Международная Нуклеотидная последовательность Database Collaboration ( INSDC ) состоит из совместных усилий по сбору и распространению баз данных , содержащих ДНК и РНК последовательности. [1] Он включает в себя следующие компьютеризированные базы данных : Банк данных ДНК Японии ( Япония ), GenBank ( США ) и Европейский архив нуклеотидов ( Великобритания ). Новые и обновленные данные о нуклеотидах последовательности, вносимые исследовательскими группами в каждую из трех баз данных, синхронизируются на ежедневной основе благодаря постоянному взаимодействию между персоналом каждой сотрудничающей организации.
Все данные в INSDC доступны для свободного и неограниченного доступа для любых целей, без ограничений на анализ, распространение или повторную публикацию данных. Эта политика была основополагающим принципом INSDC с момента его создания. Официальное заявление о политике можно найти на http://www.insdc.org/ [2] . С 1990-х годов большинство крупных научных журналов мира требовали, чтобы данные о последовательностях помещались в базу данных INSDC в качестве предварительного условия для публикации.
DDBJ / EMBL / GenBank , синхронизация поддерживаются в соответствии с рядом принципов , которые производятся и опубликованные Международный консультативный совет. [3] Рекомендации состоят из общего определения таблиц функций [4] для баз данных, которые регулируют содержание и синтаксис записей базы данных, [5] в форме общего DTD ( Document Type Definition ).
Синтаксис называется INSDSeq, и его ядро состоит из буквенной последовательности экспрессии гена ( аминокислотной последовательности) и буквенной последовательности нуклеотидных оснований в гене или декодируемом сегменте. В операции DBFetch показывает типичную запись INSD в базе данных EBI; [6] та же запись в NCBI. [7]
См. Также [ править ]
- Биоинформатика
- Биологическая база данных
- Банк данных ДНК Японии
- Европейский институт биоинформатики
- Список биологических баз данных
- Национальный центр биотехнологической информации
- База данных последовательностей
Внешние ссылки [ править ]
Ссылки [ править ]
- ^ Karsch-Mizrachi, I .; Nakamura, Y .; Cochrane, G .; Международное сотрудничество с базами данных нуклеотидных последовательностей (2011 г.). "Международное сотрудничество с базами данных нуклеотидных последовательностей" . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D33 – D37. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1006 . PMC 3244996 . PMID 22080546 .
- ^ "insdc.org" .
- ^ "INSDC :: Советники" . Архивировано из оригинала на 2007-12-09 . Проверено 29 июня 2019 .
- ^ «Определение таблицы функций DDBJ / ENA / GenBank» . Ebi.ac.uk. Архивировано из оригинала на 2005-03-24 . Проверено 29 июня 2019 .
- ^ "Европейский архив нуклеотидов <EMBL-EBI" . www.ebi.ac.uk .
- ^ "Архивная копия" . Архивировано из оригинала на 2005-02-12 . Проверено 2 марта 2005 .CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )
- ^ США (2019-05-06). «Trifolium repens мРНК для нецианогенной бета-глюкозидазы - нуклеотид - NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 29 июня 2019 .
Внешние ссылки [ править ]
- Официальный веб-сайт
- EMBL INSDC сайт
- База данных нуклеотидов EMBL
- Банк данных ДНК Японии
- Поиск нуклеотидов в GenBank