Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску


RGD
Содержание
ОписаниеDatabase Rat Геном
ОрганизмыRattus norvegicus (крыса)
Контакт
Исследовательский центрМедицинский колледж Висконсина
ЛабораторияБиомедицинская инженерия
АвторыЭнн Э. Квитек, доктор философии
Первичное цитированиеPMID  25355511
Доступ
Интернет сайтrgd .mcw .edu
Скачать URLВыпуск данных RGD

База данных Крыса Геном ( РГД ) представляет собой базу данных крыс геномики , генетики, физиологии и функциональных данных, а также данных по сравнительной геномики между крысы, человека и мыши. [1] RGD отвечает за прикрепление биологической информации к геному крысы через структурированный словарь или онтологию, аннотации, присвоенные генам и локусам количественных признаков (QTL), а также за консолидацию данных по штаммам крыс и предоставление их исследовательскому сообществу. RGD работает с такими группами, как Program for Genomic Applications [2] в MCW и Национальный проект биоресурсов для крыс (NBPR-Rat) в Японии [3]для сбора и предоставления всеобъемлющих физиологических данных для различных линий крыс. Они также разрабатывают набор инструментов для добычи и анализа геномных, физиологических и функциональных данных для крыс, а также сравнительных данных для крыс, мышей и человека.

RGD зародилась как совместная работа исследовательских институтов, занимающихся генетическими и геномными исследованиями крыс. Его цель, как указано в RFA: HL-99-013, заключалась в создании базы данных генома крыс для сбора, консолидации и интеграции данных, полученных в ходе текущих генетических и геномных исследований крыс, и обеспечения широкого доступа к этим данным научному сообществу. Вторичной, но важной целью было обеспечить отслеживание картированных позиций для локусов количественных признаков, известных мутаций и других фенотипических данных.

Крыса по-прежнему широко используется исследователями в качестве модельного организма для изучения фармакологии, токсикологии, общей физиологии, а также биологии и патофизиологии болезней. [4] В последние годы наблюдается быстрый рост генетических и геномных данных крыс. В дополнение к этому, База данных генома крысы стала основным источником информации о крысах для исследований и теперь содержит информацию не только по генетике и геномике, но также по физиологии и молекулярной биологии. Для всех этих полей доступны инструменты и страницы с данными, которые курируют сотрудники RGD. [5]

Данные [ редактировать ]

На странице данных RGD [6] перечислены восемь типов данных, хранящихся в базе данных: гены , QTL , маркеры , карты, штаммы , онтологии , последовательности и ссылки.. Из них шесть активно используются и регулярно обновляются. Тип данных RGD «Карты» относится к устаревшим генетическим и радиационным гибридным картам. Эти данные были в значительной степени вытеснены последовательностью полного генома крысы. Тип данных «Последовательности» не является полным списком геномных, транскрипционных или белковых последовательностей, а в основном содержит последовательности праймеров для ПЦР, которые определяют маркеры простого полиморфизма длины последовательности (SSLP) и метки экспрессируемой последовательности (EST). Такие последовательности полезны в первую очередь для исследователей, все еще использующих эти маркеры для генотипирования своих животных и для различения маркеров с одинаковыми названиями. Шесть основных типов данных в RGD следующие:

