Кари Стефанссон [а] (или Кари Стефанссон ; родился 6 апреля 1949 года) [1] - исландский невролог, основатель и генеральный директор биофармацевтической компании deCODE genetics из Рейкьявика . В Исландии он первым применил популяционную генетику, чтобы понять вариации в последовательности генома человека. Его работа была сосредоточена на том, как генерируется геномное разнообразие, и на открытии вариантов последовательностей, влияющих на восприимчивость к распространенным заболеваниям. Этот популяционный подход послужил моделью для национальных геномных проектов по всему миру и способствовал реализации нескольких аспектов точной медицины. [2] [3]
Кари Стефанссон | |
---|---|
Родившийся | |
Альма-матер | Исландский университет |
Известен | Популяционная генетика |
Супруг (а) | Valgerður Ólafsdóttir (1970-настоящее время) |
Дети | 3 |
Награды | Избран в Национальную академию наук; Премия Уильяма Аллана; Премия Андерса Яре; Медаль Ганса Кребса |
Веб-сайт | www |
ранняя жизнь и образование
Стефанссон родился в 1949 году в Рейкьявике , Исландия . [4] Он был второй младшим из пяти детей Сольвейг Halldórsdóttir и стефановского Йонссон , видного радио личности, писатель и демократического социалистического члена парламента. [5] Он закончил среднее образование в колледже Рейкьявика и получил степень доктора медицины в 1976 году и доктора медицинских наук . в 1986 году из Исландского университета .
Академическая карьера
После стажировки в Национальной больнице Исландии он отправился в Чикагский университет, чтобы работать под руководством Барри Арнасона (по совпадению канадца исландского происхождения ). Там он закончил ординатуру по неврологии и невропатологии , а в 1983 году поступил на факультет. В 1993 году он был назначен профессором неврологии, невропатологии и нейробиологии в Гарвардском университете и начальником отделения невропатологии в больнице Бет Исраэль в Бостоне . Находясь в Бостоне , он и его коллега Джеффри Гулчер решили вернуться в Исландию, чтобы провести генетические исследования для определения риска рассеянного склероза . [6] Стефанссон оставил обе должности в 1997 году после того, как основал deCODE и вернулся в Рейкьявик. [7] С 2010 года он занимал должность профессора медицины в Исландском университете. [8] Он сертифицированный невролог и невропатолог в Исландии и США. [9]
От биологии к генетике
Академическая работа Стефанссона была сосредоточена на нейродегенеративных заболеваниях. [10] Биологический подход к этому исследованию включал попытку составить карту сложных процессов, используя ограниченные образцы, в основном ткани мозга умерших пациентов. Несмотря на то, что Стефанссон постоянно публиковался, он был разочарован темпами прогресса и часто не знал, были ли белки, которые он характеризовал, участвовали в возникновении болезни или в результате процесса болезни. [11] Он и его коллеги поставили под сомнение даже принятое определение рассеянного склероза (РС) как аутоиммунного заболевания. [12]
Когда его перевели из Чикаго в Гарвард, Стефанссон, как и многие другие ученые-медики, начал думать, что геном может стать лучшей отправной точкой для таких исследований, чем биология. Гены кодируют белки, поэтому выявление генов и конкретных генетических вариаций, которые пациенты имеют тенденцию разделять чаще, чем здоровые люди, должно обеспечить точку опоры в патогенезе болезни. [13] При этом они могут указывать на биологически релевантные мишени для новых лекарств и прогностической диагностики. [14]
Однако в середине 1990-х инструменты считывания последовательности генома были примитивными. Данных было мало, и их было дорого получать, и на раннем этапе проекта «Геном человека» главной задачей была разработка более эффективных методов. [15] Между тем, одним из решений было использование генетики - того, как геном смешивается и передается от одного поколения к другому - как средство получения дополнительной информации из имеющихся данных. [16] Братья и сестры разделяют половину своих геномов; но кузены - один восьмой, троюродный брат - один тридцать второй и т. д. Таким образом, изучение пациентов, связанных расширенными генеалогиями, должно позволить более эффективно находить унаследованный компонент любого фенотипа или признака , даже с использованием маркеров с низким разрешением.
Обратно в Исландию
Важный вопрос заключался в том, можно ли и где найти такие расширенные родословные. Многим ведущим генетикам не приходило в голову спрашивать об общих заболеваниях. [17] Будучи исландцем, Стефанссон не понаслышке знал о страсти страны к генеалогии, он вырос и прошел обучение в национальной системе здравоохранения. В 1995 году он и его коллега и бывший аспирант Джеффри Гулчер решили поехать в Исландию, чтобы изучать рассеянный склероз. Работая с врачами национальной системы здравоохранения, они идентифицировали сотни пациентов и родственников, которые сдали им образцы крови для начала исследования. Как исландцы, они были почти по определению родственниками, и благодаря национальному времяпрепровождению генеалогии эти отношения могли быть установлены.
Когда Стефанссон и Гулчер вернулись в Бостон, их предложение о предоставлении гранта было отклонено Национальным институтом здравоохранения , у которого не было достаточного опыта финансирования работы с пациентами, находящимися в отдаленном родстве. Но Стефанссон увидел в Исландии потенциал для использования того же подхода для поиска генетической составляющей практически любого распространенного заболевания. [18] Это выходило за рамки академической лаборатории, и он связался с фирмами венчурного капитала, чтобы выяснить, может ли такое предприятие финансироваться как частная компания. Летом 1996 года он привлек 12 миллионов долларов от нескольких американских венчурных фондов для создания генетики deCODE. [19] Он и Гулчер переехали в Исландию, чтобы начать работу, и ушли в отставку в Гарварде в следующем году. [20]
deCODE и популяционный подход
Стефанссон задумывал deCODE как предприятие промышленного масштаба в области генетики человека. В отличие от преобладающей академической модели ученых, выполняющих отдельные проекты в своих отдельных лабораториях, он предложил собирать и генерировать как можно больше генеалогических, медицинских и геномных данных от всего населения. Используя биоинформатику и статистику, deCODE может затем объединить и проанализировать все эти данные вместе для корреляции между вариациями в последовательности и любым заболеванием или признаком, практически без гипотез. [21] Бизнес-модель заключалась в том, чтобы финансировать эти усилия через партнерство с фармацевтическими компаниями, которые будут использовать открытия для разработки новых лекарств. [22]
Исландия располагала источниками данных, необходимыми для этого «демографического подхода»: высококачественной системой здравоохранения с одним плательщиком; относительно однородная популяция, что сделает поиск вариантов заболевания менее сложным; [23] образованные граждане, готовые предоставить ДНК, медицинскую и медицинскую информацию для исследований; и, что самое главное, всеобъемлющие национальные генеалогии. [24] Мэри Клэр Кинг , которая использовала семейные родословные для выявления BRCA1 при раке груди, была среди ученых, осознавших потенциал этих записей. Как она сказала жителю Нью-Йорка, «возможность проследить генеалогию целой нации на протяжении тысячи лет ... и получить образцы крови и тканей здоровых живых людей ... может стать одним из сокровищ современной медицины. " [25]
С самого начала практически все в стратегии Стефанссона было бездоказательным или противоречивым. Сообщество геномиков все еще было далеко от создания первой последовательности генома человека; он предлагал систему данных для добычи сотен тысяч геномов. Гены, связанные с более редкими синдромами, были обнаружены в изолированных семьях на Сардинии, Ньюфаундленде, Финляндии и других местах, а вариант BRCA2 был обнаружен в Исландии, но он хотел изучить наиболее распространенные проблемы общественного здравоохранения. [26] Wall Street Journal назвал это предприятие «большой авантюрой», сославшись на известных ученых, что «на сегодняшний день нет научных доказательств того, что исследователи могут расшифровать генетику сложной болезни среди населения Исландии или любой другой страны». [27] И deCODE была частной компанией, которая рассматривала целую страну в качестве единицы исследования с беспрецедентным уровнем общественного участия и участия, которое влечет за собой это.
