Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Наука с открытой записной книжкой - это практика публикации всей первичной записи исследовательского проекта в открытом доступе в Интернете по мере ее записи. Это предполагает размещение в Интернете личной или лабораторной записной книжки исследователя вместе со всеми необработанными и обработанными данными и любыми связанными с ними материалами по мере их создания. Подход можно резюмировать лозунгом «никакой инсайдерской информации». Это логическая крайность из прозрачных подходов к исследованию и явно включает в себя предоставление отказавших, менее значимых, и в противном случае неопубликованных опытов; так называемые «темные данные». [1] Практика открытых тетрадей, хотя и не является нормой в академической среде.Сообщество, в последнее время привлекло значительное внимание в исследовательских [2] [3] и общих [1] [4] СМИ как часть общей тенденции к более открытым подходам в исследовательской практике и публикации. Таким образом, науку об открытых записных книжках можно охарактеризовать как часть более широкого движения за открытую науку, которое включает пропаганду и принятие публикаций с открытым доступом , открытых данных , данных краудсорсинга и гражданской науки . Он частично вдохновлен успехом программного обеспечения с открытым исходным кодом [5] и опирается на многие его идеи.

История [ править ]

Термин «наука с открытой записной книжкой» [6] впервые был использован в 2006 году в блоге Жан-Клода Брэдли , в то время доцента химии в Университете Дрекселя . Брэдли описал науку открытой записной книжки следующим образом: [7]

... есть URL-адрес лабораторной записной книжки, которая находится в свободном доступе и индексируется в обычных поисковых системах. Необязательно, чтобы он выглядел как бумажный блокнот, но важно, чтобы вся информация, доступная исследователям для того, чтобы сделать выводы, была в равной степени доступна для остального мира.

-  Жан-Клод Брэдли

Практикующие [ править ]

Активный [ править ]

Экспериментальный (в алфавитном порядке по фамилии) [ править ]

«Команда новаторских ученых из SGC теперь делится своими лабораторными записными книжками в Интернете» . [11] [12] [13]

  • Николас Дж. ЛаСорте, [14] научный сотрудник FDA в области беспроводного сосуществования.
  • Тамара Майури [15]
    • блог на https://raytruantlab.wordpress.com/
    • Twitter @tam_maiuri
    • Зенодо https://zenodo.org/search?page=1&size=20&q=maiuri
  • Питер Мюррей-Раст , [16] Кембридж, Великобритания.
  • Энтони Сальваньо, [17] доктор философии, директор по образованию #SciFund Challenge.
  • Мэтью Х. Тодд, Малярия из открытых источников, [18] [19] [20] Университетский колледж Лондона (Todd Group).
  • Open Notebook Science Challenge [21]

Теоретический [ править ]

  • Тобиас Дж. Осборн [22]
  • Карл Боеттигер, Теория и компьютерное моделирование в экологии и эволюции. [23] [24]
  • Дрор Бар-Натан [25]
  • Андрес Г. Саравиа, [26] доктор физики. студент Цинвестав-Мерида .
  • Даниэль Химмельштейн, возглавлявший Project Rephetio - исследование по перепрофилированию лекарств, в котором использовались GitHub и Thinklab для научных исследований и совместной работы с открытыми блокнотами в реальном времени. [27]

Архивировано (в алфавитном порядке по фамилии) [ править ]

  • Бригетт Блэк [28] ), доктор физико-математических наук. студент лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
  • Жан-Клод Брэдли [29]
  • Иеремия Вера [30]
  • Надежда Фернандес-Оропеза, [31] кандидат биомедицинской инженерии. студент лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
  • Майк Лоуренс
  • Линь Ле [32], студентка факультета физики и выпускник лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
  • Энди Мэлони, [33] научный сотрудник лаборатории Смита Техасского университета. Кандидат наук. в лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико (2011) [34] [35]
  • Кэмерон Нейлон [36]
  • Алехандро Тамайо [37]
  • Происхождение и эволюция гриппа [38]

Рекуррент (образовательный) [ править ]

  • Лаборатория младшей физики (307L) Университета Нью-Мексико [39]

Частично открытые / псевдооткрытые записные книжки [ править ]

Эти инициативы более открыты, чем традиционные лабораторные записные книжки, но им не хватает ключевого компонента для полноценной Open Notebook Science. Обычно доступ к записной книжке осуществляется только частично или предоставляется доступ со значительной задержкой. [40]