  • Гены : начальные записи генов импортируются / обновляются из базы данных генов Национального центра биотехнологической информации ( NCBI ) еженедельно. Данные, импортируемые во время этого процесса, включают идентификаторы генов, идентификаторы нуклеотидных и белковых последовательностей Genbank / RefSeq, идентификаторы групп HomoloGene и идентификаторы генов, транскриптов и белков Ensembl. Дополнительные данные о белках импортируются из базы данных UniProtKB . Кураторы RGD просматривают литературу и вручную курируют ГО , болезни, фенотипы и пути для генов крыс, болезни и пути для генов мышей, а также болезни, фенотипы и пути для генов человека. [7] [8]Кроме того, сайт импортирует аннотации GO для генов мыши и человека из Консорциума GO, электронные аннотации крыс из UniProt и аннотации фенотипа мыши из Базы данных генома мыши / Информации о геноме мыши ( MGD / MGI ).
  • QTL : сотрудники RGD вручную собирают данные для QTL крысы и человека из литературы, в которой существуют такие публикации, или из записей, непосредственно представленных исследователями. Записи QTL мыши, включая назначения онтологии фенотипа млекопитающих (MP), импортируются непосредственно из MGI. Для QTL крысы и человека курирование включает назначение аннотаций MP и онтологии болезни. Положения QTL автоматически назначаются на основе геномных положений пика и / или фланкирующих маркеров или однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Записи QTL связаны с информацией о родственных штаммах, генах-кандидатах, ассоциированных маркерах и родственных QTL.
  • Штаммы : Что касается записей QTL, записи штаммов RGD либо вручную собраны из литературы, либо представлены исследователями. Записи о штаммах включают информацию о происхождении и доступности штамма, связанных фенотипах, является ли штамм моделью для человеческого заболевания, а также любую доступную информацию о разведении, поведении, содержании и т. Д. Записи о штаммах связаны с информацией о связанных генах. и QTL, ассоциированные штаммы (например, родительские штаммы или субштаммы) и, если они доступны, штамм-специфические варианты нуклеотидов. Для конгенных и мутантных штаммов положения генома назначаются для интрогрессивной области (конгенные штаммы) или местоположения мутированной последовательности (мутантные штаммы). RGD не импортирует данные о линиях мышей.
  • Маркеры : поскольку генетические маркеры, такие как SSLP и EST , использовались и продолжают использоваться для QTL и штаммов, RGD хранит данные маркеров для крыс, человека и мыши. Данные маркеров включают последовательности связанных прямых и обратных праймеров ПЦР, геномные позиции и ссылки на базу данных зондов NCBI. Записи маркеров связаны с соответствующими записями QTL, штаммов и генов.
  • Онтологии : чтобы сделать данные RGD удобочитаемыми и доступными для вычислительного анализа и поиска, RGD полагается на использование нескольких онтологий. По состоянию на июль 2015 года RGD использовала 16 различных онтологий для выражения различных типов данных, применимых к различным типам данных RGD. Аннотации онтологий назначаются вручную кураторами [7] [8] или импортируются из внешних источников с помощью автоматизированных конвейеров. Шесть онтологий, используемых в RGD, были созданы или совместно созданы в RGD, а семь находятся в разработке сотрудниками и / или сотрудниками RGD, это онтологии для Pathway (PW), штаммов крыс (RS), признаков позвоночных (VT). , Болезнь (RDO), клинические измерения (CMO), методы измерения (MMO) и экспериментальные условия (XCO). [9] Онтологии, импортированные из внешних источников, обновляются еженедельно.
  • Ссылки : Ссылки на RGD - это научные публикации, которые использовались для курирования, или источники для объектов данных, таких как QTL и штаммы. Для ссылок, доступных через PubMed NCBI, импортированные данные включают заголовок, авторов, цитирование и идентификатор PubMed. В некоторых случаях ссылка представляет собой внутреннюю запись для таких процессов, как автоматизированные конвейеры или личное общение, что дает пользователям базы данных указание на источник конкретной части данных. Записи PubMed для них недоступны. Каждая справочная запись связана со всеми данными, взятыми из этой статьи, включая гены, QTL, штаммы и аннотации онтологий.

Инструменты генома [ править ]

Инструменты RGD Genome [10] включают как программные инструменты, разработанные в RGD, так и инструменты из сторонних источников.

