Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Сплайсинг РНК в молекулярной биологии представляет собой форму процессинга РНК, при которой вновь созданный транскрипт матричной РНК-предшественницы (пре- мРНК ) трансформируется в зрелую матричную РНК ( мРНК ). Во время сплайсинга интроны (некодирующие области) удаляются, а экзоны (кодирующие области) соединяются вместе. Для генов , кодируемых ядром , сплайсинг происходит внутри ядра либо во время транскрипции, либо сразу после нее . Для тех эукариотических геновкоторые содержат интроны, для создания молекулы мРНК, которую можно транслировать в белок, обычно требуется сплайсинг . Для многих эукариотических интронов сплайсинг осуществляется в виде серии реакций, которые катализируются сплайсосомой , комплексом малых ядерных рибонуклеопротеидов ( мяРНП ). Также существуют самосплайсинговые интроны или рибозимы, способные катализировать собственное вырезание из исходной молекулы РНК.

Процесс сплайсинга РНК

Сплайсинговые пути [ править ]

В природе существует несколько методов сплайсинга РНК; тип сплайсинга зависит от структуры сплайсированного интрона и катализаторов, необходимых для того, чтобы сплайсинг происходил.

Сплайсосомальный комплекс [ править ]

Интроны [ править ]

Слово интрон является производным от условий внутригенных областей , [1] и intracistron , [2] , то есть сегмент ДНК , который расположен между двумя экзонами в гене . Термин «интрон» относится как к последовательности ДНК в гене, так и к соответствующей последовательности в необработанном транскрипте РНК. Как часть пути процессинга РНК, интроны удаляются путем сплайсинга РНК либо вскоре после транскрипции, либо одновременно с ней . [3] Интроны обнаружены в генах большинства организмов и многих вирусов. Они могут располагаться в широком спектре генов, в том числе в генах, которые генерируют белки , рибосомную РНК.(рРНК) и транспортная РНК (тРНК). [4]

Внутри интронов для сплайсинга требуются донорный сайт (5'-конец интрона), сайт разветвления (около 3'-конца интрона) и акцепторный сайт (3'-конец интрона). Донорный сайт сплайсинга включает почти инвариантную последовательность GU на 5'-конце интрона в более крупной, менее высококонсервативной области. Акцепторный сайт сплайсинга на 3'-конце интрона оканчивает интрон почти инвариантной последовательностью AG. Выше (в 5'-направлении) от AG находится область с высоким содержанием пиримидинов (C и U) или полипиримидиновый тракт . Дальше вверх по течению от полипиримидинового тракта находится точка ветвления, которая включает адениновый нуклеотид, участвующий в формировании лариата. [5] [6] консенсусная последовательность для интрона (в IUPACобозначение нуклеиновой кислоты ): GG- [разрез] -GURAGU (донорный сайт) ... интронная последовательность ... YURAC (последовательность ответвления на 20-50 нуклеотидов выше акцепторного сайта) ... Y-rich-NCAG- [разрез] -G (акцепторный сайт). [7] Однако следует отметить, что конкретная последовательность интронных элементов сплайсинга и количество нуклеотидов между точкой ветвления и ближайшим 3'-акцепторным сайтом влияют на выбор сайта сплайсинга. [8] [9] Кроме того, точечные мутации в основной ДНК или ошибки во время транскрипции могут активировать скрытый сайт сплайсинга в части транскрипта, которая обычно не сплайсируется. Это приводит к зрелой матричной РНК с отсутствующим участком экзона. Таким образом, точечная мутация, который в противном случае мог бы повлиять только на одну аминокислоту, может проявляться в виде делеции или усечения в конечном белке.

Простая иллюстрация экзонов и интронов в пре-мРНК

Образование и деятельность [ править ]

Сплайсинг катализируется сплайсосомой , большим комплексом РНК-белок, состоящим из пяти малых ядерных рибонуклеопротеидов ( мяРНП ). Сборка и активность сплайсосомы происходит во время транскрипции пре-мРНК. Компоненты РНК мяРНП взаимодействуют с интроном и участвуют в катализе. Идентифицированы два типа сплайсосом (основные и второстепенные), которые содержат разные snRNP .

