Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Этот список секвенированных геномов эубактерий содержит большинство эубактерий, которые, как известно, имеют общедоступные полные последовательности генома . Большинство этих последовательностей были помещены в Международную базу данных нуклеотидных последовательностей Collaboration , общедоступную базу данных, которую можно найти [1] в Интернете . Некоторые из перечисленных геномов могут отсутствовать в базе данных INSDC , но есть в других общедоступных базах данных [ требуется проверка ] .

Геномы, перечисленные как «Неопубликованные», находятся в базе данных, но не в рецензируемой научной литературе.

Для геномов архей см. Список секвенированных геномов архей .


Abditibacteriota [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылкаИдентификатор GenBank
Abditibacterium utsteinenseLMG 29911Abditibacteriota3 606 3303 240[2]NZ_NIGF00000000.1

Актинобактерии [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылкаИдентификатор GenBank
Коринебактерии дифтерииC7 (бета)Actinobacteridae2 499 189Не опубликованоCP003210
Коринебактерии дифтерииPW8Actinobacteridae2 530 683Не опубликованоCP003216
Bifidobacterium longumNCC2705Актинобактерии2,256,6401,727[3]
Коринебактерии дифтерииNCTC13129Актинобактерии2 488 6352320[4]
Коринебактерии эффективныеYS314Актинобактерии3 147 0902 942[5]
Коринебактерии глутамикумATCC13032Актинобактерии3 309 4013 099Не опубликовано [1]
Коринебактерии jeikeiumK411Актинобактерии2,462,4992,104[6]
Виды FrankiaCcI3Актинобактерии5 433 6284 499Не опубликовано [1]
Mycobacterium aviumk10Актинобактерии4 829 7814350[7]
Mycobacterium bovisAF212297Актинобактерии4 345 4923953[8]
Микобактерии лепрыTNАктинобактерии3 268 2032 720[9]
Микобактерии туберкулезаCDC1551Актинобактерии4 403 8374 189Не опубликовано [1]
Микобактерии туберкулезаH37RvАктинобактерии4 411 5323 999[10]
Nocardia farcinicaIFM10152Актинобактерии6 021 2255683[11]
Streptomyces avermitilisMA4680Актинобактерии9 025 6087 577[12]
Streptomyces coelicolorA3Актинобактерии8 667 5077 825[13]
Симбиобактерии термофилумНапряжениеАктинобактерии3 566 1353 337[14]
Thermobifida fuscaYXАктинобактерии3 642 2493110Не опубликовано [1]

Aquificae [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылкаИдентификатор GenBank
Aquifex aeolicusVF5Водные1,551,3351,522[15]Хромосома NC_000918

Плазмида ece1 NC_001880

Armatimonadetes [ править ]

Группа Bacteroidetes / Chlorobi [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылкаИдентификатор GenBank
Bacteroides fragilisNCTC9343Bacteroidetes5 205 1404260[16]Хромосома CR626927

Плазмида pBF9343 CR626928

Bacteroides fragilisYCH46Bacteroidetes5 277 2744,578[17]Хромосома AP006841

Плазмида pBFY46 AP006842

Bacteroides thetaiotaomicronВПИ-5482Bacteroidetes6 260 3614,778[18]Хромосома AE015928

Плазмида p5482 AY171301

Candidatus Amoebophilus asiaticus5a2Bacteroidetes1,884,364[19]CP001102
Chlorobaculum parvumNCIB 8327Хлороби2 289 249Объединенный институт генома DOECP001099
Chlorobium chlorochromatiiCaD3Хлороби2 572 0792 002Объединенный институт генома DOECP000108
Хлоробий феррооксидансDSM 13031ХлоробиОбъединенный институт генома DOEAASE00000000
Chlorobium limicolaDSM 245Хлороби2 763 181Объединенный институт генома DOENC_010803
Chlorobium phaeobacteroidesBS1Хлороби2 736 403Объединенный институт генома DOENC_010831
Chlorobium phaeobacteroidesDSM 266Хлороби3 133 902Объединенный институт генома DOENC_008639
Chlorobium phaeovibrioidesDSM 265Хлороби1 966 858Объединенный институт генома DOENC_009337
Хлоробиум тепидумTLSХлороби2 154 9462,255[20]AE006470
Хлорогерпетон таллийATCC 35110Хлороби3 293 456Объединенный институт генома DOECP001100
Cytophaga hutchinsoniiATCC 33406Хлороби4 433 218[21]CP000383
Халискоменобактер гидросисDSM 1100Bacteroidetes8 371 686[22]Хромосома CP002691

Плазмида pHALHY01 CP002692
Плазмида pHALHY02 CP002693
Плазмида pHALHY03 CP002694

Ignavibacterium альбомJCM 16511Хлороби3 658 997Копенгагенский университетCP003418
Pelodictyon luteolum ( Chlorobium luteolum )DSM 273Хлороби2,364,8422,083Объединенный институт генома DOECP000096
Pelodictyon phaeoclathratiformeБУ-1Хлороби3 018 238Объединенный институт генома DOECP001110
Porphyromonas gingivalisATCC 33277Bacteroidetes2 354 886[23]NC_010729
Porphyromonas gingivalisW83Bacteroidetes2 343 4761 909[24]NC_002950
Prosthecochloris aestuariiDSM 271Хлороби2 512 923Объединенный институт генома DOEХромосома CP001108

Плазмида pPAES01 CP001109

Salinibacter ruberDSM 13855Bacteroidetes3,551,8232 801[25]NC_007677
Salinibacter ruberM8Bacteroidetes3 619 447[26]Хромосома FP565814

Плазмида pSR11 FP565810
Плазмида pSR56 FP565811
Плазмида pSR61 FP565812
Плазмида pSR84 NC_014157

Saprospira grandisул. ЛевинBacteroidetes4 345 237Гавайский университет в МаноаХромосома CP002831

Плазмида CP002832

Caldiserica [ править ]

Группа Chlamydiae / Verrucomicrobia [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылка
Akkermansia muciniphilaATCC BAA-835Веррукомикробия2 664 1022176[27]
Akkermansia muciniphilaУрмитВеррукомикробия2 664 7142192[28]
Chlamydia muridarumНиггерХламидии1 072 950904[29]
Хламидия трахоматисAHAR13Хламидии1 044 459911[30]
Хламидия трахоматисDUWХламидии1 042 519894[31]
Chlamydophila abortusS26-3Хламидии1,144,377961[32]
Chlamydophila caviaeGPICХламидии1,173,390998[33]
Chlamydophila felisFeC56Хламидии1,166 2391 005[34]
Chlamydophila pneumoniaeAR39Хламидии1,229,8531,110[29]
Chlamydophila pneumoniaeCWL029Хламидии1,230,2301,052[35]
Chlamydophila pneumoniaeJ138Хламидии1,226,5651,069[36]
Chlamydophila pneumoniaeTW183Хламидии1,225,9351,113АЛТАНА Фарма
Диаспоры парахламииUWE25Хламидии2,414,4652,031[37]

Хлорофлекси [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылка
Dehalococcoides mccartyi195Dehalococcoidetes1,469,7201,580[38]
Dehalococcoides mccartyiCBDB1Dehalococcoidetes1,395,5021,458[39]
Dehalococcoides mccartyiDCMB5Dehalococcoidetes1,431,9021,526[40]
Dehalococcoides mccartyiBTF08Dehalococcoidetes1,452,3351,580[40]

Chrysiogentes [ править ]

Цианобактерии [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылка
Анабаена ностокPCC7120Ностокалес6 413 7715 368[41]
Анабаена вариабилисATCC29413Ностокалес6,365,7275 039Объединенный институт генома DOE
Цианобактерии бактерииЙеллоустон, АChroococcales2 932 7662 760[42]
Цианобактерии бактерииЙеллоустоунBChroococcales3 046 6822 862[42]
Gloeobacter violaceusPCC7421Gloeobacteria4 659 0194 430[43]
Prochlorococcus marinusMED4Prochlorales1,657,9901,716[44]
Prochlorococcus marinusMIT9312Prochlorales1 709 2041 809Не опубликовано [1]
Prochlorococcus marinusMIT9313Prochlorales2,410,8732,273[44]
Prochlorococcus marinusNATL2AProchlorales1,842,8991890Не опубликовано [1]
Prochlorococcus marinusSS120Prochlorales1 751 0801882[45]
Synechococcus elongatusPCC6301Chroococcales2 696 2552,525Не опубликовано [1]
Synechococcus elongatusPCC7942Chroococcales2 695 9032 611Не опубликовано [1]
Виды SynechococcusWH8102Chroococcales2,434,4282,526[46]
Виды SynechococcusCC9605Chroococcales2 510 6592 638Не опубликовано [1]
Виды SynechococcusCC9902Chroococcales2,234,8282 304Не опубликовано [1]
Виды SynechocystisPCC6803Chroococcales3,573,4703 167[47]
Thermosynechococcus elongatusbp1Chroococcales2 593 8572,475Не опубликовано [1]

Deferribacteres [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылка
Geovibrio sp.Deferribacteres2 971 6582,415Объединенный институт генома DOE
Mucispirillum schaedleriASF457Deferribacteres2 319 1802144Broad Institute
Denitrovibrio acetiphilusDSM 12809Deferribacteres3 222 0773068[48]
Calditerrivibrio nitroreducensDSM 19672Deferribacteres2 157 8352117[49]
Deferribacter desulfuricansSSM1Deferribacteres2 234 3892 184[50]
Flexistipes sinusarabiciDSM 4947Deferribacteres2,526,5902397[51]

Deinococcus - Thermus [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылкаИдентификатор GenBank
Deinococcus desertiVCD115Deinococcales2 819 842[52]Хромосома NC_012526

Плазмида 1 NC_012528
Плазмида 2 NC_012529
Плазмида 3 NC_012528

Деинококк геотермальныйDSM 11300Deinococcales2,467,2052335Объединенный институт генома DOEХромосома CP000359

Плазмида pDGEO01 CP000358
Плазмида pDGEO02 CP000856

Deinococcus gobiensisI-0Deinococcales3,137,147[53]Хромосома CP002191

Плазмида P1 CP002192
Плазмида P2 CP002193
Плазмида P3 CP002194
Плазмида P4 CP002195
Плазмида P5 CP002196
Плазмида P6 CP002197

Deinococcus maricopensisDSM 21211Deinococcales3 498 530Объединенный институт генома Министерства энергетики СШАCP002454
Дейнококк протеолитическийMRPDeinococcales2 147 060Объединенный институт генома Министерства энергетики СШАХромосома CP002536

Плазмида pDEIPR01 CP002537
Плазмида pDEIPR02 CP002538
Плазмида pDEIPR03 CP002539
Плазмида pDEIPR04 CP002540

Дейнококк радиодурансR1DeinococcalesХромосома 1: 2,648,638

Хромосома 2: 412,348

Хромосома 1: 2,579

Хромосома 2: 357

[54]Хромосома 1 NC_001263

Хромосома 2 NC_001264
Плазмида CP1 NC_000959
Плазмида MP1 NC_000958

Marinithermus hydrothermalisDSM 14884Термы2 269 167Объединенный институт генома DOECP002630
Meiothermus гиЬегDSM 1279Термы3 097 457Объединенный институт генома DOECP001743
Мейотермус силванусDSM 9946Термы3 249 394[55]Хромосома CP002042

Плазмида pMESIL01 CP002043
Плазмида pMESIL02 CP002044

Oceanithermus profundusDSM 14977Термы2 303 940Объединенный институт генома DOEХромосома CP002361

Плазмида pOCEPR01

Thermus scotoductusSA-01Термы2 346 803[56]Хромосома CP001962

Плазмида pTSC8 CP001963

Виды ThermusCCB_US3_UF1Термы2,243,772Universiti Sains MalaysiaХромосома CP003126

Плазмида pTCCB09 CP003127

Термус термофильныйHB27Термы1,894,8771 982[57]Хромосома AE017221

Плазмида pTT27 AE017222

Термус термофильныйHB8Термы1,849,7421973Институт науки и технологий НараХромосома NC_006461

Плазмида pTT27 NC_006462
Плазмида pTT8 NC_006463

Термус термофильныйJL-18Термы1 902 595Объединенный институт генома DOEХромосома CP003252

Плазмида pTTJL1801 CP003253
Плазмида pTTJL1802 CP003254

Термус термофильныйSG0.5JP17-16Термы1,863,201Объединенный институт генома DOEХромосома CP002777

Плазмида pTHE1601 CP002778

Truepera radiovictrixDSM 17093Deinococcales3 260 398Объединенный институт генома DOECP002049

Диктиогломи [ править ]

Elusimicrobia [ править ]

Fibrobacteres / Acidobacteria группа [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылка
Бактерии ацидобактерииЭллин345Ацидобактерии5 650 3684 777Не опубликовано [1]
Leifsonia xyliCTCB07Ацидобактерии2,584,1582 030[58]
Propionibacterium acnesKPA171202Ацидобактерии2 560 2652,297[59]
Rubrobacter xylanophilusDSM9941Ацидобактерии3,225,7483140Объединенный институт генома DOE
Tropheryma whippeliiTW08 / 27Ацидобактерии925 938784[60]
Tropheryma whippeliiКрутитьАцидобактерии927 303808[61]

