Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Асимметрия в синтезе ведущих и отстающих нитей

Фрагменты Окадзаки представляют собой короткие последовательности нуклеотидов ДНК (приблизительно от 150 до 200 пар оснований в длину у эукариот ), которые синтезируются прерывисто, а затем связываются вместе ферментом ДНК-лигазой для создания отстающей цепи во время репликации ДНК . [1] Они были открыты в 1960-х годах японскими молекулярными биологами Рейджи и Цунеко Окадзаки с помощью некоторых из их коллег.

Во время репликации ДНК двойная спираль разматывается, а дополнительные цепи разделяются ферментом ДНК-геликазой , создавая так называемую вилку репликации ДНК . После этой вилки ДНК-примаза, а затем ДНК-полимераза начинают действовать, чтобы создать новую комплементарную цепь. Поскольку эти ферменты могут работать только в направлении от 5 'до 3', две развернутые цепи-матрицы реплицируются по-разному. [2] Одна нить, ведущая нить, подвергается непрерывному процессу репликации, поскольку его матричная цепь имеет направленность от 3 'до 5', что позволяет полимеразе, собирающей ведущую цепь, следовать за вилкой репликации без прерывания. Однако отстающая нить не может быть создана непрерывно, потому что ее матричная нить имеет направленность от 5 'до 3', что означает, что полимераза должна работать в обратном направлении от вилки репликации. Это вызывает периодические перерывы в процессе создания отстающей пряди. Примаза и полимераза движутся в противоположном направлении вилки, поэтому ферменты должны неоднократно останавливаться и запускаться снова, пока ДНК-геликаза разрывает цепи. Как только фрагменты сделаны, ДНК-лигаза соединяет их в единую непрерывную цепь. [3]Весь процесс репликации считается «полунепрерывным», поскольку одна из новых цепей формируется непрерывно, а другая - нет. [4]

[2] В течение 1960-х годов Рейджи и Цунеко Окадзаки проводили эксперименты по репликации ДНК в бактерии Escherichia coli . До этого времени обычно считалось, что репликация является непрерывным процессом для обеих цепей, но открытия с участием E. coli привели к новой модели репликации. Ученые обнаружили прерывистый процесс репликации путем импульсной маркировки ДНК и наблюдения за изменениями, указывающими на несмежную репликацию.

Эксперименты [ править ]

Формирование фрагментов Окадзаки

Работа Кивако Сакабе, Рейджи Окадзаки и Цунеко Окадзаки предоставила экспериментальные доказательства, подтверждающие гипотезу о том, что репликация ДНК - это прерывистый процесс. Ранее считалось, что репликация является непрерывной как в направлениях от 3 'до 5', так и от 5 'до 3'. 3 'и 5' представляют собой специально пронумерованные атомы углерода в дезоксирибозном кольце нуклеиновых кислот и относятся к ориентации или направленности цепи. В 1967 году Цунеко Окадзаки и Тору Огава предположили, что не существует обнаруженного механизма, который показал бы непрерывную репликацию в направлении от 3 'до 5', а только от 5 'до 3' с использованием ДНК-полимеразы., фермент репликации. Команда предположила, что при использовании прерывистой репликации короткие цепи ДНК , синтезируемые в точке репликации, могут быть прикреплены в направлении от 5 'к 3' к более старой цепи. [5]

Чтобы отличить метод репликации, используемый ДНК в эксперименте, команда пометила импульсами вновь реплицированные области хромосом Escherichia coli , денатурировала и извлекла ДНК. Большое количество радиоактивных коротких единиц означало, что метод репликации, вероятно, был прерывистым. Гипотеза была дополнительно подтверждается открытием полинуклеотидной лигазы , фермент , который ссылка короткой нити ДНК вместе. [6]

В 1968 году Рейджи и Цунеко Окадзаки собрали дополнительные доказательства зарождающихся цепей ДНК. Они предположили, что если прерывистая репликация с участием коротких цепочек ДНК, связанных вместе полинуклеотид-лигазой, является механизмом, используемым в синтезе ДНК, то «вновь синтезированные короткие цепочки ДНК будут накапливаться в клетке в условиях, когда функция лигазы временно нарушается». E. coli были инфицированы бактериофагом Т4.которые продуцируют термочувствительную полинуклеотид-лигазу. Клетки, инфицированные фагами Т4, накапливали большое количество коротких, вновь синтезированных цепочек ДНК, как и предполагалось в гипотезе, при воздействии высоких температур. Этот эксперимент также подтвердил гипотезу Оказакиса о прерывистой репликации и связывании полинуклеотидлигазой. Это опровергло представление о том, что короткие цепи также образовывались в процессе экстракции. [7]

Эксперименты Окадзаки предоставили обширную информацию о процессе репликации ДНК и существовании коротких, недавно синтезированных цепочек ДНК, которые позже стали известны как фрагменты Окадзаки.