  • В крупной сплайсосоме сростки интроны , содержащие GU в сплайса сайта и AG на 3' 5' сайте сплайсинга. Она состоит из U1 , U2 , U4 , U5 и U6 мяРНПа и активно в ядре. Кроме того, для сборки сплайсосомы необходим ряд белков, включая вспомогательный фактор 1 малой ядерной РНК U2 (U2AF35), U2AF2 (U2AF65) [10] и SF1 . [6] [11] В процессе сплайсинга сплайсосома образует различные комплексы: [12]
  • Комплекс E
    • U1 snRNP связывается с последовательностью GU в 5'-сайте сплайсинга интрона;
    • Фактор сплайсинга 1 связывается с последовательностью точки ветвления интрона;
    • U2AF1 связывается с 3'-сайтом сплайсинга интрона;
    • U2AF2 связывается с полипиримидиновым трактом; [13]
  • Комплекс А (пре-сплайсосома)
    • U2 snRNP вытесняет SF1 и связывается с последовательностью точки ветвления, и АТФ гидролизуется;
  • Комплекс B (докаталитическая сплайсосома)
    • Тример U5 / U4 / U6 snRNP связывается, а snRNP U5 связывает экзоны в 5'-сайте, при этом U6 связывается с U2;
  • Комплекс B *
    • U1 snRNP высвобождается, U5 перемещается от экзона к интрону, а U6 связывается в 5'-сайте сплайсинга;
  • Комплекс C (каталитическая сплайсосома)
    • U4 высвобождается, U6 / U2 катализирует переэтерификацию, заставляя 5'-конец интрона лигировать с A на интроне и образовывать лариат, U5 связывает экзон в 3'-сайте сплайсинга, а 5'-сайт расщепляется, в результате чего формирование лариата;
  • Комплекс С * (пост-сплайсосомальный комплекс)
    • U2 / U5 / U6 остаются связанными с лариатом, а 3'-сайт расщепляется, а экзоны лигируются с использованием гидролиза АТФ. Сплайсированная РНК высвобождается, лариат высвобождается и разрушается [14], а мяРНП рециклируются.
Этот тип сплайсинга называется каноническим сплайсингом или лариатным путем , на который приходится более 99% сплайсинга. Напротив, когда интронные фланкирующие последовательности не следуют правилу GU-AG, говорят, что происходит неканонический сплайсинг (см. «Минорные сплайсосомы» ниже). [15]
  • Второстепенная сплайсосома очень похожа на основную сплайсосому, но вместо этого он сращивание из редких интронов с различными последовательностями сайта сплайсинга. В то время как минорная и основная сплайсосомы содержат один и тот же snRNP U5 , минорная сплайсосома имеет разные, но функционально аналогичные snRNP для U1, U2, U4 и U6, которые соответственно называются U11 , U12 , U4atac и U6atac . [16]

Рекурсивное соединение [ править ]

В большинстве случаев сплайсинг удаляет интроны как отдельные единицы из транскриптов мРНК- предшественников . Однако в некоторых случаях, особенно в мРНК с очень длинными интронами, сплайсинг происходит поэтапно, при этом часть интрона удаляется, а затем на следующем этапе сплайсируется оставшийся интрон. Впервые это было обнаружено в гене Ultrabithorax ( Ubx ) плодовой мушки, Drosophila melanogaster и некоторых других генах Drosophila , но также сообщалось о случаях заболевания у людей. [17] [18]

Транс-сплайсинг [ править ]

Транс-сплайсинг - это форма сплайсинга, при которой удаляются интроны или внешние части и соединяются два экзона, которые не находятся в одном и том же транскрипте РНК. [19]

Самосращивание [ править ]

Самосплайсинг происходит для редких интронов, которые образуют рибозим , выполняя функции сплайсосомы только за счет РНК. Есть три типа самосплайсинговых интронов: Группа I , Группа II и Группа III . Интроны группы I и II выполняют сплайсинг, аналогичный сплайсосоме, без необходимости в протеине. Это сходство предполагает, что интроны групп I и II могут быть эволюционно связаны со сплайсосомой. Самосплайсинг также может быть очень древним и, возможно, существовал в мире РНК, существовавшем до белка.

