Моделирование стохастической дорожной карты [1] основано на методах вероятностной дорожной карты [2] (PRM), разработанных для планирования движения роботов .
Основная идея этих методов состоит в том, чтобы зафиксировать связность геометрически сложного многомерного пространства путем построения графа локальных путей, соединяющих точки, случайно выбранные из этого пространства. Дорожная карта G = (V, E) - ориентированный граф. Каждая вершина v является случайной выборкой в конформации С . Каждое (направленное) ребро от вершины v i к вершине v j имеет вес P ij , который представляет вероятность того, что молекула перейдет в конформацию v j , при условии, что она в настоящее время находится в v i . Вероятность P ij равна 0, если нет ребра от v i до v j.. В противном случае это зависит от разницы энергий между конформациями.
Стохастическое моделирование дорожной карты используется для изучения кинетики молекулярного движения путем одновременного изучения нескольких путей в дорожной карте. Ансамблевые свойства молекулярного движения (например, вероятность сворачивания (P Fold ), время ухода при связывании лиганд-белок) вычисляются эффективно и точно с помощью стохастического моделирования дорожной карты. Значения P Fold вычисляются с использованием анализа первого шага теории цепей Маркова .
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Апайдин, MS; Brutlag, DL; Guestrin, C .; Hsu, D .; Латомбе, Ж.-К. (2003), "Стохастическое моделирование дорожной карты: эффективное представление и алгоритм для анализа молекулярного движения", вычислительная биология , 10 (3-4): 257-281, DOI : 10,1145 / 565196,565199.
- ^ Кавраки, ЛЭ ; Свестка, П .; Латомбе, Ж.-К. ; Овермарса, MH (1996), "Вероятностные дорожные карты для планирования траектории в многомерных конфигурационных пространствах", IEEE Transactions по робототехнике и автоматизации , 12 (4): 566-580, CiteSeerX 10.1.1.19.6316 , DOI : 10,1109 / 70.508439.