Перейти к навигации Перейти к поиску
 | Эта статья нуждается в обновлении . ( Май 2019 г. ) |
Количество доступных в настоящее время программ стыковки белок-лиганд велико и неуклонно растет в течение последних десятилетий. В следующем списке представлен обзор наиболее распространенных известных программ, перечисленных в алфавитном порядке, с указанием соответствующего года публикации, задействованной организации или учреждения, краткого описания, доступности веб-службы и лицензии. Эта таблица является исчерпывающей, но не полной.
| Программа | Год публикации | Организация | Описание | Веб-сервис | Лицензия |
|---|---|---|---|---|---|
| Док-станция в 1 клик | 2011 г. | Mcule | Докинг предсказывает ориентацию связывания и сродство лиганда к мишени. | да | Бесплатное использование веб-сервиса |
| AADS | 2011 г. | Индийский технологический институт | Протокол автоматического обнаружения, стыковки и оценки активных сайтов (AADS) для белков с известной структурой на основе метода Монте-Карло | да | Бесплатное использование веб-сервиса |
| АДАМ | 1994 г. | IMMD Inc. | Прогнозирование режима стабильного связывания гибкой молекулы лиганда с макромолекулой-мишенью | Нет | Коммерческий |
| AutoDock | 1990 г. | Научно-исследовательский институт Скриппса | Автоматическая стыковка лиганда с макромолекулой с помощью генетического алгоритма Ламарка и эмпирической функции оценки свободной энергии | Нет | Открытый исходный код ( GNU GPL ) |
| AutoDock Vina | 2010 г. | Научно-исследовательский институт Скриппса | Новое поколение AutoDock | Нет | Открытый исходный код ( лицензия Apache ) |
| AutoDock Vina Extended | 2018 г. | OneAngstrom | Расширение AutoDock Vina для легкой настройки и анализа | Нет | Коммерческий |
| BetaDock | 2011 г. | Ханьянский университет | На основе диаграммы Ворони | Нет | Бесплатное ПО |
| Бластер | 2009 г. | Калифорнийский университет в Сан-Франциско | Объединяет базы данных ZINC с DOCK для поиска лиганда для целевого белка | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| BSP-SLIM | 2012 г. | университет Мичигана | Новый метод слепой стыковки лиганд-белок с использованием белковых структур с низким разрешением | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| КАБИНЫ-док | 2015 г. | Варшавский университет | Метод гибкой стыковки белок-пептид без предварительного знания сайта связывания. Доступно как отдельное приложение [1] и как веб-сервер. [2] | Имеется в наличии | Открытый исходный код ( лицензия MIT ) (отдельное приложение) Бесплатное программное обеспечение для академического использования (веб-сервер) |
| ДАРВИН | 2000 г. | Институт Вистар | Прогнозирование взаимодействия между белком и другой биологической молекулой с помощью генетического алгоритма | Нет | Бесплатное ПО |
| ДИВАЛИ | 1995 г. | Калифорнийский университет в Сан-Франциско | На основе потенциальной функции типа AMBER и генетического алгоритма | Нет | Бесплатное ПО |
| ДОК | 1988 г. | Калифорнийский университет в Сан-Франциско | На основе алгоритма геометрического соответствия | Нет | Бесплатное ПО для академического использования |
| Док-сервер | 2009 г. | Virtua Drug Ltd | Интегрирует ряд программного обеспечения для вычислительной химии. | да | Коммерческий |
| Исследование стыковки с HyperChem | 2006 г. | Мотонори Цудзи | Гибкая стыковка биомакромолекул и лигандов с использованием комбинации между предсказанными фармакофорами на основе структуры и фармакофорами на основе лигандов | Нет | Коммерческий |
| DockVision | 1992 г. | DockVision | На основе Монте-Карло , генетического алгоритма и алгоритмов стыковки скрининга баз данных | Нет | Коммерческий |
| ДОЛИНА | 2014 г. | Базельский университет | Выравнивание на основе фармакофоров, локальная комбинаторная индуцированная подгонка | Нет | Академический |
| EADock [3] | 2007 г. | Швейцарский институт биоинформатики | На основе эволюционных алгоритмов | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| eHiTS | 2006 г. | SymBioSys Inc | Исчерпанный алгоритм поиска | Нет | Коммерческий |
| EUDOC | 2001 г. | Онкологический центр Mayo Clinic | Программа для идентификации сайтов взаимодействия лекарств в макромолекулах и отведениях лекарств из химических баз данных | Нет | Академический |
