Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Сравнение нескольких последовательностей по логарифмическому ожиданию
Автор (ы) оригиналаРоберт С. Эдгар
Разработчики)drive5
Начальная версия2004 ; 17 лет назад ( 2004 )
Стабильный выпуск
3.8.31 / 18 августа 2016 г . ; 4 года назад ( 18.08.2016 )
Репозиторий
Отредактируйте это в Викиданных
Операционная системаLinux , macOS , Windows
ПлатформаIA-32 , x86-64
Доступно ванглийский
ТипМножественное выравнивание последовательностей
ЛицензияВсеобщее достояние
Веб-сайтwww .drive5 .com / Muscle

Множественная Последовательность Сравнение по логу-Ожидание ( МЫШЦЫ ) является компьютерной программой для множественного выравнивания последовательностей из белка и нуклеотидных последовательностей. Он лицензирован как общественное достояние . Этот метод был опубликован Робертом С. Эдгаром в двух статьях в 2004 году. В первой статье, опубликованной в Nucleic Acids Research , был представлен алгоритм выравнивания последовательностей. [1] Во второй статье, опубликованной в BMC Bioinformatics , представлены более технические подробности. [2]

Алгоритм [ править ]

Алгоритм MUSCLE протекает в три этапе: проект прогрессивный , улучшены прогрессивным и уточнение этапов. На этапе прогрессивного наброска алгоритм производит предварительное множественное выравнивание, делая упор на скорость важнее точности. На улучшенной прогрессивной стадии расстояние Кимуры используется для переоценки двоичного дерева для создания чернового выравнивания, что, в свою очередь, обеспечивает более точное множественное выравнивание. На заключительном этапе уточнения уточняется улучшенное выравнивание, выполненное на втором этапе. В конце каждого этапа доступно несколько выравниваний. На первых двух этапах алгоритма временная сложность составляетO ( N 2 л + Н.Л. 2 ) , то сложность пространство является O ( N 2 + NL + L 2 ) . Этап уточнения добавляет к временной сложности еще один член, O ( N 3 L ) . [1] MUSCLE часто используется в качестве замены Clustal , поскольку обычно (но не всегда) дает лучшее выравнивание последовательностей в зависимости от выбранных параметров. Кроме того, MUSCLE значительно быстрее, чем Clustal, в большей степени для больших выравниваний. [1] [2]

Интеграция [ править ]

MUSCLE интегрирован в DNAstar программного обеспечения «s Lasergene, Geneious и MacVector и доступен в Sequencher , MEGA и UGENE как плагин . MUSCLE также доступен как веб-сервис через Европейскую лабораторию молекулярной биологии (EMBL) - Европейский институт биоинформатики (EBI). [3] По состоянию на сентябрь 2016 года две статьи, описывающие МЫШЦЫ, были процитированы более 19 000 раз. [4]

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ а б в Эдгар RC (2004). «МЫШЦЫ: множественное выравнивание последовательностей с высокой точностью и высокой пропускной способностью» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (5): 1792–97. DOI : 10.1093 / NAR / gkh340 . PMC  390337 . PMID  15034147 .
  2. ^ а б Эдгар RC (2004). «МЫШЦЫ: метод множественного выравнивания последовательностей с уменьшенной временной и пространственной сложностью» . BMC Bioinformatics . 5 (1): 113. DOI : 10,1186 / 1471-2105-5-113 . PMC 517706 . PMID 15318951 .  
  3. ^ «МЫШЦЫ <Выравнивание нескольких последовательностей <EMBL-EBI» . Проверено 1 сентября 2014 года .
  4. ^ "Роберт С. Эдгар - цитаты ученых Google" . Проверено 1 сентября 2016 года .

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный сайт
  • Веб-сервер MUSCLE (EMBL-EBI)