| Разработчики) | Сергей Л. Косаковский Пруд, Арт Ф. Я. Пун, Стивен Уивер, Н. Лэнс Хеплер, Мартин Смит. |
|---|---|
| Стабильный выпуск | 2.5.24 / 17 декабря 2020 |
| Доступно в | английский |
| Тип | Вычислительная филогенетика |
| Веб-сайт | www |
Hyphy ( / ч aɪ е aɪ / HY -fy ) является свободной мультиплатформенным (Mac, Windows и UNIX) Вычислительной филогенетика программного пакета предназначен для выполнения максимального правдоподобия анализа данных генетических последовательностей и оснащены инструментами для тестирования различных статистических гипотез. [1] Название HYPHY является аббревиатурой от «HYpothesis testing using PHYlogenies». [2] По состоянию на март 2018 года около 2000 статей в рецензируемых научных журналах ссылаются на HYPHY. [3]
Основные особенности [ править ]
HYPHY поддерживает анализ последовательностей нуклеотидов, белков и кодонов, используя заранее определенные стандартные модели или определяемые пользователем модели эволюции. Пакет поддерживает взаимодействие через графический интерфейс пользователя, а также пакетный язык для настройки больших и сложных анализов и обработки результатов. [1]
HyPhy включает в себя универсальный набор методов для обнаружения адаптивной эволюции отдельных аминокислотных участков и / или клонов, включая обобщения подходов Нильсена-Янга PAML и Сузуки-Годжобори и многие другие.
История [ править ]
Разработка HyPhy началась в 1997 году, первый публичный выпуск состоялся в 2000 году, а самая последняя версия по состоянию на декабрь 2020 года - 2.5. [2]
Доступность программного обеспечения / кода и лицензия [ править ]
HYPHY распространяется как бесплатное программное обеспечение с исходным кодом, выпущенным под лицензией MIT . Скомпилированные двоичные файлы для Mac OS X и Windows доступны для загрузки. Исходный код доступен, поэтому пользователи могут компилировать приложение HyPhy в системах POSIX.
Подмножество методов HYPHY для обнаружения адаптивной эволюции также доступно командой HYPHY в Университете Темпл в кластере DataMonkey . [4]
Заметки [ править ]
- ^ a b Pond SL, Frost SD, Muse SV (март 2005 г.). «HyPhy: проверка гипотез с использованием филогении» . Биоинформатика . 21 (5): 676–9. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bti079 . PMID 15509596 .
- ^ a b «Страница пакета HYPHY» . Проверено 22 января 2009 .
- ^ "Найдите статьи, цитирующие публикацию HYPHY в Google Scholar" . Проверено 23 марта 2018 .
- ↑ Pond SL, Frost SD (май 2005 г.). «Datamonkey: быстрое обнаружение селективного давления на отдельные участки выравнивания кодонов» . Биоинформатика . 21 (10): 2531–3. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bti320 . PMID 15713735 . Проверено 22 января 2009 .
Внешние ссылки [ править ]
- [1] : домашняя страница HYPHY
- [2] : сервер DataMonkey, который поддерживает различные инструменты HYPHY (бесплатно).
- [3] : поддержка HYPHY / DataMonkey