Firmicutes [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылка
бацилла сибирской язвыЭймсБациллы5 227 2935 311[62]
бацилла сибирской язвыСтернБациллы5,228,6635 287Не опубликовано [1]
Bacillus cereusATCC10987Бациллы5,224,2835 603[63]
Bacillus cereusATCC14579Бациллы5 411 8095 234[64]
Bacillus cereusZKБациллы5 300 9155 134Не опубликовано [1]
Bacillus clausiiКСМК16Бациллы4 303 8714,108[65]
Bacillus haloduransC125Бациллы4 202 3524 066[66]
Bacillus licheniformisATCC14580Бациллы4 222 3344,152[67]
Bacillus licheniformisНеопределенныеБациллы4 222 6454 196[68]
Bacillus licheniformisDSM13Бациллы4 222 6454 196[68]
Bacillus subtilis168Бациллы4 214 6304,106[69]
Bacillus thuringiensis9727Бациллы5 237 6825,117[70]
Carboxydothermus HydrogenoformansZ2901Clostridia2,401,5202 620[71]
Clostridium acetobutylicumATCC824Clostridia3 940 8803 672[72]
Clostridium difficileQCD-32g58Clostridia3 840 681Не опубликовано [1]
Clostridium perfringens13Clostridia3 031 4302 660[73]
Clostridium tetaniE88Clostridia2 799 2512373[74]
Desulfitobacterium hafnienseY51Clostridia5 727 5345 060[75]
Enterococcus faecalisV583Бациллы3 218 0313,113[76]
Geobacillus kaustophilusHTA426Бациллы3 544 7763 498[77]
Lactobacillus acetotoleransНКФРБациллы
Lactobacillus acidophilusНКФРБациллы1,993,5641864[78]
Lactobacillus delbrueckiiболгарикБациллы1,864,9982,096Не опубликовано [1]
Lactobacillus johnsoniiNCC533Бациллы1,992,6761821[79]
Lactobacillus plantarumWCFS1Бациллы3 308 2743051[79]
Lactobacillus sakei23 тыс.Бациллы1,884,6611885Не опубликовано [1]
Lactobacillus sakeisakei23KБациллы1,884,6611885Не опубликовано [1]
Lactobacillus salivariusUCC118Бациллы1,827,1111,717Не опубликовано [1]
Lactococcus lactisIL1403Бациллы2,365,5892 266[80]
Listeria innocuaЗажим11262Бациллы3 011 2082 981[81]
Listeria monocytogenesEGDБациллы2 944 5282,855[81]
Listeria monocytogenes4bБациллы2 905 1872 821[82]
Мурелла термоацетикаATCC39073Clostridia2 628 7842,465Не опубликовано [1]
Oceanobacillus iheyensisHTE831Бациллы3 630 5283 496[83]
Золотистый стафилококкCOLБациллы2 809 4222 673[84]
Золотистый стафилококкMRSA252Бациллы2 902 6192 744[85]
Золотистый стафилококкMSSA476Бациллы2 799 8022 619[85]
Золотистый стафилококкMu50Бациллы2 878 5292 699[86]
Золотистый стафилококкMW2Бациллы2 820 4622 632[87]
Золотистый стафилококкN315Бациллы2 814 8162,593[86]
Золотистый стафилококкNCTC8325Бациллы2 821 3612 892Не опубликовано [1]
Золотистый стафилококкRF122Бациллы2 742 5312,589Не опубликовано [1]
Золотистый стафилококкUSA300Бациллы2 872 7692,560[88]
Эпидермальный стафилококкATCC12228Бациллы2 499 2792,419Не опубликовано [1]
Эпидермальный стафилококкRP62AБациллы2 616 5302,494[84]
Гемолитический стафилококкJCSC1435Бациллы2 685 0152 678[89]
Staphylococcus saprophyticusсапрофитикБациллы2,516,5752,446[90]
Streptococcus agalactiaeA909Бациллы2 127 8391,996[91]
Streptococcus agalactiaeNEM316Бациллы2 211 4852 134[92]
Streptococcus agalactiae2603 В / РБациллы2 160 2672,124[93]
Streptococcus mutansUAB159Бациллы2 030 9211 960[94]
ПневмококкR6Бациллы2 038 6152,043[95]
ПневмококкTIGR4Бациллы2 160 8422,125[96]
Streptococcus pyogenesM5МанфредоБациллы1,841,271Не опубликовано [1]
Streptococcus pyogenesMGAS10270Бациллы1 928 2521 987[97]
Streptococcus pyogenesMGAS10394Бациллы1,899,8771886[98]
Streptococcus pyogenesMGAS10750Бациллы1 937 1111 979[97]
Streptococcus pyogenesMGAS2096Бациллы1 860 3551898[97]
Streptococcus pyogenesMGAS315Бациллы1 900 5211865[99]
Streptococcus pyogenesMGAS5005Бациллы1,838,5541865[100]
Streptococcus pyogenesMGAS6180Бациллы1,897,5731,894[101]
Streptococcus pyogenesMGAS8232Бациллы1,895,0171845[102]
Streptococcus pyogenesMGAS9429Бациллы1,836,4671877[97]
Streptococcus pyogenesSF370Бациллы1,852,4411,696[103]
Streptococcus pyogenesSSI1Бациллы1,894,2751861[104]
Термофильный стрептококкCNRZ1066Бациллы1,796,2261 915[105]
Термофильный стрептококкLMG18311Бациллы1,796,8461889[105]
Thermoanaerobacter tengcongensisMB4TClostridia2 689 4452,588Не опубликовано [1]

Фузобактерии [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылкаИдентификатор GenBank
Fusobacterium nucleatumATCC25586Фузобактерии2 174 5002 067[106]
Fusobacterium sp.11_3_2ФузобактерииНе опубликованоACUO00000000
Fusobacterium sp.21_1AФузобактерииНе опубликованоADEE00000000

Gemmatimonadetes [ править ]

Нитроспиры [ править ]

Планктомицеты [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылка
Rhodopirellula balticaштамм1Планктомицеты Planctomycetacia7 145 5767,325Не опубликовано [1]

Протеобактерии [ править ]

Alphaproteobacteria [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылка
Agrobacterium tumefaciensC58Alphaproteobacteria2 841 5812 722[107]
Маргинальная анаплазмаStMariesAlphaproteobacteria1,197,687949[108]
Анаплазма фагоцитофильнаяГцAlphaproteobacteria1 471 2821,264[109]
Bartonella henselaeХьюстон-1Alphaproteobacteria1 931 0471,612[110]
Бартонелла кинтанаТулузаAlphaproteobacteria1,581,3841 308[110]
Bradyrhizobium japonicumUSDA110Alphaproteobacteria9 105 8288 317[111]
Бруцелла абортус2308 (хромосома I)Alphaproteobacteria1,156,9481,164[112]
2308 (хромосома II)Alphaproteobacteria2,121,3592186[112]
Бруцелла абортус9-941 (хромосома I)Alphaproteobacteria2,124,2412 030[113]
9-941 (хромосома II)Alphaproteobacteria1,162,2041,055[113]
Brucella melitensis16М (хромосома I)Alphaproteobacteria2 117 1442,059[114]
16М (хромосома II)Alphaproteobacteria1,177,7871,139[114]
Brucella suis1330 (хромосома I)Alphaproteobacteria2 107 7942,123[115]
1330 (хромосома II)Alphaproteobacteria1 207 3811,150[115]
Caulobacter crescentusCB15Alphaproteobacteria4 016 9473 737[116]
Ehrlichia canisДжейкAlphaproteobacteria1,315,030925Не опубликовано [1]
Ehrlichia chaffeensisАрканзасAlphaproteobacteria1,176,2481 105[109]
Ehrlichia ruminantiumГардельAlphaproteobacteria1,499,920950Не опубликовано [1]
Ehrlichia ruminantiumWelgevondenAlphaproteobacteria1 512 977958Не опубликовано [1]
НеопределенныеНеопределенныеAlphaproteobacteria1 516 355920[117]
Erythrobacter litoralisHTCC2594Alphaproteobacteria3 052 3983011Не опубликовано [1]
Gluconobacter oxydans621HAlphaproteobacteria2 702 1732,432[118]
Jannaschia видыCCS1Alphaproteobacteria4 317 9774 212Не опубликовано [1]
Магнитоспириллум магнетикумAMB1Alphaproteobacteria4 967 1484,559[119]
Mesorhizobium lotiMAFF303099Alphaproteobacteria7 036 0716 752[120]
Neorickettsia sennetsuМияямаAlphaproteobacteria859 006932[109]
Nitrobacter hamburgensisX14Alphaproteobacteria4 406 9673 804Не опубликовано [1]
Нитробактер виноградскийNb255Alphaproteobacteria3 402 0933,122Не опубликовано [1]
Новосфингобиум ароматическиеDSM12444Alphaproteobacteria3,561,5843 324Не опубликовано [1]
Пелагибактер убикHTCC1062Alphaproteobacteria1 308 7591,354[121]
Rhizobium etliCFN42Alphaproteobacteria4 381 6084 067[122]
Rhizobium leguminosarumviciae3841Alphaproteobacteria7 751 3094 746Не опубликовано [1]
Rhodobacter sphaeroides2.4.1Alphaproteobacteria3 188 6093022Не опубликовано [1]
НеопределенныеНеопределенныеAlphaproteobacteria943 016835Не опубликовано [1]
Rhodopseudomonas palustrisBisB18Alphaproteobacteria5 513 8444886Не опубликовано [1]
Rhodopseudomonas palustrisBisB5Alphaproteobacteria4 892 7174397Не опубликовано [1]
Rhodopseudomonas palustrisCGA009Alphaproteobacteria5 459 2134833[123]
Rhodopseudomonas palustrisHaA2Alphaproteobacteria5 331 6564683Не опубликовано [1]
Rhodospirillum rubrumATCC11170Alphaproteobacteria4 352 8253791Не опубликовано [1]
Риккетсия беллийRML369-CAlphaproteobacteria1 522 0761,429Не опубликовано [1]
Риккетсия конорияМалыш7Alphaproteobacteria1,268,7551,374[124]
Риккетсия фелисURRWXCal2Alphaproteobacteria1,485,1481,400[125]
Риккетсия prowazekiiМадрид-EAlphaproteobacteria1,111,523834[126]
Риккетсия тифаУилмингтонAlphaproteobacteria1,111,496838[127]
Silicibacter pomeroyiDSS3Alphaproteobacteria4,109,4423 810[128]
Silicibacter видыTM1040Alphaproteobacteria3 200 9383030Не опубликовано [1]
Sinorhizobium medicaeWSM419Alphaproteobacteria3,781,9043 635[129]
Sinorhizobium melilotiRm1021Alphaproteobacteria3 654 1353 341[130]
Сфингопиксис аляскенсисRB2256Alphaproteobacteria3 345 1703165Не опубликовано [1]
Вольбахия эндосимбионтTRSAlphaproteobacteria1 080 084805[131]
Wolbachia pipientiswMelAlphaproteobacteria1,267,7821,195[132]
Zymomonas mobilisZM4Alphaproteobacteria2,056,4161,998[133]

Бетапротеобактерии [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылка
Azoarcus sp.EbN1Бетапротеобактерии4 296 2304,1282002 [134]
Bordetella bronchisepticaRB50Бетапротеобактерии5 339 1795 006Не опубликовано [1]
Bordetella parapertussis12822Бетапротеобактерии4,773,5514 402Не опубликовано [1]
Bordetella pertussisTohamaIБетапротеобактерии4 086 1893 806Не опубликовано [1]
Burkholderia cenocepaciaAU1054Бетапротеобактерии3 294 5632 965Не опубликовано [1]
НеопределенныеНеопределенныеБетапротеобактерии2 788 4592 472Не опубликовано [1]
НеопределенныеНеопределенныеБетапротеобактерии1,196,0941,040Не опубликовано [1]
Burkholderia malleiATCC23344Бетапротеобактерии3 510 1482,996Не опубликовано [1]
НеопределенныеНеопределенныеБетапротеобактерии2 325 3792,0292004 [135]
Burkholderia pseudomallei1710bБетапротеобактерии4 126 2923736Не опубликовано [1]
НеопределенныеНеопределенныеБетапротеобактерии3 181 7622 611Не опубликовано [1]
Burkholderia pseudomalleiK96243Бетапротеобактерии4 074 542 (хромосома I) 3
173 005 (хромосома II)		3460 (хромосома I)
2395 (хромосома II)		2004 [85]
Виды Burkholderia383Бетапротеобактерии3 694 1263 334Не опубликовано [1]
НеопределенныеНеопределенныеБетапротеобактерии3,587,0823 174Не опубликовано [1]
НеопределенныеНеопределенныеБетапротеобактерии1,395,0691 209Не опубликовано [1]
Burkholderia thailandensisE264Бетапротеобактерии3 809 2013 2762005 [136]
НеопределенныеНеопределенныеБетапротеобактерии2 914 77123582005 [136]
Burkholderia xenovoransLB400Бетапротеобактерии4 895 8364 430Не опубликовано [1]
НеопределенныеНеопределенныеБетапротеобактерии3 363 5232 960Не опубликовано [1]
НеопределенныеНеопределенныеБетапротеобактерии1 471 7791,312Не опубликовано [1]
Chromobacterium violaceumATCC12472Бетапротеобактерии4 751 0804 4072003 [137]
Dechloromonas aromaticaRCBБетапротеобактерии4 501 1044 171Не опубликовано [1]
Methylobacillus flagellatusKTБетапротеобактерии2 971 5172 753Не опубликовано [1]
Neisseria gonorrhoeaeFA1090Бетапротеобактерии2 153 9222 002Не опубликовано [1]
Neisseria meningitidisсерогруппа A штамм Z2491Бетапротеобактерии2 184 4062,1212000 [138]
Neisseria meningitidisсерогруппа B штамм MC58Бетапротеобактерии2 272 3602 0632000 [139]
Nitrosomonas europaeaШмидтБетапротеобактерии2 812 0942,5742003 [140]
Nitrosospira multiformisATCC25196Бетапротеобактерии3 184 2432 757Не опубликовано [1]
Polaromonas видыJS666Бетапротеобактерии5 200 2644817Не опубликовано [1]
Ralstonia eutrophaJMP134Бетапротеобактерии3 806 5333 439Не опубликовано [1]
НеопределенныеНеопределенныеБетапротеобактерии2,726,1522,407Не опубликовано [1]
Ralstonia MetalliduransCH34Бетапротеобактерии3 928 0893 601Не опубликовано [1]
НеопределенныеНеопределенныеБетапротеобактерии2 580 0842313Не опубликовано [1]
Ralstonia solanacearumGMI1000Бетапротеобактерии3 716 4133 4412002 [141]
НеопределенныеНеопределенныеБетапротеобактерии2 094 5091,679[141]
Родоферакс ферриредусенсDSM15236Бетапротеобактерии4 712 3374 170Не опубликовано [1]
Thiobacillus denitrificansATCC25259Бетапротеобактерии2 909 8092 827Не опубликовано [1]

