Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Роботы-досмотрщики с высокой пропускной способностью

Скрининг с высокой пропускной способностью ( HTS ) - это метод научных экспериментов, особенно используемый при открытии лекарств и относящийся к областям биологии и химии . [1] [2] Использование робототехники, программное обеспечение для обработки / контроля данных, устройства для работы с жидкостями и чувствительные детекторы, высокопроизводительный скрининг позволяет исследователю быстро проводить миллионы химических, генетических или фармакологических тестов. Благодаря этому процессу можно быстро идентифицировать активные соединения, антитела или гены, которые модулируют конкретный биомолекулярный путь. Результаты этих экспериментов служат отправной точкой для разработки лекарств и понимания невзаимодействия или роли конкретного места.

Подготовка пробирного планшета [ править ]

Рука робота работает с планшетом для анализа

Основным лабораторным оборудованием или сосудом для тестирования HTS является микротитровальный планшет : небольшой контейнер, обычно одноразовый и сделанный из пластика, который имеет решетку из небольших открытых углублений, называемых лунками . Обычно микропланшеты для HTS имеют 96, 192, 384, 1536, 3456 или 6144 лунки. Все они кратны 96, что отражает исходный 96-луночный микропланшет с разнесенными лунками 8 x 12 с интервалом 9 мм. Большинство лунок содержат тестовые объекты, в зависимости от характера эксперимента. Это могут быть различные химические соединения , растворенные , например , в водном растворе в диметилсульфоксиде(ДМСО). Лунки также могут содержать клетки или ферменты какого-либо типа. (Другие лунки могут быть пустыми или содержать чистый растворитель или необработанные образцы, предназначенные для использования в качестве экспериментального контроля .)

В центре скрининга обычно находится библиотека стандартных планшетов , содержимое которых тщательно каталогизируется, и каждая из которых могла быть создана лабораторией или получена из коммерческого источника. Сами по себе эти стандартные пластины не используются напрямую в экспериментах; вместо этого по мере необходимости создаются отдельные аналитические планшеты . Планшет для анализа - это просто копия исходного планшета, созданная пипеткой небольшого количества жидкости (часто измеряемого в нанолитрах ) из лунок исходного планшета в соответствующие лунки полностью пустого планшета.

Наблюдение за реакцией [ править ]

Чтобы подготовиться к анализу , исследователь заполняет каждую лунку планшета каким-либо биологическим объектом, на котором он хочет провести эксперимент, например, белком , клетками или эмбрионом животного . По прошествии некоторого времени инкубации, позволяющего биологическому веществу абсорбироваться, связываться или иным образом реагировать (или не реагировать) с соединениями в лунках, измерения проводятся во всех лунках планшета вручную или с помощью машины. Ручные измерения часто необходимы, когда исследователь использует микроскопию.(например) для поиска изменений или дефектов в эмбриональном развитии, вызванных соединениями лунок, для поиска эффектов, которые компьютер не может легко определить самостоятельно. В противном случае специализированная автоматическая аналитическая машина может провести ряд экспериментов с лунками (например, направить на них поляризованный свет и измерить отражательную способность, которая может указывать на связывание с белками). В этом случае машина выводит результат каждого эксперимента в виде сетки числовых значений, при этом каждое число соответствует значению, полученному из одной скважины. Машина для анализа с высокой производительностью может измерять десятки пластин за несколько минут, как эта, очень быстро генерируя тысячи экспериментальных точек данных.

В зависимости от результатов этого первого анализа исследователь может выполнять последующие анализы в рамках одного и того же скрининга, отбирая жидкость из исходных лунок, которая дала интересные результаты (известные как «совпадения»), в новые аналитические планшеты, а затем повторно запускает эксперимент по сбору дополнительных данных об этом суженном наборе, подтверждающих и уточняющих наблюдения.