Наибольшую полемику вызвало предложение Стефанссона в 1997 году создать базу данных копий медицинских записей из национальной службы здравоохранения для корреляции с генеалогическими и геномными данными. [28] При поддержке подавляющего большинства общественности и членов парламента в 1998 г. был принят Закон о базе данных сектора здравоохранения, разрешающий создание такой базы данных и лицензирование ее для коммерческого использования. Однако группа местных жителей решительно выступила против него. ученые и врачи, а также многие международные специалисты по биоэтике. [29] Противники Исландской базы данных по сектору здравоохранения (IHD) возражали против использования общедоступных данных частным предприятием и против предполагаемого согласия в качестве модели использования медицинских записей в исследованиях. Они утверждали, что проект ставит под угрозу конфиденциальность данных людей, душит научную свободу, и в целом не одобряли новую модель биомедицинских инноваций, финансируемую венчурными предприятиями, которую представляет deCODE. [30]
В сотнях интервью и статей Стефанссон подвергался нападкам - и столь же энергично защищался - IHD и его более широкому подходу. [31] Он утверждал, что deCODE не подменяет традиционные источники данных или исследователей, а создает новую шкалу ресурсов и возможностей, в том числе для службы здравоохранения; приносить пользу сообществу за счет репатриации и использования исландских ученых в передовых областях; и соблюдение международных норм согласия при установлении новых стандартов в крупномасштабных исследованиях под надзором государственных органов по биоэтике и защите данных и новых протоколов защиты данных и конфиденциальности. [32] Критики в то время остались неубедительными. Специалист по биоэтике из Стэнфорда Хэнк Грили просто пришел к выводу, что «исландская модель не является хорошим прецедентом для подобных исследований в другом месте». [33]
Научный вклад
Возможность популяционной генетики и национальных геномных проектов
Как архитектор, научный руководитель и публичное лицо deCODE, Стефанссон внес фундаментальный вклад в демонстрацию того, что геномика может быть реализована в национальном масштабе, и в том, чтобы предоставить наглядный пример того, как это сделать. [34] К тому времени, когда Human Genome Project и Celera опубликовали свой проект последовательностей человеческого генома в 2001 году, его видение популяционной генетики уже сформировалось и привело к ранним открытиям вариаций последовательностей, связанных с болезнями, эволюцией человека и историей популяции. [35] [36] В 2002 году deCODE использовала свои возможности в Исландии для публикации генетической карты генома, которая использовалась для завершения окончательной сборки эталонной последовательности генома человека. [37] К середине десятилетия даже бывшие критики признали, что то, что Стефанссон создавал в Исландии посредством полностью согласованного индивидуального участия и сбора данных, действительно было важным примером для перспективных геномных проектов в Великобритании, США, Канаде, Швеции, Эстонии и других странах, и к основанию новых институтов, таких как Институт Броуда. [38] [39]
Одним из столпов успеха стратегии Стефанссона была его способность убедить десятки тысяч людей добровольно принять участие в исследовании deCODE, а также связать и проанализировать свои данные с помощью генеалогий. В рамках раннего партнерства с местным разработчиком программного обеспечения Фридриком Скуласоном была создана компьютеризированная национальная генеалогическая база данных, которая объединила всех живущих исландцев и включила большинство людей, которые когда-либо жили в Исландии за последние одиннадцать столетий. [40] В 2003 году одна версия этой базы данных, получившая название Íslendingabók, была сделана в свободном доступе в сети для всех, у кого есть исландский национальный идентификационный номер, и ею ежедневно пользуются тысячи граждан. [41] Версия, использованная в исследовании, заменяет имена зашифрованными личными идентификаторами, контролируемыми Комиссией по защите данных Исландии. Это позволяет анонимно создавать родословные, связывающие генетические и фенотипические данные любой группы людей. Стефанссон и Гулчер опубликовали структуру этой системы защиты данных для использования в других геномных проектах. [42]
Основным способом привлечения для участия в исследовании deCODE было сотрудничество с врачами службы здравоохранения, которые составляли списки пациентов с различными заболеваниями, которых затем приглашали принять участие. Участие предполагает не только письменное информированное согласие, но и заполнение анкет о состоянии здоровья; прохождение подробного клинического обследования и измерений; и сдача крови для выделения ДНК; все это происходит в специальной клинике и требует от участников нескольких часов для выполнения. [43] IHD так и не был создан, его научное и деловое обоснование в значительной степени вытеснилось реакцией исландцев, которые предоставляли свои данные один за другим. [44] К 2003 году, когда около 95% людей попросили об участии и согласились на это, более 100 000 человек принимали участие в исследовании одной или нескольких из трех дюжин болезней. [45] К 2007 году это число выросло до 130 000 человек; [46], а к 2018 г. - более 160 000 человек. Это примерно 70% всех взрослых граждан, у 60 000 из которых были секвенированы полные геномы. [47]
На каждом последующем этапе технологии считывания генома - от микросателлитных маркеров до SNP и полногеномного секвенирования - это участие уникально как доля населения, а также постоянно включает одну из крупнейших в мире коллекций геномных данных в абсолютном выражении. термины. [48] Используя генеалогии, deCODE может вменять данные последовательности всей популяции, давая единый зашифрованный, обрабатываемый набор данных из более чем 300 000 полных геномов. [49]
Открытия и публикации
Руководя своими коллегами по deCODE, которые постоянно создавали и повторно запрашивали эти наборы данных о населении, Стефанссон постоянно вносил вклад в понимание того, как генерируются вариации в последовательности генома, и их влияние на здоровье и болезни. Майлз Акстон, давний редактор журнала Nature Genetics , отметил на праздновании 20-летия deCODE, что это руководство поставило deCODE и Исландию «в авангарде революции, которая принесла многое из того, что было обещано при картировании генома человека». [50]
Эти открытия, инструменты и наблюдения были представлены научному сообществу в сотнях научных публикаций. Стефанссон руководит и контролирует все исследования в deCODE и является старшим автором его статей, а руководители проектов и групп являются первыми авторами и соавторами, привлеченными из сотен местных и международных учреждений и организаций, с которыми deCODE сотрудничает. [51] Многие из них представляют собой значительный вклад в эту область, и Стефанссон и несколько его коллег по deCODE неизменно входят в число наиболее цитируемых ученых в области генетики и молекулярной биологии. [52]
Генерация человеческого разнообразия и механизмы эволюции
В более чем дюжине крупных статей, опубликованных за почти двадцать лет, Стефанссон и его коллеги использовали свой целостный взгляд на всю популяцию, чтобы построить новую картину генома человека как системы передачи информации. Они предоставили подробное представление о том, как геном использует рекомбинацию , мутацию de novo и преобразование генов для стимулирования и создания собственного разнообразия, но в определенных пределах.
В 2002 году deCODE опубликовала свою первую карту рекомбинации генома человека. Он был сконструирован с использованием 5000 микросателлитных маркеров и выдвинул на первый план 104 поправки к черновому варианту сборки генома в рамках проекта «Геном человека», что сразу повысило точность черновика с 93 до 99%. Но с точки зрения эволюционной биологии он в новых деталях продемонстрировал неслучайное расположение рекомбинаций - перестановку генома, которая влияет на образование яйцеклеток и сперматозоидов, - и что женщины рекомбинируют в 1,6 раза больше, чем мужчины. [53]
Затем они показали, что женщины старшего возраста рекомбинируют чаще, чем молодые женщины; что более высокая рекомбинация коррелирует с более высокой фертильностью; [54] и что большая инверсия на хромосоме 17 в настоящее время находится в процессе положительного эволюционного отбора в европейских популяциях, причем носители имеют более высокие уровни рекомбинации и фертильности, чем не-носители. [55] Вторая карта рекомбинации, опубликованная в 2010 году, использовала 300 000 SNP и выявила различные горячие точки рекомбинации между женщинами и мужчинами, а также новые генетические вариации, которые влияют на скорость рекомбинации, и это происходит по-разному в европейских и африканских популяциях. [56]
Эта карта также показала, что в то время как женщины ответственны за большую часть рекомбинации, мужчины генерируют основную часть мутаций de novo . В широко обсуждаемой статье 2012 года они продемонстрировали, что количество таких мутаций - вариантов, которые появляются в геномах детей, но не наследуются ни от одного из родителей, - увеличивается с возрастом отцов и представляют собой основной источник редких детских болезней. [57] Подробный анализ различных типов и распределения материнских и отцовских мутаций de novo был опубликован в 2017 году, [58] и последующая статья продемонстрировала, как мутации de novo могут передаваться от родителей. [59]
Третий источник геномного разнообразия, конверсии генов , трудно обнаружить, кроме как при просмотре очень обширных генеалогий. deCODE объединил геномные и генеалогические данные примерно 150 000 человек, чтобы продемонстрировать, что этот процесс, как и кроссоверная рекомбинация, более распространен у женщин; зависит от возраста; и что преобразования мужских и женских генов имеют тенденцию быть взаимодополняющими по типу, так что они сдерживают друг друга. [60] В 2019 году deCODE использовал генеалогии, большое количество полных геномных последовательностей (WGS), которые он завершил в предыдущие годы, и данные генотипирования большинства населения, чтобы опубликовать третью рекомбинационную карту генома. Это первая карта, созданная с использованием данных WGS, и, как и предыдущие карты, она была открыта для глобального научного сообщества. [61]
Вклады в историю популяции и генетическую антропологию включают новаторские работы по скорости и механизмам мутаций в митохондриях и Y-хромосоме; [62] сравнение древней ДНК с современной; [63] характеристика соответствующих норвежских и кельтских корней митохондрий и Y-хромосом в исландской популяции; [64] наблюдения феномена генетического дрейфа, когда изолированная популяция со временем расходится с исходными популяциями; [65] взаимосвязь между родством и плодородием; [66] влияние структуры популяции на варианты, связанные с заболеванием, и наоборот, [67] и популяционный каталог нокаутов среди людей, людей, у которых отсутствуют определенные гены. [68]
В 2018 году deCODE использовал свои возможности для реконструкции генома Ханса Джонатана , одного из первых исландцев африканского происхождения. Он иммигрировал в Исландию в 1802 году, и его геном был реконструирован из фрагментов геномов 180 из почти 800 его живых потомков, прослеженных через Ослендингабок . [69]
Генетика общих болезней и признаков
Стефанссон, вероятно, наиболее известен тем вкладом, который он и его коллеги из deCODE внесли в открытие генетических вариаций, связанных с риском заболевания и рядом других черт. Популяционный подход - масштаб и широта ресурсов и акцент на кросс-майнинг разрозненных наборов данных - был ключом к этой производительности. Это позволяет использовать как широкие, так и строгие определения фенотипов, быстро проверять идеи, а ученым, работающим с deCODE, следить за тем, куда ведут данные, а не за своими собственными гипотезами. [70] Это привело к целому ряду открытий, которые связывают болезни и иногда используют генетику даже для необычного переопределения фенотипов, и Стефанссон потратил много времени, объясняя эти открытия и их полезность научным и непрофессиональным СМИ. Как правило, открытия, сделанные в Исландии, публикуются вместе с проверкой на других популяциях. И наоборот, deCODE часто использовал свои ресурсы для проверки открытий, сделанных в других местах. Среди этих открытий, наиболее заслуживающих внимания, по болезни и по признакам:
Болезнь Альцгеймера
В 2012 году был открыт вариант гена APP , который защищает носителей от болезни Альцгеймера (БА) и защищает пожилых людей от когнитивных нарушений. Он широко цитируется и используется для информирования о разработке ингибиторов BACE1 в качестве потенциальных методов лечения. [71] Стефанссон и команда deCODE также обнаружили варианты в генах TREM2 и ABCA7, которые увеличивают риск БА. [72]
Шизофрения, другие психические расстройства, познание
Стефанссон и его команда использовали обширные наборы данных компании и связи между заболеваниями и характеристиками, чтобы обнаружить новые варианты риска психических заболеваний, а также улучшить понимание нарушений, которые определяют эти состояния и природу самого познания. Исследования, проведенные в начале 2000-х годов, выявили участие гена Neuregulin 1 в шизофрении, что привело к существенным исследованиям этого нового пути. [73] В течение следующих пятнадцати лет они использовали стандартные GWAS и сниженную плодовитость в качестве промежуточного фенотипа для определения SNP и вариаций числа копий (CNV), связанных с риском шизофрении и других расстройств; [74] они продемонстрировали, что генетические факторы риска шизофрении и аутизма вызывают когнитивные нарушения даже у контрольных субъектов; [75] они связали шизофрению, биполярное расстройство как с творческими способностями, так и с риском зависимости; [76] они определили генетические варианты, связанные с уровнем образования и детскими познаниями; [77] и продемонстрировали, что эти варианты в настоящее время находятся под негативным эволюционным отбором. [78] При рассмотрении общих психических расстройств, когнитивных процессов и черт в популяции, эта работа способствовала нынешнему пониманию этих состояний не как отдельных фенотипов, а как связанных через нарушение фундаментальных когнитивных функций.