Пути [ править ]

Было предложено два пути для обработки фрагментов Окадзаки: короткий путь лоскута и длинный путь лоскута.

Путь с коротким лоскутом [ править ]

В пути короткого лоскута у эукариот запаздывающая цепь ДНК праймируется через короткие промежутки времени. Только в коротком пути участвует нуклеаза FEN1 . Pol δ часто встречается с примированным ниже по ходу потоком фрагментом Окадзаки и смещает инициаторный праймер РНК / ДНК в 5'-створку. Эндонуклеаза FEN1 5'-3 'распознает, что 5'-лоскут смещен, и он расщепляется, создавая субстрат для лигирования. В этом методе праймер, синтезированный Pol a, удаляется. Исследования [ какие? ]показать, что в FEN1 предлагают «трекинг; модель, в которой нуклеаза перемещается от 5-дюймового лоскута к его основанию, чтобы сформировать расщепление. Pol δ не обрабатывает нуклеазную активность, чтобы расщепить смещенный лоскут. FEN1 рассекает короткие лоскуты сразу после их образования. Расщепление ингибируется, когда 5'-конец лоскута ДНК блокируется либо комплементарным праймером, либо биотин-конъюгированным стрептавидиновым фрагментом. ДНК-лигаза запечатывает разрыв, сделанный FEN1, и создает функциональную непрерывную двойную цепь ДНК. PCNA моделирует ферментативные функции белков как для FEN1, так и для ДНК-лигазы. Взаимодействие имеет решающее значение для создания надлежащего лигирования отстающей цепи ДНК. Последовательное смещение цепи и расщепление Pol δ и FEN1, соответственно, помогает удалить всю инициаторную РНК перед лигированием.Чтобы удалить инициаторный праймер, должны произойти многие смещения и реакции расщепления. Лоскут, который создается, обрабатывается и созревает благодаря короткому пути лоскута.

Путь с длинным лоскутом [ править ]

В некоторых случаях FEN1 существует только в течение короткого периода времени и отключается от комплекса репликации. Это вызывает задержку расщепления, так что створки, смещенные на Pol δ, становятся длинными. Когда RPA достигает достаточной длины, он может стабильно связываться. Когда связанные лоскуты RPA реорганизуются для расщепления FEN1, что требует для процессинга другой нуклеазы, это было идентифицировано как альтернативная нуклеаза, ДНК2. ДНК2 имеет дефекты сверхэкспрессии DEN1. DNA2 показал свою работу с FEN1 для обработки длинных лоскутов. DNA2 может отделять RPA от длинного лоскута, она делает это с помощью механизма, подобного FEN1. Он связывает клапан и заправляет 5-футовый конец клапана. Нуклеаза расщепляет лоскут, делая его слишком коротким для связывания с RPA, слишком короткий лоскут означает, что он доступен для FEN1 и лигирования. Это известно как метод длинных лоскутов.ДНК2 может действовать как FEN1 в качестве резервной копии нуклеазной активности, но это неэффективный процесс.

Альтернативный путь [ править ]

До недавнего времени было известно только два пути обработки фрагментов Окадзаки. Однако текущие исследования пришли к выводу, что существует новый путь фрагментации Окадзаки и репликации ДНК. Этот альтернативный путь вовлекает ферменты Pol δ с Pif1, которые выполняют тот же процесс удаления лоскута, что и Pol δ и FEN1. [8]

Ферменты, участвующие в образовании фрагментов [ править ]

Primase [ править ]

Основная статья: Primase

Примаза добавляет праймеры РНК к отстающей цепи, что позволяет синтезировать фрагменты Окадзаки от 5 'до 3'. Однако примаза создает праймеры РНК с гораздо меньшей скоростью, чем та, с которой ДНК-полимераза синтезирует ДНК на ведущей цепи. ДНК-полимераза на отстающей цепи также должна постоянно рециклироваться для построения фрагментов Окадзаки, следующих за праймерами РНК. Это делает скорость синтеза отстающей цепи намного ниже, чем у ведущей цепи. Чтобы решить эту проблему, праймаза действует как временный стоп-сигнал, ненадолго останавливая развитие репликационной вилки во время репликации ДНК. Этот молекулярный процесс не позволяет ведущей нити обгонять отстающую. [9]