Две переэтерификации характеризуют механизм сплайсинга интронов группы I:

  1. 3'OH свободного гуанинового нуклеозида (или нуклеозида, расположенного в интроне) или нуклеотидного кофактора (GMP, GDP, GTP) атакует фосфат в 5'-сайте сплайсинга.
  2. 3'OH 5'-экзона становится нуклеофилом, и вторая переэтерификация приводит к соединению двух экзонов.

Механизм сплайсинга интронов группы II (две реакции переэтерификации, подобные интронам группы I) следующий:

  1. 2'OH специфического аденозина в интроне атакует 5'-сайт сплайсинга, тем самым образуя лариат
  2. 3'OH 5'-экзона запускает вторую переэтерификацию в 3'-участке сплайсинга, тем самым соединяя экзоны вместе.

сплайсинг тРНК [ править ]

Сплайсинг тРНК (также похожий на тРНК) - еще одна редкая форма сплайсинга, которая обычно происходит в тРНК. Реакция сплайсинга включает другую биохимию, чем сплайсосомный и самосплайсинговый пути.

В дрожжах Saccharomyces cerevisiae дрожжевой тРНК, сплайсирующий эндонуклеазный гетеротетрамер, состоящий из TSEN54 , TSEN2 , TSEN34 и TSEN15 , расщепляет пре-тРНК в двух сайтах в акцепторной петле с образованием 5'-половинной тРНК, оканчивающейся на 2 ', 3'-циклическая фосфодиэфирная группа и 3'-половина тРНК, заканчивающаяся 5'-гидроксильной группой, вместе с отброшенным интроном. [20] Дрожжевая тРНК-киназа затем фосфорилирует 5'-гидроксильную группу с помощью аденозинтрифосфата . Циклическая фосфодиэстераза дрожжевой тРНК расщепляет циклическую фосфодиэфирную группу с образованием 2'-фосфорилированного 3'-конца. Дрожжевая тРНК-лигаза добавляет аденозинмонофосфатсгруппируйте до конца 5 футов 3-дюймовой половины и соедините две половинки вместе. [21] НАД-зависимая 2'-фосфотрансфераза затем удаляет 2'-фосфатную группу. [22] [23]

Эволюция [ править ]

Сращивание происходит во всех царствах или сферах жизни, однако степень и типы сращивания могут сильно различаться между основными подразделениями. Эукариоты сплавляют многие белок-кодирующие информационные РНК и некоторые некодирующие РНК . Прокариоты , с другой стороны, сплайсируют редко и в основном некодирующие РНК. Еще одно важное различие между этими двумя группами организмов состоит в том, что у прокариот полностью отсутствует сплайсосомный путь.

Поскольку сплайсосомные интроны консервативны не у всех видов, существуют дебаты относительно того, когда развился сплайсосомный сплайсинг. Были предложены две модели: интронная поздняя и интронная ранняя модели (см. Эволюция интрона ).

Разнообразие сращивания
ЭукариотыПрокариоты
Сплайсосомальный+-
Самосращивание++
тРНК++

Биохимический механизм [ править ]

Диаграмма, иллюстрирующая двухэтапную биохимию сплайсинга

Сплайсосомный сплайсинг и самосплайсинг включают двухэтапный биохимический процесс. Оба этапа включают реакции переэтерификации, которые происходят между нуклеотидами РНК. Однако сплайсинг тРНК является исключением и не происходит при переэтерификации. [24]

Сплайсосомные и самосплайсинговые реакции переэтерификации протекают через две последовательные реакции переэтерификации. Во-первых, 2'OH определенного нуклеотида точки ветвления внутри интрона, определенного во время сборки сплайсосомы, выполняет нуклеофильную атаку на первый нуклеотид интрона в 5'-сайте сплайсинга, образуя лариатин интермедиат . Во-вторых, 3'OH освобожденного 5'-экзона затем выполняет электрофильную атаку на первый нуклеотид, следующий за последним нуклеотидом интрона в 3'-сайте сплайсинга, таким образом соединяя экзоны и высвобождая интронный лалиат. [25]

Альтернативное сращивание [ править ]

