Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
пектатлиаза
Идентификаторы
ЕС нет.4.2.2.2
№ CAS9015-75-2
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
BRENDABRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
Структуры PDB RCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтологияAmigo / QuickGO
Поиск
ЧВКстатьи
PubMedстатьи
NCBIбелки
Пектатлиаза / аллерген Amb
Идентификаторы
СимволAmb_allergen
PfamPF00544
ИнтерПроIPR002022
УМНАЯSM00656
Мембранома596
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumкраткое изложение структуры

Пектатлиаза ( EC 4.2.2.2 ) - это фермент, участвующий в мацерации и мягком гниении растительной ткани. Пектатлиаза отвечает за элиминационное расщепление пектата с образованием олигосахаридов с 4-дезокси-α- D- манн-4-энуронозильными группами на их невосстанавливающих концах. Максимально экспрессия белка проявляется на поздних стадиях развития пыльцы. Было высказано предположение, что экспрессия генов пектатлиазы пыльцой может быть связана с потребностью в деградации пектина во время роста пыльцевых трубок. [1]

Этот фермент катализирует в химическую реакцию

Элиминантное расщепление (1 → 4) -α- D -галактуронана с образованием олигосахаридов с 4-дезокси-α- D -галакт-4-энуронозильными группами на их невосстанавливающих концах

Структура и кинетика сворачивания одного члена этого семейства, пектатлиазы C ( pelC ) 1 из Erwinia chrysanthemi, были исследованы довольно подробно. [2] [3] PelC содержит параллельный мотив сворачивания бета-спирали. Большая часть регулярной вторичной структуры состоит из параллельных бета-листов (около 30%). Отдельные пряди листов соединены неупорядоченными петлями разной длины. Затем основу образует большая спираль, состоящая из бета-листов. В PelC есть две дисульфидные связи и 12 остатков пролина . Один из этих пролинов, Pro 220 , участвует в циспептидная связь. Механизм сворачивания PelC включает две медленные фазы, которые приписывают изомеризации пролина.

Некоторые из белков этого семейства являются аллергенами . Аллергия - это реакция гиперчувствительности иммунной системы на определенные вещества, называемые аллергенами (например, пыльца, синтетические материалы, пыль, укусы, лекарства или пища), которые у большинства людей не вызывают никаких симптомов. Система номенклатуры была создана для антигенов (аллергенов), вызывающих у человека IgE-опосредованную атопическую аллергию. [4] Эта номенклатурная система определяется обозначением, состоящим из первых трех букв рода; пространство; первая буква названия вида; пробел и арабское число. В случае, если названия двух видов имеют идентичные обозначения, они отличаются друг от друга добавлением одной или нескольких букв (при необходимости) к обозначению каждого вида.

К аллергенам этого семейства относятся аллергены со следующими обозначениями: Amb a 1, Amb a 2, Amb a 3, Cha o 1, Cup a 1, Cry j 1, Jun a 1.

Два основных аллергена в пыльце амброзии амброзии ( Ambrosia artemisiifolia ) - это Amb a I и Amb a II. Была установлена ​​первичная структура Amb a II, и было показано, что она имеет ~ 65% идентичности последовательности с мультигенным семейством аллергенов Amb a I. [5] Члены семейства Amb a I / a II включают пектатлиазу табака ( Nicotiana tabacum , табак обыкновенный), которая аналогична выведенным аминокислотным последовательностям двух генов пыльце-специфической пектатлиазы, идентифицированных у Lycopersicon esculentum (Tomato); [6] Cry j I, главный аллергенный гликопротеин Cryptomeria japonica.(Японский кедр) - самый распространенный аллерген пыльцы в Японии; [7] и P56 и P59, которые имеют сходство последовательностей с пектатлиазами патогенных бактерий растений. [1]

Этот фермент принадлежит к семейству лиаз , а именно к углеродно-кислородным лиазам, действующим на полисахариды. Систематическое название данного фермента класс (1-> 4) -альф-D-Галактуронан лиаза . Другие имена в общем пользовании , включают полигалактуроновую transeliminase , transeliminase пектиновых кислот , полигалактуронат лиаза , endopectin methyltranseliminase , пектат transeliminase , endogalacturonate transeliminase , лиазы пектиновых кислот , пектиновые лиазы , кислоты лиазу альфа-1,4-D-endopolygalacturonic , ПГ лиазу ,PPase-N , эндо-альфа-1,4-полигалактуроновая кислоты лиазы , полигалактуроновая кислоты лиазы , пектин транс-eliminase и полигалактуроновая кислоты транс-eliminase . Этот фермент участвует во взаимных превращениях пентозы и глюкуроната .