Инструменты генома, разработанные в RGD [ править ]

RGD разрабатывает веб-инструменты, предназначенные для использования данных, хранящихся в базе данных RGD, для анализа на крысах и разных видах. К ним относятся:

  • Аннотатор генов : инструмент Gene Annotator или GA принимает в качестве входных данных список символов генов, идентификаторы RGD, номера доступа GenBank, идентификаторы Ensembl и / или хромосомную область и извлекает ортологи генов, идентификаторы внешней базы данных и аннотации онтологий для соответствующих генов в РГД. Данные можно загрузить в электронную таблицу Excel или проанализировать с помощью инструмента. Функция «Распространение аннотаций» отображает список терминов в каждой из семи категорий с процентным соотношением генов из входного списка с аннотациями к каждому термину. Функция «Сравнение тепловой карты» позволяет сравнивать аннотации генов во входном списке по двум онтологиям или по двум ветвям одной и той же онтологии.
  • Variant Visualizer : Variant Visualizer (VV) - это инструмент для просмотра и анализа полиморфизмов последовательностей, специфичных для штамма крыс. VV принимает в качестве входных данных список символов генов или область генома, определяемую хромосомой, положениями начала и остановки или двумя символами гена или маркеров. Пользователь также должен выбрать интересующие его штаммы из списка штаммов, для которых существуют полные геномные последовательности, и может установить параметры для вариантов в результирующем наборе. Результатом является отображение вариантов в виде тепловой карты. Дополнительную информацию для отдельных вариантов можно просмотреть на «панели деталей».
  • OLGA - генератор и анализатор списка объектов : OLGA - это поисковая система, позволяющая пользователям выполнять несколько запросов, генерировать список объектов из каждого запроса и гибко комбинировать результаты. OLGA принимает в качестве входных данных либо список символов объекта, либо параметры поиска на основе аннотаций онтологии или положения. Окончательный список генов, QTL или штаммов можно загрузить или отправить в инструмент GA, визуализатор вариантов или средство просмотра генома из инструмента.
  • Genome Viewer : инструмент Genome Viewer (GViewer) предоставляет пользователям полное представление генома генов, QTL и картированных штаммов с аннотациями к функции, биологическому процессу, клеточному компоненту, фенотипу, заболеванию, пути или химическому взаимодействию. GViewer позволяет выполнять логический поиск в нескольких онтологиях. Результат отображается на фоне кариотипа генома крысы.
  • Overgo Probe Designer : Overgo- зонды представляют собой пары частично перекрывающихся 22-членных олигонуклеотидов, полученных из геномной последовательности с замаскированным повторами и используемых в качестве зондов с высокой специфической активностью для картирования генома. Инструмент Overgo Probe Designer принимает в качестве входных данных нуклеотидную последовательность и выводит список оптимизированных последовательностей зондов, содержащих необходимые 8 нуклеотидов, перекрывающихся на их 3'-концах.
  • Гаплотип ACP : Гаплотип ACP создает «визуальный гаплотип», который можно использовать для идентификации консервативных и неконсервативных хромосомных областей между любыми из 48 линий крыс, охарактеризованных как часть проекта ACP. Для выбранной хромосомы и между выбранными штаммами инструмент сравнивает данные о размере аллеля для микросателлитных маркеров на выбранной генетической карте или карте RH. [11]
  • SNPlotyper : SNPlotyper - это инструмент визуализации и анализа данных SNP Rat, импортированных из dbSNP и Ensembl. Это позволяет пользователям просматривать блоки гаплотипов, общие для штаммов, и определять информативные (полиморфные) маркеры между двумя или более штаммами. Данные в SNPlotyper являются устаревшими данными генотипирования и не включают штамм-специфические варианты, полученные из WGS линий крыс.

Сторонние инструменты для генома, адаптированные для использования с данными RGD [ править ]

RGD предлагает несколько программных инструментов «сторонних производителей», которые были адаптированы для использования на веб-сайте с использованием данных, хранящихся в базе данных RGD. К ним относятся:

