Воздействие растворителя происходит при контакте химического вещества , материала или человека с растворителем . Химические вещества могут быть растворены в растворителях, материалы, такие как полимеры, могут быть химически разрушены растворителями, и у людей могут развиться определенные заболевания из-за воздействия как органических, так и неорганических растворителей.
Некоторые распространенные растворители включают ацетон , метанол , тетрагидрофуран , диметилсульфоксид и воду среди множества других.
В биологии воздействие растворителя на аминокислоту в белке измеряет, насколько аминокислота доступна для растворителя (обычно воды ), окружающего белок. Вообще говоря, гидрофобные аминокислоты будут захоронены внутри белка и, таким образом, защищены от растворителя, в то время как гидрофильные аминокислоты будут находиться близко к поверхности и, таким образом, будут подвергаться действию растворителя. Однако, как и во многих биологических правилах, часто встречаются исключения, и часто обнаруживается, что гидрофильные остатки погребены в природной структуре и наоборот.
Воздействие растворителя можно численно описать несколькими способами, наиболее популярными из которых являются доступная площадь поверхности и относительная доступная площадь поверхности . К другим мерам относятся, например:
- Контактное число : количество соседей аминокислоты в сфере вокруг аминокислоты.
- Глубина остатка : расстояние от аминокислоты до молекулярной поверхности.
- Экспозиция полусферы : количество соседей аминокислоты в пределах двух полусфер вокруг аминокислоты.
Рекомендации
Ли Б., Ричардс Ф. (1971) Интерпретация белковых структур: оценка статической доступности . J. Mol. Биол. 55: 379-400
Грир Дж., Буш Б. (1978) Макромолекулярная форма и карты поверхности путем исключения растворителя . Proc. Natl. Акад. Sci. США 75: 303-307.
Коннолли М. (1983) Доступные для растворителей поверхности белков и нуклеиновых кислот . Наука 221: 709-713
Чакраварти С., Варадараджан Р. (1999) Глубина остатков: новый параметр для анализа структуры и стабильности белка . Сгиб структуры. Des. 7: 723-732.
Пинтар А, Каруго О, Понгор С. (2003) Глубина атома в структуре и функции белка . Trends Biochem. Sci. 28: 593-597.
Hamelryck T. (2005) У аминокислоты есть две стороны: новая двухмерная мера дает другой взгляд на воздействие растворителя . Proteins Struct. Func. Bioinf. 59: 38-48.