Halorubrum

Halorubrum
Научная классификация
Домен:	Архей
Королевство:	Euryarchaeota
Тип:	Euryarchaeota
Класс:	Галобактерии
Заказ:	Галобактерии
Семья:	Галобактерии
Род:	Halorubrum МакГенити и Грант 1996 ^{[ необходима ссылка ]}
Разновидность
H. aidingense H. alkaliphilum Х. arcis Х. калифорнийский H. coriense Дистрибьютор H. H. ejinorense H. ezzemoulense H. kocurii Х. lacusprofundi H. lipolyticum H. litoreum H. luteum H. orientalis H. saccharovorum H. salsolis H. sodomense H. tebenquichense Х. террестре H. tibetense H. trapanicum H. vacuolatum Х. Синьцзяненсэ
Синонимы ^{[ необходима ссылка ]}
Halorubrobacterium Kamekura and Dyall-Smith 1996 г.

Halorubrum - это род семейства Halobacteriaceae . Виды Halorubrum можно найти в Мертвом море , озере Забуйе и других водах с высоким содержанием соли.

Генетический обмен [ править ]

Популяция галоархей Halorubrum в естественной среде с высокой концентрацией соли часто обменивалась генетической информацией путем рекомбинации. ^[1] Эта популяция демонстрировала степень равновесия сцеплений, приближающуюся к таковой для сексуальной популяции.

Таксономия [ править ]

В систематике , Halorubrum является родом из Halobacteriaceae . ^[2]

Виды [ править ]

Halorubrum ejinorense был впервые выделен из озера Эджинор во Внутренней Монголии , Китай . ^[3]

Halorubrum lacusprofundi был впервые выделен в 1980-х годах из Глубокого озера в Антарктиде . ^[4] Его геном , секвенированный в 2006 году, состоит из двух хромосом (одна 2,74 МБ, а другая 0,53 МБ) и одной плазмиды (0,43 МБ). ^[5] Его фермент β-галактозидаза был тщательно изучен, чтобы понять, как белки функционируют в низкотемпературной и высокосолевой среде. ^[6]^[7] Один штамм H. lacusprofundi содержит плазмиду для горизонтального переноса генов , который осуществляется посредством механизма, использующего заключенные в везикулы вирусоподобные частицы.^[8]

Halorubrum sodomense был впервые обнаружен в Мертвом море в 1980 году. Он требует более высокой концентрации ионов Mg 2+ для роста, чем родственные галофилы . ^[9] Его клеточная мембрана содержит архаэродопсин-3 (AR3), фоторецепторный белок, который собирает энергию солнечного света для создания движущей силы протонов, которая используется для синтеза АТФ . ^[10]^[11] Мутанты AR3 широко используются в качестве инструментов в оптогенетике для исследований в области нейробиологии. ^[12]

Halorubrum tibetense был впервые выделен из озера Забуйе в Тибете , Китай . ^[13]

Halorubrum xinjiangense был впервые выделен из озера Сяо-Эр-Куле в Синьцзяне , Китай . ^[14]

Ссылки [ править ]

