Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено с Imitervirales )
Перейти к навигации Перейти к поиску
Mimiviridae
Tupanvirus.jpeg
Тупанвирус
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Царство :Вариднавирия
Королевство:Bamfordvirae
Тип:Nucleocytoviricota
Учебный класс:Megaviricetes
Заказ:Imitervirales
Семья:Mimiviridae
Подсемейства и роды

Mimiviridae - это семейство вирусов . Амеба и другие протисты служат естественными хозяевами. Семья делится на 4 подсемейства. [1] [2] [3] [4] Вирусы этого семейства принадлежат ккладе нуклеоцитоплазматических вирусов большой ДНК (NCLDV), также называемым гигантскими вирусами .

Mimiviridae - единственный признанный член отряда Imitervirales . Phycodnaviridae и Pandoraviridae из Algavirales являются сестринскими группами Mimiviridae во многих филогенетических анализах. [5]

История [ править ]

Первый член этого семейства, мимивирус, был обнаружен в 2003 году [6], а первая полная последовательность генома была опубликована в 2004 году. [7] Однако вирус мимивируса Cafeteria roenbergensis [8] был изолирован и частично охарактеризован в 1995 году [ 9], хотя в то время хозяин был неправильно идентифицирован, и вирус был обозначен как BV-PW1. [8]

Таксономия [ править ]

Группа: dsDNA

Семейство Mimiviridae в настоящее время делится на три подсемейства. [2] [3] [10]

  • Одно подсемейство (род Mimivirus , предлагаемые названия: Megavirinae или Megamimivirinae ) делится на три «линии»:
    • A - мимивирус группа: включает Acanthamoeba Polyphaga мимивирус , Hirudovirus, Mamavirus , вирус Kroon, вирус Lentille , Terra2, вирус Нимейер, вирус Samba. [11] [12]
    • B - Группа мумувирусов: включает мумувирус , саудовский мумувирус, мумувирус goulette , вирус Монве (он же мумувирус monve) и вирус Очан . [13] [11] [14] [12]
    • C - Группа вирусов Courdo11: включает Mont1 , [11] Courdo7, Courdo11, Megavirus chilensis, LBA111, мегавирус озера Повай и Terra1. [15] [16]
Большинство Mimiviridae по- видимому, принадлежит к этому подсемейству (Mimiviruses). [10]
Иногда его также называют группой I Mimiviridae [17].
  • Второе подсемейство ( Cafeteriavirus или Mimiviridae группа II) включает вирус Cafeteria roenbergensis (CroV). [8]
  • Klosneuvirinae были предложены в качестве третьего подсемейства и разделены на четыре «родословные»: Klosneuvirus , Indivirus , Catovirus и Hokovirus . [3] Они, по-видимому, тесно связаны с подсемейством Mimivirus, а не с подсемейством Cafeteriavirus (и поэтому могут быть суммированы в группе I Mimivirus). [3] Первым изолятом из этой группы является вирус Bodo saltans, инфицирующий кинетопластид Bodo saltans . [18]
  • Обсуждается, что штаммы тупанвируса составляют сестринскую группу мимивирусов. [4]

Кроме того, было предложено либо расширить Mimiviridae дополнительной предварительной группой III (подсемейство Mesomimivirinae ), либо вместо этого классифицировать эту группу как сестринское семейство Mesomimiviridae [19], включающее унаследованную OLPG ( группу органических озер Phycodna). Это расширение (или сестринское семейство) может состоять из следующего:

  • Вирус Phaeocystis globosa (PgV, представленный штаммом PgV-16T ) и вирус Phaeocystis pouchetii (PpV, например, PpV 01)
  • «Фикоднавирус органического озера» 1 и 2 (OLV1, OLV2, хозяева вирофага органического озера )
  • «Мимивирус Йеллоустонского озера» [12] [20] он же «Фикоднавирус Йеллоустонского озера» 4 ( YSLGV4 )
  • Вирус Chrysochromulina ericina (CeV, например, CeV 01)
  • Вирус Aureococcus anophagefferens ( [21] AaV)
  • Вирус Pyramimonas orientalis (PoV)
  • Вирус тетрасельмиса (TetV-1) [22]