ДНК-полимераза δ [ править ]

На этом этапе новая ДНК создается ферментами, которые синтезируют ДНК в направлении от 5 'до 3'. ДНК-полимераза важна как для ведущей цепи, которая представляет собой непрерывную цепь, так и для отстающей цепи, которая создается небольшими частями при синтезе ДНК. Этот процесс происходит для удлинения вновь синтезированного фрагмента и удаления сегмента РНК и ДНК. Синтез происходит в 3 фазы с двумя разными полимеразами, ДНК-полимеразой α-примазой и ДНК-полимеразой δ. Этот процесс начинается с вытеснения полимеразы-примазы из праймера РНК и ДНК с помощью эффекта репликации загрузчика зажима, этот эффект приводит к сдвигу зажима на ДНК. После этого ДНК-полимераза δ начинает переходить в свою холоферментную форму, которая затем начинает синтез. Процесс синтеза будет продолжаться до тех пор, пока не появится 5'-конец предыдущего фрагмента Окадзаки. Как только прибыл,Обработка фрагмента Окадзаки продолжается для присоединения вновь синтезированного фрагмента к отстающей цепи. Последняя функция ДНК-полимеразы δ состоит в том, чтобы служить дополнением к активности эндонуклеазы 5'-лоскута FEN1 / RAD27. Аллель rad27-p является летальным в большинстве комбинаций, но был жизнеспособен с полимеразой rad27-p и exo1. Как полимераза rad27-p, так и exo1 демонстрируют сильное синергетическое увеличение мутаций дупликации CAN 1. Единственная причина, по которой эта мутация является жизнеспособной, связана с генами репарации двухцепочечных разрывов RAD50, RAD51 и RAD52. RAD27 / FEN1 создает зазоры между соседними фрагментами Окадзаки, сводя к минимуму степень выталкивания нити в отстающей нити.Аллель rad27-p является летальным в большинстве комбинаций, но был жизнеспособен с полимеразой rad27-p и exo1. Как полимераза rad27-p, так и exo1 демонстрируют сильное синергетическое увеличение мутаций дупликации CAN 1. Единственная причина, по которой эта мутация является жизнеспособной, связана с генами репарации двухцепочечных разрывов RAD50, RAD51 и RAD52. RAD27 / FEN1 создает зазоры между соседними фрагментами Окадзаки, сводя к минимуму степень выталкивания нити в отстающей нити.Аллель rad27-p является летальным в большинстве комбинаций, но был жизнеспособен с полимеразой rad27-p и exo1. Как полимераза rad27-p, так и exo1 демонстрируют сильное синергетическое увеличение мутаций дупликации CAN 1. Единственная причина, по которой эта мутация является жизнеспособной, связана с генами репарации двухцепочечных разрывов RAD50, RAD51 и RAD52. RAD27 / FEN1 создает зазоры между соседними фрагментами Окадзаки, сводя к минимуму степень выталкивания нити в отстающей нити.RAD27 / FEN1 создает зазоры между соседними фрагментами Окадзаки, сводя к минимуму степень выталкивания нити в отстающей нити.RAD27 / FEN1 создает зазоры между соседними фрагментами Окадзаки, сводя к минимуму степень выталкивания нити в отстающей нити.

ДНК-лигаза I [ править ]

Основная статья: ДНК-лигаза

Во время синтеза отстающей цепи ДНК-лигаза I соединяет фрагменты Окадзаки после замены праймеров РНК нуклеотидами ДНК ДНК-полимеразой δ. Фрагменты Окадзаки, которые не были лигированы, могут вызывать двухцепочечные разрывы, которые расщепляют ДНК [10] . Поскольку допустимо лишь небольшое количество двухцепочечных разрывов и только небольшое количество может быть восстановлено, достаточное количество неудач лигирования может быть летальным для клетки.

