OpenChrom

OpenChrom

Скриншот OpenChrom Community Edition версии 1.3.0 "Dalton"
Разработчики)	Lablicate и научное сообщество ^[1]

Стабильный выпуск	1.4.0 ( прокатка )

Написано в	Java ^[2]
Операционная система	Кроссплатформенность
Тип	Хемоинформатика / Биоинформатика
Лицензия	EPL , сторонние библиотеки под различными OSI- совместимыми лицензиями ^[3]
Интернет сайт	https://www.openchrom.net

OpenChrom - это программное обеспечение с открытым исходным кодом для анализа и визуализации масс-спектрометрических и хроматографических данных. ^[4] Его основное внимание уделяется работе с собственными файлами данных из нескольких систем масс-спектрометрии (например, ГХ / МС, ЖХ / МС, Пи-ГХ / МС, ВЭЖХ-МС), таких поставщиков, как Agilent Technologies , Varian , Shimadzu , Thermo Fisher , PerkinElmer. и другие. Но также в последнее время поддерживаются форматы данных от других типов детекторов.

OpenChrom поддерживает только анализ и представление хроматографических и масс-спектрометрических данных. У него нет возможностей для сбора данных или управления оборудованием поставщика. OpenChrom построен на платформе Eclipse Rich Client Platform (RCP), поэтому он доступен для различных операционных систем, например Microsoft Windows , macOS и Linux . Он распространяется под лицензией Eclipse Public License 1.0 (EPL). Сторонние библиотеки разделены на отдельные пакеты и выпускаются под различными OSI- совместимыми лицензиями.

История [ править ]

ChemClipse версии 0.7.0

OpenChrom был разработан Филипом Венигом ( SCJP , LPIC-1 ) в рамках его докторской диссертации в Гамбургском университете , Германия. ^[5] В центре внимания диссертации было применение методов распознавания образов для наборов данных, записанных с помощью аналитического пиролиза в сочетании с хроматографией и масс-спектрометрией (Py-GC / MS). ^[6]^[7]

OpenChrom выиграл премию Thomas Krenn Open Source Award 2010 ^[8], а также премию Eclipse Community Award 2011. ^[9] Разработчики также являются членами-основателями рабочей группы Eclipse Science. ^[10] После успешной коммерциализации контрактной разработки и услуг, связанных с проектом OpenChrom, поставщик Lablicate усилил приверженность свободному / Libre / ПО с открытым исходным кодом, выпустив ChemClipse в октябре 2016 года, который служит основой для всех продуктов OpenChrom. ^[11]

Поддерживаемые форматы данных [ править ]

Каждый поставщик системы хранит записанные данные анализа в собственном частном формате . Это затрудняет сравнение наборов данных от разных систем и поставщиков. Кроме того, это большой недостаток для межлабораторных испытаний. Цель OpenChrom - изначально поддерживать широкий спектр различных форматов данных масс-спектрометрии . OpenChrom заботится о том, чтобы файлы необработанных данных не могли быть изменены в соответствии с надлежащей лабораторной практикой . Чтобы помочь ученым, OpenChrom поддерживает несколько открытых форматов для импорта и экспорта результатов анализа. Кроме того, OpenChrom предлагает собственный формат с открытым исходным кодом (* .ocb), который позволяет сохранять отредактированную хроматограмму, а также пики и результаты идентификации.

Масс-селективный детектор [ править ]

Agilent * .D (DATA.MS и MSD1.MS)
Библиотека AMDIS (* .msl)
Bruker Flex MALDI-MS (* .fid)
Chromtech (* .dat)
CSV (* .csv)
Финниган (* .RAW)
Finnigan MAT95 (* .dat)
ITDS Finnigan (* .DAT)
Finnigan ITS40 (* .MS)
Finnigan Element II (* .dat)
JCAMP -DX (* .JDX)
Microsoft Excel (* .xlsx)
mzXML (* .mzXML)
NetCDF (* .CDF)
Текст NIST (* .msp)
OpenChrom XML (* .chrom)
OpenChrom (* .ocb)
Пиковые нагрузки (* .mpl)
PerkinElmer (* .raw)
Вариан SMS (* .SMS)
Вариан XMS (* .XMS)
VG MassLab (* .DAT_001; 1)
Шимадзу (* .qgd)
Шимадзу (* .spc)
Уотерс (* .RAW)
ZIP (* .zip)
ИСП-МС Agilent (* .icp)
Finnigan ICIS (* .dat)
mzML (* .mzML)
SVG (* .svg)
MassHunter (* .D)
Finnigan ICIS (* .dat)
MassLynx (* .RAW)
Галактические граммы (* .cgm)
...

