Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
База данных генома Saccharomyces (SGD)
Разработчики)Джей Майкл Черри , Гейл Бинкли , Стейси Энгель , Роб Нэш , Стюарт Миясато , Эдит Вонг , Шуай Венг
Операционная системаUnix , Mac , MS-Windows
ТипИнструмент биоинформатики, База данных модельного организма
ЛицензияСвободный
Интернет сайтhttp://www.yeastgenome.org

Saccharomyces Database Геном ( SGD ) является научной базой данных по молекулярной биологии и генетики дрожжей Saccharomyces CEREVISIAE , который широко известен как пекарские или многообещающий дрожжей. [1]

База данных генома Saccharomyces [ править ]

SGD обеспечивает доступ в Интернет к полной геномной последовательности ДНК Saccharomyces cerevisiae , его генам и их продуктам, фенотипам его мутантов и литературе, подтверждающей эти данные. В рецензируемом литературном отчете результаты экспериментов по функции и взаимодействию дрожжевых генов извлекаются путем высококачественного ручного курирования и интегрируются в хорошо разработанную базу данных. Данные объединяются с качественными результатами с высокой пропускной способностью и публикуются на страницах сводки локусов, которые представляют собой мощный механизм запросов и богатый браузер генома. В зависимости от сложности сбора информации для интеграции информации и обеспечения продуктивного открытия новых биологических деталей используются многочисленные биоинформатические инструменты. [2]Золотой стандарт функционального описания почкующихся дрожжей предоставляется ресурсом SGD. Ресурс SGD также предоставляет платформу для исследования родственных генов и путей у высших организмов. Объем информации и количество функций, предоставляемых SGD, значительно увеличились после выпуска S. cerevisiae.геномная последовательность. SGD помогает исследователям, предоставляя не только основную информацию, но и такие инструменты, как поиск сходства последовательностей, которые приводят к подробной информации об особенностях генома и взаимосвязях между генами. SGD представляет информацию с помощью различных удобных, динамически создаваемых графических дисплеев, иллюстрирующих физические, генетические карты и карты последовательностей. Все данные в SGD свободно доступны исследователям и преподавателям во всем мире через веб-страницы, разработанные для оптимального удобства использования. [2]

Сбор информации [ править ]

Biocurator включает обзор опубликованной литературы или наборов данных, ведущий к идентификации и абстракции ключевых результатов. Затем результат включается в базу данных и использует контролируемые словари для связывания с соответствующими генами или хромосомными областями. По мере того, как регистрируется все больше данных, биокументация становится все более важной для биомедицинских исследований.

SGD сохраняет эталонную последовательность генома для почкующихся дрожжей S.cerevisiae . SGD являются источником последовательности генома для фона штамма S. cerevisiae S288C, включают каталог генов и хромосомные особенности генома.

Одной из важных функций SGD является биокументация литературы по дрожжам. Биокураторы SGD просматривают всю научную литературу, имеющую отношение к S. cerevisiae , читают статьи и фиксируют свои основные открытия в различных определенных областях базы данных. [2]

Биокураторы в SGD стремятся аннотировать каждый ген, идентифицируя функцию (ы) из первичной литературы и связываясь с терминами, используя структурированное представление знаний в онтологии генов . [3] Кроме того, функции, идентифицированные в результате экспериментов с высокой пропускной способностью, а также аннотации функций, предсказанных с помощью вычислений, включены в проект GO Annotation. [4]

Биохимические пути контролируются SGD вручную и предоставляются с помощью браузера Pathway Tools версии 15.0 (13). Набор данных о биохимических путях SGD для S. cerevisiae, один из наиболее тщательно отобранных наборов данных среди всех доступных наборов данных Pathway Tools, является золотым стандартом для прорастающих дрожжей; SGD поддерживает постоянные усилия по обновлению и расширению этих данных. Интерфейс Pathway Tools предоставляет полное описание каждого пути с молекулярными структурами, номерами EC и полным списком ссылок. Обновленный браузер путей предоставляет несколько расширенных функций, включая загрузку списка генов, обнаруженных в пути, для дальнейшего анализа с помощью других инструментов, доступных в SGD. На обозреватель путей имеется гиперссылка через раздел «Пути» на странице «Обзор локуса». Экран Pathway доступен изhttp://pathway.yeastgenome.org . [2]