Дальнейшие исследования предполагают дополнительную роль ядерного антигена пролиферирующих клеток (PCNA) для функции ДНК-лигазы I по соединению фрагментов Окадзаки. Когда сайт связывания PCNA на ДНК-лигазе I неактивен, способность ДНК-лигазы I связывать фрагменты Окадзаки серьезно нарушается. Таким образом, предлагается следующий механизм: после того, как комплекс PCNA-ДНК-полимераза δ синтезирует фрагменты Окадзаки, высвобождается ДНК-полимераза δ. Затем ДНК-лигаза I связывается с PCNA, которая прикрепляется к разрывам отстающей цепи, и катализирует образование фосфодиэфирных связей. [11] [12] [13]

Эндонуклеаза лоскута 1 [ править ]

Основная статья: Эндонуклеаза 1, специфичная для структуры лоскута

Эндонуклеаза лоскута 1 ( FEN1 ) отвечает за процессинг фрагментов Окадзаки. Он работает с ДНК-полимеразой для удаления праймера РНК из фрагмента Окадзаки и может удалять 5'-рибонуклеотид и 5'-створки, когда ДНК-полимераза смещает цепи во время синтеза отстающей цепи. Удаление этих лоскутов включает процесс, называемый трансляцией псевдонима, и создает зазубрину для лигирования. Таким образом, функция FEN1 необходима для созревания фрагмента Окадзаки в формировании длинной непрерывной цепи ДНК. Аналогичным образом, во время репарации оснований ДНК поврежденный нуклеотид перемещается в лоскут и впоследствии удаляется FEN1. [14] [15]

Эндонуклеаза Dna2 [ править ]

Эндонуклеаза Dna2 не имеет специфической структуры, и их свойства недостаточно хорошо изучены, но могут быть отнесены к одноцепочечной ДНК со свободными концами (оцДНК). Эндонуклеаза Dna2 необходима для расщепления длинных лоскутов ДНК, которые покидают FEN1 во время процесса Окадзаки. Эндонуклеаза Dna2 отвечает за удаление сегмента инициаторной РНК на фрагментах Окадзаки. Кроме того, эндонуклеаза Dna2 играет ключевую роль в промежуточных соединениях, образующихся в ходе различных метаболизмов ДНК, и выполняет функцию поддержания теломер. [16] [17] [18] [19] [20]

Эндонуклеаза Dna2 становится активной, когда концевой сегмент РНК присоединяется к 5 'концу, потому что он перемещается в направлении от 5' к 3 '. В присутствии одноцепочечного ДНК-связывающего белка RPA 5'-створки ДНК становятся слишком длинными, и разрывы больше не подходят в качестве субстрата для FEN1. Это не позволяет FEN1 снять 5'-закрылки. Таким образом, роль Dna2 состоит в том, чтобы уменьшить 3'-конец этих фрагментов, позволяя FEN1 разрезать лоскуты, и созревание фрагмента Okazaki более эффективно. В процессе Окадзаки геликаза ДНК2 и эндонуклеаза неразделимы. Эндонуклеаза Dna2 не зависит от структуры 5'-хвостовой вилки своей активности. Известно, что непродуктивное связывание создает блоки для расщепления и отслеживания FEN1. Известно, что АТФ снижает активность, но способствует высвобождению 3'-концевой метки.Исследования показали, что новая модель Dna2 Endonuclease и FEN1 частично ответственны за созревание фрагментов Okazaki.[19] [17] [16] [21]

Биологическая функция [ править ]

Недавно синтезированная ДНК, также известная как фрагменты Окадзаки, связывается ДНК-лигазой, которая образует новую цепь ДНК. При синтезе ДНК образуются две цепи. Ведущая цепь непрерывно синтезируется и удлиняется во время этого процесса, чтобы обнажить матрицу, которая используется для отстающей цепи (фрагменты Окадзаки). В процессе репликации ДНК праймеры ДНК и РНК удаляются из отстающей цепи ДНК, чтобы позволить фрагментам Окадзаки связываться с ними. Поскольку этот процесс настолько распространен, созревание Окадзаки будет происходить около миллиона раз во время одного завершения репликации ДНК. Для созревания Окадзаки праймеры РНК должны создавать сегменты на фрагментах, которые необходимо лигировать. Это используется как строительный блок для синтеза ДНК в отстающей цепи. На шаблонной прядиполимераза будет синтезироваться в направлении, противоположном репликационной вилке. Как только шаблон станет прерывистым, он создаст фрагмент Окадзаки. Дефекты созревания фрагментов Окадзаки могут потенциально вызывать разрыв цепей ДНК и вызывать различные формы хромосомных аномалий. Эти мутации в хромосомах могут повлиять на внешний вид, количество наборов или количество отдельных хромосом. Поскольку хромосомы фиксированы для каждого конкретного вида, это также может изменить ДНК и вызвать дефекты в генофонде этого вида.Эти мутации в хромосомах могут повлиять на внешний вид, количество наборов или количество отдельных хромосом. Поскольку хромосомы фиксированы для каждого конкретного вида, это также может изменить ДНК и вызвать дефекты в генофонде этого вида.Эти мутации в хромосомах могут повлиять на внешний вид, количество наборов или количество отдельных хромосом. Поскольку хромосомы фиксированы для каждого конкретного вида, это также может изменить ДНК и вызвать дефекты в генофонде этого вида.