Эта группа, по-видимому, тесно связана с Mimiviridae, а не с Phycodnaviridae, и поэтому иногда упоминается как еще один кандидат в подсемейство Mesomimivirinae . Иногда расширенное семейство Mimiviridae называют Megaviridae, хотя это не было признано ICTV; альтернативно расширенная группа может называться просто Mimiviridae . [3] [23] [24] [25] [26] [17]

С признанием нового отряда Imitervirales ICTV в марте 2020 года больше нет необходимости расширять семейство Mimiviridae, чтобы оно включало группу вирусов с наблюдаемым высоким разнообразием. Вместо этого расширение (или, по крайней мере, его основная клада ) может быть названо сестринским семейством Mesomimiviridae . [19]

Хотя только пара членов этого порядка были описаны подробно, кажется вероятным, что есть еще много ожидающих описания и назначения [27] [28] Неназначенные члены включают вирус Aureococcus anophagefferens (AaV), CpV-BQ2 и Terra2.

Структура [ править ]

Ультраструктура частиц вируса Bodo saltans и его репликация

[18] Вирусы Mimiviridae имеют икосаэдрическую и круглую геометрию с симметрией от Т = 972 до Т = 1141, или Т = 1200. Диаметр около 400 нм, длина 125 нм. Геномы бывают линейными и несегментированными, длиной около 1200 килобайт. В геноме 911 открытых рамок считывания. [1]


РодСтруктураСимметрияГеномное расположениеГеномная сегментация
МимивирусИкосаэдрT = 972-1141 или T = 1200 (H = 19 +/- 1, K = 19 +/- 1)ЛинейныйОдночастный
КлосневирусИкосаэдр
КафетерийвирусИкосаэдрТ = 499ЛинейныйОдночастный
ТупанвирусХвостатый

Жизненный цикл [ править ]

Репликация следует модели смещения цепи ДНК. Транскрипция с использованием ДНК-шаблона - это метод транскрипции. Амеба служит естественным хозяином. [1]

РодДетали хостаТканевый тропизмДетали входаДетали выпускаСайт репликацииСайт сборкиПередача инфекции
МимивирусАмебаНиктоНеизвестныйНеизвестныйНеизвестныйНеизвестныйПассивная диффузия
КлосневирусмикрозоопланктонНиктоНеизвестныйНеизвестныйНеизвестныйЦитоплазмаПассивная диффузия
КафетерийвирусмикрозоопланктонНиктоНеизвестныйНеизвестныйНеизвестныйЦитоплазмаПассивная диффузия

Молекулярная биология [ править ]

Сообщается, что в геном вируса чечевицы интегрирован геном вирофага (Sputnik 2) и трансповирон - мобильный генетический элемент. Трансповироны представляют собой линейные элементы ДНК размером около 7 тысяч оснований, которые включают от шести до восьми генов, кодирующих белок, два из которых гомологичны генам вирофагов. Широкий спектр mimiviridae virophage позволяет его изоляцию с помощью мимивирус репортера. [15]

Клинический [ править ]

Мимивирусы связаны с пневмонией, но их значение в настоящее время неизвестно. [29] На сегодняшний день единственным вирусом этого семейства, выделенным от человека, является LBA 111. [30] В Иранском институте Пастера (Тегеран) исследователи идентифицировали ДНК мимивируса в бронхоальвеолярном лаваже (БАЛ) и образцах мокроты пациента-ребенка. с использованием ПЦР в реальном времени (2018). Анализ показал 99% гомологию LBA111, линии C Megavirus chilensis . [31] Поскольку до этого открытия было зарегистрировано всего несколько случаев, легитимность мимивируса как развивающегося инфекционного заболевания у людей остается спорным. [32] [33]

Мимивирус также вовлечен в ревматоидный артрит . [34]

См. Также [ править ]