  • Open Notebook Science Network [41] - это сеть блогов WordPress, предназначенная для создания и обслуживания индивидуальных / лабораторных записных книжек. По состоянию на январь 2018 года в этой группе насчитывается 126 активных членов. [42]
  • Протоколопедия позволяет передавать и хранить лабораторные протоколы.
  • Sci-Mate позволяет пользователям определять права доступа, но может использоваться как открытый инструмент записной книжки.
  • Винод Скария [43]
  • OpenWetWare (вмещает множество лабораторий и позволяет выборочно обмениваться информацией, относящейся к каждой исследовательской группе)
  • Калеб Морс [44]
  • Гас Росания [45]
  • Энтони Гарретт Лиси [46]
  • Рози Редфилд, [47] микробиолог из Университета Британской Колумбии; все результаты обсуждаются, но необработанный экспериментальный блокнот не предоставляется.
  • Мартин Джонсон, [48] морской химик из Университета Восточной Англии . [49]
  • Грег Лэнг, [50] постдоктор лаборатории Дэвида Ботштейна в Принстонском университете. [51] - публикуется примерно раз в неделю

Преимущества [ править ]

В общедоступной лабораторной тетради удобно приводить в статьях точные примеры экспериментов, используемых для обоснования аргументов. Например, в статье по оптимизации реакции Уги , [52] [53] три разных партий продукта используется в характеристике , и каждый из ссылки спектра конкретного эксперимента , в котором было использована каждая партия: EXP099, [54] EXP203 [ 55] и EXP206. [56] Эта работа была впоследствии опубликована в Журнале визуализированных экспериментов , [57] демонстрации того, что целостность данные происхождение может поддерживаться от лабораторного ноутбука до окончательной публикации в рецензируемом журнале.

Без дополнительных оговорок Open Notebook Science подразумевает, что отчеты об исследовании публикуются на постоянной основе без необоснованной задержки или фильтрации. Это позволяет другим точно понять, как на самом деле проводятся исследования в рамках области или конкретной исследовательской группы. Такая информация может быть полезна для сотрудников, будущих студентов или будущих работодателей. Предоставление доступа к отдельным страницам записной книжки или введение периода запрета не соответствовало бы значению термина «Открыть» в этом контексте. Если не будут сообщены исправления ошибок, неудачные эксперименты и неоднозначные результаты, сторонний наблюдатель не сможет точно понять, как делается наука. Такие термины, как Псевдо [58] или Частичный [40] используются в качестве квалификаторов для выборочного или со значительной задержкой обмена информацией из лабораторных журналов.

Недостатки [ править ]

Аргументы против использования открытых записных книжек в основном делятся на три категории, которые имеют разное значение в разных областях науки. Основное беспокойство, выражаемое, в частности, учеными-биологами и медиками, - это « кража данных » или «сгребание». В то время как степень, в которой исследовательские группы крадут или адаптируют результаты других, остается предметом споров, несомненно, что страх не опубликовать публикацию первым во многом определяет поведение, особенно в некоторых областях. Это связано с акцентом в этих областях на опубликованном рецензируемом документе как на главном показателе карьерного успеха.

Второй аргумент против науки об открытых записных книжках заключается в том, что они представляют собой предварительную публикацию, что делает невозможным патентование и затрудняет публикацию результатов в традиционной рецензируемой литературе. Что касается патентов, публикация в сети четко классифицируется как раскрытие.. Таким образом, хотя могут быть споры о ценности патентов и подходах, позволяющих обойти эту проблему, очевидно, что открытая наука о ноутбуках не подходит для исследований, для которых патентная защита является ожидаемым и желаемым результатом. Что касается публикации в рецензируемой литературе, дело обстоит не так однозначно. Большинство издателей научных журналов принимают материалы, которые ранее были представлены на конференции или в виде препринтов. Те издатели, которые принимают материалы, которые ранее были опубликованы в этих формах, как правило, неофициально указали, что публикация данных в Интернете, в том числе открытая наука о ноутбуках, попадает в эту категорию. Проекты открытых записных книжек были успешно опубликованы в рецензируемых журналах с высоким импакт-фактором [59] [60]но это не было проверено на широком круге издателей. Следует ожидать, что те издатели, которые явно исключают эти формы предварительной публикации, не будут принимать материалы, ранее раскрытые в открытой записной книжке.

Последний аргумент касается проблемы «потока данных». Если текущий объем рецензируемой литературы слишком велик для любого человека, то как можно ожидать, что кто-то справится с огромным количеством нерецензируемых материалов, которые потенциально могут быть доступны, особенно когда некоторые, возможно, большинство , было бы плохого качества? Связанный с этим аргумент состоит в том, что «моя записная книжка слишком специфична», чтобы интересовать кого-либо еще. С этим связан вопрос, как найти качественный и актуальный материал. Проблема курирования и проверки данных и методологического качества - серьезная проблема, которая, возможно, имеет значение не только для открытой науки о блокнотах, но и здесь представляет собой особую проблему.

