Базы данных модельных организмов ( MOD ) - это биологические базы данных или базы знаний, предназначенные для предоставления подробных биологических данных для интенсивно изучаемых модельных организмов . MOD позволяют исследователям легко находить справочную информацию о больших наборах генов, эффективно планировать эксперименты, комбинировать свои данные с существующими знаниями и строить новые гипотезы. [1] [2] Они позволяют пользователям анализировать результаты и интерпретировать наборы данных, а данные, которые они генерируют, все чаще используются для описания менее изученных видов. [1] По возможности, MOD используют общие подходы к сбору и представлению биологической информации. Например, все моды используют онтологию гена (GO).[3] [4] для описания функций, процессов и местоположения определенных генных продуктов в клетках. Также существуют проекты, позволяющие совместно использовать программное обеспечение для управления, визуализации и запросов между различными модами. [5] Органическое разнообразие и различные требования пользователей, однако, означают, что MOD часто требуются для настройки сбора, отображения и предоставления данных. [1]
Типы данных и услуг
Базы данных модельных организмов интегрально генерируют, получают и сопоставляют специфичную для видов информацию, сочетая экспертные знания с литературным руководством и биоинформатикой.
Услуги, предоставляемые биологическим исследовательским сообществам, включают:
- Аннотации последовательности генома
- Расположение генов и регуляторных участков в геноме
- Функциональное лечение генных продуктов
- Распознавать функции, выполняемые генным продуктом, просматривая различные данные, включая аннотации генной онтологии (GO), фенотипы, экспрессию генов, информацию о путях
- Аннотации последовательности белка / РНК
- Анатомическая информация
- Складские центры
- Ортология
Список баз данных модельных организмов
Распространенное имя | Научное название | Страница Википедии | Ссылка на базу данных |
---|---|---|---|
пекарские дрожжи | Saccharomyces cerevisiae | База данных генома Saccharomyces | SGD [6] |
Делящиеся дрожжи | Schizosaccharomyces pombe | PomBase | PomBase [7] [8] [9] [10] |
Когтистая лягушка | Xenopus | Xenbase | Xenbase [11] [12] |
Плодовая муха | Drosophila melanogaster | FlyBase | FlyBase [13] |
Пчелы, осы, муравьи | Перепончатокрылые | База данных генома перепончатокрылых | HGD [14] |
Мышь | Mus musculus | Информатика генома мыши | MGI [15] |
Нематода | Caenorhabditis elegans | WormBase | WormBase [16] |
Крыса | Раттус норвегикус | База данных генома крысы | RGD [17] |
Социальная амеба | Dictyostelium discoideum | DictyBase | dictyBase [18] |
Тале кресс | Arabidopsis thaliana | Информационный ресурс по арабидопсису | ТАИР [19] |
Кукуруза | Zea mays ssp. май | - | MaizeGDB [20] [21] |
Соя | Глицин соя | SoyBase | SoyBase [22] |
Данио | Данио Рерио | Информационная сеть по рыбкам данио | ZFIN [23] |
- | грибковые микроорганизмы албиканс | - | CGD [24] |
- | кишечная палочка | EcoCyc | EcoCyc [25] |
Рекомендации
- ^ a b c Оливер С.Г., Lock A, Harris MA, Nurse P, Wood V (июнь 2016 г.). «Базы данных модельных организмов: основные ресурсы, которые нуждаются в поддержке как спонсоров, так и пользователей» . BMC Biology . 14 (1): 49. DOI : 10,1186 / s12915-016-0276-г . PMC 4918006 . PMID 27334346 .
- ^ Bond M, Holthaus SM, Tammen I, Tear G, Russell C (ноябрь 2013 г.). «Использование модельных организмов для изучения нейронального цероидного липофусциноза» . Biochimica et Biophysica Acta . 1832 (11): 1842–65. DOI : 10.1016 / j.bbadis.2013.01.009 . PMID 23338040 .
- ^ Эшбернер М., Болл К.А., Блейк Дж. А., Ботштейн Д., Батлер Н., Черри Дж. М. и др. (Май 2000 г.). «Генная онтология: инструмент для объединения биологии. Консорциум генных онтологий» . Генетика природы . 25 (1): 25–9. DOI : 10.1038 / 75556 . PMC 3037419 . PMID 10802651 .