Системы автоматизации [ править ]

Карусельная система для хранения аналитических планшетов для большой емкости и высокоскоростного доступа

Автоматизация - важный элемент полезности HTS. Как правило, интегрированная роботизированная система, состоящая из одного или нескольких роботов, транспортирует аналитические микропланшеты от станции к станции для добавления образцов и реагентов, смешивания, инкубации и, наконец, считывания или обнаружения. Система HTS обычно может готовить, инкубировать и анализировать множество планшетов одновременно, что еще больше ускоряет процесс сбора данных. В настоящее время существуют роботы HTS, которые могут тестировать до 100 000 соединений в день. [3] [4] Автоматические сборщики колоний отбирают тысячи микробных колоний для высокопроизводительного генетического скрининга. [5] Термин uHTS или сверхвысокопроизводительный скрининг (около 2008 г.) относится к скринингу более 100 000 соединений в день.[6]

Экспериментальный план и анализ данных [ править ]

Благодаря возможности быстрого скрининга различных соединений (таких как небольшие молекулы или миРНК ) для идентификации активных соединений, HTS привел к резкому увеличению объемов данных, генерируемых в последние годы. [7] Следовательно, одна из самых фундаментальных проблем в экспериментах с HTS состоит в том, чтобы собрать биохимическое значение из множества данных, которые основаны на разработке и принятии соответствующих экспериментальных дизайнов и аналитических методов как для контроля качества, так и для отбора попаданий. [8]Исследования HTS - одна из областей, в которых есть особенность, описанная Джоном Блюмом, главным научным сотрудником Applied Proteomics, Inc., следующим образом: Вскоре, если ученый не понимает некоторых статистических данных или элементарных технологий обработки данных, он или она может не считаться настоящим молекулярным биологом и, таким образом, просто станет «динозавром». [9]

Контроль качества [ править ]

Высококачественные тесты HTS имеют решающее значение в экспериментах с HTS. Разработка высококачественных тестов HTS требует интеграции экспериментальных и вычислительных подходов к контролю качества (QC). Три важных средства контроля качества: (i) хороший дизайн планшета, (ii) выбор эффективных положительных и отрицательных химических / биологических контролей и (iii) разработка эффективных показателей контроля качества для измерения степени дифференциации, чтобы проводить анализы с низкими данными. качество можно определить. [10] Хорошая конструкция планшета помогает выявить систематические ошибки (особенно связанные с положением лунки) и определить, какую нормализацию следует использовать для устранения / уменьшения влияния систематических ошибок как на контроль качества, так и на выбор совпадений. [8]

Эффективные аналитические методы контроля качества служат в качестве «привратника» для анализа превосходного качества. В типичном эксперименте HTS четкое различие между положительным контролем и отрицательным контролем, таким как отрицательный контроль, является показателем хорошего качества. Было предложено множество мер оценки качества для измерения степени различия между положительным контролем и отрицательным эталоном. Отношение сигнал / фон, отношение сигнал / шум, окно сигнала, коэффициент вариабельности анализа и Z-фактор были приняты для оценки качества данных.[8] [11] Недавно была предложена строго стандартизированная разница средних ( SSMD ) для оценки качества данных в HTS-анализах.[12] [13]

Выбор хита [ править ]

Соединение с желаемым размером эффектов в HTS называется хитом. Процесс выбора совпадений называется выбором совпадений. Аналитические методы выбора попаданий на экранах без реплик (обычно на первичных экранах) отличаются от методов с репликами (обычно на подтверждающих экранах). Например, метод z-оценки подходит для экранов без реплик, тогда как t-статистика подходит для экранов с репликами. Расчет SSMD для экранов без реплик также отличается от расчета для экранов с репликами. [8]

Для выбора совпадений на первичных экранах без повторений легко интерпретируемыми являются среднее кратное изменение, средняя разница, процент ингибирования и процент активности. Однако они не позволяют эффективно фиксировать изменчивость данных. Метод z-оценки или SSMD, который может фиксировать изменчивость данных на основе предположения, что каждое соединение имеет такую ​​же изменчивость, что и отрицательная ссылка на экранах. [14] [15] Однако выбросы являются обычным явлением в экспериментах с HTS, а такие методы, как z-оценка, чувствительны к выбросам и могут быть проблематичными. Как следствие, для выбора совпадений были предложены и приняты надежные методы, такие как метод z * -счета, SSMD *, метод B-оценки и метод на основе квантилей. [4] [8] [16] [17]

На экране с повторениями мы можем напрямую оценить вариабельность для каждого соединения; как следствие, мы должны использовать SSMD или t-статистику, которая не полагается на строгое предположение, на которое полагаются z-оценка и z *-оценка. Одна проблема с использованием t-статистики и связанных p-значений заключается в том, что на них влияет как размер выборки, так и размер эффекта. [18] Они получены в результате проверки отсутствия средней разницы и поэтому не предназначены для измерения величины сложных эффектов. Для выбора попаданий наибольший интерес представляет размер эффекта в тестируемом соединении. SSMD напрямую оценивает размер эффектов. [19] SSMD также оказался лучше, чем другие обычно используемые размеры эффекта. [20]Значение популяции SSMD сравнимо в разных экспериментах, и, таким образом, мы можем использовать одно и то же ограничение для значения популяции SSMD для измерения размера сложных эффектов. [21]