^ Папка RT, Koenig JE, Родригес Valera F, Дулитл WF (декабрь 2004). «Частая рекомбинация в популяции солеварни Halorubrum». Наука . 306 (5703): 1928–9. Bibcode : 2004Sci ... 306.1928P . DOI : 10.1126 / science.1103289 . PMID 15591201 . S2CID 21595153 .
^ См. Веб-страницу NCBI на Halorubrum . Данные извлечены из "ресурсов таксономии NCBI" . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 19 марта 2007 .
^ Castillo AM, Гутьеррес MC, Kamekura M, Y Xue, Ma Y, Коуэн Д., Джонс Б.Е., Грант WD, Ventosa A (2007). «Halorubrum Ejinorense Sp. Nov., изолированный из озера Эджинор, Внутренняя Монголия, Китай» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (11): 2538–2542. DOI : 10.1099 / ijs.0.65241-0 . PMID 17978215 .
^ Franzmann PD, Stacklebrandt E, K Sanderson, Volkman JK, Camberon DE, Стивенсон PL, McMeekin Т.А., Burton HR (1998). « Halobacterium lacusprofundii sp. Nov., Галофильная бактерия, выделенная из Глубинного озера, Антарктида». Syst. Прил. Microbiol . 11 (1): 20–27. DOI : 10.1016 / S0723-2020 (88) 80044-4 .
^ Андерсон IJ, ДасСарма P, Лукас S, Коупленд A, Лапидус A, Дель Рио T, Тайс H, Далин E, Брюс DC, Гудвин L, Pitluck S, Sims D, Бреттин Т.С., Деттер JC, Хан CS, Лаример F, Хаузер Л., Лэнд М, Иванова Н., Ричардсон П., Кавиккиоли Р., ДасСарма С., Вёзе С. Р., Кирпидес (2006). «Полная последовательность генома антарктического штамма типа Halorubrum lacusprofundi ACAM 34» . Стандарты геномных наук . 11 (1): 70. DOI : 10,1186 / s40793-016-0194-2 . PMC 5018182 . PMID 27617060 .
^ Karan R, Мысы MD, DasSarma P, DasSarma S (2013). «Клонирование, сверхэкспрессия, очистка и характеристика полиекстремофильной β-галактозидазы из антарктической галоархеи Halorubrum lacusprofundi » . BMC Biotechnol . 13 : 10.1186 / 1472-6750-13-3. DOI : 10.1186 / 1472-6750-13-3 . PMC 3556326 . PMID 23320757 .
^ Laye VJ, Karan R, Kim JM, Pecher WT, DasSarma P, DasSarma S (2017). «Ключевые аминокислотные остатки, обеспечивающие повышенную ферментативную активность при низких температурах в антарктической полиэстремофильной β-галактозидазе» . PNAS . 114 (47): 12530–35. DOI : 10.1073 / pnas.1711542114 . PMC 5703305 . PMID 29109294 .
↑ Erdmann S, Tschitschko B, Zhong L, Raftery MJ, Cavicchioli R (9 сентября 2017 г.). «Плазмида антарктического галоархея использует специальные мембранные везикулы для распространения и заражения свободных от плазмид клеток». Природная микробиология . 2 (10): 1446–1455. DOI : 10.1038 / s41564-017-0009-2 . PMID 28827601 . S2CID 38729395 .
Перейти ↑ Oren A (1983). « Halobacterium sodomense зр. Ноябрь Мертвого моря Halobacterium с чрезвычайно высоким требованием магния» . Международный журнал систематической бактериологии . 33 (2): 381–386. DOI : 10.1099 / 00207713-33-2-381 .
^ Ихары К, Т Умемура, Katagiri я, Kitajima-Ихары Т, Сугияма Y, Кимура Y, Y Mukohata (январь 1999). «Эволюция родопсинов архей: изменения скорости эволюции за счет дупликации генов и функциональной дифференциации». Журнал молекулярной биологии . 285 (1): 163–74. DOI : 10.1006 / jmbi.1998.2286 . PMID 9878396 .
^ Бада Хуарес JF, судья PJ, Адам S, Axford D, Vinals J, Birch J, Kwan TO, Hoi KK, Yen HY, Vial A, Milhiet PE, Robinson CV, Schapiro I, Moraes I, Watts A (2021). «Структуры переносчика архаэродопсина 3 показывают, что нарушение порядка внутренних водных сетей лежит в основе сенсибилизации рецепторов» . Nature Communications . 12 : 629. DOI : 10.1038 / s41467-020-20596-0 . PMC 7840839 . PMID 33504778 .
^ Flytzanis NC, CN , Bedbrook, Ий Н, Engqvist МК, Ий С, Чаном К.Ю., Штернберг PW, Арнольд FH, Грэдинар V (2014). «Варианты Archaerhodopsin с повышенной чувствительностью к напряжению флуоресценции в нейронах млекопитающих и Caenorhabditis elegans » . Nature Communications . 5 : 4894. DOI : 10.1038 / ncomms5894 . PMC 4166526 . PMID 25222271 .
↑ Fan H, Xue Y, Ma Y, Ventosa A, Grant WD (2004). « Halorubrum tibetense sp. Nov., Новый галоалкалифильный археон из озера Забуйе в Тибете, Китай» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (4): 1213–1216. DOI : 10.1099 / ijs.0.03032-0 . PMID 15280294 .
Перейти ↑ Feng J, Zhou PJ, Liu SJ (2004). « Halorubrum xinjiangense sp. Nov., Новый галофил , выделенный из соленых озер в Китае» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (5): 1789–1791. DOI : 10.1099 / ijs.0.63209-0 . PMID 15388744 .