Рак
Стефанссон и его коллеги сделали множество новаторских открытий вариантов генома, создающих риск многих распространенных видов рака. Они сыграли роль в формировании общепринятой новой парадигмы понимания рака: его следует определять, по крайней мере, в молекулярных терминах, как и в том, где он возникает в организме. deCODE опубликовал целостные доказательства этого в семейной совокупности всех видов рака, диагностированных у кого-либо в Исландии за пятьдесят лет, а также в других совокупных исследованиях. [79] С помощью базовой генетики они продемонстрировали, что в то время как одни локальные злокачественные опухоли группируются в семьи, другие группируются неспецифично, указывая на общие молекулярные причины. Они обнаружили, что локус хромосомы 8q24 несет в себе варианты риска для многих типов рака [80], а варианты в генах TERT, TP53 и LG24 - как факторы риска для множественного рака. [81]
deCODE обнаружил ряд вариантов последовательности, связанных с риском рака простаты (а также с защитным вариантом), [82] раком груди, [83] меланомой и базальноклеточным раком, [84] раком щитовидной железы, [85] раком мочевого пузыря. , [86] рак яичников, [87] почечно-клеточный рак, [88] рак желудка, [89] рак яичек, [90] рак легкого, [91] и клональный гемопоэз. [92] Три исследования в течение почти десятилетия продемонстрировали эффективность наборов данных о населении в Исландии, показав, что как распространенные, так и редкие варианты, связанные с повышенной никотиновой зависимостью, и количество выкуриваемых сигарет в день также являются фактором риска рака легких и периферических артерий. болезнь; то есть генетическая предрасположенность к курению одновременно является фактором риска заболеваний, связанных с курением. [93]
Сердечно-сосудистые заболевания
Стефанссон и его группа исследователей сердечно-сосудистой системы работали с сотрудниками по всему миру, чтобы обнаружить общие и редкие варианты, связанные с риском фибрилляции предсердий, [94] ишемической болезни сердца (ИБС), [95] инсульта, [96] заболеваний периферических артерий, [97] ] синдром слабости синусового узла [98], а также аневризмы аорты и внутричерепной аневризмы. [99] Среди недавних открытий, заслуживающих внимания, - редкий вариант гена ASGR1 , который обеспечивает существенную защиту от ишемической болезни сердца, основной причины смерти в развитых странах. [100] Это открытие используется при открытии и разработке лекарств в Amgen . [101] Другое очень крупное исследование, анализирующее данные клинической и полногеномной последовательности примерно 300 000 человек, обнаружило более десятка относительно редких вариантов, соответствующих повышенному уровню холестерина. Однако генетическая связь с риском ИБС позволила по-новому взглянуть на то, как холестерин связан с сердечными заболеваниями. Они сообщили, что измерение холестерина не-ЛПВП (так называемого «хорошего холестерина») лучше отражает риск, чем измерение холестерина ЛПНП (или «плохого»), что в настоящее время является стандартной практикой. [102]
Диабет и другие признаки и состояния
deCODE обнаружил связь между диабетом 2 типа (T2D) и вариантами гена TCF7L2 [103], наиболее важного из известных известных генетических факторов риска, а также вариантами CDKAL1 и других генов, связанных с ответом на инсулин, и как повышенным, так и пониженным риском nT2D. [104] Команда deCODE внесла вклад в понимание генетической изменчивости, влияющей на ряд других заболеваний и признаков, включая глаукому; [105] менархе; [106] эссенциальный тремор; [107] восприимчивость к туберкулезу; [108] высота; [109] экспрессия гена; [110] пигментация волос, глаз и кожи; [111] стеноз аортального клапана; [112] риносинусит; [113] и десятки других.
Сообщается, что в 2014 году Стефанссон удивил Дэвида Альтшулера, тогдашнего заместителя директора Broad Institute, который зашел в deCODE на обратном пути из Финляндии и Швеции. Альтшулер руководил исследованиями СД2 и обнаружил редкий вариант, который, казалось, защищает от развития болезни даже тех, кто имеет все общие факторы риска, связанные с образом жизни. Стефанссон позвонил одному из руководителей своей группы и попросил его проверить поиск ассоциации в данных deCODE. В течение нескольких минут они подтвердили, что у исландцев не было точного варианта, обнаруженного командой Альтшулера, но у исландцев был другой в том же гене, который явно защищал от СД2. [114] Команда deCODE затем добавила свой вариант в статью, опубликованную в Nature Genetics. [115]
Государственно-частное сотрудничество и развитие точной медицины
Дизайн и лидерство Стефанссона в deCODE как частном предприятии, построенном на науке массового участия, способствовали появлению новых моделей взаимодействия, разработки продуктов и государственно-частного партнерства в медицинских исследованиях.
Хотя deCODE является первым и наиболее полным национальным геномным проектом в мире, он никогда не финансировался государством. Это всегда был бизнес, основанный на добровольном участии граждан и врачей национальной системы здравоохранения в качестве партнеров в научных открытиях. Эти отношения между гражданами и частным предприятием, которые казались Стефанссон логичными, противоречащими здравому смыслу и не нравящимися некоторым, становятся все более распространенными. [116] Одним из факторов, лежащих в основе ее успеха и активного участия в Исландии, является явно национальная гордость, превратившая небольшие размеры страны и историческую изоляцию в уникальное преимущество в важной области. Другая причина заключается в том, что открытия применяются для создания и продажи реальных продуктов для улучшения медицины и здоровья. В интервью 2017 года бывший президент Исландии Вигдис Финнбогадоттир выразила общее мнение: «Если исландцы могут внести свой вклад в здоровье мира, я более чем горжусь. Я благодарен». [117]
Персональная геномика и диагностика риска заболеваний
Судьба deCODE как бизнеса была непростой, но Стефанссон всегда явно работал над тем, чтобы превратить свои открытия в полезные с медицинской точки зрения и коммерчески успешные продукты. Некоторые из них были в высшей степени инновационными и открыли путь для новых отраслей и рынков. Спустя годы после того, как leslendingabok разместил генеалогии исландцев в Интернете, Genographic Project и такие компании, как MyHeritage , FamilyTreeDNA и Ancestry, запустили веб-сайты, чтобы люди во всем мире могли попытаться использовать генетику для построения своих генеалогий. [118] В ноябре 2007, Decode начал deCODEme, первый персональный геномики обслуживание, а затем на следующий день Google -backed 23andme . [119] deCODEme включила шкалу полигенного риска, основанную главным образом на ее открытиях, для измерения индивидуальной предрасположенности к десяткам распространенных заболеваний. Этому подходу придерживались 23andMe и другие. Опубликованные deCODE маркеры риска обеспечивают наиболее тщательно проверенную основу для всех подобных сервисов. [120]
Стефанссон также руководил deCODE выводом на рынок клинических тестов на полигенный риск диабета 2 типа, сердечного приступа, рака простаты, а также фибрилляции предсердий и инсульта. [121] Маркетинг этих продуктов и deCODEme прекратился из-за финансовых проблем компании в 2011 году, но недавние громкие исследования, проведенные в Массачусетской больнице общего профиля, возродили интерес к тестированию на полигенный риск с медицинской точки зрения. В этих тестах используется больше маркеров и новые алгоритмы, чтобы развить варианты риска и подход, впервые примененный в Исландии для тех же болезней. [122]
Открытие лекарств
Тем не менее, главной целью Стефанссона всегда было использование генома для разработки лучших лекарств. За годы до того, как прецизионная медицина стала общим термином, он хотел заложить ее основу: найти и подтвердить лекарственные цели, лежащие в путях распространения болезни, а не полагаться на метод проб и ошибок в медицинской химии [123], и иметь возможность тестировать и назначать лекарства для лечения заболеваний. пациенты, вероятно, ответят хорошо. [124] Это решает давние проблемы производительности при разработке лекарств, и Стефанссон финансировал компанию в основном за счет партнерства с фармацевтическими компаниями. Сделка с компанией Roche по открытию гена и цели на 200 миллионов долларов в 1998 году была ранним признаком интереса отрасли к геномике для создания лучших лекарств. [125] Были созданы другие партнерские отношения с Merck, Pfizer, Astra Zeneca и другими. В середине 2000-х компания ввела в клиническую разработку несколько своих собственных соединений, но не имела финансовых ресурсов для продолжения их разработки после банкротства и реструктуризации в 2009 году. [126]
Безусловно, самым долгим, глубоким и продуктивным партнерством было сотрудничество с Amgen. В 2012 году Amgen купила deCODE за 415 миллионов долларов. С тех пор он действует как полностью находящаяся в собственности, но вполне независимая дочерняя компания, применяя свои возможности в рамках разработки лекарств Amgen, сохраняя при этом местный контроль над своими данными и наукой. [127] При полной поддержке Amgen она продолжала публиковать коммерчески значимые открытия в области генов и лекарств, а также о человеческом разнообразии и эволюции, являясь ярким примером того, как коммерческие цели, фундаментальная наука и публичное распространение результатов могут быть взаимовыгодными. [128]
Интеграция с Amgen совпала с началом крупномасштабного секвенирования всего генома в deCODE и вменением этих данных в исландский набор данных компании. Обладая этими данными, Стефанссон и его коллеги из Amgen полагали, что геномика может преобразить разработку лекарств таким образом, который был невозможен с использованием только данных SNP-чипа и GWAS. [129] Важно отметить, что они могли идентифицировать редкие, сильнодействующие мутации, влияющие на общие фенотипы - короче говоря, на самые крайние версии распространенных заболеваний - давая лекарственные мишени с потенциально лучше подтвержденным и более поддающимся лечению терапевтическим потенциалом. Этому «редкому для общего» подходу сейчас следуют многие фармацевтические компании. [130] Идентификация ASGR1 была примером этого и была использована при открытии лекарств для разработки новых препаратов для борьбы с холестерином. [131]
В более широком смысле, давний главный научный сотрудник Amgen Шон Харпер сказал в 2018 году, что «с приобретением deCODE мы получили промышленный потенциал для популяционной генетики», который может обеспечить генетическую проверку человека для любой цели или соединения. Компания deCODE провела оценку всего клинического портфеля Amgen в течение месяца после приобретения, предоставив информацию, которая помогла избежать клинических неудач, а также расставить приоритеты и направить испытания. Харпер утверждает, что эта модель «разработка лекарств, ориентированная на цель» позволила компании решить свой собственный вариант эндемичной отраслевой проблемы производительности. Он подсчитал, что «просто [имея] сильную генетическую поддержку для половины вашего трубопровода, вы можете повысить рентабельность инвестиций в НИОКР примерно на 50%». [132]
Общественное здравоохранение: скрининг BRCA2
В 2018 году deCODE запустила веб-сайт, который позволяет исландцам запрашивать анализ своих данных о последовательностях, чтобы определить, несут ли они SNP в гене BRCA2 , связанный со значительно повышенным риском рака груди и простаты у исландцев. [133] Это был первый случай, когда deCODE, которая в первую очередь является исследовательской организацией, вернула участникам информацию из своих исследовательских данных. Стефанссон много лет пытался убедить министерство здравоохранения Исландии в том, что это серьезная проблема общественного здравоохранения, которую данные deCODE могут решить практически бесплатно, и что это был лишь один из наиболее очевидных вариантов применения точной медицины в здравоохранении. в Исландии. [134]
Поскольку система здравоохранения не ответила, Стефанссон решила передать дело в руки граждан. По состоянию на конец 2018 года около 40000 человек, более десяти процентов населения, использовали сайт, чтобы узнать свой статус BRCA2. Сотни людей смогли узнать, что они являются носителями, и Национальная больница создала свои консультационные и другие службы, чтобы помочь им решить, как они хотят использовать эту информацию для защиты своего здоровья. [135] Учитывая уровни заболеваний и смертности от рака груди и простаты, связанные с BRCA2, доступность этой информации должна позволить предотвратить и раннее обнаружение сотен видов рака и спасти десятки жизней. [136]
Демографический подход Исландии как глобальная модель
Представляя Стефанссона для выступления на лекции премии Уильяма Аллана на ежегодной конференции Американского общества генетики человека в 2017 году , Марк Дейли , в то время содиректор Института Броуда , сказал:
«невозможно упустить из виду широко распространенную парадигму, включающую набор биобанков с полным вовлечением населения, историческими данными медицинских регистров, инвестициями в крупномасштабный сбор генетических данных и статистической методологией, а также совместную последующую деятельность в академических и отраслевых границах. что Кари и его коллеги из deCODE предоставили шаблон для этой системы открытий. Более того, легко забыть, что, когда Кари основал deCODE Genetics 21 год назад, эти концепции считались довольно радикальными и маловероятными. Он был как в прямом, так и в переносном смысле. как сказал Питер Доннелли , «количество стран, вкладывающих миллионы в аналогичные ресурсы, является удивительным свидетельством прозорливости его видения». [137]
После успеха Исландии страны, которые в настоящее время реализуют или планируют национальные проекты генома различного масштаба, объема и обоснования, включают Великобританию (через Биобанк Великобритании, а также через Genomics England и Scottish Genomes Partnership по отдельности); США ( Все мы, а также Программа «Миллион ветеранов» [138] ), Австралия, [139] Канада, [140] Дубай, [141] Эстония , Финляндия, [142] Франция, [143] Гонконг, [144] ] Япония, [145] Нидерланды, [146] Катар, [147] Саудовская Аравия, [148] Сингапур, [149] Южная Корея, [150] Швеция, [151] и Турция. [152] В число проектов, в значительной степени или частично финансируемых фармацевтическими компаниями для информирования об открытии целевых лекарств, входят FinnGen (частично возглавляемый Марком Дейли), Regeneron / Geisinger, [153] и Genomics Medicine Ireland. [154]
В апреле 2019 года Стефанссон был назначен первым президентом Северного общества генетики человека и точной медицины. Общество было сформировано для создания пан-скандинавской основы для исследований в области генетики человека и применения геномики в здравоохранении во всем регионе с целью генерации и интеграции геномных и медицинских данных из Исландии, Норвегии, Швеции, Дании, Финляндии и Эстонии.