Детектор ионизации пламени [ править ]

ПИД Agilent (* .D / *. Ch)
Текст FID (* .xy)
NetCDF (* .cdf)
PerkinElmer (* .raw)
Вариан (* .run)
Finnigan FID (* .dat)
Finnigan FID (* .raw)
Шимадзу (* .gcd)
Арв (* .arw)
...

Другие форматы [ править ]

Пиковые нагрузки (* .mpl)
NIST-DB (* .msp)
AMDIS (* .msl)
AMDIS (* .cal)
AMDIS (* .ELU)
MassBank (* .txt)

Основные особенности [ править ]

OpenChrom предлагает множество функций для анализа хроматографических данных:

Собственная обработка хроматографических данных (МСД и ПИД)
Поддержка пакетной обработки
Поддержка базового детектора
Детектор пиков, поддержка интегратора
Поддержка идентификаторов пиков и масс-спектра
Количественная поддержка
Поддержка фильтров (например, массовое удаление фрагментов и сканирование, шумоподавление, сглаживание Савицки-Голея , CODA , обратная развертка)
Поддержка сдвига времени удерживания
Поддержка индекса удержания
Режим наложения хроматограммы
Поддержка анализа главных компонентов (PCA)
Поддержка Do / undo / Redo
Интеграция OpenOffice / LibreOffice и Microsoft Office
Расширяется плагинами
Поддержка хроматограмм и пиков
Обновить поддержку
Вычесть поддержку масс-спектров

Релизы [ править ]

Программное обеспечение было впервые выпущено в 2010 году. Каждый выпуск назван в честь известного ученого.

Кодовое название	Эпоним	Дата	Версия
Томсон	Джозеф Джон Томсон	Апрель 2010 г.	Old version, no longer maintained: 0.1.0
Гольдштейн	Евгений Гольдштейн	Май 2010 г.	Old version, no longer maintained: 0.2.0
Вена	Вильгельм Вена	Октябрь 2010 г.	Old version, no longer maintained: 0.3.0
Цветт	Михаил Семенович Цветт	Апрель 2011 г.	Old version, no longer maintained: 0.4.0
Мартин	Арчер Джон Портер Мартин	Октябрь 2011 г.	Old version, no longer maintained: 0.5.0
Synge	Ричард Л. М. Synge	Апрель 2012 г.	Old version, no longer maintained: 0.6.0
Нернст	Вальтер Нернст	Октябрь 2012 г.	Old version, no longer maintained: 0.7.0
Демпстер	Артур Джеффри Демпстер	Июль 2013	Old version, no longer maintained: 0.8.0
Mattauch	Йозеф Маттаух	Июль 2014 г.	Old version, no longer maintained: 0.9.0
Астон	Фрэнсис Уильям Астон	Июль 2015 г.	Old version, no longer maintained: 1.0.0
Дильс	Отто Дильс	Июль 2016 г.	Old version, no longer maintained: 1.1.0
Ольха	Курт Алдер	Август 2017 г.	Old version, no longer maintained: 1.2.0
Далтон	Джон Далтон	Август 2018 г.	Old version, no longer maintained: 1.3.0
Лоуренс	Эрнест Лоуренс	Август 2019 г.	Current stable version: 1.4.0 ^{[примечание 1]}

Старая версия

Старая версия, все еще поддерживается

Последняя версия

Будущий выпуск

^ Роллинг релиз отсюда. Меняется только метка времени .