  • Браузеры генома : по состоянию на июль 2015 года RGD поддерживал два типа браузеров генома для просмотра данных для крысы, мыши и человека. Оба инструмента, GBrowse [12] и JBrowse [13] , были или разрабатываются базой данных Generic Model Organism Database . Эти инструменты позволяют пользователю просматривать местоположение генетического ориентира (последовательности, гена, локуса, маркера и / или олигонуклеотида) в геноме соответствующего вида. Они также позволяют проводить сравнения между видами с помощью «следов синтении» и ссылок между экземплярами браузеров для разных видов.
  • RatMine : RatMine - ориентированная на крыс версия программного обеспечения InterMine [14] . Он позволяет пользователям добывать и анализировать данные о крысах из различных баз данных, включая RGD, NCBI, UniProtKB и Ensembl, в одном месте с использованием согласованного формата. Платформа InterMine была адаптирована для нескольких видов в других базах данных и предназначена для взаимодействия между экземплярами, чтобы пользователи могли запрашивать разные виды из интерфейса RatMine. [15]
  • Виртуальная сравнительная карта : Виртуальная сравнительная карта (VCMap) изначально была разработана для изучения синтенных отношений между геномами крысы, мыши и человека. Теперь доступна новая версия VCMap, которая также включает корову, свинью и курицу. Пользователи выбирают «основной» или «основной» вид, а затем могут просматривать синтенные области у одного или нескольких других видов.

Дополнительные данные и инструменты [ править ]

Портал "Фенотипы и модели" [ править ]

Портал RGD по фенотипам и моделям [16] фокусируется на линиях, фенотипах и крысах как модельных организмах для физиологии и болезней. Портал «Фенотипы и модели» состоит из пяти разделов: «Фенотипы», «Штаммы и модели», «Знакомьтесь, Джо Рэт», «PhenoMiner» и «Медицинские записи штаммов».

  • Фенотипы : раздел «Фенотипы» содержит большой объем данных из проекта PhysGen Program for Genomic Applications, проекта, финансируемого NHLBI, для «разработки консомных и нокаутных линий крыс, фенотипической характеристики этих линий и предоставления этих ресурсов научному сообществу». [17] Категории данных включают измерения сердечно-сосудистой, почечной и респираторной функции, химического состава крови, морфологии тела и поведения. Также предоставляются ссылки на протоколы фенотипирования крыс и аналогичные высокопроизводительные данные фенотипирования в Национальном проекте биоресурсов для крыс в Японии (NBRP-Rat).
  • Штаммы и модели . Раздел «Штаммы и модели» содержит общую информацию о линиях крыс, включая информацию о доступности линий и животноводстве, а также ссылки на поиск по штаммам RGD и обзор статей о линиях крыс. Раздел также включает подраздел о моделях заболеваний, который дает подробную информацию о том, какие линии крыс использовались в качестве моделей сердечно-сосудистых заболеваний человека, неврологических заболеваний, рака молочной железы, диабета, респираторных заболеваний, а также иммунных и воспалительных заболеваний.
  • Знакомьтесь, Джо Рэт : "Знакомьтесь, Джо Рэт" разработан как общий информационный ресурс для исследователей крыс. Страницы с фотографиями и изображениями содержат ссылки на изображения родительских и консомических штаммов PGA / PhysGen, которые, в свою очередь, ссылаются на данные по этим штаммам. "Ratday" ссылается на годовой календарь крыс RGD. «Представления сообщества» предоставляют информацию и формы для отправки фотографий, для регистрации штаммов и для предоставления количественных данных фенотипа для PhenoMiner. В последнем подразделе содержится информация о наличии штамма.
  • PhenoMiner : PhenoMiner [18] - это база данных и веб-приложение для поиска и анализа количественных данных фенотипа крыс. Данные аннотированы онтологиями для линии крыс, клинических измерений, методов измерения и условий эксперимента. Эксперименты классифицируются по признаку или заболеванию, оцениваемым путем измерения. Использование стандартизированных словарей и форматов данных позволяет сравнивать значения в разных экспериментах для одного и того же измерения. Страница результатов PhenoMiner включает график значений измерений и загружаемую таблицу значений с соответствующими метаданными. Ссылка предоставляется, чтобы дать пользователям возможность отправлять свои собственные данные в базу данных.
  • Медицинские записи о штаммах: Медицинские записи о штаммах (SMR) RGD предназначены для обобщения того, что известно о конкретном штамме. Представлена ​​такая информация, как окраска шерсти, средний вес тела в разные моменты времени как для самцов, так и для самок, а также информация о воспроизводстве. Средние значения для количественных измерений фенотипа, таких как артериальное давление, частота сердечных сокращений и химический состав крови для крыс этой линии в стандартных / контрольных условиях, приведены вместе с соответствующим диапазоном значений для других обычно используемых линий. Каждый SMR связан с источником (ами), из которого может быть получен штамм, с PhenoMiner для получения количественных данных фенотипа, а также с данными о вариантах, QTL и экспрессии на микрочипах.