Гаммапротеобактерии [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылка
Acinetobacter sp.ADP1Гаммапротеобактерии3 598 6213,3252004 [142]
Baumannia cicadellinicolaHcГаммапротеобактерии686 194595Не опубликовано [1]
Blochmannia floridanusНапряжениеГаммапротеобактерии705 5575892003 [143]
Blochmannia pennsylvanicusbpENГаммапротеобактерии791 6546102005 [144]
Buchnera aphidicolaAPSГаммапротеобактерии640 6815642000 [145]
Buchnera aphidicolaBГаммапротеобактерии615 9805042003 [146]
Buchnera aphidicolaSgГаммапротеобактерии641 4545452002 [147]
Карсонелла руддииPVГаммапротеобактерии159 6621822006 [148]
Chromohalobacter salexigensDSM3043Гаммапротеобактерии3 696 6493 298Не опубликовано [1]
Колвеллия психреритрея34HГаммапротеобактерии5 373 1804910Не опубликовано [1]
Coxiella burnetiiRSA493Гаммапротеобактерии1 995 2812,0162003 [149]
Эрвиния каротовораSCRI1043Гаммапротеобактерии5 064 0194 492Не опубликовано [1]
кишечная палочка536Гаммапротеобактерии4 938 9204 685Не опубликовано [1]
кишечная палочкаCFT073Гаммапротеобактерии5 231 4285 3792002 [150]
кишечная палочкаК-12Гаммапротеобактерии4 639 675 (4 646 322)4331 (4337)1997, [151] 2005 [152]
кишечная палочкаO157: H7Гаммапротеобактерии5 528 445 (5 498 450)5 349 (5 361)2001, [153] 1999 [154]
кишечная палочкаUTI89Гаммапротеобактерии5 065 7415 066Не опубликовано [1]
Францизелла туларенскаяLVSГаммапротеобактерии1,895,9941 967Не опубликовано [1]
Францизелла туларенскаяSCHUS4Гаммапротеобактерии1,892 8191 8042005 [155]
Haemophilus ducreyi3500 л.с.Гаммапротеобактерии1,698,9551,717Не опубликовано [1]
Haemophilus influenzae86-028НПГаммапротеобактерии1 913 4281,7922005 [156]
Haemophilus influenzaeRdГаммапротеобактерии1,830,1381,7091995 [157]
Hahella chejuensisKCTC2396Гаммапротеобактерии7 215 2676 7822005 [158]
Idiomarina loihiensisL2TRГаммапротеобактерии2 839 3182 6282004 [159]
Легионелла пневмофилаЛинзаГаммапротеобактерии3 345 6872 9472004 [160]
Легионелла пневмофилаПарижГаммапротеобактерии3 503 61030822004 [160]
Легионелла пневмофилаФиладельфия1Гаммапротеобактерии3 397 7542 942Не опубликовано [1]
Mannheimia succiniciproducensMBEL55EГаммапротеобактерии2 314 0782384Не опубликовано [1]
Метилококк капсульныйВаннаГаммапротеобактерии3 304 5612 9602004 [161]
Nitrosococcus oceaniATCC19707Гаммапротеобактерии3 481 6912 976Не опубликовано [1]
Pasteurella multocidaPM70Гаммапротеобактерии2 257 48720142001 [162]
Photobacterium profundumSS9Гаммапротеобактерии4 085 3043 416Не опубликовано [1]
НеопределенныеНеопределенныеГаммапротеобактерии2 237 9431,997Не опубликовано [1]
Photorhabdus luminescenslaumondiiTTO1Гаммапротеобактерии5 688 9874 905Не опубликовано [1]
Pseudoalteromonas haloplanktisTAC125Гаммапротеобактерии3 214 9442,9412005 [163]
НеопределенныеНеопределенныеГаммапротеобактерии635 328546[163]
Синегнойная палочкаVRFPA04Гаммапротеобактерии6 818 0305 9392016 [164]
Псевдомонас энтомофилаL48Гаммапротеобактерии5 888 7805 168Не опубликовано [1]
Pseudomonas fluorescensПф-5Гаммапротеобактерии7 074 89361372005 [165]
Pseudomonas fluorescensPfO-1Гаммапротеобактерии6 438 4055736Не опубликовано [1]
Pseudomonas putidaКТ2440Гаммапротеобактерии6 181 8635 3502002 [166]
Pseudomonas syringaeB728aГаммапротеобактерии6 093 69851362005 [167]
Pseudomonas syringaeDC3000Гаммапротеобактерии6 397 1265 4702003 [168]
Pseudomonas syringaephaseolicola1448AГаммапротеобактерии5 928 7874983Не опубликовано [1]
Psychrobacter arcticum273-4Гаммапротеобактерии2 650 7012 147Не опубликовано [1]
Psychrobacter cryohalolentisK5Гаммапротеобактерии~ 3.1 Мб2,575[169]
НеопределенныеНеопределенныеГаммапротеобактерии3 059 8762 467Не опубликовано [1]
Saccharophagus degradansФев-40Гаммапротеобактерии5 057 5314 008Не опубликовано [1]
Сальмонелла энтерикаATCC9150Гаммапротеобактерии4,585,22940932004 [170]
Сальмонелла энтерикаSCB67Гаммапротеобактерии4 755 7004 4452005 [171]
Сальмонелла энтерикаTy2Гаммапротеобактерии4 791 9614 3232003 [172]
Сальмонелла энтерикатиф CT18Гаммапротеобактерии4 809 03746002001 [173]
Сальмонелла тифимуриумLT2Гаммапротеобактерии4 857 4324 4522001 [174]
Shewanella denitrificansOS217Гаммапротеобактерии4,545,9063754Не опубликовано [1]
Shewanella oneidensisMR1Гаммапротеобактерии4 969 8034 6302002 [175]
Шигелла бойдиSb227Гаммапротеобактерии4,519,8234 1422005 [176]
Шигелла дизентерияSd197Гаммапротеобактерии4 369 2324 2772005 [176]
Шигелла флекснери2457TГаммапротеобактерии4 599 3544 0732003 [177]
Шигелла флекснери2a301Гаммапротеобактерии4 607 2034 4362002 [178]
Shigella sonneiSs046Гаммапротеобактерии4 825 26542242005 [176]
Sodalis glossinidiusморситаныГаммапротеобактерии4 171 1462,4322006 [179]
Thiomicrospira crunogenaXCL2Гаммапротеобактерии2,427,7342192Не опубликовано [1]
Холерный вибрионN16961Гаммапротеобактерии2,961,149 (хромосома I)
1,072,315 (хромосома II)		2736 (хромосома I)
1092 (хромосома II)		2000 [180]
Вибрио фишериES114Гаммапротеобактерии2,906,179 (хромосома I)
1,332,022 (хромосома II)		2575 (хромосома I)
1172 (хромосома II)		2005 [181]
Вибрион парагемолитическийRIMD2210633Гаммапротеобактерии3 288 558 (хромосома I)
1877 212 (хромосома II)		3080 (хромосома I)
1752 (хромосома II)		2000 [182]
Vibrio vulnificusCMCP6Гаммапротеобактерии3281944 (хромосома I)
1844853 (хромосома II)		2973 (хромосома I)
1565 (хромосома II)		2003 [183]
Vibrio vulnificusYJ016Гаммапротеобактерии3 354 505 (хромосома I) 1
857 073 (хромосома II)		3262 (хромосома I)
1697 (хромосома II)		2003 [184]
Вигглсуортия глоссинидияНапряжениеГаммапротеобактерии697 7246112002 [185]
Xanthomonas axonopodiscitri306Гаммапротеобактерии5,175,5544 3122002 [186]
Xanthomonas campestris8004Гаммапротеобактерии5 148 7084 2732005 [187]
Xanthomonas campestris8510Гаммапротеобактерии5 178 4664 4872005 [188]
Xanthomonas campestrisATCC33913Гаммапротеобактерии5 076 1884 1812002 [186]
Xanthomonas oryzaeKACC10331Гаммапротеобактерии4 941 4394 6372005 [189]
Xanthomonas oryzaeMAFF311018Гаммапротеобактерии4 940 2174 372Не опубликовано [1]
Xylella fastidiosa9a5cГаммапротеобактерии2 679 3062 7662000 [190]
Xylella fastidiosaТемекула1Гаммапротеобактерии2 519 8022,0342003 [191]
Yersinia pestisAntiquaГаммапротеобактерии4 702 2894 1672006 [192]
Yersinia pestisCO-92BiovarOrientalisГаммапротеобактерии4 653 7284 0082001 [193]
Yersinia pestisКИМГаммапротеобактерии4 600 7554 0902002 [194]
Yersinia pestisСредневековьеГаммапротеобактерии4,595,0653 8952004 [195]
Иерсиний псевдотуберкулезIP32953Гаммапротеобактерии4 744 6713 9742004 [196]

Подразделения дельта / эпсилон [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылка
Анаэромиксобактер dehalogenans2CP-Cдельта-эпсилон5 013 4794 346Не опубликовано [1]
Bdellovibrio bacteriovorusHD100дельта-эпсилон3,782,9503,5832004 [197]
Campylobacter jejuniNCTC11168дельта-эпсилон1 641 4811,6432000 [198]
Campylobacter jejuniRM1221дельта-эпсилон1,777,83118382005 [199]
Десульфоталеа психрофилаLSv54дельта-эпсилон3 523 3833118Не опубликовано [1]
Desulfovibrio desulfuricansG20дельта-эпсилон3,730,2323775Не опубликовано [1]
Десульфовибрион обыкновенныйHildenboroughдельта-эпсилон3 570 8583 3792004 [200]
Geobacter MetallireducensGS15дельта-эпсилон3,997,4203 519Не опубликовано [1]
Геобактер серыPCAдельта-эпсилон3 814 1393,4472003 [201]
Хеликобактер гепатикусATCC51449дельта-эпсилон1,799,14618752003 [202]
Helicobacter pylori26695дельта-эпсилон1,667,8671,5661997 [203]
Helicobacter pyloriHPAG1дельта-эпсилон1 596 3661,536Не опубликовано [1]
Helicobacter pyloriJ99дельта-эпсилон1,643,8311,4911999 [204]
Лавсония внутриклеточнаяФЕМН1-00дельта-эпсилон1,719 0141,344Не опубликовано [1]
Лавсония внутриклеточнаяPHE / MN1-00дельта-эпсилон1,457,619 (хромосома)
27,048 (плазмида A)
39,794 (плазмида B)
194,553 (плазмида C)		1,187
29 (плазмида A)
24 (плазмида B)
104 (плазмида C)		2013 [205]
Myxococcus xanthusDK1622дельта-эпсилон9 139 7637 331Не опубликовано [1]
Pelobacter carbinolicusDSM2380дельта-эпсилон3 665 8933119Не опубликовано [1]
Сорангиум целлюлозумИтак ce56дельта-эпсилон13 033 7799 3672007 [206]
Sulfurimonas denitrificansDSM1251дельта-эпсилон2 201 5612,1042007 [207]
Syntrophus aciditrophicusSBдельта-эпсилон3 179 3003168Не опубликовано [1]
Thiomicrospira denitrificansATCC33889дельта-эпсилон2 201 5612,097Не опубликовано [1]
Волинелла суччиноDSMZ1740дельта-эпсилон2 110 3552,0442003 [208]

Зетапротеобактерии [ править ]

Спирохеты [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылка
Borrelia burgdorferiB31Спирохеты910 724850[209]
Borrelia gariniiPBiСпирохеты904 246832[210]
Leptospira interrogans56601Спирохеты4,332,2414 358[211]
НеопределенныеНеопределенныеСпирохеты358 943367[211]
Leptospira interrogansFiocruzL1130Спирохеты4 277 1853 394[212]
НеопределенныеНеопределенныеСпирохеты350 181264[212]
Treponema denticolaATCC35405Спирохеты2 843 2012 767[213]
Бледная трепонемаНиколсСпирохеты1 138 0111,031[214]

Synergistetes [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылкаИдентификатор GenBank
Thermovirga lieniiCas60314, DSM 17291Синергия1 967 774Объединенный институт генома DOECP003096

Tenericutes [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылкаИдентификатор GenBank
Цветочная мезоплазмаL1Молликуты793 224683Не опубликовано [1]
Mycoplasma anatis1340, ATCC 25524Молликуты[215]AFVJ00000000
Mycoplasma capricolumATCC273Молликуты1 010 023812Не опубликовано [1]
Mycoplasma gallisepticumрМолликуты996 422726[216]
Mycoplasma genitaliumG37Молликуты580 076476[217]
Микоплазма гемоканисИллинойсМолликуты919 992Не опубликованоCP003199
Mycoplasma hyopneumoniae232Молликуты892 758691[218]
Mycoplasma hyopneumoniae7448Молликуты920 079663[219]
Mycoplasma hyopneumoniaeJМолликуты897 405665[219]
Mycoplasma hyorhinisGDL-1Молликуты837 480Не опубликованоCP003231
Mycoplasma leachii99/014/6Молликуты1 017 232Не опубликованоFR668087
Mycoplasma mobile163 тыс.Молликуты777 079635[220]
Mycoplasma mycoidesSCМолликуты1 211 7031,016[221]
Микоплазма пенетрансHF2Молликуты1,358,6331,037[222]
Mycoplasma pneumoniaeM129Молликуты816 394688[223]
Легочная микоплазмаUABМолликуты963 879782[224]
Mycoplasma synoviae53Молликуты799 476672[219]
Phytoplas maasterisAYWBМолликуты706 569671Не опубликовано [1]
Phytoplas maasterisOYМолликуты860 631754[225]
Уреаплазма уреалитикумсеровар3Молликуты751 719611[226]

Термодесульфобактерии [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылка
Индикация термодесульфататораCIR29812 (Т)Термодесульфобактерии2 322 2242,2912012 [227]
Thermodesulfobacterium geofontisOPF15 (Т)Термодесульфобактерии1,634,3771,6352013 [228]

Термотоги [ править ]

РазновидностьНапряжениеТипПар основанийГеныСсылка
Fervidobacterium nodosumRT17-B1Термотоги1 950 0001,7502009 [229]
Космотога олеарияTBF 19.5.1Термотоги2 302 12621182011 [230]
Месотога примаMesG1.Ag.4.2Термотоги2,974,229 хромосомы 1,724
плазмиды		2 7362012 [231]
Термосифо африканскийTCF52BТермотоги2 016 6572 0002009 [232]
Thermosipho melanesiensisBI429Термотоги1 920 00018792009 [229]
Thermotoga lettingaeTMOТермотоги2 140 0002 0402009 [229]
Thermotoga maritimaMSB8Термотоги1,860,72518461999, [233] 2013 [234]
Thermotoga petrophilaРКУ-1Термотоги1 820 0001,7852009 [229]

См. Также [ править ]

  • Геномный проект
  • Проект микробиома человека
  • Список секвенированных эукариотических геномов
  • Список секвенированных геномов архей
  • Список секвенированных пластомов