Награды и почести
Stefansson получил некоторые из самых высоких наград в области биомедицинских исследований и генетики, в том числе Андерс Jahre премии, Уильям Аллан премии , [155] и Ганса Кребса медали . [156] Его работа была признана пациентами и исследовательскими организациями, такими как Американское общество Альцгеймера, а также крупными международными публикациями и организациями, включая Time, [157] Newsweek, [158] Forbes, [159] BusinessWeek [160] и World Economic Форум. [161] Он также получил высшую награду Исландии - Орден Сокола. [162] В 2019 году он был избран иностранным сотрудником Национальной академии наук США и получил международную премию KFJ от Rigshospitalet, одного из старейших и самых престижных медицинских учреждений в Дании. [163] [164]
Семья
В июне 2012 года его дочь Сольвейг «Сола» Карадоттир вышла замуж за Дани Харрисона , сына покойного Джорджа Харрисона и его жены Оливии Харрисон . [165] [166] Они расстались в 2016 году.
Появления в массовой культуре
Stefansson является моделью для профессоры Larus Johannsson в Dauðans óvissi TIMI по Реиннам Бертелссона и главный злодей Ottar М. Nordfjord сатирического 2007 книги «s Jón Асгеира & afmælisveislan , в котором он создает женскую версию DAVID Оддсон из образца волос Давидовых . Он является образцом для Хрольфура Зофаниаса Магнуссона, директора компании CoDex, в CoDex 1962 от Sjón . [167] [168] В 2002 году роман Jar City , Арнальдур Индридасон смеси критические и юмористические ссылки на дешифровать и Стефанссона, создав неопределенно зловещий генетический институт , основанный в Рейкьявике во главе скрупулезно вежливой, миниатюрная брюнетка по имени Каритас. В версии фильма 2006 года, которую поставил Бальтасар Кормакур , Стефанссон (рост 6 футов 5 дюймов, с седыми волосами) играет самого себя, добавляя момент верите, но теряя сатирическую иронию своего тезки. [169] Он также снимался в документальном фильме Бобби Фишер против мира, где он участвовал в противоречивых дебатах с покойным Бобби Фишером . [170] [171]
Заметки
- ^ Это исландское имя . Фамилия - это отчество , а не фамилия ; в Исландии его называют по имени Кари , но на международном уровне он может называться Стефанссон .
Рекомендации
- ^ Gunnlaugur Haraldsson, изд. (2000). Læknar á slandi [ Краткие биографии исландских врачей ]. Þjóðsaga. п. 963.
- ^ Маркс, Вивьен (27 августа 2015 г.). «ДНК нации» . Природа . 524 (7566): 503–505. Bibcode : 2015Natur.524..503M . DOI : 10.1038 / 524503a . ISSN 0028-0836 . PMID 26310768 .
- ^ Ан, Джун Ён (2017-10-16). «Национальные проекты генома человека: обновление и повестка дня» . Эпидемиология и здоровье . 39 : e2017045. DOI : 10.4178 / epih.e2017045 . ISSN 2092-7193 . PMC 5675980 . PMID 29056031 .
- ^ «Биографии делегатов SY» . Имперский колледж Лондон. Архивировано из оригинального 21 октября 2004 года.
- ^ Уведомление о некрологе для Стефана Йонссона, Morgunblaðið , 18 сентября 1990 г., доступ по адресу http://timarit.is/view_page_init.jsp?pageId=1729310
- ^ Профиль руководителя изжурнала BusinessWeek [1]
- ^ «Страница управления сайтом компании» . Дата обращения 2 мая 2019 .
- ^ "Персональная страница Исландского университета" . Дата обращения 2 мая 2019 .
- ^ «Биография спикера Встречи по геному человека 2019» . Дата обращения 2 мая 2019 .
- ^ Его особое внимание было уделено дегенерации миелина при рассеянном склерозе. Подборку его публикаций этого периода можно найти в Google Scholar .
- ^ Адам Piore, «Принесите нам свои гены: поиски викинга ученого болезни властвуй» Nautilus , 2 июля 2015 года
- ^ Gulcher, JR, Vartanian, T, и Stefansson K, "Является ли рассеянный склероз автомиммунным заболеванием?" Клиническая неврология 2 (3-4): 246-52 (1994).
- ^ Для современных взглядов на этот потенциал, MS Guyer и FS Collins, "Проект генома человека и будущее медицины", American Journal of Diseases of Children , 147 (11): 1145-52 (ноябрь 1993 г.)
- ^ Авторитетный взгляд середины 1990-х годов на перспективы генетики в диагностике, Мин Дж. Хури и Дайан К. Вагенер, «Эпидемиологическая оценка использования генетики для улучшения прогностической ценности факторов риска заболеваний», Американский журнал генетики человека , 56: 835-844, 5 января 1995 г.
- ^ FS Коллинз и др., "Новые цели проекта генома человека в США: 1998–2003 гг.", Science , Vol. 282, pp. 682-689, 23 октября 1998 г.
- ↑ Влиятельным ранним - и в то время все еще в значительной степени теоретическим - обсуждением различных возможных подходов к общим, а не редким заболеваниям является ES Lander и NJ Schork, «Генетическое вскрытие сложных признаков», Science , Vol. 265, Issue 5181, pp. 2037–2048, 30 сентября 1994 г.
- ^ Это не было очевидной вещью, которую следовало искать. Даже видные эксперты, предсказавшие будущую мощь популяционной генетики и ассоциативных исследований, похоже, не учли, что анализ связей можно распространить на общие заболевания и помочь в ассоциативных исследованиях через популяционные генеалогии. Нил Риш и Кэтлин Мерикангас, «Будущее генетических исследований сложных заболеваний человека», Science , Vol. 273, No. 5281, pp. 1516–1517, 13 сентября 1996 г .; Аравинда Чакраварти, "Популяционная генетика: понимание вне последовательности", Nature Genetics 21, страницы 56–60, 1 января 1999 г.
- ↑ Николас Уэйд, «УЧЕНЫЙ В РАБОТЕ / Кари Стефанссон; Охота на гены болезней в генеалогиях Исландии», New York Times , 18 июня 2002 г.
- ^ от Alta Venture Partners , Polaris Venture Partners , Arch Venture Partners , Atlas Venture и других. Полный список ранних инвесторов можно найти в исландской деловой газете Frjals Verslun от 1 марта 1998 г., стр. 37
- ^ Объявление Decode начала работ на первой странице Моргунбладида , 31 мая 1996 года
- ^ Раннее описание модели и процесса открытия Стефанссоном и Гулчером, когда они все еще планировали построить ИБС, в «Популяционной геномике: закладывая основу для моделирования и определения генетических заболеваний», Клиническая химия и лабораторная медицина (требуется подписка) 36 ( 8): 523-7, 1 августа 1998 г.
- ↑ Хороший ранний набросок видения Стефанссона и бизнес-модели Стивена Д. Мура: «Биотехнологическая фирма превращает Исландию в гигантскую генетическую лабораторию», Wall Street Journal (требуется подписка) , 3 июля 1997 г.
- ^ Gulcher, J, Helgason A, Stefansson, K, «Генетическая однородность исландцев,» Nature Genetics (требуется подписка) объемом 26, стр 395, декабрь 2000 г. Однимпримеров относительной генетической однородностино глобальной полезности изучения исландского населения является рак молочной железы. Во всем мире существует множество вариантов гена BRCA2, которые, как известно, значительно повышают риск рака груди, но в Исландии существует, по сути, один связанный с заболеванием вариант, который был опубликован накануне запуска deCODE в Исландии: Steinnun Thorlacius et al. ., «Одна мутация BRCA2 в семьях рака груди у мужчин и женщин из Исландии с различными фенотипами рака», Nature Genetics (требуется подписка) , том 13, страницы 117–119, 1 мая 1996 г. У deCODE теперь есть веб-сайт, который позволяет исландцам находить если они несут мутацию.
- ^ Ресурсы и их полезность для открытия генов кратко описаны в первом пресс-релизе deCODE: «Исландская геномическая компания определяет местоположение гена для эссенциального тремора», 25 августа 1997 г., на веб-сайте компании.
- ↑ Цитата: Майкл Спектер, «Расшифровка Исландии», The New Yorker (требуется подписка) , 18 января 1999 г.
- ^ См., Например, Francesco Cuca et al., «Распределение гаплотипов DR4 на Сардинии предполагает первичную ассоциацию диабета типа I с локусами DRB1 и DQB1», Human Immunology , Volume 43, Issue 4, pp 301-308, August 1995, ; EM Petty et al. , «Картирование гена наследственного гиперпаратиреоза и пролактиномы (MEN1Burin) на хромосому 11q: доказательства эффекта основателя у пациентов из Ньюфаундленда», Американский журнал генетики человека , 54 (6): 1060–1066, июнь 1994; Мелани М. Махтани и др. , «Картирование гена диабета типа 2, связанного с дефектом секреции инсулина, с помощью сканирования генома в финских семьях», Nature Genetics (требуется подписка) , том 14, стр. 90–94, 1 сентября 1996 г .; Steinnun Thorlacius et al. , «Единственная мутация BRCA2», op. соч.
- ^ Стивен Д. Мур, "Биотехнологическая фирма превращает Исландию в", op. соч.
- ^ Гулчер и Стефанссон, "Популяционная геномика: закладывая основу", op. соч.
- ^ Стефанссон и Гулчер цитируют опросы, показывающие общественную поддержку ИБС на уровне 75%, в «Исландской саге о централизованной базе данных здравоохранения и демократическом принятии решений», Nature Biotechnology (требуется подписка) (требуется подписка), том 17, стр. 620, июль 1999. Исландские противники IHD создали организацию под названием Mannvernd, чтобы бороться с ней и побуждать людей реализовывать свое право на отказ. Количество отказов дает конкретную меру противодействия идее, а также, наоборот, показатель того, сколько людей либо поддерживает идею, либо не придерживается твердого мнения. Согласно архивному снимку веб-сайта Маннвернда от сентября 2003 года , за пять лет после принятия закона, разрешающего IHD, чуть более 20 000 человек отказались от участия, или 7% от 288 000 населения 2003 года.