Дальнейшее чтение [ править ]

Научные журналы [ править ]

Орен А., Вентоса А. (2000). «Подкомитет Международного комитета по систематической бактериологии по таксономии Halobacteriaceae. Протоколы заседаний, 16 августа 1999 г., Сидней, Австралия» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (3): 1405–1407. DOI : 10.1099 / 00207713-50-3-1405 . PMID 10843089 .
Орен А., Вентоса А. (1996). «Предложение о переносе Halorubrobacterium distributionum и Halorubrobacterium coriense в род Halorubrum в качестве Halorubrum distributionum comb. Nov. И Halorubrum coriense comb. Nov. Соответственно» . Int. J. Syst. Бактериол . 46 (4): 1180. DOI : 10.1099 / 00207713-46-4-1180 .
Макдженити Т.Дж., Грант В.Д. (1995). «Перенос Halobacterium saccharovorum, Halobacterium sodomense, Halobacterium trapanicum NRC 34021 и Halobacterium lacusprofundi в род Halorubrum gen. Nov., Как Halorubrum saccharovorum comb. Nov., Halorubrumsodomense comb. .nov ". Syst. Прил. Microbiol . 18 (2): 237–243. DOI : 10.1016 / s0723-2020 (11) 80394-2 .
Камекура М, Дьялл-Смит МЛ (1995). «Таксономия семейства Halobacteriaceae и описание двух новых родов Halorubrobacterium и Natrialba» . J. Gen. Appl. Microbiol . 41 (4): 333–350. DOI : 10,2323 / jgam.41.333 .
Папке Т., Фуллмер М., Суси С., Суизерс К., Маккай А., Уилер Р., Вентоза А., Гогартен П. (11 апреля 2014 г.). «Популяционный и геномный анализ рода Halorubrum» . Границы микробиологии . 5 (Номер статьи: 140): 140. doi : 10.3389 / fmicb.2014.00140 . PMC 3990103 . PMID 24782836 . Проверено 9 ноября 2014 .

Научные книги [ править ]

Гиббонс, NE (1974). «Семейство V. Halobacteriaceae fam. Nov.». В RE Бьюкенен; NE Гиббонс (ред.). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии (8-е изд.). Балтимор: ISBN компании Williams & Wilkins Co. 0-683-01117-0.

Научные базы данных [ править ]

Ссылки PubMed на Halorubrum
Ссылки PubMed Central на Halorubrum
Ссылки Академии Google для Halorubrum

Внешние ссылки [ править ]

Страница таксономии NCBI для Halorubrum
Поиск на страницах таксономии "Древо жизни" для Halorubrum
Страница Search Species2000 для Halorubrum
Страница MicrobeWiki для Halorubrum
Страница LPSN для Halorubrum
Halorubrum в Bac Dive - база метаданных по разнообразию бактерий

Эта статья про архей незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[pmid15591201-1] Папка RT, Koenig JE, Родригес Valera F, Дулитл WF (декабрь 2004). «Частая рекомбинация в популяции солеварни Halorubrum». Наука . 306 (5703): 1928–9. Bibcode : 2004Sci ... 306.1928P . DOI : 10.1126 / science.1103289 . PMID 15591201 . S2CID 21595153 .

[2] См. Веб-страницу NCBI на Halorubrum . Данные извлечены из "ресурсов таксономии NCBI" . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 19 марта 2007 .

[3] Castillo AM, Гутьеррес MC, Kamekura M, Y Xue, Ma Y, Коуэн Д., Джонс Б.Е., Грант WD, Ventosa A (2007). «Halorubrum Ejinorense Sp. Nov., изолированный из озера Эджинор, Внутренняя Монголия, Китай» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (11): 2538–2542. DOI : 10.1099 / ijs.0.65241-0 . PMID 17978215 .

[4] Franzmann PD, Stacklebrandt E, K Sanderson, Volkman JK, Camberon DE, Стивенсон PL, McMeekin Т.А., Burton HR (1998). « Halobacterium lacusprofundii sp. Nov., Галофильная бактерия, выделенная из Глубинного озера, Антарктида». Syst. Прил. Microbiol . 11 (1): 20–27. DOI : 10.1016 / S0723-2020 (88) 80044-4 .

