Siphoviridae

Siphoviridae

Изображение TME вириона вируса Escherichia HK97 , Siphoviridae
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Царство :	Дуплоднавирия
Королевство:	Heunggongvirae
Тип:	Уровирикота
Учебный класс:	Caudoviricetes
Заказ:	Caudovirales
Семья:	*Siphoviridae*
Роды
см текст
Синонимы ^[1]
Styloviridae

Siphoviridae - это семейство двухцепочечных ДНК- вирусов отряда Caudovirales . Бактерии и археи служат естественными хозяевами. В настоящее время это семейство насчитывает 783 вида, разделенных на 265 родов и 13 подсемейств. ^[2]^[3] Характерными структурными особенностями этого семейства являются голова без оболочки и несокращающийся хвост.

Структура [ править ]

Типичная структура сифовируса

Вирусы у Siphoviridae не имеют оболочки , имеют геометрию икосаэдра и голову-хвост ^[2] ( морфотип B1) или вытянутый капсид (морфотип B2) и симметрию T = 7. Диаметр около 60 нм. ^[2] Члены этого семейства также характеризуются своими нитевидными, поперечно-полосатыми, несокращающимися хвостами, обычно с короткими терминальными и субтерминальными волокнами. Геномы двухцепочечные и линейные, длиной около 50 т.п.н. ^{[2] и} содержат около 70 генов . Содержание гуанина / цитозина обычно составляет около 52%.

Жизненный цикл [ править ]

Репликация вируса происходит в цитоплазме. Попадание в хозяйскую клетку достигается путем адсорбции в хозяйской клетке. Репликация следует модели репликативной транспозиции. Транскрипция с использованием ДНК-шаблона - это метод транскрипции. Трансляция происходит за счет -1 сдвига рамки рибосомы и +1 сдвига рамки рибосомы. Вирус покидает клетку-хозяина путем лизиса и белков холина / эндолизина / спанина. ^[2] Бактерии и археи служат естественным хозяином. Пути передачи - пассивное распространение. ^[2]

Таксономия [ править ]

Различают следующие подсемейства: ^[3]

Arquatrovirinae
Bclasvirinae
Chebruvirinae
Dclasvirinae
Dolichocephalovirinae
Guernseyvirinae
Langleyhallvirinae
Mccleskeyvirinae
Mclasvirinae
Nclasvirinae
Nymbaxtervirinae
Pclasvirinae
Tybeckvirinae

Следующие роды не относятся к подсемейству: ^[3]