- ^ Консорциум Gene Ontology (январь 2015 г.). «Консорциум генных онтологий: в будущем» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (выпуск базы данных): D1049-56. DOI : 10.1093 / NAR / gku1179 . PMC 4383973 . PMID 25428369 .
- ^ О'Коннор Б.Д., День А, Каин С., Арнаис О., Сперлинг Л., Стейн Л.Д. (2008). «GMODWeb: веб-структура для Базы данных универсальных модельных организмов» . Геномная биология . 9 (6): R102. DOI : 10.1186 / GB-2008-9-6-R102 . PMC 2481422 . PMID 18570664 .
- ^ Черри Дж. М., Хонг Э. Л., Амундсен С., Балакришнан Р., Бинкли Дж., Чан Э. Т. и др. (Январь 2012 г.). «База данных генома Saccharomyces: ресурс геномики почкующихся дрожжей» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D700-5. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1029 . PMC 3245034 . PMID 22110037 .
- ^ Lock A, Резерфорд К., Харрис М.А., Хейлс Дж., Оливер С.Г., Бэлер Дж., Вуд V (январь 2019 г.). «PomBase 2018: управляемая пользователем повторная реализация базы данных о делящихся дрожжах обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной, взаимосвязанной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (D1): D821 – D827. DOI : 10.1093 / NAR / gky961 . PMC 6324063 . PMID 30321395 .
- ^ Wood V, Harris MA, McDowall MD, Rutherford K, Vaughan BW, Staines DM, et al. (Январь 2012 г.). «PomBase: обширный онлайн-ресурс по делящимся дрожжам» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D695-9. DOI : 10.1093 / NAR / gkr853 . PMC 3245111 . PMID 22039153 .
- ^ McDowall MD, Harris MA, Lock A, Rutherford K, Staines DM, Bähler J, et al. (Январь 2015 г.). «PomBase 2015: обновления базы данных по делящимся дрожжам» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (выпуск БД): D656-61. DOI : 10.1093 / NAR / gku1040 . PMC 4383888 . PMID 25361970 .
- ^ Замок А, Резерфорд К., Харрис М.А., Вуд V (2018). PomBase: научный ресурс для делящихся дрожжей . Методы молекулярной биологии. 1757 . С. 49–68. DOI : 10.1007 / 978-1-4939-7737-6_4 . ISBN 978-1-4939-7736-9. PMC 6440643 . PMID 29761456 .
- ^ Карими К., Фортриде Д.Д., Лотай В.С., Бернс К.А., Ван Д.З., Фишер М.Э. и др. (Январь 2018). «Xenbase: база данных геномных, эпигеномных и транскриптомных модельных организмов» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (D1): D861 – D868. DOI : 10.1093 / NAR / gkx936 . PMC 5753396 . PMID 29059324 .
- ^ Джеймс-Зорн С., Понферрада В.Г., Фишер М.Э., Бернс К.А., Фортриде Д.Д., Сегерделл Е., Карими К., Лотай В.С., Ван Д.З., Чу С., Пеллс Т.Дж., Ван Й., Визе П.Д., Зорн А. Xenbase: навигация по Xenbase: интегрированная база данных геномики и экспрессии генов Xenopus . Эукариотические геномные базы данных: методы и протоколы . Методы молекулярной биологии. 1757 . С. 251–305. DOI : 10.1007 / 978-1-4939-7737-6_10 . ISBN 978-1-4939-7736-9. PMC 6853059 . PMID 29761462 .
- ^ Attrill H, Falls K, Goodman JL, Millburn GH, Antonazzo G, Rey AJ, Marygold SJ (январь 2016 г.). «FlyBase: создание ресурса группы генов для Drosophila melanogaster» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (D1): D786-92. DOI : 10.1093 / NAR / gkv1046 . PMC 4702782 . PMID 26467478 .
- ^ Эльсик К.Г., Таял А., Унни Д.Р., Бернс Г.В., Хаген Д.Е. (2018). «База данных генома перепончатокрылых: использование перепончатокрылых для улучшения геномных исследований перепончатокрылых насекомых». В Kollmar M (ред.). Эукариотические геномные базы данных . 1757 . Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Springer New York. С. 513–556. DOI : 10.1007 / 978-1-4939-7737-6_17 . ISBN 978-1-4939-7736-9.