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u v w x y z aa ab ac ad ae af ag ah ai aj ak al am an ao ap aq ar as at au av aw топор ay az ba bb bc bd be bf BG BH би BJ Б.К. бл шм млрд бо п.н. Бк бр шс BT бушель БВ м.т. BX по BZ ца CB куб.см кд се ср CG ч CI CJ ск сл см сп со ф сд кр CS кт у.е. резюме непрерывного сх су CZ да дБ постоянного тока " Поиск в базе данных генома Entrez ". Национальный центр биотехнологической информации. Ищите подробную информацию о конкретных геномах по названию организма и штамму.
  2. ^ Tahon G и др. (2018). «Abditibacterium utsteinense sp. Nov., Первый культивируемый представитель филума-кандидата FBP, выделенный из незамерзающих образцов антарктической почвы». Syst. Прил. Microbiol . 41 (4): 279–290. DOI : 10.1016 / j.syapm.2018.01.009 . PMID 29475572 . 
  3. ^ Шелл М.А. и др. (2002). «Последовательность генома Bifidobacterium longum отражает его адаптацию к желудочно-кишечному тракту человека» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (22): 14422–7. Bibcode : 2002PNAS ... 9914422S . DOI : 10.1073 / pnas.212527599 . PMC 137899 . PMID 12381787 .  
  4. ^ Cerdeño-Tárraga AM, et al. (2003). «Полная последовательность генома и анализ Corynebacterium diphtheriae NCTC13129» . Nucleic Acids Res . 31 (22): 6516–23. DOI : 10.1093 / NAR / gkg874 . PMC 275568 . PMID 14602910 .  
  5. ^ Nishio Y, et al. (2003). «Сравнительный анализ последовательности полного генома аминокислотных замен, ответственных за термостабильность Corynebacterium efficiens » . Genome Res . 13 (7): 1572–9. DOI : 10.1101 / gr.1285603 . PMC 403753 . PMID 12840036 .  
  6. ^ Tauch A, et al. (2005). «Полная последовательность генома и анализ мультирезистентного нозокомиального патогена Corynebacterium jeikeium K411, липид-требующей бактерии флоры кожи человека» . J Bacteriol . 187 (13): 4671–82. DOI : 10.1128 / JB.187.13.4671-4682.2005 . PMC 1151758 . PMID 15968079 .  
  7. ^ Ли Л. и др. (2005). «Полная последовательность генома подвида Mycobacterium avium paratuberculosis » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 102 (35): 12344–9. Bibcode : 2005PNAS..10212344L . DOI : 10.1073 / pnas.0505662102 . PMC 1194940 . PMID 16116077 .  
  8. ^ Гарнье Т. и др. (2003). «Полная последовательность генома Mycobacterium bovis » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 100 (13): 7877–82. Bibcode : 2003PNAS..100.7877G . DOI : 10.1073 / pnas.1130426100 . PMC 164681 . PMID 12788972 .  
  9. ^ Коул СТ и др. (2001). «Массивный генный распад в лепровой палочке». Природа . 409 (6823): 1007–11. Bibcode : 2001Natur.409.1007C . DOI : 10.1038 / 35059006 . PMID 11234002 . S2CID 4307207 .  
  10. ^ Коул СТ и др. (1998). «Расшифровка биологии Mycobacterium tuberculosis из полной последовательности генома» . Природа . 393 (6685): 537–44. Bibcode : 1998Natur.393..537C . DOI : 10,1038 / 31159 . PMID 9634230 . 
  11. ^ Ishikawa J, et al. (2004). «Полная геномная последовательность Nocardia farcinica IFM 10152» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 101 (41): 14925–30. Bibcode : 2004PNAS..10114925I . DOI : 10.1073 / pnas.0406410101 . PMC 522048 . PMID 15466710 .  
  12. ^ Омура С. и др. (2001). «Последовательность генома промышленного микроорганизма Streptomyces avermitilis : определение способности продуцировать вторичные метаболиты» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 98 (21): 12215–20. Bibcode : 2001PNAS ... 9812215O . DOI : 10.1073 / pnas.211433198 . PMC 59794 . PMID 11572948 .  
  13. ^ Реденбах М. и др. (1996). «Набор упорядоченных космид и подробная генетическая и физическая карта 8-мегабайтной хромосомы Streptomyces coelicolor A3 (2)». Mol Microbiol . 21 (1): 77–96. DOI : 10.1046 / j.1365-2958.1996.6191336.x . PMID 8843436 . S2CID 30241692 .  
  14. ^ Уэда К. и др. (2004). «Последовательность генома Symbiobacterium thermophilum , некультивируемой бактерии, которая зависит от микробного комменсализма» . Nucleic Acids Res . 32 (16): 4937–44. DOI : 10.1093 / NAR / gkh830 . PMC 519118 . PMID 15383646 .  
  15. ^ Deckert G, et al. (1998). «Полный геном гипертермофильной бактерии Aquifex aeolicus » . Природа . 392 (6674): 353–8. Bibcode : 1998Natur.392..353D . DOI : 10.1038 / 32831 . PMID 9537320 . 
  16. ^ Cerdeño-Tárraga AM, et al. (2005). «Обширные инверсии ДНК в экспрессии вариабельных генов генома B. fragilis » (PDF) . Наука . 307 (5714): 1463–5. Bibcode : 2005Sci ... 307.1463C . DOI : 10.1126 / science.1107008 . PMID 15746427 . S2CID 43623586 .   
  17. ^ Kuwahara, T; и другие. (2004). «Геномный анализ Bacteroides fragilis показывает обширные инверсии ДНК, регулирующие адаптацию клеточной поверхности» . PNAS . 101 (41): 14919–14924. Bibcode : 2004PNAS..10114919K . DOI : 10.1073 / pnas.0404172101 . PMC 522005 . PMID 15466707 .  
  18. ^ Xu J, et al. (2003). "Геномный взгляд на симбиоз человека и Bacteroides thetaiotaomicron ". Наука . 299 (5615): 2074–6. Bibcode : 2003Sci ... 299.2074X . DOI : 10.1126 / science.1080029 . PMID 12663928 . S2CID 34071235 .  
  19. ^ Schmitz-Esser, S .; и другие. (2010). «Геном симбионта амебы Candidatus Amoebophilus asiaticus обнаруживает общие механизмы взаимодействия клеток-хозяев между бактериями, ассоциированными с амебами» . J. Bacteriol . 192 (4): 1045–1057. DOI : 10.1128 / JB.01379-09 . PMC 2812958 . PMID 20023027 .  
  20. ^ Эйзен Дж. А. и др. (2002). «Полная последовательность генома TLS Chlorobium tepidum , фотосинтетической анаэробной зелено-серной бактерии» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (14): 9509–14. Bibcode : 2002PNAS ... 99.9509E . DOI : 10.1073 / pnas.132181499 . PMC 123171 . PMID 12093901 .  
  21. ^ Се, G; и другие. (Июнь 2007 г.). «Последовательность генома целлюлолитической скользящей бактерии Cytophaga hutchinsonii » . Appl Environ Microbiol . 73 (11): 3536–3546. DOI : 10,1128 / AEM.00225-07 . PMC 1932680 . PMID 17400776 .  
  22. ^ Далиго, H .; и другие. (2011). «Полная последовательность генома штамма типа Haliscomenobacter hydrossis (О)» . Stand Genomic Sci . 4 (3): 352–360. DOI : 10.4056 / sigs.1964579 . PMC 3156403 . PMID 21886862 .  
  23. ^ Наито, М; и другие. (2008). «Определение последовательности генома штамма Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 и сравнение генома со штаммом W83 выявило обширные перестройки генома у P. gingivalis » . ДНК Res . 15 (4): 215–225. DOI : 10,1093 / dnares / dsn013 . PMC 2575886 . PMID 18524787 .  
  24. ^ Нельсон К.Э. и др. (2003). «Полная последовательность генома орального патогенного штамма Bacterium porphyromonas gingivalis W83» . J Bacteriol . 185 (18): 5591–601. DOI : 10.1128 / JB.185.18.5591-5601.2003 . PMC 193775 . PMID 12949112 .  
  25. ^ Mongodin EF, et al. (2005). «Геном Salinibacter ruber : конвергенция и обмен генами среди гипергалофильных бактерий и архей» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 102 (50): 18147–52. Bibcode : 2005PNAS..10218147M . DOI : 10.1073 / pnas.0509073102 . PMC 1312414 . PMID 16330755 .  
  26. ^ Пена, А; и другие. (2010). «Тонкомасштабная эволюция: геномная, фенотипическая и экологическая дифференциация двух сосуществующих штаммов Salinibacter ruber » . ИСМЕ Дж . 4 (7): 882–895. DOI : 10.1038 / ismej.2010.6 . PMID 20164864 . 
  27. ^ ван Пассель, Марк WJ; Кант, Рави; Zoetendal, Erwin G .; Plugge, Кэролайн М .; Дерриен, Мюриэль; Malfatti, Stephanie A .; Цепь, Патрик С.Г. Войке, Таня; Пальва, Айри (01.01.2011). «Геном Akkermansia muciniphila, специального расщепителя кишечного муцина, и его использование в исследовании кишечных метагеномов» . PLOS ONE . 6 (3): e16876. Bibcode : 2011PLoSO ... 616876V . DOI : 10.1371 / journal.pone.0016876 . ISSN 1932-6203 . PMC 3048395 . PMID 21390229 .   
  28. ^ Капуто, Аурелия; Дубур, Грегори; Кроче, Оливье; Гупта, сушим; Роберт, Кэтрин; Папазян, Лоран; Ролен, Жан-Марк; Рауль, Дидье (19 февраля 2015 г.). «Сборка всего генома Akkermansia muciniphila, секвенированная непосредственно из стула человека» . Биология Директ . 10 : 5. DOI : 10,1186 / s13062-015-0041-1 . ISSN 1745-6150 . PMC 4333879 . PMID 25888298 .   
  29. ^ a b Прочтите TD, et al. (2000). «Последовательности генома Chlamydia trachomatis MoPn и Chlamydia pneumoniae AR39» . Nucleic Acids Res . 28 (6): 1397–406. DOI : 10.1093 / NAR / 28.6.1397 . PMC 111046 . PMID 10684935 .  
  30. ^ Карлсон JH и др. (2005). «Сравнительный геномный анализ окулотропных и генитотропных штаммов Chlamydia trachomatis » . Инфекция и иммунитет . 73 (10): 6407–18. DOI : 10.1128 / IAI.73.10.6407-6418.2005 . PMC 1230933 . PMID 16177312 .  
  31. ^ Стивенс RS и др. (1998). «Последовательность генома облигатного внутриклеточного возбудителя человека: Chlamydia trachomatis ». Наука . 282 (5389): 754–9. Bibcode : 1998Sci ... 282..754S . DOI : 10.1126 / science.282.5389.754 . PMID 9784136 . 
  32. ^ Томсон Н.Р. и др. (2005). «Последовательность генома Chlamydophila abortus выявляет множество вариабельных белков, которые вносят вклад в межвидовую изменчивость» . Genome Res . 15 (5): 629–40. DOI : 10.1101 / gr.3684805 . PMC 1088291 . PMID 15837807 .  
  33. ^ Прочтите TD, et al. (2003). «Последовательность генома Chlamydophila caviae ( Chlamydia psittaci GPIC): изучение роли специфичных для ниши генов в эволюции Chlamydiaceae» . Nucleic Acids Res . 31 (8): 2134–47. DOI : 10.1093 / NAR / gkg321 . PMC 153749 . PMID 12682364 .  
  34. ^ Azuma, Y .; Hirakawa, H .; Ямасита, А .; Cai, Y .; Рахман, Массачусетс .; Suzuki, H .; Mitaku, S .; Toh, H .; и другие. (Февраль 2006 г.). «Последовательность генома кошачьего патогена Chlamydophila felis » . ДНК Res . 13 (1): 15–23. DOI : 10,1093 / dnares / dsi027 . PMID 16766509 . 
  35. ^ Kalman S, et al. (1999). «Сравнительные геномы Chlamydia pneumoniae и C. trachomatis ». Нат Жене . 21 (4): 385–9. DOI : 10,1038 / 7716 . PMID 10192388 . S2CID 24629065 .  
  36. ^ Сираи, М; Hirakawa, H; Оучи, К; Табучи, М; Киши, Ф; Кимото, М; Такеучи, H; Нисида, Дж; Шибата, К; Fujinaga, R; Йонеда, Н; Мацусима, H; Танака, К; Фурукава, S; Миура, К; Накадзава, А; Исии, К; Шиба, Т; Хаттори, М; Кухара, S; Накадзава, Т. (июнь 2000 г.). «Сравнение генов белков внешней мембраны omp и pmp в последовательностях всего генома изолятов Chlamydia pneumoniae из Японии и США» . J Infect Dis . 181 (Дополнение 3): S524–7. DOI : 10.1086 / 315616 . PMID 10839753 . 
  37. ^ Хорн М. и др. (2004). «Освещение эволюционной истории хламидий». Наука . 304 (5671): 728–30. Bibcode : 2004Sci ... 304..728H . DOI : 10.1126 / science.1096330 . PMID 15073324 . S2CID 39036549 .  
  38. ^ Seshadri R, et al. (2005). «Последовательность генома PCE-дехлорирующей бактерии Dehalococcoides ethenogenes ». Наука . 307 (5706): 105–8. Bibcode : 2005Sci ... 307..105S . DOI : 10.1126 / science.1102226 . PMID 15637277 . S2CID 15601443 .  
  39. ^ Кубе М и др. (2005). «Последовательность генома хлорированного соединения-дышащего штамма бактерии Dehalococcoides CBDB1» . Nat Biotechnol . 23 (10): 1269–73. DOI : 10.1038 / nbt1131 . PMID 16116419 . 
  40. ^ a b Pöritz, M .; Горис, Т .; Wubet, T .; Таркка, М.Т .; Buscot, F .; Nijenhuis, I .; Lechner, U .; Адриан, Л. (июнь 2013 г.). «Геномные последовательности двух специалистов дегалогенирования - Dehalococcoides mccartyi штаммов BTF08 и DCMB5 обогащены из сильно загрязненного Bitterfeld области» . FEMS Microbiol Lett . 343 (2): 101–4. DOI : 10.1111 / 1574-6968.12160 . PMID 23600617 . 
  41. ^ ДНК Res. 31 октября 2001 г .; 8 (5): 205-13, 8 (5): 205-13; 227-53
  42. ^ a b Allewalt JP, et al. (2006). «Влияние температуры и света на рост и фотосинтез изолятов Synechococcus, типичных для тех, которые преобладают в сообществе микробных матов весенних осьминогов в национальном парке Йеллоустон» . Appl Environ Microbiol . 72 (1): 544–50. DOI : 10,1128 / AEM.72.1.544-550.2006 . PMC 1352173 . PMID 16391090 .  
  43. ^ Накамура Y, и др. (2003). «Полная структура генома Gloeobacter violaceus PCC 7421, цианобактерии, в которой отсутствуют тилакоиды» . ДНК Res . 10 (4): 137–45. DOI : 10.1093 / dnares / 10.4.137 . PMID 14621292 . 
  44. ^ a b Rocap G, et al. (2003). «Дивергенция генома двух экотипов Prochlorococcus отражает дифференциацию океанических ниш». Природа . 424 (6952): 1042–7. Bibcode : 2003Natur.424.1042R . DOI : 10,1038 / природа01947 . PMID 12917642 . S2CID 4344597 .  
  45. ^ Dufresne A, et al. (2003). «Последовательность генома цианобактерии Prochlorococcus marinus SS120, почти минимальный оксифотрофный геном» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 100 (17): 10020–5. Bibcode : 2003PNAS..10010020D . DOI : 10.1073 / pnas.1733211100 . PMC 187748 . PMID 12917486 .  