Финансирование и спонсорство [ править ]

Открытый ноутбук Наука вызов , [61] в настоящее время направлены представления измерения растворимости в неводном растворителе, получил спонсорство от Submeta , [62] Природа [63] и Sigma-Aldrich . [64] Первой из десяти победительниц конкурса за декабрь 2008 года стала Дженни Хейл. [65]

Логотипы [ править ]

Логотипы могут использоваться на записных книжках для обозначения условий предоставления доступа. Полностью открытые записные книжки помечаются как «все содержимое» и «немедленный доступ». Частично открытые блокноты могут быть помечены как «выбранный контент» и / или «отложенные». [66]

См. Также [ править ]

  • Открытый доступ (публикация)
  • Открытые данные
  • Открытое исследование
  • Открытый контент
  • Открытая наука
  • Открытый исходный код

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b Освобождение темных данных неудачных научных экспериментов , Гетц, Т., Wired Magazine, 25 сентября 2007 г.
  2. ^ Сандерсон, K; Нейлон, К. (сентябрь 2008 г.). «Данные на дисплее». Природа . 455 (7211): 273. DOI : 10.1038 / 455273a . PMID  18800097 .
  3. ^ Сингх, С. (апрель 2008 г.). «Данные на дисплее». Cell . 133 (2): 201–3. DOI : 10.1016 / j.cell.2008.04.003 . PMID 18423188 . 
  4. Перейти ↑ Williams, A. (2008). «Интернет-инструменты для общения и сотрудничества в области химии». Открытие наркотиков сегодня . 13 (11–12): 502–506. DOI : 10.1016 / j.drudis.2008.03.015 . PMID 18549976 . 
  5. ^ "Новости химии и техники - Обслуживание химического, медико-биологического и лабораторного мира" .
  6. Перейти ↑ Bradley, JC (2007). «Открытый блокнот с использованием блогов и вики» . Природа предшествует . DOI : 10.1038 / npre.2007.39.1 .
  7. ↑ Брэдли, Жан-Клод (26 сентября 2006 г.). «Открытая тетрадь науки» . Электронное обучение Drexel CoAS .
  8. ^ «Открытая наука: исследователи Университета Торонто для публикации лабораторных заметок в режиме реального времени» . Новости Университета Торонто . Проверено 21 января 2018 .
  9. ^ «Исследователь - открытая книга: первый, кто поделится лабораторными заметками в реальном времени» . 26 февраля 2016. Архивировано 6 марта 2016 года . Проверено 6 марта +2016 .
  10. ^ Резник, Брайан (3 марта 2016). «Наука слишком скрытна и медлительна. Так что этот исследователь ведет блог о своей работе» . Vox.com . Архивировано 4 марта 2016 года . Проверено 6 марта +2016 .
  11. ^ «Экстремально открытая наука в SGC - команда новаторских ученых в SGC теперь делится своими лабораторными блокнотами в Интернете» . opennotebook.thesgc.org . Проверено 26 января 2018 .
  12. ^ Канал SGC (2018-01-24), Интернет- конференция : Open Lab Notebooks: An Extreme Open Science Initiative 19 января 2018 г. , получено 26 января 2018 г.
  13. ^ «О - Extreme Open Science at SGC» . opennotebook.thesgc.org . Проверено 26 января 2018 .
  14. ^ "Открытая научная тетрадь Николаса Дж. ЛаСорта" .
  15. ^ "Тамара Майури" . fhs.mcmaster.ca . Проверено 22 января 2018 .
  16. ^ ContentMine (2015-11-03), 2014 Лекция: Open Notebook Science Питера Мюррея-Раста , получено 21.01.2018
  17. ^ "Исследование IheartAnthony" .
  18. ^ «Малярия с открытым исходным кодом» . Архивировано 13 марта 2016 года . Дата обращения 7 мая 2016 .
  19. ^ «Наш эксперимент - Малярия из открытых источников» . Архивировано 14 марта 2016 года . Дата обращения 7 мая 2016 .
  20. ^ Тодд, Мэтью (7 мая 2016 г.). «Открытый исходный код устраняет секретность в исследованиях наркотиков» . Научное шоу (интервью). Беседовала Алиса Уильямсон. Австралийская радиовещательная корпорация . Архивировано 7 мая 2016 года.