Методы увеличения пропускной способности и эффективности [ править ]

Уникальное распределение соединений по одному или нескольким планшетам можно использовать либо для увеличения количества анализов на планшет, либо для уменьшения разброса результатов анализов, либо для того и другого. Упрощающее предположение, сделанное в этом подходе, состоит в том, что любые соединения N в одной лунке обычно не будут взаимодействовать друг с другом или с мишенью анализа таким образом, который фундаментально изменяет способность анализа обнаруживать истинные совпадения.

Например, представьте себе планшет, в котором соединение A находится в лунках 1-2-3, соединение B находится в лунках 2-3-4, а соединение C находится в лунках 3-4-5. В анализе этого планшета против данной мишени попадание в лунки 2, 3 и 4 будет указывать на то, что соединение B является наиболее вероятным агентом, а также обеспечивает три измерения эффективности соединения B против указанной мишени. Коммерческие применения этого подхода включают комбинации, в которых никакие два соединения никогда не используют более одной лунки, чтобы уменьшить возможность (второго порядка) интерференции между парами проверяемых соединений.

Последние достижения [ править ]

Форматы автоматизации и анализа малых объемов были использованы учеными Центра химической геномики NIH (NCGC) для разработки количественных HTS (qHTS), парадигмы фармакологического профилирования больших химических библиотек посредством создания полных соотношений концентрация-ответ для каждого соединения. С сопутствующим программным обеспечением для построения кривой и хеминформатики данные qHTS дают половину максимальной эффективной концентрации (EC50), максимальный ответ, коэффициент Хилла (nH) для всей библиотеки, что позволяет оценить взаимосвязь возникающей структуры и активности (SAR). [22]

В марте 2010 года было опубликовано исследование, демонстрирующее процесс HTS, позволяющий проводить скрининг в 1000 раз быстрее (100 миллионов реакций за 10 часов) при 1-миллионной стоимости (с использованием 10-7- кратного объема реагентов), чем традиционные методы с использованием капельной микрофлюидики. [22] Капли жидкости, разделенные маслом, заменяют лунки микропланшета и позволяют проводить анализ и сортировку попаданий, пока реагенты проходят через каналы.

В 2010 году исследователи разработали силиконовый лист линз, который можно разместить над микрожидкостными матрицами, чтобы можно было измерять флуоресценцию 64 различных выходных каналов одновременно с помощью одной камеры. [23] Этот процесс может анализировать 200 000 капель в секунду.

В то время как при открытии традиционных HTS-лекарств используются очищенные белки или интактные клетки, очень интересное недавнее развитие технологии связано с использованием интактных живых организмов, таких как нематода Caenorhabditis elegans и рыбок данио ( Danio rerio ). [24]

В 2016-2018 гг. Производители планшетов начали производить специализированные химические вещества, чтобы обеспечить массовое производство поверхностей со сверхнизким сцеплением с клеточными репеллентами, что облегчило быструю разработку HTS-тестов для обнаружения противораковых лекарств в трехмерных тканях, таких как органоиды и сфероиды; более физиологически актуальный формат. [25] [26] [27]

Увеличение использования HTS в академических кругах для биомедицинских исследований [ править ]

HTS - относительно недавнее нововведение, которое стало возможным в значительной степени благодаря современным достижениям в робототехнике и высокоскоростных компьютерных технологиях. По-прежнему требуется высокоспециализированная и дорогая скрининговая лаборатория для проведения операции HTS, поэтому во многих случаях исследовательское учреждение небольшого или среднего размера будет использовать услуги существующего центра HTS, а не создавать его для себя.