  46. ^ Паленик B и др. (2003). «Геном подвижного морского синехококка » . Природа . 424 (6952): 1037–42. Bibcode : 2003Natur.424.1037P . DOI : 10,1038 / природа01943 . PMID 12917641 . 
  47. ^ Канеко, Т .; и другие. (1995). «Анализ последовательности генома одноклеточной Cyanobacterium Synechocystis sp. Штамма PCC6803. I. Особенности последовательности в области размером 1 Mb из положений на карте от 64% до 92% генома» . ДНК Res . 2 (4): 153–66. DOI : 10.1093 / dnares / 2.4.153 . PMID 8590279 . 
  48. ^ Поцелуй, H; Lang, E; Лапидус, А; Коупленд, А; Нолан, М; Glavina Del Rio, T; Чен, Ф; Лукас, S; Тайс, H; Cheng, JF; Хан, C; Гудвин, L; Pitluck, S; Лиолиос, К; Пати, А; Иванова, Н; Мавроматис, К; Чен, А; Паланиаппан, К; Земельный участок, м; Хаузер, L; Чанг, YJ; Джеффрис, CD; Деттер, JC; Бреттин, Т; Весна, S; Роде, М; Göker, M; Woyke, T; и другие. (2010). «Полная последовательность генома штамма типа Denitrovibrio acetiphilus (N2460)» . Стандарты геномных наук . 2 (3): 270–9. DOI : 10.4056 / sigs.892105 . PMC 3035293 . PMID 21304711 .  
  49. ^ Pitluck, S; Сикорский, Дж; Зейтун, А; Лапидус, А; Нолан, М; Лукас, S; Hammon, N; Дешпанде, S; Cheng, JF; Tapia, R; Хан, C; Гудвин, L; Лиолиос, К; Пагани, I; Иванова, Н; Мавроматис, К; Пати, А; Чен, А; Паланиаппан, К; Хаузер, L; Чанг, YJ; Джеффрис, CD; Деттер, JC; Brambilla, E; Djao, OD; Роде, М; Весна, S; Göker, M; Woyke, T; и другие. (2011). «Полная последовательность генома штамма типа Calditerrivibrio nitroreducens (Yu37-1)» . Стандарты геномных наук . 4 (1): 54–62. DOI : 10.4056 / sigs.1523807 . PMC 3072091 . PMID 21475587 .  
  50. ^ Такаки, ​​Y; Шимамура, S; Накагава, S; Фукухара, Y; Хорикава, H; Анкай, А; Харада, Т; Хосояма, А; Огучи, А; Фукуи, S; Fujita, N; Таками, Н; Такай, К. (2010). «Бактериальный образ жизни в дымоходе глубоководных гидротермальных источников, выявленный последовательностью генома термофильной бактерии Deferribacter desulfuricans SSM1» . Исследования ДНК . 17 (3): 123–37. DOI : 10,1093 / dnares / dsq005 . PMC 2885270 . PMID 20189949 .  
  51. ^ Лапидус, А; Чертков, О; Нолан, М; Лукас, S; Hammon, N; Дешпанде, S; Cheng, JF; Tapia, R; Хан, C; Гудвин, L; Pitluck, S; Лиолиос, К; Пагани, I; Иванова, Н; Huntemann, M; Мавроматис, К; Михайлова, Н; Пати, А; Чен, А; Паланиаппан, К; Земельный участок, м; Хаузер, L; Brambilla, EM; Роде, М; Abt, B; Весна, S; Göker, M; Бристоу, Дж; Eisen, JA; и другие. (2011). «Последовательность генома умеренно термофильного галофильного штамма Flexistipes sinusarabici (MAS10)» . Стандарты геномных наук . 5 (1): 86–96. DOI : 10.4056 / sigs.2235024 . PMC 3236037 . PMID 22180813 .  
  52. ^ Де Гроот, Арьян; и другие. (2009). «Альянс протеомики и геномики, чтобы раскрыть специфику сахарной бактерии Deinococcus deserti » . PLOS Genet . 5 (3): e1000434. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1000434 . PMC 2669436 . PMID 19370165 .  
  53. ^ Юань, М; и другие. (2012). "Последовательность генома и анализ транскриптома радиорезистентной бактерии Deinococcus gobiensis : взгляд на экстремальную адаптацию к окружающей среде" . PLOS ONE . 7 (3): e34458. Bibcode : 2012PLoSO ... 734458Y . DOI : 10.1371 / journal.pone.0034458 . PMC 3314630 . PMID 22470573 .  
  54. ^ Белый O и др. (1999). «Последовательность генома радиорезистентной бактерии Deinococcus radiodurans R1» . Наука . 286 (5444): 1571–7. DOI : 10.1126 / science.286.5444.1571 . PMC 4147723 . PMID 10567266 .  
  55. ^ Сикорский, J; и другие. (2010). «Полная последовательность генома штамма типа Meiothermus silvanus (VI-R2)» . Stand Genomic Sci . 3 (1): 37–46. DOI : 10.4056 / sigs.1042812 . PMC 3035272 . PMID 21304690 .  
  56. ^ Gounder, Kamini; и другие. (2011). «Последовательность гиперпластического генома естественно компетентного Thermus scotoductus SA-01» . BMC Genomics . 12 : 577. DOI : 10.1186 / 1471-2164-12-577 . PMC 3235269 . PMID 22115438 .  
  57. ^ Henne A, et al. (2004). «Последовательность генома крайнего термофила Thermus thermophilus ». Nat Biotechnol . 22 (5): 547–53. DOI : 10.1038 / nbt956 . PMID 15064768 . S2CID 25469576 .  
  58. ^ Монтейро-Виторелло, CB .; Camargo, LE .; Ван Слэйс, Массачусетс; Kitajima, JP; Truffi, D .; сделать Амарал, AM .; Харакава, Р .; de Oliveira, JC .; и другие. (Август 2004 г.). «Последовательность генома грамположительного возбудителя сахарного тростника Leifsonia xyli subsp. Xyli » . Mol Plant Microbe Interactive . 17 (8): 827–36. DOI : 10.1094 / MPMI.2004.17.8.827 . ЛВП : 11449/67815 . PMID 15305603 . 
  59. ^ Лю, J .; Cheng, A .; Бангаян, штат Нью-Джерси; Barnard, E .; Творог, Е .; Ремесло, N .; Ли, Х. (2014). «Проект геномных последовательностей штамма Propionibacterium acnes типа ATCC6919 и устойчивого к антибиотикам штамма HL411PA1» . Объявление о геноме . 2 (4): e00740–14. DOI : 10,1128 / genomeA.00740-14 . PMC 4132614 . PMID 25125638 .  
  60. ^ Bentley, SD .; Maiwald, M .; Мерфи, LD .; Pallen, MJ .; Йейтс, Калифорния; Довер, LG .; Norbertczak, HT .; Besra, GS .; и другие. (Февраль 2003 г.). «Секвенирование и анализ генома бактерии болезни Уиппла Tropheryma whipplei ». Ланцет . 361 (9358): 637–44. DOI : 10.1016 / S0140-6736 (03) 12597-4 . PMID 12606174 . S2CID 8743326 .  
  61. ^ Рауль Д. и др. (2003). « Tropheryma whipplei Twist: патогенные актинобактерии человека с уменьшенным геномом» . Genome Res . 13 (8): 1800–9. DOI : 10,1101 / gr.1474603 (неактивный 2021-01-15). PMC 403771 . PMID 12902375 . Проверено 21 июня +2016 .  CS1 maint: DOI неактивен с января 2021 г. ( ссылка )
  62. ^ Прочтите TD, et al. (2003). «Последовательность генома Bacillus anthracis Ames и сравнение с близкородственными бактериями» (PDF) . Природа . 423 (6935): 81–6. Bibcode : 2003Natur.423 ... 81R . DOI : 10,1038 / природа01586 . PMID 12721629 . S2CID 504400 .   
  63. ^ Rasko DA, et al. (2004). «Последовательность генома Bacillus cereus ATCC 10987 выявляет метаболические адаптации и большую плазмиду, родственную Bacillus anthracis pXO1» . Nucleic Acids Res . 32 (3): 977–88. DOI : 10.1093 / NAR / gkh258 . PMC 373394 . PMID 14960714 .  
  64. ^ Иванова Н. и др. (2003). «Последовательность генома Bacillus cereus и сравнительный анализ с Bacillus anthracis » . Природа . 423 (6935): 87–91. Bibcode : 2003Natur.423 ... 87I . DOI : 10,1038 / природа01582 . PMID 12721630 . 
  65. ^ Кобаяши Т. и др. (1995). «Очистка и свойства щелочной протеазы от алкалофильных Bacillus sp. KSM-K16». Appl Microbiol Biotechnol . 43 (3): 473–81. DOI : 10.1007 / BF00218452 . PMID 7632397 . S2CID 6077293 .  
  66. ^ Takami H, et al. (1999). «Улучшенная физическая и генетическая карта генома алкалифильных Bacillus sp. C-125». Экстремофилы . 3 (1): 21–8. DOI : 10.1007 / s007920050095 . PMID 10086841 . S2CID 1180141 .  
  67. ^ Рей MW и др. (2004). «Полная последовательность генома промышленной бактерии Bacillus licheniformis и сравнения с близкородственными видами Bacillus » . Genome Biol . 5 (10): R77. DOI : 10.1186 / GB-2004-5-10-R77 . PMC 545597 . PMID 15461803 .  
  68. ^ а б Вейт Б. и др. (2004). «Полная последовательность генома Bacillus licheniformis DSM13, организма с большим промышленным потенциалом» . J Mol Microbiol Biotechnol . 7 (4): 204–11. DOI : 10.1159 / 000079829 . PMID 15383718 . 
  69. ^ Kunst F и др. (1997). «Полная последовательность генома грамположительной бактерии Bacillus subtilis » . Природа . 390 (6657): 249–56. Bibcode : 1997Natur.390..249K . DOI : 10.1038 / 36786 . PMID 9384377 . 
  70. ^ Хан, CS .; Xie, G .; Challacombe, JF .; Altherr, MR .; Бхотика, СС .; Brown, N .; Брюс, Д .; Кэмпбелл, CS; и другие. (Май 2006 г.). «Анализ патогеномной последовательности изолятов Bacillus cereus и Bacillus thuringiensis, тесно связанных с Bacillus anthracis » . J Bacteriol . 188 (9): 3382–90. DOI : 10.1128 / JB.188.9.3382-3390.2006 . PMC 1447445 . PMID 16621833 .  
  71. ^ Ву, М .; Ren, Q .; Дуркин, АС .; Догерти, Южная Каролина; Brinkac, LM .; Dodson, RJ .; Madupu, R .; Салливан, С.А.; и другие. (Ноябрь 2005 г.). «Жизнь в горячем угарном газе: полная последовательность генома Carboxydothermus Hydroformans Z-2901» . PLOS Genet . 1 (5): e65. DOI : 10.1371 / journal.pgen.0010065 . PMC 1287953 . PMID 16311624 .  
  72. ^ Nölling J, et al. (2001). «Последовательность генома и сравнительный анализ бактерии-продуцента растворителя Clostridium acetobutylicum » . J Bacteriol . 183 (16): 4823–38. DOI : 10.1128 / JB.183.16.4823-4838.2001 . PMC 99537 . PMID 11466286 .  
  73. ^ Симидзу Т. и др. (2002). «Полная последовательность генома Clostridium perfringens , анаэробного мясоеда» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (2): 996–1001. Bibcode : 2002PNAS ... 99..996S . DOI : 10.1073 / pnas.022493799 . PMC 117419 . PMID 11792842 .  
  74. ^ Брюггеманн H и др. (2003). «Последовательность генома Clostridium tetani , возбудителя столбняка» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 100 (3): 1316–21. Bibcode : 2003PNAS..100.1316B . DOI : 10.1073 / pnas.0335853100 . PMC 298770 . PMID 12552129 .  
  75. ^ Нонака Х и др. (2006). «Полная последовательность генома дегалогенированной бактерии Desulfitobacterium hafniense Y51 и сравнение с Dehalococcoides ethenogenes 195» . J Bacteriol . 188 (6): 2262–74. DOI : 10.1128 / JB.188.6.2262-2274.2006 . PMC 1428132 . PMID 16513756 .  
  76. ^ Paulsen IT, et al. (2003). «Роль мобильной ДНК в эволюции устойчивых к ванкомицину Enterococcus faecalis ». Наука . 299 (5615): 2071–4. Bibcode : 2003Sci ... 299.2071P . DOI : 10.1126 / science.1080613 . PMID 12663927 . S2CID 45480495 .  
  77. ^ Takami H, et al. (2004). «Признак термоадаптации, выявленный последовательностью генома термофильных Geobacillus kaustophilus » . Nucleic Acids Res . 32 (21): 6292–303. DOI : 10.1093 / NAR / gkh970 . PMC 535678 . PMID 15576355 .  
  78. ^ Altermann E, et al. (2005). «Полная последовательность генома пробиотической молочнокислой бактерии Lactobacillus acidophilus NCFM» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 102 (11): 3906–12. Bibcode : 2005PNAS..102.3906A . DOI : 10.1073 / pnas.0409188102 . PMC 554803 . PMID 15671160 .  
  79. ^ a b Придмор RD, et al. (2004). «Последовательность генома пробиотической кишечной бактерии Lactobacillus johnsonii NCC 533» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 101 (8): 2512–7. Bibcode : 2004PNAS..101.2512P . DOI : 10.1073 / pnas.0307327101 . PMC 356981 . PMID 14983040 .  
  80. ^ Болотин А и др. (2001). «Полна последовательность генома молочной кислоты бактерии Lactococcus Lactis подвид. Lactis IL1403» . Genome Res . 11 (5): 731–53. DOI : 10.1101 / gr.gr-1697r . PMC 311110 . PMID 11337471 .  
  81. ^ a b Glaser P, et al. (2001). «Сравнительная геномика видов листерий ». Наука . 294 (5543): 849–52. Bibcode : 1976Sci ... 192..801S . DOI : 10.1126 / science.1063447 . PMID 11679669 . S2CID 40718381 .  
  82. ^ Нельсон К.Э. и др. (2004). «Сравнение всего генома штаммов серотипа 4b и 1 / 2a пищевого патогена Listeria monocytogenes позволяет по-новому взглянуть на основные компоненты генома этого вида» . Nucleic Acids Res . 32 (8): 2386–95. DOI : 10.1093 / NAR / gkh562 . PMC 419451 . PMID 15115801 .  
  83. ^ Лу, Дж; Ноги, Й; Таками, Х (2001). « Oceanobacillus iheyensis gen. Nov., Sp. Nov., Глубоководный чрезвычайно галотолерантный и алкалифильный вид, выделенный с глубины 1050 м на хребте Ихея» . FEMS Microbiol Lett . 205 (2): 291–7. DOI : 10.1111 / j.1574-6968.2001.tb10963.x . PMID 11750818 . 
  84. ^ a b Гилл С.Р. и др. (2005). «Понимание эволюции вирулентности и устойчивости на основе полного анализа генома раннего метициллин-устойчивого штамма Staphylococcus aureus и метициллин-устойчивого штамма Staphylococcus epidermidis, продуцирующего биопленки » . J Bacteriol . 187 (7): 2426–38. DOI : 10.1128 / JB.187.7.2426-2438.2005 . PMC 1065214 . PMID 15774886 .  
  85. ^ а б в Холден М.Т. и др. (2004). «Полные геномы двух клинических штаммов Staphylococcus aureus : свидетельства быстрой эволюции вирулентности и устойчивости к лекарствам» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 101 (26): 9786–91. Bibcode : 2004PNAS..101.9786H . DOI : 10.1073 / pnas.0402521101 . PMC 470752 . PMID 15213324 .  
  86. ^ a b Курода М. и др. (2001). «Секвенирование полного генома метициллин-устойчивого золотистого стафилококка ». Ланцет . 357 (9264): 1225–40. DOI : 10.1016 / S0140-6736 (00) 04403-2 . PMID 11418146 . S2CID 25076109 .  
  87. ^ Баба Т. и др. (2002). «Детерминанты генома и вирулентности внебольничных MRSA с высокой вирулентностью». Ланцет . 359 (9320): 1819–27. DOI : 10.1016 / S0140-6736 (02) 08713-5 . PMID 12044378 . S2CID 4657920 .  
  88. ^ Diep BA, et al. (2006). «Полная последовательность генома USA300, эпидемического клона внебольничного метициллин-устойчивого Staphylococcus aureus ». Ланцет . 367 (9512): 731–9. DOI : 10.1016 / S0140-6736 (06) 68231-7 . PMID 16517273 . S2CID 30038673 .  