Заболевания [ править ]

По состоянию на июль 2015 года в RGD было девять порталов по заболеваниям: [19] [20]

  • Рак
  • Сердечно-сосудистые заболевания
  • Сахарный диабет
  • Иммунные и воспалительные заболевания
  • Неврологические заболевания
  • Ожирение и метаболический синдром
  • Почечная болезнь
  • Респираторная инфекция
  • Заболевание органов чувств

Порталы болезней объединяют данные в RGD для конкретной категории болезней и представляют их в одной группе страниц. В списке перечислены гены, QTL и штаммы, аннотированные для любого заболевания в категории, с общегеномным обзором их местоположения у крысы, человека и мыши (см. «Genome Viewer» в инструментах для генома, разработанных в RGD ). Дополнительные разделы портала отображают данные о фенотипах, биологических процессах и путях, связанных с категорией болезни. Страницы также предоставляют пользователям доступ к информации о линиях крыс, используемых в качестве моделей для одного или нескольких заболеваний в категории, инструментах, которые можно использовать для анализа данных, и дополнительных ресурсах, связанных с категорией болезней.

Пути [ править ]

Ресурсы RGD Pathway [21] [22] включают онтологию [23] терминов путей (охватывающих не только метаболические пути, но также болезни, лекарства, регуляторные и сигнальные пути), а также интерактивные диаграммы компонентов и взаимодействий выбранных путей; «Наборы путей и сети наборов», то есть группы связанных путей, которые все вносят вклад в более крупный процесс, такой как гомеостаз глюкозы или регуляция экспрессии генов; и диаграммы физиологического пути, которые отображают сети органов, тканей, клеток и молекулярных путей на уровне всего животного или систем.

Нокауты [ править ]

До недавнего времени прямые специфические геномные манипуляции с крысами были невозможны. Однако с появлением таких технологий, как нуклеаза цинкового пальца и методы мутагенеза на основе CRISPR , ситуация изменилась. [24] Группы, производящие нокауты генов крыс и другие типы генетически модифицированных крыс, включают Центр генетики человека и молекулярной генетики в MCW. RGD ссылается на информацию о линиях крыс, полученных в ходе этих исследований, на страницах, посвященных проекту PhysGen Knockout [25] и Центру ресурсов крыс по редактированию генов MCW (GERRC) , [26]доступ из заголовков страниц RGD. Финансирование как проекта PhysGenKO, так и GERRC поступило от Национального института сердца, легких и крови (NHLBI). Заявленной целью обоих проектов было получение крыс с изменениями в одном или нескольких конкретных генах, связанных с миссией NHLBI. Гены были выдвинуты исследователями на крысах. Кандидатуры рассматривал Внешний консультативный совет. В случае проекта PhysGenKO многие крысы, полученные в этой группе, были фенотипированы с использованием стандартизированного протокола высокопроизводительного фенотипирования, и данные доступны в инструменте RGD PhenoMiner.

Работа с общественностью и образование [ править ]

RGD обращается к сообществу исследователей крыс различными способами, включая форум по электронной почте, страницу новостей, страницу в Facebook, а также регулярное участие и презентации на научных собраниях и конференциях. [27] Дополнительные образовательные мероприятия включают создание обучающих видео, как с описанием того, как использовать инструменты и данные RGD, так и по более общим темам, таким как биомедицинские онтологии и биологическая (например, ген, QTL и штамм) номенклатура. Эти видео размещены на нескольких сайтах онлайн-видеохостингов, включая YouTube .