- ^ Книги и основные исследовательские статьи специалистов по биоэтике по этим темам включают: Майк Фортун, Многообещающая геномика: Исландия и генетика deCODE в мире спекуляций (Беркли: University of California Press, 2008); Дэвид Виникофф, «Геном и нация: база данных сектора здравоохранения Исландии и ее наследие», « Инновации: глобализация управления технологиями, 1 (2): 80-105, февраль 2006 г.»; Генри Т. Грили , «План Исландии по исследованию геномики: факты и последствия. , " Jurimetrics (требуется подписка) 40, № 2, стр. 153-91, Winter 2000; и Джон Мерц," Iceland, Inc. ?: Об этике коммерческой популяционной геномики ", Social Science & Medicine 58 (6): 1201- 9, апрель 2004 г. Помимо сайта Маннвернда, еще один веб-сайт в Беркли, Калифорния, был посвящен антропологическим последствиям deCODE и генетическим исследованиям в Исландии: http://www.lib.berkeley.edu/iceland/
- ^ Стефанссон и Гулчер подсчитали, что к 1999 г. было опубликовано более 700 статей и интервью. В связи с этим и их взглядом на преимущества того, что делает deCODE: «Исландская сага о централизованной базе данных здравоохранения», op. соч. Частичный снимок количества, характера и источников статей можно увидеть из архива веб-сайта Mannvernd , исландской организации, созданного для противодействия IHD, замай 1999 г., а также в очень подробной библиографии, созданной доктором Скули Сигурессоном, ведущий член Маннвернда.
- ^ Дж. Гулчер, К. Кристьянссон, Х. Гудбьяртссон, К. Стефанссон, «Защита конфиденциальности сторонним шифрованием в генетических исследованиях в Исландии», Европейский журнал генетики человека (требуется подписка) , том 8, страницы 739–742, 3 октября 2000 г.
- ↑ Генри Т. Грили, «План Исландии по исследованию геномики», op. соч.
- ^ Как популяционная стратегия Стефанссона изменила мышление в этой области и открытие генов к середине 2000-х годов в книге Ли Сильвера «Возрождение биологии: прорыв в генетической науке», Newsweek , 9 октября 2007 г.
- ^ Проект генома человека проект был опубликован в природе ; Черновик Селеры в журнале Science , оба 15 февраля 2001 г.
- ^ Список ключевых публикаций deCODE, практически всех из которых Стефанссон является старшим автором, перечислены по годам на веб-сайте компании https://www.decode.com/publications/
- ↑ JL Weber, «The Iceland Map» и A Kong et al. , «Карта рекомбинации человеческого генома с высоким разрешением», Nature Genetics (требуется подписка) , том 31, стр. 225–226 и 241–247, соответственно, 10 июня 2002 г. О том, как карта повысила точность эталонной последовательности, см. Николас Уэйд, «Последовательность генома человека имеет ошибки, говорят ученые», New York Times , 11 июня 2002 г.
- ↑ В 1999 году исландский антрополог Гисли Палссон уже отметил успех модели deCODE: Гисли Палссон и Пол Рабинов, «Исландия: пример национального геномного проекта», Anthropology Today Vol. 15, No. 5, pp. 14-18, 5 October 1999. В отчете за 2009 год, подготовленном наблюдателем за генетической этикой GeneWatch , яростным противником ИБС и использования данных медицинских записей в исследованиях без явного согласия, главным источником вдохновения является deCODE. для Биобанка Великобритании. В 2000 году специалист по биоэтике Джордж Аннас уже отмечал эмуляцию подхода deCODE, New England Journal of Medicine (требуется подписка) , 342: 1830-1833, 15 июня 2000 г .; Дэвид Виникофф, «Геном и нация», op. соч. О первых успехах deCODE и их важности в качестве примера для других проектов биобанков и области в целом см. Также Николас Уэйд, «Ученый за работой / Кари Стефанссон: Охота на гены болезней в генеалогиях Исландии», New York Times , 18 июня 2002 г.
- ^ Джоселин Кайзер, "Бум баз данных о населении от Исландии до США", Наука (требуется подписка) Vol. 298, Issue 5596, pp. 1158–1161, 8 ноября 2002 г. Ни у кого другого не было сопоставимых генеалогий, но Эрик Ландер был вдохновлен исландским подходом, основанным на масштабе и данных, и основал Институт Броуда с идеей использования быстро развивающихся технологий. для генерации большего количества данных - чипов SNP, а затем для определения последовательности - для обнаружения. Ли Сильвер, «Возрождение биологии: прорыв в генетической науке», Newsweek , 9 октября 2007 г.
- ^ Эта база данных является в основном полной, начиная с исландской переписи 1703 года , первой в мире полной национальной переписи населения и теперьявляющейсячастью зарегистрированного всемирного наследия ЮНЕСКО , а также до прибытия первых жителей в 9 веке.
- ^ Цифры использования указаны настранице Íslendingabok Wiki. Более подробное обсуждение, проведенное давним наблюдателем, антропологом Гисли Палссон, в «Сети родственных связей: Интернет-генеалогическая машина» в Сандре С. Бэмфорд, изд. Родство и не только: пересмотренная генеалогическая модель (Нью-Йорк: Berghahn Books, 2009), стр. 84-110.
- ^ Подробная информация о том, как работает система защиты конфиденциальности, в Gulcher et al. , «Защита конфиденциальности сторонним шифрованием», op. соч.
- ^ Хорошее раннее описание того, как людей просят участвовать и как их данные используются в исследованиях, можно найти на стр. 7-9 годового отчета deCODE за 2002 год, поданного в SEC.
- ^ К 2004 году правительство и deCODE фактически прекратили все работы над IHD и двинулись дальше. На странице 10 годового отчета deCODE за 2003 год, поданного в SEC , компания описала взаимное отсутствие активности: «По состоянию на март 2004 года правительственный обзор протоколов шифрования и защиты данных IHD, который начался в апреле 2000 года, не проводился. был завершен. Когда и если этот обзор и выдача соответствующего сертификата безопасности будут завершены, мы будем оценивать, нужно ли и когда, если вообще, продолжать разработку IHD в свете наших приоритетов и ресурсов на тот момент. В свете наши текущие бизнес-планы и приоритеты, мы не ожидаем, что IHD станет существенным аспектом нашего бизнеса в ближайшем будущем ».
- ↑ Хелен Пирсон, "Профиль: Кари Стефанссон", " Природная медицина" , том 9, стр. 1099, 1 сентября 2003 г .; уровень участия в годовом отчете deCODE за 2002 год, поданномв Комиссию по ценным бумагам и биржам, стр. 8.
- ↑ Джеймс Батчер, "Кари Стефанссон, генеральный директор генетики", The Lancet , 27 января 2007 г.
- ^ Анна Azvolinsky, "Мастер Decoder: профиль Кари Стфанссон" The Scientist , 1 марта 2019 года
- ^ В 2018 году самые передовые национальные усилия по геному все еще были направлены на создание и сборку 100000 полных последовательностей генома в одном месте. См. Алекс Филлипидис, «10 стран в клубе генома 100K», Clinical Omics , 30 августа 2018 г.
- ^ Новаторская ранняя методология поэтапного распределения и вменения содержится в A Kong et al. , «Обнаружение совместного использования по происхождению, фазировке на большие расстояния и вменению гаплотипов», Nature Genetics (требуется подписка), том 40, страницы 1068–1075, 17 августа 2008 г. Первое опубликованное вменение последовательности датируется 2015 г .: DF Gudbjartsson et al. , «Крупномасштабное полногеномное секвенирование исландской популяции», опубликованное как часть специального выпуска «Геномы исландцев», Nature Genetics (требуется подписка) , 47, страницы 435–444, 25 мая 2015 г.
- ^ Axton также отметил, чтонесмотрясотни Decode ученых публикацийдругих местах, 111 статей, или пять процентов статейопубликованныхпериод его пребывания в журнале за предыдущие двенадцать лет, вышли из Decode. Комментарии Акстона взяты из его выступлений на конференции, посвященной 20-летию deCODE, которая состоялась в Рейкьявике 30 сентября 2016 года; видео доступно на веб-сайте компании по адресу https://www.decode.com/20-years/
- ^ Список всех основных публикаций deCODE с 1997 года находится на веб-сайте компании по адресу https://www.decode.com/publications/
- ^ Последние списки высокоцитируемых ученых на https://hcr.clarivate.com/resources/archived-lists/ Архивировано 20 апреля 2019 г. в Wayback Machine.
- ^ Конг и др. , «Карта рекомбинации человеческого генома с высоким разрешением», Nature Genetics (требуется подписка) , том 31, стр. 241–247, 10 июня 2002 г.
- ^ Конг и др. , «Скорость воспроизводства и репродуктивный успех», Nature Genetics (требуется подписка) , том 36, стр. 1203–1206, 3 октября 2004 г.
- ^ H Stefansson et al. , «Обычная инверсия при отборе у европейцев», Nature Genetics (требуется подписка) , том 37, страницы 129–137, 16 января 2005 г.
- ^ Конг и др. , «Мелкомасштабные различия в скорости рекомбинации между полами, популяциями и индивидуумами», Nature (требуется подписка) , том 467, стр. 1099–1103, 28 октября 2010 г.
- ^ Конг и др. , «Уровеньмутаций de novo и важность возраста отца для риска заболевания», Nature , том 488, стр. 471–475, 23 августа 2012 г.
- ^ H Jonsson et al. , «Влияние родителей намутации de novo зародышевой линии человекав 1548 трио из Исландии», Nature (требуется подписка) , том 549, стр. 519–522, 28 сентября 2017 г.
- ^ Джонссон и др. , «Множественная передачамутаций de novo в семьях», Nature Genetics (требуется подписка) , том 50, стр. 1674-1680, 5 ноября 2018 г.
- ^ BV Halldorsson et al. , «Скорость конверсии мейотических генов зависит от пола и возраста», Nature Genetics (требуется подписка) , том 48, стр. 1377–1384, 19 сентября 2016 г.
- ^ BV Halldorsson et al. , "Характеристика мутагенных эффектов рекомбинации с помощью генетической карты на уровне последовательности", Science , Vol. 363, Issue 6425, eaau1043, 25 янв 2019 г.
- ^ Хелгасон и др. , «Частота точечных мутаций Y-хромосомы у людей», Nature Genetics , (требуется подписка) , том 47, стр. 453–457, 25 марта 2015 г.
- ^ Хелгасон и др. , «Последовательности от первых поселенцев показывают быструю эволюцию исландского пула мтДНК», PLoS Genetics , 16 января 2009 г.
- ^ Хелгасон и др. , «Оценка скандинавского и гэльского происхождения мужчин-поселенцев Исландии», Американский журнал генетики человека , 67 (3): 697–717, 7 августа 2000 г .; и A. Helgason et al. , «МтДНК и происхождение исландцев: расшифровка сигналов недавней истории населения», Американский журнал генетики человека , 66 (3): 999-1016, 23 февраля 2000 г.