  89. ^ Takeuchi F, et al. (2005). «Полногеномное секвенирование Staphylococcus haemolyticus раскрывает чрезвычайную пластичность его генома и эволюцию стафилококков, колонизирующих людей» . J Bacteriol . 187 (21): 7292–308. DOI : 10.1128 / JB.187.21.7292-7308.2005 . PMC 1272970 . PMID 16237012 .  
  90. ^ Курода М. и др. (2005). «Последовательность всего генома Staphylococcus saprophyticus раскрывает патогенез неосложненной инфекции мочевыводящих путей» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 102 (37): 13272–7. Bibcode : 2005PNAS..10213272K . DOI : 10.1073 / pnas.0502950102 . PMC 1201578 . PMID 16135568 .  
  91. ^ Tettelin H, et al. (2005). «Геномный анализ множественных патогенных изолятов Streptococcus agalactiae : последствия для микробного« пангенома » » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 102 (39): 13950–5. Bibcode : 2005PNAS..10213950T . DOI : 10.1073 / pnas.0506758102 . PMC 1216834 . PMID 16172379 .  
  92. ^ Glaser P и др. (2002). «Последовательность генома Streptococcus agalactiae , патогена, вызывающего инвазивные неонатальные заболевания» . Mol Microbiol . 45 (6): 1499–513. DOI : 10.1046 / j.1365-2958.2002.03126.x . PMID 12354221 . S2CID 25189736 .  
  93. ^ Tettelin H, et al. (2002). «Полная последовательность генома и сравнительный анализ генома нового патогена человека, серотипа V Streptococcus agalactiae » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (19): 12391–6. Bibcode : 2002PNAS ... 9912391T . DOI : 10.1073 / pnas.182380799 . PMC 129455 . PMID 12200547 .  
  94. ^ Ajdić D, и др. (2002). «Последовательность генома Streptococcus mutans UA159, кариесогенного стоматологического патогена» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (22): 14434–9. Bibcode : 2002PNAS ... 9914434A . DOI : 10.1073 / pnas.172501299 . PMC 137901 . PMID 12397186 .  
  95. ^ Хоскинс Дж. И др. (2001). «Геном бактерии Streptococcus pneumoniae штамм R6» . J Bacteriol . 183 (19): 5709–17. DOI : 10.1128 / JB.183.19.5709-5717.2001 . PMC 95463 . PMID 11544234 .  
  96. ^ Tettelin H, et al. (2001). «Полная последовательность генома вирулентного изолята Streptococcus pneumoniae ». Наука . 293 (5529): 498–506. CiteSeerX 10.1.1.318.395 . DOI : 10.1126 / science.1061217 . PMID 11463916 . S2CID 714948 .   
  97. ^ а б в г Берес С.Б. и др. (2006). «Молекулярно-генетическая анатомия меж- и внутрисеротипных вариаций в человеческом бактериальном патогене группы A Streptococcus » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 103 (18): 7059–64. Bibcode : 2006PNAS..103.7059B . DOI : 10.1073 / pnas.0510279103 . PMC 1459018 . PMID 16636287 .  
  98. ^ Бэнкс DJ и др. (2004). «Прогресс в направлении характеристики метагенома Streptococcus группы A : полная последовательность генома штамма M6 серотипа, устойчивого к макролидам» . J Infect Dis . 190 (4): 727–38. DOI : 10.1086 / 422697 . PMID 15272401 . 
  99. ^ Берес С.Б. и др. (2002). «Последовательность генома штамма серотипа M3 Streptococcus группы A : кодируемые фагом токсины, фенотип с высокой вирулентностью и появление клонов» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (15): 10078–83. Bibcode : 2002PNAS ... 9910078B . DOI : 10.1073 / pnas.152298499 . PMC 126627 . PMID 12122206 .  
  100. ^ Сумби П. и др. (2005). «Эволюционное происхождение и появление очень успешного клона группы Streptococcus серотипа M1 было связано с множеством событий горизонтального переноса генов» . J Infect Dis . 192 (5): 771–82. DOI : 10.1086 / 432514 . PMID 16088826 . 
  101. ^ Грин Н.М. и др. (2005). «Последовательность генома штамма серотипа M28 Streptococcus группы A : потенциальные новые взгляды на послеродовой сепсис и специфичность бактериальных заболеваний» . J Infect Dis . 192 (5): 760–70. DOI : 10.1086 / 430618 . PMID 16088825 . 
  102. ^ Smoot JC, et al. (2002). «Последовательность генома и сравнительный анализ микроматрицы штаммов Streptococcus серотипа M18 группы А , связанных со вспышками острой ревматической лихорадки» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (7): 4668–73. Bibcode : 2002PNAS ... 99.4668S . DOI : 10.1073 / pnas.062526099 . PMC 123705 . PMID 11917108 .  
  103. ^ Ферретти Дж. Дж. И др. (2001). «Полная последовательность генома штамма M1 Streptococcus pyogenes » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 98 (8): 4658–63. Bibcode : 2001PNAS ... 98.4658F . DOI : 10.1073 / pnas.071559398 . PMC 31890 . PMID 11296296 .  
  104. ^ Накагава I и др. (2003). «Последовательность генома штамма M3 Streptococcus pyogenes показывает крупномасштабную геномную перестройку в инвазивных штаммах и новые взгляды на эволюцию фагов» . Genome Res . 13 (6A): 1042–55. DOI : 10.1101 / gr.1096703 . PMC 403657 . PMID 12799345 .  
  105. ^ а б Болотин А и др. (2004). «Полная последовательность и сравнительный анализ генома молочной бактерии Streptococcus thermophilus » . Nat Biotechnol . 22 (12): 1554–8. DOI : 10.1038 / nbt1034 . PMC 7416660 . PMID 15543133 .  
  106. ^ Kapatral V и др. (2002). «Последовательность генома и анализ оральной бактерии Fusobacterium nucleatum, штамм ATCC 25586» . J Bacteriol . 184 (7): 2005–18. DOI : 10.1128 / JB.184.7.2005-2018.2002 . PMC 134920 . PMID 11889109 .  
  107. ^ Гуднер Б. и др. (2001). «Последовательность генома растительного патогена и биотехнологического агента Agrobacterium tumefaciens C58». Наука . 294 (5550): 2323–8. Bibcode : 2001Sci ... 294.2323G . DOI : 10.1126 / science.1066803 . PMID 11743194 . S2CID 86255214 .  
  108. ^ Брайтон К.А. и др. (2005). «Полное секвенирование генома Anaplasma marginale показывает, что поверхность смещена в сторону двух суперсемейств белков внешней мембраны» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 102 (3): 844–9. Bibcode : 2005PNAS..102..844B . DOI : 10.1073 / pnas.0406656102 . PMC 545514 . PMID 15618402 .  
  109. ^ a b c Даннинг Хотопп JC, et al. (2006). «Сравнительная геномика новых возбудителей эрлихиоза человека» . PLOS Genet . 2 (2): e21. DOI : 10.1371 / journal.pgen.0020021 . PMC 1366493 . PMID 16482227 .  
  110. ^ a b Alsmark CM, et al. (2004). «Переносимый вшами человеческий патоген Bartonella quintana является геномным производным зоонозного агента Bartonella henselae » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 101 (26): 9716–21. Bibcode : 2004PNAS..101.9716A . DOI : 10.1073 / pnas.0305659101 . PMC 470741 . PMID 15210978 .  
  111. ^ Канеко Т. и др. (2002). «Полная геномная последовательность азотфиксирующей симбиотической бактерии Bradyrhizobium japonicum USDA110» . ДНК Res . 9 (6): 189–97. DOI : 10.1093 / dnares / 9.6.189 . PMID 12597275 . 
  112. ^ а б Цепь PS и др. (2005). «Полногеномный анализ событий видообразования патогенных бруцелл» . Инфекция и иммунитет . 73 (12): 8353–61. DOI : 10.1128 / IAI.73.12.8353-8361.2005 . PMC 1307078 . PMID 16299333 .  
  113. ^ а б Холлинг С.М. и др. (2005). «Завершение последовательности генома Brucella abortus и сравнение с очень похожими геномами Brucella melitensis и Brucella suis » . J Bacteriol . 187 (8): 2715–26. DOI : 10.1128 / JB.187.8.2715-2726.2005 . PMC 1070361 . PMID 15805518 .  
  114. ^ a b DelVecchio VG, et al. (2002). «Последовательность генома факультативного внутриклеточного возбудителя Brucella melitensis » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (1): 443–8. Bibcode : 2002PNAS ... 99..443D . DOI : 10.1073 / pnas.221575398 . PMC 117579 . PMID 11756688 .  
  115. ^ a b Paulsen IT, et al. (2002). « Геном Brucella suis обнаруживает фундаментальное сходство между патогенами и симбионтами животных и растений» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (20): 13148–53. Bibcode : 2002PNAS ... 9913148P . DOI : 10.1073 / pnas.192319099 . PMC 130601 . PMID 12271122 .  
  116. ^ Nierman WC и др. (2001). «Полная последовательность генома Caulobacter crescentus » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 98 (7): 4136–41. Bibcode : 2001PNAS ... 98.4136N . DOI : 10.1073 / pnas.061029298 . PMC 31192 . PMID 11259647 .  
  117. ^ Collins NE, et al. (2005). «Геном возбудителя сердечной воды Ehrlichia ruminantium содержит несколько тандемных повторов с активно изменяющимся числом копий» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 102 (3): 838–43. Bibcode : 2005PNAS..102..838C . DOI : 10.1073 / pnas.0406633102 . PMC 545511 . PMID 15637156 .  
  118. ^ Prust C, et al. (2005). «Полная последовательность генома бактерии уксусной кислоты Gluconobacter oxydans » . Nat Biotechnol . 23 (2): 195–200. DOI : 10.1038 / nbt1062 . PMID 15665824 . 
  119. ^ Мацунага Т. и др. (2005). «Полная последовательность генома факультативной анаэробной магнитотаксической бактерии Magnetospirillum sp. Штамм AMB-1» . ДНК Res . 12 (3): 157–66. DOI : 10,1093 / dnares / dsi002 . PMID 16303747 . 
  120. ^ Канеко Т. и др. (2000). «Полная структура генома азотфиксирующей симбиотической бактерии Mesorhizobium loti » . ДНК Res . 7 (6): 331–8. DOI : 10.1093 / dnares / 7.6.331 . PMID 11214968 . 
  121. ^ Джованнони SJ и др. (2005). «Оптимизация генома космополитической океанической бактерии». Наука . 309 (5738): 1242–5. Bibcode : 2005Sci ... 309.1242G . DOI : 10.1126 / science.1114057 . PMID 16109880 . S2CID 16221415 .  
  122. ^ Гонсалес V и др. (2006). «Разделенный геном Rhizobium etli : генетическая и метаболическая избыточность в семи взаимодействующих репликонах» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 103 (10): 3834–9. Bibcode : 2006PNAS..103.3834G . DOI : 10.1073 / pnas.0508502103 . PMC 1383491 . PMID 16505379 .  
  123. ^ Лаример Ф.В. и др. (2004). «Полная последовательность генома метаболически разносторонней фотосинтетической бактерии Rhodopseudomonas palustris » . Nat Biotechnol . 22 (1): 55–61. DOI : 10.1038 / nbt923 . PMID 14704707 . 
  124. ^ Огата Х и др. (2000). «Эгоистичная ДНК в генах, кодирующих белки риккетсии ». Наука . 290 (5490): 347–50. Bibcode : 2000Sci ... 290..347O . DOI : 10.1126 / science.290.5490.347 . PMID 11030655 . 
  125. ^ Огата Х и др. (2005). «Последовательность генома Rickettsia felis идентифицирует первую предполагаемую конъюгативную плазмиду в облигатном внутриклеточном паразите» . PLOS Biol . 3 (8): e248. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0030248 . PMC 1166351 . PMID 15984913 .  
  126. ^ Андерссон С.Г. и др. (1998). «Последовательность генома Rickettsia prowazekii и происхождение митохондрий» . Природа . 396 (6707): 133–40. Bibcode : 1998Natur.396..133A . DOI : 10.1038 / 24094 . PMID 9823893 . 
  127. ^ McLeod MP и др. (2004). «Полная последовательность генома Rickettsia typhi и сравнение с последовательностями других риккетсий» . J Bacteriol . 186 (17): 5842–55. DOI : 10.1128 / JB.186.17.5842-5855.2004 . PMC 516817 . PMID 15317790 .  
  128. ^ Моран М.А. и др. (2004). «Последовательность генома Silicibacter pomeroyi показывает адаптацию к морской среде» . Природа . 432 (7019): 910–3. Bibcode : 2004Natur.432..910M . DOI : 10,1038 / природа03170 . PMID 15602564 . 
  129. ^ "Главная - Sinorhizobium medicae WSM419" .
  130. ^ Капела Д. и др. (2001). «Анализ хромосомной последовательности симбионта бобовых культур Sinorhizobium meliloti штамм 1021» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 98 (17): 9877–82. Bibcode : 2001PNAS ... 98.9877C . DOI : 10.1073 / pnas.161294398 . PMC 55546 . PMID 11481430 .  
  131. ^ Foster J, et al. (2005). « Геном Wolbachia Brugia malayi : эволюция эндосимбионтов внутри патогенной нематоды человека» . PLOS Biol . 3 (4): e121. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0030121 . PMC 1069646 . PMID 15780005 .  
  132. ^ Ву М. и др. (2004). « Филогеномика репродуктивного паразита Wolbachia pipientis wMel: упорядоченный геном, заполненный мобильными генетическими элементами» . PLOS Biol . 2 (3): E69. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0020069 . PMC 368164 . PMID 15024419 .  
  133. ^ Seo JS и др. (2005). «Последовательность генома этанологической бактерии Zymomonas mobilis ZM4» . Nat Biotechnol . 23 (1): 63–8. DOI : 10.1038 / nbt1045 . PMC 6870993 . PMID 15592456 .  
  134. ^ Rabus R и др. (2002). «Гены, участвующие в анаэробной деградации этилбензола в денитрифицирующей бактерии, штамм EbN1». Arch Microbiol . 178 (6): 506–16. DOI : 10.1007 / s00203-002-0487-2 . PMID 12420173 . S2CID 34316083 .  
  135. ^ Nierman WC и др. (2004). «Структурная гибкость в геноме Burkholderia mallei» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 101 (39): 14246–51. Bibcode : 2004PNAS..10114246N . DOI : 10.1073 / pnas.0403306101 . PMC 521142 . PMID 15377793 .  
