Halorubrum - это род семейства Halobacteriaceae . Виды Halorubrum можно найти в Мертвом море , озере Забуйе и других водах с высоким содержанием соли.
Halorubrum | |
---|---|
Научная классификация | |
Домен: | |
Королевство: | |
Тип: | |
Класс: | |
Заказ: | |
Семья: | |
Род: | Halorubrum МакГенити и Грант 1996 [ необходима ссылка ] |
Разновидность | |
| |
Синонимы [ необходима ссылка ] | |
|
Генетический обмен
Популяция галоархей Halorubrum в естественной среде с высокой концентрацией соли часто обменивалась генетической информацией путем рекомбинации. [1] Эта популяция демонстрировала степень равновесия сцеплений, приближающуюся к таковой для сексуальной популяции.
Таксономия
В систематике , Halorubrum является родом из Halobacteriaceae . [2]
Разновидность
Halorubrum ejinorense был впервые выделен из озера Эджинор во Внутренней Монголии , Китай . [3]
Halorubrum lacusprofundi был впервые выделен в 1980-х годах из Глубокого озера в Антарктиде . [4] Его геном , секвенированный в 2006 году, состоит из двух хромосом (одна 2,74 МБ, а другая 0,53 МБ) и одной плазмиды (0,43 МБ). [5] Его фермент β-галактозидаза был тщательно изучен, чтобы понять, как белки функционируют в низкотемпературной и высокосолевой среде. [6] [7] Один штамм H. lacusprofundi содержит плазмиду для горизонтального переноса генов , который осуществляется посредством механизма, использующего заключенные в везикулы вирусоподобные частицы. [8]
Halorubrum sodomense был впервые обнаружен в Мертвом море в 1980 году. Он требует более высокой концентрации ионов Mg 2+ для роста, чем родственные галофилы . [9] Его клеточная мембрана содержит архаэродопсин-3 (AR3), фоторецепторный белок, который собирает энергию солнечного света для создания движущей силы протонов, которая используется для синтеза АТФ . [10] [11] Мутанты AR3 широко используются в качестве инструментов в оптогенетике для исследований в области нейробиологии. [12]
Halorubrum tibetense был впервые выделен из озера Забуйе в Тибете , Китай . [13]
Halorubrum xinjiangense был впервые выделен из озера Сяо-Эр-Куле в Синьцзяне , Китай . [14]
Рекомендации
- ^ Папка RT, Koenig JE, Родригес Valera F, Дулитл WF (декабрь 2004). «Частая рекомбинация в популяции солеварни Halorubrum». Наука . 306 (5703): 1928–9. Bibcode : 2004Sci ... 306.1928P . DOI : 10.1126 / science.1103289 . PMID 15591201 . S2CID 21595153 .
- ^ См. Веб-страницу NCBI на Halorubrum . Данные извлечены из «Ресурсы таксономии NCBI» . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 19 марта 2007 .
- ^ Castillo AM, Gutiérrez MC, Kamekura M, Xue Y, Ma Y, Cowan DA, Jones BE, Grant WD, Ventosa A (2007). «Halorubrum Ejinorense Sp. Nov., изолированный из озера Эджинор, Внутренняя Монголия, Китай» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (11): 2538–2542. DOI : 10.1099 / ijs.0.65241-0 . PMID 17978215 .
- ^ Franzmann PD, Stacklebrandt E, Sanderson K, Volkman JK, Camberon DE, Stevenson PL, McMeekin TA, Burton HR (1998). « Halobacterium lacusprofundii sp. Nov., Галофильная бактерия, выделенная из Глубинного озера, Антарктида». Syst. Прил. Microbiol . 11 (1): 20–27. DOI : 10.1016 / S0723-2020 (88) 80044-4 .
- ^ Андерсон И.Дж., ДасСарма П., Лукас С., Коупленд А., Лапидус А., Дель Рио Т, Тайс Х, Далин Э, Брюс Д.К., Гудвин Л., Питлюк С., Симс Д., Бреттин Т.С., Деттер Дж. К., Хан К.С., Лаример Ф, Хаузер Л., Лэнд М, Иванова Н., Ричардсон П., Кавиккиоли Р., ДасСарма С., Вёзе С. Р., Кирпидес (2006). «Полная последовательность генома антарктического штамма типа Halorubrum lacusprofundi ACAM 34» . Стандарты геномных наук . 11 (1): 70. DOI : 10,1186 / s40793-016-0194-2 . PMC 5018182 . PMID 27617060 .
- ^ Каран Р., Кейпс, доктор медицины, ДасСарма П., ДасСарма С. (2013). «Клонирование, сверхэкспрессия, очистка и характеристика полиекстремофильной β-галактозидазы из антарктической галоархеи Halorubrum lacusprofundi » . BMC Biotechnol . 13 : 10.1186 / 1472-6750-13-3. DOI : 10.1186 / 1472-6750-13-3 . PMC 3556326 . PMID 23320757 .
- ^ Laye VJ, Karan R, Kim JM, Pecher WT, DasSarma P, DasSarma S (2017). «Ключевые аминокислотные остатки, обеспечивающие повышенную ферментативную активность при низких температурах в антарктической полиэстремофильной β-галактозидазе» . PNAS . 114 (47): 12530–35. DOI : 10.1073 / pnas.1711542114 . PMC 5703305 . PMID 29109294 .