- ^ SS Ebenesersdottir et al ., «Древние геномы из Исландии показывают формирование человеческой популяции», Science (требуется подписка) , Vol. 360, Issue 6392, pp. 1028-1032, 1 июня 2018 г.
- ^ Хелгасон и др. , «Связь между родством и плодовитостью человеческих пар», Science (требуется подписка) , Vol. 319, Issue 5864, pp. 813-816, 8 февраля 2008 г.
- ^ A Helgason et al., "Исландский пример влияния структуры популяции на исследования ассоциаций", Nature Genetics (требуется подписка) , том 37, страницы 90–95, 19 декабря 2004 г.
- ^ P Sulem et al., "Идентификация большого набора редких полных нокаутов человека", Nature Genetics (требуется подписка) , том 47, страницы 448–452, 25 марта 2015 г.
- ^ A Jagadeesan et al. , «Реконструкция африканского гаплоидного генома XVIII века», Nature Genetics (требуется подписка) , том 50, стр. 199–205, 15 января 2018 г. Ханс Джонатан является предметом книги исландского антрополога Гисли Палссона «Человек, который украл себя» (Чикаго: University of Chicago Press, 2016) и Стефанссон рассказали о реконструкции генома Ханса Джонатана в New York Times , The Atlantic , Newsweek , Der Spiegel и других изданиях.
- ^ Стефанссон представил раннее объяснение «широкого, но строгого» подхода к определению фенотипов на основе сбора данных на конференции Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) в Барселоне в 2000 году; это также обсуждается во многих публикациях. См., Например, S Gretarsdottir et al. , «Локализация гена восприимчивости к распространенным формам инсульта в 5q12», Американский журнал генетики человека , том 70, выпуск 3, стр. 593-603, март 2002 г.
- ^ Т. Йонссон и др. , «Мутация в АРР защищает от болезни Альцгеймера и возрастного когнитивного снижения», Nature , 488, стр. 96–99, 11 июня 2012 г .; Майкл Спектер, «Хорошие новости о болезни Альцгеймера», The New Yorker , 11 июля 2012 г .; Эвен Каллауэй, «Генная мутация защищает от болезни Альцгеймера», Nature , 11 июля 2012 г.
- ^ Т. Йонссон и др. , «Вариант TREM2, связанный с риском болезни Альцгеймера», Медицинский журнал Новой Англии , 368 (2): 107-16, 10 января 2013 г .; S Steinberg et al. , «Варианты с потерей функции в ABCA7 создают риск болезни Альцгеймера», Nature Genetics , 47 (5): 445-7, 25 марта 2015 г.
- ^ H Stefansson et al. , «Нейрегулин-1 и предрасположенность к шизофрении», Американский журнал генетики человека , том 71, выпуск 4, стр. 877-892, октябрь 2002 г. Как и многие ранние открытия, основанные на сцеплении, сама эта ассоциация не оказалась плодотворной, но значительная более поздняя работа было сделано на пути. См., Например, А. Буонанно, «Путь передачи сигналов нейрегулина и шизофрения: от генов к синапсам и нервным цепям», Бюллетень исследований мозга , том 83, выпуски 3–4, стр. 122-131, 30 сентября 2010 г.
- ^ H Stefansson et al. , «Большие повторяющиеся микроделеции, связанные с шизофренией», Nature (требуется подписка) , том 455, стр. 232-6, 11 сентября 2008 г .; H Stefansson et al. , Nature (требуется подписка) , «Общие варианты, приводящие к риску шизофрении», Nature, том 460, стр. 744-7, 6 августа 2009 г .; Niamh Mullins et al. , «Репродуктивная пригодность и генетический риск психических расстройств среди населения в целом», Nature Communications , том 8, статья № 15833, 13 июня 2017 г.
- ^ H Stefansson et al. , «CNVs, создающие риск аутизма или шизофрении, влияют на познавательную способность в контроле», Nature , том 505, стр. 361-6, 18 декабря 2013 г.
- ^ RA Power et al. , «Полигенные оценки риска шизофрении и биполярного расстройства позволяют прогнозировать творческиеспособности», Nature Neuroscience (требуется подписка) , том 18, стр. 953–955, 8 июня 2015 г .; GW Reginsson et al., «Полигенные оценки риска шизофрении и биполярного расстройства, связанные с зависимостью», « Биология зависимости , том 23, выпуск 1, стр. 485-492, 25 февраля 2017 г.
- ^ B Gunnarsson et al. , «Вариант последовательности, связанный суровнемобразования, также влияет на познание в детстве», Nature Scientific Reports , том 6, номер статьи 36189
- ↑ A Kong et al., «Отбор против вариантов в геноме, связанных суровнемобразования», Труды Национальной академии наук , 114 (5) E727-E732, 17 января 2017 г.
- ^ LT Amundadottir et al. , «Рак как сложный фенотип: модель распространения рака внутри нуклеарного семейства и за его пределами», PLoS Medicine , 1 (3): e65, 28 декабря 2004 г .; Т. Гудмундссон и др. , «Популяционный анализ семейной агрегации указывает на генетический вклад в большинство почечно-клеточных карцином», International Journal of Cancer , 100 (4): 476-9, 13 июня 2002; S Jonsson et al. , «Семейный риск рака легких у исландского населения», Журнал Американской медицинской ассоциации (JAMA) , 292 (24): 2977-83, 22 декабря 2004 г.
- ^ J Gudmundsson et al. , «Общегеномное ассоциативное исследование выявляет второй вариант восприимчивости к раку простаты на уровне 8q24», Nature Genetics (требуется подписка) , том 39, стр. 631–637, 1 апреля 2007 г .; LA Kiemeney et al. , «Вариант последовательности 8q24 придает предрасположенность к раку мочевого пузыря», Nature Genetics , 40 (11): 1307-12, 14 сентября 2008 г .; J Gudmundsson et al. , «Исследование, основанное на секвенировании полного генома, дает редкий вариант 8q24, связанный с раком простаты», Nature Genetics (требуется подписка) , том 44, страницы 1326–1329, 28 октября 2012 г .; J Gudmundsson et al. , «Распространенный вариант 8q24.21 связан с почечно-клеточным раком», Nature Communications , том 4, номер статьи: 2776, 13 ноября 2013 г.
- ^ Т. Рафнар и др. , «Варианты последовательности в локусе TERT-CLPTM1L, ассоциированные со многими типами рака», Nature Genetics , (требуется подписка) , 41 (2): 221-7, 18 января 2009 г .; SN Stacey et al. , «Вариант зародышевой линии в сигнале полиаденилирования TP53 придает предрасположенность к раку», Nature Genetics , 43 (11): 1098-103, 25 сентября 2011 г .; U Styrkarsdottir et al. , «Нонсенс мутация в гене LGR4 связана с несколькими человеческими заболеваниями и другими особенностями», Nature (требуется подписка) , том 497, стр. 517–520, 5 мая 2013 г.
- ^ LT Amundadottir et al. , «Распространенный вариант, связанный с раком простаты в европейских и африканских популяциях», Nature Genetics (требуется подписка) , 38 (6): 652-8, 27 мая 2006 г .; J Gudmundsson et al. , «Варианты общей последовательности на 2p15 и Xp11.22 придают предрасположенность к раку простаты», Nature Genetics (требуется подписка) , 40 (3): 281-3, 10 февраля 2008 г .; J Gudmundsson et al. , «Полногеномныеисследования ассоциации и репликации выявляют четыре варианта, связанные с предрасположенностью к раку простаты», Nature Genetics , 41 (10): 1122-6, 20 сентября 2009 г .; J Gudmundsson et al. , «Исследование, основанное на секвенировании полного генома, дает редкий вариант 8q24, связанный с раком простаты», Nature Genetics (требуется подписка) , том 44, страницы 1326–1329, 28 октября 2012 г .; SN Stacey et al. , «Введение ретротранспозона SVA-E в ген CASP8 связано с защитой от рака простаты», Human Molecular Genetics , 25 (5): 1008-18, 1 марта 2016 г .; J Gudmundsson et al. , «Общегеномные ассоциации доброкачественной гиперплазии предстательной железы выявляют генетическую корреляцию с уровнями ПСА в сыворотке», Nature Communications , том 9, номер статьи: 4568, 8 ноября 2018 г.
- ^ С. Н. Стейси и др. , «Вариант Cys557Ser BARD1 и риск рака груди в Исландии», PLoS Medicine , 20 июня 2006 г .; SN Stacey et al. , «Общие варианты хромосом 2q35 и 16q12 придают восприимчивость к эстроген-положительному раку груди», Nature Genetics (требуется подписка) , том 39, стр. 865–869, 27 мая 2007 г .; SN Stacey et al. , «Общие варианты хромосомы 5p12 придают предрасположенность к эстроген-рецептор-положительному раку груди», Nature Genetics (требуется подписка) , том 40, стр. 703–706, 27 апреля 2008 г.
- ^ DF Gudbjartsson et al. , «Варианты пигментации ASIP и TYR связаны с кожной меланомой и базально-клеточной карциномой», Nature Genetics (требуется подписка) , том 40, стр. 886–891, 18 мая 2008 г .; SN Stacey et al. , «Общие варианты 1p36 и 1q42 связаны с базально-клеточной карциномой кожи, но не с меланомой или признаками пигментации», Nature Genetics , том 40, стр. 1313–1318, 12 октября 2008 г .; SN Stacey et al. , «Новые распространенные варианты, влияющие на предрасположенность к базальноклеточной карциноме», Nature Genetics , том 41, стр. 909–914, 5 июля 2009 г .; SN Stacey et al. , «Варианты последовательности зародышевой линии в TGM3 и RGS22 создают риск базально-клеточной карциномы», Human Molecular Genetics , том 23, выпуск 11, стр. 3045–3053, 1 июня 2014 г .; SN Stacey et al. , «Новые локусы восприимчивости к базально-клеточной карциноме»,том 6, номер статьи 6825 от Nature Communications , 9 апреля 2015 г.
- ^ J Gudmundsson et al. , «Общие варианты 9q22.33 и 14q13.3 предрасполагают к раку щитовидной железы в европейских популяциях», Nature Genetics (требуется подписка), том 41, стр. 460–464, 6 февраля 2009 г .; J Gudmundsson et al. , «Открытие общих вариантов, связанных с низким уровнем ТТГ и риском рака щитовидной железы», Nature Genetics (требуется подписка), том 44, стр. 319–322, 22 января 2012 г .; J Gudmundsson et al. , «Полногеномное ассоциативное исследование выявило пять новых локусов риска рака щитовидной железы»,том 8 Nature Communications , статья № 14517, 14 февраля 2017 г.
- ^ L Kiemney et al. , «Вариант последовательности на 8q24 придает предрасположенность к раку мочевого пузыря», Nature Genetics (требуется подписка), том 40, стр. 1307–1312, 14 сентября 2008 г .; L Kiemeney et al. , «Вариант последовательности в 4p16.3 придает предрасположенность к раку мочевого пузыря», Nature Genetics (требуется подписка) , том 42, стр. 415–419, 28 марта 2010 г .; Т. Рафнар и др. , «Европейское исследование ассоциации генома идентифицирует SLC14A1 как новый ген предрасположенности к раку мочевого пузыря», « Молекулярная генетика человека» , том 20, выпуск 21, страницы 4268–428, 11 ноября 2011 г .; Т. Рафнар и др. , «Полногеномное исследование ассоциации дает варианты 20p12.2, которые ассоциируются с раком мочевого пузыря», Human Molecular Genetics , Volume 23, Issue 20, ppages 5545–5557, 15 октября 2014 г.