Основная статья: Альтернативная сварка

Во многих случаях процесс сплайсинга может создавать ряд уникальных белков, варьируя состав экзонов одной и той же мРНК. Это явление называется альтернативным сращиванием . Альтернативное сращивание может происходить разными способами. Экзоны можно удлинить или пропустить, или можно сохранить интроны. Подсчитано, что 95% транскриптов мультиэкзонных генов подвергаются альтернативному сплайсингу, некоторые случаи которого происходят тканеспецифичным образом и / или в определенных клеточных условиях. [26] Разработка высокопроизводительной технологии секвенирования мРНК может помочь количественно оценить уровни экспрессии альтернативно сплайсированных изоформ. Дифференциальные уровни экспрессии в тканях и клеточных клонах позволили разработать вычислительные подходы для прогнозирования функций этих изоформ. [27][28] Учитывая эту сложность, альтернативный сплайсинг транскриптов пре-мРНК регулируется системой транс-действующих белков (активаторов и репрессоров), которые связываются с цис-действующими сайтами или «элементами» (энхансерами и сайленсерами) на самом транскрипте пре-мРНК. Эти белки и их соответствующие связывающие элементы способствуют или сокращают использование определенного сайта сплайсинга. Специфичность связывания определяется последовательностью и структурой цис-элементов, например, в ВИЧ-1 существует множество донорных и акцепторных сайтов сплайсинга. Среди различных сайтов сплайсинга ssA7, который является 3'-акцепторным сайтом, укладывается в три петлевые структуры стволовых петель, т.е. интронный сайленсер сплайсинга (ISS), экзонический энхансер сплайсинга (ESE) и экзонический сайленсер сплайсинга (ESSE3).Структура раствора сайленсера интронного сплайсинга и его взаимодействие с хозяйским белком hnRNPA1 дают представление о специфическом распознавании.[29] Однако, что усложняет альтернативный сплайсинг, следует отметить, что влияние регуляторных факторов во многих случаях зависит от положения. Например, фактор сплайсинга, который служит активатором сплайсинга, когда он связан с интронным элементом энхансера, может служить репрессором, когда он связан с его элементом сплайсинга в контексте экзона, и наоборот. [30] В дополнение к зависящим от положения эффектам элементов энхансера и сайленсера, расположение точки ветвления (т.е. расстояние до ближайшего 3'-акцепторного сайта) также влияет на сплайсинг. [8]Вторичная структура транскрипта пре-мРНК также играет роль в регулировании сплайсинга, например, путем объединения элементов сплайсинга или маскирования последовательности, которая в противном случае служила бы элементом связывания для фактора сплайсинга. [31] [32]

Ответ сплайсинга на повреждение ДНК [ править ]

Повреждение ДНК влияет на факторы сплайсинга, изменяя их посттрансляционную модификацию , локализацию, экспрессию и активность. [33] Кроме того, повреждение ДНК часто нарушает сплайсинг, препятствуя его связыванию с транскрипцией . Повреждение ДНК также влияет на сплайсинг и альтернативный сплайсинг генов, тесно связанных с репарацией ДНК . [33] Например, повреждения ДНК модулируют альтернативное сплайсинг генов репарации ДНК Brca1 и Ercc1 .

Экспериментальные манипуляции со склейкой [ править ]

События сплайсинга могут быть экспериментально изменены [34] [35] путем связывания стерически-блокирующих антисмысловых олигонуклеотидов, таких как морфолиновые или пептидные нуклеиновые кислоты, с сайтами связывания snRNP, с нуклеотидом точки ветвления, который закрывает лалиат [36] , теория расщепления генов или сплайсинг сайты связывания регуляторных элементов. [37]

Ошибки и вариации стыковки [ править ]

Было высказано предположение, что треть всех болезнетворных мутаций влияет на сплайсинг . [30] Распространенные ошибки:

  • Мутация сайта сплайсинга, приводящая к потере функции этого сайта. Приводит к обнаружению преждевременного стоп-кодона , потере экзона или включению интрона.
  • Мутация сайта сплайсинга снижает специфичность. Может привести к изменению местоположения сплайсинга, вызывая вставку или удаление аминокислот или, что наиболее вероятно, нарушение рамки считывания .
  • Смещение сайта сплайсинга, приводящее к включению или исключению большего количества РНК, чем ожидалось, что приводит к более длинным или более коротким экзонам.