- ^ Erdmann S, Tschitschko B., Zhong L, Raftery MJ, Cavicchioli R (9 сентября 2017 г.). «Плазмида антарктического галоархея использует специальные мембранные везикулы для распространения и заражения свободных от плазмид клеток». Природная микробиология . 2 (10): 1446–1455. DOI : 10.1038 / s41564-017-0009-2 . PMID 28827601 . S2CID 38729395 .
- ^ Орен А (1983). « Halobacterium sodomense зр. Ноябрь Мертвого моря Halobacterium с чрезвычайно высоким требованием магния» . Международный журнал систематической бактериологии . 33 (2): 381–386. DOI : 10.1099 / 00207713-33-2-381 .
- ^ Ихара К., Умемура Т., Катагири И., Китадзима-Ихара Т., Сугияма Ю., Кимура Ю., Мукохата Ю. (январь 1999 г.). «Эволюция родопсинов архей: изменения скорости эволюции за счет дупликации генов и функциональной дифференциации». Журнал молекулярной биологии . 285 (1): 163–74. DOI : 10.1006 / jmbi.1998.2286 . PMID 9878396 .
- ^ Бада Хуарес Дж.Ф., судья П.Дж., Адам С., Аксфорд Д., Виналс Дж., Берч Дж, Кван ТО, Хой К.К., Йен Хай, Фиал А, Милхиет П.Е., Робинсон К.В., Шапиро И., Мораес И., Уоттс А (2021). «Структуры переносчика архаэродопсина 3 показывают, что нарушение порядка внутренних водных сетей лежит в основе сенсибилизации рецепторов» . Nature Communications . 12 : 629. DOI : 10.1038 / s41467-020-20596-0 . PMC 7840839 . PMID 33504778 .
- ^ Flytzanis NC, Bedbrook CN, Chiu H, Engqvist MK, Xiao C, Chan KY, Sternberg PW, Arnold FH, Gradinaru V (2014). «Варианты Archaerhodopsin с повышенной чувствительностью к напряжению флуоресценции в нейронах млекопитающих и Caenorhabditis elegans » . Nature Communications . 5 : 4894. DOI : 10.1038 / ncomms5894 . PMC 4166526 . PMID 25222271 .
- ^ Фан Х, Сюэ И, Ма И, Вентоза А, Грант В.Д. (2004). « Halorubrum tibetense sp. Nov., Новый галоалкалифильный археон из озера Забуйе в Тибете, Китай» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (4): 1213–1216. DOI : 10.1099 / ijs.0.03032-0 . PMID 15280294 .
- ^ Фэн Дж., Чжоу П.Дж., Лю С.Дж. (2004). « Halorubrum xinjiangense sp. Nov., Новый галофил , выделенный из соленых озер в Китае» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (5): 1789–1791. DOI : 10.1099 / ijs.0.63209-0 . PMID 15388744 .
дальнейшее чтение
Научные журналы
- Орен А., Вентоса А. (2000). «Подкомитет Международного комитета по систематической бактериологии по таксономии Halobacteriaceae. Протоколы заседаний, 16 августа 1999 г., Сидней, Австралия» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (3): 1405–1407. DOI : 10.1099 / 00207713-50-3-1405 . PMID 10843089 .
- Орен А., Вентоса А. (1996). «Предложение о переносе Halorubrobacterium distributionum и Halorubrobacterium coriense в род Halorubrum в качестве Halorubrum distributionum comb. Nov. И Halorubrum coriense comb. Nov. Соответственно» . Int. J. Syst. Бактериол . 46 (4): 1180. DOI : 10.1099 / 00207713-46-4-1180 .
- Макдженити Т.Дж., Грант В.Д. (1995). «Перенос Halobacterium saccharovorum, Halobacterium sodomense, Halobacterium trapanicum NRC 34021 и Halobacterium lacusprofundi в род Halorubrum gen. Nov., Как Halorubrum saccharovorum comb. Nov., Halorubrumsodomense comb. .nov ". Syst. Прил. Microbiol . 18 (2): 237–243. DOI : 10.1016 / s0723-2020 (11) 80394-2 .
- Камекура М, Дьялл-Смит МЛ (1995). «Таксономия семейства Halobacteriaceae и описание двух новых родов Halorubrobacterium и Natrialba» . J. Gen. Appl. Microbiol . 41 (4): 333–350. DOI : 10,2323 / jgam.41.333 .
- Папке Т., Фуллмер М., Суси С., Суизерс К., Маккай А., Уилер Р., Вентоза А., Гогартен П. (11 апреля 2014 г.). «Популяционный и геномный анализ рода Halorubrum» . Границы микробиологии . 5 (Номер статьи: 140): 140. doi : 10.3389 / fmicb.2014.00140 . PMC 3990103 . PMID 24782836 . Проверено 9 ноября 2014 .
Научные книги
- Гиббонс, NE (1974). «Семейство V. Halobacteriaceae fam. Nov.». В RE Бьюкенен; NE Гиббонс (ред.). Руководство Берджи по детерминантной бактериологии (8-е изд.). Балтимор: ISBN компании Williams & Wilkins Co. 0-683-01117-0.
Научные базы данных
- Ссылки PubMed на Halorubrum
- Ссылки PubMed Central на Halorubrum
- Ссылки Академии Google для Halorubrum
Внешние ссылки
- Страница таксономии NCBI для Halorubrum
- Поиск на страницах таксономии Tree of Life для Halorubrum
- Страница Search Species2000 для Halorubrum
- Страница MicrobeWiki для Halorubrum
- Страница LPSN для Halorubrum
- Halorubrum в Bac Dive - база метаданных по разнообразию бактерий