В академических кругах существует тенденция к тому, чтобы университеты сами создавали новые лекарства. [28] Эти средства, которые обычно имеются только в промышленности, теперь все чаще встречаются и в университетах. UCLA , например, имеет открытую лабораторию HTS для молекулярного скрининга с общими ресурсами (MSSR, UCLA), которая может проверять более 100 000 соединений в день на регулярной основе. Политика открытого доступа гарантирует, что исследователи со всего мира могут воспользоваться этой возможностью без длительных переговоров об интеллектуальной собственности. С составной библиотекой, содержащей более 200 000 малых молекул, MSSR имеет одну из самых больших составных колод среди всех университетов западного побережья. Кроме того, MSSR имеет полнофункциональную геномику.возможности (siRNA, shRNA, cDNA и CRISPR) для всего генома, которые дополняют усилия малых молекул: Функциональная геномика использует возможности HTS для выполнения скринингов на всем геноме, которые исследуют функцию каждого гена в интересующем контексте, либо выбивая каждый ген, либо сверхэкспрессируя Это. Параллельный доступ к высокопроизводительному скринингу малых молекул и полному геному скрининга позволяет исследователям выполнять идентификацию и валидацию мишеней для данного заболевания или определения способа действия для небольшой молекулы. Наиболее точные результаты могут быть получены при использовании «упорядоченных» функциональных библиотек геномики, т.е. каждая библиотека содержит единственную конструкцию, такую ​​как одиночная миРНК или кДНК. Функциональная геномика обычно сочетается с скринингом высокого содержания с использованием, например, эпифлуоресцентной микроскопии. или лазерная сканирующая цитометрия.

Университет Иллинойса также имеет объект для HTS, как и Университет Миннесоты. В Институте наук о жизни при Мичиганском университете находится объект HTS в Центре химической геномики. Колумбийский университет имеет общий ресурс HTS с ~ 300 000 различных малых молекул и ~ 10 000 известных биоактивных соединений, доступных для биохимического, клеточного и NGS скрининга. В Университете Рокфеллера есть ресурсный центр HTS с открытым доступом HTSRC (The Rockefeller University, HTSRC), который предлагает библиотеку из более чем 380 000 соединений. Лаборатория высокопроизводительного анализа Северо-Западного университета поддерживает идентификацию, валидацию, разработку анализов и скрининг соединений. Некоммерческий институт медицинских открытий Sanford Burnham Prebys также имеет давнее учреждение HTS в Центре химической геномики Конрада Пребиса, который был частью MLPCN. Некоммерческий исследовательский центр молекулярного скрининга Скриппса (SRMSC) [29] продолжает обслуживать академические круги во всех институтах после эпохи MLPCN. Средство SRMSC uHTS поддерживает одну из крупнейших библиотечных коллекций в академических кругах, в настоящее время насчитывающую более 665 000 низкомолекулярных объектов, и регулярно проверяет всю коллекцию или подбиблиотек в поддержку инициатив с несколькими грантами.

В Соединенных Штатах Национальный институт здоровья или NIH создал общенациональный консорциум центров скрининга малых молекул для производства инновационных химических инструментов для использования в биологических исследованиях. Сеть центров по производству зондов молекулярных библиотек, или MLPCN, выполняет HTS на основе анализов, предоставленных исследовательским сообществом, в отношении большой библиотеки малых молекул, хранящейся в центральном репозитории молекул.

См. Также [ править ]

  • Управление соединениями
  • ДНК-кодированная химическая библиотека
  • Открытие лекарств привело к успеху
  • Сюжет с двойным фонариком
  • Скрининг с высоким содержанием
  • Биология высокой пропускной способности
  • IC50 / EC50
  • Лабораторная автоматизация
  • Синтетический генетический массив
  • Виртуальный высокопроизводительный скрининг
  • Скрининг двугибридных дрожжей

Ссылки [ править ]