Хотя многие ошибки сплайсинга защищены механизмом контроля качества клеток, называемым нонсенс-опосредованным распадом мРНК (NMD) [38], также существует ряд заболеваний, связанных со сплайсингом, как указано выше. [39]

Аллельные различия в сплайсинге мРНК, вероятно, будут общим и важным источником фенотипического разнообразия на молекулярном уровне в дополнение к их вкладу в генетическую восприимчивость к болезням. Действительно, полногеномные исследования на людях выявили ряд генов, которые подвержены аллель-специфическому сплайсингу.

У растений изменение устойчивости к стрессу наводнения коррелирует с индуцированным стрессом альтернативным сплайсингом транскриптов, связанным с глюконеогенезом и другими процессами. [40]

Сплайсинг белков [ править ]

Основная статья: Сплайсинг белков

Помимо РНК, сплайсингу могут подвергаться белки. Хотя биомолекулярные механизмы различны, принцип тот же: части белка, называемые интеинами, а не интронами, удаляются. Остальные части, называемые экстеинами вместо экзонов, сливаются вместе. Сплайсинг белков наблюдался у широкого круга организмов, включая бактерии, археи , растения, дрожжи и человека. [41]

См. Также [ править ]

  • кДНК
  • Комплекс экзонных соединений
  • кэппинг мРНК
  • Полиаденилирование
  • Посттранскрипционная модификация
  • Редактирование РНК
  • Белковый домен SWAP , регулятор сплайсинга

Ссылки [ править ]