Ссылки [ править ]

^ Соавторы OpenChrom , Black Duck OpenHub
^ Проект с открытым исходным кодом OpenChrom на Open Hub
^ Торговая площадка Eclipse : OpenChrom
^ OpenChrom: кроссплатформенное программное обеспечение с открытым исходным кодом для масс-спектрометрического анализа хроматографических данных , Филип Вениг, Юрген Одерматт, BMC Bioinformatics ; 2010 ; DOI : 10,1186 / 1471-2105-11-405
^ Softwarebasierte Verfahren zur datenbankgestützten Identifizierung Organischer Substanzen mittels analytischer Pyrolyse gekoppelt mit Gaschromatographie / Massenspektrometrie (Py-GC / MS) , Филип Вениг, Диссертация ; 2012 ; DNB-IDN 1027167683
^ Постоптимизация данных Py-GC / MS: тематическое исследование с использованием нового цифрового фильтра снижения химического шума (NOISERA) для повышения качества данных с использованием масс-спектрометрического программного обеспечения OpenChrom , Филип Вениг, Журнал аналитического и прикладного пиролиза ; 2011 ; DOI : 10.1016 / j.jaap.2011.05.013
^ Характеризация пахучих выбросов с использованием нового программного обеспечения для идентификации пиков в хемометрических моделях газовой хроматографии - наборы данных масс-спектрометрии , К. Р. Мерфи, П. Вениг, Г. Парчи, Т. Сков, Р. М. Стуэц, Хемометрика и интеллектуальные лабораторные системы ; 2012 ; DOI : 10.1016 / j.chemolab.2012.07.006
^ Вернер Фишер: победитель премии Томаса Кренна за открытый исходный код 2010
↑ Eclipse Foundation : Объявлены победители Eclipse Community Awards , Санта-Клара, Калифорния - 21 марта 2011 г.
↑ Диана Купфер: Взгляд на научную рабочую группу по затмению , 11 июня 2014 г.
^ Филип Вениг: ChemClipse 0.7.0 выпущен 2 октября 2016 г.

Внешние ссылки [ править ]

Домашняя страница OpenChrom

[12] Роллинг релиз отсюда. Меняется только метка времени .

[1] Соавторы OpenChrom , Black Duck OpenHub

[openhub-2] Проект с открытым исходным кодом OpenChrom на Open Hub

[3] Торговая площадка Eclipse : OpenChrom

[4] OpenChrom: кроссплатформенное программное обеспечение с открытым исходным кодом для масс-спектрометрического анализа хроматографических данных , Филип Вениг, Юрген Одерматт, BMC Bioinformatics ; 2010 ; DOI : 10,1186 / 1471-2105-11-405

[5] Softwarebasierte Verfahren zur datenbankgestützten Identifizierung Organischer Substanzen mittels analytischer Pyrolyse gekoppelt mit Gaschromatographie / Massenspektrometrie (Py-GC / MS) , Филип Вениг, Диссертация ; 2012 ; DNB-IDN 1027167683

[6] Постоптимизация данных Py-GC / MS: тематическое исследование с использованием нового цифрового фильтра снижения химического шума (NOISERA) для повышения качества данных с использованием масс-спектрометрического программного обеспечения OpenChrom , Филип Вениг, Журнал аналитического и прикладного пиролиза ; 2011 ; DOI : 10.1016 / j.jaap.2011.05.013

[7] Характеризация пахучих выбросов с использованием нового программного обеспечения для идентификации пиков в хемометрических моделях газовой хроматографии - наборы данных масс-спектрометрии , К. Р. Мерфи, П. Вениг, Г. Парчи, Т. Сков, Р. М. Стуэц, Хемометрика и интеллектуальные лабораторные системы ; 2012 ; DOI : 10.1016 / j.chemolab.2012.07.006

[8] Вернер Фишер: победитель премии Томаса Кренна за открытый исходный код 2010

[9] Eclipse Foundation : Объявлены победители Eclipse Community Awards , Санта-Клара, Калифорния - 21 марта 2011 г.

[10] Диана Купфер: Взгляд на научную рабочую группу по затмению , 11 июня 2014 г.

[11] Филип Вениг: ChemClipse 0.7.0 выпущен 2 октября 2016 г.

[1]