  1. ^ Inglese J и Auld DS. (2009) Применение методов высокопроизводительного скрининга (HTS): приложения в химической биологии в Энциклопедии химической биологии Wiley (Wiley & Sons, Inc., Хобокен, Нью-Джерси), том 2, стр. 260–274 doi / 10.1002 / 9780470048672.wecb223.
  2. ^ Macarron, R .; Банки, MN; Bojanic, D .; Бернс, диджей; Чирович, Д.А.; Garyantes, T .; Зеленый, DV; Hertzberg, RP; Janzen, WP; Паслай, JW; Schopfer, U .; Ситтампалам, GS (2011). «Влияние высокопроизводительного скрининга на биомедицинские исследования». Nat Rev Drug Discov . 10 (3): 188–195. DOI : 10.1038 / nrd3368 . PMID  21358738 . S2CID  205477370 .
  3. ^ Hann М.М., Oprea TI (июнь 2004). «Осуществление концепции достоверности в фармацевтических исследованиях» . Curr Opin Chem Biol . 8 (3): 255–63. DOI : 10.1016 / j.cbpa.2004.04.003 . PMID 15183323 . 
  4. ^ а б Караус, I .; Алсувайлем, AA; Надон, Р .; Макаренков, В. (2015-11-01). «Выявление и преодоление систематической предвзятости в технологиях высокопроизводительного скрининга: всесторонний обзор практических вопросов и методологических решений» . Брифинги по биоинформатике . 16 (6): 974–986. DOI : 10.1093 / нагрудник / bbv004 . ISSN 1467-5463 . PMID 25750417 .  
  5. ^ Heddle, C .; Мазалейрат, SL (2007). «Разработка платформы для скрининга направленной эволюции с использованием флуоресцентного белка рифовых кораллов ZsGreen в качестве репортера растворимости» . Разработка и отбор протеинов . 20 (7): 327–337. DOI : 10,1093 / белок / gzm024 . ISSN 1741-0126 . PMID 17584755 .  
  6. ^ Майкл, Сэм; Олд, Дуглас; Клумпп, Карлин; Джадхав, Аджит; Чжэн, Вэй; Торн, Наташа; Остин, Кристофер П .; Inglese, Джеймс; Симеонов, Антон (2008). «Роботизированная платформа для количественного высокопроизводительного скрининга» . АНАЛИЗ и технологии разработки лекарств . 6 (5): 637–657. DOI : 10.1089 / adt.2008.150 . ISSN 1540-658X . PMC 2651822 . PMID 19035846 .   
  7. ^ Хау Д, Костанзо М, Фи Р, Т Gojobori, Hannick л, Скрыть Вт, Хилл ДП, Кания R, Шеффера М, Пьер СС, Твиггер S, белый О, Ман С.Ю. (2008). «Большие данные: будущее биодокументации» . Природа . 455 (7209): 47–50. Bibcode : 2008Natur.455 ... 47H . DOI : 10.1038 / 455047a . PMC 2819144 . PMID 18769432 .  
  8. ^ а б в г д Чжан XHD (2011). Оптимальный высокопроизводительный скрининг: практический экспериментальный дизайн и анализ данных для исследования РНКи в масштабе генома . Издательство Кембриджского университета. ISBN 978-0-521-73444-8.
  9. Перейти ↑ Eisenstein M (2006). «Контроль качества» . Природа . 442 (7106): 1067–70. Bibcode : 2006Natur.442.1067E . DOI : 10.1038 / 4421067a . PMID 16943838 . 
  10. ^ Zhang XH, Espeseth AS, Johnson EN, Chin J, Gates A, Mitnaul LJ, Marine SD, Tian J, Stec EM, Kunapuli P, Holder DJ, Heyse JF, Strulocivi B, Ferrer M (2008). «Интеграция экспериментальных и аналитических подходов для улучшения качества данных в экранах РНКи в масштабе генома». Журнал биомолекулярного скрининга . 13 (5): 378–89. DOI : 10.1177 / 1087057108317145 . PMID 18480473 . S2CID 22679273 .  
  11. ^ Чжан JH, Chung TD, Ольденбург KR (1999). «Простой статистический параметр для использования при оценке и валидации высокопроизводительных скрининговых анализов». Журнал биомолекулярного скрининга . 4 (2): 67–73. DOI : 10.1177 / 108705719900400206 . PMID 10838414 . S2CID 36577200 .  
  12. ^ Zhang, XHD (2007). «Пара новых статистических параметров для контроля качества в высокопроизводительных скрининговых анализах РНК-интерференции». Геномика . 89 (4): 552–61. DOI : 10.1016 / j.ygeno.2006.12.014 . PMID 17276655 . 