  1. Перейти ↑ Gilbert W (февраль 1978 г.). «Почему гены по частям?». Природа . 271 (5645): 501. Bibcode : 1978Natur.271..501G . DOI : 10.1038 / 271501a0 . PMID  622185 . S2CID  4216649 .
  2. ^ Тонегава S, Maxam AM, Tizard R, Bernard O, Gilbert W (март 1978). «Последовательность гена зародышевой линии мыши для вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 75 (3): 1485–89. Bibcode : 1978PNAS ... 75.1485T . DOI : 10.1073 / pnas.75.3.1485 . PMC 411497 . PMID 418414 .  
  3. ^ Тилгнер Н, Ноулз Д.Г., Джонсон R, Дэвис СА, Chakrabortty S, S Djebali, Курадо Дж, Снайдер М, Gingeras ТР, Гиго Р (сентябрь 2012). «Глубокое секвенирование фракций субклеточной РНК показывает, что сплайсинг является преимущественно котранскрипционным в геноме человека, но неэффективен для днРНК» . Геномные исследования . 22 (9): 1616–25. DOI : 10.1101 / gr.134445.111 . PMC 3431479 . PMID 22955974 .  
  4. ^ Рой SW, Гилберт W (март 2006). «Эволюция сплайсосомных интронов: закономерности, загадки и прогресс». Обзоры природы. Генетика . 7 (3): 211–21. DOI : 10.1038 / nrg1807 . PMID 16485020 . S2CID 33672491 .  
  5. Перейти ↑ Clancy S (2008). «Сплайсинг РНК: интроны, экзоны и сплайсосомы» . Природное образование . 1 (1): 31. Архивировано 15 марта 2011 года . Проверено 31 марта 2011 года .
  6. ^ a b Black DL (июнь 2003 г.). «Механизмы альтернативного сплайсинга пре-мессенджерных РНК» . Ежегодный обзор биохимии . 72 (1): 291–336. DOI : 10.1146 / annurev.biochem.72.121801.161720 . PMID 12626338 . 
  7. ^ «Молекулярная биология клетки». 2012 Journal Citation Reports . Web of Science (научный редактор). Thomson Reuters . 2013.
  8. ^ a b Taggart AJ, DeSimone AM, Shih JS, Filloux ME, Fairbrother WG (июнь 2012 г.). «Крупномасштабное картирование точек ветвления в транскриптах пре-мРНК человека in vivo» . Структурная и молекулярная биология природы . 19 (7): 719–21. DOI : 10.1038 / nsmb.2327 . PMC 3465671 . PMID 22705790 .  
  9. ^ Corvelo A, Hallegger M, Smith CW, Eyras E (ноябрь 2010). Мейер (ред.). «Общегеномная ассоциация между свойствами точки ветвления и альтернативным сплайсингом» . PLOS Вычислительная биология . 6 (11): e1001016. Bibcode : 2010PLSCB ... 6E1016C . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1001016 . PMC 2991248 . PMID 21124863 .  
  10. ^ Graveley BR, Хертел KJ, Maniatis Т (июнь 2001). «Роль U2AF35 и U2AF65 в энхансер-зависимом сплайсинге» . РНК . 7 (6): 806–18. DOI : 10.1017 / s1355838201010317 . PMC 1370132 . PMID 11421359 . Архивировано 20 ноября 2018 года . Проверено 17 декабря 2014 .  
  11. ^ Мэтлин AJ, Кларк F, Smith CW (май 2005). «Понимание альтернативной сварки: в сторону сотового кода». Обзоры природы. Молекулярная клеточная биология . 6 (5): 386–98. DOI : 10.1038 / nrm1645 . PMID 15956978 . S2CID 14883495 .  
  12. Перейти ↑ Matera AG, Wang Z (февраль 2014 г.). «Один день из жизни сплайсосомы» . Обзоры природы. Молекулярная клеточная биология . 15 (2): 108–21. DOI : 10.1038 / nrm3742 . PMC 4060434 . PMID 24452469 .  
  13. ^ Гут S, Валькарсель J (декабрь 2000). «Кинетическая роль SF1 / BBP млекопитающих в сборке и функции сплайсосом после распознавания полипиримидинового тракта с помощью U2AF» . Журнал биологической химии . 275 (48): 38059–66. DOI : 10.1074 / jbc.M001483200 . PMID 10954700 . 
  14. ^ Cheng Z, Menees TM (декабрь 2011). «Сплайсинг и разветвление РНК через анализ РНК-лариатов». Молекулярная генетика и геномика . 286 (5–6): 395–410. DOI : 10.1007 / s00438-011-0635-у . PMID 22065066 . S2CID 846297 .  
  15. ↑ Ng B, Yang F, Huston DP, Yan Y, Yang Y, Xiong Z, Peterson LE, Wang H, Yang XF (декабрь 2004 г.). «Повышенный неканонический сплайсинг аутоантигенных транскриптов обеспечивает структурную основу для экспрессии нетолеризованных эпитопов» . Журнал аллергии и клинической иммунологии . 114 (6): 1463–70. DOI : 10.1016 / j.jaci.2004.09.006 . PMC 3902068 . PMID 15577853 .  