Различия между прокариотами и эукариотами [ править ]

Фрагменты Окадзаки присутствуют как у прокариот, так и у эукариот . [22] Молекулы ДНК эукариот отличаются от кольцевых молекул прокариот тем, что они больше и обычно имеют несколько источников репликации. Это означает, что каждая эукариотическая хромосома состоит из множества реплицирующихся единиц ДНК с множеством источников репликации. Для сравнения, прокариотическая ДНК имеет только одну точку начала репликации. У эукариот эти реплицирующие вилки, многочисленные по всей ДНК, образуют «пузыри» в ДНК во время репликации. Репликационная вилка формируется в определенной точке, называемой автономно реплицирующимися последовательностями.(ARS). У эукариот есть комплекс «зажим-загрузчик» и «зажим из шести единиц», называемый ядерным антигеном пролиферирующих клеток. [23] Эффективное движение репликационной вилки также в решающей степени зависит от быстрого размещения скользящих зажимов на вновь примированных сайтах на отстающей цепи ДНК с помощью АТФ-зависимых комплексов загрузчика зажимов. Это означает, что кусочная генерация фрагментов Окадзаки может идти в ногу с непрерывным синтезом ДНК на ведущей цепи. Эти комплексы с зажимом-загрузчиком характерны для всех эукариот и разделяют некоторые незначительные различия в синтезе фрагментов Окадзаки у прокариот и эукариот. [24]Длина фрагментов Окадзаки у прокариот и эукариот также различается. У прокариот есть фрагменты Окадзаки, которые намного длиннее, чем у эукариот. У эукариот обычно есть фрагменты Окадзаки длиной от 100 до 200 нуклеотидов, тогда как фрагменты в прокариотической E. coli могут иметь длину 2000 нуклеотидов. Причина такого несоответствия неизвестна.

Каждая эукариотическая хромосома состоит из множества реплицирующихся единиц ДНК с множеством источников репликации. Для сравнения, прокариотическая хромосома E. coli имеет только одну точку начала репликации. Репликация у прокариот происходит внутри цитоплазмы, и все это начинает репликацию, состоящую из примерно 100-200 или более нуклеотидов. Молекулы эукариотической ДНК имеют значительно большее количество репликонов , около 50 000 или более; однако репликация не происходит одновременно на всех репликонах. У эукариот репликация ДНК происходит в ядре. Изобилие репликации формируется только в одной реплицирующейся молекуле ДНК, начало репликации ДНК смещается многосубъединичным белком. Эта репликация медленная, и иногда добавляется около 100 нуклеотидов в секунду.

Мы исходим из этого, что прокариотические клетки проще по структуре, у них нет ядра, органелл и очень мало ДНК в виде единственной хромосомы. Эукариотические клетки имеют ядро ​​с несколькими органеллами и большим количеством ДНК, расположенных в линейных хромосомах. Мы также видим, что размер - это еще одно различие между этими прокариотическими и эукариотическими клетками. Средняя эукариотическая клетка имеет примерно в 25 раз больше ДНК, чем прокариотическая клетка. В прокариотических клетках репликация происходит намного быстрее, чем в эукариотических клетках; бактерии иногда занимают всего 40 минут, в то время как клетки животных могут занимать до 400 часов. У эукариот также есть особая операция по воспроизведению теломер.в конце своих последних хромосом. Прокариоты имеют кольцевые хромосомы, не вызывающие синтеза концов. Прокариоты имеют непродолжительный процесс репликации, который происходит непрерывно; эукариотические клетки, с другой стороны, осуществляют репликацию ДНК только во время S-фазы клеточного цикла .

Сходство - это этапы репликации ДНК. Как у прокариот, так и у эукариот репликация осуществляется путем раскручивания ДНК ферментом, называемым ДНК-геликазой. Новые нити создаются ферментами, называемыми ДНК-полимеразами. Оба они следуют похожей схеме, называемой полуконсервативной репликацией, при которой отдельные цепи ДНК производятся в разных направлениях, что создает ведущую и отстающую цепи. Эти отстающие нити синтезируются путем производства фрагментов Окадзаки, которые вскоре соединяются вместе. Оба этих организма начинают новые нити ДНК, которые также включают небольшие нити РНК.