  13. ^ Чжан XHD (2008). «Новые аналитические критерии и эффективный дизайн планшетов для контроля качества при скринингах РНКи в масштабе генома». Журнал биомолекулярного скрининга . 13 (5): 363–77. DOI : 10.1177 / 1087057108317062 . PMID 18567841 . S2CID 12688742 .  
  14. ^ Чжан XHD (2007). «Новый метод с гибким и сбалансированным контролем ложноотрицательных и ложноположительных результатов для отбора попаданий в высокопроизводительных скрининговых анализах РНК-интерференции» . Журнал биомолекулярного скрининга . 12 (5): 645–55. DOI : 10.1177 / 1087057107300645 . PMID 17517904 . 
  15. ^ Чжан XH, Ferrer M, Espeseth AS, Marine SD, Стец Е.М., Crackower М.А., держатель DJ, Heyse JF, Strulovici B (2007). «Использование строго стандартизированной разницы средних значений для отбора попаданий в высокопроизводительных скрининговых экспериментах с первичной РНК-интерференцией». Журнал биомолекулярного скрининга . 12 (4): 645–55. DOI : 10.1177 / 1087057107300646 . PMID 17435171 . S2CID 7542230 .  
  16. ↑ Zhang XH, Yang XC, Chung N, Gates A, Stec E, Kunapuli P, Holder DJ, Ferrer M, Espeseth AS (2006). «Надежные статистические методы для отбора попаданий в экспериментах по высокопроизводительному скринингу РНК-интерференции». Фармакогеномика . 7 (3): 299–09. DOI : 10.2217 / 14622416.7.3.299 . PMID 16610941 . 
  17. ^ Brideau С, Гюнтер Г, Pikounis В, Liaw А (2003). «Улучшенные статистические методы отбора попаданий при высокопроизводительном скрининге» . Журнал биомолекулярного скрининга . 8 (6): 634–47. DOI : 10.1177 / 1087057103258285 . PMID 14711389 . 
  18. ^ Коэн Дж (1994). «Земля круглая (P-Less Than.05)». Американский психолог . 49 (12): 997–1003. DOI : 10.1037 / 0003-066X.49.12.997 . ISSN 0003-066X . 
  19. ^ Чжан XHD (2009). «Метод для эффективного сравнения эффектов генов в различных условиях в РНКи и исследования профилей экспрессии». Фармакогеномика . 10 (3): 345–58. DOI : 10.2217 / 14622416.10.3.345 . PMID 20397965 . 
  20. ^ Чжан XHD (2010). «Строго стандартизированная разница средних, стандартизованная разница средних и классический t-тест для сравнения двух групп». Статистика в биофармацевтических исследованиях . 2 (2): 292–99. DOI : 10.1198 / sbr.2009.0074 . S2CID 119825625 . 
  21. ^ Чжан XHD (2010). «Оценка размера гена или эффектов РНКи в многофакторных высокопроизводительных экспериментах». Фармакогеномика . 11 (2): 199–213. DOI : 10,2217 / PGS.09.136 . PMID 20136359 . 
  22. ^ a b Inglese, J .; Auld, DS; Джадхав, А .; Джонсон, Р.Л .; Симеонов, А .; Ясгар, А .; Zheng, W .; Остин, CP (2006). «Количественный высокопроизводительный скрининг (qHTS): подход, основанный на титровании, который эффективно определяет биологическую активность в больших химических библиотеках» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 103 (31): 11473–11478. Bibcode : 2006PNAS..10311473I . DOI : 10.1073 / pnas.0604348103 . PMC 1518803 . PMID 16864780 .  
  23. ^ Шенбрун, E; Abate, A.R; Steinvurzel, P.E; Weitz, D.A; Крозье, К. Б. (2010). «Высокопроизводительное детектирование флуоресценции с использованием интегрированного массива зонных пластин». Лаборатория на чипе . Королевское химическое общество . 10 (7): 852–856. CiteSeerX 10.1.1.662.8909 . DOI : 10.1039 / b923554j . PMID 20300671 . Выложите резюме - scienceDaily.com .  
  24. ^ Атанасов А.Г., Waltenberger В, Pferschy-Wenzig Е.М., Линдер Т, Wawrosch С, Uhrin Р, Temml В, Ван L, Швайгер S, Хейсс EH, Rollinger Ю.М., Шустер Д, Breuss Ю.М., Бочков В, Mihovilovic MD, Копп Б , Бауэр Р., Дирш В.М., Ступпнер Х. (2015). «Открытие и пополнение запасов фармакологически активных натуральных продуктов растительного происхождения: обзор» . Biotechnol. Adv . 33 (8): 1582–614. DOI : 10.1016 / j.biotechadv.2015.08.001 . PMC 4748402 . PMID 26281720 .  