Финансирование [ править ]

RGD финансируется грантом HL64541 Национального института сердца, легких и крови (NHLBI) от имени NIH. Грант включает дополнительное финансирование Национального института исследования генома человека (NHGRI). По состоянию на июль 2015 года главным исследователем гранта была Мэри Э. Симояма, доктор философии, которая в начале 2015 года заняла руководящую должность у доктора философии Ховарда Дж. Джейкоба [28].

Номера доступа и сборка генома [ править ]

По состоянию на июль 2015 г. самая последняя геномная последовательность крысы доступна под номерами доступа AABR07000001-AABR07073554 в международных базах данных последовательностей (GenBank, DDBJ и EMBL). Самая последняя сборка - Rnor_6.0. Уровень сборки - «хромосома», а представление генома - «полное», включая последовательность Y-хромосомы (отсутствует во всех предыдущих сборках). [29]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Shimoyama М, Де Понс Дж, Хеймен GT, и др. (2015). «База данных генома крысы 2015: геномные, фенотипические и экологические вариации и болезни» . Nucleic Acids Res . 43 (выпуск базы данных): D743–50. DOI : 10.1093 / NAR / gku1026 . PMC 4383884 . PMID 25355511 .  
  2. ^ PGA. «Программы PhysGen для геномных приложений» . Pga.mcw.edu . Проверено 15 июля 2015 .
  3. ^ NBRP-Rat. «Национальный проект биоресурсов для крыс в Японии» . anim.med.kyoto-u.ac.jp . Проверено 15 июля 2015 .
  4. ^ Aitman TJ, Critser JK, Cuppen E, et al. (2008). «Прогресс и перспективы в генетике крыс: взгляд сообщества». Nat. Genet . 40 (5): 516–22. DOI : 10.1038 / ng.147 . PMID 18443588 . 
  5. ^ RGD. «О RGD - базе данных генома крыс» . Rgd.mcw.edu . Проверено 17 февраля 2013 .
  6. ^ "Данные RGD - База данных генома крысы" . Rgd.mcw.edu . Проверено 8 июля 2015 .
  7. ^ a b Laulederkind SJ, Shimoyama M, Hayman GT и др. (2011). «Набор инструментов для курирования базы данных генома крыс: набор оптимизированных программных инструментов, обеспечивающих эффективный сбор, организацию и представление биологических данных» . База данных (Оксфорд) . 2011 : bar002. DOI : 10,1093 / базы данных / bar002 . PMC 3041158 . PMID 21321022 .  
  8. ^ а б Шимояма М., Хейман Г.Т., Лауледеркинд С.Дж. и др. (2009). «Кураторы базы данных генома крыс: кто, что, где, почему» . PLoS Comput. Биол . 5 (11): e1000582. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1000582 . PMC 2775909 . PMID 19956751 .  
  9. ^ RGD. «Об онтологиях RGD - База данных генома крыс» . Rgd.mcw.edu . Проверено 8 июля 2015 .
  10. ^ RGD. «Инструменты генома - База данных генома крысы» . Rgd.mcw.edu . Проверено 8 июля 2015 .
  11. ^ де ла Круз Н., Бромберг С., Пасько Д. и др. (2005). "База данных генома крысы (RGD): разработки в направлении базы данных феномена" . Nucleic Acids Res . 33 (Выпуск базы данных): D485–91. DOI : 10.1093 / NAR / gki050 . PMC 540004 . PMID 15608243 .  
  12. ^ Stein LD, Mungall C, Shu S, et al. (2002). «Универсальный браузер генома: строительный блок для базы данных системы модельного организма» . Genome Res . 12 (10): 1599–610. DOI : 10.1101 / gr.403602 . PMC 187535 . PMID 12368253 .  