Abbeymikolonvirus
Абиджанвирус
Ахдуовирус
Амиговирус
Анатольевирус
Andrewvirus
Андромедавирус
Аппавирус
Абрикосовирус
Армстронгвирус
Аттисвирус
Аттомивирус
Austintatiousvirus
Бантамвирус
Barnyardvirus
Свекрови
Берналвирус
Betterkatzvirus
Бингвирус
Бисептимавирус
Bowservirus
Бриджитвирус
Бритбратвирус
Бронвирус
Brussowvirus
Casadabanvirus
Cbastvirus
Цецивирус
Цедуовирус
Цитреповирус
Цеквинкевирус
Хенонавирус
Хеоктовирус
Хивирус
Chunghsingvirus
Цимпунавирус
Цинунавирус
Coetzeevirus
Коралвирус
Корндогвирус
Cronusvirus
Сорвиголовавирус
Декурровирус
Делепквинтавирус
Демосфенвирус
Детревирус
Диллонвирус
Дисмасвирус
Doucettevirus
Эденвирус
Эфкватровирус
Eiauvirus
Эйзенстарквирус
Элеривирус
Эмалинвирус
Эйревирус
Fairfaxidumvirus
Фарахназвирус
Феофаниявирус
Фибралонгавирус
Франклинбайвирус
Фроманвирус
Gaiavirus
Galaxyvirus
Галунавирус
Гамтревирус
Геспутвирус
Гецептимавирус
Гобесвирус
Гилесвирус
Гиллианвирус
Годонкавирус
Goodmanvirus
Гордонвирус
Гордтнквирус
Горганвирус
Горюмвирус
Густаввирус
Харрисонвирус
Hedwigvirus
Хельсингорвирус
Хендриксвирус
Hiyaavirus
Холосалинивирус
Гомбургвирус
Икедавирус
Ilzatvirus
Инчхонврус
Инхавирус
Яцевирус
Jenstvirus
Juiceboxvirus
Кайросалинивирус
Келлезиовирус
Килунавирус
Клементвирус
Кодживирус
Корравирус
Костявирус
Krampusvirus
Криптосалинивирус
Lacusarxvirus
Лямбдавирус
Ланавирус
Лароевирус
Лентавирус
Либевирус
Лифиевирус
Локивирус
Ломовскаявирус
Luckybarnesvirus
Luckytenvirus
Лугвирус
Lwoffvirus
Магадивирус
Маджавирус
Манхэттенвирус
Mapvirus
Мардекавирус
Марвинвирус
Максрубнервирус
Меменоморивирус
Метаморфовирус
Минунавирус
Мойновирус
Монтивирус
Mudcatvirus
Мюррейвирус
Нанхайвирус
Назгулвирус
Нефертенавирус
Никивирус
Нипунавирус
Нонагвирус
Нонанавирус
Nyceiraevirus
Oengusvirus
Омегавирус
Oneupvirus
Орхидевирус
Осимавирус
Пахексавирус
Памексвирус
Папирусный вирус
Терпениевирус
Pbi1virus
Пепигексавирус
Фиетавирус
Phifelvirus
Пикардвирус
Пикминвирус
Poushouvirus
Приунавирус
Псавирус
Псимунавирус
Pulverervirus
Quhwahvirus
Raleighvirus
Равинвирус
Рердуовирус
Ригалликвирус
Римавирус
Rogerhendrixvirus
Рональдовирус
Roufvirus
Ровавирус
Рутивирус
Самистивирус
Самунавирус
Самвавирус
Сановирус
Сансавирус
Сафексавирус
Сашавирус
Сасвирус
Saundersvirus
Скапунавирус
Шнабельтирвирус
Шубертвирус
Септиматревирус
Seuratvirus
Сеуссвирус
Sextaecvirus
Ситаравирус
Скунавирус
Slashvirus
Smoothievirus
Соналивирус
Супсвирус
Сурвирус
Спбетавирус
Сквошвирус
Stanholtvirus
Steinhofvirus
Tankvirus
Терапинвирус
Тигунавирус
Тимкватровирус
Тиндуовирус
Титанвирус
Тортеллинивирус
Триавирус
Тригинтадуовирус
Тринавирус
Триневирус
Триппвирус
Unahavirus
Вашвирус
Вегасвирус
Вендеттавирус
Вуланивирус
Видквинтавирус
Вьевирус
Вивидуовирус
Воеводинавирус
Wbetavirus
Вирус ласки
Wildcatvirus
Вилнивирус
Wizardvirus
Woesvirus
Вирус Вудраффа
Сямэньвирус
Xipdecavirus
Янвирус
Юавирус
Ивонневирус
Зетавирус

Кроме того, есть один вид, не относящийся к подсемейству и роду: ^[3] Rhodococcus virus RGL3 .

Предлагаемые роды [ править ]

Электронные микрофотографии сифовируса из Cutibacterium acnes (ранее Propionibacterium acnes ). Фаги отрицательно окрашивали и подвергали просвечивающей электронной микроскопии. Фаги имеют голову диаметром примерно 55 нм, наполненную генетическим материалом. Их хвосты имеют размер 150 × 10 нм, гибкие и несокращающиеся. На нижнем микрофотографии PAD25 прилипает к остаткам бактериальных клеток, и два фага потеряли свои головы. Все фаги были классифицированы как сифовирусы на основании их морфологии. ^[4]

Следующие роды были предложены, но в настоящее время не ратифицированы Международным комитетом по таксономии вирусов: ^[5]^[6]^[7]^[8]^[9]^[10]