  • Вирофаг

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c «Вирусная зона» . ExPASy . Дата обращения 15 июня 2015 .
  2. ^ а б ICTV. «Таксономия вирусов: выпуск 2014 г.» . Дата обращения 15 июня 2015 .
  3. ^ a b c d e Шульц, Фредерик; Ютин Наталья; Иванова Наталья Н .; Ortega, Davi R .; Ли, Тхэ Квон; Vierheilig, Julia; Даймс, Хольгер; Хорн, Матиас; Вагнер, Майкл (7 апреля 2017 г.). «Гигантские вирусы с расширенным набором компонентов системы перевода» (PDF) . Наука . 356 (6333): 82–85. Bibcode : 2017Sci ... 356 ... 82S . DOI : 10.1126 / science.aal4657 . ISSN 0036-8075 . PMID 28386012 .   , UCPMS ID: 1889607, PDF
  4. ^ а б Абрахао, Йонатас; Сильва, Лорена; Сильва, Людмила Сантос; Халил, Жак Яакуб Боу; Родригес, Родриго; Арантес, Талита; Ассис, Фелипе; Боратто, Пауло; Андраде, Мигель; Крун, Эрна Геессиен; Рибейро, Бергманн; Бергье, Иван; Селигманн, Эрве; Гиго, Эрик; Колсон, Филипп; Левассер, Энтони; Кремер, Гвидо; Рауль, Дидье; Скола, Бернар Ла (27 февраля 2018 г.). «Хвостатый гигант Тупанвирус обладает наиболее полным трансляционным аппаратом из известной виросферы» . Nature Communications . 9 (1): 749. Bibcode : 2018NatCo ... 9..749A . DOI : 10.1038 / s41467-018-03168-1 . PMC 5829246 . PMID  29487281 . Рис. 4 и § Обсуждение: «Учитывая, что тупанвирусы составляют сестринскую группу по отношению к амебным мимивирусам…»
  5. ^ Бэкстрем D, Yutin N, Йоргенсен SL, Dharamshi Дж, Хома Ж, Заремба-Niedwiedzka К, Спанг А, Вольф Ю.И., Кунин Е.В., Ettema т (2019). «Геномы вирусов из глубоководных отложений расширяют океанический мегавиром и подтверждают независимое происхождение вирусного гигантизма» . mBio . 10 (2): e02497-18. DOI : 10,1128 / mBio.02497-18 . PMC 6401483 . PMID 30837339 .  PDF
  6. ^ Сюзан-Монти, М; Ла Скола, B; Рауль, Д. (2006). «Геномные и эволюционные аспекты мимивируса». Virus Res . 117 (1): 145–155. DOI : 10.1016 / j.virusres.2005.07.011 . PMID 16181700 . 
  7. ^ Рауль, Д .; Audic, S; Роберт, C; Абергель, К; Renesto, P; Огата, Н; Ла Скола, B; Сьюзан, М; Claverie, JM (2004). «1.2-мегабазная последовательность генома мимивируса». Наука . 306 (5700): 1344–50. Bibcode : 2004Sci ... 306.1344R . DOI : 10.1126 / science.1101485 . PMID 15486256 . 
  8. ^ a b c Маттиас Г. Фишер; Майкл Дж. Аллен; Уильям Х. Уилсон; Кертис А. Саттл (2010). «Гигантский вирус с замечательным набором генов заражает морской зоопланктон» . Труды Национальной академии наук . 107 (45): 19508–13. Bibcode : 2010PNAS..10719508F . DOI : 10.1073 / pnas.1007615107 . PMC 2984142 . PMID 20974979 .  
  9. ^ ДР Гарза; CA Suttle (1995). «Большие двухцепочечные ДНК-вирусы, которые вызывают лизис морской гетеротрофной нанофлагелляты ( Bodo sp .), Встречаются в естественных морских вирусных сообществах» . Экология водных микробов . 9 (3): 203–210. DOI : 10,3354 / ame009203 .
  10. ^ а б Колсон П., Фурноус Г., Диен С. М., Рауль Д. (2013). «Использование кодонов, использование аминокислот, транспортная РНК и аминоацил-тРНК синтетазы в мимивирусах» . Интервирология . 56 (6): 364–75. DOI : 10.1159 / 000354557 . PMID 24157883 . 
