Инициатива Стандартов Протеомики ( PSI ) является рабочей группой Организации Протеома Человека . Он направлен на определение стандартов данных для протеомики , чтобы облегчить сравнение , обмен и проверку данных . [1] [2]
Инициатива по стандартам протеомики фокусируется на следующих темах: минимальная информация о протеомном эксперименте определяет метаданные, которые должны предоставляться вместе с протеомным экспериментом. [3] язык разметки данных для кодирования данных и онтологии метаданных для согласованной аннотации и представления.
Минимальная информация об эксперименте по протеомике ( MIAPE ) — это стандарт минимальной информации , созданный Инициативой стандартов по протеомике Организации протеома человека для сообщения об экспериментах по протеомике. [4] Он предназначен для указания всей информации, необходимой для однозначной интерпретации результатов эксперимента и потенциального воспроизведения эксперимента. В то время как рекомендации MIAPE определяют содержание, необходимое для соответствующих отчетов, они не определяют формат, в котором должны быть представлены эти данные (который оставлен для соответствующего формата *ML, также определенного PSI [5] ), и не определяют, как проводить эксперименты. [6]
Рабочая группа по гель- электрофорезу определила требования к отчетности для экспериментов по гель-электрофорезу. Документ находится на стадии рекомендации и опубликован. [8] Соответствующий формат обмена данными называется GelML, и его стабильная версия была выпущена в конце 2007 года. [9]
Рабочая группа по гель-электрофорезу также занимается анализом изображений с рекомендацией по информатике изображений в гелях, которая в настоящее время находится на стадии публичного рассмотрения, в то время как соответствующий формат обмена является лишь черновиком (по состоянию на апрель 2009 г.). [9]
Рабочая группа по обработке образцов определяет требования, касающиеся всех этапов предварительной обработки образцов , которые выполняются перед применением гель-электрофореза или масс-спектрометрии . Два документа, касающиеся колоночной хроматографии и капиллярного электрофореза , находятся на ранних стадиях разработки, а подготовка проб и обращение с ними все еще находятся в стадии разработки (по состоянию на апрель 2009 г.). Формат обмена данными (spML) также находится в стадии разработки. [10]