PomBase - это база данных модельных организмов, которая обеспечивает онлайн-доступ к последовательности генома делящихся дрожжей Schizosaccharomyces pombe и аннотированным характеристикам, а также к широкому спектру вручную отобранных функциональных специфичных для генов данных. Веб-сайт PomBase был переработан в 2016 году, чтобы предоставить пользователям более полностью интегрированный и эффективный сервис (описан в [2] ).
Содержание | |
---|---|
Описание | Научный ресурс по Schizosaccharomyces pombe |
Типы данных захвачены | Молекулярная функция, биологический процесс, клеточный компонент, фенотип, генотип, аллель, модификация белка, экспрессия гена, экспрессия белка, нуклеотидная последовательность, последовательность РНК, последовательность белка, геномика, ортологи человека, Saccharomyces cerevisiae Orthlogs, комплементация, ассоциации с болезнями, особенности белков, Физические взаимодействия, генетические взаимодействия |
Организмы | Schizosaccharomyces pombe |
Контакт | |
Исследовательский центр | Кембриджский университет и Университетский колледж Лондона |
Авторы | Антония Лок, Мидори А. Харрис, Ким Резерфорд, Юрг Бэлер , Стив Оливер , Валери Вуд |
Первичное цитирование | Лок и др. (2018) [1] |
Дата выпуска | 2011 г. |
Доступ | |
Веб-сайт | PomBase.org |
Скачать URL | Загрузки |
URL-адрес веб-службы | Браузер генома |
Разнообразный | |
Лицензия | Всеобщее достояние |
Политика курирования | Кураторство профессионально и сообществом |
Добавляемые в закладки объекты | да |
Обработка данных и контроль качества
Персонал PomBase вручную курирует широкий спектр типов данных, используя как первичную литературу, так и источники биоинформатики, и используются многочисленные механизмы для обеспечения валидности как синтаксического, так и биологического содержания. [3]
Типы курируемых данных включают:
- Последовательность и особенности генома (например, физическое расположение генов в геноме)
- Функции белков и нкРНК , клеточные процессы, в которых они участвуют, и места их локализации
- Фенотипы, связанные с разными аллелями и генотипами
- Специфические сайты модификации белков и когда они возникают
- Человеческие и почкованием дрожжи ортологи из S. pombe генов (вручную куратором набора данных)
- Метаданные наборов данных, загруженных в браузер генома
- Связи с болезнями, когда известно, что человеческий ортолог вызывает болезнь
- Данные о том, когда экспрессируются определенные гены
- Данные о комплементации для случаев функциональной комплементации между геном делящихся дрожжей и геном другого организма
- Субъединичный состав комплексов
Организация данных
Аннотации генов можно просматривать либо на уровне, специфичном для гена (на страницах генов), либо на уровне, специфичном для термина (на страницах терминов онтологии). Это позволяет:
- Просмотреть все аннотации, созданные для гена, например pat1
- Просмотр всех генов с аннотациями к термину, например цитокинез
- Просмотрите все аннотации, созданные на основе определенной ссылки, например Chica et al. 2016 г.
Доступ к общегеномным наборам данных (включая наборы данных по белкам, все аннотации, вручную составленные списки ортологов и т. Д.) Можно получить со страницы наборов данных . Наборы данных, подходящие для отображения в браузере генома и загруженные, могут быть доступны через экземпляр PomBase JBrowse .
PomBase использует несколько биологических онтологий для сбора информации о генах, в том числе:
- Онтология генов (GO) - используется для описания ферментативных функций, биологических ролей и клеточных местоположений генных продуктов.
- Онтология фенотипа делящихся дрожжей (FYPO), [4] Используется для связывания фенотипов с аллелями генов по сравнению с фенотипом эталонного штамма.
- Онтология последовательности - используется для описания характеристик ДНК или белка.
- Модификации белков - с помощью PSI-MOD [5]
Статус характеристики гена
На тонкой странице GO представлен обзор «биологической роли» всех «известных» генов делящихся дрожжей - это белки, которые были экспериментально охарактеризованы у делящихся дрожжей или у других видов и переданы ортологическим путем.
Примечательно, что почти 20% протеомов эукариот, от дрожжей до человека, не охарактеризованы с точки зрения путей и процессов, в которых участвуют эти белки [6], что делает это одной из больших нерешенных проблем в биологии . Роль, которую эти белки играют в биологии, еще не открыта ни у одного вида. Чтобы помочь исследованию этих неизвестных белков, PomBase поддерживает перечень нехарактеризованных белков делящихся дрожжей . Список приоритетных неизученных генов представляет собой подмножество не охарактеризованных генов делящихся дрожжей, которые сохраняются для человека, что делает его особенно приоритетной целью исследования.
Со-курирование сообщества
Чтобы дополнить работу небольшой команды профессиональных кураторов PomBase, исследователи делящихся дрожжей вносят аннотации непосредственно в PomBase с помощью инновационной схемы курирования сообщества, для которой был разработан онлайн-инструмент курирования Canto [7] . Кураторство сообщества проверяется персоналом PomBase, и в результате получаются высокоточные, эффективно согласованные аннотации. [8]
PomBase поддерживает страницу статистики аннотаций .
Обновления базы знаний
- Обновления новостей на домашней странице PomBase
- Публикации в списке рассылки исследовательского сообщества
- Обновления базы данных NAR ([Исследования нуклеиновых кислот])
- Твиты ( @PomBase )
- Группа в фейсбуке
- Группа Linkedin
Документация
Pombase предоставляет документацию и ответы на часто задаваемые вопросы .