[5] Андерсон IJ, ДасСарма P, Лукас S, Коупленд A, Лапидус A, Дель Рио T, Тайс H, Далин E, Брюс DC, Гудвин L, Pitluck S, Sims D, Бреттин Т.С., Деттер JC, Хан CS, Лаример F, Хаузер Л., Лэнд М, Иванова Н., Ричардсон П., Кавиккиоли Р., ДасСарма С., Вёзе С. Р., Кирпидес (2006). «Полная последовательность генома антарктического штамма типа Halorubrum lacusprofundi ACAM 34» . Стандарты геномных наук . 11 (1): 70. DOI : 10,1186 / s40793-016-0194-2 . PMC 5018182 . PMID 27617060 .

[6] Karan R, Мысы MD, DasSarma P, DasSarma S (2013). «Клонирование, сверхэкспрессия, очистка и характеристика полиекстремофильной β-галактозидазы из антарктической галоархеи Halorubrum lacusprofundi » . BMC Biotechnol . 13 : 10.1186 / 1472-6750-13-3. DOI : 10.1186 / 1472-6750-13-3 . PMC 3556326 . PMID 23320757 .

[7] Laye VJ, Karan R, Kim JM, Pecher WT, DasSarma P, DasSarma S (2017). «Ключевые аминокислотные остатки, обеспечивающие повышенную ферментативную активность при низких температурах в антарктической полиэстремофильной β-галактозидазе» . PNAS . 114 (47): 12530–35. DOI : 10.1073 / pnas.1711542114 . PMC 5703305 . PMID 29109294 .

[8] Erdmann S, Tschitschko B, Zhong L, Raftery MJ, Cavicchioli R (9 сентября 2017 г.). «Плазмида антарктического галоархея использует специальные мембранные везикулы для распространения и заражения свободных от плазмид клеток». Природная микробиология . 2 (10): 1446–1455. DOI : 10.1038 / s41564-017-0009-2 . PMID 28827601 . S2CID 38729395 .

[9] Перейти ↑ Oren A (1983). « Halobacterium sodomense зр. Ноябрь Мертвого моря Halobacterium с чрезвычайно высоким требованием магния» . Международный журнал систематической бактериологии . 33 (2): 381–386. DOI : 10.1099 / 00207713-33-2-381 .

[pmid9878396-10] Ихары К, Т Умемура, Katagiri я, Kitajima-Ихары Т, Сугияма Y, Кимура Y, Y Mukohata (январь 1999). «Эволюция родопсинов архей: изменения скорости эволюции за счет дупликации генов и функциональной дифференциации». Журнал молекулярной биологии . 285 (1): 163–74. DOI : 10.1006 / jmbi.1998.2286 . PMID 9878396 .

[Bada_Juarez-11] Бада Хуарес JF, судья PJ, Адам S, Axford D, Vinals J, Birch J, Kwan TO, Hoi KK, Yen HY, Vial A, Milhiet PE, Robinson CV, Schapiro I, Moraes I, Watts A (2021). «Структуры переносчика архаэродопсина 3 показывают, что нарушение порядка внутренних водных сетей лежит в основе сенсибилизации рецепторов» . Nature Communications . 12 : 629. DOI : 10.1038 / s41467-020-20596-0 . PMC 7840839 . PMID 33504778 .

[Flytzanis-12] Flytzanis NC, CN , Bedbrook, Ий Н, Engqvist МК, Ий С, Чаном К.Ю., Штернберг PW, Арнольд FH, Грэдинар V (2014). «Варианты Archaerhodopsin с повышенной чувствительностью к напряжению флуоресценции в нейронах млекопитающих и Caenorhabditis elegans » . Nature Communications . 5 : 4894. DOI : 10.1038 / ncomms5894 . PMC 4166526 . PMID 25222271 .

[13] Fan H, Xue Y, Ma Y, Ventosa A, Grant WD (2004). « Halorubrum tibetense sp. Nov., Новый галоалкалифильный археон из озера Забуйе в Тибете, Китай» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (4): 1213–1216. DOI : 10.1099 / ijs.0.03032-0 . PMID 15280294 .

[14] Перейти ↑ Feng J, Zhou PJ, Liu SJ (2004). « Halorubrum xinjiangense sp. Nov., Новый галофил , выделенный из соленых озер в Китае» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (5): 1789–1791. DOI : 10.1099 / ijs.0.63209-0 . PMID 15388744 .