Информационная структура по неврологии

Информационная структура по неврологии

Содержание
Описание	Ресурсы по нейробиологии в Интернете: данные, материалы и инструменты
Типы данных захвачены	Неврология
Контакт
Авторы	Мартоне, Мэн
Дата выхода	2008 г.
Доступ
Формат данных	HTML, XML, JSON, CSV
Интернет сайт	http://www.neuinfo.org/
URL-адрес веб-службы	http://neuinfo.org/developers
Конечная точка Sparql	http://neurolex.org/ запрос конечной точки sparql
Разное
Лицензия	Лицензия Creative Commons Attribution 3.0
Управление версиями	6.2
Частота выпуска данных	еженедельно
Политика курирования	непрерывный человек и машина

Информация Framework Neuroscience является хранилищем глобальных нейронауки веб - ресурсов, в том числе экспериментальных , клинических и поступательных нейронауки баз данных , баз знаний, атласов и генетических / геномных ресурсов и предоставляет множество авторитетных ссылок по всей нейробиологии портале Википедии.

Описание [ править ]

Информационная система по неврологии (NIF) - это инициатива проекта NIH Blueprint for Neuroscience Research , созданного в 2004 году Национальными институтами здравоохранения . ^[1]

Разработка NIF началась в 2008 году, когда медицинский факультет Калифорнийского университета в Сан-Диего получил контракт с NIH на создание и ведение «динамического реестра сетевых данных, ресурсов и инструментов нейробиологии, к которым ученые и студенты могут получить доступ через любой компьютер. компьютер, подключенный к Интернету ». ^{[2] [3]} Проект возглавляет Мэрианн Мартоне, содиректор Национального центра исследований микроскопии и изображений (NCMIR), входящего в состав многопрофильного центра исследований биологических систем (CRBS) со штаб-квартирой в Калифорнийском университете в Сан-Франциско. Диего. Вместе с соруководителями Джеффри С. Грете и Амарнатхом Гуптой Мартоне возглавляет национальное сотрудничество, в которое входят исследователи из Йельского университета ,Калифорнийский технологический институт , Университет Джорджа Мейсона , Гарвард и Вашингтонский университет .

Цели [ править ]

В отличие от обычных поисковых систем , NIF обеспечивает гораздо более глубокий доступ к целевому набору ресурсов, имеющих отношение к нейробиологии, стратегиям поиска, адаптированным к нейробиологии, и доступ к контенту, который традиционно «скрыт» от поисковых систем Интернета . NIF - это динамический перечень баз данных нейробиологии, аннотированный и интегрированный с единой системой биомедицинской терминологии (например, NeuroLex). NIF поддерживает запросы на основе концепций в различных масштабах биологической структуры и на нескольких уровнях биологической функции, что упрощает поиск и понимание результатов. NIF также предоставит реестр, через который поставщики ресурсов могут раскрывать доступность ресурсов, относящихся к исследованиям в области нейробиологии. NIF не предназначен для использования в качестве хранилища или репозитория, а является средством раскрытия и поиска ресурсов, доступных через Интернет в других местах .

Стандартная онтология NIFSTD или NIF содержит множество терминов, синонимов и сокращений, полезных для нейробиологии, а также динамические категории, такие как определенные классы клеток, основанные на различных свойствах, таких как нейрон, нейротрансмиттер или роль в цепи, или наркотики, вызывающие злоупотребление, в соответствии с Национальным законодательством. Институты по злоупотреблению наркотиками . Любой термин (со связанными синонимами) или динамическая категория (все термины с их синонимами) могут использоваться для одновременного запроса всех данных, которые в настоящее время индексирует NIF, пожалуйста, найдите несколько примеров ниже:

• доступные данные о гиппокампе, включая синонимы
• данные о болезни Паркинсона, включая архаичные синонимы, такие как paralysis agitans
• нейрон неокортекса динамическая категория включает все нейроны, у которых есть сома клеток в любой части неокортекса

Содержание [ править ]

Контент NIF можно рассматривать как каталог (реестр NIF) и глубокий поиск в базе данных (федерация данных NIF).

• Каталог NIF содержит самый большой список ресурсов, имеющих отношение к нейробиологии, финансируемых Национальным институтом здравоохранения (NIH), включая научные базы данных, программные инструменты, экспериментальные реактивы и инструменты, базы знаний и порталы, а также другие объекты, идентифицированные исследовательским сообществом нейробиологии.

Список текущих ресурсов можно найти на сайте www.neuinfo.org/registry.