  16. ^ Patel AA, Steitz JA (декабрь 2003). «Двойной сплайсинг: выводы из второй сплайсосомы». Обзоры природы. Молекулярная клеточная биология . 4 (12): 960–70. DOI : 10.1038 / nrm1259 . PMID 14685174 . S2CID 21816910 .  
  17. ^ Сибли CR, Эммет Вт, Blazquez л, Фараон А, Хаберман Н, Briese М, Trabzuni Д, Райтены М, Уил М, Харди Дж, Modic М, Curk Т, Уилсон СВ, Plagnol В, Уле J (май 2015 г.). «Рекурсивный сплайсинг в генах длинных позвоночных» . Природа . 521 (7552): 371–75. Bibcode : 2015Natur.521..371S . DOI : 10,1038 / природа14466 . PMC 4471124 . PMID 25970246 .  
  18. ^ Duff MO, Olson S, Вэй X, Garrett SC, Осман A, Bolisetty M, Plocik A, Celniker SE, Graveley BR (май 2015). «Полногеномная идентификация нулевого рекурсивного сплайсинга нуклеотидов у дрозофилы» . Природа . 521 (7552): 376–79. Bibcode : 2015Natur.521..376D . DOI : 10,1038 / природа14475 . PMC 4529404 . PMID 25970244 .  
  19. ^ Di Segni G, Gastaldi S, Tocchini-Валентини GP (май 2008). «Цис- и транс-сплайсинг мРНК, опосредованный последовательностями тРНК в эукариотических клетках» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (19): 6864–69. Bibcode : 2008PNAS..105.6864D . DOI : 10.1073 / pnas.0800420105 . JSTOR 25461891 . PMC 2383978 . PMID 18458335 .   
  20. ^ Trotta CR, мяо F, Арн EA, Stevens SW, Ho CK, Рохат R, Абельсон JN (июнь 1997). «Эндонуклеаза сплайсинга тРНК дрожжей: тетрамерный фермент с двумя субъединицами активного сайта, гомологичными эндонуклеазам тРНК архей». Cell . 89 (6): 849–58. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80270-6 . PMID 9200603 . S2CID 16055381 .  
  21. ^ Westaway СК, Phizicky Е.М., Абельсон J (март 1988). «Структура и функция гена дрожжевой тРНК-лигазы» . Журнал биологической химии . 263 (7): 3171–76. PMID 3277966 . Архивировано 18 ноября 2018 года . Проверено 17 декабря 2014 . 
  22. ^ Паушкин С.В., Патель М., Фурия Б.С., Пельц С.В., Тротта CR (апрель 2004 г.). «Идентификация комплекса эндонуклеаз человека выявляет связь между сплайсингом тРНК и образованием 3'-конца пре-мРНК». Cell . 117 (3): 311–21. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (04) 00342-3 . PMID 15109492 . S2CID 16049289 .  
  23. ↑ Soma A (1 апреля 2014 г.). «Циркулярно пермутированные гены тРНК: их экспрессия и значение для их физиологической значимости и развития» . Границы генетики . 5 : 63. DOI : 10,3389 / fgene.2014.00063 . PMC 3978253 . PMID 24744771 .  
  24. ^ Абельсон J, Trotta CR, Li H (май 1998). «Сплайсинг тРНК» . Журнал биологической химии . 273 (21): 12685–88. DOI : 10.1074 / jbc.273.21.12685 . PMID 9582290 . 
  25. ^ Fica SM, Tuttle N, Novak T, Li NS, Lu J, Koodathingal P, Dai Q, Staley JP, Piccirilli JA (ноябрь 2013 г.). «РНК катализирует сплайсинг ядерной пре-мРНК» . Природа . 503 (7475): 229–34. Bibcode : 2013Natur.503..229F . DOI : 10,1038 / природа12734 . PMC 4666680 . PMID 24196718 .  
  26. ^ Pan Q, Шай O, Ли LJ, Frey BJ, Blencowe BJ (декабрь 2008). «Глубокое исследование альтернативной сложности сплайсинга в человеческом транскриптоме с помощью высокопроизводительного секвенирования». Генетика природы . 40 (12): 1413–15. DOI : 10.1038 / ng.259 . PMID 18978789 . S2CID 9228930 .  
  27. ^ Eksi R, Li HD, Менон R, Wen Y, Omenn GS, Kretzler M, Гуань Y (ноябрь 2013). «Систематическая дифференциация функций для альтернативно сплайсированных изоформ посредством интеграции данных RNA-seq» . PLOS Вычислительная биология . 9 (11): e1003314. Bibcode : 2013PLSCB ... 9E3314E . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1003314 . PMC 3820534 . PMID 24244129 .  
  28. ↑ Li HD, Menon R, Omenn GS, Guan Y (август 2014 г.). «Наступающая эра интеграции геномных данных для анализа функции изоформ сплайсинга» . Тенденции в генетике . 30 (8): 340–47. DOI : 10.1016 / j.tig.2014.05.005 . PMC 4112133 . PMID 24951248 .  
  29. Перейти ↑ Jain N, Morgan CE, Rife BD, Salemi M, Tolbert BS (январь 2016). «Структура раствора глушителя сплайсинга интронов ВИЧ-1 и его взаимодействия с доменом UP1 гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина (hnRNP) A1» . Журнал биологической химии . 291 (5): 2331–44. DOI : 10.1074 / jbc.M115.674564 . PMC 4732216 . PMID 26607354 .  
