Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Галобактерии
Научная классификация
Домен:
Архей
Царство:
Euryarchaeota
Тип:
Euryarchaeota
Класс:
Галобактерии Grant et al. 2002 г.
Приказ:
Галобактерии Грант и Ларсен 1989
Семья:
Halobacteriaceae Gibbons 1974 г.
Роды

В таксономии , то Halobacteriaceae являются семья из Halobacteriales в области Archaea . [1] Halobacteriaceae представляют собой большую часть галофильных архей, наряду с членами двух других метаногенных семейств, Methanosarcinaceae и Methanocalculaceae . [2] Семейство состоит из множества разнообразных родов, способных выжить в экстремальных экологических нишах. [3] Чаще всего Halobacteriaceae встречаются в гиперсоленых озерах и могут даже переносить участки, загрязненные тяжелыми металлами. [4] Они включают нейтрофилы., Ацидофилы (напр. Halarchaeum acidiphilum ), алкалифилы (напр. Natronobacterium ), и даже были психротолерантными виды обнаружены (напр. ПЧР. Lacusprofundi ). [3] Некоторые члены, как известно, живут как аэробно, так и анаэробно, и они бывают разных морфологий . [3] Эти разнообразные морфологии включают стержни в роде Halobacterium , кокки у Halococcus , уплощенные диски или чашки в Haloferax и другие формы, начиная от уплощенных треугольников в Haloarcula и заканчивая квадратами в Haloferax.Haloquadratum и Natronorubrum . [5] [6] Большинство видов Halobacteriaceae наиболее известны своей высокой солеустойчивостью и красно-розовыми пигментами (из-за каротиноидов бактериоруберина [5] ), но есть также непигментированные виды и те, которые требуют умеренных солевых условий. [3] [7] Было показано, что некоторые виды Halobacteriaceae проявляют активность по солюбилизации фосфора, которая способствует круговороту фосфора в гиперсоленой среде. [8] Такие методы, как анализ 16S рРНК и гибридизация ДНК-ДНК.внесли основной вклад в таксономическую классификацию Halobacteriaceae, отчасти из-за трудности культивирования галофильных архей. [7] [3] [2]

Обзор [ править ]

Halobacteriaceae обнаруживаются в воде, насыщенной или почти насыщенной солью. Их также называют галофилами , хотя это название также используется для других организмов, которые живут в несколько менее концентрированной соленой воде. Они распространены в большинстве сред, где доступно большое количество соли, влаги и органических материалов. Крупные соцветия кажутся красноватыми из-за пигмента бактериородопсина . Этот пигмент используется для поглощения света, который обеспечивает энергию для создания АТФ . Галобактерии также обладают вторым пигментом, галородопсином , который накачивает ионы хлора в ответ на фотоны, создавая градиент напряжения и способствуя выработке энергии из света. Процесс не связан с другими формами фотосинтеза.с участием электронного транспорта; однако галобактерии не способны связывать углерод из углекислого газа .

Галобактерии могут существовать в соленой среде, потому что, хотя они являются аэробами , у них есть отдельный и другой способ создания энергии с помощью световой энергии. Части мембран галобактерий имеют пурпурный цвет и содержат пигмент сетчатки . Это позволяет им создавать протонный градиент через мембрану клетки, который можно использовать для создания АТФ для собственного использования.

У них есть определенные приспособления, чтобы жить в соленой среде. Например, их клеточный аппарат адаптирован к высоким концентрациям соли за счет наличия заряженных аминокислот на своей поверхности, что позволяет клетке удерживать молекулы воды вокруг этих компонентов. Осмотическое давление и эти аминокислоты помогают контролировать количество соли в клетке. Однако из-за этих адаптаций, если клетка помещена во влажную, менее соленую среду, она, вероятно, немедленно взорвется от осмотического давления.

Филогения [ править ]

В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) [9] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) [10], а филогения основана на выпуске 106 LTP на основе 16S рРНК, разработанном «The Проект «Всевидовое живое дерево» . [11]

 
 

? Haloalcalophilium atacamensis ♠ Lizama et al. 2000 г.

 
 

? Halobaculum gomorrense Oren et al. 1995 г.

 
 

? Halobellus clavatus Cui et al. 2011 г.

 
 

? Halolamina pelagica Cui et al. 2011 г.

 
 

? Halorientalis regularis Cui et al. 2011 г.

 
 

? Halorussus rarus ♠ Cui et al. 2010 г.

 
 

? Salarchaeum japonicum Shimane et al. 2011 г.

 
 

Halomarina oriensis Inoue et al. 2011 г.

 
 
 

Natronomonas Kamekura et al. 1997 исправление. Burns et al. 2010 г.