  136. ^ а б BMC Genomics. 2005 7 дек, декабрь
  137. ^ Бразильский национальный консорциум проектов генома. (2003). «Полная последовательность генома Chromobacterium violaceum показывает замечательную и пригодную для использования бактериальную адаптивность» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 100 (20): 11660–5. Bibcode : 2003PNAS..10011660. . DOI : 10.1073 / pnas.1832124100 . PMC 208814 . PMID 14500782 .  
  138. ^ Parkhill J, et al. (2000). «Полная последовательность ДНК штамма Neisseria meningitidis Z2491 серогруппы А ». Природа . 404 (6777): 502–6. Bibcode : 2000Natur.404..502P . DOI : 10.1038 / 35006655 . PMID 10761919 . S2CID 4430718 .  
  139. ^ Tettelin H, et al. (2000). «Полная последовательность генома штамма MC58 серогруппы B Neisseria meningitidis ». Наука . 287 (5459): 1809–15. Bibcode : 2000Sci ... 287.1809. . DOI : 10.1126 / science.287.5459.1809 . PMID 10710307 . 
  140. ^ Цепь P и др. (2003). «Полная последовательность генома аммиакокисляющей бактерии и облигатного хемолитоавтотрофа Nitrosomonas europaea » . J Bacteriol . 185 (9): 2759–73. DOI : 10.1128 / JB.185.9.2759-2773.2003 . PMC 154410 . PMID 12700255 .  
  141. ^ a b Salanoubat M, et al. (2002). «Последовательность генома растительного возбудителя Ralstonia solanacearum » . Природа . 415 (6871): 497–502. DOI : 10.1038 / 415497a . PMID 11823852 . 
  142. ^ Барбе V и др. (2004). «Уникальные особенности, выявленные последовательностью генома Acinetobacter sp. ADP1, универсальной и способной к естественной трансформации бактерии» . Nucleic Acids Res . 32 (19): 5766–79. DOI : 10.1093 / NAR / gkh910 . PMC 528795 . PMID 15514110 .  
  143. ^ Гил Р. и др. (2003). «Последовательность генома Blochmannia floridanus : сравнительный анализ редуцированных геномов» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 100 (16): 9388–93. Bibcode : 2003PNAS..100.9388G . DOI : 10.1073 / pnas.1533499100 . PMC 170928 . PMID 12886019 .  
  144. ^ Дегнан PH и др. (2005). «Последовательность генома Blochmannia pennsylvanicus указывает на параллельные эволюционные тенденции среди бактериальных мутуалистов насекомых» . Genome Res . 15 (8): 1023–33. DOI : 10.1101 / gr.3771305 . PMC 1182215 . PMID 16077009 .  
  145. ^ Сигенобу С. и др. (2000). «Последовательность генома внутриклеточного бактериального симбионта тлей Buchnera sp. APS» . Природа . 407 (6800): 81–6. Bibcode : 2000Natur.407 ... 81S . DOI : 10.1038 / 35024074 . PMID 10993077 . 
  146. ^ van Ham RC, et al. (2003). «Редукционная эволюция генома Buchnera aphidicola » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 100 (2): 581–6. Bibcode : 2003PNAS..100..581V . DOI : 10.1073 / pnas.0235981100 . PMC 141039 . PMID 12522265 .  
  147. ^ Тамас I и др. (2002). «50 миллионов лет геномного застоя у эндосимбиотических бактерий». Наука . 296 (5577): 2376–9. Bibcode : 2002Sci ... 296.2376T . DOI : 10.1126 / science.1071278 . PMID 12089438 . S2CID 19226473 .  
  148. ^ Накабачи А и др. (2006). «160-килобазный геном бактериального эндосимбионта Carsonella ». Наука . 314 (5797): 267. DOI : 10.1126 / science.1134196 . PMID 17038615 . S2CID 44570539 .  
  149. ^ Seshadri R, et al. (2003). «Полная последовательность генома возбудителя Q-лихорадки Coxiella burnetii » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 100 (9): 5455–60. Bibcode : 2003PNAS..100.5455S . DOI : 10.1073 / pnas.0931379100 . PMC 154366 . PMID 12704232 .  
  150. ^ Уэлч Р.А. и др. (2002). «Обширная мозаичная структура, выявленная полной последовательностью генома уропатогенной Escherichia coli » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (26): 17020–4. Bibcode : 2002PNAS ... 9917020W . DOI : 10.1073 / pnas.252529799 . PMC 139262 . PMID 12471157 .  
  151. ^ Blattner FR, et al. (1997). «Полная последовательность генома Escherichia coli K-12» . Наука . 277 (5331): 1453–74. DOI : 10.1126 / science.277.5331.1453 . PMID 9278503 . 
  152. ^ Райли М. и др. (2006). « Escherichia coli K-12: совместно разработанный снимок аннотации - 2005» . Nucleic Acids Res . 34 (1): 1–9. DOI : 10.1093 / NAR / gkj405 . PMC 1325200 . PMID 16397293 .  
  153. ^ Перна NT и др. (2001). «Последовательность генома энтерогеморрагической Escherichia coli O157: H7» . Природа . 409 (6819): 529–33. Bibcode : 2001Natur.409..529P . DOI : 10.1038 / 35054089 . PMID 11206551 . 
  154. ^ Макино, К .; и другие. (1999). «Полная нуклеотидная последовательность профага VT2-Sakai, несущего гены веротоксина 2 энтерогеморрагической кишечной палочки O157: H7, полученной во время вспышки болезни Сакаи» . Гены и генетические системы . 74 (5): 227–39. DOI : 10,1266 / ggs.74.227 . PMID 10734605 . 
  155. ^ Ларссон П. и др. (2005). «Полная последовательность генома Francisella tularensis , возбудителя туляремии» . Нат Жене . 37 (2): 153–9. DOI : 10.1038 / ng1499 . PMID 15640799 . 
  156. ^ Харрисон А. и др. (2005). "Геномная последовательность изолята отита среднего отита нетипируемого Haemophilus influenzae : сравнительное исследование с H. influenzae серотипа d, штамм KW20" . J Bacteriol . 187 (13): 4627–36. DOI : 10.1128 / JB.187.13.4627-4636.2005 . PMC 1151754 . PMID 15968074 .  
  157. ^ Fleischmann RD и др. (1995). «Полногеномное случайное секвенирование и сборка Haemophilus influenzae Rd». Наука . 269 (5223): 496–512. Bibcode : 1995Sci ... 269..496F . DOI : 10.1126 / science.7542800 . PMID 7542800 . 
  158. ^ Jeong H и др. (2005). «Геномный план Hahella chejuensis , морского микроба, продуцирующего альгицидный агент» . Nucleic Acids Res . 33 (22): 7066–73. DOI : 10.1093 / NAR / gki1016 . PMC 1312362 . PMID 16352867 .  
  159. ^ Hou S, et al. (2004). «Последовательность генома глубоководной гамма-протеобактерии Idiomarina loihiensis показывает, что ферментация аминокислот является источником углерода и энергии» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 101 (52): 18036–41. Bibcode : 2004PNAS..10118036H . DOI : 10.1073 / pnas.0407638102 . PMC 539801 . PMID 15596722 .  
  160. ^ a b Cazalet C, et al. (2004). «Доказательства в геноме Legionella pneumophila для использования функций клетки-хозяина и высокой пластичности генома» . Нат Жене . 36 (11): 1165–73. DOI : 10.1038 / ng1447 . PMID 15467720 . 
  161. ^ Уорд N и др. (2004). «Геномное понимание метанотрофии: полная последовательность генома Methylococcus capsulatus (Bath)» . PLOS Biol . 2 (10): e303. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0020303 . PMC 517821 . PMID 15383840 .  
  162. ^ Мэй Б.Дж. и др. (2001). «Полная геномная последовательность Pasteurella multocida , Pm70» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 98 (6): 3460–5. Bibcode : 2001PNAS ... 98.3460M . DOI : 10.1073 / pnas.051634598 . PMC 30675 . PMID 11248100 .  
  163. ^ a b Médigue C, et al. (2005). «Как справиться с холодами: геном многогранной морской антарктической бактерии Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125» . Genome Res . 15 (10): 1325–35. DOI : 10.1101 / gr.4126905 . PMC 1240074 . PMID 16169927 .  
  164. ^ Муруган N (2016). «Раскрытие геномной и фенотипической природы полирезистентной (МЛУ) синегнойной палочки VRFPA04, выделенной от пациента с кератитом» . Микробиологические исследования . 193 : 959–64. DOI : 10.1016 / j.micres.2016.10.002 . PMID 27825482 . 
  165. ^ Paulsen IT, et al. (2005). «Полная последовательность генома растения-комменсала Pseudomonas fluorescens Pf-5» . Nat Biotechnol . 23 (7): 873–8. DOI : 10.1038 / nbt1110 . PMC 7416659 . PMID 15980861 .  
  166. ^ Нельсон К.Э. и др. (2002). «Полная последовательность генома и сравнительный анализ метаболически разносторонней Pseudomonas putida KT2440». Environ Microbiol . 4 (12): 799–808. DOI : 10,1046 / j.1462-2920.2002.00366.x . PMID 12534463 . 
  167. ^ Feil H, et al. (2005). «Сравнение полных последовательностей генома Pseudomonas syringae ФВ. Syringae B728a и р. Томат DC3000» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 102 (31): 11064–9. Bibcode : 2005PNAS..10211064F . DOI : 10.1073 / pnas.0504930102 . PMC 1182459 . PMID 16043691 .  
  168. ^ Buell CR и др. (2003). «Полная последовательность генома Arabidopsis и патогена томата Pseudomonas syringae pv. Томат DC3000» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 100 (18): 10181–6. Bibcode : 2003PNAS..10010181B . DOI : 10.1073 / pnas.1731982100 . PMC 193536 . PMID 12928499 .  
  169. ^ "Psychrobacter cryohalolentis - микробевики" .
  170. ^ McClelland M, et al. (2004). «Сравнение деградации генома Paratyphi A и Typhi, ограниченных человеком сероваров Salmonella enterica , вызывающих брюшной тиф». Нат Жене . 36 (12): 1268–74. DOI : 10.1038 / ng1470 . PMID 15531882 . S2CID 25129295 .  
  171. ^ Chiu CH, et al. (2005). «Последовательность генома Salmonella enterica serovar Choleraesuis , высокоинвазивного и устойчивого зоонозного патогена» . Nucleic Acids Res . 33 (5): 1690–8. DOI : 10.1093 / NAR / gki297 . PMC 1069006 . PMID 15781495 .  
  172. ^ Дэн В. и др. (2003). «Сравнительная геномика штаммов Ty2 и CT18 серовара Salmonella enterica Typhi » . J Bacteriol . 185 (7): 2330–7. DOI : 10.1128 / JB.185.7.2330-2337.2003 . PMC 151493 . PMID 12644504 .  
  173. ^ Parkhill J, et al. (2001). «Полная последовательность генома серовара Typhi CT18 Salmonella enterica с множественной лекарственной устойчивостью » . Природа . 413 (6858): 848–52. Bibcode : 2001Natur.413..848P . DOI : 10.1038 / 35101607 . PMID 11677608 . 
  174. ^ McClelland M, et al. (2001). «Полная последовательность генома Salmonella enterica серовара Typhimurium LT2» . Природа . 413 (6858): 852–6. Bibcode : 2001Natur.413..852M . DOI : 10.1038 / 35101614 . PMID 11677609 . 
  175. ^ Гейдельберг JF и др. (2002). «Последовательность генома диссимиляционной бактерии, восстанавливающей ионы металлов, Shewanella oneidensis » . Nat Biotechnol . 20 (11): 1118–23. DOI : 10.1038 / nbt749 . PMID 12368813 . 
  176. ^ a b c Ян Ф. и др. (2005). «Геномная динамика и разнообразие видов Shigella , возбудителей бактериальной дизентерии» . Nucleic Acids Res . 33 (19): 6445–58. DOI : 10.1093 / NAR / gki954 . PMC 1278947 . PMID 16275786 .  
  177. ^ Вэй Дж и др. (2003). «Полная последовательность генома и сравнительная геномика штамма 2457T Shigella flexneri серотипа 2a» . Инфекция и иммунитет . 71 (5): 2775–86. DOI : 10.1128 / IAI.71.5.2775-2786.2003 . PMC 153260 . PMID 12704152 .  
  178. ^ Джин Кью и др. (2002). «Последовательность генома Shigella flexneri 2a: понимание патогенности путем сравнения с геномами Escherichia coli K12 и O157» . Nucleic Acids Res . 30 (20): 4432–41. DOI : 10.1093 / NAR / gkf566 . PMC 137130 . PMID 12384590 .  
  179. ^ Toh H и др. (2006). «Массивная эрозия генома и функциональная адаптация дают представление о симбиотическом образе жизни Sodalis glossinidius у хозяина мухи цеце» . Genome Res . 16 (2): 149–56. DOI : 10.1101 / gr.4106106 . PMC 1361709 . PMID 16365377 .  
  180. ^ Гейдельберг JF и др. (2000). «Последовательность ДНК обеих хромосом возбудителя холеры Vibrio cholerae » . Природа . 406 (6795): 477–83. Bibcode : 2000Natur.406..477H . DOI : 10.1038 / 35020000 . PMID 10952301 . 
  181. ^ Ruby EG и др. (2005). «Полная последовательность генома Vibrio fischeri : симбиотическая бактерия с патогенными сородичами» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 102 (8): 3004–9. Bibcode : 2005PNAS..102.3004R . DOI : 10.1073 / pnas.0409900102 . PMC 549501 . PMID 15703294 .  
  182. ^ Насу Х и др. (1 июня 2000 г.). «Нитчатый фаг, связанный с недавней пандемией штаммов Vibrio parahaemolyticus O3: K6» . J Clin Microbiol . 38 (6): 2156–61. DOI : 10.1128 / JCM.38.6.2156-2161.2000 . PMC 86752 . PMID 10834969 .  
  183. ^ Ким YR и др. (2003). «Характеристика и патогенное значение антигенов Vibrio vulnificus, преимущественно экспрессируемых у пациентов с сепсисом» . Инфекция и иммунитет . 71 (10): 5461–71. DOI : 10.1128 / IAI.71.10.5461-5471.2003 . PMC 201039 . PMID 14500463 .  
  184. ^ Chen CY и др. (2003). «Сравнительный анализ генома Vibrio vulnificus , морского патогена» . Genome Res . 13 (12): 2577–87. DOI : 10.1101 / gr.1295503 . PMC 403799 . PMID 14656965 .  
  185. ^ Акман Л и др. (2002). «Последовательность генома внутриклеточного облигатного симбионта мухи цеце, Wigglesworthia glossinidia ». Нат Жене . 32 (3): 402–7. DOI : 10.1038 / ng986 . PMID 12219091 . S2CID 20604183 .  
  186. ^ а б да Силва А.С. и др. (2002). «Сравнение геномов двух патогенов Xanthomonas с различными специфичностями хозяина». Природа . 417 (6887): 459–63. Bibcode : 2002Natur.417..459D . DOI : 10.1038 / 417459a . PMID 12024217 . S2CID 4302762 .  