| FDS | 2003 г. | Саутгемптонский университет | Гибкая стыковка лигандов и рецепторов с континуальной моделью растворителя и энергетической функцией мягкого ядра | Нет | Академический |
| Установлен | 2010 г. | Molecular Forecaster Inc. | Программа стыковки с учетом гибкости, ковалентности, металлоферментов и вытесняемой воды | Нет | Бесплатное ПО для академического использования |
| FlexX | 2001 г. | BioSolveIT | Программа стыковки на основе инкрементальной сборки | Нет | Коммерческий |
| FlexAID | 2015 г. | Шербрукский университет | Гибкость целевой боковой цепи и функция мягкой оценки, основанная на взаимодополняемости поверхностей | Нет | Открытый исходный код ( лицензия Apache ) |
| FlexPepDock | 2010 г. | Еврейский университет | Моделирование пептидно-белковых комплексов, реализованное в рамках Rosetta. | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| FLIPDock | 2007 г. | Научно-исследовательский институт Скриппса | Программа стыковки на основе генетического алгоритма, использующая структуры данных FlexTree для представления комплекса белок-лиганд | Нет | Бесплатное ПО для академического использования |
| FLOG | 1994 г. | Исследовательские лаборатории Merck | Программа стыковки твердого тела с использованием баз данных заранее созданных конформаций | Нет | Академический |
| ФРЕД | 2003 г. | OpenEye Scientific | Систематическое, исчерпывающее, нестохастическое исследование всех возможных поз в активном центре белка в сочетании с функцией подсчета баллов | Нет | Бесплатное ПО для академического использования |
| FTDOCK | 1997 г. | Лаборатория биомолекулярного моделирования | На основе алгоритма Качальски-Кацира . Он распределяет две молекулы на ортогональные сетки и выполняет глобальное сканирование поступательного и вращательного пространства. | Нет | Бесплатное ПО |
| GalaxyPepDock | 2018 г. | Сеульский национальный университет | Докинг белок-пептид на основе сходства взаимодействий, доступный в виде отдельного приложения [4] и веб-сервера [5] | Имеется в наличии | Открытый исходный код ( GNU GPL ) (автономное приложение) Бесплатное программное обеспечение для академического использования (веб-сервер) |
| ДЖЕМДОК | 2004 г. | Национальный университет Цзяо Дун | Общий эволюционный метод молекулярного докинга | Нет | Бесплатное ПО |
| Скольжение | 2004 г. | Шредингер | Программа стыковки с исчерпывающим поиском | Нет | Коммерческий |
| ЗОЛОТО | 1995 г. | Сотрудничество между Университетом Шеффилда , GlaxoSmithKline plc и CCDC | На основе генетического алгоритма, гибкий лиганд, частичная гибкость для белка | Нет | Коммерческий |
| GPCRautomodel | 2012 г. | INRA | Автоматизирует моделирование гомологии обонятельных рецепторов (OR) млекопитающих на основе шести доступных на сегодняшний день трехмерных (3D) структур рецепторов, связанных с G-белком (GPCR), и выполняет стыковку одорантов на этих моделях. | Имеется в наличии | Бесплатное ПО для академического использования |
| ХЭДДОК | 2003 г. | Центр Bijvoet Центр биомолекулярных исследований | Использует данные биохимического и / или биофизического взаимодействия, такие как данные о возмущении химического сдвига, полученные в результате экспериментов по титрованию ЯМР, данные мутагенеза или биоинформатические прогнозы. Разработан для стыковки белок-белок, но также может применяться для стыковки белок-лиганд. | Имеется в наличии | Academic [6] Доступен бесплатный веб-сервис |
| Hammerhead | 1996 г. | Фармацевтическая корпорация Аррис | Быстрая, полностью автоматизированная стыковка гибких лигандов с сайтами связывания белков | Нет | Академический |
| ICM-док | 1997 г. | МолСофт | Программа стыковки на основе псевдоброуновской выборки и локальной минимизации | Нет | Коммерческий |
| idTarget | 2012 г. | Национальный Тайваньский университет | Предсказывает возможные цели связывания небольшой химической молекулы с помощью подхода стыковки «разделяй и властвуй». | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| iScreen | 2011 г. | Китайский медицинский университет | На основе системы облачных вычислений для интеллектуальной системы досмотра TCM | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| Лид-искатель | 2008 г. | МолТех | Программа для молекулярного докинга, виртуального скрининга и количественной оценки связывания лиганда и биологической активности | Нет | Коммерческий |