  30. ^ а б Лим К. Х., Феррарис Л., Филлу М. Е., Рафаэль Б. Дж., Фэйрбратер РГ (июль 2011 г.). «Использование позиционного распределения для идентификации элементов сплайсинга и прогнозирования дефектов процессинга пре-мРНК в генах человека» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (27): 11093–98. Bibcode : 2011PNAS..10811093H . DOI : 10.1073 / pnas.1101135108 . PMC 3131313 . PMID 21685335 .  
  31. ^ Warf MB, Берглунд JA (март 2010). «Роль структуры РНК в регуляции сплайсинга пре-мРНК» . Направления биохимических наук . 35 (3): 169–78. DOI : 10.1016 / j.tibs.2009.10.004 . PMC 2834840 . PMID 19959365 .  
  32. Перейти ↑ Reid DC, Chang BL, Gunderson SI, Alpert L, Thompson WA, Fairbrother WG (декабрь 2009 г.). «SELEX следующего поколения идентифицирует последовательность и структурные детерминанты связывания фактора сплайсинга в последовательности пре-мРНК человека» . РНК . 15 (12): 2385–97. DOI : 10,1261 / rna.1821809 . PMC 2779669 . PMID 19861426 .  
  33. ^ a b Shkreta L, Chabot B (октябрь 2015 г.). «Ответ сплайсинга РНК на повреждение ДНК» . Биомолекулы . 5 (4): 2935–77. DOI : 10.3390 / biom5042935 . PMC 4693264 . PMID 26529031 .  
  34. ^ Draper BW, Morcos PA, Kimmel CB (июль 2001). «Ингибирование сплайсинга пре-мРНК fgf8 рыбок данио с морфолиноолигонуклеотидами: поддающийся количественной оценке метод нокдауна гена» . Бытие . 30 (3): 154–56. DOI : 10.1002 / gene.1053 . PMID 11477696 . S2CID 32270393 .  
  35. ^ Sazani Р, SH Кан, Майер М.А., Вэй С, Диллман Дж, Саммертон Дж, Манохаран М, Коле Р (октябрь 2001 г.). «Ядерные антисмысловые эффекты нейтральных, анионных и катионных аналогов олигонуклеотидов» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (19): 3965–74. DOI : 10.1093 / NAR / 29.19.3965 . PMC 60237 . PMID 11574678 .  
  36. ^ Morcos PA (июнь 2007). «Достижение целевого и поддающегося количественной оценке изменения сплайсинга мРНК с морфолино-олигонуклеотидами». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях . 358 (2): 521–27. DOI : 10.1016 / j.bbrc.2007.04.172 . PMID 17493584 . 
  37. Перейти ↑ Bruno IG, Jin W, Cote GJ (октябрь 2004 г.). «Коррекция аберрантного сплайсинга альтернативной РНК FGFR1 посредством нацеливания на интронные регуляторные элементы» . Молекулярная генетика человека . 13 (20): 2409–20. DOI : 10,1093 / HMG / ddh272 . PMID 15333583 . 
  38. ^ Danckwardt S, Neu-Yilik G, Thermann R, Frede U, Hentze MW, Kulozik AE (март 2002). «Аномально сплайсированные мРНК бета-глобина: единичная точечная мутация создает транскрипты, чувствительные и нечувствительные к нонсенс-опосредованному распаду мРНК» . Кровь . 99 (5): 1811–16. DOI : 10.1182 / blood.V99.5.1811 . PMID 11861299 . S2CID 17128174 .  
  39. ↑ Ward AJ, Cooper TA (январь 2010 г.). «Патобиология сращивания» . Журнал патологии . 220 (2): 152–63. DOI : 10.1002 / path.2649 . PMC 2855871 . PMID 19918805 .  
  40. ^ ван Вин, H; Вашишт, Д; Акман, М; Гирке, Т; Мустроф, А; Reinen, E; Хартман, S; Койкер, М; van Tienderen, P; Schranz, ME; Бейли-Серрес, Дж; Voesenek, LA; Сасидхаран, Р. (октябрь 2016 г.). «Транскриптомы восьми образцов Arabidopsis thaliana обнаруживают основные консервативные, генотипные и органоспецифические ответы на стресс наводнения» . Физиология растений . 172 (2): 668–89. DOI : 10.1104 / pp.16.00472 . PMC 5047075 . PMID 27208254 .  
  41. ^ Ханада K, Ян JC (июнь 2005). «Новая биохимия: посттрансляционный сплайсинг белков и другие уроки школы процессинга антигенов» . Журнал молекулярной медицины . 83 (6): 420–28. DOI : 10.1007 / s00109-005-0652-6 . PMID 15759099 . S2CID 37698110 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Коллекция виртуальной клеточной анимации: сплайсинг мРНК
  • РНК + Сплайсинг в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)