- ^ Т. Рафнар и др. , «Мутации в BRIP1 связаны с высоким риском рака яичников», Nature Genetics (требуется подписка) , том 43, стр. 1104–1107, 2 октября 2011 г.
- ^ T Gudbjartsson et al. «Популяционный анализ семейной агрегации указывает на генетический вклад в большинство почечно-клеточных карцином», Международный журнал рака , 13 июня 2002 г .; J Gudmundsson et al. , «Распространенный вариант 8q24.21 связан с почечно-клеточным раком», Nature Communications , том 4, номер статьи: 2776, 13 ноября 2013 г.
- ^ H Helgason et al. , «Варианты с потерей функции в банкоматах создают риск рака желудка», Nature Genetics (требуется подписка) , том 47, страницы 906–910, 22 июня 2015 г.
- ^ JT Bergthorsson et al. , "Полногеномное исследование аллельного дисбаланса в опухолях семенников человека с использованием микросателлитных маркеров", Cancer Genetics and Cytogenetics , Volume 164, Issue 1, pp 1-91, 1 января 2006 г.
- ^ S Jonsson et al. , «Семейный риск рака легких у исландского населения», Журнал Американской медицинской ассоциации (JAMA) , том 292 (24), стр. 2977-2983, 22 декабря 2004 г .; TE Thorgeirsson et al. , «Вариант, связанный с никотиновой зависимостью, раком легких и заболеванием периферических артерий», Nature , том 452, стр. 638–642, 3 апреля 2008 г.
- ^ F Zink et al., "Клональный гематопоэз, с мутациями-кандидатами и без них, часто встречается у пожилых людей", Blood , том 130, стр. 742-752, февраль 2002 г.
- ^ TE Thorgeirsson et al ., «Вариант, связанный с никотиновой зависимостью, раком легких и заболеванием периферических артерий», Nature (требуется подписка) , том 452, стр. 638–6423, 3 апреля 2008 г .; TE Thorgeirsson et al. , «Варианты последовательностей CHRNB3 – CHRNA6 и CYP2A6 влияют на курение», Nature Genetics (требуется подписка) , том 42, стр. 448–453, 25 апреля 2010 г .; TE Thorgeirsson et al. , «Редкая миссенс-мутация в CHRNA4 связана с курением и его последствиями», « Молекулярная психиатрия» , том 21, стр. 594–600, 8 марта 2016 г. Меган Брукс, «Гены влияют на курение и риск рака легких», Рейтер , 26 апреля 2010 г.
- ^ DF Gudbjartsson et al. , «Варианты, указывающие на риск фибрилляции предсердий на хромосоме 4q25», Nature (требуется подписка) , том 448, стр. 353–357, 19 июля 2007 г .; DF Gudbjartsson et al. , «Делеция сдвига рамки считывания в гене саркомера MYL4 вызывает раннее начало семейной фибрилляции предсердий», European Heart Journal , том 38, выпуск 1, страницы 27–34, 1 января 2017 г .; RB Thorolfsdottir et al. , «Миссенс-вариант PLEC увеличивает риск фибрилляции предсердий», Журнал Американского колледжа кардиологов , том 70, выпуск 17, стр. 2157-2168, 24 октября 2017 г .; RB Thorolfsdottir et al. , «Варианты кодирования в RPL3L и MYZAP увеличивают риск фибрилляции предсердий», « Биология коммуникации» , том 1, статья № 68, 12 июня 2018 г.
- ^ См. Примечания 101 и 102 ниже и: A Helgadottir et al. , «Редкие мутации SCARB1 связаны с холестерином липопротеинов высокой плотности, но не с ишемической болезнью сердца», European Heart Journal , том 39, выпуск 23, стр. 2172–2178, 14 июня 2018 г .; E Bjornsson et al., «Редкая мутация донора сплайсинга в гене гаптоглобина связана с уровнем липидов в крови и заболеванием коронарной артерии», Human Molecular Genetics , том 26, выпуск 12, стр. 2364–2376, 15 июня 2017 г .; S Gretarsdottir et al., «Вариант области сплайсинга в LDLR снижает холестерин липопротеинов невысокой плотности и защищает от ишемической болезни сердца», PLoS Genetics , 1 сентября 2015 г .; E Bjornsson et al. , «Варианты общей последовательности, связанные с заболеванием коронарной артерии, коррелируют с распространением коронарного атеросклероза», « Артериосклероз, тромбоз и биология сосудов» , том 35, стр. 1526–1531, 1 июня 2015 г .; A Helgadottir et al., «Общий вариант хромосомы 9p21 влияет на риск инфаркта миокарда», Science (требуется подписка) , Vol. 316, Issue 5830, pp 1491-1493, 8 июня 2007 г .; A Helgadottir et al. , «Ген, кодирующий белок, активирующий 5-липоксигеназу, создает риск инфаркта миокарда и инсульта», Nature Genetics , том 36, стр. 233–239, 8 февраля 2004 г.
- ^ DF Gudbjartsson et al. , «Вариант последовательности в ZFHX3 на 16q22 ассоциируется с фибрилляцией предсердий и ишемическим инсультом», Nature Genetics (требуется подписка), том 41, стр. 876–878, 13 июля 2009 г .; S Gretarsdottir et al. , «Ген, кодирующий фосфодиэстеразу 4D, создает риск ишемического инсульта», Nature Genetics (требуется подписка) , том 35, стр 131–138, 21 сентября 2003 г .; S Gretarsdottir et al. , «Локализация гена предрасположенности к распространенным формам инсульта в 5q12», Американский журнал генетики человека , том 70, выпуск 3, стр. 593-603, март 2002 г.
- ^ TE Thorgeirsson et al., «Вариант, связанный с никотиновой зависимостью, раком легких и заболеванием периферических артерий», op. соч. ; G Gudmundsson et al. , "Локализация гена окклюзионного заболевания периферических артерий на хромосоме 1p31", Американский журнал генетики человека , том 70, выпуск 3, стр. 586-592, март 2002 г.
- ^ H Holm et al. , «Редкий вариант MYH6 связан с высоким риском синдромаслабости синусового узла», Nature Genetics (требуется подписка) , том 43, стр. 316–320, 6 марта 2011 г.
- ^ A Helgadottir et al. , «Тот же вариант последовательности на 9p21 ассоциируется с инфарктом миокарда, аневризмой брюшной аорты и внутричерепной аневризмой», Nature Genetics (требуется подписка) , том 40, стр. 217–224, 6 января 2008 г .; S Gretarsdottir et al. , «Общегеномное ассоциативное исследование идентифицирует вариант последовательности в гене DAB2IP, придающий чувствительность к аневризме брюшной аорты», Nature Genetics (требуется подписка) , том 42, стр. 692–697, 11 июля 2010 г.
- ^ P Nioi et al. , «Вариант ASGR1, связанный со сниженным риском ишемической болезнисердца», Медицинский журнал Новой Англии , том 374, стр. 2131-2141, 2 июня 2016 г.
- ^ Это открытие привлекло значительное внимание ученых и средств массовой информации. См., Например, Мэтт Херпер, «Исследователи Amgen обнаружили ген, снижающий риск сердечного приступа», Forbes , 18 мая 2016 г .; Антонио Регаладо, «Amgen обнаруживает ген, препятствующий сердечному приступу», MIT Technology Review , 18 мая 2016 г .; Эвен Каллэуэй, «Защитный ген дает надежду на создание следующего блокбастера сердечного препарата», журнал Nature , 19 мая 2016 г.
- ^ A Helgadottir et al. , «Варианты с большим влиянием на липиды крови и роль холестерина и триглицеридов в ишемической болезни сердца», Nature Genetics (требуется подписка), том 48, страницы 634–639, 2 мая 2016 г.
- ^ SFA Grant et al ., «Вариант гена транскрипционного фактора 7-подобного 2 (TCF7L2) создает риск диабета 2 типа», Nature Genetics (требуется подписка) , том 38, стр 320–323, 15 января 2006 г .; A Helgason et al., «Уточнение влияния вариантов гена TCF7L2 на диабет 2 типа и адаптивную эволюцию», Nature Genetics (требуется подписка) , том 39, стр. 218–225, 7 января 2007 г.
- ^ V Steinthorsdottir et al. , «Вариант CDKAL1 влияет на инсулиновый ответ и риск диабета 2 типа», Nature Genetics (требуется подписка) , том 39, стр. 770–775, 26 апреля 2007 г .; V Steinthorsdottir et al. , «Идентификация низкочастотных и редких вариантов последовательности, связанных с повышенным или пониженным риском диабета 2 типа», Nature Genetics (требуется подписка) , том 46, стр. 294–298, 26 января 2014 г .; Е.В. Иварсдоттир и др., «Влияние вариантов последовательности на вариацию уровней глюкозы предсказывает риск диабета 2 типа и учитывает наследственность», Nature Genetics (требуется подписка) , том 49, стр. 1398–1402, 7 августа 2017 г .; Дж. Гудмундссон и др., «Два варианта хромосомы 17 создают риск рака простаты, а один в TCF2 защищает от диабета 2 типа», op. соч.
- ^ G Thorleifsson et al. , «Общие варианты около CAV1 и CAV2 связаны с первичной открытоугольной глаукомой», Nature Genetics (требуется подписка) , том 42, стр. 906–909, 12 сентября 2010 г .; G Thorleifsson et al. , «Общие варианты последовательности в гене LOXL1, обеспечивающем восприимчивость к отшелушивающей глаукоме», Science (требуется подписка) , том 317, выпуск 5843, стр. 1397-1400, 7 сентября 2007 г.
- ^ P Sulem et al., «Полногеномное исследование ассоциации выявляет варианты последовательности на 6q21, связанные с возрастом наступления менархе», Nature Genetics (требуется подписка) , том 41, стр. 734–738, 17 мая 2009 г.
- ^ H Stefansson et al., «Вариант последовательности гена LINGO1 создает риск эссенциального тремора», Nature Genetics (требуется подписка) , том 41, стр. 277–279, 1 февраля 2009 г.
- ^ G Sveinbjornsson et al., «Варианты последовательности HLA класса II влияют на риск туберкулеза в популяциях европейского происхождения», Nature Genetics (требуется подписка) , том 48, стр 318–322, 1 февраля 2016 г.
- ^ DF Gudbjartsson et al. , «Многие варианты последовательностей, влияющие на разнообразие роста взрослого человека», Nature Genetics , том 40, стр. 609–615, 6 апреля 2008 г .; S Benonisdottir et al. , «Эпигенетические и генетические компоненты регулирования высоты», Nature Communications , том 7, статья № 13490, 16 ноября 2016 г.
- ^ V Emilsson et al. , "Генетика экспрессии генов и ее влияние на болезнь", Nature (требуется подписка) , том 452, стр. 423–428, 27 марта 2008 г.