| LeDock | 2016 г. | Lephar | Программа для быстрой и точной гибкой стыковки небольших молекул с белком | Нет | Бесплатное ПО для академического использования |
| ЛигандФит | 2003 г. | BioVia | Программа стыковки на базе CHARMm | Нет | Коммерческий |
| LigDockCSA | 2011 г. | Сеульский национальный университет | Докинг белок-лиганд с использованием конформационного отжига в пространстве | Нет | Академический |
| LightDock [7] | 2018 г. | Барселонский суперкомпьютерный центр | Белок-белок, белок-ДНК, белок-пептид стыковка с использованием различных функций подсчета, гибкость скелета смоделирована ANM и написана на Python3 | Нет | Открытый исходный код ( GNU GPL ) |
| LIGIN | 1996 г. | Институт науки Вейцмана | Молекулярный докинг с использованием комплементарности поверхностей | Нет | Коммерческий |
| LPCCSU | 1999 г. | Институт науки Вейцмана | На основе детального анализа межатомных контактов и комплементарности интерфейсов | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| MCDOCK | 1999 г. | Медицинский центр Джорджтаунского университета | На основе нетрадиционного метода моделирования Монте-Карло | Нет | Академический |
| MEDock | 2007 г. | SIGMBI | Веб-сервер док-станции на основе максимальной энтропии предназначен для обеспечения эффективной утилиты для прогнозирования сайта связывания лиганда. | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| МедузаДок | 2010 г. | Дохолян Лаборатория | Быстрая гибкая стыковка с использованием библиотеки лигандов стохастического ротамера. | да | Бесплатное использование |
| Молекулярная операционная среда (MOE) | 2008 г. | Группа химических вычислений | Приложение стыковки в МЧС; выбор методов размещения (включая методы альфа-сферы) и функций оценки (в том числе London dG) | Нет | Коммерческий |
| Виртуальный докер Molegro | 2006 г. | Molexus | На основе нового алгоритма эвристического поиска, который сочетает в себе дифференциальную эволюцию с алгоритмом прогнозирования каверн. | Нет | Академический |
| MOLS 2.0 | 2016 г. | Мадрасский университет | Индуцированная стыковка пептид-белок, небольшая молекула-белок с использованием метода взаимно ортогональных латинских квадратов | Нет | Открытый исходный код ( GNU LGPL ) |
| MS-DOCK | 2008 г. | INSERM | Многоступенчатый протокол стыковки / подсчета очков | Нет | Академическая коммерция |
| ParaDockS [8] | 2010 г. | Университет Мартина Лютера Галле-Виттенберг и партнерский институт вычислительной биологии | Молекулярный докинг с популяционной метаэвристикой | Нет | Открытый исходный код ( GNU GPL ) |
| ParDOCK | 2007 г. | Индийский технологический институт | Монте-Карло на основе энергии всех атомов , стыковка жесткого белкового лиганда | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| ПатчДок | 2002 г. | Тель-авивский университет | Алгоритм выполняет жесткую стыковку с изменчивостью / гибкостью поверхности, неявно решаемой посредством либерального межмолекулярного проникновения. | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| РАСТЕНИЯ | 2006 г. | Констанц университет | На основе класса алгоритмов стохастической оптимизации (оптимизация муравьиных колоний) | Нет | Бесплатное ПО для академического использования |
| ПЛАТИНОВЫЙ | 2008 г. | Московский физико-технический институт (государственный университет) | Анализ и визуализация гидрофобных / гидрофильных свойств биомолекул, представленных в виде 3D-структур. | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| ПРОДОК | 1999 г. | Корнелл Университет | На основе метода Монте-Карло плюс минимизация энергии | Нет | Академический |
| PSI-DOCK [9] | 2006 г. | Пекинский университет | Наклонный чувствительный к позе (PSI) -ДОК | Нет | Академический |
| PSO @ AUTODOCK | 2007 г. | Лейпцигский университет | Алгоритмы оптимизации роя частиц (PSO) varCPSO и varCPSO-ls подходят для быстрой стыковки очень гибких лигандов. | Нет | Академический |
| PythDock | 2011 г. | Ханьянский университет | Эвристическая стыковочная программа, использующая язык программирования Python с простой функцией оценки и поисковой системой на основе населения | Нет | Академический |