  21. ^ «ONSchallenge - список экспериментов» .
  22. ^ "Исследовательские заметки Тобиаса Дж. Осборна" .
  23. ^ Карл Боеттигер. «Лабораторная тетрадь» .
  24. ^ «Введение в записную книжку» .
  25. ^ "Дрор Бар-Натан: Академическое Омут" .
  26. ^ "Исследовательская машина - Андрес" .
  27. ^ Himmelstein, Даниил; Лизе, Антуан; Ханханян, Пуйя; Брейггеман, Лео; Чен, Сабрина; Хэдли, Декстер; Хесслер, Крисси; Баранзини, Серджио; Грин, Ари (2015). «Rephetio: перепрофилирование наркотиков в [проекте] хетнета» . Thinklab . DOI : 10.15363 / thinklab.4 .
  28. ^ «Пользователь: Бриджет Д. Блэк / Блокнот / Блокнот Бригетт» .
  29. ^ «UsefulChem - Все реакции» .
  30. ^ Блокнот, архивирован 15 апреля 2008 г.
  31. ^ «Пользователь: Надежда Фернандес-Оропеза / Блокнот / Блокнот» .
  32. ^ «Пользователь: Linh N Le / Notebook» .
  33. ^ "Энди Мэлони" .
  34. ^ «Пользователь: Энди Мэлони / Блокнот / Лабораторный блокнот Энди Мэлоуни / Содержание / Содержание» .
  35. ^ "Пользователь: Энди Мэлоуни / Предисловие к диссертации" .
  36. ^ блокнот
  37. ^ Блокнот Fruit Computer Laboratory , блог
  38. ^ «Молекулярная эволюция, филогенетика и эпидемиология» .
  39. ^ "Physics307L" .
  40. ^ a b Брэдли, Жан-Клод Комментарий к псевдо-открытой науке о тетрадях? от Quantum Pontiff 27 июня 2008 г.
  41. ^ «Открытая научная сеть Notebook» .
  42. ^ "Члены" . Откройте сеть Notebook Science Network . 2014-07-18 . Проверено 26 января 2018 .
  43. ^ "Ноутбук, нужен логин" . Архивировано из оригинала на 2008-11-01 . Проверено 25 апреля 2020 .
  44. ^ "Пользователь: Cmorse / Notebook / MediaWiki для открытой науки" .
  45. ^ блокнот
  46. ^ «Дифференциальная геометрия -» .
  47. ^ "RRResearch" .
  48. ^ блокнот)
  49. ^ «Выборочный контент, немедленный обмен» . Архивировано из оригинала на 2012-05-28 . Проверено 26 февраля 2009 .
  50. ^ "Веб-сайт Lang Lab" .
  51. ^ «Все содержимое, отложенный доступ» . Архивировано из оригинала на 2012-05-28 . Проверено 26 февраля 2009 .
  52. ^ Брэдли, Жан-Клод; Мирза, Халид; Оуэнс, Кевин; Осборн, Том и Уильямс, Энтони (август 2008 г.). «Оптимизация реакции Уги с использованием параллельного синтеза и автоматизированной обработки жидкости» . Природа предшествует . DOI : 10.1038 / npre.2008.2237.1 . hdl : 10101 / npre.2008.2237.1 .
  53. ^ "UsefulChem - paper03" .
  54. ^ "UsefulChem - EXP099" .
  55. ^ "UsefulChem - EXP203" .
  56. ^ "UsefulChem - EXP206" .
  57. ^ Брэдли, Жан-Клод; Мирза, Халид; Оуэнс, Кевин; Осборн, Том и Уильямс, Энтони (ноябрь 2008 г.). «Оптимизация реакции Уги с использованием параллельного синтеза и автоматизированной обработки жидкости» . Журнал визуализированных экспериментов (21): 942. DOI : 10,3791 / 942 . PMC 2762777 . PMID 19066532 .  
  58. ^ Бэкон, Дэвид Псевдо Открытая наука о записной книжке? от Quantum Pontiff 26 июня 2008 г.
  59. ^ Woelfle, Майкл; Зеерден, Жан-Поль; де Гойер, Джесси; Pouwer, Kees; Оллиаро, Пьеро; Тодд, Мэтью Х. (19 сентября 2011 г.). Гири, Тимоти Г. (ред.). «Разрешение празиквантела» . PLOS «Забытые тропические болезни» . 5 (9): e1260. DOI : 10.1371 / journal.pntd.0001260 . PMC 3176743 . PMID 21949890 .  
  60. ^ Woelfle, Майкл; Оллиаро, Пьеро; Тодд, Мэтью Х. (22 сентября 2011 г.). «Открытая наука - ускоритель исследований» . Химия природы . 3 (10): 745–748. Bibcode : 2011NatCh ... 3..745W . DOI : 10.1038 / nchem.1149 . PMID 21941234 . 
  61. ^ Open Notebook Science Challenge
  62. ^ «Полезная химия» .
  63. ^ «Полезная химия» .
  64. ^ «Полезная химия» .
  65. ^ «Полезная химия» .
  66. ^ Страница заявлений Open Notebook Science