- ^ Эппиг Дж. Т., Блейк Дж. А., Булт Дж. Дж., Кадин Дж. А., Ричардсон Дж. Э. (январь 2015 г.). «База данных генома мышей (MGD): облегчение мыши в качестве модели человеческой биологии и болезней» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (выпуск базы данных): D726-36. DOI : 10.1093 / NAR / gku967 . PMC 4384027 . PMID 25348401 .
- ^ Харрис Т.В., Баран Дж., Биери Т., Кабунок А., Чан Дж., Чен В.Дж. и др. (Январь 2014). «WormBase 2014: новые взгляды на кураторскую биологию» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Выпуск базы данных): D789-93. DOI : 10.1093 / NAR / gkt1063 . PMC 3965043 . PMID 24194605 .
- ^ Shimoyama M, De Pons J, Hayman GT, Laulederkind SJ, Liu W, Nigam R и др. (Январь 2015 г.). «База данных генома крысы 2015: геномные, фенотипические и экологические вариации и болезни» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D743-50. DOI : 10.1093 / NAR / gku1026 . PMC 4383884 . PMID 25355511 .
- ^ Креппель Л., Фей П., Годет П., Джаст Э., Киббе В.А., Чисхолм Р.Л., Киммел А.Р. (январь 2004 г.). «dictyBase: новая база данных генома Dictyostelium discoideum» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): D332-3. DOI : 10.1093 / NAR / gkh138 . PMC 308872 . PMID 14681427 .
- ^ Ламеш П., Берардини Т.З., Ли Д., Сварбрек Д., Уилкс С., Сасидхаран Р. и др. (Январь 2012 г.). «Информационный ресурс по арабидопсису (TAIR): улучшенная аннотация генов и новые инструменты» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D1202-10. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1090 . PMC 3245047 . PMID 22140109 .
- ^ Лоуренс CJ, Dong Q, Polacco ML, Seigfried TE, Brendel V (январь 2004 г.). «MaizeGDB, база данных сообщества по генетике и геномике кукурузы» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (проблема с базой данных): D393-7. DOI : 10.1093 / NAR / gkh011 . PMC 308746 . PMID 14681441 .
- ^ Andorf CM, Cannon EK, Portwood JL, Gardiner JM, Harper LC, Schaeffer ML и др. (Январь 2016 г.). «Обновление MaizeGDB: новые инструменты, данные и интерфейс для базы данных модельных организмов кукурузы» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (D1): D1195-201. DOI : 10.1093 / NAR / gkv1007 . PMC 4702771 . PMID 26432828 .
- ^ Грант Д., Нельсон Р. Т., Cannon SB, Shoemaker RC (январь 2010 г.). «SoyBase, база данных по генетике и геномике сои USDA-ARS» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с базой данных): D843-6. DOI : 10.1093 / NAR / gkp798 . PMC 2808871 . PMID 20008513 .
- ^ Хоу Д.Г., Брэдфорд Ю.М., Конлин Т., Игл А.Е., Фашена Д., Фрейзер К. и др. (Январь 2013). «ZFIN, База данных модельных организмов рыбок данио: усиленная поддержка мутантов и трансгенных животных» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Выпуск базы данных): D854-60. DOI : 10.1093 / NAR / gks938 . PMC 3531097 . PMID 23074187 .
- ^ Inglis DO, Arnaud MB, Binkley J, Shah P, Skrzypek MS, Wymore F, et al. (Январь 2012 г.). «База данных генома Candida включает несколько видов Candida: инструменты для поиска и анализа множества видов с тщательно подобранной информацией о генах и белках Candida albicans и Candida glabrata» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск БД): D667-74. DOI : 10.1093 / NAR / gkr945 . PMC 3245171 . PMID 22064862 .
- ^ Кеселер И.М., Маки А., Перальта-Гил М., Сантос-Завалета А., Гама-Кастро С., Бонавидес-Мартинес С. и др. (Январь 2013). «EcoCyc: объединение баз данных модельных организмов с системной биологией» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D605-12. DOI : 10.1093 / NAR / gks1027 . PMC 3531154 . PMID 23143106 .