| Q-Dock | 2008 г. | Технологический институт Джорджии | Стыковка гибких лигандов с низким разрешением с ограничениями для нарезания резьбы в кармане | Нет | Бесплатное ПО |
| QXP [10] | 1997 г. | Корпорация Новартис Фармасьютикалс | Возмущение Монте-Карло с минимизацией энергии в декартовом пространстве | Нет | Академический |
| rDock | 1998 (коммерческий) 2006 (академический) [11] 2012 (открытый исходный код) [12] | Vernalis R&D (коммерческий) Йоркский университет (академический) Университет Барселоны (открытый исходный код) | HTVS малых молекул против белков и нуклеиновых кислот, прогнозирование режима связывания | Нет | Открытый исходный код ( GNU LGPL ) (ранее коммерческий, академический) |
| ПЕСОЧНЫЙ | 1998 г. | Эдинбургский университет | Алгоритм управляемого сопоставления | Нет | Академический |
| Счет | 2004 г. | Алессандро Педретти и Джулио Вистоли | Сервис Score позволяет рассчитывать различные баллы стыковки комплекса лиганд-рецептор. | Имеется в наличии | Бесплатное ПО |
| СЕМЯ | 1999 г. | Цюрихский университет | Автоматическая стыковка фрагментов с оценкой свободной энергии связи, включая эффекты электростатической сольватации в континуальном диэлектрическом приближении ( обобщенный Борн ) | Нет | Открытый исходный код ( GNU GPL ) |
| смина | 2012 г. | Питтсбургский университет | Настраиваемая вилка AutoDock Vina с улучшенной функцией оценки поддержки и высокоэффективной минимизацией энергопотребления. | Нет | Открытый исходный код ( лицензия Apache ) |
| СОДОК | 2007 г. | Университет Фэн Чиа (Тайвань) | Оптимизация роя для очень гибкой стыковки белок-лиганд | Нет | Академический |
| СОФТДокинг | 1991 г. | Калифорнийский университет в Беркли | Сопоставление кубов молекулярной поверхности | Нет | Академический |
| Surflex-Док | 2003 г. | Tripos | На основе идеализированного лиганда активного центра (протомола) | Нет | Коммерческий |
| SwissDock | 2011 г. | Швейцарский институт биоинформатики | Веб-сервис для прогнозирования взаимодействия между белком и низкомолекулярным лигандом | Имеется в наличии | Бесплатное использование веб-сервиса для академических целей |
| Голосовать | 2011 г. | Варшавский университет | Консенсусный метод стыковки для прогнозирования взаимодействий белок-лиганд | Нет | Академический |
| ЮККА | 2005 г. | Технологический институт Вирджинии | Стыковка жестких белков с низкими молекулами | Нет | Академический |
Ссылки [ править ]
- ^ "Автономное приложение CABSdock для белок-пептидной стыковки" . bitbucket.org . Проверено 22 мая 2019 .
- ^ "CABS-dock: сервер белок-пептидной стыковки" . biocomp.chem.uw.edu.pl . Проверено 22 мая 2019 .
- ^ Гросдидье, Орелиен; Зоте, Винсент; Мишелин, Оливье (2007). «EADock: стыковка малых молекул с активными сайтами белков с многокритериальной эволюционной оптимизацией». Белки: структура, функции и биоинформатика . 67 (4): 1010–1025. DOI : 10.1002 / prot.21367 . ISSN 1097-0134 . PMID 17380512 . S2CID 11145933 .
- ^ "GalaxyPepDock" . GalaxyPepDock . Проверено 22 мая 2019 .
- ^ "GalaxyWEB" . galaxy.seoklab.org . Проверено 22 мая 2019 .
- ^ «Лицензирование HADDOCK2.2» . Bonvin Lab . Проверено 24 мая 2019 .
- ^ Хименес-Гарсия, Брайан (2019-09-28), Protein docking framework, основанный на алгоритме GSO: lightdock / lightdock , получено 2019-09-28
- ^ Baldauf, Carsten (2017-08-22), Framework для молекулярной стыковки с популяционной метаэвристикой: cbaldauf / paradocks , получено 1 июня 2019 г.
- ^ Пей, Цзяньфэн; Ван, Ци; Лю, Чжэньминь; Ли, Цинлян; Ян, Кун; Лай, Лухуа (1 марта 2006 г.). «PSI-DOCK: на пути к высокоэффективной и точной стыковке гибких лигандов» . Белки . 62 (4): 934–946. DOI : 10.1002 / prot.20790 . ISSN 1097-0134 . PMID 16395666 . S2CID 5715684 .
- ^ McMartin, C .; Бохачек, РС (июль 1997 г.). «QXP: мощные и быстрые компьютерные алгоритмы для разработки лекарственных препаратов на основе структуры» . Журнал компьютерного молекулярного дизайна . 11 (4): 333–344. Bibcode : 1997JCAMD..11..333M . DOI : 10.1023 / а: 1007907728892 . ISSN 0920-654X . PMID 9334900 . S2CID 31660790 .
- ^ "rDock" . www.ysbl.york.ac.uk . Проверено 12 февраля 2020 .
- ^ "О | rDock" . Проверено 12 февраля 2020 .
Внешние ссылки [ править ]
- «Инструменты биоинформатики белок-лигандного докинга | Анализ взаимодействия» . omicX . Проверено 23 мая 2019 .