Rhea [1] - это биоинформатический конвейер, написанный на языке R для анализа микробных профилей. Он был выпущен в конце 2016 года и общедоступен через репозиторий GitHub . [2]
Разработчики) | Илиас Лагкувардос, Сандра Фишер, Нирадж Кумар, Томас Клавель |
---|---|
Первый выпуск | 16 ноября 2016 г. |
Стабильный выпуск | 1.1.0 |
Написано в | р |
Операционная система | Windows , macOS , Ubuntu , Fedora , Red Hat Linux , openSUSE |
Лицензия | Лицензия MIT |
Веб-сайт | https://lagkouvardos.github.io/Rhea/ |
Начиная с таблицы операционных таксономических единиц (OTU), конвейер содержит скрипты, которые выполняют следующие общие аналитические шаги:
- Нормализация таблицы OTU
- Расчет альфа-разнообразия для каждого образца
- Расчет бета-разнообразия и визуализация результатов с помощью PCoA
- Таксономическое объединение
- Статистическое тестирование
- Корреляционный анализ
Название Rhea было первоначально дано конвейеру как фонетическая и визуальная связь с языком R, используемым на протяжении всей разработки. Более того, как указано в оригинальной публикации [1], название было выбрано, чтобы отразить текущую и развивающуюся природу сценариев, поскольку «поток» является одной из предполагаемых этимологий имени мифологической богини Реи .
Рекомендации
- ^ a b Лагкувардос, Илиас; Фишер, Сандра; Кумар, Нирадж; Клавель, Томас (11 января 2017 г.). «Рея: прозрачный и модульный R-конвейер для микробного профилирования на основе ампликонов гена 16S рРНК» . PeerJ . 5 : e2836. DOI : 10,7717 / peerj.2836 . PMC 5234437 .
- ^ "Рея Лагкувардоса" . lagkouvardos.github.io .