  11. ^ a b c Gaia M, Бенамар S, Boughalmi M, Pagnier I, Croce O, Colson P, Raoult D, La Scola B (2014). «Замилон, новый вирофаг со специфичностью хозяина Mimiviridae» . PLoS ONE . 9 (4): e94923. DOI : 10.1371 / journal.pone.0094923 . PMC 3991649 . PMID 24747414 .  
  12. ^ a b c См. также Abrahão & et al. 2018 , рис. 4 на стр. 5
  13. ^ Desnues С, Ла Скола В, Yutin N, Fournous G, Роберт С, Azza S, Jardot P, S Monteil, Campocasso А, Кунин Е.В., Raoult D (октябрь 2012 г.). «Провирофаги и трансповироны как разнообразные мобиломы гигантских вирусов» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 109 (44): 18078–83. Bibcode : 2012PNAS..10918078D . DOI : 10.1073 / pnas.1208835109 . PMC 3497776 . PMID 23071316 .  
  14. ^ Yutin N, Вольф Ю.И., Кунин EV (октябрь 2014). «Происхождение гигантских вирусов из более мелких ДНК-вирусов, а не из четвертой области клеточной жизни» . Вирусология . 466–467: 38–52. DOI : 10.1016 / j.virol.2014.06.032 . PMC 4325995 . PMID 25042053 .  
  15. ^ a b Gaia M, Pagnier I, Campocasso A, Fournous G, Raoult D, La Scola B (2013). «Широкий спектр вирофага mimiviridae позволяет его изолировать с помощью репортера мимивируса» . PLoS ONE . 8 (4): e61912. DOI : 10.1371 / journal.pone.0061912 . PMC 3626643 . PMID 23596530 .  
  16. ^ Для LBA111 и мегавируса озера Повай см. Также Abrahão & et al. 2018 , рис. 4 на стр. 5
  17. ^ а б Чжан В, Чжоу Дж, Лю Т., Юй И, Пань И, Янь С, Ван И (октябрь 2015 г.). «Четыре новых генома водорослевых вирусов обнаружены в метагеномах Йеллоустонского озера» . Sci Rep . 5 : 15131. дои : 10.1038 / srep15131 . PMC 4602308 . PMID 26459929 .  
  18. ^ a b Deeg, CM; Чоу, ЭСТ; Саттл, Калифорния (2018). «Кинетопластид-инфицирующий вирус Bodo saltans (BsV), окно в самые распространенные гигантские вирусы в море» . eLife . 7 : e33014. DOI : 10.7554 / eLife.33014 . PMC 5871332 . PMID 29582753 .  
  19. ^ a b Джонатан Филе: Гигантские вирусы и их мобильные генетические элементы: гипотеза молекулярного симбиоза , в: Current Opinion in Virology, Volue 33, December 2018, pp. 81–88; bioRxiv  2018/04/11/299784
  20. ^ NCBI Полные геномы: вирусы , ищите 'Йеллоустонское озеро'
  21. ^ Монируззаман, Мохаммед; LeCleir, Gary R .; Браун, Кристофер М .; Гоблер, Кристофер Дж .; Bidle, Kay D .; Уилсон, Уильям Х .; Вильгельм, Стивен В. (2014). «Геном вируса коричневого прилива (AaV), маленького гиганта Megaviridae, проливает свет на расширение генома NCLDV и коэволюцию вируса хозяин» . Вирусология . 466–467: 60–70. DOI : 10.1016 / j.virol.2014.06.031 . PMID 25035289 . 
  22. ^ Schvarcz CR, Steward GF (май 2018). «Гигантский вирус, поражающий зеленые водоросли, кодирует ключевые гены ферментации» . Вирусология . 518 : 423–433. DOI : 10.1016 / j.virol.2018.03.010 . PMID 29649682 . Краткое содержание - ScienceDaily . 
  23. ^ Кунин Е.В., Krupovic M, Yutin N (апрель 2015). «Эволюция двухцепочечных ДНК-вирусов эукариот: от бактериофагов до транспозонов и гигантских вирусов» . Анна. NY Acad. Sci . 1341 : 10–24, см. Рисунок 3. Bibcode : 2015NYASA1341 ... 10K . DOI : 10.1111 / nyas.12728 . PMC 4405056 . PMID 25727355 .  