 
 
 
 

? Halomicrobium zhouii ♣ Ян и Цуй 2011

 
 
 
 

Halomicrobium mukohataei [вид sp.] (Ihara et al. 1997) Oren et al. 2002 г.

 
 

Halorhabdus Wainø et al. 2000 исправление. Antunes et al. 2008 г.

 
 
 
 

Halarchaeum acidiphilum Minegishi et al. 2010 г.

 
 

Halobacterium Elazari-Volcani 1957 исправляет. Орен и др. 2009 г.

 
 
 
 
 

Halosimplex carlsbadense Vreeland et al. 2003 г.

 
 
 

Halomicrobium katesii Kharroub et al. 2008 г.

 
 

Haloarcula Torreblanca et al. 1986 исправление. Орен и др. 2009 г.

 
 
 
 
 
 
 

Haladaptatus Savage et al. 2007 исправление. Roh et al. 2010 г.

 
 
 
 

Haloquadratum walsbyi Burns et al. 2007 г.

 
 
 

Halopelagius inordinatus Cui et al. 2010 г.

 
 
 

Halosarcina limi Cui et al. 2010 г.

 
 
 

Halosarcina pallida Savage et al. 2008 [тип SP.]

 
 

Halogeometricum Montalvo-Rodríguez et al. 1998 исправить. Cui et al. 2010 г.

 
 
 
 
 
 
 

Haloferax Torreblanca et al. 1986 исправление. Орен и др. 2009 г.

 
 
 

Halogranum Cui et al. 2010 исправление. Cui et al. 2011 г.

 
 
 
 

Halonotius pteroides Burns et al. 2010 г.

 
 

Haloplanus Bardavid et al. 2007 исправление. Cui et al. 2010 г.

 
 
 

Halorubrum McGenity and Grant 1996 исправляет. Орен и др. 2009 г.

 
 
 
 
 
 
 
 
 

Halalkalicoccus Xue et al. 2005 г.

 
 

Halococcus Schoop 1935 исправить. Орен и др. 2009 г.

 
 
 
 

Natronoarchaeum mannanilyticum Shimane et al. 2010 г.

 
 
 

Halovivax Castillo et al. 2006 г.

 
 
 

Halopiger Gutiérrez et al. 2007 г.

 
 
 
 

Halobiforma Hezayen et al. 2002 исправление. Орен и др. 2009 г.

 
 
 

Natronobacterium Tindall et al. 1984 г.

 
 

Natronococcus Tindall et al. 1984 г.

 
 
 
 
 

Haloterrigena, видовая группа 1 [вкл. Halorubrum trapanicum , Natrinema и Natronorubrum sediminis ]

 
 
 

Haloterrigena, группа видов 2

 
 
 

Natronolimnobius Itoh et al. 2005 г.

 
 
 

Natronorubrum Xu et al. 1999 исправление. Орен и др. 2009 г.

 
 

Натриальба [вкл. Halostagnicola ]

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Примечания:
♠ Штаммы, обнаруженные в Национальном центре биотехнологической информации (NCBI), но не перечисленные в Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN)
♣ Международный журнал систематической бактериологии или Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии (IJSB / IJSEM) опубликованные виды, которые находятся в печати.

Ссылки [ править ]

  1. ^ См. Веб-страницу NCBI о Halobacteriaceae . Данные извлечены из "ресурсов таксономии NCBI" . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 19 марта 2007 .
  2. ^ a b Орен, Аарон (сентябрь 2014 г.). «Таксономия галофильных архей: текущее состояние и будущие задачи». Экстремофилы . 18 (5): 825–834. DOI : 10.1007 / s00792-014-0654-9 . PMID 25102811 . 
  3. ^ a b c d e Орен, Аарон (1 февраля 2012 г.). «Таксономия семейства Halobacteriaceae: парадигма для изменения концепций в систематике прокариот» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 62 (2): 263–271. DOI : 10.1099 / ijs.0.038653-0 . PMID 22155757 . 
  4. ^ Наик, Саника; Фуртадо, Ирэн (2017). Загрязнение морской среды и микробиологическая реабилитация . Сингапур: Springer Nature. С. 143–152. ISBN 978-981-10-1044-6.
  5. ^ a b Орен, Аарон; Арахал, Давид; Вентоза, Антонио (2009). «Исправленные описания родов семейства Halobacteriaceae» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (3): 637–642. DOI : 10.1099 / ijs.0.008904-0 . PMID 19244452 . 
  6. ^ Талли, Бенджамин; Эмерсон, Джоанна; Андраде, Карен; Брокс, Йохен; Аллен, Эрик; Банфилд, Джиллиан; Гейдельберг, Карла (16 сентября 2014 г.). «Последовательности De novo Haloquadratum walsbyi из озера Тиррелл, Австралия, показывают изменчивый геномный ландшафт» . Археи . 2015 : 875784. дои : 10,1155 / 2015/875784 . PMC 4330952 . PMID 25709557 .  
  7. ^ a b Ventosa, A .; Marquez, M .; Sanchez-Porro, C .; Хаба, Р. (2012). Достижения в понимании биологии галофильных микроорганизмов ([Обновлено ред.]. Ред.). Дордрехт: Спрингер, Дордрехт. DOI : 10.1007 / 978-94-007-5539-0_3 . ISBN 978-94-007-5538-3.
  8. ^ Ядав, Аджар Натх; Шарма, Дивья; Гулати, Снеха; Сингх, Сурендер; Дей, Ринку; Пал, Камал Кришна; Кошик, Раджив; Саксена, Анил Кумар (28 июля 2015 г.). «Галоархеи, обладающие атрибутом солюбилизации фосфора, участвующим в цикле фосфора» . Научные отчеты . 5 (1): 12293. Bibcode : 2015NatSR ... 512293Y . DOI : 10.1038 / srep12293 . PMC 4516986 . PMID 26216440 .  
  9. ^ JP Euzéby. «Галобактерии» . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN). Архивировано из оригинала на 2013-01-27 . Проверено 17 ноября 2011 .
  10. ^ Сэйерс; и другие. «Галобактерии» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 5 июня 2011 .
  11. ^ Проект «Живое дерево всех видов» . «Выпуск 106 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF) . Silva Полная база данных рибосомных РНК . Проверено 17 ноября 2011 .