Род Cba39unalikevirus ; типовой вид: Cellulophaga phage phi39: 1
- Разновидность:
  - Фаг целлулофага phi39: 1
Род Cba46unalikevirus ; типовой вид: Cellulophaga phage phi46: 1
- Разновидность:
  - Фаг целлулофага phi46: 1
Род Cba18unalikevirus ; типовой вид: Cellulophaga phage phi18: 1
- Разновидность:
  - Фаг целлулофага phi18: 1
  - Фаг целлулофага phi12: 1
  - Фаг целлулофага phi12: 3
  - Фаг Cellulophaga phi17: 1
  - Фаг целлулофага phi18: 2
Род Cba10unalikevirus ; типовой вид: Cellulophaga phage phi10: 1
- Разновидность:
  - Фаг Cellulophaga phi10: 1
  - Фаг целлулофага phi19: 1
Род Cba13unalikevirus ; типовой вид: Cellulophaga phage phi13: 1
- Разновидность:
  - Фаг целлулофага phi13: 1
  - Фаг целлулофага phi19: 2
  - Фаг целлулофага phiST
Род Jk06likevirus ; Типовой вид: Escherichia phage Jk06
- Разновидность
  - Фаг Escherichia Eb49
  - Фаг Escherichia Jk06
  - Фаг Escherichia Rogue1
  - Фаг Escherichia AHP24
  - Фаг Escherichia AHS24
  - Фаг Escherichia AHP42
  - Фаг Escherichia AKS96
  - Энтеробактерии фага phiJLA23
  - Энтеробактерии фаг phiKP26
Род Kp36likevirus ; типовой вид: Klebsiella phage KP36
- Разновидность
  - Энтеробактерный фаг F20
  - Фаг Klebsiella KP36
Род R1tlikevirus ; Типовой вид: Lactococcus phage r1t
- Разновидность
  - Лактококковый фаг r1t
Род Rtplikevirus ; типовой вид: Escherichia phage Rtp
- Разновидность
  - Фаг Escherichia Rtp
  - Фаг энтеробактерий vB_EcoS_ACG-M12
Род Tlslikevirus ; Типовой вид: Escherichia phage Tls
- Разновидность
  - Фаг Escherichia Tls
  - Фаг сальмонеллы FSL SP-126

Несекретный [ править ]

В дополнение к вышеупомянутым вирусам многие представители Siphoviridae были сгруппированы в неклассифицированную группу без определения родов. ^{[11] В} эту группу входят многочисленные фаги, которые, как известно, инфицируют Lactobacillus , Mycobacterium , Streptococcus и другие бактерии.

Ссылки [ править ]

^ Сафферман, RS; Пушка, RE; Дежарден, PR; Громов Б.В.; Haselkorn, R .; Шерман, Луизиана; Шило, М. (1983). «Классификация и номенклатура вирусов цианобактерий» . Интервирология . 19 (2): 61–66. DOI : 10.1159 / 000149339 . PMID 6408019 .
^ a b c d e f "Вирусная зона" . ExPASy . Проверено 1 июля 2015 года .
^ a b c d «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.» . talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Дата обращения 5 мая 2020 .
^ Lood R, Mörgelin М, Холмберг А, Расмуссен М, М Коллина (2008). «Индуцибельные сифовирусы в поверхностных и глубоких тканевых изолятах Propionibacterium acnes» . BMC Microbiol . 8 : 139. DOI : 10,1186 / 1471-2180-8-139 . PMC 2533672 . PMID 18702830 .
^ Proux С, ван Sinderen D, Суарес Дж, Гарсиа Р, Ladero В, Г. Ф. Фицджеральд, Desiere Ж, Brüssow Н (2002). «Дилемма таксономии фагов, проиллюстрированная сравнительной геномикой Sfi21-подобных Siphoviridae в молочнокислых бактериях» . J. Bacteriol . 184 (21): 6026–36. DOI : 10.1128 / JB.184.21.6026-6036.2002 . PMC 135392 . PMID 12374837 .
^ Гутьеррес, D; Adriaenssens, EM; Мартинес, B; Родригес, А; Lavigne, R; Кропинский, AM; Гарсия, П. (11 сентября 2013 г.). «Три предложенных новых рода бактериофагов стафилококковых фагов:« 3аликевирус »,« 77ликевирус »и« Фиеталикевирус » » . Архив вирусологии . 159 (2): 389–98. DOI : 10.1007 / s00705-013-1833-1 . PMID 24022640 .
^ Предложения по таксономии, ожидающие ратификации на ICTV
^ Предложения по таксономии, ожидающие рассмотрения на ICTV
^ Holmfeldt, K .; Солоненко, Н .; Shah, M .; Corrier, K .; Riemann, L .; Верберкмоес, Северная Каролина; Салливан, МБ (2013). «Двенадцать ранее неизвестных родов фагов повсеместно распространены в мировом океане» . Труды Национальной академии наук . 110 (31): 12798–803. DOI : 10.1073 / pnas.1305956110 . PMC 3732932 . PMID 23858439 .
^ Niu, YD; Макаллистер, TA; Нэш, JHE; Кропинский, AM; Стэнфорд, К. (2014). «Четыре фага Escherichia coli O157: H7: новый род бактериофагов и таксономическая классификация T1-подобных фагов» . PLoS ONE . 9 (6): e100426. DOI : 10.1371 / journal.pone.0100426 . PMC 4070988 . PMID 24963920 .
^ "неклассифицированные Siphoviridae" . Таксономия NCBI .