  24. ^ Yutin N, P Колсон, Raoult D, Кунин EV (апрель 2013). «Mimiviridae: кластеры ортологичных генов, реконструкция эволюции репертуара генов и предлагаемое расширение семейства гигантских вирусов» . Virol. Дж . 10 : 106. DOI : 10,1186 / 1743-422X-10-106 . PMC 3620924 . PMID 23557328 .  
  25. ^ Блог Каролины Рейес, Кеннет Стедман: являются ли вирусы Phaeocystis globosa (OLPG) и фикоднавирус органического озера частью Phycodnaviridae или Mimiviridae? , на ResearchGate, 8 января 2016 г.
  26. Перейти ↑ Maruyama F, Ueki S (2016). «Эволюция и филогения крупных ДНК-вирусов, Mimiviridae и Phycodnaviridae, включая недавно охарактеризованный вирус Heterosigma akashiwo » . Front Microbiol . 7 : 1942. DOI : 10,3389 / fmicb.2016.01942 . PMC 5127864 . PMID 27965659 .  
  27. ^ Ghedin E, Claverie JM (август 2005). «Родственники мимивирусов в Саргассовом море» . Virol. Дж . 2 : 62. Bibcode : 2005q.bio ..... 4014G . DOI : 10.1186 / 1743-422X-2-62 . PMC 1215527 . PMID 16105173 .  
  28. ^ Монье A, Claverie JM, Огата H (2008). «Таксономическое распределение крупных ДНК-вирусов в море» . Genome Biol . 9 (7): R106. DOI : 10.1186 / GB-2008-9-7-R106 . PMC 2530865 . PMID 18598358 .  
  29. ^ Saadi H, Pagnier I, Colson P, Cherif JK, Beji M, Boughalmi M, Azza S, Armstrong N, Robert C, Fournous G, La Scola B, Raoult D (август 2013). «Первое выделение мимивируса у больного пневмонией» . Clin. Заразить. Dis . 57 (4): e127–34. DOI : 10.1093 / CID / cit354 . PMID 23709652 . 
  30. ^ Yoosuf N, Pagnier I, Fournous G, Роберт С, Ла Скола В, D Raoult, Колсон Р (апрель 2014). «Полная последовательность генома вируса Courdo11, члена семейства Mimiviridae». Гены вирусов . 48 (2): 218–23. DOI : 10.1007 / s11262-013-1016-х . PMID 24293219 . 
  31. ^ Сахаи, Фатемех; Вазири, Фарзам; Бахрамали, Гольназ; Давар Сиадат, Сейед; Фатех, Абольфазл (октябрь 2020 г.). «Легочная инфекция, связанная с мимивирусом, у пациентов с первичной цилиарной дискинезией» . Возникающие инфекционные заболевания . Vol. 26, № 10: 2524–2526. doi : 10.3201 / eid2610.191613 - через www.cdc.gov/eid.
  32. ^ Ла Скола, Бернар; Марри, Томас Дж .; Оффре, Жан-Пьер; Рауль, Дидье (март 2005 г.). «Мимивирус у больных пневмонией» . Возникающие инфекционные заболевания . 11 (3): 449–452. doi : 10.3201 / eid1103.040538 - через Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
  33. ^ Саади, Ханене; Паньье, Изабель; Колсон, Филипп; Канун Шериф, Джуда; Беджи, Маджед; Бугалми, Мондхер; Азза, Саид; Армстронг, Николас; Роберт, Кэтрин; Фурнус, Гислен; Ла Скола, Бернар (24 мая 2013 г.). «Первое выделение мимивируса у больного пневмонией» . Клинические инфекционные болезни . 57 (4): e127 – e134. DOI : 10.1093 / CID / cit354 . PMID 23709652 - через Oxford Academic. 
  34. ^ Шах, Н .; Hulsmeier, AJ; Hochhold, N .; Neidhart, M .; Гей, С .; Хеннет, Т. (2013). «Воздействие коллагена мимивируса способствует развитию артрита» . Журнал вирусологии . 88 (2): 838–45. DOI : 10,1128 / JVI.03141-13 . PMC 3911627 . PMID 24173233 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Вирусная зона : Mimiviridae
  • ICTV