• Федерация данных NIF осуществляет поиск глубокого содержимого баз данных более чем 150 баз данных, включая: различные базы данных NCBI (PubMed, Gensat, Entrez Gene, Homologene, GEO), а также множество больших и малых баз данных, имеющих какое-то отношение к нейробиологии, включая Gemma (данные микрочипов из нервная система), CCDB и CIL (в основном изображения нейронов и астроцитов), GeneNetwork, AgingGenesDB, XNAT, 1000 функциональных коннектомов. «Полный» список (по состоянию на апрель 2013 г.) можно найти в таблице ниже. Обновленный список можно найти на странице объединения данных .
• Кроме того, многие базы данных с очень похожими типами данных были интегрированы в «виртуальные базы данных», которые объединяют множество баз данных в одну таблицу. Например, AntibodyRegistry объединяет данные от 200+ поставщиков, NIF Integrated BrainGeneExpression объединяет данные экспрессии генов из Gensat, Alan Brain и Mouse Genome Informatics, представление Connectivity объединяет шесть баз данных, которые содержат утверждения о подключении нервной системы, интегрированное представление Animal объединяет данные о каталогах экспериментальных животных, доступных исследователям по трансгенным или инбредным червям, рыбкам данио, мышам и крысам. Мы добавляем их по мере регистрации данных, поэтому вернитесь на эту страницу, чтобы увидеть текущее содержимое.
• Для получения исчерпывающего и актуального списка баз данных и наборов данных, зарегистрированных в NIF, посетите эту страницу www.neurolex.org . Приведенная ниже таблица была обновлена ​​9 апреля 2013 г.

Данные через веб-службы [ править ]

Идея NIF заключается в том, что хотя научные базы данных имеют множество интерфейсов, некоторые из которых довольно сложные, должен существовать единый способ их просмотра и поиска. Эта идея унифицированного поиска была распространена на службы, чтобы разработчики могли воспользоваться преимуществами работы, проделанной в NIF, для улучшения своих приложений путем получения доступа ко всем данным, доступным через интерфейс NIF.

Когда данные становятся общедоступными через NIF, они также сразу становятся доступными через веб-службы. Эти веб-службы RESTful можно рассматривать как функции программирования, которые можно встроить в другие приложения. В настоящее время данные можно запрашивать и извлекать в виде XML-канала, и несколько других сайтов теперь извлекают данные NIF через службы, включая DOMEO и Eagle i. Разработчики могут узнать, как получить доступ к данным, просмотрев файл WADL, доступный по адресу http://neuinfo.org/developers.

Ниже приведены некоторые общедоступные службы RESTful, к которым студенты могут получить доступ или которые могут использоваться при создании приложений:

• Аннотируйте любой текст, используя этот URL:

 * http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/annotate?content=The%20cerebellum%20is%20a%20wonderful%20thing&longestOnly=true

URL-адрес содержит текст, который вы хотите аннотировать, входные данные: «Мозжечок - замечательная вещь». Чтобы изменить это, вы можете попробовать использовать любой другой текст. Выходные данные службы вернут предложение с тегом SPAN, обозначающим, что он распознал термин мозжечок и является типом anatomical_structure. Неопознанные термины возвращаются без тегов span. Обратите внимание, что параметр longestOnly = true является необязательным, это означает, что будет распознаваться только самый длинный набор терминов, и в этом примере это не имеет значения, но в терминах, таких как нейрон гиппокампа, он вернет только один ответ.

Разработчики могут использовать теги span для получения информации о распознанном термине, поскольку идентификатор является уникальным и связан с определениями, синонимами, другими областями мозга и в некоторых случаях изображениями: для удобочитаемой версии см.

 * http://neurolex.org/wiki/Birnlex_1489 

Машиночитаемую версию см.

 * http://nif-services.neuinfo.org/ontoquest/concepts/Birnlex_1489?get_super=true

• Получить подсказки автозаполнения нейробиологии, например,

 * http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/vocabulary?prefix=hippocampu

В приведенном выше примере показано завершение термина для «гиппокампа», но вы можете попробовать ввести в URL-адрес любой другой набор букв. Возврат службы - это набор терминов, соответствующих этой строке, включая: Гиппокамп и многие клетки гиппокампа.

• Получите элементы реестра, соответствующие поисковому запросу:

 * http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/federation/data/nlx_144509-1?q=miame

Реестр NIF является источником данных, и эта служба возвращает все элементы реестра, соответствующие определенному запросу. В данном случае используется термин миам, как в стандарте миам. Чтобы использовать эту функцию извлечения данных, вы можете ввести условия запроса в конец этого URL-адреса в дополнение к термину miame или вместо него. Это будет работать так же, как при вводе ваших терминов в поле поиска здесь:

 * https://neuinfo.org/mynif/search.php?q=hippocampus&t=registry

Обратите внимание: обязательно ознакомьтесь с условиями для любого источника данных, условия и положения доступны в качестве любезности в NIF, но вы также можете проверить отдельные источники, которые вы хотите включить в свои приложения, все вышеописанное данные принадлежат NIF и подпадают под лицензию Creative Commons Attribution, поэтому их можно свободно распространять и публиковать.

Примечания и ссылки [ править ]

См. Также [ править ]

• НейроЛекс
• NeuroNames

Внешние ссылки [ править ]

• Веб-сайт Neuroscience Information Framework (NIF)
• NIF NeuroLex - Лексикон нейробиологии
• Новости и объявления Neuroscience Information Framework
• Страница информационной платформы по нейробиологии на Facebook
• Информационная база по неврологии Mendeley Group