Использование в технологии [ править ]

Медицинские концепции, связанные с фрагментами Окадзаки [ править ]

Небольшая мутация в согласованных нуклеотидах может привести к хромосомным аберрациям и непреднамеренной генетической перестройке.

Хотя клетки проходят несколько этапов, чтобы гарантировать отсутствие мутаций в генетической последовательности, иногда специфические делеции и другие генетические изменения во время созревания фрагмента Окадзаки остаются незамеченными. Поскольку фрагменты Окадзаки представляют собой набор нуклеотидов для отстающей цепи, любое изменение, включая делеции, вставки или дупликации исходной цепи, может вызвать мутацию, если она не обнаружена и не зафиксирована. Другие причины мутаций включают проблемы с белками, которые помогают в репликации ДНК. Например, мутация, связанная с примазой, влияет на удаление праймера РНК и может сделать цепь ДНК более хрупкой и восприимчивой к разрывам. Другая мутация касается полимеразы α, которая нарушает редактирование последовательности фрагмента Окадзаки и включение белка в генетический материал.Оба изменения могут привести к хромосомным аберрациям, непреднамеренной генетической перестройке и различным видам рака в более позднем возрасте.[25]

Чтобы проверить влияние белковых мутаций на живые организмы, исследователи генетически изменили лабораторных мышей, чтобы они были гомозиготными по другой мутации в белке, связанной с репликацией ДНК, эндонуклеазе лоскута 1 или FEN1. Результаты варьировались в зависимости от конкретных генных изменений. Гомозиготные нокаут-мутантные мыши испытали «неспособность пролиферации клеток» и «раннюю эмбриональную летальность» (27). Мыши с мутациями F343A и F344A (также известные как FFAA) умерли сразу после рождения из-за родовых осложнений, включая панцитопению и гипоплазию легких.. Это связано с тем, что мутация FFAA предотвращает взаимодействие FEN1 с PCNA (ядерным антигеном пролиферирующих клеток), следовательно, не позволяя ему выполнять свою задачу во время созревания фрагмента Окадзаки. Взаимодействие с этим белком считается ключевой молекулярной функцией в биологической функции FEN1. Мутация FFAA вызывает дефекты в удалении праймера РНК и репарации пар длинных оснований, что вызывает множество разрывов в ДНК. При тщательном наблюдении клетки, гомозиготные по мутациям FFAA FEN1, по-видимому, обнаруживают только частичные дефекты созревания, а это означает, что мыши, гетерозиготные по мутации, смогут дожить до взрослого возраста, несмотря на наличие нескольких небольших трещин в своих геномах. Однако неизбежноэти разрывы предотвращают репликацию ДНК в будущем, потому что разрыв вызывает коллапс репликационной вилки и вызывает двухцепочечные разрывы в реальной последовательности ДНК. Со временем эти зарубки также вызывают полные хромосомные разрывы, что может привести к серьезным мутациям и раку. Другие мутации были реализованы с измененными версиями полимеразы α, что привело к аналогичным результатам.[25]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Balakrishnan L, Bambara RA (февраль 2013). «Метаболизм фрагмента Окадзаки» . Перспективы Колд-Спринг-Харбор в биологии . 5 (2): a010173. DOI : 10.1101 / cshperspect.a010173 . PMC  3552508 . PMID  23378587 .
  2. ^ а б Окадзаки Т. (2017-05-11). «Дни плетения запаздывающих цепочек ДНК - личное воспоминание об открытии фрагментов Окадзаки и исследованиях механизма прерывистой репликации» . Труды Японской академии. Серия B, Физические и биологические науки . 93 (5): 322–338. Bibcode : 2017PJAB ... 93..322O . DOI : 10,2183 / pjab.93.020 . PMC 5489436 . PMID 28496054 .  
