Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
ЛИПИДНЫЕ КАРТЫ
Содержание
ОписаниеЛипидомика
Контакт
Первичное цитированиеPMID  17584797
Дата выпуска2003 г.
Доступ
Веб-сайтwww.lipidmaps.org

LIPID MAPS (Lipid Metabolites and Pathways Strategy) - это веб-портал, предназначенный для доступа к ресурсам по липидомике . Ресурс возглавил классификацию биологических липидов , разделив их на восемь общих категорий. [1] LIPID MAPS предоставляет стандартизированные методики масс-спектрометрического анализа липидов, например [2] [3] [4]

LIPID MAPS цитируется как свидетельство растущего интереса к изучению липидного метаболизма [5], а также быстрого развития и стандартизации области липидомики [6] [7].

Ключевые ресурсы LIPID MAPS включают:

  • База данных структур LIPID MAPS (LMSD) - база данных структур и аннотаций биологически значимых липидов [8], содержащая более 44000 различных липидов. Статья с описанием этого ресурса, по данным PubMed , цитировалась более 200 раз.
  • LIPID MAPS In-Silico Structure Database (LMISSD) - база данных рассчитанных с помощью вычислений липидов, созданных путем расширения головных групп для часто встречающихся классов липидов.
  • LIPID MAPS База данных генов / протеомов (LMPD) - база данных генов и генных продуктов, которые участвуют в метаболизме липидов [9]

Инструменты, доступные в LIPID MAPS, позволяют ученым определять вероятные липиды в их образцах по данным масс-спектрометрии - распространенному методу анализа липидов в биологических образцах. В частности, LipidFinder [10] позволяет анализировать данные МС. На сайте также доступны учебные и обучающие материалы по липидам. [11]

В январе 2020 года LIPID MAPS стал сервисом ELIXIR . [12]

История [ править ]

LIPID MAPS была основана в 2003 году при финансировании NIH . С 2016 года он был совместный проект Университета Кардиффа под руководством профессора Валерия О'Доннелл, в Бабрахэме институте под Майкла Wakelam и UCSD ученые Шанкар Субраманьям и Эд Деннис финансируемая Wellcome Trust . Некролог Вакелама описывает LIPID MAPS как единое целое в области липидомики. [13]

LIPID MAPS спонсируется Avanti Polar lipids и Cayman Chemicals.

Ссылки [ править ]

  1. ^ Fahy E, Субраманьям S, Murphy RC, Нисидзимы M, Raetz CR, Shimizu T, Spener F, ван Meer G, Wakelam MJ, Деннис EA (апрель 2009). «Обновление комплексной системы классификации липидов LIPID MAPS» . Журнал липидных исследований . 50 Приложение (S1): S9-14. DOI : 10,1194 / jlr.R800095-JLR200 . PMC 2674711 . PMID 19098281 .  
  2. ^ Валерия Перейра Серафим П., Фигейредо-младший, де Адиэль Г., Витор Фелипе А., Гимарайнш Ло Турко Э, Сильва, Манукян Форонес Н. «ИССЛЕДОВАНИЕ ЛИПИДНЫХ БИОМАРКЕРОВ ПАЦИЕНТОВ С ПОЛИПСАМИ И ЦВЕТОЧНЫМ ЦЕНТРОМ» . Arquivos de Gastroenterologia . 56 : 399–404. DOI : 10.1590 / S0004-2803.201900000-80 .
  3. ^ Чжэн Х, Ян Р, Ван З, Ван Дж, Чжан Дж, Сун Х (2020). «Характеристика фармацевтически структурированных триацилглицеринов с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии / тандемной масс-спектрометрии с высоким разрешением и ее применение для инъекции структурированной жировой эмульсии» . Быстрые коммуникации в масс-спектрометрии . 34 . DOI : 10.1002 / rcm.8557 .
  4. Перейти ↑ Sasaki H, White SH (2008). «Поведение агрегации сверхчистого липополисахарида, который стимулирует рецепторы TLR-4» . Биофизический журнал . 95 : 986–993. DOI : 10.1529 / biophysj.108.129197 . PMC 2440428 . 
  5. ^ Muralikrishna Adibhatla R, Хэтчер JF (2007). «Роль липидов в травмах и заболеваниях головного мозга» . Будущая липидология . 2 : 403–422. DOI : 10.2217 / 17460875.2.4.403 . PMC 2174836 . 
  6. ^ "Потенциально, липидомика набирает вес" . Eureka Alert . 10 января 2019 . Проверено 10 июня 2020 .
  7. ^ «Липидомика - ниша, но быстрорастущая область» . Технологические сети . 11 сентября 2019 . Проверено 10 июня 2020 .
  8. ^ Sud M, Fahy E, Cotter D и др. (Январь 2007 г.). «LMSD: база данных структуры LIPID MAPS» . Nucleic Acids Res . 35 : D527–32. DOI : 10.1093 / NAR / gkl838 . PMC 1669719 . PMID 17098933 .  
  9. ^ Коттер D, Маер A, C Гуда, Сондерс B, Субраманьям S (январь 2006). «LMPD: база данных протеома LIPID MAPS» . Nucleic Acids Res . 34 : D507–10. DOI : 10.1093 / NAR / gkj122 . PMC 1347484 . PMID 16381922 .  
  10. ^ Fahy Е, Альварес-Jarreta Дж, Брэшер CJ, Нгуен А, Hawksworth СО, Родригес Р, Meckelmann S, Аллен С.М., О'Доннель В.Б. (2019). «LipidFinder на LIPID MAPS: фильтрация пиков, поиск МС и статистический анализ для липидомики» . Биоинформатика . 35 : 685–687. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bty679 . PMC 6378932 . PMID 30101336 .  
  11. ^ Sud M, Fahy E, Коттер D, Деннис EA, Субраманьям S (декабрь 2011). "LIPID MAPS-Nature Lipidomics Gateway: Интернет-ресурс для студентов и преподавателей, интересующихся липидами" . Журнал химического образования . 89 : 291–292. DOI : 10.1021 / ed200088u . PMC 3995124 . PMID 24764601 .  
  12. ^ «Список услуг» . elixir-europe.org . Проверено 10 июня 2020 .
  13. ↑ Ферри, Джорджина (24 апреля 2020 г.). «Некролог Майкла Вакелама» . Хранитель . Манчестер . Проверено 10 июня 2020 .