Интрон группы III - это класс интронов, обнаруженных в генах мРНК хлоропластов у простейших эвгленид . У них есть обычный dVI группы II с выпуклым аденозином, обтекаемый dI, без dII-dV и ослабленный консенсус по сайту сплайсинга. [1] ( рис. 2 ) Сплайсинг выполняется с помощью двух реакций переэтерификации с выпуклым аденозином dVI в качестве инициирующего нуклеофила ; интрон иссечен как лариат. [2] Мало что известно о том, как они работают, [1] хотя была сконструирована изолированная система трансформации хлоропластов. [3]
Открытие и идентификация
В 1984 году Montandon и Stutz сообщили о примерах нового типа интронов в хлоропласте Euglena . [4] В 1989 году Дэвид А. Кристофер и Ричард Б. Халлик нашли еще несколько примеров и предложили название «интроны группы III», чтобы идентифицировать этот новый класс со следующими характеристиками: [5]
- Интроны группы III намного короче, чем другие классы самосплайсинговых интронов, в диапазоне от 95 до 110 нуклеотидов среди тех, которые известны Кристоферу и Халлику и идентифицированы в хлоропластах. С другой стороны, Кристофер и Халлик заявили: «Напротив, самый маленький интрон группы II хлоропласта эвглены ... составляет 277 нуклеотидов». [5]
- Их консервативные последовательности, проксимальные к сайтам сплайсинга, имеют сходство с таковыми интронов группы II, но имеют меньше консервативных положений.
- Они не отображаются в консервативной вторичной структуре интронов группы II. (Действительно, Кристофер и Халлик не смогли идентифицировать какие-либо консервативные элементы вторичной структуры среди интронов группы III.)
- Обычно они связаны с генами, участвующими в трансляции и транскрипции.
- Они очень богаты на A + T.
В 1994 году открытие интрона группы III с длиной на порядок больше показало, что сама по себе длина не является определяющим фактором сплайсинга в интронах группы III. [2]
Сплайсинг интронов группы III происходит за счет образования лариатической и кольцевой РНК . [2] Сходства между группой III и ядерными интронами включают консервативные 5'-граничные последовательности, образование лари, отсутствие внутренней структуры и способность использовать альтернативные границы сплайсинга. [1]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ a b c Copertino DW, Hallick RB (декабрь 1993 г.). «Интроны группы II и группы III твинтронов: потенциальные отношения с ядерными интронами пре-мРНК». Trends Biochem. Sci . 18 (12): 467–71. DOI : 10.1016 / 0968-0004 (93) 90008-б . PMID 8108859 .
- ^ а б в Дональд В. Копертино DW; Зал ET; Ван Хук FW; Jenkins KP; Халлик РБ (1994). «Двойной твинтрон группы III, кодирующий ген, подобный зрелому, вырезает через лариатин промежуточные звенья» . Nucleic Acids Res . 22 (6): 1029–36. DOI : 10.1093 / NAR / 22.6.1029 . PMC 307926 . PMID 7512259 .
- ^ Doetsch, NA; Фавро, MR; Кускуоглу, Н; Томпсон, доктор медицины; Халлик, РБ (февраль 2001 г.). «Трансформация хлоропластов в Euglena gracilis: сплайсинг твинтрона группы III, транскрибируемого с трансгенного оперона psbK». Текущая генетика . 39 (1): 49–60. DOI : 10.1007 / s002940000174 . PMID 11318107 .
- ^ Montandon PE, Stutz E (сентябрь 1983 г.). «Нуклеотидная последовательность области генома хлоропласта Euglena gracilis, кодирующая фактор элонгации Tu; свидетельство сплайсированной мРНК» . Nucleic Acids Res . 11 (17): 5877–92. DOI : 10.1093 / NAR / 11.17.5877 . PMC 326324 . PMID 6310519 .
- ^ а б Кристофер Д.А., Халлик Р.Б. (октябрь 1989 г.). «Оперон рибосомного белка хлоропласта Euglena gracilis: новый ген хлоропласта рибосомного белка L5 и описание новой категории интронов органелл, обозначенной как группа III» . Nucleic Acids Res . 17 (19): 7591–608. DOI : 10.1093 / NAR / 17.19.7591 . PMC 334869 . PMID 2477800 .
Внешние ссылки
- GO: 0000374 - Запись в онтологии генов для сплайсинга интронов группы III