  13. ^ Скиннер М.Э., Узилов А.В., Штейн Л.Д., Мунгалл С.Дж., Холмс И.Х. (2009). «JBrowse: браузер генома нового поколения» . Genome Res . 19 (9): 1630–8. DOI : 10.1101 / gr.094607.109 . PMC 2752129 . PMID 19570905 .  
  14. ^ Смит Р.Н., Алексич Дж., Бутано Д. и др. (2012). «InterMine: гибкая система хранилища данных для интеграции и анализа разнородных биологических данных» . Биоинформатика . 28 (23): 3163–5. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bts577 . PMC 3516146 . PMID 23023984 .  
  15. ^ Рэйчел Л., Джули С., Даниэла Б. и др. (2015). «Межорганический анализ с использованием InterMine» . Бытие . 53 (8): 547–60. DOI : 10.1002 / dvg.22869 . PMC 4545681 . PMID 26097192 .  
  16. ^ RGD. "Фенотипы и модели - База данных генома крысы" . Rgd.mcw.edu . Проверено 15 июля 2015 .
  17. ^ RGD. «Фенотипические данные - база данных генома крысы» . Rgd.mcw.edu . Проверено 14 июля 2015 .
  18. ^ Laulederkind SJ, Лю В., Смит JR и др. (2013). «PhenoMiner: количественное определение фенотипа в базе данных генома крысы» . База данных (Оксфорд) . 2013 : bat015. DOI : 10,1093 / базы данных / bat015 . PMC 3630803 . PMID 23603846 .  
  19. ^ RGD. "Порталы по заболеваниям RGD - База данных генома крыс" . Rgd.mcw.edu . Проверено 15 июля 2015 .
  20. ^ Твиггер С.Н., Shimoyama M, S Бромберг, Kwitek А.Е., Jacob HJ (2007). «База данных генома крысы, обновление 2007 г. - упрощение пути от болезни к данным и обратно» . Nucleic Acids Res . 35 (выпуск базы данных): D658–62. DOI : 10.1093 / NAR / gkl988 . PMC 1761441 . PMID 17151068 .  
  21. ^ Петри V, Симояма М, Хейман Г.Т. и др. (2011). "Путь к базе данных генома крысы" . База данных (Оксфорд) . 2011 : bar010. DOI : 10,1093 / базы данных / bar010 . PMC 3072770 . PMID 21478484 .  
  22. ^ Hayman GT, Jayaraman P, Petri V, et al. (2013). «Обновленный портал RGD Pathway использует повышенную эффективность курирования и предоставляет расширенную информацию о маршруте» . Гм. Геномика . 7 : 4. DOI : 10,1186 / 1479-7364-7-4 . PMC 3598722 . PMID 23379628 .  
  23. ^ Петри V, Jayaraman P, Tutaj M и др. (2014). «Онтология пути - обновления и приложения» . Дж. Биомедицинская семантика . 5 (1): 7. DOI : 10,1186 / 2041-1480-5-7 . PMC 3922094 . PMID 24499703 .  
  24. ^ Flister МДж, Прокоп JW, Лазар Дж, Shimoyama М, Dwinell М, Гертс А (2015). «Руководство 2015 г. по созданию генетически модифицированных моделей крыс для сердечно-сосудистых исследований» . J Cardiovasc Transl Res . 8 (4): 269–77. DOI : 10.1007 / s12265-015-9626-4 . PMC 4475456 . PMID 25920443 .  
  25. ^ RGD. "PhysGen Knockouts - База данных генома крысы" . Rgd.mcw.edu . Проверено 15 июля 2015 .
  26. ^ RGD. «Ресурсный центр по редактированию генов крыс» . Rgd.mcw.edu . Проверено 21 июля 2015 .
  27. ^ RGD. «Сообщество крыс - база данных генома крыс» . Rgd.mcw.edu . Проверено 15 июля 2015 .
  28. ^ NIH. «Информация о проекте для гранта HL64541: База данных генома крысы» . nih.gov . Проверено 15 июля 2015 .
  29. ^ NIH. «Рнор_6.0 - Сборка - NCBI» . nih.gov . Проверено 15 июля 2015 .