Внешние ссылки [ править ]

В Wikispecies есть информация о Siphoviridae .

Вирусная зона : Siphoviridae
ICTV
Полные геномы Siphoviridae

[1] Сафферман, RS; Пушка, RE; Дежарден, PR; Громов Б.В.; Haselkorn, R .; Шерман, Луизиана; Шило, М. (1983). «Классификация и номенклатура вирусов цианобактерий» . Интервирология . 19 (2): 61–66. DOI : 10.1159 / 000149339 . PMID 6408019 .

[ViralZone-2] "Вирусная зона" . ExPASy . Проверено 1 июля 2015 года .

[ICTV-3] «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.» . talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Дата обращения 5 мая 2020 .

[pmid18702830-4] Lood R, Mörgelin М, Холмберг А, Расмуссен М, М Коллина (2008). «Индуцибельные сифовирусы в поверхностных и глубоких тканевых изолятах Propionibacterium acnes» . BMC Microbiol . 8 : 139. DOI : 10,1186 / 1471-2180-8-139 . PMC 2533672 . PMID 18702830 .

[5] Proux С, ван Sinderen D, Суарес Дж, Гарсиа Р, Ladero В, Г. Ф. Фицджеральд, Desiere Ж, Brüssow Н (2002). «Дилемма таксономии фагов, проиллюстрированная сравнительной геномикой Sfi21-подобных Siphoviridae в молочнокислых бактериях» . J. Bacteriol . 184 (21): 6026–36. DOI : 10.1128 / JB.184.21.6026-6036.2002 . PMC 135392 . PMID 12374837 .

[6] Гутьеррес, D; Adriaenssens, EM; Мартинес, B; Родригес, А; Lavigne, R; Кропинский, AM; Гарсия, П. (11 сентября 2013 г.). «Три предложенных новых рода бактериофагов стафилококковых фагов:« 3аликевирус »,« 77ликевирус »и« Фиеталикевирус » » . Архив вирусологии . 159 (2): 389–98. DOI : 10.1007 / s00705-013-1833-1 . PMID 24022640 .

[7] Предложения по таксономии, ожидающие ратификации на ICTV

[8] Предложения по таксономии, ожидающие рассмотрения на ICTV

[9] Holmfeldt, K .; Солоненко, Н .; Shah, M .; Corrier, K .; Riemann, L .; Верберкмоес, Северная Каролина; Салливан, МБ (2013). «Двенадцать ранее неизвестных родов фагов повсеместно распространены в мировом океане» . Труды Национальной академии наук . 110 (31): 12798–803. DOI : 10.1073 / pnas.1305956110 . PMC 3732932 . PMID 23858439 .

[10] Niu, YD; Макаллистер, TA; Нэш, JHE; Кропинский, AM; Стэнфорд, К. (2014). «Четыре фага Escherichia coli O157: H7: новый род бактериофагов и таксономическая классификация T1-подобных фагов» . PLoS ONE . 9 (6): e100426. DOI : 10.1371 / journal.pone.0100426 . PMC 4070988 . PMID 24963920 .

[11] "неклассифицированные Siphoviridae" . Таксономия NCBI .

[1]