- ^ П. Сулем и др., «Две недавно выявленные генетические детерминанты пигментации у европейцев», Nature Genetics (требуется подписка) , том 40, стр. 835–837, 18 мая 2008 г .; П. Сулем и др., «Генетические детерминанты пигментации волос, глаз и кожи у европейцев», Nature Genetics (требуется подписка) , том 39, стр. 1443–1452, 12 октября 2007 г.
- ^ A Helgadottir et al. , «Полногеномный анализ дает новые локусы, связанные со стенозом аортального клапана», Nature Communications , том 9, статья номер 987, 7 марта 2018 г.
- ^ RP Kristjansson et al. , «Вариант с потерей функции в ALOX15 защищает от полипов носа и хронического риносинусита», Nature Genetics (требуется подписка) , том 51, стр. 267–276, 14 января 2019 г.
- ↑ История, рассказанная Джиной Колата: «Редкая мутация убивает ген, ответственный за диабет», New York Times , 2 марта 2014 г.
- ^ J Flannick et al. , «Мутации потери функции в SLC30A8 защищают от диабета 2 типа», Nature Genetics (требуется подписка) , том 46, стр. 357–363, 2 марта 2014 г.
- ^ В 2006 году один житель Рейкьявика и участник исследования deCODE сказал, что около 90% людей считают, что участие в исследованиях, финансируемых фармацевтическими компаниями, имеет смысл, в то время как около 10% были против, что примерно соответствует уровню участия опрошенных. Майкл Д. Лемомик, «Исландский эксперимент: как крошечное островное государство захватило лидерство в геномной революции», Time , 12 февраля 2006 г. Те, кто не согласен, остаются активными, даже несмотря на распространение модели deCODE: см., Например, Эмма Джейн Кирби, «ДНК Исландии: самые ценные гены мира?», BBC News , 19 июня 2014 г.
- ↑ Масштабы влияния модели и цитата из Финнбогадоттир в Кэтрин Оффорд, «Изучение исландской модели для генетических исследований», The Scientist , 1 июня 2017 г.
- ↑ Дэвид П. Гамильтон, «Генетическая генеалогия имеет большое значение», VentureBeat , 17 октября 2007 г.
- ↑ Николас Уэйд, «Компания предлагает оценки генома», New York Times , 16 ноября 2007 г .; Дэвид П. Гамильтон, «23andMe позволяет вам искать и делиться своим геномом - сегодня», VentureBeat , 17 ноября 2007 г.
- ^ deCODEme и другие тесты, кроме 23andMe, больше не предлагаются, но современные примеры открытий deCODE, лежащих в основе сканирования личного генома, изучающего подтвержденный риск диабета 2 типа и ишемической болезни сердца, можно увидеть в G Palomaki et al., "Use of genomic" панели для определения риска развития диабета 2 типа среди населения в целом: целевой обзор, основанный на фактических данных, « Генетика в медицине» , том 15, стр. 600–611, август 2013 г .; Рабочая группа по оценке применения генома на практике и профилактике (EGAPP), «Рекомендации рабочей группы EGAPP: геномное профилирование для оценки сердечно-сосудистого риска для улучшения здоровья сердечно-сосудистой системы», « Генетика в медицине» , том 12, стр. 839-43, декабрь 2010 г.
- ^ Пример полигенных тестов риска deCODE и других, предложенных в пресс-релизе компании, « deCODE обнаруживает генетические маркеры, которые повышают эффективность тестирования ПСА для выявления рака простаты », 15 декабря 2010 г.
- ^ Амит В. Кера и др., «Генетический риск, соблюдение здорового образа жизни и коронарное заболевание», Медицинский журнал Новой Англии , том 375, стр. 2349-2358 (декабрь 2016 г.); Амит В. Кера, «Полногеномные полигенные оценки распространенных заболеваний выявляют людей с риском, эквивалентным моногенным мутациям», Nature Genetics (требуется подписка) , том 50, стр. 1219–1224, 13 августа 2018 г. Публикация этих статей в Нью-Йорке Times , Nature , Forbes и MIT Technology Review возродили почти дословные дискуссии десятилетней давности как о ценности таких тестов, так и о пробелах в понимании докторами и широкой общественностью значения результатов.
- ^ См. Стивен Д. Мур, «Биотехнологическая фирма превращает остров в гигантскую генетическую лабораторию», op. соч. О появлении термина «точная медицина» Люк Тиммерман, «Что в названии? Много, когда дело доходит до« точной медицины »», Xconomy , 4 февраля 2013 г.
- ^ Один из примеров взгляда Стефанссона на роль генетики в разработке лекарств и в контексте растущей индустрии геномики в Энн Тайер, «Эволюция геномики: небольшие поставщики технологий и крупные фармацевтические фирмы становятся союзниками, чтобы найти причины болезней, чтобы подтвердить мишеней, и понять реакцию на наркотики, " Химические и инженерные новости" , 8 декабря 2003 г.
- ↑ О мышлении, лежащем в основе сделки «Рош», с лишь небольшой дозой лихорадочных преувеличений и намеков того времени, см. Элиот Маршалл, «Светлые амбиции Исландии», Мать Джонс , май / июнь 1998 г.
- ^ Эмили Сингер, "Decode канавы разработки лекарственных средств," MIT Technology Review , 22 января 2010
- ^ О приобретении и его обосновании в широком контексте, а также о том, что deCODE оставлен под независимым контролем над своими данными, см. Мэтт Херпер, «Сделка с DeCode позволяет Amgen обнаруживать лекарства, как мы планировали в 1999 году», Forbes , 10 декабря 2012 г.
- ^ На научной странице веб-сайта Amgen много публикаций и проектов deCODE.
- ^ Kamb, S Harper и K Stefansson, "Генетика человека как основа инновационного развития наркотиков," Nature Biotechnology (требуется подписка) , Том 31, стр 975-978, ноябрь 2013
- ^ Самый известный пример этого - ингибиторы PCSK9 , идентифицированные в семьях с редкой гиперхолестеринемией, а затем разработанные в более широком смысле для снижения холестерина и снижения риска сердечных заболеваний.
- ↑ Обсуждение прогресса в этой стратегии - в книге Мэг Тиррелл, «Генетическая золотая жила Исландии и человек, стоящий за ней», CNBC , 6 апреля 2017 г.
- ↑ Цитата: Ашер Маллард, «Аудитория с ... Шоном Харпером», Nature Reviews Drug Discovery (требуется подписка) , том 17, стр. 10-11, январь 2018 г.
- ^ Пресс-релиз компании об открытии веб-сайта Arfgerd.is (только на исландском языке), 15 мая 2018 г.
- ↑ Об отсутствии реакции со стороны правительства см. Энди Коглан, «Предупредите людей о генетических рисках для здоровья, - говорит босс deCODE», New Scientist , 25 марта 2015 г.
- ^ Статистика в: Nordic Alliance for Clinical Genomics, " Отчет о 6-м клиническом семинаре NACG ", 21 ноября 2018 г., стр.9
- ^ По оценкам Национального института рака США , около 75% женщин с мутацией риска BRCA2 разовьются до 80 лет. О худшем прогнозе носителей вариантов BRCA2 с раком простаты см. MR Akhbari et al. , «Влияние мутации BRCA2 на смертность от рака простаты, обнаруженного на экране», Британский журнал рака , том 111, стр. 1238–1240, 9 сентября 2014 г.
- ^ М. Дейли, «Премия Уильяма Аллана, 2017 г. Введение: Кари Стефанссон», Американский журнал генетики человека , том 102, выпуск 3, стр. 350, 1 марта 2018 г.
- ^ https://www.research.va.gov/mvp/
- ^ http://www.health.gov.au/internet/budget/publishing.nsf/Content/budget2018-factsheet65.htm
- ^ https://www.genomecanada.ca/
- ^ https://www.dha.gov.ae/en/pages/dubaigneomicsabout.aspx
- ^ https://www.fimm.fi/en/research/grand-challenge-programs/finnish-genome-sequencing-and-preventive-health-care
- ^ https://www.france-genomique.org/spip/spip.php?page=platforms〈=fr
- ^ https://www.scmp.com/news/hong-kong/health-environment/article/2182246/tens-thousands-hong-kong-have-their-dna-sequenced
- ^ https://www.amed.go.jp/en/program/IRUD/
- ^ http://www.nlgenome.nl/
- ^ https://qatargenome.org.qa/
- ^ https://www.saudigenomeprogram.org/en/
- ^ https://www.a-star.edu.sg/gis/
- ^ https://news.unist.ac.kr/unist-partaking-in-the-launch-of-the-genome-korea-in-ulsan/
- ^ https://www.scilifelab.se/infrastructure/national-projects/swedish-genomes-program/
- ^ https://www.tuseb.gov.tr/haberler/tuseb-proje-destek-sistemi-basariyla-test-edildi
- ^ https://www.regeneron.com/genetics-center
- ^ https://genomicsmed.ie/
- ^ Американского общества генетика человека прессрелиз, « АОЧГ Почесть Каре Стфанссон с Уильямом Алланом Award: Генетик на получение премии в АОЧГЕ 2017 Annual Meeting » 12 июля 2017 года.
- ↑ Пресс-релиз Исландского университета: «Исландец получает премию Уильяма Аллана», 9 августа 2016 г.
- ↑ The Time 100: Kari Stefansson, Time , 3 мая 2007 г.
- ^ "Эйнштейны 21 века", Newsweek , 9 октября 2007 г.
- ^ Боб Langreth, "Медицинские чудеса: E-банды," Forbes , 9 февраля 2002
- ↑ «Звезды Европы», Businessweek , 12 июня 2000 г., также в Morgunblaið , 6 июня 2000 г.
- ↑ См. Архивное издание Morgunblaðið , 26 января 2000 г., стр. 2.
- ↑ Уведомление в Morgunblaið , 3 января 2002 г.
- ^ «Выборы в НАН Украины-2019» . Национальная академия наук. 30 апреля 2019 г.
- ^ «Исландский пионер генетических исследований получил престижную награду» . Сайт Ригшоспиталет . 8 ноября 2019 . Проверено 11 ноября 2019 .
- ^ "Sólveig Káradóttir að skilja við Dhani Harrison" . DV (на исландском). 2016-11-22 . Проверено 7 мая 2019 .
- ^ "Ekki merkilegast við hana Sólveigu dóttur mína að hún sé eiginkona sonar George Harrison" . www.nutiminn.is . 2015-08-23 . Проверено 7 мая 2019 .
- ^ Рейкьявика: JPV, 2016.
- ^ Эйнар Кари Johannsson, ' Þjóð (ар) сага Sjóns: Pólitísk ummyndun á sameiginlegum minningum Íslendinga í sögulegum skáldverkum Sjóns ' (неопубликованные М.А. Тезис, Университет Исландии, 2018), стр. 67.
- ↑ Литературная критика этих ссылок у Люси Берк, «Генетика на месте преступления: ДЕКОДИРОВАНИЕ испорченной крови», Журнал литературных и культурных исследований инвалидности , том 6, номер 2, стр. 193-208
- ^ «Бобби Фишер против мира, IMDB» .
- ^ Фил Дайс-Ньюджент. "Обзор АВ / ТВ Клуба" .
Внешние ссылки
- Веб-сайт deCODE Genetics
- Кари в 2007 году в «списке 100 мужчин и женщин, чья сила, талант или моральный пример меняют мир».