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b Крыло RA, Ямагути Дж., Ларабелл С.К., Урсин В.М., Маккормик С. (1990). «Молекулярная и генетическая характеристика двух генов, экспрессируемых пыльцой, которые имеют сходство последовательностей с пектатлиазами патогена растений Erwinia» . Завод Мол. Биол . 14 (1): 17–28. DOI : 10.1007 / BF00015651 . PMID  1983191 . S2CID  19901421 .
  2. Перейти ↑ Kamen DE, Woody RW (2002). «Кинетика сворачивания протеина пектатлиазы С выявляет быстро образующиеся промежуточные соединения и медленную изомеризацию пролина». Биохимия . 41 (14): 4713–4723. DOI : 10.1021 / bi0115129 . PMID 11926834 . 
  3. ^ Йодер MD, Keen NT, Jurnak F (1993). «Мотив нового домена: структура пектатлиазы С, секретируемого фактора вирулентности растений». Наука . 260 (5113): 1503–1507. Bibcode : 1993Sci ... 260.1503Y . DOI : 10.1126 / science.8502994 . PMID 8502994 . 
  4. ^ Подкомитет по номенклатуре аллергенов ВОЗ / IUIS (King TP, Hoffmann D, Loewenstein H, Marsh DG, Platts-Mills TAE, Bull TW). Всемирный орган здравоохранения. 72: 797–806 (1994).
  5. ↑ King TP, Rogers BL, Morgenstern JP, Griffith IJ, Yu XB, Counsell CM, Brauer AW, Garman RD, Kuo MC (1991). «Полная последовательность аллергена Amb α II. Рекомбинантная экспрессия и реактивность с Т-клетками от пациентов с аллергией на амброзию». J. Immunol . 147 (8): 2547–2552. PMID 1717566 . 
  6. ^ Роджерс HJ, Харви A, Lonsdale DM (1992). «Выделение и характеристика гена табака с гомологией пектатлиазе, которая специфически экспрессируется во время микроспорогенеза». Завод Мол. Биол . 20 (3): 493–502. DOI : 10.1007 / BF00040608 . PMID 1421152 . S2CID 35504226 .  
  7. Перейти ↑ Kojima K, Ogawa H, Hijikata A, Matsumoto I (1994). "Антигенность олигосахаридов фрагмента японского кедра ( Криптомерия Джапоника аллерген пыльцы, Cry J I". Int Arch Allergy Immunol.. . 105 (2): 198-202. DOI : 10,1159 / 000236826 . PMID 7920021 . 
  • Альберсхайм П., Киллиас Ю. (1962). «Исследования, касающиеся очистки и свойств пектинтранселиминазы». Arch. Биохим. Биофиз . 97 (1): 107–15. DOI : 10.1016 / 0003-9861 (62) 90050-4 . PMID  13860094 .
  • Эдстром Р.Д., Фафф Г.Дж. (1964). «Очистка и некоторые свойства пектин транс- элиминазы из Aspergillus fonsecaeus ». J. Biol. Chem . 239 : 2403–8. PMID  14235514 .
  • Эдстром Р.Д., Фафф Г.Дж. (1964). «Устранение расщепления пектина и метиловых эфиров олигогалактуронида пектин транс- элиминазой». J. Biol. Chem . 239 : 2409–15. PMID  14235515 .
  • Нагель CW, Вон Р.Х. (1961). «Разложение олигогалактуронидов полигалактуроназой Bacillus polymyxa». Arch. Биохим. Биофиз . 94 (2): 328–32. DOI : 10.1016 / 0003-9861 (61) 90047-9 . PMID  13727438 .
  • Насуно С., Старр депутат (1967). «Транс-элиминаза полигалактуроновой кислоты Xanthomonas campestris» . Биохим. Дж . 104 (1): 178–85. DOI : 10.1042 / bj1040178 . PMC  1270559 . PMID  6035509 .
  • Пикерсгилл Р., Дженкинс Дж. (1997). «Две кристаллические структуры пектинлиазы А из Aspergillus демонстрируют конформационные изменения, обусловленные pH, и поразительное расхождение в субстратсвязывающих щелях пектина и пектатлиаз». Структура . 5 (5): 677–89. DOI : 10.1016 / S0969-2126 (97) 00222-0 . PMID  9195887 .
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR002022