Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из базы данных модельного организма )
Перейти к навигации Перейти к поиску

Базы данных модельных организмов ( MOD ) - это биологические базы данных или базы знаний, предназначенные для предоставления подробных биологических данных для интенсивно изучаемых модельных организмов . MOD позволяют исследователям легко находить справочную информацию о больших наборах генов, эффективно планировать эксперименты, комбинировать свои данные с существующими знаниями и строить новые гипотезы. [1] [2] Они позволяют пользователям анализировать результаты и интерпретировать наборы данных, а данные, которые они генерируют, все чаще используются для описания менее изученных видов. [1] По возможности, MOD используют общие подходы к сбору и представлению биологической информации. Например, все моды используют онтологию генов.(GO) [3] [4] для описания функций, процессов и клеточного расположения определенных генных продуктов. Также существуют проекты, позволяющие совместно использовать программное обеспечение для курирования, визуализации и запросов между различными модами. [5] Органическое разнообразие и меняющиеся требования пользователей, однако, означают, что MOD часто требуются для настройки сбора, отображения и предоставления данных. [1]

Типы данных и услуг [ править ]

Базы данных модельных организмов интегрально генерируют, исходят и сопоставляют специфичную для вида информацию, сочетая экспертные знания с литературным подбором и биоинформатикой.

Услуги, предоставляемые биологическим исследовательским сообществам, включают:

  • Аннотации последовательности генома
    • Расположение генов и регуляторных участков в геноме
  • Функциональное лечение генных продуктов
    • Распознавать функции, выполняемые генным продуктом, просматривая различные данные, включая аннотации генной онтологии (GO), фенотипы, экспрессию генов, информацию о путях
  • Аннотации последовательностей белков / РНК
  • Анатомическая информация
  • Складские центры
  • Ортология

Список баз данных модельных организмов [ править ]