  3. ^ Купер, Джеффри М (2000). «Репликация ДНК» . Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  4. ^ MacNeill SA (октябрь 2001). «Репликация ДНК: партнеры в двухступенчатом Окадзаки». Текущая биология . 11 (20): R842–4. DOI : 10.1016 / s0960-9822 (01) 00500-0 . PMID 11676941 . 
  5. Перейти ↑ Ogawa T, Okazaki T (1980). «Прерывистая транскрипция ДНК». Ежегодный обзор биохимии . 49 : 421–57. DOI : 10.1146 / annurev.bi.49.070180.002225 . PMID 6250445 . 
  6. ^ Оказаки Р, Т Оказаки, Sakabe К, Сугимото К, Сугино А (февраль 1968). «Механизм роста цепей ДНК. I. Возможные нарушения непрерывности и необычная вторичная структура вновь синтезированных цепей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 59 (2): 598–605. Полномочный код : 1968PNAS ... 59..598O . DOI : 10.1073 / pnas.59.2.598 . PMC 224714 . PMID 4967086 .  
  7. Перейти ↑ Sugimoto K, Okazaki T, Okazaki R (август 1968). «Механизм роста цепей ДНК, II. Накопление вновь синтезированных коротких цепей в E. coli, инфицированных лигазно-дефектными фагами Т4» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 60 (4): 1356–62. Полномочный код : 1968PNAS ... 60.1356S . DOI : 10.1073 / pnas.60.4.1356 . PMC 224926 . PMID 4299945 .  
  8. ^ Pike JE, Генри Р., бургеры PM, Campbell JL, Bambara РА (декабрь 2010). «Альтернативный путь для обработки фрагмента Окадзаки: разрешение откидных створок с помощью геликазы Pif1» . Журнал биологической химии . 285 (53): 41712–23. DOI : 10.1074 / jbc.M110.146894 . PMC 3009898 . PMID 20959454 .  
  9. ^ Ли JB, Хайт РК, Хамдан С.М., Се XS, Ричардсон CC, ван Oijen AM (февраль 2006). «ДНК-примаза действует как молекулярный тормоз при репликации ДНК» (PDF) . Природа . 439 (7076): 621–4. Bibcode : 2006Natur.439..621L . DOI : 10,1038 / природа04317 . PMID 16452983 .  
  10. ^ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2663296/
  11. ^ Jin YH, Айягари R, Резник М.А., Gordenin Д.А., бургеры PM (январь 2003). «Созревание фрагмента Окадзаки в дрожжах. II. Взаимодействие между полимеразной и 3'-5'-экзонуклеазной активностью Pol delta в создании лигируемого ника» . Журнал биологической химии . 278 (3): 1626–33. DOI : 10.1074 / jbc.M209803200 . PMID 12424237 . 
  12. Перейти ↑ Levin DS, Bai W, Yao N, O'Donnell M, Tomkinson AE (ноябрь 1997 г.). «Взаимодействие между ДНК-лигазой I и ядерным антигеном пролиферирующих клеток: последствия для синтеза и соединения фрагментов Окадзаки» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 94 (24): 12863–8. Bibcode : 1997PNAS ... 9412863L . DOI : 10.1073 / pnas.94.24.12863 . PMC 24229 . PMID 9371766 .  
  13. ^ Левин Д., Маккенна А.Е., Motycka Т.А., Мацумото Y, Томкинсон AE (2000). «Взаимодействие между PCNA и ДНК-лигазой I имеет решающее значение для соединения фрагментов Окадзаки и репарации с вырезанием основания с длинным участком». Текущая биология . 10 (15): 919–22. DOI : 10.1016 / S0960-9822 (00) 00619-9 . PMID 10959839 . 
  14. ^ Jin YH, Оберт R, бургеры PM, Kunkel Т.А., Резник М.А., Gordenin Д.А. (апрель 2001). «3 '-> 5' экзонуклеаза ДНК-полимеразы дельта может заменять 5'-эндонуклеазу Rad27 / Fen1 при обработке фрагментов Окадзаки и предотвращении нестабильности генома» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (9): 5122–7. DOI : 10.1073 / pnas.091095198 . PMC 33174 . PMID 11309502 .  
  15. Перейти ↑ Liu Y, Kao HI, Bambara RA (2004). «Эндонуклеаза лоскута 1: центральный компонент метаболизма ДНК». Ежегодный обзор биохимии . 73 : 589–615. DOI : 10.1146 / annurev.biochem.73.012803.092453 . PMID 15189154 . 