Дальнейшее чтение [ править ]

Научные журналы [ править ]

  • Райт, A-DG (2006). «Филогенетические отношения в порядке Halobacteriales, выведенные из последовательностей гена 16S рРНК» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 56 (Pt 6): 1223–1227. DOI : 10.1099 / ijs.0.63776-0 . PMID  16738095 .
  • Судебная комиссия Международного комитета по систематике прокариот (2005 г.). «В номенклатурные типы заказов Acholeplasmatales, Halanaerobiales, Halobacteriales, Methanobacteriales, Methanococcales, Methanomicrobiales, Planctomycetales, Prochlorales, Sulfolobales, Thermococcales, Thermoproteales и Verrucomicrobiales являются роды Acholeplasma, Halanaerobium, Halobacterium, Methanobacterium, Methanococcus, Methanomicrobium, Planctomyces, Prochloron, Sulfolobus , Thermococcus, Thermoproteus и Verrucomicrobium, соответственно. Мнение 79 " . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 55 (Pt 1): 517–518. DOI : 10.1099 / ijs.0.63548-0 . PMID  15653928 .
  • Euzeby JP, Tindall BJ (2001). «Номенклатурный тип приказов: исправления, необходимые в соответствии с Правилами 15 и 21а Бактериологического кодекса (редакция 1990 г.), и обозначение соответствующих номенклатурных типов классов и подклассов. Запрос заключения» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 2): 725–727. DOI : 10.1099 / 00207713-51-2-725 . PMID  11321122 .
  • Орен А., Вентоса А. (2000). «Подкомитет Международного комитета по систематической бактериологии по таксономии Halobacteriaceae. Протоколы заседаний, 16 августа 1999 г., Сидней, Австралия» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 : 1405–1407. DOI : 10.1099 / 00207713-50-3-1405 . PMID  10843089 .

Научные книги [ править ]

  • Грант В. Д., Ларсен Х (1989). «Группа III. Чрезвычайно галофильные археобактерии. Отряд Halobacteriales ord. Nov.». В JT Staley, MP Bryant, N Pfennig, JG Holt (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии, Том 3 (1-е изд.). Балтимор: Williams & Wilkins Co., стр. 169.
  • Гиббонс, NE (1974). «Семейство V. Halobacteriaceae fam. Nov.». В RE Бьюкенен и NE Гиббонс (ред.). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии (8-е изд.). Балтимор: Williams & Wilkins Co.
  • Блюм П., изд. (2008). Археи: новые модели прокариотической биологии . Caister Academic Press . ISBN 978-1-904455-27-1. [1] .

Научные базы данных [ править ]

  • Ссылки PubMed по Halobacteriaceae
  • Ссылки PubMed Central на Halobacteriaceae
  • Ссылки Google Scholar по Halobacteriaceae

Внешние ссылки [ править ]

  • Страница таксономии NCBI для Halobacteriaceae
  • Поиск на страницах таксономии "Древо жизни" для Halobacteriaceae
  • Страница поиска видов - 2000 Halobacteriaceae
  • Страница MicrobeWiki для Halobacteriaceae
  • Страница LPSN для Halobacteriaceae
  • Правильные названия таксонов в семействе Halobacteriaceae