  187. ^ Цянь В. и др. (2005). «Сравнительный и функциональный геномный анализ патогенности фитопатогена Xanthomonas campestris pv. Campestris » . Genome Res . 15 (6): 757–67. DOI : 10.1101 / gr.3378705 . PMC 1142466 . PMID 15899963 .  
  188. ^ Thieme F и др. (2005). «Понимание пластичности генома и патогенности растительной патогенной бактерии Xanthomonas campestris pv. Vesicatoria, выявленной с помощью полной последовательности генома» . J Bacteriol . 187 (21): 7254–66. DOI : 10.1128 / JB.187.21.7254-7266.2005 . PMC 1272972 . PMID 16237009 .  
  189. ^ Ли БМ и др. (2005). «Последовательность генома Xanthomonas oryzae pathovar oryzae KACC10331, возбудителя бактериального ожога риса» . Nucleic Acids Res . 33 (2): 577–86. DOI : 10.1093 / NAR / gki206 . PMC 548351 . PMID 15673718 .  
  190. ^ Симпсон, AJC; и другие. (2000). «Последовательность генома растительного патогена Xylella fastidiosa » . Природа . 406 (6792): 151–7. Bibcode : 2000Natur.406..151S . DOI : 10.1038 / 35018003 . PMID 10910347 . 
  191. ^ Ван Sluys М. А. и др. (2003). «Сравнительный анализ полных последовательностей генома штаммов Xylella fastidiosa, вызванных болезнью Пирса и пестролистным хлорозом цитрусовых » . J Bacteriol . 185 (3): 1018–26. DOI : 10.1128 / JB.185.3.1018-1026.2003 . PMC 142809 . PMID 12533478 .  
  192. ^ Цепь PS и др. (2006). «Полная последовательность генома штаммов Yersinia pestis Antiqua и Nepal516: свидетельство сокращения гена у появляющегося патогена» . J Bacteriol . 188 (12): 4453–63. DOI : 10.1128 / JB.00124-06 . PMC 1482938 . PMID 16740952 .  
  193. ^ Parkhill J, et al. (2001). «Последовательность генома Yersinia pestis , возбудителя чумы» . Природа . 413 (6855): 523–7. Bibcode : 2001Natur.413..523P . DOI : 10.1038 / 35097083 . PMID 11586360 . 
  194. ^ Дэн В. и др. (2002). «Последовательность генома Yersinia pestis KIM» . J Bacteriol . 184 (16): 4601–11. DOI : 10.1128 / JB.184.16.4601-4611.2002 . PMC 135232 . PMID 12142430 .  
  195. ^ Песня Y и др. (2004). «Полная последовательность генома штамма Yersinia pestis 91001, изолята, авирулентного по отношению к человеку» . ДНК Res . 11 (3): 179–97. DOI : 10.1093 / dnares / 11.3.179 . PMID 15368893 . 
  196. ^ Цепь PS и др. (2004). «Понимание эволюции Yersinia pestis посредством сравнения всего генома с Yersinia pseudotuberculosis » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 101 (38): 13826–31. Bibcode : 2004PNAS..10113826C . DOI : 10.1073 / pnas.0404012101 . PMC 518763 . PMID 15358858 .  
  197. ^ Rendulic S, et al. (2004). «Хищник разоблачен: жизненный цикл Bdellovibrio bacteriovorus с геномной точки зрения». Наука . 303 (5658): 689–92. Bibcode : 2004Sci ... 303..689R . DOI : 10.1126 / science.1093027 . PMID 14752164 . S2CID 38154836 .  
  198. ^ Parkhill J, et al. (2000). «Последовательность генома пищевого патогена Campylobacter jejuni обнаруживает гипервариабельные последовательности» . Природа . 403 (6770): 665–8. Bibcode : 2000Natur.403..665P . DOI : 10.1038 / 35001088 . PMID 10688204 . 
  199. ^ Fouts DE, et al. (2005). «Основные структурные различия и новые механизмы потенциальной вирулентности из геномов нескольких видов Campylobacter » . PLOS Biol . 3 (1): e15. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0030015 . PMC 539331 . PMID 15660156 .  
  200. ^ Гейдельберг JF и др. (2004). «Последовательность генома анаэробной сульфатредуцирующей бактерии Desulfovibrio vulgaris Hildenborough » . Nat Biotechnol . 22 (5): 554–9. DOI : 10.1038 / nbt959 . PMID 15077118 . 
  201. ^ Methé BA, et al. (2003). «Геном Geobacter surreducens : восстановление металлов в подземных средах». Наука . 302 (5652): 1967–9. Bibcode : 2003Sci ... 302.1967M . CiteSeerX 10.1.1.186.3786 . DOI : 10.1126 / science.1088727 . PMID 14671304 . S2CID 38404097 .   
  202. ^ Suerbaum S, et al. (2003). «Полная последовательность генома канцерогенной бактерии Helicobacter hepaticus » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 100 (13): 7901–6. Bibcode : 2003PNAS..100.7901S . DOI : 10.1073 / pnas.1332093100 . PMC 164685 . PMID 12810954 .  
  203. ^ Могила JF и др. (1997). «Полная последовательность генома желудочного патогена Helicobacter pylori » . Природа . 388 (6642): 539–47. Bibcode : 1997Natur.388..539T . DOI : 10.1038 / 41483 . PMID 9252185 . 
  204. ^ Alm RA, et al. (1999). «Сравнение геномных последовательностей двух неродственных изолятов желудочного патогена человека Helicobacter pylori ». Природа . 397 (6715): 176–80. Bibcode : 1999Natur.397..176A . DOI : 10,1038 / 16495 . PMID 9923682 . S2CID 4317442 .  
  205. ^ Vannucci, Фабио Аугусто (2013). Пролиферативная энтеропатия: патогенез и адаптация хозяина (кандидатская диссертация). Университет Миннесоты.
  206. ^ Шнайкер; и другие. (2007). «Полная последовательность генома миксобактерии Sorangium cellulosum» . Природа Биотехнологии . 25 (11): 1281–1289. DOI : 10.1038 / nbt1354 . PMID 17965706 . 
  207. ^ Сиверт, SM; К. М. Скотт; MG Klotz; Цепь ПСЖ; LJ Hauser; J. Hemp; М. Хуглер; М. Земля; А. Лапидус; FW Larimer; С. Лукас; С.А. Малфатти; Ф. Мейер; IT Paulsen; Q. Ren; Дж. Саймон; класс USF Genomics (декабрь 2007 г.). «Геном эпсилонпротеобактерий Chemolithoautotroph Sulfurimonas denitrificans » . Прикладная и экологическая микробиология . 74 (4): 1145–1156. DOI : 10,1128 / AEM.01844-07 . ISSN 0099-2240 . PMC 2258580 . PMID 18065616 .   
  208. ^ Баар C и др. (2003). «Полная последовательность генома и анализ Wolinella succinogenes » . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 100 (20): 11690–5. Bibcode : 2003PNAS..10011690B . DOI : 10.1073 / pnas.1932838100 . PMC 208819 . PMID 14500908 .  
  209. ^ Fraser CM, et al. (1997). "Геномная последовательность спирохеты болезни Лайма, Borrelia burgdorferi ". Природа . 390 (6660): 580–6. Bibcode : 1997Natur.390..580F . DOI : 10.1038 / 37551 . PMID 9403685 . S2CID 4388492 .  
  210. ^ Glöckner G, et al. (2004). «Сравнительный анализ генома Borrelia garinii » . Nucleic Acids Res . 32 (20): 6038–46. DOI : 10.1093 / NAR / gkh953 . PMC 534632 . PMID 15547252 .  
  211. ^ а б Ren SX, et al. (2003). «Уникальные физиологические и патогенные особенности Leptospira interrogans, выявленные с помощью полногеномного секвенирования» . Природа . 422 (6934): 888–93. Bibcode : 2003Natur.422..888R . DOI : 10,1038 / природа01597 . PMID 12712204 . 
  212. ^ a b Nascimento AL, et al. (2004). «Сравнительная геномика двух сероваров Leptospira interrogans раскрывает новые взгляды на физиологию и патогенез» . J Bacteriol . 186 (7): 2164–72. DOI : 10.1128 / JB.186.7.2164-2172.2004 . PMC 374407 . PMID 15028702 .  
  213. ^ Seshadri R, et al. (2004). «Сравнение генома орального возбудителя Treponema denticola с геномами других спирохет» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 101 (15): 5646–51. Bibcode : 2004PNAS..101.5646S . DOI : 10.1073 / pnas.0307639101 . PMC 397461 . PMID 15064399 .  
  214. ^ Фрейзер CM и др. (1998). «Полная последовательность генома Treponema pallidum , спирохеты сифилиса». Наука . 281 (5375): 375–88. Bibcode : 1998Sci ... 281..375F . DOI : 10.1126 / science.281.5375.375 . PMID 9665876 . 
  215. ^ Guo, Z; и другие. (Октябрь 2011 г.). «Последовательность генома утки, возбудителя штамма Mycoplasma anatis 1340» . J. Bacteriol . 193 (20): 5883–5884. DOI : 10.1128 / jb.05891-11 . PMC 3187216 . PMID 21952548 .  
  216. ^ Папазиси Л. и др. (2003). «Полная последовательность генома птичьего патогена Mycoplasma gallisepticum штамм R (низкий)» . Микробиология . 149 (Pt 9): 2307–16. DOI : 10.1099 / mic.0.26427-0 . PMID 12949158 . 
  217. ^ Fraser CM, et al. (1995). «Минимальный набор генов Mycoplasma genitalium ». Наука . 270 (5235): 397–403. Bibcode : 1995Sci ... 270..397F . DOI : 10.1126 / science.270.5235.397 . PMID 7569993 . S2CID 29825758 .  
  218. ^ Minion FC и др. (2004). «Последовательность генома штамма Mycoplasma hyopneumoniae 232, возбудителя микоплазмоза свиней» . J Bacteriol . 186 (21): 7123–33. DOI : 10.1128 / JB.186.21.7123-7133.2004 . PMC 523201 . PMID 15489423 .  
  219. ^ а б в Васконселос А.Т. и др. (2005). «Патогены свиней и домашней птицы: полные последовательности генома двух штаммов Mycoplasma hyopneumoniae и штамма Mycoplasma synoviae » . J Bacteriol . 187 (16): 5568–77. DOI : 10.1128 / JB.187.16.5568-5577.2005 . PMC 1196056 . PMID 16077101 .  
  220. ^ Jaffe JD и др. (2004). «Полный геном и протеом Mycoplasma mobile » . Genome Res . 14 (8): 1447–61. DOI : 10.1101 / gr.2674004 . PMC 509254 . PMID 15289470 .  
  221. ^ Вестберг Дж и др. (2004). «Последовательность генома Mycoplasma mycoides subsp. Mycoides SC, тип штамма PG1T, возбудителя контагиозной плевропневмонии крупного рогатого скота (CBPP)» . Genome Res . 14 (2): 221–7. DOI : 10.1101 / gr.1673304 . PMC 327097 . PMID 14762060 .  
  222. ^ Сасаки Y, и др. (2002). «Полная геномная последовательность Mycoplasma Penetrans , внутриклеточного бактериального патогена человека» . Nucleic Acids Res . 30 (23): 5293–300. DOI : 10.1093 / NAR / gkf667 . PMC 137978 . PMID 12466555 .  
  223. ^ Himmelreich R, et al. (1996). «Полный анализ последовательности генома бактерии Mycoplasma pneumoniae » . Nucleic Acids Res . 24 (22): 4420–49. DOI : 10.1093 / NAR / 24.22.4420 . PMC 146264 . PMID 8948633 .  
  224. ^ Шамбо I и др. (2001). «Полная последовательность генома респираторного патогена мышей Mycoplasma pulmonis » . Nucleic Acids Res . 29 (10): 2145–53. DOI : 10.1093 / NAR / 29.10.2145 . PMC 55444 . PMID 11353084 .  
  225. ^ Осима К. и др. (2004). «Редуктивная эволюция, предложенная на основе полной последовательности генома патогенной фитоплазмы растений» . Нат Жене . 36 (1): 27–9. DOI : 10.1038 / ng1277 . PMID 14661021 . 
  226. ^ Glass JI, et al. (2000). «Полная последовательность возбудителя слизистой оболочки Ureaplasma urealyticum ». Природа . 407 (6805): 757–62. Bibcode : 2000Natur.407..757G . DOI : 10.1038 / 35037619 . PMID 11048724 . S2CID 205009765 .  
  227. ^ Андерсон, я; и другие. (2012). «Полная последовательность генома термофильной сульфатредуцирующей океанической бактерии типа штамм Thermodesulfatator indicus (CIR29812 (T))» . Стоять. Genomic Sci . 6 (2): 155–64. DOI : 10.4056 / sigs.2665915 . PMC 3387792 . PMID 22768359 .  
  228. ^ Элкинс, JG; и другие. (2013). «Полная последовательность генома гипертермофильной сульфатредуцирующей бактерии Thermodesulfobacterium geofontis OPF15T» . Объявление о геноме . 1 (2): e00162–13. DOI : 10,1128 / genomeA.00162-13 . PMC 3624685 . PMID 23580711 .  
  229. ^ a b c d Жакыбаева, О .; и другие. (2009). «О химерной природе, теплолюбивом происхождении и филогенетическом размещении Thermotogales» . PNAS . 106 (14): 5865–5870. Bibcode : 2009PNAS..106.5865Z . DOI : 10.1073 / pnas.0901260106 . PMC 2667022 . PMID 19307556 .  
  230. ^ Swithers, KS; и другие. (2011). «Последовательность генома штамма TBF 19.5.1 Kosmotoga olearia , термофильной бактерии с широким диапазоном температур роста, выделенной с нефтяной платформы Troll B в Северном море» . J. Bacteriol . 193 (19): 5566–5567. DOI : 10.1128 / JB.05828-11 . PMC 3187421 . PMID 21914881 .  
  231. ^ Жакыбаева, О .; и другие. (2012). «Последовательность генома мезофильных бактерий Thermotogales Mesotoga prima MesG1.Ag.4.2 раскрывает самый крупный геном Thermotogales на сегодняшний день» . Genome Biol Evol . 4 (8): 700–708. DOI : 10.1093 / GbE / evs059 . PMC 3516359 . PMID 22798451 .  
  232. ^ Несбо, CL; и другие. (2009). «Геном Thermosipho africanus TCF52B: боковые генетические связи с Firmicutes и Archaea» . J. Bacteriol . 191 (6): 1974–1978. DOI : 10.1128 / JB.01448-08 . PMC 2648366 . PMID 19124572 .  
  233. ^ Нельсон К.Э. и др. (1999). «Доказательства латерального переноса генов между археями и бактериями из последовательности генома Thermotoga maritima ». Природа . 399 (6734): 323–9. Bibcode : 1999Natur.399..323N . DOI : 10.1038 / 20601 . PMID 10360571 . S2CID 4420157 .  
  234. ^ Латиф, Хайтем; и другие. (2013). «Геномная организация Thermotoga maritima отражает ее образ жизни» . PLOS Genetics . 9 (4): e1003485. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1003485 . PMC 3636130 . PMID 23637642 .  
  • Анализ in silico полных бактериальных геномов: ПЦР, AFLP – ПЦР и рестрикция эндонуклеаз
  • Объединение различных доказательств распознавания генов в полностью секвенированных бактериальных геномах
  • Внутригеномная гетерогенность между множественными оперонами 16S рибосомной РНК в секвенированных бактериальных геномах

Внешние ссылки [ править ]

  • BacMap - современный электронный атлас аннотированных геномов бактерий
  • База данных сравнительной геномики SUPERFAMILY Включает в себя геномы полностью секвенированных прокариот и сложный сбор данных, а также инструменты визуализации для анализа