  16. ^ а б Бэ, Сон-Хо; Ким, Дон Ук; Ким, Джиён; Ким, Чон-Хун; Ким, До-Хён; Ким, Хи-Дай; Канг, Хо-Ён; Со, Ён Су (2002-07-19). «Сцепление ДНК-геликазы и эндонуклеазной активности дрожжевой ДНК2 облегчает процессинг фрагмента Окадзаки» . Журнал биологической химии . 277 (29): 26632–26641. DOI : 10.1074 / jbc.M111026200 . ISSN 0021-9258 . PMID 12004053 .  
  17. ^ а б Бэ, Сон-Хо; Со, Ён Су (2000-12-01). «Характеристика ферментативных свойств дрожжевой ДНК-геликазы / эндонуклеазы предлагает новую модель процессинга фрагмента Окадзаки» . Журнал биологической химии . 275 (48): 38022–38031. DOI : 10.1074 / jbc.M006513200 . ISSN 0021-9258 . PMID 10984490 .  
  18. ↑ Канг, Ён-Хун; Ли, Чул-Хван; Со, Ён Су (2010-02-04). «Dna2 на пути к процессингу фрагмента Окадзаки и стабильности генома у эукариот». Критические обзоры в биохимии и молекулярной биологии . 45 (2): 71–96. DOI : 10.3109 / 10409230903578593 . ISSN 1040-9238 . PMID 20131965 .  
  19. ^ a b Стюарт, Джейсон А .; Кэмпбелл, Джудит Л .; Бамбара, Роберт А. (27 марта 2009 г.). «Значение диссоциации Dna2 эндонуклеазой 1 лоскута для процессинга фрагмента Окадзаки в Saccharomyces cerevisiae» . Журнал биологической химии . 284 (13): 8283–8291. DOI : 10.1074 / jbc.M809189200 . ISSN 0021-9258 . PMC 2659186 . PMID 19179330 .   
  20. ^ Дуксин, Жюльен П .; Мур, Хейли Р .; Сидорова Юлия; Каранджа, Кеннет; Хонакер, Ючи; Дао, Бенджамин; Пивница-Вормс, Хелен; Кэмпбелл, Джудит Л .; Монна, Раймонд Дж. (22.06.2012). «Независимая от обработки фрагмента Окадзаки роль фермента ДНК2 человека во время репликации ДНК» . Журнал биологической химии . 287 (26): 21980–21991. DOI : 10.1074 / jbc.M112.359018 . ISSN 0021-9258 . PMC 3381158 . PMID 22570476 .   
  21. ^ Айягари R, Gomes XV, Gordenin Д.А., бургеры PM (январь 2003). «Созревание фрагмента Окадзаки в дрожжах. I. Распределение функций между FEN1 И ДНК2» . Журнал биологической химии . 278 (3): 1618–25. DOI : 10.1074 / jbc.M209801200 . PMID 12424238 . 
  22. ^ «MCB 150 Часто задаваемые вопросы - являются ли фрагменты Окадзаки уникальными для эукариот? Или они универсальны, поэтому они также присутствуют в репликации бактериальной ДНК?» .
  23. ^ «Репликация ДНК эукариот». Молекулярно-растительная биотехнология. Multilab.biz, ndWeb. 29 марта 2011 г.
  24. ^ Матсунага F, Norais C, Фортер P, Myllykallio H (февраль 2003). «Идентификация коротких« эукариотических »фрагментов Окадзаки, синтезированных из прокариотической репликации» . EMBO Reports . 4 (2): 154–8. DOI : 10.1038 / sj.embor.embor732 . PMC 1315830 . PMID 12612604 .  
  25. ^ a b Чжэн Л., Шэнь Б. (февраль 2011 г.). «Созревание фрагмента Окадзаки: в центре внимания нуклеазы» . Журнал молекулярной клеточной биологии . 3 (1): 23–30. DOI : 10.1093 / jmcb / mjq048 . PMC 3030970 . PMID 21278448 .  
  • Inman RB, Schnos M, Структура точек ветвления в реплицирующейся ДНК: наличие одноцепочечных соединений в точках ветвления лямбда-ДНК. J. Mol Biol. 56: 319-625, 1971.
  • Томмес П., Хабшер У. Репликация эукариотической ДНК. Ферменты и белки, действующие на вилке. Евро. J. Biochem. 194 (3): 699-712, 1990.

[1]

Внешние ссылки [ править ]

  • Окадзаки + фрагменты из Национальной медицинской библиотеки США по предметным заголовкам по медицинским предметам (MeSH)
  • Статья McGraw Hill в высшем образовании, посвященная синтезу ДНК
  1. ^ «Хромосомные аберрации». Справочник по биологии, www.biologyreference.com/Ce-Co/Chromosome-Aberrations.html. Купер, Джеффри М. «Репликация ДНК». Current Neurology and Neuroscience Reports., Национальная медицинская библиотека США, 1 января 1970 г., www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9940/.