основана на инфраструктуре аутентификации и авторизации ELIXIR (ELIXIR AAI). Облако de.NBI включает более 27 000 вычислительных ядер и 41 петабайт емкости хранилища (по состоянию на февраль 2020 г.).
Обучение
De.NBI поддерживает и организует различные виды учебных мероприятий. В первую очередь, летние школы предлагают курсы повышения квалификации для студентов и аспирантов по конкретным темам, связанным с одним или несколькими центрами de.NBI. Соответствующие центры организуют обучение конкретным инструментам. Эти тренинги прилагаются к существующим конференциям или организуются независимо. Кроме того, в 2016 году на сайте de.NBI было введено онлайн-обучение. В 2017 году центрами РБК и CIBI были организованы онлайн- хакатоны для различных программных пакетов и вебинары .
В 2015 году de.NBI организовало 17 учебных курсов с 329 участниками. В 2016 году сеть организовала 40 учебных курсов с 882 участниками. За 2017 год сеть смогла еще больше увеличить количество курсов и участников (69 тренингов с 1489 участниками). В 2018 году учебную программу de.NBI прошли 1520 участников, проведено 77 тренингов. В 2019 году de.NBI предложило 79 учебных курсов с 1586 участниками.
de.NBI Летние школы
Наряду с учебными курсами de.NBI предлагает ежегодную Летнюю школу, чтобы более подробно осветить отдельную тему. Первая Летняя школа была проведена в 2015 году Центром обслуживания Билефельд-Гиссен (BiGi) Центром микробной биоинформатики, RBC и de.NBI-SysBio и была сосредоточена на рабочем процессе от сборки генома до анализа генома и транскриптома. [23] В последующие годы Летние школы были организованы сервисными центрами BioInfraProt, CIBI и BiGi, а также BioData, GCBN и de.NBI-SysBio и проводились в разных местах по всей Германии. Летние школы охватывали темы протеомики и данных масс-спектрометрии (2016), [24] Вычислительная геномика и РНК-биология (2017), [25] Управление данными исследований (2018) [26] и (Био) Наука о данных (2019). [27] Летняя школа de.NBI 2020 будет организована BiGi и затронет тему метагеномики. [28]
Дополнительные школы de.NBI
Кроме того, de.NBI организовала первую летнюю школу облачных вычислений в июне 2017 года [29] и поддержала зимнюю школу по метаболизму в марте 2018 года. [30] Для учащихся, интересующихся биоинформатикой, также оказала поддержку летняя школа BioBYTE в Университете Галле by de.NBI, предлагает идеальную возможность познакомиться с разнообразием биоинформатики. [31]
Рекомендации
- ^ "Координатор de.NBI" . Проверено 7 февраля 2019 .
- ^ a b Биоинформатика в Германии: к инфраструктуре национального уровня Андреас Таух и Арва Аль-Дилаими
- ^ Заседание Совета директоров ЭЛИКСИР, весна 2016 г.
- ^ Германия присоединяется к ELIXIR
- ^ ЭЛИКСИР Германия
- ^ «Ежеквартальный информационный бюллетень de.NBI 2/20» (PDF) . de.NBI . Проверено 15 июня 2020 .
- ^ de.NBI - Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur wird weiter ausgebaut Оливер Кольбахер
- ^ а б Туревич, М; Коль, М; Аренс, М; Mayer, G; Uszkoreit, J; Набулси, Вт; Брахт, Т; Megger, DA; Ситек, Б; Маркус, К; Эйзенахер, М (2017). «BioInfra.Prot: комплексный рабочий процесс протеомики, включающий стандартизацию данных, вывод белков, анализ экспрессии и публикацию данных» . J Biotechnol . 261 : 116–125. DOI : 10.1016 / j.jbiotec.2017.06.005 . PMID 28606611 .
- ^ Glöckner, FO; Йылмаз, П; Quast, C; Gerken, J; Беккати, А; Чуприна, А; Bruns, G; Ярза, П; Пеплис, Дж; Вестрам, Р. Людвиг, Вт (2017). «25 лет службы сообществу с помощью баз данных и инструментов для справки о генах рибосомальной РНК» . J Biotechnol . 261 : 169–176. DOI : 10.1016 / j.jbiotec.2017.06.1198 . PMID 28648396 .
- ^ Дипенбрук, М; Schindler, U; Huber, R; Песан, S; Стокер, М; Felden, J; Бусс, М; Вайнребе, М. (2017). «Терминология поддерживала архивирование и публикацию данных по экологическим наукам в PANGEA» . J Biotechnol . 261 : 177–186. DOI : 10.1016 / j.jbiotec.2017.07.016 . PMID 28743591 .
- ^ Reimer, LC; Söhngen, C; Вецининова, А; Оверманн, Дж (2017). «Мобилизация и интеграция бактериальных фенотипических данных для анализа биоразнообразия нового поколения с помощью базы метаданных BacDive» . J Biotechnol . 261 : 187–193. DOI : 10.1016 / j.jbiotec.2017.05.004 . PMID 28487186 .