Использование PomBase в качестве инструмента исследования рассматривается в главе книги «Эукариотические геномные базы данных» (Методы и протоколы). [9] Разработки и обновления описаны в выпускных документах базы данных NAR. [10] [11] [12]
Подробный обзор использования S. pombe в качестве модельного организма см. В учебнике по генетике [13]
Рекомендации
- ^ Замок, А; Резерфорд, К; Харрис, Массачусетс; Hayles, J; Оливер SG; Bähler, J; Вуд, V (13 октября 2018 г.). «PomBase 2018: управляемая пользователем повторная реализация базы данных о делящихся дрожжах обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной, взаимосвязанной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (D1): D821 – D827. DOI : 10.1093 / NAR / gky961 . PMC 6324063 . PMID 30321395 .
- ^ Замок, А; Резерфорд, К; Харрис, Массачусетс; Hayles, J; Оливер SG; Bähler, J; Вуд, V (13 октября 2018 г.). «PomBase 2018: управляемая пользователем повторная реализация базы данных о делящихся дрожжах обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной, взаимосвязанной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (D1): D821 – D827. DOI : 10.1093 / NAR / gky961 . PMC 6324063 . PMID 30321395 .
- ^ Дерево, V; Углерод, S; Харрис, Массачусетс; Замок, А; Энгель, SR; Хилл, Д.П .; Ван Аукен, К; Attrill, H; Фейерманн, М; Gaudet, P; Lovering, RC; Муха, S; Резерфорд, KM; Мунгалл, CJ (сентябрь 2020 г.). «Матрица терминов: новая система контроля качества аннотаций генных онтологий, основанная на шаблонах совместных аннотаций терминов онтологии» . Открытая биология . 10 (9): 200149. DOI : 10.1098 / rsob.200149 . PMC 7536087 . PMID 32875947 .
- ^ Харрис MA, Lock A, Bähler J, Оливер SG, Wood V (июль 2013 г.). "FYPO: Онтология фенотипа делящихся дрожжей" . Биоинформатика . 29 (13): 1671–8. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btt266 . PMC 3694669 . PMID 23658422 .
- ^ Монтекки-Палацци, L; Бивис, Р. Бинц, Пенсильвания; Chalkley, RJ; Коттрелл, Дж; Creasy, D; Шофшталь, Дж; Сеймур, SL; Гаравелли, JS (август 2008 г.). «Стандарт сообщества PSI-MOD для представления данных о модификации белков». Природа Биотехнологии . 26 (8): 864–6. DOI : 10.1038 / nbt0808-864 . PMID 18688235 . S2CID 205270043 .
- ^ Дерево, V; Замок, А; Харрис, Массачусетс; Резерфорд, К; Bähler, J; Оливер, SG (28 февраля 2019 г.). «Скрытый на виду: что еще предстоит открыть в протеоме эукариот?» . Открытая биология . 9 (2): 180241. DOI : 10.1098 / rsob.180241 . PMC 6395881 . PMID 30938578 .
- ^ Резерфорд К.М., Харрис М.А., Лок А, Оливер С.Г., Вуд V (июнь 2014 г.). «Песнь: онлайн-инструмент для изучения литературы в сообществе» . Биоинформатика . 30 (12): 1791–2. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btu103 . PMC 4058955 . PMID 24574118 .
- ^ Замок, А; Харрис, Массачусетс; Резерфорд, К; Hayles, J; Вуд, V (1 января 2020 г.). «Сообщество курирования в PomBase: позволяет экспертам по делящимся дрожжам предоставлять подробные, стандартизованные и доступные аннотации из научных публикаций» . База данных: журнал биологических баз данных и курирования . 2020 . DOI : 10,1093 / базы данных / baaa028 . PMC 7192550 . PMID 32353878 .
- ^ Замок, А; Резерфорд, К; Харрис, Массачусетс; Вуд, V (2018). PomBase: научный ресурс для делящихся дрожжей . Методы молекулярной биологии. 1757 . С. 49–68. DOI : 10.1007 / 978-1-4939-7737-6_4 . ISBN 978-1-4939-7736-9. PMC 6440643 . PMID 29761456 .
- ^ Вуд В., Харрис М.А., МакДауэлл, доктор медицины, Резерфорд К., Воан Б.В., Стейнс Д.М., Аслетт М., Лок А, Бэлер Дж., Керси П.Дж., Оливер С.Г. (январь 2012 г.). «PomBase: обширный онлайн-ресурс по делящимся дрожжам» . Nucleic Acids Res. 40 (выпуск базы данных): D695–9. DOI : 10.1093 / NAR / gkr853 . PMC 3245111 . PMID 22039153 .
- ^ Макдауэл, доктор медицины, Харрис, Массачусетс, Лок А, Резерфорд К., Стейнс Д.М., Бэлер Дж., Керси П.Дж., Оливер С.Г., Вуд V (январь 2015 г.). «PomBase 2015: обновления базы данных по делящимся дрожжам» . Nucleic Acids Res. 43 (выпуск базы данных): D656–61. DOI : 10.1093 / NAR / gku1040 . PMC 4383888 . PMID 25361970 .
- ^ Замок, А; Резерфорд, К; Харрис, Массачусетс; Hayles, J; Оливер SG; Bähler, J; Вуд, V (13 октября 2018 г.). «PomBase 2018: управляемая пользователем повторная реализация базы данных о делящихся дрожжах обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной, взаимосвязанной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (D1): D821 – D827. DOI : 10.1093 / NAR / gky961 . PMC 6324063 . PMID 30321395 .
- ^ Хоффман К.С., Вуд V, Фантес ПА (октябрь 2015 г.). «Древние дрожжи для молодых генетиков: учебник по модельной системе Schizosaccharomyces pombe » . Генетика . 201 (2): 403–23. DOI : 10.1534 / genetics.115.181503 . PMC 4596657 . PMID 26447128 .
Внешние ссылки
- PomBase