  25. ^ Kota, S .; Hou, S .; Guerrant, W .; Madoux, F .; Troutman, S .; Фернандес-Вега, В .; Алексеева, Н .; Madala, N .; Scampavia, L .; Kissil, J .; Спайсер, Т.П. (10 мая 2018 г.). «Новый подход к трехмерному высокопроизводительному скринингу выявляет индукторы мутантного селективного летального фенотипа KRAS» . Онкоген . 37 (32): 4372–4384. DOI : 10.1038 / s41388-018-0257-5 . PMC 6138545 . PMID 29743592 .  
  26. ^ Hou, S .; Tiriac, H .; Sridharan, BP .; Scampavia, L .; Madoux, F .; Селдин, Дж .; Соуза, гр .; Watson, D .; Tuveson, D .; Спайсер, Т.П. (Июль 2018). «Продвинутая разработка моделей первичных органоидных опухолей поджелудочной железы для высокопроизводительного скрининга фенотипических лекарств» . SLAS Discovery . 23 (6): 574–584. DOI : 10.1177 / 2472555218766842 . PMC 6013403 . PMID 29673279 .  
  27. ^ Madoux, F .; Таннер, А .; Сосуды, М .; Willetts, L .; Hou, S .; Scampavia, L .; Спайсер, Т.П. (Июнь 2017 г.). «3D-анализ жизнеспособности с 1536 лунками для оценки цитотоксического действия лекарств на сфероидов» . SLAS Discovery . 22 (5): 516–524. DOI : 10.1177 / 2472555216686308 . PMID 28346088 . 
  28. ^ Голубь, Алан (2007). «Высокопроизводительный скрининг идет в школу». Природные методы . 4 (6): 523–532. DOI : 10.1038 / nmeth0607-523 . ISSN 1548-7091 . S2CID 28059031 .  
  29. ^ Байларджон П., Фернандес-Вега V, Шридхаран Б. П., Браун С., Гриффин П. Р., Розен Х; и другие. (2019). "Центр молекулярного скрининга Скриппса и Институт трансляционных исследований" . SLAS Discov . 24 (3): 386–397. DOI : 10.1177 / 2472555218820809 . PMID 30682260 . S2CID 59274228 .  CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Линь, Ибинь (2018). «Что произошло за последние пять лет с высокопроизводительным скринингом кристаллизации белка?» . Мнение эксперта об открытии лекарств . 13 (8): 691–695. DOI : 10.1080 / 17460441.2018.1465924 . ISSN  1746-0441 . PMID  29676184 .
  • Персонал (2008-08-01). «Проблемы высокопроизводительного скрининга» . Новости генной инженерии и биотехнологии . Бесчисленное обсуждение открытия наркотиков. 28 (14). Мэри Энн Либерт. С. 26–27. ISSN  1935-472X . Проверено 1 октября 2008 .
  • Чжан XHD (2011) «Оптимальный высокопроизводительный скрининг: практический экспериментальный план и анализ данных для исследования РНКи в масштабе генома, Cambridge University Press»
  • Флориан, Эми; Лепенский, К; Квон, О; Скляр, L; Хейнс, М. (201). «Проточная цитометрия включает высокопроизводительный гомогенный флуоресцентный анализ связывания антител для экзоцитоза литических гранул цитотоксических Т-лимфоцитов» . Журнал биомолекулярного скрининга . 4 (18): 420–429. DOI : 10.1177 / 1087057112466697 . PMC  4043149 . PMID  23160568 . Проточная цитометрия позволяет проводить высокопроизводительный гомогенный флуоресцентный анализ связывания антител для экзоцитоза литических гранул цитотоксических Т-лимфоцитов
  • Флориан, Эми Э .; Лепенский, Кристофер К .; Квон, Охён; Хейнс, Марк К .; Скляр, Ларри А .; Цвайфах, Адам (2013). «Проточная цитометрия позволяет проводить высокопроизводительный гомогенный флуоресцентный анализ связывания антител для экзоцитоза литических гранул цитотоксических Т-лимфоцитов» . Журнал биомолекулярного скрининга . 18 (4): 420–429. DOI : 10.1177 / 1087057112466697 . ISSN  1087-0571 . PMC  4043149 . PMID  23160568 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Открытая среда просмотра
  • Создание лаборатории высокопроизводительного скрининга (Коппал, журнал Lab Manager)
  • Руководство по анализу (NIH, NCGC)
  • OncoSignature Высокопроизводительный скрининг