Номенклатура [ править ]

SGD продолжает поддерживать S. cerevisiaeгеномная номенклатура. Работа заключается в продвижении определяемых сообществом номенклатурных стандартов и обеспечении соблюдения согласованных руководящих принципов при присвоении имен новым генам или присвоению новых имен ранее идентифицированным генам. В правилах сообщества указано, что первое опубликованное название гена становится стандартным названием. Однако до публикации название гена может быть зарегистрировано и отображено в SGD, чтобы уведомить сообщество о его предполагаемом использовании. Если возникают разногласия или конфликты имен, мы общаемся с соответствующими исследователями внутри сообщества и по возможности договариваемся о соглашении. Большинство тех, кто работает над рассматриваемым геном, должны согласиться с любым изменением номенклатуры, прежде чем оно будет реализовано в SGD. Помимо сохранения генетических названий, SGD гарантирует, что названия ORF, элементов ARS,тРНК и другие хромосомные особенности также соответствуют согласованным форматам. За последние два года было присвоено 154 новых названия генов и обработано 21 изменение названия по инициативе сообщества.[2]

Методы анализа [ править ]

SGD предоставляет несколько различных инструментов анализа.

Методы SGD-анализа

BLAST , Б Основныеоперация л OCAL lignment S нить поиск Т оол, программа предназначена для поиска аналогичных областей между биологическими последовательностями. SGD позволяет пользователям выполнять поиск с помощью BLAST наборов данных последовательностей S. cerevisiae .

Fungal BLAST позволяет выполнять поиск между несколькими последовательностями грибов

Gene Ontology (GO) Term Finder выполняет поиск важных общих терминов GO или их родителей и используется для описания запрашиваемых генов, чтобы помочь пользователям определить, что общего у этого гена.

GO Slim Mapper отображает аннотации группы генов в более общие термины и / или объединяет их в широкие категории.

Сопоставление с образцом - это ресурс, который позволяет пользователям искать короткие нуклеотидные или пептидные последовательности менее 20 остатков или неоднозначные / вырожденные образцы.

Restriction Analysis позволяет пользователям выполнять рестрикционный анализ, вводя название последовательности или произвольную последовательность ДНК [5]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Черри JM; Мяч C; Weng S; Juvik G; Schmidt R; Адлер С; Данн Б; Дуайт С; Riles L; Мортимер РК; Ботштейн Д. (май 1997 г.). «Генетические и физические карты Saccharomyces cerevisiae» . Природа . 387 (6632 Suppl): 67–73. DOI : 10.1038 / 387s067 . PMC  3057085 . PMID  9169866 .
  2. ^ a b c d e Черри, Майкл; Хонг, Эри; Амундсен, Крейг; балакришнан, рама; Бинкли, Гейл; чан, Эстер; Кристи, Карен; костанцо, мария; Дуайт, Селина; engel, stacia; фиск, дианна; Хиршман, Джоди; хитц, Бенджамин; карра, калпана; кригер, синтия; миясато, Стюарт; наш, грабить; парк, Джули; скржипек, марек; симисон, матовый; вэн, шуай; Вонг, Эдит (2011). «База данных генома Saccharomyces: ресурс геномики почкующихся дрожжей» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (2012): D700 – D705. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1029 . PMC 3245034 . PMID 22110037 .  
  3. ^ Дуайт С.С., Харрис М.А., Долински К. и др. (Январь 2002 г.). «База данных генома Saccharomyces (SGD) обеспечивает аннотацию вторичных генов с использованием онтологии генов (GO)» . Nucleic Acids Res . 30 (1): 69–72. DOI : 10.1093 / NAR / 30.1.69 . PMC 99086 . PMID 11752257 .  
  4. ^ Хонг Э.Л., Балакришнан Р., Донг Кью и др. (Январь 2008 г.). «Аннотации генных онтологий в SGD: новые источники данных и методы аннотации» . Nucleic Acids Res . 36 (выпуск базы данных): D577–81. DOI : 10.1093 / NAR / gkm909 . PMC 2238894 . PMID 17982175 .  
  5. ^ "База данных генома Saccharomyces" . База данных генома Saccharomyces . Стэнфордский университет . Проверено 26 апреля 2018 года .

Внешние ссылки [ править ]

  • База данных генома Saccharomyces