Распространенное имяНаучное названиеСтраница ВикипедииСсылка на базу данных
пекарские дрожжиSaccharomyces cerevisiaeБаза данных генома SaccharomycesSGD [6]
Делящиеся дрожжиSchizosaccharomyces pombePomBasePomBase [7] [8] [9] [10]
Когтистая лягушкаXenopusXenbaseXenbase [11] [12]
Плодовая мухаDrosophila melanogasterFlyBaseFlyBase [13]
МышьMus musculusИнформатика генома мышиMGI [14]
НематодаCaenorhabditis elegansWormBaseWormBase [15]
КрысаРаттус норвегикусБаза данных генома крысыRGD [16]
Социальная амебаDictyostelium discoideumDictyBasedictyBase [17]
Тале крессArabidopsis thalianaИнформационный ресурс по арабидопсисуТАИР [18]
КукурузаZea mays ssp. май-MaizeGDB [19] [20]
ДаниоДанио РериоИнформационная сеть по рыбкам даниоZFIN [21]
-грибковые микроорганизмы албиканс-CGD [22]
-кишечная палочкаEcoCycEcoCyc [23]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Оливер С.Г., Lock A, Harris MA, Nurse P, Wood V (июнь 2016 г.). «Базы данных модельных организмов: важные ресурсы, которые нуждаются в поддержке как спонсоров, так и пользователей» . BMC Biology . 14 (1): 49. DOI : 10,1186 / s12915-016-0276-г . PMC  4918006 . PMID  27334346 .
  2. ^ Bond M, Holthaus С.М., Tammen I, Tear G, Russell C (ноябрь 2013). «Использование модельных организмов для изучения нейронального цероидного липофусциноза» . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Молекулярная основа болезни . 1832 (11): 1842–65. DOI : 10.1016 / j.bbadis.2013.01.009 . PMID 23338040 . 
  3. ^ Ashburner МЫ, Болл СА, Блейка JA, Ботстайн D, Батлера Н, Вишневый JM, и др. (Май 2000 г.). «Генная онтология: инструмент для объединения биологии. Консорциум генных онтологий» . Генетика природы . 25 (1): 25–9. DOI : 10.1038 / 75556 . PMC 3037419 . PMID 10802651 .  
  4. ^ Консорциум генных онтологий (январь 2015 г.). «Консорциум генных онтологий: в будущем» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Выпуск базы данных): D1049–56. DOI : 10.1093 / NAR / gku1179 . PMC 4383973 . PMID 25428369 .  
  5. Перейти ↑ O'Connor BD, Day A, Cain S, Arnaiz O, Sperling L, Stein LD (2008). «GMODWeb: веб-структура для Базы данных универсальных модельных организмов» . Геномная биология . 9 (6): R102. DOI : 10.1186 / GB-2008-9-6-R102 . PMC 2481422 . PMID 18570664 .  
  6. ^ Черри Дж. М., Хонг Э. Л., Амундсен С., Балакришнан Р., Бинкли Г., Чан Э. Т. и др. (Январь 2012 г.). «База данных генома Saccharomyces: ресурс геномики почкующихся дрожжей» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D700–5. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1029 . PMC 3245034 . PMID 22110037 .  
  7. ^ Замок, А; Резерфорд, К; Харрис, Массачусетс; Hayles, J; Оливер SG; Bähler, J; Вуд, V (13 октября 2018 г.). «PomBase 2018: управляемая пользователем повторная реализация базы данных по делящимся дрожжам обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной, взаимосвязанной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (D1): D821 – D827. DOI : 10.1093 / NAR / gky961 . PMC 6324063 . PMID 30321395 .  
  8. ↑ Wood V, Harris MA, McDowall MD, Rutherford K, Vaughan BW, Staines DM и др. (Январь 2012 г.). «PomBase: всеобъемлющий онлайн-ресурс по делящимся дрожжам» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D695–9. DOI : 10.1093 / NAR / gkr853 . PMC 3245111 . PMID 22039153 .  
  9. ^ McDowall MD, Harris MA, Lock A, Rutherford K, Staines DM, Bähler J, et al. (Январь 2015 г.). «PomBase 2015: обновления базы данных по делящимся дрожжам» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (выпуск базы данных): D656–61. DOI : 10.1093 / NAR / gku1040 . PMC 4383888 . PMID 25361970 .  
  10. ^ Замок, А; Резерфорд, К; Харрис, Массачусетс; Вуд, V (2018). PomBase: научный ресурс для делящихся дрожжей . Методы молекулярной биологии. 1757 . С. 49–68. DOI : 10.1007 / 978-1-4939-7737-6_4 . ISBN 978-1-4939-7736-9. PMC  6440643 . PMID  29761456 .
  11. ^ Карими K, Фортриде JD, Lotay VS, Burns KA, Wang DZ, Fisher ME и др. (Январь 2018). «Xenbase: база данных геномных, эпигеномных и транскриптомных модельных организмов» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (D1): D861 – D868. DOI : 10.1093 / NAR / gkx936 . PMC 5753396 . PMID 29059324 .  
