BeeBase - это онлайн-база данных биоинформатики, которая отображает данные, связанные с Apis mellifera , европейской медоносной пчелой, а также с некоторыми патогенами и другими видами. Он был разработан в сотрудничестве с Консорциумом по секвенированию генома медоносных пчел . [1]
Данные
На сайте размещена последовательность генома apis mellifera, а также последовательности следующих патогенов:
Два дополнительных вида находятся в стадии анализа:
В феврале 2007 года BeeBase состояла из программы просмотра генома на основе GBrowser и программы просмотра сравнительных карт на основе CMap , оба модуля проекта Generic Model Organism Database (GMOD). Средство просмотра генома включало треки известных генов медоносных пчел, предсказанные наборы генов (Ensembl, NCBI, EMBL-Heidelberg), маркеры STS (карты сцепления Solignac и Hunt), теги экспрессируемых последовательностей медоносных пчел (EST), гомологи у плодовых мух , комаров и других животных. прочие насекомые и сменные элементы . Средство просмотра сравнительных карт медоносных пчел отображало карты связей и физическую карту (сборку генома), выделяя маркеры, общие для карт.
Будущие улучшения, запланированные для BeeBase, - это программа просмотра QTL и база данных экспрессии генов . Последовательность генома будет служить ссылкой для связи этих различных типов данных.
Биологические данные и услуги, доступные на BeeBase, включают:
- Данные о последовательности ДНК и белков
- официальный набор генов пчел (разработан и размещен на Beebase)
- браузер генома
- карты связи
- сервер для поиска генома медоносной пчелы с помощью BLAST
Beebase организовал сообщество аннотацию пчелиного генома в сотрудничестве с Baylor College медицины генома человека секвенирования центра. [2]
Рекомендации
- ^ a b c Сайт BeeBase - http://hymenopteragenome.org/beebase/
- ^ Эльсик, CG; Уорли, KC; Zhang, L .; Мильшина, Н.В.; Jiang, H .; Риз, JT; Чайлдс, KL; Венкатраман, А .; Диккенс, СМ; Weinstock, GM; Гиббс, РА (25 октября 2006 г.). «Аннотация сообщества: процедуры, протоколы и вспомогательные инструменты» . Геномные исследования . 16 (11): 1329–1333. DOI : 10.1101 / gr.5580606 .