- ^ Биц, S; Инестер, Т; Лаук, Ф; Соммер, К; фон Берен, ММ; Fährrolfes, R; Flachsenberg, F; Мейдер, А; Ниттингер, Э; Отто, Т; Hilbig, M; Schomburg, KT; Волкамер, А; Рэри, М (2017). «От химинформатики к структурированному дизайну: веб-сервисы и настольные приложения на основе библиотеки NAOMI» . J Biotechnol . 261 : 207–214. DOI : 10.1016 / j.jbiotec.2017.06.004 . PMID 28610996 .
- ^ Шомбург, I; Джеске, L; Ульбрих, М; Placzek, S; Чанг, А; Шомбург, Д. (2017). «Информационная система по ферментам BRENDA - От базы данных к экспертной системе» . J Biotechnol . 261 : 194–206. DOI : 10.1016 / j.jbiotec.2017.04.020 . PMID 28438579 .
- ^ Backofen, R; Энгельгардт, Дж; Эркслебен, А; Fallmann, J; Grüning, B; Ohler, U; Раевский, Н; Стадлер, П.Ф. (2017). «РНК-биоинформатика: инструменты, сервисы и базы данных для анализа регуляции на основе РНК» . J Biotechnol . 261 : 76–84. DOI : 10.1016 / j.jbiotec.2017.05.019 . PMID 28554830 .
- ^ Ю, Дж; Блом, Дж; Glaeser, SP; Jaenicke, S; Juhre, T; Рупп, О; Швенгерс, О; Spänig, S; Гоесманн, А (2017). «Обзор платформ биоинформатики для сравнительной геномики. Последние разработки платформы EDGAR 2.0 и ее полезность для таксономических и филогенетических исследований» . J Biotechnol . 261 : 2–9. DOI : 10.1016 / j.jbiotec.2017.07.010 . PMID 28705636 .
- ^ Филлбрунн, А; Dietz, C; Pfeuffer, J; Rahn, R; Ландрам, Джорджия; Бертольд, MR (2017). «KNIME для воспроизводимого междоменного анализа данных науки о жизни» . J Biotechnol . 261 : 149–156. DOI : 10.1016 / j.jbiotec.2017.07.028 . PMID 28757290 .
- ^ Pfeuffer, J; Sachsenberg, T; Алка, О; Walzer, M; Филлбрунн, А; Nilse, L; Шиллинг, О; Райнерт, К; Кольбахер, О (2017). «OpenMS - платформа для воспроизводимого анализа данных масс-спектрометрии» . J Biotechnol . 261 : 142–148. DOI : 10.1016 / j.jbiotec.2017.05.016 . PMID 28559010 .
- ^ Райнерт, К; Дади, TH; Эрхардт, М; Hauswedell, H; Mehringer, S; Rahn, R; Ким, Дж; Покрандт, К; Винклер, Дж; Сирагуса, Э; Urgese, G; Виз, Д. (2017). «Библиотека шаблонов SeqAn C ++ для эффективного анализа последовательностей: ресурс для программистов» . J Biotechnol . 261 : 157–168. DOI : 10.1016 / j.jbiotec.2017.07.017 . PMID 28888961 .
- ^ Meier, R; Ruttkies, C; Treutler, H; Нойман, S (2017). «Биоинформатика может ускорить исследования в области метаболомики» . J Biotechnol . 261 : 137–141. DOI : 10.1016 / j.jbiotec.2017.05.018 . PMID 28554829 .
- ^ Bergmann, FT; Обручи, S; Klahn, B; Kummer, U; Mendes, P; Пал, Дж; Sahle, S (2017). «КОПАСИ и его приложения в биотехнологии» . J Biotechnol . 261 : 215–220. DOI : 10.1016 / j.jbiotec.2017.06.1200 . PMC 5623632 . PMID 28655634 .
- ^ Jaenicke, S; Альбаум, ИП; Блюменкамп, П; Линке, Б; Стоу, Дж; Гоесманн, А (2018). «Гибкий метагеномный анализ с использованием фреймворка MGX» . Микробиом . 6 (1): 76. DOI : 10,1186 / s40168-018-0460-1 . PMC 5937802 . PMID 29690922 .
- ^ Облачные вычисления для анализа геномных данных и сотрудничества Бен Лэнгмид и Абхинав Неллор, 2018
- ^ de.NBI Летняя школа 2015
- ^ de.NBI Летняя школа 2016
- ^ de.NBI Летняя школа 2017
- ^ de.NBI Летняя школа 2018
- ^ «Летняя школа de.NBI 2019 - (Био) Наука о данных» . www.denbi.de . Проверено 24 января 2019 .
- ^ «Летняя школа de.NBI 2020 - Метагеномика» . Проверено 3 марта 2020 года .
- ^ De.NBI Облако Летняя школа 2017
- ^ de.NBI Winter School 2018
- ^ "Sommerschule für neugierige Schülerinnen und Schüler, die die Naturwissenschaft der Zukunft entdecken möchten" (на немецком языке) . Проверено 3 марта 2020 года .
Внешние ссылки
- Официальный веб-сайт
- Официальный канал в Твиттере
- Официальный канал на Youtube