  12. ^ Джеймс-Зорн C, Понферрада В.Г., Фишер М.Э., Бернс К.А., Фортриде Д.Д., Сегерделл Э., Карими К., Лотай В.С., Ван Д.З., Чу С., Пеллс Т.Дж., Ван Й., Визе П.Д., Цорн А. Xenbase: навигация по Xenbase: интегрированная база данных геномики и экспрессии генов Xenopus . Эукариотические геномные базы данных: методы и протоколы . Методы молекулярной биологии. 1757 . С. 251–305. DOI : 10.1007 / 978-1-4939-7737-6_10 . ISBN 978-1-4939-7736-9. PMC  6853059 . PMID  29761462 .
  13. ^ Attrill Н, К - Фолс, Гудман ДЛ, Millburn GH, Antonazzo G, Rey AJ и др. (Январь 2016 г.). «FlyBase: создание ресурса группы генов для Drosophila melanogaster» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (D1): D786–92. DOI : 10.1093 / NAR / gkv1046 . PMC 4702782 . PMID 26467478 .  
  14. ^ Eppig JT, Blake JA, Bult CJ, Kadin JA Ричардсон JE (январь 2015). «База данных генома мышей (MGD): облегчение мыши в качестве модели человеческой биологии и болезней» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (выпуск базы данных): D726–36. DOI : 10.1093 / NAR / gku967 . PMC 4384027 . PMID 25348401 .  
  15. ^ Харрис Т.В., Баран Дж, Биери Т., Кабунок А, Чан Дж, Чен В.Дж. и др. (Январь 2014). «WormBase 2014: новые взгляды на кураторскую биологию» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (выпуск базы данных): D789–93. DOI : 10.1093 / NAR / gkt1063 . PMC 3965043 . PMID 24194605 .  
  16. ^ Симояма М, Де Понс Дж., Хейман Г.Т., Лауледеркинд С.Дж., Лю В., Нигам Р. и др. (Январь 2015 г.). «База данных генома крысы 2015: геномные, фенотипические и экологические вариации и болезни» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (выпуск базы данных): D743–50. DOI : 10.1093 / NAR / gku1026 . PMC 4383884 . PMID 25355511 .  
  17. ^ Kreppel L, Fey P, Gaudet P, Just E, Kibbe WA, Chisholm RL, et al. (Январь 2004 г.). «dictyBase: новая база данных генома Dictyostelium discoideum» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (выпуск базы данных): D332–3. DOI : 10.1093 / NAR / gkh138 . PMC 308872 . PMID 14681427 .  
  18. ^ Lamesch P, Berardini TZ, Li D, Swarbreck D, Wilks C, Sasidharan R и др. (Январь 2012 г.). «Информационный ресурс по арабидопсису (TAIR): улучшенная аннотация генов и новые инструменты» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D1202–10. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1090 . PMC 3245047 . PMID 22140109 .  
  19. ↑ Лоуренс, CJ (1 января 2004 г.). «MaizeGDB, база данных сообщества по генетике и геномике кукурузы» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (90001): 393D – 397. DOI : 10.1093 / NAR / gkh011 . PMC 308746 . PMID 14681441 .  
  20. ^ Андорф, Карсон М .; Кэннон, Эталинда К .; Портвуд, Джон Л .; Гардинер, Джек М .; Харпер, Лиза С .; Шеффер, Мэри Л .; Braun, Bremen L .; Кэмпбелл, Дарвин А .; Виннакота, Abhinav G .; Sribalusu, Venktanaga V .; Уэрта, Миранда; Чо, Кён Так; Вималанатан, Кокулапалан; Рихтер, Жаклин Д .; Mauch, Emily D .; Rao, Bhavani S .; Birkett, Scott M .; Сен, Танер З .; Лоуренс-Дилл, Кэролайн Дж. (1 октября 2015 г.). «Обновление MaizeGDB: новые инструменты, данные и интерфейс для базы данных модельных организмов кукурузы» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (D1): D1195 – D1201. DOI : 10.1093 / NAR / gkv1007 . PMC 4702771 . PMID 26432828 .  
  21. ^ Хоу Д.Г., Брэдфорд Ю.М., Конлин Т., Игл А.Э., Фашена Д., Фрейзер К. и др. (Январь 2013). «ZFIN, База данных модельных организмов рыбок данио: усиленная поддержка мутантов и трансгенных животных» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Выпуск базы данных): D854–60. DOI : 10.1093 / NAR / gks938 . PMC 3531097 . PMID 23074187 .  
  22. ^ Инглис Д.О., Арно МБ, Бинкли Дж., Шах П., Скржипек М.С., Уаймор Ф. и др. (Январь 2012 г.). «База данных генома Candida включает несколько видов Candida: инструменты для поиска и анализа множества видов с тщательно подобранной информацией о генах и белках Candida albicans и Candida glabrata» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D667–74. DOI : 10.1093 / NAR / gkr945 . PMC 3245171 . PMID 22064862 .  
  23. ^ Keseler И.М., Макка А, Пералто-Жиль М, Сантос-Zavaleta А, Гам-Кастро S, Bonavides-Мартинес С. и др. (Январь 2013). «EcoCyc: объединение баз данных модельных организмов с системной биологией» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Выпуск базы данных): D605–12. DOI : 10.1093 / NAR / gks1027 . PMC 3531154 . PMID 23143106 .