Сын Эндрю Бальфура из Montquhanny , он получил образование для юридической ветви церкви Шотландии .
Бальфур был причастен к убийству кардинала Битона и осаде замка Сент-Эндрюс . В июне 1547 года, после захвата замка французскими войсками, он был приговорен к рабству на галерах вместе с Джоном Ноксом и другими, захваченными в Сент-Эндрюс , Файф. Он был освобожден в 1549 году, осудил протестантизм, поступил на службу к Марии де Гиз и был награжден важными юридическими назначениями.
Впоследствии он присоединился к Lords of the Congregation , группе протестантской знати, которая выступала против брака молодой Марии, королевы Шотландии , с дофином Франции (позже ставшим Франсуа II Франции ), но предала свои планы.
После прибытия Марии в Шотландию он стал одним из ее секретарей, а в 1565 году был объявлен ее самым большим фаворитом после Давида Риццио . Он получил пасторство Флиска в Файфе в 1561 году, был назначен чрезвычайным лордом сессии , а в 1563 году одним из комиссаров суда, который теперь занял место бывшего церковного трибунала . В 1565 году он стал тайным советником , а в 1566 году лордом-клерком реестра и был посвящен в рыцари.
По словам Мэри, его убийство было запланировано вместе с убийством Риццио в 1566 году. Сторонник Ботвелла, он был глубоко замешан в убийстве лорда Дарнли , хотя и не присутствовал при совершении преступления. С его помощью Дарнли поселился в Кирк-о-Филд, доме его братьев. Предполагалось, что он внес залог в замке Крейгмиллар за убийство; он подписал его, был составлен Ботвеллом при заместителе губернатора Эдинбургского замка [ 1] и, как говорят, составил брачный договор между Ботвеллом и Мэри. Однако когда стало ясно, что падение Ботвелла неминуемо, он быстро перешел на другую сторону и сдал замок Джеймсу Стюарту, графу Морей., предусматривая его помилование за убийство Дарнли, сохранение монастыря Питтенвим и денежное вознаграждение. Он был назначен лордом-председателем Сессионного суда после ухода в отставку с поста лорда-клерка . Он присутствовал в битве при Лэнгсайде и был обвинен в том, что посоветовал Марии покинуть замок Данбар на ее погибель, а также в том, что он предал ее врагам Письма из ларца . Однако в том же году вследствие возобновившихся интриг с фракцией Мэри он был уволен, а в следующем году заключен в тюрьму по обвинению в соучастии в убийстве Дарнли.
Он сбежал с помощью взятки, которую, как говорят, заплатил, перехватив деньги, отправленные из Франции на помощь Марии. В августе 1571 года, во время регентства Мэтью Стюарта, 4-го графа Леннокса , против него был принят акт о конфискации, но в следующем году он снова разыгрывал предателя и раскрыл секреты своей партии Джеймсу, Дугласу, графу Мортону . Он получил помилование от Мортона в 1573 году и в том же году договорился об умиротворении Перта. Не доверяя всем партиям, он бежал во Францию, где, по-видимому, оставался до 1580 года. В 1579 году его конфискация была продлена актом парламента. В январе 1580 года он написал Марии, предлагая ей свои услуги, а в июне сделал аналогичное предложение английской королеве Елизавете I , в котором критиковал влияниеиезуитов , и предложил совершить поездку в Дьепп , чтобы присутствовать на протестантских службах.